Hướng dẫn một số thao tác trên các phần mềm NTSYSpc 2.1

HƯỚNG DẪN MỘT SỐ THAO TÁC TRÊN CÁC PHẦN MỀM
NTSYSpc 2.1, WINBOOT VÀ MEGA 6.0

1. Phần mềm NTSYSpc 2.1
a. So sánh tương đồng
- Mở phần mềm NTSYSpc 2.1  chọn Similarity  chọn Qualitative data  Input file
(Data1.xls)  Output file (đặt tên file Data1.NTS)  Compute
b. Vẽ sơ đồ nhánh
- Chọn Clustering  chọn SAHN  Input file (Data1.NTS)  Output file (đặt tên
Data1b.NTS)  Compute
- Có 2 cách:
•

Chọn biểu tượng Plot tree ở góc dưới bên trái để hiển thị hình vẽ

•

Chọn Graphics  Chọn Tree plot  Input file (Data1b.NTS)  Compute

2. Phần mềm Winboot
a. Tạo file dạng .dat
- Mở file Data2.xls  chọn Save as  lưu file dưới dạng Text (Tab delimited)
- Đến thư mục đã lưu file, chuyển Data2.txt thành Data2.dat
b. Chỉ số bootstrap
- Mở phần mềm Winboot  Input file format chọn Tab  Browse  File name chọn Data2.dat
 Ok  Coefficient chọn Dice  Samples chọn 2000  Compute

3. Phần mềm Mega 6.0
a. So sánh trình tự
- Align  Edit/Build Alignment  Ok  DNA  Edit  Insert Sequence From File  chọn
file text chứa các trình tự định dạng FASTA  Đánh dấu các trình tự muốn so sánh (hoặc Ctrl

A để chọn tất cả trình tự)  Alignment  Align by ClustalW  Ok  Save file  thoát


b. Xây dựng cây phả hệ
- File  Open A File/Session...  chọn file đã save  Analysis  Phylogeny 
Construct/Test Maximum Likelihood Tree  Yes  Compute
4. Vẽ giản đồ phả hệ bằng ClustalX 1.81
Mở phần mềm ClustalX  chèn trình đầu tiên vào thì chọn Load sequences, khi chèn nhiều trình
tự vào chương trình thì bắt đầu từ trình tự thứ 2 phải chọn Append Sequence
Tab Alignment  Do Complete Alignment  Align
5. Phần mềm BioPro
Nhập số cột (Samples) và số hàng (Species) tương ứng với số mẫu và số mẫu band trong thí
nghiệm  Dán bảng hệ nhị phân vào vị trí này
Menu Tools  chọn Options  Cluster analysis
Show Distance và Show Similarities  Show Distance  Distance Equation theo Jacard  Ok
Trở lại  menu Multivariate  Cluster Analysis
Chỉ số bootstrap: là tần số xuất hiện của một nhóm (cluster) trên sô lần giản đồ được thiết lập.
Đơn vị tính là % (phần trăm). Theo Felsenstein (1985) bootstrap là một công cụ hỗ trợ cho việc
xây dựng cây phát sinh loài. Chỉ số bootstrap nói lên độ tin cậy của sự gần gũi các thành viên của
nhóm của cây phả hệ.