Tin sinh học đại cương

TRƯỜNG ĐẠI HỌC NHA TRANG
VIỆN CÔNG NGHỆ SINH HỌC VÀ MÔI TRƯỜNG


BÁO CÁO THỰC TẬP
ỨNG DỤNG TIN HỌC TRONG SINH HỌC
SVTT: Nguyễn Thị Trang
MSSV: 54131562
Lớp: 54CNSH
GVHD: Lê Phương Chung

Nha Trang, tháng 5 năm
20151


Mục lục
Bài 1: khai thác cơ sở dữ liệu trên mạng Internet.............................................3
Bài 2: đệ trình trình tự lên cơ sở dữ liệu...........................................................26
Bài 3: thiết kế primer cho PCR và thiết lập bản đồ enzyme cắt giới hạn..........33
Bài 4: Thao tác với trình tự DNA thô................................................................37
Bài 5: Xây dựng cây phân loại..........................................................................44
Bài 6: Hiển thị cấu trúc protein.........................................................................51
Bài 7: Tách dòng gen mã hóa cho amylase.......................................................53

2


THỰC TẬP
ỨNG DỤNG TIN HỌC TRONG SINH HỌC
Bài 1: Khai thác cơ sở dữ liệu trên mạng Internet
1. Yêu cầu: Nắm được những công cụ chính trong cơ sở dữ liệu NCBI như tìm kiếm phần

mềm tin sinh, tìm kiếm sách báo, tìm kiếm trình tự, tìm kiếm cấu trúc protein…Từ đó,
liên hệ đến những công cụ tương tự trên các cơ sở dữ liệu khác như EMBL, DDBJ…
2. Nội dung thực hành:
a. Tìm kiếm các bài báo, các công trình đã công bố trên cơ sở dữ liệu (NCBI, EMBL,
DDBJ, Nature.com, Sciencedirect.com…) liên quan “bioactive compound”, “bioactive
compound in marine”
 Có bao nhiêu kết quả?
+) “Bioactive compound”
CSDL

NCBI

EMBL

DDBJ

Kết quả

223

744

2

NCBI

3


EMBL

DDBJ

+) “Bioactive compound in marine”
Tên CSDL

NCBI

EMBL

DDBJ

Kết quả

72

173

0

NCBI

4


EMBL

DDBJ

 Chọn 1 kết quả, tải về và phân tích nội dung?

+) NCBI: - Tên bài báo, phiên bản thứ bao nhiêu
-Tên tác giả gửi lên, email, số điện thoại và faxt của người gửi
-Cộng sự và tên của sở, bộ, công ty nơi nghiên cứu về chủ đề của bài báo
- Ngày gửi lên, ngày được chấp nhận và ngày xuất bản của bài báo
- Từ khóa tìm kiếm bài báo
- Nội dung bài báo theo các mục: giới thiệu, kết quả và thảo luận, nghiệm mục,
kết luận
- Lời cảm ơn của tác giả, thông tin bổ sung, tác giả đóng góp, xung đột lợi ích
- Tài liệu tham khảo
+) EMBL: - Tên bài báo, phiên bản thứ bao nhiêu
5


-Tên tác giả gửi lên, cộng sự
- Ngày gửi lên, ngày được chấp nhận và ngày xuất bản của bài báo
- Từ khóa tìm kiếm bài báo
- Nội dung bài báo theo các mục: giới thiệu, kết quả và thảo luận, kết luận
- Lời cảm ơn của tác giả
- Tài liệu tham khảo
+) DDBJ: bài báo không tải được, do liên kết với google chứ không có trong cơ sở
dữ liệu


So sánh kết quả khi tìm kiếm trên các CSDL?
+) NCBI: kết quả ít hơn nhưng kết quả đã được chọn lọc thành các bài báo có thể tải
miễn phí
+) EMBL: kết quả nhiều hơn nhưng kết quả mới chỉ được chọn lọc dưới dạng bài báo,
có cả bài báo tải được, bài báo tải mất phí và cả bài báo chỉ cho đọc chứ không cho tải
+) DDBJ: kết quả ít nhất mà lại liên kết với google nên nhiều lúc không đọc được bài
báo và thậm chí không có kết quả hiện thị cho bài báo

b. Tìm kiếm trình tự gene virus “H5N1”


Có bao nhiêu kết quả?
CSDL

NCBI

EMBL

DDBJ

Kết quả

28244

62213

30

6




Chọn một kết quả và phân tích nội dung?

+) NCBI: Tên locus, độ dài trình tự, trình tự, tác giả, sinh vật, trình tự, đoạn trình tự có nghĩa

7


+) EMBL: Tên locus, độ dài trình tự, trình tự, tác giả, sinh vật, trình tự, đoạn trình tự có nghĩa

8


+) DDBJ: tên locus, độ dài trình tự, tên tác giả, trình tự, tên sinh vật

9


c.

Tìm kiếm trình tự 16S của “Streptomyces”


Có bao nhiêu kết quả tìm được?
220029 kết quả tìm được ( trên NCBI )



Chọn 10 kết quả có trình tự lớn hơn 800bp để sử dụng cho các phân tích tiếp theo
(Lưu file .txt)

d. Tìm kiếm và download một sách tham khảo chuyên ngành trên CSDL mà anh chị yêu thích?
Ví dụ: tìm sách có tựa đề là biochemistry

10

- Bước 1: mở trang cơ sở dữ liệu NCBI, chọn trường tìm kiếm Books, sau đó gõ tên sách cần
download vào ô tìm kiếm như hình dưới

trường
tìm kiếm

Click vào Search, kết quả là có 1037 bộ sách được tìm thấy

- Bước 2: click chuột vào 1 bộ sách muốn tải, ta sẽ thấy danh mục các sách được tìm thấy
trong bộ sách mà mình chọn

11


- Bước 3: click vào 1 sách cần tải, sau đó click chuột vào biểu tượng tùy chọn như hình, rồi
click chuột vào PDF để download

3. Thực hành và báo cáo kết quả?
a. Cách tìm kiếm bài báo “bioactive compound” và download 1 bài báo
 Trên NCBI
- Bước 1: mở trang cở sở dữ liệu NCBI

- Bước 2: chọn trường tìm kiếm PubMed, và nhập tên bài báo cần tìm kiếm bioactive
compound ( chú ý tên bài báo phải để trong dấu “ ” ), click chuột vào searchkết quả là 743

12

- Bước 3: click chuột chọn bộ lọc tìm kiếm là Free full text  kết quả là 223 bài báo được
tìm thấy

- Bước 4: Click chuột vào 1 bài báo cần tải, sau đó click chuột vào links dẫn đến bài báo

- Bước 5: click chuột vào PDF sau đó tải bình thường

13


• Trên EMBL
- Bước 1: mở trang cơ sở dữ liệu EMBL và gõ tên bài báo cần tìm kiếm “bioactive
compound” ( chú ý tên bài báo phải để trong dấu “ ” )

- Bước 2: chọn bộ lọc tìm kiếm là literature sau đó chọn tiếp bộ lọc tiếp là MEDLINE

- Kết quả là được 744 bài báo được tìm thấy

14


- Bước 3: click vào 1 bài báo muốn tải sau đó click chuột vào Full text

- Và cuối cùng là click chuột vào biểu tượng download PDF để tải

• Trên DDBJ
- Mở trang cơ sở dữ liệu DDBJ sau đó gõ tên bài báo cần tìm kiếm “bioactive compound”
vào ô search (chú ý tên bài báo phải để trong dấu “ ” )
15

- Kết quả là 2

b.

Cách tìm kiếm trình tự gene virus “H5N1” và tải trình tự

• NCBI
- Mở trang cơ sở dữ liệu NCBI, Chọn trường tìm kiếm là nucleotide và gõ tên trình tự
gene virus H5N1 vào ô tìm kiếm, sau đó click chuột vào search

16


-

-

Kết quả là 28244 trình tự được tìm thấy

Click chuột vào 1 kết quả để xem

17


-

Click chuột vào FASTA để xem trình tự của đoạn
gen

18


-

Để download trình tự ta click chuột vào send, trong menu này ta chọn

completebrecord và file sau đó click chuột vào create file để tải trình tự xuống

• EMBL
- Mở trang EMBL, gõ trình tự cần tìm kiếm là H5N1 vào ô tìm kiếm

19


-

Chọn bộ lọc tìm kiếm là nucleotide sequences

-

Kết quả là 62213 trình tự được tìm thấy

20


-

Chọn 1 kết quả để xem: chọn TEXT trong view để xem hoặc trong download để tải
toàn bộ thông tin vể trình tự; chọn FASTA trong view để xem hoặc trong download

để tải trình tự mình đang tìm kiếm

21


• DDBJ
22


-

Mở trang cơ sở dữ liệu DDBJ lên và click chuột vào search/analysis

-

Gõ tên trình tự cần tìm kiếm H5N1 vào ô search

-

Kết quả được liên kết với Googleclick chuột mở kết quả

-

Click chuột vào search condition, sau đó nhập tên trình tự cần tìm là H5N1 vào ô
quick search, rồi click chuột vào search
23


- Kết quả là 30 trình tự được tìm thấy, click chuột vào download để tải trình tự

c. Tìm kiếm trình tự 16S của “Streptomyces”
•
-

NCBI
Mở trang cơ sở dữ liệu NCBI, chọn trường tìm kiếm nucleotide, sau đó gõ tên trình
tự cần tìm kiếm là 16S Streptomyces vào ô tìm kiếmsearch

24


-

Kết quả là có 220029 trình tự được tìm thấy

-

Để lấy 10 trình tự trên 800bp ta click chuột vào sequence length, trong ô custom
range gõ độ dài trình tự từ 800 đến 9999 ( do mình chỉ lấy 10 trình tự nên chọn đến
9999 là được rồi)

25