Xây dựng và đánh giá qui trình phát hiện Acinetobacter baumannii bằng real-time PCR

Nghiên cứu Y học

Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 19 * Số 5 * 2015

XÂY DỰNG VÀ ĐÁNH GIÁ QUI TRÌNH PHÁT HIỆN
ACINETOBACTER BAUMANNII BẰNG REAL-TIME PCR
Nguyễn Tuấn Anh*, Đào Minh Ý **, Huỳnh Thị Thúy Hạnh**, Hồ Huỳnh Thùy Dương*,***

TÓM TẮT
Đặt vấn đề: Nhiễm khuẩn bệnh viện đang là vấn đề rất được quan tâm vì hầu hết các tác nhân là những vi
khuẩn đa kháng thuốc. Một trong những vi khuẩn hàng đầu gây nhiễm khuẩn bệnh viện hiện nay là
Acinetobacter baumannii. Vi khuẩn này thường có biểu hiện kiểu hình đa kháng sinh và liên quan đến các trường
hợp nhiễm khuẩn đặc biệt nghiêm trọng ở bệnh viện.
Mục tiêu nghiên cứu: Xây dựng qui trình real-time PCR phát hiện A. baumannii.
Phương pháp nghiên cứu: Qui trình real-time PCR tối ưu cho phản ứng nhân bản gene blaOXA-51 đặc
trưng cho A. baumannii và gene 16S rRNA đặc trưng cho Acinetobacter spp. được xây dựng. Kết quả phát hiện
A. baumannii bằng real-time PCR được so sánh với kết quả định danh A. baumannii bởi hệ thống định danh vi
sinh tự động Phoenix (BD).
Kết quả: Kết quả cho thấy qui trình có thể phát hiện chính xác A. baumannii dựa vào gene blaOXA-51 với độ
nhạy là 11 bản sao/phản ứng và độ đặc hiệu cao. Tỉ lệ phát hiện A. baumannii đạt 90,8%; trong khi phương pháp
vi sinh tự động là 70,8% trên những mẫu khảo sát.
Kết luận: Qui trình real-time PCR phát hiện A. baumannii đã được xây dựng thành công. Qui trình có thể
được sử dụng để phát hiện nhanh các chủng A. baumannii dựa trên gene blaOXA-51 trong môi trường bệnh viện.
Từ khóa: A. baumannii, carbapenemase, blaOXA-51, meronem, real-time PCR.

ABSTRACT
DEVELOPMENT AND EVALUATION OF A REAL-TIME PCR ASSAY FOR THE DETECTION OF
ACINETOBACTER BAUMANNII
Nguyen Tuan Anh, Đao Minh Y, Huynh Thi Thuy Hanh, Ho Huynh Thuy Duong
* Y Hoc TP. Ho Chi Minh * Supplement of Vol. 19 - No 5 - 2015: 194 - 199
Backgrounds: Nosocomial infections are currently serious problems for community health since they are

mostly multidrug resistant bacteria. One of the leading agents causing nosocomial infections is Acinetobacter
baumannii. Early and Accurate detection of these bacteria are of great important due to their frequent multidrug
resistibility.
Objectives: The study aimed to develop a real-time PCR protocol to detect A. baumannii.
Methods: The real-time PCR was optimized to amplify blaOXA-51 and 16S rRNA genes specific to A.
baumanii and Acinetobacter spp. correspondingly. The identification of A. baumannii by real-time PCR was
compared to those obtained with Phoenix bacterial identification system.
Results: The result showed that the real-time PCR protocol correctly detect A. baumaniii based on blaOXA51 gene with the sensitivity of 11 copies/reaction. Detection rate for A. baumannii was 90.8% and 70.8% by realtime PCR and automatic bacterial detection system respectively.
**
* Công ty TNHH Công nghệ Sinh học Khoa Thương
Khoa Vi sinh, Bệnh viện Đa khoa Đồng Nai
Bộ môn Di truyền, Đại học Khoa học Tự nhiên TP. Hồ Chí Minh
Tác giả liên lạc: ThS. Nguyễn Tuấn Anh
ĐT: 0917 010198
Email:

***

194

Chuyên Đề Điều Dưỡng Kỹ Thuật Y Học


Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 19 * Số 5 * 2015

Nghiên cứu Y học

Conclusions: The real-time PCR protocol could be used for rapid identification of A. baumannii in hospital
environment.
Keywords: A. baumannii, carbapenemase, blaOXA-51, meronem, real-time PCR

48 giờ, trong khi đối với hệ thống real-time PCR
ĐẶT VẤN ĐỀ
là 4-6 giờ(4,7). Phương pháp real-time PCR đã
Acinetobacter baumannii (A. baumannii) là vi
được ứng dụng để phát hiện rất nhiều vi sinh
khuẩn Gram (-) thuộc họ Moraxellaceae, bao
vật gây bệnh nói chung và A. baumannii nói
gồm Acinetobacter baumannii, Acinetobacter pittii,
riêng, đặc biệt những chủng kháng thuốc, từ
Acinetobacter calcoaceticus, Acinetobacter lwoffii,
nhiều nguồn khác nhau(2,4,6,7). Hệ thống real-time
Acinetobacter parvus, Acinetobacter nosocomialis …
PCR trong nghiên cứu này sử dụng mẫu dò TaqCác loài này đều có khả năng gây bệnh cho
Man để nhân bản và phát hiện vùng gene
người, trong đó A. baumannii chiếm hơn 80%
blaOXA-51 của A. baumannii. Gene blaOXA-51
trường hợp nhiễm khuẩn được phát hiện. A.
được chọn vì nó hiện diện ở tất cả các chủng A.
baumannii thường cư trú trong đất và nước(3),
baumannii, đặc biệt là những chủng có khả năng
nhưng được tìm thấy ngày càng nhiều trong
kháng carbapenem. Trình tự mồi và mẫu dò
những trường hợp nhiễm khuẩn bệnh viện, nơi
được thiết kế tương ứng với vùng trình tự bảo
mà tình hình kháng kháng sinh ngày càng tăng,
tồn của gene blaOXA-51 và các gen giống blaOXAvà các chủng A. baumannii phân lập từ đây cũng
51 (blaOXA-51 like) ở các chủng A. baumannii. Hệ
cho thấy đa số là các chủng kháng đa thuốc(3,7). Vì
thống còn kết hợp thêm một bộ mồi và mẫu dò
thế, A. baumannii là đối tượng rất được quan tâm

được thiết kế trên vùng gene 16S rRNA để phát
ở các bệnh viện và đơn vị chăm sóc sức khỏe
hiện các chủng vi khuẩn Acinetobacter spp. khác.
cộng đồng ở Việt Nam và trên thế giới(9,10).
Vì thế, kết quả của hệ thống real-time PCR này là
Với khả năng sống sót trên nhiều môi
khả năng phát hiện A. baumannii nói riêng và các
trường khác nhau, đặc biệt môi trường bề mặt
chủng Acinetobacter spp. nói chung.
khô và tĩnh, vi khuẩn có thể tồn tại lâu dài ở
Mục tiêu nghiên cứu
các thiết bị trong bệnh viện, khi đó nhiễm
Xây dựng và đánh giá qui trình real-time
khuẩn bệnh viện có thể xảy ra khi bệnh nhân
PCR phát hiện nhanh A. baumannii nhằm tiến tới
tiếp xúc với các thiết bị này(3,7). Đặc biệt với các
hoàn thiện một công cụ chẩn đoán phân tử, giúp
thiết bị xâm lấn, vi khuẩn càng dễ dàng xâm
kiểm soát sự nhiễm vi khuẩn này ở bệnh nhân
nhập vào máu. Ngoài ra, vi khuẩn có thể được
cũng như trong môi trường bệnh viện.
tìm thấy trên da người khỏe mạnh(3), nhất là
PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
nhân viên chăm sóc sức khỏe. Vì thế, vi khuẩn
có thể lan truyền thông qua tiếp xúc giữa
Vật liệu nghiên cứu
người với người, không chỉ với các bề mặt hay
Vi khuẩn A. baumannii (ATCC 19606) và các
môi trường bị nhiễm. Cá nhân có hệ miễn dịch
mẫu vi khuẩn A. baumannii được phân lập từ

suy yếu đặc biệt nhạy cảm với vi khuẩn này(7).
bệnh phẩm của bệnh nhân điều trị ở bệnh viện
Nhiễm khuẩn do A. baumannii gây ra thường
Đồng Nai trong thời gian từ tháng 01/2013 đến
là nhiễm khuẩn hô hấp và nhiễm khuẩn
tháng 1/2014.
đường niệu, cũng như các triệu chứng lâm
Thiết kế mẫu dò
sàng nguy hiểm khác bao gồm viêm phổi,
nhiễm
trùng
máu
và
viêm
Các cặp mồi đặc hiệu cho gene blaOXA-51 của
(1,2,5,7)
màng não
.
A. baumannii và gene 16S rRNA của Acinetobacter
Thời gian phát hiện A. baumannii bằng
phương pháp nuôi cấy truyền thống mất từ 24-

Chuyên Đề Điều Dưỡng Kỹ Thuật Y Học

spp. đã được công bố trước đây(10). Chúng tôi
thiết kế thêm cho mỗi vùng gene được nhân bản

195

Nghiên cứu Y học

Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 19 * Số 5 * 2015

một mẫu dò đặc hiệu tương ứng (Bảng 1) bằng
các phần mềm sinh học phân tử chuyên dụng
như PrimerQuest, Oligo Analyzer, Annhyb, và
Blast (NCBI). Mẫu dò gene blaOXA-51 được đánh

dấu màu FAM. Mẫu dò gene 16S rRNA được
đánh dấu màu HEX. Mồi và mẫu dò được đặt
tổng hợp tại công ty IDT (Integrated DNA
Technologies, USA).

Bảng 1. Trình tự các mẫu dò được thiết kế
Mẫu dò
OXA51-P
16S rRNA-P

Trình tự mẫu dò (5’ 3’)
5’-FAM-CGACTTGGGTACCGATATCTGCATTGC-BHQ1-3’
5’-HEX-ACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACG-BHQ1-3’

Phương pháp tách chiết DNA của A.
baumannii
Khuẩn lạc đơn, đặc trưng của A. baumannii
được thu nhận và tăng sinh trong môi trường
LB ở điều kiện 370C trong 16-24 giờ. Sau khi kết
thúc tăng sinh, DNA bộ gene của A. baumannii
được tách chiết theo nguyên tắc hấp phụ đặc

hiệu lên pha rắn (màng silica) bằng bộ kit tách
chiết “DNA column-based extraction kit”
(Khoa Thương). Tất cả mọi thao tác đều được
thực hiện theo đúng hướng dẫn trong bộ kit
của nhà sản xuất.

Kích thước (bp)
27
25

o

Tmmẫu dò ( C)
61.3
61.5

real-time PCR tối ưu là hiệu suất phản ứng (E) từ
90% - 105% và hệ số tương quan (R2) > 0,980.
Tính đặc hiệu của qui trình được đánh giá qua
khả năng phát hiện đúng DNA của A. baumannii
mà không phát hiện nhầm lẫn vật liệu di truyền
của các vi khuẩn khác. Độ nhạy hay giới hạn
phát hiện của qui trình là số bản sao A. baumannii
tối thiểu mà hệ thống còn cho tín hiệu và kết quả
dương tính. Phương pháp thống kê mô tả được
sử dụng để đánh giá / so sánh khi quy trình
được áp dụng thử nghiệm.

KẾT QUẢ

Thành phần và điều kiện phản ứng realtime PCR

Tối ưu phản ứng real-time PCR có một cặp
mồi/mẫu dò

Thành phần hỗn hợp phản ứng real-time
PCR có thành phần gồm 1X AptaTaq Fast DNA
polymerase (Roche), 200 nM cho từng cặp mồi
xuôi và ngược (IDT), 100 nM cho từng loại mẫu
dò (IDT), 5μl DNA trong tổng thể tích là 25μl.
Chương trình nhiệt cho phản ứng real-time PCR:
40 chu kỳ gồm 15 giây - 95oC và 15 giây - 60oC.
Tín hiệu được thu nhận với hai màu huỳnh
quang đặc trưng là FAM (510-530 nm) và HEX
(560-580 nm). Qui trình có thể được thực hiện
trên các dòng máy luân nhiệt Stratagene
Mx3000P hoặc Mx3005P (Agilent), CFX96 (BioRad), Rotogene (Qiagen), LightCyler (Roche).

Hiệu quả nhân bản của phản ứng real-time
PCR có một cặp mồi/mẫu dò
Hiệu quả nhân bản của từng cặp mồi/mẫu
dò được kiểm tra trên mẫu DNA (1,42x105 bản
sao/μl) tách chiết từ vi khuẩn A. baumannii
(ATCC 19606), được pha loãng bậc 10 đến
nồng độ 1,42x101 bản sao/μl. 5μl DNA được
dùng cho mỗi phản ứng với thành phần và
điều kiện phản ứng như trên. Mỗi nồng độ
được chạy lặp lại 3 lần.

Phương pháp tối ưu qui trình real-time

PCR
Qui trình real-time PCR phát hiện A.
baumannii được xây dựng qua các bước chính: (1)
tối ưu hóa phản ứng có một cặp mồi/mẫu dò, (2)
tối ưu hóa phản ứng có hai cặp mồi/mẫu dò, (3)
đánh giá độ nhạy và tính đặc hiệu và (4) thử
nghiệm qui trình. Tiêu chí đánh giá phản ứng

196

Bảng 2. Giá trị Ct hiệu quả phản ứng real-time PCR
có một cặp mồi/mẫu dò.
Mẫu (bản sao/μl)
5
1,42x10
4
1,42x10
3
1,42x10
2
1,42x10
1
1,42x10
E
2
R

bla

OXA-51

17,9±0,2
21,4±1,3
24,3±0,5
27,3±0,8
32,3±0,9
94,4
0,981

16S rRNA
19,9±0,5
23,6±0,3
27,5±0,3
30,9±2,2
36,0±0,5
79,7
0,981

Kết quả (Bảng 2) cho thấy phản ứng realtime PCR phát hiện blaOXA-51 đã đạt điều kiện

Chuyên Đề Điều Dưỡng Kỹ Thuật Y Học


Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 19 * Số 5 * 2015
tối ưu (E = 94,4% và R2 = 0,981). Tuy nhiên, phản
ứng real-time PCR phát hiện 16S rRNA chưa tối
ưu (E = 79,9%).
Chúng tôi không khảo sát tính đặc hiệu cũng
như nhiệt độ lai (Ta) tối ưu của từng cặp mồi vì
đã được chứng minh trong công trình trước(8).

Tối ưu phản ứng real-time PCR phát hiện 16S
rRNA
Phản ứng real-time PCR phát hiện 16S rRNA
được tối ưu với ba nồng độ AptaTaq (Roche) là
1X, 1,5X và 2X.
Bảng 3. Giá trị Ct phản ứng real-time PCR phát hiện
16S rRNA
Mẫu (bản sao/μl)
4
1,42x10
3
1,42x10
2
1,42x10
E
2
R

1X
24,5±0,9
30,1±0,6
34,8±0,3
56,6
0,997

1,5X
19,8±1,0
23,2±1,1
26,6±1,2
95,3

1,000

2X
22,6±0,3
26,5±0,9
30,8±0,8
76,0
0,998

Kết quả (Bảng 3) cho thấy thành phần phản
ứng với AptaTaq 1,5X là điều kiện tốt nhất, vì
hiệu suất phản ứng (95,3%) và hệ số tương quan
(1,000) đạt chuẩn.

Tối ưu phản ứng real-time PCR có hai cặp
mồi/mẫu dò
Hiệu quả phản ứng real-time PCR phát hiện
đồng thời blaOXA-51 và 16S rRNA
Sự kết hợp hai cặp mồi/mẫu dò phát hiện
blaOXA-51 và 16S rRNA trong cùng một phản
ứng cho phép phát hiện A. baumannii và các loài
vi khuẩn Acinetobacter spp. khác.

Nghiên cứu Y học

Bảng 4. Giá trị Ct hiệu quả phản ứng real-time PCR
có hai cặp mồi/mẫu dò
Real-Time PCR
Mẫu (bản sao/μl)
4

1,42x10
3
1,42x10
2
1,42x10
E
2
R

real-time PCR
OXA-51
16S rRNA
22,3±0,4
22,4±0,1
25,8±0,3
25,8±0,2
29,5±0,3
29,5±0,2
90,1
92,0
0,992
0,996

Kết quả (Bảng 4) cho thấy thành phần phản
ứng real-time PCR đã đạt điều kiện chuẩn với
hiệu suất phản ứng và hệ số tương quan đối với
blaOXA-51 và 16S rRNA lần lượt là 90,1/0,992 và
92,0/0,996. Tuy nhiên, khi so sánh giá trị Ct trung
bình của phản ứng real-time PCR một cặp
mồi/mẫu dò và hai cặp mồi/mẫu dò trên từng

nồng độ mẫu chuẩn tương ứng thì thấy rằng giá
trị Ct của phản ứng hai cặp mồi/mẫu dò cao hơn
phản ứng một cặp mồi/mẫu dò. Điều này có
nghĩa là hiệu quả nhân bản của phản ứng có hai
cặp mồi/mẫu dò thấp hơn phản ứng có một cặp
mồi/mẫu dò. Để tăng hiệu quả nhân bản của
phản ứng real-time PCR có hai cặp mồi/mẫu dò,
chúng tôi phải tiếp tục tối ưu hóa phản ứng này.

Tối ưu hóa phản ứng real-time PCR phát hiện
đồng thời blaOXA-51 và 16S rRNA
Để tăng tăng hiệu quả nhân bản và đảm bảo
các thông số phản ứng real-time PCR có hai cặp
mồi/mẫu dò đạt chuẩn, thành phần hỗn hợp
enzyme AptaTaq được khảo sát với ba nồng độ
1,5X, 2X và 2,5X.

Bảng 6. Giá trị Ct tối ưu hóa nồng độ enzyme AptaTaq
Real-Time PCR
Mẫu (bản sao/μl)
4
1,42x10
3
1,42x10
2
1,42x10
E
2
R

1,5X
OXA-51
16S rRNA
21,9±0,2
21,4±0,7
25,2±0,0
24,8±0,5
28,5±0,1
28,1±0,8
100,1
100,1
0,998
0,957

Kết quả (Bảng 6) cho thấy tại nồng độ
AptaTaq 2X, giá trị các thông số real-time PCR
đạt chuẩn trong phản ứng có hai cặp mồi/mẫu
dò. Hơn nữa, giá trị Ct của các mẫu thử của
nghiệm thức này thấp nhất so với hai nghiệm

Chuyên Đề Điều Dưỡng Kỹ Thuật Y Học

2X
OXA-51
20,1±0,3
23,4±0,3
26,6±0,4
103,5
0,991

16S rRNA
19,3±0,3
22,6±0,3
25,9±0,1
101,7
0,995

OXA-51
20,8±0,1
23,9±0,1
25,8±1,4
148,4
0,890

2,5X
16S rRNA
21,1±0,8
24,8±0,2
26,3±1,3
139,1
0,860

thức còn lại, và tương đương với giá trị Ct của
phản ứng real-time PCR có một cặp mồi/mẫu dò.
Điều này chứng tỏ phản ứng real-time PCR có
hai cặp mồi/mẫu dò đã tối ưu và đạt hiệu quả
nhân bản mong muốn.

197

Nghiên cứu Y học

Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 19 * Số 5 * 2015

Độ nhạy và đặc hiệu
Độ đặc hiệu của phản ứng real-time PCR có
hai cặp mồi/mẫu dò
Độ đặc hiệu của phản ứng real-time PCR có
hai cặp mồi/mẫu dò được xác định bằng cách
thực hiện phản ứng trên mẫu DNA có nguồn
gốc từ chủng A. baumannii (ATCC 19606), đồng
thời với DNA từ 12 chủng vi khuẩn khác bao
gồm E. coli O157, Salmonella typhimurium,
Salmonella para typhimurium, Staphylococcus
aureus, Listeria monocytogenes, Vibrio cholerae,
Vibrio parahaemolyticus, Campylobacter coli,
Campylobacter jejuni, Clostridium botulinum,
Shigella boydii và Shigella flexneri.

Hình 1: Đường chạy mẫu DNA của A.baumannii và
các vi khuẩn khác
Kết quả (Hình 1) cho thấy chỉ có DNA của
A. baumannii cho tín hiệu dương tính, với tín
hiệu (màu vàng) của blaOXA-51 và tín hiệu
(màu xanh) của 16S rRNA. Các mẫu DNA của
các vi khuẩn khác không cho tín hiệu dương
tính với cả hai gene đích của qui trình. Điều
này chứng tỏ qui trình được xây dựng đặc
hiệu với A. baumannii.

Độ nhạy của phản ứng real-time PCR có hai
cặp mồi/mẫu dò được đánh giá bằng mẫu DNA
vi khuẩn A. baumannii (ATCC 19606) có nồng độ
2,2x107 bản sao/μl, được pha loãng bậc 10 thành
7 nồng độ nhỏ hơn. Thành phần real-time PCR
đã tối ưu bao gồm hỗn hợp enzyme AptaTaq 2X
(Roche), 200 nM IC-F/R (IDT), 100 nM IC-P
(IDT), 200 nM O51-F/R (IDT), 100 nM O51-P
(IDT) và 5.0 μl DNA trong tổng thể tích là 25 μl.
Chu trình nhiệt cho phản ứng PCR: 40 chu kỳ 10
giây – 95oC, 15 giây - 60oC.
Bảng 7. Giá trị Ct độ nhạy của phản ứng real-time
PCR có hai cặp mồi/mẫu dò
A. baumannii (bản sao/phản ứng)
7
1,1x10
6
1,1x10
5
1,1x10
4
1,1x10
3
1,1x10
2
1,1x10
1
1,1x10
0

1,1x10

bla

OXA-51
16,6±0,3
19,8±0,8
23,9±0,3
27,8±0,1
30,3±0,8
32,8±1,0
36,5±0,9
N/A

16S rRNA
16,7±0,9
20,4±0,9
25,1±0,5
29,3±0,2
32,1±0,9
33,7±0,6
37,2±1,0
N/A

Kết quả (Bảng 7) cho thấy độ nhạy ổn định
đạt được của quy trình real-time PCR có hai cặp
mồi/mẫu dò là 1,1x101 bản sao/phản ứng.

Thử nghiệm qui trình
Qui trình real-time PCR có hai cặp mồi/mẫu

dò được áp dụng trên 65 mẫu vi khuẩn thu thập
từ bệnh viện Đồng Nai (2013 - 2014), so sánh với
kết quả định danh vi khuẩn bằng hệ thống định
danh tự động Phoenix (BD) đang thực hiện tại
bệnh viện.

Độ nhạy của phản ứng real-time PCR có hai
cặp mồi/mẫu dò
Bảng 8. Kết quả phát hiện A. baumannii / Acinetobacter spp.
Real-time PCR
Kết quả tương quan

Vi sinh
tự động

A. baumannii
A. baumannii/A. baumannii complex
Acinetobacter spp.
Vi khuẩn khác
Tổng

Kết quả phát hiện Acinetobacter spp. bởi
phương pháp vi sinh tự động với real-time PCR

198

16S rRNA
(+)
31
15

18
1
65

bla

(-)
4
0
1
1
6

OXA-51
(+)
27
15
17
0
59

Tổng
31
15
18
1
65

cho thấy trong số 65 chủng vi khuẩn được khảo
sát, phương pháp vi sinh tự động phát hiện tổng

Chuyên Đề Điều Dưỡng Kỹ Thuật Y Học


Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 19 * Số 5 * 2015
cộng 98,5% (64/65) chủng Acinetobacter spp., bao
gồm cả A. baumannii và A. baumannii complex.
Phương pháp real-time PCR phát hiện 100%
(65/65) chủng là Acinetobacter spp. Như vậy, tỉ lệ
tương đồng giữa hai phương pháp trong việc
phát hiện Acinetobacter spp. là 98,5% (64/65) các
trường hợp khảo sát.
Để phát hiện A. baumannii / A. baumannii
complex, phương pháp vi sinh tự động phát
hiện được 70,8% (46/65) chủng, còn lại là 27,7%
(19/65) các chủng Acinetobacter spp. và vi khuẩn
khác; phương pháp real-time PCR phát hiện
90,8% (59/65) chủng, còn lại là 9,2% (6/65) các
chủng Acinetobacter spp. khác. Có nhiều chủng
(17/65) có kết quả định danh theo phương pháp
vi sinh là Acinetobacter spp. nhưng lại cho kết quả
real-time PCR xác định là A. baumannii. Điều này
phần lớn do đặc trưng riêng của mỗi phương
pháp. Nhiều trường hợp phương pháp vi sinh
không thể định danh đến A. baumannii vì khả
năng thực tế là vi khuẩn tồn tại ở dạng một phức
hệ vi khuẩn Acinetobacter spp. bao gồm nhiều
chủng vi khuẩn khác nhau nhưng cùng loài, nên
khó khăn trong việc định danh bằng các phương
pháp sinh hóa thông thường. Điều này cũng nói

lên được đặc điểm khác biệt của real-time PCR,
chỉ phát hiện chính xác đoạn gene chỉ thị đối
tượng cần phát hiện mà không cho thấy sự hiện
diện của những chủng vi khuẩn trong phức hệ,
trừ phi một qui trình real-time PCR có nhiều hơn
hai cặp mồi/mẫu dò khác được xây dựng và áp
dụng trong trường hợp này.

Nghiên cứu Y học

hiện nhanh các chủng vi khuẩn này trong môi
trường bệnh viện.

TÀI LIỆU THAM KHẢO
1.

2.

3.

4.

5.

6.

7.

8.

9.

10.

Azizi et al. (2015). Molecular Detection of Class-D OXA
Carbapenemase Genes in Biofilm and Non-Biofilm Forming
Clinical Isolates of Acinetobacter baumannii. Jundishapur J
Microbiol 8(1), p. e21042.
De Gregorio et al. (2015). Development of a real-time PCR
assay for the rapid detection of Acinetobacter baumannii from
whole blood samples. New Microbiol 38(2), p. 251-7.
Ecker et al. (2006). Identification of Acinetobacter species and
genotyping of Acinetobacter baumannii by multilocus PCR
and mass spectrometry. J Clin Microbiol 44(8), p. 2921-32.
Huang et al. (2012). Development and validation of a
multiplex TaqMan real-time PCR for rapid detection of genes
encoding four types of class D carbapenemase in
Acinetobacter baumannii. J Med Microbiol 61(Pt 11), p. 1532-7.
Luo et al. (2015). Association of blaOXA-23 and bap with the
persistence of Acinetobacter baumannii within a major
healthcare system. Front Microbiol 6, p. 182.
Martin-Pena et al. (2013). Rapid detection of antibiotic
resistance in Acinetobacter baumannii using quantitative realtime PCR. J Antimicrob Chemother 68(7), p. 1572-5.
McConnell et al. (2012). Quantitative real-time PCR for
detection of Acinetobacter baumannii colonization in the
hospital environment. J Clin Microbiol 50(4), p. 1412-4.
Nguyễn Tuấn Anh, Huỳnh Minh Tuấn, Nguyễn Văn Vĩnh
Châu, Hồ Huỳnh Thùy Dương (2014). Xây dựng qui trình
EvaGreen real-time PCR phát hiện các gen blaOXA ở
Acinetobacter baumannii. Tạp chí Y học Thành Phố 18(5), p.

197-201.
Trip et al. (2015). Simultaneous Identification of Multiple betaLactamases in Acinetobacter baumannii in Relation to
Carbapenem and Ceftazidime Resistance, Using Liquid
Chromatography-Tandem Mass Spectrometry. J Clin
Microbiol 53(6), p. 1927-30.
Zowawi et al. (2015). Molecular epidemiology of carbapenemresistant Acinetobacter baumannii isolates in the Gulf
Cooperation Council States: dominance of OXA-23-type
producers. J Clin Microbiol 53(3), p. 896-903.

Ngày nhận bài báo:

28/8/2015

KẾT LUẬN

Ngày phản biện nhận xét bài báo:

16/9/2015

Tóm lại, qui trình real-time PCR vừa xây
dựng cho phép phát hiện các chủng A. baumannii
đặc hiệu và nhạy, có thể được ứng dụng để phát

Ngày bài báo được đăng:

Chuyên Đề Điều Dưỡng Kỹ Thuật Y Học

20/10/2015

199