tiểu luận DNAstar và MEGA5 for analysis of biological sequence

Các chủ đề đã báo cáo

1. Phương pháp, kỹ thuật xác định trình tự genome thế hệ mới và lắp ráp

2. Đăng ký trình tự vào ngân hàng gene

3. Cơ sở dữ liệu protein

4. Các genome browser

5. Công cụ BLAST

6. Công cụ FASTA

7. Công cụ của ExPaSy

8. Căn trình tự

9. Xây dựng cây phân loại

10. Cơ sở dữ liệu Pubmed, cách quản lý và trích dẫn tài liệu nghiên cứu

11. DNAstar
4/4/15 tin sinh nhom11 1
TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG NGHIỆP HÀ NỘI
KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC
TIN SINH HỌC
DNAstar và MEGA5
for analysis of biological sequence
Giáo viên hướng dẫn : TS. Nguyễn Đức Bách
Nhóm sv thực hiện:

TIN SINH HỌC
DNAstar và MEGA5
for analysis of biological sequence
Giáo viên hướng dẫn : TS. Nguyễn Đức Bách
Nhóm sv thực hiện:
Họ và tên Mã sv
Hồ Thị Thương 540349
Trần Thị Huyền Trang 540353
Nguyễn Viết Tùng 540356
Nguyễn Văn Tâm 540343
Phạm Thị Kiều Nhân 540340
Trần Tiến Đạt 540324
4/4/15 2tin sinh nhom11
I. Đặt vấn đề
I. Đặt vấn đề
II. Nội dung
1.DNAstar
2.Mega5
3. Web for analysis
biological sequence
II. Nội dung
1.DNAstar
2.Mega5
3. Web for analysis
biological sequence
III. Kết luận
III. Kết luận
Mục lục
4/4/15 3tin sinh nhom11
Liệu có phần mềm nào tích hợp

được tất cả các nội dung trên.
DNAstar và Mega5
DNAstar và Mega5
4/4/15 4tin sinh nhom11
2.1 DNAstar
2.1 DNAstar
4/4/15 5tin sinh nhom11
II. Nội dung
2.1.1 DNAstar là gì?
Lịch sử sáng chế DNAstar.

Được thiết kế bởi Giáo sư Di truyền học Frederick Blattner và John Schroeder, Đại học Wisconsin,
đầu năm 1980.

Một trong những phần mềm tiên phong trong tin sinh học.
4/4/15 6tin sinh nhom11
Frederick Blattner John Schroeder
4/4/15
7tin sinh nhom11
2.1.1 DNAstar là gì?

Sản phẩm phần mềm chính là Lasergene, thường được sử dùng để lắp ráp, phân tích trình tự DNA và
protein.

Phát hành lần đầu năm 1986, và ngày càng được hoàn thiện .

Phiên bản Lasergene 9.0, phát hành tháng 4 năm 2011.
4/4/15 8tin sinh nhom11
Seqbuilder
Seqbuilder

Seqman
Editseq
Genequest
Genequest
Protean
Primerselect
Mealign
Mealign
2.1.2 Các công cụ trong DNAstar
4/4/15 9tin sinh nhom11
1. Seqbuider
Seqbuider cho biết cái gì?
Các ORF trên cả 6 khung
Các trình tự dịch mã đầy đủ
Bản đồ enzyme cắt giới hạn dưới dạng: thẳng, vòng, thu nhỏ
4/4/15 10tin sinh nhom11
4/4/15 11tin sinh nhom11
4/4/15 tin sinh nhom11 12
Genequest
Genequest
Xác định khung đọc
mở( ORF)
Xác định khung đọc
mở( ORF)
Vùng mã hóa
Vùng mã hóa
Nút cắt nối( splicing
juntion)
Nút cắt nối( splicing
juntion)

Vị trí bắt đầu và kết
thúc dịch mã
Vị trí bắt đầu và kết
thúc dịch mã
Vị trí bám của các yếu
tố phiên mã
Vị trí bám của các yếu
tố phiên mã
Vị trí cắt của en zyme
cắt giới hạn
Vị trí cắt của en zyme
cắt giới hạn
Mô hình (Pattern)
Mô hình (Pattern)
Đoạn lặp lại.
Đoạn lặp lại.
2. Genequest.
4/4/15 13tin sinh nhom11
Bắt đầu sử dụng genequest thế nào?
Nhập dữ liệu về trình tự:

Đưa trình tự trực tiếp

Thông qua các cơ sở dữ liệu
4/4/15 14tin sinh nhom11
4/4/15 15tin sinh nhom11
4/4/15 16tin sinh nhom11

sử dụng các chức năng trong genequest để phân tích trình tự
.


Title: thêm chủ đề của dữ liệu.

Ruler: thêm thước đo vào dữ liệu trình tự

Sequence: hiển thị trình tự.

Patterns – Matrix: Xác định vị trí bắt đầu , kết thúc. Các vị trí cắt nối intron, exon sử dụng mô hình
ma trận.
4/4/15 17tin sinh nhom11
Các
4/4/15 18tin sinh nhom11
Genequest cho ta biết cái gì?

Patterns - Signal— sử dụng các mô hình dựa trên cơ sở dữ liệu về các vị trí bám của yếu tố
phiên mã.

• Patterns - Type-In Pattern—sử dụng mô hình dữ liệu đặc trưng cho loài để dự đoán vị trí bám
của các yếu tố phiên mã

• Repeats - Inverted Repeats—xác định những trình tự lặp lại hoặc lặp lại

• Repeats - Dyad Repeats— Xác định những cấu trúc lặp lại và cấu trúc palindromes.

• Repeats - Direct Repeats—xác định những trình tự lặp lại trực tiếp.
4/4/15 19tin sinh nhom11
4/4/15 20tin sinh nhom11
Genequest cho ta biết cái gì?

Gene Finding - DNA Finder— Xác định vùng tương ứng với một file trình tự

DNA đặc thù của người sử dụng và hiển thị kết quả trên hai sợi.

• Gene Finding - Protein Finder—Xác định vùng có sự dịch mã tương ứng với một
file trình tự protein. Hiển thị kết hợp kết quả trên 6 khung.
4/4/15 21tin sinh nhom11
Genequest cho ta biết cái gì?
Enzymes - Restriction Map— Tạo một bản đồ enzyme cắt giới hạn sử dụng bất cứ enzyme cắt
giới hạn nào từ danh sách các enzyme trong DNAstar
4/4/15 tin sinh nhom11 22
•
Coding Prediction - Borodovsky— Sử dụng phương pháp Borodovsky’s Markov để
xác định vùng mã hóa.
Dự đoán vùng mã hóa
4/4/15 23tin sinh nhom11
Coding Prediction - Starts Stops ORFs—Định vị và tính tổng số khung đọc mở dài hơn
một chiều dài tối thiểu mà người dùng đặt.
4/4/15 tin sinh nhom11 24
3.Protean

Protean cung cấp cho chúng ta những gì???

Thông tin cơ bản về chuỗi protein:số lượng các a.a,khối lượng phân tử, điểm đẳng điện…

Đặc điểm cấu trúc không gian: vùng xoắn alpha,gấp beta,cácvùng tự do và các vùng kỵ nước,ưa nước…

Đưa ra mô hình dự đoán thủy phân của các protease
4/4/15 25tin sinh nhom11