Mối quan hệ di truyền của một số quần thể chim Yến sào (giống Aerodramus) ở Việt Nam

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO

VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM

VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT

NGUYỄN GIANG SƠN
MỐI QUAN HỆ DI TRUYỀN CỦA MỘT SỐ QUẦN THỂ CHIM
YẾN SÀO (GIỐNG AERODRAMUS) Ở VIỆT NAM

LUẬN VĂN THẠC SỸ SINH HỌC

Hà Nội - 2010

Số hóa bởi Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên




BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO

VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM

VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT

NGUYỄN GIANG SƠN
MỐI QUAN HỆ DI TRUYỀN CỦA MỘT SỐ QUẦN THỂ
CHIM YẾN SÀO (GIỐNG AERODRAMUS) Ở VIỆT NAM

Chuyên ngành: Động vật học
Mã số: 60 42 10

LUẬN VĂN THẠC SỸ SINH HỌC

NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: TS. ĐẶNG TẤT THẾ

Hà Nội - 2010

Số hóa bởi Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên




i

Lời cam đoan
Đề tài nghiên cứu của tôi về “Mối quan hệ di truyền của một số quần
thể chim yến sào (giống Aerodramus) ở Việt Nam” do chính tôi thực hiện,
chưa từng được công bố trong bất kì công trình nào khác.
Hà Nội, ngày 19 tháng 12 năm 2010
Người thực hiện

Nguyễn Giang Sơn

Số hóa bởi Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên




ii

Lời cảm ơn
Đề tài nghiên cứu của tôi được thực hiện tại Phòng Hệ thống học phân
tử và Di truyền bảo tồn, Viện Sinh thái và Tài nguyên sinh vật. Qua đây, tôi
xin gửi lời cảm ơn chân thành tới ban lãnh đạo Viện đã tạo điều kiện để các
công việc chuyên môn của đề tài được tiến hành thuận lợi.
Khi thực hiện đề tài, tôi đã nhận được sự động viên và giúp đỡ nhiệt
tình của các thầy cô, bạn bè và đồng nghiệp. Sự ủng hộ về mặt tinh thần và
những chỉ dẫn, góp ý, chia sẻ kinh nghiệm, tài liệu vô cùng quý báu này khiến
tôi thực sự cảm kích, biết ơn.
Đặc biệt, tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới NCVC. TS. Đặng Tất
Thế, người thầy đã tận tình hướng dẫn tôi trong quá trình hoàn thiện luận
văn. Tôi vô cùng biết ơn ThS. Phạm Đỗ Loan, người đã luôn quan tâm giúp
đỡ tôi cả trong công tác và học tập.
Cuối cùng, tôi cảm ơn gia đình, những người thân đã luôn bên tôi, là
hậu phương, là động lực để tôi vượt qua khó khăn.

Hà Nội, ngày 19 tháng 12 năm 2010
Học viên

Nguyễn Giang Sơn

Số hóa bởi Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên




iii

MỤC LỤC
Danh mục các ký hiệu, chữ viết tắt ................................................................ v

Danh mục các bảng ....................................................................................... vi
Danh mục các hình....................................................................................... vii
MỞ ĐẦU .......................................................................................................... 1
PHẦN I: TỔNG QUAN TÀI LIỆU ............................................................... 3
1.1. Các nghiên cứu về chim yến ................................................................... 3
1.1.1. Khái quát về phân loại học .................................................................. 3
1.1.2. Các vấn đề trong phân loại chim yến sào ............................................ 4
a. Tình hình nghiên cứu ngoài nước ........................................................... 4
b. Tình hình nghiên cứu trong nước ......................................................... 11
1.2. Cách tiếp cận và thiết kế nghiên cứu .................................................... 14
1.2.1. Ứng dụng kỹ thuật phân tử DNA trong nghiên cứu hệ thống học .... 14
1.2.2. Sử dụng hệ gen ty thể trong nghiên cứu hệ thống học ...................... 16
PHẦN II: NGUYÊN LIỆU, NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN
CỨU ................................................................................................................ 19
2.1. Nguyên liệu ........................................................................................... 19
2.1.1. Mẫu vật nghiên cứu ........................................................................... 19
2.2.2. Các trình tự gen sử dụng trong nghiên cứu ....................................... 20
2.2.3. Một số hóa chất, vật tư sử dụng trong nghiên cứu ............................ 21
2.2.4. Một số thiết bị sử dụng trong nghiên cứu .......................................... 21
2.2. Nội dung và phương pháp nghiên cứu .................................................. 23
2.2.1. Thiết kế nghiên cứu ........................................................................... 23
2.2.2. Lựa chọn locus, thiết kế mồi và điều kiện thí nghiệm ....................... 24

Số hóa bởi Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên




iv
2.2.3. Phân tích kết quả ................................................................................ 27

PHẦN III: KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN ...................................................... 29
3.1. Nhân bản vùng gen đích bằng PCR ...................................................... 29
3.2. Giải trình tự đoạn gen đích từ các mẫu nghiên cứu .............................. 30
3.3. Mô hình phân tích ................................................................................. 48
3.4. Mối quan hệ di truyền giữa các quần thể .............................................. 49
3.4.1. Đánh giá sự đa dạng di truyền ........................................................... 49
a. Sự đa dạng di truyền giữa các quần thể chim yến đảo ......................... 52
b. Sự đa dạng di truyền giữa các quần thể chim yến nhà ......................... 53
3.4.2. Sự phân hóa của các quần thể ............................................................ 53
3.4.3. Tổng hợp về quan hệ phát sinh chủng loại ........................................ 57
3.4.4. Vị trí phân loại của các nhóm chim yến đảo và chim yến nhà .......... 62
3.4.5. Mối quan hệ di truyền giữa các phân loài chim yến tổ trắng ............ 63
KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ ...................................................................... 71
TÀI LIỆU THAM KHẢO ............................................................................ 73

Số hóa bởi Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên




v
Danh mục các ký hiệu, chữ viết tắt
BLAST:

Basic Local Alignment Search Tool

BI:

Bayesian Inference

bp:

base pair

ctgk:

các tác giả khác

DNA:

Deoxyribo Nucleotide Acid

EDTA:

Ethylene Diamine Tetraacetic Acid

ME:

Minimum Evolution

ML:

Maximum Likelihood

MP:

Maximum Parsimony

mtDNA:

mitochondrion DNA

NJ:

Neighbor Joining

OD260(280):

Optical Density at 260nm (280nm)

PCR :

Polymerase Chain Reaction

RAPD:

Random Amplified Polymorphic DNA

RFLP:

Restriction Fragment Length Polymorphism

Số hóa bởi Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên




vi
Danh mục các bảng
Bảng 2.1. Danh sách mẫu vật nghiên cứu ....................................................... 20

Bảng 2.2. Các trình tự gen tham khảo............................................................. 20
Bảng 2.3. Thành phần PCR ............................................................................. 25
Bảng 2.4. Chu trình PCR................................................................................. 25
Bảng 2.5. Thành phần phản ứng giải trình tự ................................................. 26
Bảng 2.6. Chu trình phản ứng giải trình tự ..................................................... 26
Bảng 3.1. So sánh trình tự nucleotide ............................................................. 30
Bảng 3.2. Thành phần nucleotide các mẫu chim yến đảo............................... 42
Bảng 3.3. Thành phần nucleotide các mẫu chim yến nhà............................... 43
Bảng 3.4. So sánh trình tự amino axit ............................................................. 44
Bảng 3.5. Những khác biệt trình tự nucleotide giữa chim yến đảo và chim yến
nhà ................................................................................................................... 60

Số hóa bởi Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên




vii
Danh mục các hình
Hình 1.1. Bản đồ phân bố của các loài trong giống Aerodramus ..................... 4
Hình 1.2. Cấu trúc gen ty thể của động vật có xương sống ............................ 17
Hình 2.1. Địa điểm thu mẫu ............................................................................ 19
Hình 2.2. Sơ đồ nghiên cứu............................................................................. 23
Hình 3.1. Ảnh điện di sản phẩm PCR ............................................................. 29
Hình 3.2. Ma trận khoảng cách di truyền giữa các trình tự nghiên cứu ......... 51
Hình 3.3. Cây phát sinh chủng loại ME .......................................................... 54
Hình 3.4. Cây phát sinh chủng loại MP .......................................................... 55
Hình 3.5. Cây phát sinh chủng loại ML .......................................................... 58
Hình 3.6. Ma trận khoảng cách di truyền giữa các trình tự của các phân loài
chim yến tổ trắng ............................................................................................. 65

Hình 3.7. Cây phát sinh các phân loài chim yến tổ trắng A. fuciphagus ........ 67

Số hóa bởi Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên




1

MỞ ĐẦU
Hiện nay, chim yến là đối tượng được quan tâm đặc biệt bởi nguồn lợi
yến sào. Các đảo, hang yến, nhà yến là địa điểm hấp dẫn du lịch. Bên cạnh đó,
chim yến còn là thiên địch của nhiều loài côn trùng gây hại như rầy nâu,
mối… Nuôi yến vừa trực tiếp mang lại giá trị kinh tế vừa giúp bảo vệ mùa
màng, giữ cân bằng sinh thái.
Chim yến cho tổ có giá trị bao gồm một số loài và phân loài, phân bố
trên nhiều vùng lãnh thổ khá rộng trên thế giới, trong đó Đông Nam Á là một
trong những khu vực cư trú của các quần thể chim yến sào với số lượng lớn.
Chim yến sào cư trú ở Việt Nam đã có lịch sử lâu đời, chúng làm tổ tập đoàn
trong các hang động tự nhiên trên các đảo ven biển. Tổ của chim yến được
định giá rất cao trên thị trường. Nhu cầu tiêu thụ lớn đã đặt áp lực lên các
quần thể tự nhiên. Một số quần thể bị khai thác quá mức đã dẫn đến suy giảm
số lượng.
Thời gian gần đây, xuất hiện nhiều đàn chim yến sào vào làm tổ trong
các công trình xây dựng, trong đất liền. Đây là cơ hội phát triển kinh tế tại các
địa phương. Tuy nhiên, vấn đề bảo tồn lưu giữ nguồn gen quý của loài cũng
trở nên cấp thiết bởi thông tin phân loại và nguồn gốc của các quần thể hiện
còn chưa rõ ràng.
Trong khi các phương pháp phân loại truyền thống dựa trên các đặc
điểm hình thái thường khó khăn khi phân biệt những loài đồng hình và tiếp

cận các thông tin phân loại dưới loài thì phân tích di truyền lại rất hiệu quả
trong việc tìm hiểu các đặc điểm phân biệt giữa các quần thể.

Số hóa bởi Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên




data error !!! can't not
read....


data error !!! can't not
read....


data error !!! can't not
read....


data error !!! can't not
read....


data error !!! can't not
read....



data error !!! can't not

read....


data error !!! can't not
read....


data error !!! can't not
read....


data error !!! can't not
read....


data error !!! can't not
read....


data error !!! can't not
read....

data error !!! can't not
read....


data error !!! can't not
read....

data error !!! can't not

read....


data error !!! can't not
read....

data error !!! can't not
read....