bài tiểu luận NCBI và một số ứng dụng

Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn
Bài tiểu luận:

NCBI VÀ MỘT SỐ ỨNG DỤNG

Người hướng dẫn: PGS.TS Chu Hoàng Mậu
NCS: Nguyễn Thị Thu Ngà

Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn
Chào mừng bạn đến NCBI
Trung tâm Quốc gia Thông tin Công nghệ
sinh học tiến bộ khoa học và sức khỏe
bằng cách cung cấp truy cập vào thông tin
y sinh học và di truyền.
Giới thiệu về các NCBI |
Sứ mệnh |
Tổ chức |
Nghiên cứu |
RSS Feeds

Bắt đầu
Công cụ : Phân tích dữ liệu bằng cách sử
dụng phần mềm NCBI
Downloads : NCBI dữ liệu hoặc phần mềm
Làm thế nào-Để : Tìm hiểu làm thế nào để
hoàn thành nhiệm vụ cụ thể tại NCBI
Bao gồm cả những phản hồi và những đề
nghị, gợi ý : Gửi dữ liệu GenBank hoặc cơ
sở dữ liệu NCBI

NCBI Trang chủ

Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn
Sơ đồ trang web
Một B C D E F G H I J L M N O P R S T U V
Các mục in đậm.
A
Amino acid Explorer
ASN.1 Định dạng Tóm tắt
Hội Lưu Trữ
B
Sắp Công cụ Tìm kiếm địa phương cơ bản
(BLAST )
Hàng loạt Entrez
Sinh thử nghiệm dịch vụ
BioProject (trước đây là Genome Project)
BioProject thông tin
BioSample
Biosystems
BLAST (Stand-alone)
Liên kết BLAST (nhấp nháy)
BLAST vi khuẩn Genome
BLAST RefSeqGene
Hướng dẫn BLAST

Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn
Cơ sở dữ liệu
BioProject (trước đây là Genome Project)
Một bộ sưu tập gen, gen chức năng,
nghiên cứu di truyền học và các liên kết
để tập hợp dữ liệu kết quả. Tài liệu này
mô tả phương pháp để lấy các bộ dữ

liệu thường rất khó để tìm thấy do chú
thích không phù hợp, kiểu dữ liệu đa
dạng thường được lưu trữ trong cơ sở
dữ liệu khác nhau.
BioSample
BioSample cơ sở dữ liệu chứa các mô
tả về nguồn nguyên liệu sinh học được
sử dụng trong các xét nghiệm thử
nghiệm.
Biosystems
Cơ sở dữ liệu các nhóm y sinh học, các
phân tử nhỏ, và dữ liệu trình tự trong
các mối quan hệ sinh học.
Kệ sách
Một bộ sưu tập các sách y sinh học có
thể được tìm kiếm trực tiếp hoặc từ các
dữ liệu liên kết trong cơ sở dữ liệu
NCBI khác. tài nguyên di truyền như
GeneReviews, và các hướng dẫn sử
dụng giúp NCBI.
Ung thư nhiễm sắc thể
Biên soạn các dữ liệu từ ba nguồn: SKY
NCI / NCBI / M-FISH và CGH Cơ sở dữ
liệu, NCI Mitelman Cơ sở dữ liệu sai
lệch nhiễm sắc thể trong ung thư, và
các quang sai NCI tái phát trong ung
thư. Giao diện hỗ trợ tìm kiếm thông
qua di truyền tế bào, lâm sàng, và /
hoặc thông tin tham khảo.

Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn
Dữ liệu và phần mềm
Cơ sở dữ liệu
NCBI C + + Toolkit Hướng dẫn sử
dụng
Một hướng dẫn toàn diện về
các NCBI C + + bộ công cụ, C
+ + thư viện tham khảo, ví dụ
phần mềm và trình diễn, câu
hỏi thường gặp. Hướng dẫn
sử dụng là tìm kiếm trực tuyến
và có thể được tải về như các
tài liệu PDF.
NCBI Trang Web Search
Một cơ sở dữ liệu của các
trang web tĩnh NCBI, tài liệu,
và các công cụ trực tuyến.
Những trang này bao gồm nội
dung như công cụ phân tích
chuyên ngành trực tuyến trình
tự. Tìm kiếm cơ sở dữ liệu này
là tương đương với một công
cụ tìm kiếm trang web cho
toàn bộ trang web của NCBI,
ngoại trừ các thư mục.
Tải
BLAST (Stand-alone)
Cơ sở dữ liệu định dạng trước
cho protein BLAST, nucleotide,
và tìm kiếm dịch cũng có sẵn

để tải về theo db thư mục con.

Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn

Cơ sở dữ liệu
Kệ sách
Một bộ sưu tập các sách y sinh học có thể
được tìm kiếm trực tiếp hoặc từ các dữ liệu
liên kết trong cơ sở dữ liệu NCBI khác. Bộ sưu
tập bao gồm sách giáo khoa y sinh học, tài
nguyên di truyền như GeneReviews, và các
hướng dẫn sử dụng giúp NCBI.
GeneReviews
mô tả bệnh, Bookshelf NCBI áp dụng thử
nghiệm di truyền để chẩn đoán, quản lý, và tư
vấn di truyền của bệnh nhân và gia đình với
điều kiện kế thừa.
Các tạp chí trong cơ sở dữ liệu NCBI
Tập hợp con của cơ sở dữ liệu Danh mục NLM
cung cấp thông tin trên các tạp chí được tham
chiếu trong hồ sơ cơ sở dữ liệu NCBI, bao
gồm tóm tắt PubMed. Tập hợp con này có thể
được tìm kiếm bằng cách sử dụng tên tạp chí,
MEDLINE hoặc viết tắt ISO, ISSN, hoặc ID
Danh mục NLM.

Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn
Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn
SO SÁNH GENEBANK
Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn

SO SÁNH GENEBANK

Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn
Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn
Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn
Cơ Sở Dữ Liệu PubMed
Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn

Cơ Sở Dữ Liệu PubMed





• Thuộc thẩm quyền của Thư viện Y Khoa và Viện Nghiên
Cứu Sức Khỏe Quốc gia Hoa Kỳ.

• Chứa hơn 20 triệu bài trích dẫn từ các tạp chí thuộc lĩnh
vực Y khoa & khoa học Sự Sống, và sách điện tử.

• Có thể liên kết trực tiếp đến bài viết toàn văn từ nhiều
nhà xuất bản và các trang web khác nhau.
Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn
Tìm kiếm cơ bản

Để mở rộng kết quả:
• Sử dụng các từ đồng nghĩa:
H1N1 = influenza A, swine flu
Management = control, prevention

• Sử dụng các từ chặt cụt (truncation)
Management = manag*

• Gõ từ khóa, chủ đề
vào ô search
• Sử dụng AND, OR,
NOT (luôn để ở
dạng in hoa) để nối
các từ khóa
Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn
Trang Kết Quả
Tổng số bài
toàn văn
miễn phí
Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn
Chọn xem bài toàn văn
Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn
Xem bài toàn văn
Xem tóm tắt
Click vào logo của NXB
để xem toàn văn
Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn
Giới hạn kết quả (Limits)
• Chọn tab Limits
• Chức năng này sẽ giới hạn kết quả
theo:
- bài toàn văn
- năm xuất bản tạp chí
- ngôn ngữ
- loại bài báo, loại nghiên cứu…

Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn
Giới hạn kết quả
Chọn t.gian
xuất bản
Nghiên cứu
về con người
Chọn nhóm
tạp chí
Chọn liên kết
bài tóm tắt / toàn văn
Giới hạn
ngôn ngữ
Giới hạn
giới tính
Giới hạn
nhóm tuổi
Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn
Tìm kiếm nâng Cao
• Cho phép tìm theo trường cụ thể (a specific field), sử
dụng chức năng Search Builder
• Chọn trường tìm kiếm (field)
• Gõ thuật ngữ/từ khóa
• Chọn AND, OR, NOT để nối các thuật ngữ/từ khóa lại
với nhau
• Bấm chọn nút Search để thực hiện phép tìm




Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn

Kết quả
Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn
Tải bài toàn văn
Liên kết toàn văn
Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn
Sent to…
Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn
Sent to…
• File: danh mục kết quả được tải xuống và lưu
lại thành một file Notepad
• Collections: lưu các file đã chọn vào bộ sưu tập
trong My NCBI (Folder cá nhân trong Pubmed)
• Clipboard: lưu tạm thời các thư mục đã chọn
• Email: gởi các file thư mục đã chọn qua email
Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn
My NCBI

My NCBI là gì?
Là một công cụ cho phép người sử dụng lưu
các phép tìm kiếm, tự động cập nhật thông tin,
gởi e-mail kết quả tìm được từ lần tìm đã lưu.
Bấm vào liên
kết này đăng ký
dịch vụ NCBI