MỘT SỐ LƯU Ý ĐỂ ĐẢM BẢO VÀ KIỂM TRA CHẤT LƯỢNG XÉT NGHIỆM SINH HỌC PHÂN TỬ

MỘT SỐ LƯU Ý ĐỂ ĐẢM BẢO VÀ KIỂM
TRA CHẤT LƯỢNG XÉT NGHIỆM SINH
HỌC PHÂN TỬ
Nguyen Le Thanh (MRes)


3 November 2018

BM HS-SHPT YH

1


1. GIỚI THIỆU CHUNG

3 November 2018

BM HS-SHPT YH

2


Chất lượng XNSHPT
• Mơi trường XN
– XNSHPT là gì?
•

DNA/RNA/protein?

– Mơi trường, hóa chất, dụng cụ thí nghiệm, v.v…: sạch, vơ trùng

• Mục đích, kiến thức xét nghiệm:
– Tham khảo tài liệu (ISO?)
– Phải qua huấn luyện sử dụng máy móc

• Máy móc:
– Hiệu năng máy móc
– Lập trình chương trình

• Các sai lầm trong một XN SHPT
– Sai lầm loại 1 là loại sai lầm khi kết quả nghiên cứu cho thấy có sự
khác biệt (như giả thuyết đặt ra), nhưng thực tế là khơng có sự
khác biệt.
– Sai lầm loại 2 là kết quả nghiên cứu cho thấy không có mối quan
hệ giữa các yếu tố, nhưng thực tế thì có.
3 November 2018

BM HS-SHPT YH

3


Các bước quy trình XN
1. Sample collection
(Blood, urine, feaces, tissue, etc.)

2. Sample treatment,
record, & storage
3. Analysis
(Diagnostic tests)

4. Report & Diagnosis

3 November 2018

BM HS-SHPT YH

4


(1) Thu thập mẫu
• Mẫu gì?
• Lúc nào?
• Trước khi phát bệnh?
• Sau khi phát bệnh?

• Như thế nào?

3 November 2018

BM HS-SHPT YH

5


(2) Xử lý bảo quản mẫu
• Tinh sạch loại bỏ tạp chất
• Di chuyển vận chuyển
• Chất chống đơng?

3 November 2018

BM HS-SHPT YH

6


(3) PP phân tích
Bảng 7.1. Một số ví dụ XN SHPT trong y học lâm sàng
Mục
đích

Ví dụ
XN
SHPT

3 November 2018

Tầm sốt
nguy cơ

Kiểm tra
dấu hiệu
xơ nang

Tầm
sốt

Định
tính
hoặc

định
type
HPV

Chẩn
đốn

Tiên lượng

Hướng
điều trị

Phân loại Xác định
ung thư vú
tình
vào các
Nhiễm
trạng
phân nhóm đột biến
vi
sử dụng
khuẩn
gen như
(OncoType
lao
KRAS,
Dx hay
BRAF, và
Mamma
Her2

Print)

BM HS-SHPT YH

Theo dõi

Định
lượng
(đo tải
lượng)
siêu vi
viêm
gan C

7


(3) PP phân tích
• Định tính
• PCR
• Real-time PCR
• Lai PT

• Định lượng tuyệt đối
• Real-time PCR Đường tiêu chuẩn

• Định lượng tương đối
• Real-time PCR gen tham chiếu

• Nghiên cứu di truyền học

• Giải trình tự DNA

3 November 2018

BM HS-SHPT YH

8


(3) PP phân tích
• Các đối chứng
– Chứng dương là gì?
– Chứng âm là gì?

3 November 2018

BM HS-SHPT YH

9


(3) PP Phân tích: Đối chứng
• Nhóm kiểm tra và nhóm chứng:
– Nhóm kiểm tra: Xem phản ứng khi có thay đổi
– Nhóm chứng: Khơng tạo thay đổi

• Chứng dương:
– Phản ứng được biết trước, chắc chắn sẽ xảy ra khi có thay đổi

• Chứng âm:

– Khơng ứng dụng thay đổi
– Để làm gì?

• False positive/False negative: Dương giả/Âm giả

3 November 2018

BM HS-SHPT YH

10


(3) PP Phân tích:
Độ nhạy và độ đặc hiệu
• Độ nhạy?
– Độ nhạy của một xét nghiệm là tỷ lệ những trường hợp thực sự có
bệnh và có kết quả xét nghiệm dương tính trong tồn bộ các trường
hợp có bệnh.
– Độ nhạy = số dương tính thật/(số dương tính thật + số âm tính giả)
– Độ nhạy 100% có ý nghĩa như thế nào?
– Độ nhạy cao ảnh hưởng gì đến sai lầm của XN?

• Độ đặc hiệu?
– Độ đặc hiệu của một xét nghiệm là tỷ lệ những trường hợp thực sự
khơng có bệnh và có kết quả xét nghiệm âm tính trong tồn bộ các
trường hợp khơng bị bệnh.
– Độ đặc hiệu = Số trường hợp âm tính thật/ (số trường hợp âm tính
thật + số trường hợp dương tính giả)
– Độ đặc hiệu 100% có ý nghĩa như thế nào?
– Độ đặc hiệu cao ảnh hưởng gì đến sai lầm của XN?

3 November 2018

BM HS-SHPT YH

11


Ví dụ:
Dùng PCR để phát hiện Mycobacterium tuberculosis trong máu bệnh nhân
• Đoạn trình tự IS1081 đặc thù cho Mtb
• Primer có sẵn
• Thiết kế phản ứng PCR

Mẫu kiểm tra

Chứng dương

Chứng âm

3 November 2018

BM HS-SHPT YH

12


Ví dụ:
Dùng PCR để phát hiện Mycobacterium tuberculosis trong máu bệnh nhân
• Đoạn trình tự IS1081 đặc thù cho Mtb
• Primer có sẵn

• Thiết kế phản ứng PCR

3 November 2018

Mẫu kiểm tra

DNA từ máu bệnh nhân

Chứng dương

Mẫu DNA Mtb

Chứng âm

Nước, không DNA
khuôn

BM HS-SHPT YH

13


Mẫu 1 Mẫu 2

(+)

3 November 2018

(-)

BM HS-SHPT YH

14


3 November 2018

BM HS-SHPT YH

15


3 November 2018

BM HS-SHPT YH

16


Điện di

(+)

•
•
•

(-)

Chứng dương: thang DNA/RNA (marker/ladder)

Chứng âm: nước
Để làm gì?
3 November 2018

BM HS-SHPT YH

17


Xét Nghiệm:
Chạy điện di PCR của 01 mẫu máu để phát hiện trình tự 419kb
IS6110 của M. tuberculosis

3 November 2018

BM HS-SHPT YH

18


Xét Nghiệm:
Chạy điện di PCR của 01 mẫu máu để phát hiện trình tự 419kb
IS6110 của M. tuberculosis
(+)
PCR

S1

S2

S3

(-)
PCR

H2O

Thang

3 November 2018

BM HS-SHPT YH

19


Trường hợp 1: Khơng có band

3 November 2018

BM HS-SHPT YH

20


Trường hợp 2:
Có thang, nước (chứng âm điện di) hoạt động/Khơng có band

H2O

3 November 2018

BM HS-SHPT YH

21


Trường hợp 3
(+)

3 November 2018

H2O

BM HS-SHPT YH

22


Trường hợp 4
(-)

(+)

3 November 2018

BM HS-SHPT YH

H2O

23


Trường hợp 5
(-)

(+)

3 November 2018

BM HS-SHPT YH

H2O

24


Trường hợp 6
(-)

(+)

3 November 2018

BM HS-SHPT YH

H2O

25