Thiết kế mồi cho tách dòng gen interleukin 2 ở người

Human resources slide
1
BÁO CÁO TIN SINH HỌC
Thiết kế mồi cho tách dòng gen
interleukin-2 ở người


OUTLINE

Human resources slide 2
1. Interleukin-2
2. Chương trình Cluster omega
3. Primer- Blast
4. PCR ảo
5. Blast
6. Tách dòng gen


1. Interleukin-2 ở người
- Là phân tử tín hiệu cytokine trong hệ thống miễn dịch kích hoạt các tế bào:
CD8+; CD4+; dendritic cell; natural kill cell bảo vệ cơ thể
- Có trong lá lách người
- Tách dòng gen phục vụ cho y tế
+ Chọn các loài tương đồng: tinh tinh; khỉ đột; chuột ; gà
+ Sử dụng cơ sở dữ liệu của ncbi tìm ra các trình tự gen của 4 loài trên


2. Chương trình cluster omega
Xác định các trình tự tương đồng, chọn thiết kế mồi ở vùng bảo thủ vị trí được highlight

Bốn trình tự Nu từ: khỉ đột; chuột; tinh tinh; gà

3. Primer-Blast

Human resources slide 4

- Chương trình thiết kế mồi online
- Khuôn ảo: lấy trình tự Nu của tinh tinh vì bộ gen
giống với người nhất
- Xác định vùng bảo thủ trên gen để thiết kế mồi;
điền vào ô
- Chọn kích thước sản phẩm
- Điều chỉnh các thông số khác tùy vào mục đích thiết
kế mồi: nhiệt độ nóng chảy, tỉ lệ G-C




4. PCR ảo
Sau khi thiết kế được mồi đem chạy PCR ảo, dự đoán sản phẩm

Khuôn ảo
Mồi xuôi
Mồi ngược

Sản phẩm PCR ảo


5. Blast
- Sản phẩm PCR ảo là đoạn trình tự nucleotide

- Sử dụng Blast kiểm tra lại xem đoạn DNA này có mã hóa cho tính trạng quan tâm hay không


- Blast sẽ so sánh trình tự đầu vào với các trình tự trong ngân hàng dữ liệu
- Đầu ra là các trình tự tương đồng đã biết tính trạng, được sắp xếp từ cao đến thấp
- Dựa vào các trình tự đầu ra, có thể suy đoán được tính trạng của trình tự đầu vào

Kết quả trả về sau khi chạy Blast


Để dự đoán tính trạng của gen quan tâm, vào từng trình tự tương đồng được đê cập trong bảng


- Sinh vật này có trình tự tương đồng với gen cần được
tách dòng, mã hóa interleukin-2
-

Nếu các nhóm trình tự tương đồng với gen cần được
tách dòng, đều có tính trạng giống nhau, ta có thể dự
đoán được tính trạng của gen đích cũng mã hóa
interleukin-2


6. Các bước tách dòng gen
B1: Chọn vector tách dòng
Chọn pCR2.1-TA
B2: Gen đích
Tách chiết mRNA mã hóa interleukin-2 ở người
Tạo cDNA
B3: Lựa chọn enzyme thích hợp: EcoRI; vị trí

cắt: G/AATTC
B4: Chèn cDNA đích vào vector tách dòng
B5: Chọn tế bào chủ: E.coli DH5α
B6: Sàng lọc tế bào mang vector tái tổ hợp, dựa
trên sự biểu hiện của gen chỉ thị: kháng sinh, chỉ
thị màu


Human resources slide 10

Thank You