Seminar nhóm 1 chiều t7

Bạn đang xem bản rút gọn của tài liệu. Xem và tải ngay bản đầy đủ của tài liệu tại đây (453.93 KB, 27 trang )

<span class="text_page_counter">Trang 1</span><div class="page_container" data-page="1">

<b><small>TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH KHOA KHOA HỌC SINH HỌC </small></b>

<b><small>Mơn học: Thiết bị và kỹ thuật công nghệ sinh họcGiảng viên hướng dẫn: </small></b>

<small>TS. Huỳnh Văn BiếtTrương Quang Toản</small>

<b>ĐỊNH TÍNH VÀ ĐỊNH LƯỢNG VIRUS ĐẬU MÙA KHỈ TRONG CÁC MẪU </b>

</div><span class="text_page_counter">Trang 2</span><div class="page_container" data-page="2">

<b>DANH SÁCH THÀNH VIÊN</b>

</div><span class="text_page_counter">Trang 3</span><div class="page_container" data-page="3">

<b>N I DUNGỘI DUNG</b>

01 02 03

<b><small>Giới thiệu về b nh đ u mùa khỉệnh đậu mùa khỉậu mùa khỉ</small></b>

<b><small>qPCR trong chẩn đoán b nh đ u mùa khỉệnh đậu mùa khỉậu mùa khỉ</small></b>

<b><small>Công ngh RPA kết hợp với CRISPR-Cas 9 trong ệnh đậu mùa khỉvi c phát hi n nhanh virus đ u mùa khỉệnh đậu mùa khỉệnh đậu mùa khỉậu mùa khỉ</small></b>

</div><span class="text_page_counter">Trang 4</span><div class="page_container" data-page="4">

<b>Giới thi u về b nh ệnh đậu mùa khỉệnh đậu mùa khỉđ u mùa khi (Mpox)ậu mùa khỉ ̉(Mpox)</b>

</div><span class="text_page_counter">Trang 5</span><div class="page_container" data-page="5">

<b>Giới thi u v b nh đ u mùa khỉệnh đậu mùa khỉề̀ bệnh đậu mùa khỉ ệnh đậu mùa khỉậu mùa khỉ</b>

- Đậu mùa khỉ (Mpox) là bệnh truyền nhiễm do virus đậu mùa khỉ gây ra. Nó là virus DNA sợi đơi,

<i>thuộc họ Poxviridae và thuộc nhóm Orthopoxvirus.</i>

- Virus này có hai chủng chính là Congo và Tây Phi.

<small>Hình 1. Virus đậu mùa khỉ</small>

</div><span class="text_page_counter">Trang 6</span><div class="page_container" data-page="6">

<b><small>Triệu chứng bệnh: Sốt, nhức đầu, khó chịu, phát ban dạng </small></b>

<small>Bệnh lây truyền nhanh từ người sang người. Vì vậy, cần xác định, theo dõi, quản lý với các ca bệnh Mpox nhằm ngăn chặn sự lây truyền và điều chỉnh biện pháp phịng ngừa.</small>

<small>Hình 2. Triệu chứng của bệnh đầu mùa khỉ</small>

</div><span class="text_page_counter">Trang 7</span><div class="page_container" data-page="7">

<b>Công ngh RPA kết hợp với ệnh đậu mùa khỉCRISPR-Cas 9 trong vi c ệnh đậu mùa khỉ</b>

<b>phát hi n nhanh virus đ u ệnh đậu mùa khỉậu mùa khỉmùa khỉ</b>

</div><span class="text_page_counter">Trang 8</span><div class="page_container" data-page="8">

<b>Công nghệ RPA</b>

</div><span class="text_page_counter">Trang 9</span><div class="page_container" data-page="9">

<b>Giới thi u về công nghệ RPAệnh đậu mùa khỉ</b>

- Recombinase polymerase (RPA) là phương pháp

khuếch đại axit nucleic đẳng nhiệt được giới thiệu bởi Niall Armes vào năm 2006.

- Cơ chế phản ứng cơ bản của RPA dựa trên một quá trình tự nhiên của tế bào được gọi là tái tổ hợp tương đồng, một quá trình quan trọng trong q trình chuyển hóa DNA.

</div><span class="text_page_counter">Trang 10</span><div class="page_container" data-page="10">

<b>Nguyên lý của RPA</b>

Dựa vào mô hình tái tổ hợp giảm phân, mơ hình này diễn tả sự bắt cặp giữa các nhiễm sắc thể tương đồng ở kỳ đầu I của quá trình giảm phân.

<small>Hình 3. Nguyên lý của RPA</small>

</div><span class="text_page_counter">Trang 11</span><div class="page_container" data-page="11">

<b>Cơ chế phản ứng</b>

RPA đã sử dụng recombinase để giúp đưa mồi xâm lấn vào DNA mẫu ở điều kiện bình thường.

RPA tiêu chuẩn bao gồm ba protein chính: recombinase, yếu tố tải recombinase và protein liên kết chuỗi đơn (SSB).

</div><span class="text_page_counter">Trang 12</span><div class="page_container" data-page="12">

<b>Kỹ thuật chỉnh sửa gen CRISPR-Cas 9</b>

</div><span class="text_page_counter">Trang 13</span><div class="page_container" data-page="13">

<b>Giới thiệu CRISPR-Cas 9 </b>

<b>CRISPR-Cas 9 là một kỹ thuật di truyền trong sinh học </b>

phân tử mà nhờ đó bộ gen của các sinh vật sống có thể được sửa đổi.

<b>Cas 9 là một enzyme endonuclease có cả hai vị trí cắt, </b>

có thể đồng thời cắt 2 sợi của DNA tại một điểm.

<b>CRISPR là hệ thống lặp lại Palindromic ngắn xen kẽ </b>

ngắn.

</div><span class="text_page_counter">Trang 14</span><div class="page_container" data-page="14">

<b>Nguyên lý hoạt động</b>

- Sinh vật đều có trình tự nu lặp lại đặc trưng. Từ đó, ta thiết kế một RNA có trình tự bổ sung với đoạn lặp lại này, RNA này dẫn đường cho Cas 9 đến với trình tự gen mục tiêu và có thể chỉnh sửa gen.

- Bằng cách bất hoạt một vị trí cắt của enzyme Cas 9, người ta thêm vào yếu tố điều hòa phiên mã, dịch mã hoặc bất hoạt cả hai vị trí cắt và gắn chất phát huỳnh quang vào Cas 9 để sử dụng CRISPR-Cas 9 như một hệ thống chỉ thị.

</div><span class="text_page_counter">Trang 15</span><div class="page_container" data-page="15">

<b>Công nghệ RPA và CRISPR-Cas 9 trong việc phát hiện </b>

<b>virus đậu mùa khỉ</b>

<b>Công nghệ RPA và CRISPR-Cas 9 trong việc phát hiện </b>

<b>virus đậu mùa khỉ</b>

</div><span class="text_page_counter">Trang 16</span><div class="page_container" data-page="16">

<b>Nguyên tắc hoạt động</b>

- RPA hoạt động như một 'bộ khuếch đại tín hiệu' và CRISPR hoạt động như một

</div><span class="text_page_counter">Trang 17</span><div class="page_container" data-page="17">

<b>Máy Poket Lab để phát hiện nhanh </b>

<b>virus Mpox</b>

<b>Máy Poket Lab để phát hiện nhanh </b>

<b>virus Mpox</b>

</div><span class="text_page_counter">Trang 18</span><div class="page_container" data-page="18">

<b>Cấu tạo</b>

<small>1) Đầu tip pipet</small>

<small>3) Khối gia nhiệt-A ở 80 °C4) Khối gia nhiệt-B ở 40 °C</small>

<small>10) Đối chứng dương</small> <b><small>Hình 5 Pocket Lab ( cấu tạo </small></b><small>từ trên xuống dưới, từ trái sang phải).</small>

</div><span class="text_page_counter">Trang 19</span><div class="page_container" data-page="19">

</div><span class="text_page_counter">Trang 20</span><div class="page_container" data-page="20">

<b>Phát hi n virus đ u mùa ệnh đậu mùa khỉậu mùa khỉkhỉ trên các mẫu xét nghiệm </b>

<b>bằng phương pháp qPCR</b>

</div><span class="text_page_counter">Trang 21</span><div class="page_container" data-page="21">

<b>Giới thiệu</b>

- qPCR là phương pháp được đề xuất và sử dụng ở các vùng lưu hành bệnh đậu khỉ.

- Bệnh Mpox được phát hiện dựa vào các xét nghiệm khuếch đại axit nucleic (qPCR) trên vật liệu tổn thương da, trên mẫu bệnh phẩm hầu họng, hậu môn hoặc trực tràng.

</div><span class="text_page_counter">Trang 22</span><div class="page_container" data-page="22">

<b>Vật liệu chính cần trong xét nghiệm qPCR</b>

<b><small>Mẫu DNA: được chiết xuất cục bộ tại INRB từ các tổn </small></b>

<small>thương da của bệnh nhân nhiễm MPXV. </small>

<b><small>Thiết kế mồi và đầu dò: lựa chọn mồi và mẫu dò lai đặc </small></b>

<small>hiệu MPXV dựa trên trình tự chọn lọc các bộ gen MPXV từ nhánh Trung Phi, được sử dụng làm khuôn mẫu để thiết kế các đoạn mồi và đầu dị cụ thể thơng qua Cơng nghệ DNA tích hợp và cơng cụ PrimerQuest™.</small>

</div><span class="text_page_counter">Trang 23</span><div class="page_container" data-page="23">

<b>Các đoạn mồi và đầu dò dành riêng cho virus đậu mùa khỉ </b>

<small>Các mồi và đầu dò được kiểm tra khả năng tự bổ sung và Tm tối ưu bằng chương trình trực tuyến Oligo Calc. </small>

<small>Đầu dò dành riêng cho MPXV chứa cặp thuốc nhuộm/chất khử 6-FAM/ZEN-IBFQ,có bước sóng phát xạ tối đa là 518 nm.</small>

<b><small>Bảng 2 Các đoạn mồi và đầu dò dành riêng cho Mpox</small></b>

</div><span class="text_page_counter">Trang 24</span><div class="page_container" data-page="24">

<b>Quy trình thực hiện</b>

<small>+ Sử dụng hỗn hợp phản ứng TaqMan™ Fast Virus 1-Step Master trộn với mồi thuận và mồi ngược, đầu dò và DNA mẫu. </small>

<small>+ Mỗi phản ứng qPCR được thực hiện lặp lại và được thực hiện trong các điều kiện sau: 20 giây ở 95°C và 45 chu kỳ 3 giây ở 95°C và 30 giây ở 60°C</small>

</div><span class="text_page_counter">Trang 25</span><div class="page_container" data-page="25">

<b>Thiết bị sử dụng cho phản ứng qPCR</b>

<small>Quá trình khuếch đại PCR được tiến hành trên các thiết bị Mic qPCR (Hệ thống phân tử sinh học) và hệ thống qPCR nhanh ABT 7500 (Hệ thống sinh học ứng dụng, Hoa Kỳ).</small>

<b><small>Hình 7. thiết bị Mic qPCRHình 6. ABT 7500</small></b>

</div><span class="text_page_counter">Trang 26</span><div class="page_container" data-page="26">

<b>TÀI LIỆU THAM KHẢO</b>

<small>1. Tony, W.-B., et al. (2022). "An accurate and rapid Real-time PCR approach for </small>

<i><small>human Monkeypox virus diagnosis." medRxiv: 2022.2006.2023.22276033.</small></i>

<small>2. Li, Y., et al. (2006). "Detection of monkeypox virus with real-time PCR assays." </small>

<i><small>Journal of Clinical Virology 36(3): 194-203.</small></i>

<small>3. Jia Wei, Xianying Meng, Juan Li and Bo Pang. (2022). Pocket lab for the rapid </small>

<i><small>detection of monkeypox virus, Travel Medicine and Infectious Disease, Volume 50, </small></i>

<small>102478, ISSN 1477-8939, Ying Huang, Qian Wen, Ying Xiong, Yanni Chen, Wang Li, Jiali Ren and Haiyan Zhong. (2023). Nanomaterials driven CRISPR/Cas-based biosensing strategies, </small>

<i><small>Chemical Engineering Journal, Volum 474, 145615, ISSN 1385-8947, Li, Y., et al. (2006). "Detection of monkeypox virus with real-time PCR assays." </small>

<i><small>Journal of Clinical Virology 36(3): 194-203.</small></i>

</div><span class="text_page_counter">Trang 27</span><div class="page_container" data-page="27">