Công nghệ giải mã DNA thế hệ mới dành cho mRNA ppsx

Công nghệ giải mã DNA
thế hệ mới dành cho
mRNA




Công nghệ mRNA Seq khá đơn
giản gồm 3 bước phá nhỏ mRNA
hoặc cDNA, tổng hợp cDNA từ
mRNA và gắn linker. Trật tự 3
bước này có thể đảo chỗ cho nhau
như trường hợp a, b và c.




 Công nghệ giải mã hiện giờ mỗi
một phản ứng giải trình tự gene
thường được khoảng 800 - 1000
nucleotide. Bằng cách giải mã
từng BAC clones theo hướng
short-gun thì một dự án giải mã
genome lớn như lúa hay người
mất đến vài năm.
 Các nhà khoa học đã cho ra đời
một công nghệ giải mã mới (454
của 454 Life Sciences, Solexa của

Illumina và SOLiD của ABI) có
thể cùng một lúc chạy từ vài trăm
ngàn cho đến chục triệu trình tự
trong 1 phản ứng. Tuy nhiên,
những trình tự kết quả này chỉ có
kích thước từ vài chục nucleotide
(Solexa và SOLiD) hoặc khoảng
400 nucleotide (công nghệ 454).
Các trình tự ngắn này sẽ được nối
thành một trình tự liên tục bằng
thuật toán tin sinh học. Điều này
đã mở ra một kỷ nguyên mới để
một lab sinh học phân tử trung
bình có thể giải mã một genome
của một sinh vật mới chỉ trong vài
tuần với chi phí vào khoảng vài
ngàn USD.
 Bài báo trên Nature mới đăng đã
ứng dụng công nghệ giải mã thế
hệ mới trên cho trường hợp
mRNA. Ý tưởng này có thể thay
thế công nghệ dựng ngân hàng
EST cổ điển hoặc thậm chí kỹ
thuật microarray hiện đang thịnh
hành.
 Công nghệ này gọi là mRNA-
Seq đã được thử nghiệm xây dựng
transcriptomes trên
Saccharomyces pombe
1

,
Saccharomyces cerevisiae
2
,
Arabidopsis thaliana
3
và chuột
4
,

5
. Đáng chú ý là công trình trên
S. pombe
1
đã giải mã 122 triệu
trình tự có kích thước cỡ 39bp,
những trình tự nhỏ này khi được
tổ hợp lại thì chiếm gần 5Gb
nghĩa là gấp 250 lần hệ genome
của sinh vật này.
 Công nghệ mRNA-Seq được
cho rằng có thể nhận diện gene đã
biết, khám phá gene mới, xác
định vị trí các intron
1
, khám phá
các mô hình tổ hợp mRNA
(mRNA splicing)
4
,

5
và thậm chí
có thể định lượng mRNA
3
.
Tài liệu tham khảo
1: Wilhelm, B. T. et al. Nature 453,
1239–1243 (2008).
2: Nagalakshmi, U. et al. Science
doi: 10.1126/science.1158441
(2008).
3: Lister, R. et al. Cell 133, 523–
536 (2008).
4: Mortazavi, A., Williams, B. A.,
McCue, K., Schaeffer, L. & Wold,
B. Nature Methods doi:
10.1038/nmeth.1226 (2008).
5: Cloonan, N. et al. Nature
Methods doi: 10.1038/nmeth.1223
(2008).