Đề cương cuối kỳ môn tin sinh học

Câu 1: Quá trình nghiên cứu và phát triển thuốc.
-

Quá trình nghiên cứu phát triển thuốc hiện đại:

Lựa chọn
bệnh

Xác định
mục tiêu
phân tử

Xác định và tối ưu hóa chất
dẫn đường (leads)
Nghiên cứu SAR của leads
Xác định pharmacophore

Nghiên cứu
chuyển hóa

Thử tiền lâm sàng

-

Lưu hành
Đăng ký
Thử lâm sàng
Nghiên cứu bào chế
Quá trình nghiên cứu phát triển thuốc truyền thống: bỏ bước xác định mục tiêu phân tử

Câu 2: Vai trò của môn hóa tin và sinh tin.

-

-

Hóa tin học (hóa học tính toán) là việc sử dụng các kỹ thuật máy tính ứng dụng trong
lĩnh vực hóa học. Hóa tin học kết hợp các lĩnh vực khoa học: hóa học, máy tính và công
nghệ thông tin trong các lĩnh vực cấu trúc tô pô, lý thuyết đồ thị hóa học, tìm kiếm thông
tin và khai thác dữ liệu trong không gian hóa học; hay mô hình hóa phân tử (molecular
modeling), tìm kiếm và mã hóa cấu trúc hóa học, trực quan hóa thông tin hóa học
(chemical data visualization)…
Tin sinh học (sinh học tính toán): là một lĩnh vực khoa học sử dụng các công nghệ của
các ngành toán học ứng dụng, tin học, thống kê, khoa học máy tính, trí tuệ nhân tạo, hóa
học và hóa sinh để giải quyết các vấn đề sinh học. Tin sinh học nghiên cứu về hệ gene
học (genomics) (Phân tích trình tự, chỉ định Genome, dò tìm đột biến và SNP); Sinh học
tiến hoá (phân loại học phân tử…), Phân tích chức năng gene; Các hệ thống sinh học kiểu
mẫu…

Câu 3: Đích tác dụng và cơ chế của thuốc trên các đích.
-

-

Đích tác dụng của thuốc (mục tiêu phân tử):
Đích tác dụng là 1 tổ chức tế bào hoặc phân tử liên quan đến quá trình bệnh sinh là nơi
mà thuốc sẽ tác dụng vào để biến đổi quá trình bệnh sinh.
Đích có thể là thụ thể, enzyme, acid nucleic hay các protein khác nhau. Thu chọn các
mục tiêu phân tử có tính đặc hiệu và chọn lọc cao.
Cơ chế của thuốc trên các đích:
Đích
Cơ chế tác dụng

Receptor(đại phân tử): R+E;R+kênh vận Các chất chủ vận (chủ vận, chủ vận từng
chuyển; R+protein; R nhân
phẩn) hoặc các chất đối vận.
Enzyme
Ức chế (thuận nghịch và không thuận
nghịch), Cơ chất giả, tiền thuốc


Các kênh ion
DNA

Đóng và mở kênh
Alkyl hóa, xen lớp, cơ chất giả

Câu 4: Khái niệm về sàng lọc ảo; các kỹ thuật sàng lọc ảo và phân biệt các kỹ thuật sàng
lọc ảo, nắm được trong tình huống nào thì sử dụng chương trình sàng lọc ảo.
-

-

Khái niệm:
Sàng lọc ảo (virtual screening): Sàng lọc ảo đề cập đến một loạt các kỹ thuật in silico
được sử dụng để sàng lọc các CSDL hợp chất lớn để lựa chọn một số lượng nhỏ hơn để
thử nghiệm sinh học.
Các kỹ thuật sàng lọc ảo:
 Sàng lọc ảo dựa trên phối tử:
 Không cấu trúc 3D protein, không cấu trúc phối tử (ligand)
• Thư viện liên kết
• Sàng lọc định lượng cao (HTS)
• Sàng lọc ảo bằng filters/quy tắc

 Không cấu trúc 3D protein, cấu trúc phối tử (ligand)
• Xây dựng phần cấu trúc mang dược tính
• Tìm kiếm đồng dạng
 Sàng lọc ảo dựa trên cấu trúc:
 Cấu trúc 3D protein, không cấu trúc phối tử (ligand)
Thiết kế tại chỗ. Xây dựng cấu trúc phân tử chưa đc tổng hợp từ trước.
 Cấu trúc 3D protein, cấu trúc phối tử (ligand)
Docking.

Câu 5: Các cách biểu diễn hợp chất hóa học. Trình bày được một số cách chuyển đổi cấu
trúc hóa học thành ngôn ngữ để biểu diễn và sử dụng trên máy tính.
-

-

Các cách biểu diễn hóa học:
 Truyền thống: theo công thức cấu tạo, cấu trúc 2D, cấu trúc 3D, cấu hình lập thể,
điện tích, đồng vị.
 Hiện đại: InChi, InChiKey, WLN, ROSDAL, SLN.
Một số cách chuyển đổi cấu trúc hóa học thành ngôn ngữ để biểu diễn và sử dụng trên
máy tính.
 InChI: mô tả hợp chất theo các lớp thông tin: các nguyên tử và liên kết giữa
chúng, thông tin tautomeric, đồng vị, lập thể, và điện tử. Một lớp thông tin nào đó
có thể không có nếu nó không quan trọng trong từng trường hợp cụ thể.
 InChIKey: Là 1 biểu diễn ngắn gọn của InChI có chiều dài cố định (25 ký tự), và
không thể hiểu được chỉ bằng mắt thường.
 WLN: Các chữ cái biểu diễn các mảng cấu trúc, cấu trúc hoàn chỉnh được biểu
diễn thành 1 chuỗi
 SMILES:

Câu 6: Ngôn ngữ SMILE. Các nguyên tắc biểu diễn cấu trúc theo ngôn ngữ SMILES.
-

-

-

-

SMILES:
 Hệ thống đơn giản hóa với đầu vào dưới dạng dòng để biểu diễn phân tử. Là ngôn
ngữ sử dụng để biểu diễn các hợp chất hóa học và các phản ứng.
 Là ngôn ngữ tương đối đơn giản và ngắn gọn, có dạng cấu trúc ngôn ngữ hơn là 1
cấu trúc dữ liệu máy tính.
 Rất đơn giản và được sử dụng rộng rãi hiện nay.
 - Đuôi tệp: *.smi
Các nguyên tắc biểu diễn cấu trúc theo ngôn ngữ SMILES:
 Nguyên tử được biểu diễn bằng ký hiệu nguyên tử
 Nguyên tử H không được chỉ trong các SMILES.
 Dấu ngoặc vuông ([ ]) được sử dụng để phân định từng nguyên tử.
 Khi tính chất của nguyên tử được chỉ rõ phải dùng ngoặc vuông (điện tích,
chirality…)
 Các liên kết: -, =, #, : tương ứng là các liên kết đơn, đôi, ba, no. Thường liên kết
đơn không biểu diễn. Hợp chất no được biểu diễn sử dụng chữ cái thường. Cũng
không cần biểu diễn các liên kết.
 Mạch nhánh được biểu diễn bằng dấu ngoặc đơn (phần mạch nhánh nằm trong dấu
ngoặc đơn), các mạch có thể có thể lồng vào nhau.
Quy ước biểu diễn mạch nhánh:
 Nếu có thể, tránh sử dụng hai dấu mở ngoặc liền nhau.

 Cố gắng ít nhánh nhất có thể
 Không bắt đầu một biểu diễn bằng một nhánh.
 Sau một nhánh, không biểu diễn liên kết đôi và liên kết ba
Biểu diễn vòng:
 Vòng được biểu diễn bằng cách phá vỡ một liên kết trong mỗi vòng.
 Các liên kết được đánh số theo thứ tự bất kỳ quy định liên kết mở vòng (hoặc
đóng vòng) bằng một chữ số ngay sau ký tự biểu diễn nguyên tố.
 Trường hợp hợp chất no, dùng chữ cái thường để biểu diễn

Câu 7: Khái niệm bảng liên kết và 02 dạng biểu diễn Molfiles và Sdfile.
-

-

Khái niệm bảng liên kết: Trong bảng liên kết tất cả các nguyên tử (trừ hydro), liên kết, và
cách các nguyên tử liên kết với nhau đều được thể hiện rõ ràng. Các quy tắc thiết lập
tương đối đơn giản. Bảng kết nối được chấp nhận bởi hầu hết các phần mềm vẽ và trực
quan cấu trúc và các CSDL.
2 dạng biểu diễn Molfiles và Sdfile:

Câu 8: Khái niệm mô tả phân tử. Trình bày tính chất và phân loại của mô tả phân tử.


Mô tả phân tử: Mô tả phân tử là kết quả cuối cùng của một quá trình toán học và logic
biến đổi thông tin hóa học được mã hóa trong một biểu diễn phân tử thành một số hữu
ích hoặc là kết quả của một số thử nghiệm chuẩn.
- Tính chất:
 Mô tả phân tử mới có thể chứa đựng những thông tin mới của của cấu trúc phân
tử.
 nghiên cứu cần sự sáng tạo và trí tưởng tượng cùng với cơ sở lý thuyết vững chắc

để phát triển được con số mang ý nghĩa cấu trúc hóa học.
Phải có:
 Bất biến với cách đặt tên và đánh số thứ tự nguyên tử
 Bất biến với dịch roto
 Được định nghĩa và tính toán với thuật toán rõ ràng.
 Có giá trị trong trong một phạm vi số thích hợp để tính toán cho một tập hợp các
phân tử.
Nên có:
 Có mối tương quan với ít nhất một tính chất
 Không có mối tương quan ngẫu nhiên với các mô tả phân tử khác
 Giá trị thay đổi khi có thay đổi nhỏ về mặt cấu trúc
 Không bao gồm trong định nghĩa các tính chất thực nghiệm
 Nên có khả năng phân biệt các isomer (đồng phân)
 Nên có khả năng suy ngược (từ giá trị mô tả phân tử ra cấu trúc
- Phân loại:
 0D: mô tả số lượng nguyên tố, số lượng liên kết, khối lượng phân tử,…
 1D: mô tả số lượng mảnh cấu trúc (bậc nguyên tử, lớp NL)
 2D: mô tả Topo (nghiên cứu các đặc tính còn được bảo toàn qua các sự biến dạng),
sự xoắn và sự kéo dãn nhưng ngoại trừ việc xé rách và việc gắn thêm)
 3D: mô tả hình học
 Tính chất bề mặt 3D: tính thế tĩnh điện molar, tiềm năng kỵ nước, tiềm
năng tạo liên kết hydro
 Tính chất lưới 3D
 4D
-

Câu 9: Trình bày được phương pháp tìm kiếm sự tương đồng: khái niệm, thành phần và
ứng dụng.
-

Khái niệm: Phương pháp tìm kiếm sự tương đồng (similarity searching)
Là một trong những phương pháp sàng lọc ảo được sử dụng rộng rãi nhất hiện nay
So sánh các phân tử đã được biết hoạt tính sinh học, cấu trúc tham khảo, với từng phân tử
của CSDL
Tính toán một thước đo mức độ tương đồng với từng cấu trúc
sau đó sắp xếp các phân tử của CSDL theo thứ tự giảm dần sự tương đồng (điểm tương
đồng - similarity score)


-

-

Thành phần:
 Mô tả phân tử:
Sử dụng để biểu diễn các phân tử được so sánh, được tính toán từ cấu trúc
hoặc tính chất (vật lý, hóa học, sinh học) của phân tử
 Hệ số tương đồng:
 Các hệ số tương đồng (chỉ số, khoảng cách) là hàm chuyển đổi giá trị so sánh
giữa cặp phân tử thành các số thực, thường nằm trong khoảng 0-1, cung cấp
một thước đo định lượng về sự tương đồng hóa học.
 Phân loại:
• Hệ số tương quan
• Hệ số xác suất
• Hệ số kết hợp
• Hệ số khoảng cách
Ứng dụng:
 Đánh giá tính độc đáo của các hợp chất mới được phân lập hoặc tổng hợp.
 Tìm cơ sở cho điểm bắt đầu hoặc trung gian trong thiết kế quá trình tổng hợp.
 Xử lý các phản ứng hóa học và hỗn hợp.

 Tìm kiếm các hợp chất theo nhu cầu của người sử dụng, ngay cả khi không chắc
chắn những gì là cần thiết.

Câu 10: Trình bày được khái niệm vân tay điện tử, cấu trúc vân tay điện tử 2D và 3D.
-

-

Khái niệm:
Vân tay điện tử là các vectơ nhị phân trong đó 1 chỉ sự hiện diện và 0 chỉ sự vắng mặt
của các mảnh cấu trúc trong phân tử.
Đặc điểm:
 Có thể liên quan đến các keys cấu trúc, dấu vân tay băm, hoặc dữ liệu liên tục
ví dụ: chỉ số topo dựa vào số lượng kích thước, độ phân nhánh, và hình dạng tổng
thể
 Các mảnh cấu trúc có mặt trong phân tử có thể được biểu diễn như là dãy các số 0
và số 1:
00010100010101000101010011110100
 0 có nghĩa là các mảnh cấu trúc đó không có mặt trong phân tử
 1 có nghĩa là mảnh cấu trúc đó có mặt trong phân tử
(có thể xuất hiện nhiều lần)
 Mỗi 0 hoặc 1 có thể được biểu diễn như là một bit đơn trên máy tính.
 Các vân tay thông thường có độ dài 150-2500 bit.
 Một từ điển cố định về các mảnh cấu trúc được sử dụng trong đó giữa mảnh cấu
trúc và vị trí của bit trong dấu vân tay có thể có mối quan hệ 1:1 ; đôi khi một vài
mảnh cấu trúc liên quan sẽ sử dụng cùng một bit.
 Nhược điểm là nếu cấu trúc chứa các mảnh cấu trúc không có trong từ điển, không
có bit được thiết lập.

 Có thể tránh được khi sử dụng các mảnh cấu trúc "tổng quát”
-

VD: loại "bất kỳ nguyên tử nào...", "bất kỳ vòng nào...”
Cấu trúc vân tay điện tử 2D, 3D:

Câu 11: Trình bày được khái niệm về hệ số tương đồng và một số ví dụ về hệ số tương
đồng.
-

-

-

Khái niệm: Các hệ số tương đồng (chỉ số, khoảng cách) là hàm chuyển đổi giá trị so sánh
giữa cặp phân tử thành các số thực, thường nằm trong khoảng 0-1, cung cấp một thước
đo định lượng về sự tương đồng hóa học.
Phân loại:
 Hệ số tương quan
 Hệ số xác suất
 Hệ số kết hợp
 Hệ số khoảng cách
Ví dụ:
 Hệ số tương đồng theo vân tay điện tử (Tanimoto)
 Hệ số tương đồng với khoảng cách
Hệ số Tanimoto: được sử dụng nhiều nhất cho các vân tay điện tử nhị phân, biểu diễn
số bits hiện diện trong cả hai phân tử chia cho số bits chỉ hiện diện trong từng phân tử
Hệ số Tanimoto =

Câu 12: Định nghĩa Cơ sở dữ liệu, cơ sở dữ liệu hóa học. Một số CSDL hóa học hiện đang

dùng hiện nay.
-

-

-

Cơ sở dữ liệu: Là một hệ thống các thông tin có cấu trúc được lưu trữ trên các thiết bị lưu
trữ cấp (băng đĩa, đĩa từ,..) nhằm thỏa mãn yêu cầu khai thác thông tin đồng thời của
nhiều người sử dụng hay nhiều chương trình ứng dụng với nhiều mục đích khác nhau.
Cơ sở dữ liệu hóa học: lưu trữ thông tin về phân tử hóa học, tính chất trên các thí nghiệm
sinh hóa, đích phân tử protein, NMR spectra, phản ứng hóa học, độ hòa tan, độc tính,
PK/PD…
Một số CSDL hóa học được dùng hiện nay:
 CSDL nội bộ (In house database)
 CSDL công cộng (PubChem, STITCH, ChemProt, DrugBank, ZINC,…)
 CSDL thương mại (Wombat…)
 PubChem: Là một CSDL miễn phí về các cấu trúc hóa học, đặc tính và vai trò
sinh học của các hợp chất hóa học và các chất nói chung.
 DrugBank: là một nguồn sinh tin và hóa tin duy nhất kết hợp các thông tin chi
tiết của thuốc (thông tin hóa học, dược lý, dược) với thông tin đầy đủ của mục
tiêu phân tử của thuốc đấy (thông tin trình tự, cấu trúc và pathway).


 ZINC: có chứa 292 catalogs của hơn 100 nhà cung cấp và hơn 89 catalogs

không bán (hợp tác, quảng bá). Bao gồm catalogs của các sản phẩm tự nhiên
và các dẫn xuất của chúng.
 STITCH: là CSDL về các tương tác (đã được nghiên cứu và dự đoán) giưa các
phân tử và protein và các hóa chất khác dựa vào nghiên cứu thực nghiệm và tài

liệu.
 CHEMBL: là 1 CSDL hóa học các hợp chất với tính chất giống thuốc.
Câu 13: Trình bày được khái niệm QSAR, các thành phần chính, bản chất của phương
pháp QSAR, các bước xây dựng và đánh giá mô hình QSAR và ứng dụng của QSAR.
-

-

-

-

Khái niệm: QSAR là các kỹ thuật nhằm dự đoán các kết quả trước khi các test được tiến
hành trong phòng thí nghiệm. QSAR cung cấp thông tin dự đoán về kết quả có thể có của
một thử nghiệm nào đó và khả năng mới này cung cấp các yếu tố liên quan để thiết lập
thứ tự ưu tiên cho một chất mới để các thử nghiệm.
Các thành phần chính: QSAR bao gồm các phương pháp thống kê, trong đó hoạt tính
sinh học được liên quan với các đặc điểm cấu trúc, tính chất hóa lý hoặc các trường
Bản chất:
 QSARs dựa trên giả thuyết là cấu trúc của một phân tử phải chứa những đặc điểm
cấu trúc chịu trách nhiệm cho tính chất hóa học, vật lý, sinh học và dựa trên khả
năng các mô tả phân tử có thể capture những đặc tính này.
 Bởi các mô hình QSAR, hoạt tính sinh học (hoặc tính chất…) của một phân tử
mới hoặc chưa được kiểm nghiệm có thể được suy ra từ cấu trúc của các hợp chất
tương tự trong đó tính chất của chúng đã được kiểm nghiệm.
Các bước xây dựng và đánh giá mô hình QSAR:
 Các bước xây dựng:
 B1: Xây dựng CSDL
 B2: Tính toán các tham số phân tử đặc trưng cho cấu trúc
 B3: Chia CSDL thành learning set và test set

 B4: Xây dựng mô hình QSAR
 B5: Đánh giá mô hình
 B6: Sử dụng mô hình
 Đánh giá mô hình QSAR:
 Có đích xác định
 Sử dụng một thuật toán rõ ràng (mô hình có thể được tái xây dựng lại cho
những chất mới)
 Có miền ứng dụng được xác định (sử dụng phương pháp đòn bẩy)
 Thỏa mãn các đánh giá nội trên tập TrS để kiểm tra mức độ khớp
(goodness-of-fit), độ mạnh và độ ổn định của mô hình
Ứng dụng của QSAR:
 Phân loại (Classification)
 Chẩn đoán cơ chế tác dụng của thuốc (Diagnosis of Mechanism of Drug Action)


BA. = 0.94 LogP + 0.87, r = 0,97, n = 51
Dự đoán hoạt động (Prediction of Activity)
Tối ưu hóa hợp chất dẫn đường (Lead Compound Optimization)
Phương trình Hammet, Hansch, Free-Wilson và ứng dụng của chúng trong thiết kế
thuốc:



-

Phương
trình
Hammet

Công thức

Đại lượng

Với k, ko là hằng số axit, là hằng số
Hammet, là một thông số hóa lý đặc trưng
cho khả năng hút đẩy điện tử của các nhóm
thế.
Hansch
Log(1/C)= - k1 + k2 + k3 + C biểu thị đáp ứng sinh học,
k4Es + k5
hằng số thế kỵ nước,
hằng số thế Hammet,
Es hằng số thế Taft
Free-Wilson
BA= +
BA là hoạt tính sinh học của phân tử,
Xi là nhóm thế thứ I với giá trị đóng góp cho
hoạt tính tổng là ai,
phần hoạt tính chung của khung gốc
Câu 14: Trình bày khái niệm hợp chất “giống thuốc” và ứng dụng khái niệm này trong
quá trình nghiên cứu thuốc mới.
-

-

Log k/ko=

Khái niệm hợp chất giống thuốc (Drug-like): Drug-like được định nghĩa là các hợp chất
có tính chất dược động học và độc tính (ADME/tox) phù hợp cho nghiên cứu lâm sàng
pha 1 trên người.

Ứng dụng:
 Lên kế hoạch, thực hiện và giải thích tốt hơn các thí nghiệm trong quá trình
nghiên cứu thuốc
 Tiết kiệm thời gian do không phải giải quyết các vấn đề liên quan đến tính chất tại
thời điểm cuối cùng
 Nhanh và hiệu quả hơn
 Các ứng cử viên sẽ ít nguy cơ và tăng giá trị hơn
 Thời gian được bảo hộ sẽ cao hơn
 Sự được bệnh nhân dễ chấp nhận hơn

Câu 15: Trình bày quy tắc Lipinski, ưu nhược điểm và ứng dụng của quy tắc, so sánh với
một số quy tắc sàng lọc hợp chất giống thuốc khác.
-

Quy tắc Lipinski: Một thuốc lý tưởng đạt được sự hấp thu và thấm tốt qua màng thường
phải đáp ứng một số tiêu chí sau. Một hợp chất nếu không thỏa mãn ít nhất hai tính chất
dưới đây sẽ có nhiều khả năng có sinh khả dụng kém do tính hấp thu thấp.
 Có không quá 5 trung tâm cho liên kết hydro (OH, NH)


Có không quá 10 trung tâm nhận liên kết hydro (O,N)
Có khối lượng phân tử không quá 500g/mol
Có giá trị logP không quá 5
Không ứng dụng cho các thuốc là cơ chất của vận chuyển sinh họ
Ứng dụng:
 Được sử dụng rộng rãi để sàng lọc các hợp chất “giống thuốc” (drug-likeness) của
nhiều phân tử khác nhau.
 Được sử dụng rộng rãi đến mức gần như là bản quyền (almost “copyright” ) trong
lĩnh vực nghiên cứu và phát triển thuốc.
Ưu điểm, nhược điểm:






-

-

Ưu điểm
-Quy tắc có thể được thiết lập
nhanh chóng, dễ dàng và không tốn
kém
-Quy tắc 5 dễ nhớ
-Trực quan rõ ràng cho các nhà hóa
dược
-Được sử dụng rộng rãi hiện nay
như các tiêu chuẩn để đánh giá sớm
một hợp chất trong quá trình
nghiên cứu và phát triển thành
thuốc
-Được phát triển trên một nghiên
cứu cẩn thận
-Sử dụng hiệu quả

Nhược điểm
-Ro5 chỉ áp dụng cho các hợp chất theo đường
tiêu hóa (không áp dụng cho các cơ chất của các
chất vận chuyển và hợp chất tự nhiên)
-Ro5 chỉ áp dụng đối với các hợp chất được hấp

thu theo co chế bị động.
-Nhiều thuốc kháng sinh, kháng nấm, vitamin và
một số glycosides tim mạch không thỏa mãn
Ro5.
-Các hợp chất thỏa mãn tất cả các quy tắc không
nhất thiết sẽ là thuốc tốt
-Ro5 không nói về các đặc điểm cấu trúc hóa học
cụ thể nào được tìm thấy trong các thuốc hoặc
không thuốc

Câu 16: Nêu định nghĩa và ý nghĩa của phương pháp Docking, ứng dụng của chúng. Trình
bày các thành phần cơ bản của một chương trình Docking.
-

-

Định nghĩa: Protein docking là kỹ thuật mô hình hóa nhằm dự đoán vị trí, cấu hình thuận
lợi và mức độ tương tác mà phân tử cơ chất có thể gắn kết trên phân tử protein.
Về mặt nhiệt động lực học, mục tiêu của Docking là tìm ra cấu hình mà năng lượng tự do
của toàn hệ là thấp nhất.
Ý nghĩa:
 Dự đoán ái lực và hoạt tính của các dược chất đối với protein, từ đó dự đoán khả
năng hoạt hóa hoặc ức chế một protein chức năng.
 Dự đoán trung tâm hoạt động và vị trí, cấu hình thuận lợi của cơ chất tham gia
phản ứng khi xem xét cơ chế xúc tác của enzyme (cũng là một loại protein chức
năng)
 Đưa ra cơ sở để giải thích các dữ liệu thực nghiệm (vd: sự khác nhau trong ái lực
liên kết và hỗ trợ thiết kế các cơ chất mới)

-

-

Ứng dụng:
 Thiết kế thuốc dựa vào cấu trúc
 Tối ưu hóa cấu trúc hợp chất dẫn đường
 Sàng lọc ảo
 Thiết kế các thư viện liên kết
 Nghiên cứu cơ chế tác dụng của các thuốc
Các thành phần cơ bản của một chương trình Docking
 Chuẩn bị protein (lấy trên Protein Data Bank)
 Chuẩn bị cấu tử
 Chuẩn bị cấu trúc 3D cấu tử
 Giới hạn trung tâm tương tác
 Autogrid
 Chuẩn bị file docking và chạy Autodock4
 Phân tích kết quả docking