Xây dựng quy trình phát hiện ctDNA bằng công nghệ giải trình tự thế hệ mới trong ung thư đại trực tràng giai đoạn sớm
Bạn đang xem bản rút gọn của tài liệu. Xem và tải ngay bản đầy đủ của tài liệu tại đây (4.33 MB, 195 trang )
ỦY BAN NHÂN DÂN
THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH
SỞ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ
BỘ Y TẾ
ĐẠI HỌC Y DƢỢC
THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH
CHƢƠNG TRÌNH KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ CẤP THÀNH PHỐ
BÁO CÁO TỔNG HỢP
KẾT QUẢ NHIỆM VỤ NGHIÊN CỨU KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ
XÂY DỰNG QUI TRÌNH PHÁT HIỆN CtDNA
BẰNG CƠNG NGHỆ GIẢI TRÌNH TỰ THẾ HỆ MỚI
TRONG UNG THƢ ĐẠI TRỰC TRÀNG GIAI ĐOẠN SỚM
Cơ quan chủ trì nhiệm vụ: ĐẠI HỌC Y DƢỢC TP.HCM
Chủ nhiệm nhiệm vụ: GS.TS.BS Trần Diệp Tuấn
Thành phố Hồ Chí Minh – 2021
1
ĐẠI HỌC Y DƯỢC
CỘNG HOÀ XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM
THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH
Độc lập – Tự do – Hạnh phúc
Tp. Hồ Chí Minh, ngày
tháng
năm 2021
BÁO CÁO THỐNG KÊ
KẾT QUẢ THỰC HIỆN NHIỆM VỤ NGHIÊN CỨU KH&CN
I. THÔNG TIN CHUNG
1. Tên nhiệm vụ: Xây dựng qui trình phát hiện ctDNA bằng cơng nghệ
giải trình tự thế hệ mới trong ung thư đại trực tràng giai đoạn sớm.
Thuộc: Chương trình/lĩnh vực: Công nghệ sinh học/Y Dược
2. Chủ nhiệm nhiệm vụ:
2.1 Đồng chủ nhiệm nhiệm vụ.
- Họ và tên: Trần Diệp Tuấn
- Ngày tháng năm sinh: 1967
Giới tính: Nam
- Học hàm, Học vị: Giáo sư, Tiến sĩ, Bác sĩ
Chuyên ngành: Nhi
- Năm đạt học vị: 2003
- Chức danh khoa học: Giáo sư
Năm được phong chức danh: 2021
- Tên cơ quan đang cơng tác: Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh
- Chức vụ: hiệu trưởng
- Địa chỉ cơ quan: 217 Hồng Bàng, phường 11, quận 5, Tp. HCM
- Điện thoại cơ quan: 028.38558441
Fax: 028.38552304
- Địa chỉ nhà riêng:
- Điện thoại nhà riêng:
- Điện thoại di động: +84 985598528
- E-mail:
3. Tổ chức chủ trì nhiệm vụ:
- Tên tổ chức chủ trì nhiệm vụ: Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí
Minh
- Điện thoại: 028.38558441
Fax: 028.38552304
- E-mail:
Website:
- Địa chỉ: 217 Hồng Bàng, phường 11, quận 5, Tp. HCM
- Họ và tên thủ trưởng tổ chức: NGUYỄN HOÀNG BẮC
- Số tài khoản: 3713.0.1057277.00000.
- Tại ngân hàng: kho bạc Nhà nước: quận 5, Tp. HCM
- Tên cơ quan chủ quản đề tài: Sở Khoa học Công nghệ TP. Hồ Chí
Minh
II. TÌNH HÌNH THỰC HIỆN
1. Thời gian thực hiện nhiệm vụ:
- Theo Hợp đồng số 52/2019/HĐ-QPTKHCN đã ký kết: từ 12 tháng 08 năm
2019 đến 12 tháng 08 năm 2021.
- Thực tế thực hiện: từ 31 tháng 7 năm 2019 đến 31 tháng 7 năm 2021
- Được gia hạn (nếu có): Khơng gia hạn.
2. Kinh phí và sử dụng kinh phí:
a) Tổng số kinh phí thực hiện: 3.155.000.000 đ, trong đó:
+ Kính phí hỗ trợ từ ngân sách khoa học: 3.155.000.000 đ.
+ Kinh phí từ các nguồn khác: 0 đ.
b) Tình hình cấp và sử dụng kinh phí từ nguồn ngân sách khoa học:
Số
Theo kế hoạch
Thực tế đạt được
TT
Thời gian
Kinh phí
Thời gian
(Tháng, năm)
(Tr. đ)
(Tháng, năm) (Tr. đ)
1
9/2019
1.577
9/2019
1.577
1.577
2
9/2020
1.262
9/2020
1.262
1.262
3
8/2021
316
-
-
-
c) Kết quả sử dụng kinh phí theo các khoản chi:
Kinh phí
Ghi chú
(Số đề nghị
quiết tốn)
Đối với đề tài:
Đơn vị tính: triệu đồng
Số
T
T
Theo kế hoạch
Nội dung
các khoản chi
Trả công lao động
1
(khoa
học,
phổ
vật
liệu,
Tổng
NSKH
684,8890
684,8890
5
5
thông)
2
3
4
Thực tế đạt được
Nguyên,
năng lượng
2.299,517 2.299,517
Nguồn
khác
Nguồn
Tổng
NSKH
684,88
684,88
684,889
905
905
05
khác
2.296,7 2.296,7 2.299,51
43
43
7
9,850
9,850
10,850
150
150
150
9,7439
9,7439
5
5
Thiết bị, máy móc
Xây dựng, sửa chữa
nhỏ
Chi cho hội đồng tự
8
đánh giá kết quả
10,850
10,850
150
150
9,74395
9,74395
3.155
3.155
thực hiện
9
Chi quản lý nhiệm
vụ KHCN
Chi khác liên quan
10 hoạt động nghiên
cứu
Tổng cộng
- Lý do thay đổi (nếu có):
3.151,2 3.151,2
26
26
9,74395
3.155
3. Các văn bản hành chính trong q trình thực hiện đề tài/dự án:
(Liệt kê các quiết định, văn bản của cơ quan quản lý từ công đoạn xét duyệt,
phê duyệt kinh phí, hợp đồng, điều chỉnh (thời gian, nội dung, kinh phí thực
hiện... nếu có); văn bản của tổ chức chủ trì nhiệm vụ (đơn, kiến nghị điều
chỉnh ... nếu có)
Số
Số, thời gian ban Tên văn bản
TT
hành văn bản
1
Số
589/QĐ- Quyết định về việc phê duyệt nhiệm
ngày vụ nghiên cứu khoa học và công nghệ
SKHCN
03/7/2019
2
Số
383/ĐHYD- Công văn chấp thuận của hội đồng đạo
HĐĐĐ
ngày đức trong nghiên cứu y sinh học
30/7/2019
3
Số 52/2019/HĐ- Hợp đồng thực hiện nhiệm vụ nghiên
QPTKHCN ngày cứu khoa học và công nghệ
12/8/2019
4
Số
415/HĐ- Hợp đồng nghiên cứu khoa học
ĐHYD
ngày
23/8/2019
5
Số
416/HĐ- Hợp đồng giao khốn chun mơn
ĐHYD
ngày
23/8/2019
6
Số
1163/TTr- Tờ trình phê duyệt kế hoạch lựa chọn
ĐHYD
11/9/2019
ngày nhà thầu của nhiệm vụ nghiên cứu
khoa học và công nghệ
Ghi chú
7
Số
905/QĐ- Quiết định về việc phê duyệt kế hoạch
ngày lựa chọn nhà thầu của nhiệm vụ nghiên
SKHCN
cứu khoa học và công nghệ
30/9/2019
8
Số
5010A/QĐ- Quiết định về việc phê duyệt kết quả
ĐHYD
ngày lựa chọn nhà thầu
06/11/2019
4. Tổ chức phối hợp thực hiện nhiệm vụ:
Số Tên tổ chức Tên
tổ Nội dung
Sản
TT đăng
đã tham gia chủ yếu
chủ yếu đạt chú
ký chức
theo Thuyết tham gia
minh
1
phẩm Ghi
được
*
thực hiện
Viện
Di Viện
Di Nội dung 5: xác định ngưỡng Xác
định
truyền
Y truyền Y phát hiện của qui trình (tần được ngưỡng
học
học
suất đột biến (MAF) thấp nhất phát hiện đột
TP.HCM
TP.HCM
có thể phát hiện được) và độ biến với tần
lặp của qui trình:
suất
thấp
- Ngưỡng phát hiện đột nhất là 0,1%.
biến của qui trình được
phát hiện bằng cách trộn
DNA mang đột biến
chuẩn
(TruQ1)
với
DNA không mang đột
biến tại các nồng độ pha
loãng: 1%, 0,1%, 0,05%
và 0,01%.
Độ lặp của qui trình được xác
định bằng cách chuẩn bị mẫu
và giải trình tự 3 lần cho mỗi
nồng độ pha loãng.
Nội dung 6. Xác định độ nhạy Xác định độ
và độ đặc hiệu của qui trình.
-
nhạy của qui
So sánh kết quả giải trình là 84%
trình tự giữa mẫu máu và mô u và
độ
tương ứng từ 50 bệnh nhân hiệu
UTĐTT để khẳng định sự 91,7%.
chính xác của qui trình trong
phát hiện đột biến sinh dưỡng.
Kết quả giải trình tự được
ngoại kiểm bằng phương pháp
giải trình tự Sanger trên 10
mẫu mô u ngẫu nhiên.
-
So sánh khả năng phát
hiện ctDNA trong 50 bệnh
nhân UTĐTT và nhóm đối
chứng để xác định độ nhạy và
độ đặc hiệu của qui trình:
-
Độ nhạy là tỉ lệ phát
hiện ctDNA trong 50 mẫu
UTĐTT.
Độ đặc hiệu là tỉ lệ âm tính với
ctDNA trong 100 người khoẻ
mạnh
đặc
là
5. Cá nhân tham gia thực hiện nhiệm vụ:
(Người tham gia thực hiện đề tài thuộc tổ chức chủ trì và cơ quan phối hợp,
không quá 10 người kể cả chủ nhiệm)
Số
Tên cá Tên
TT
nhân
cá Nội
dung Sản phẩm chủ yếu đạt được
nhân đã tham
gia
chú*
đăng ký tham gia chính
theo
thực
Thuyết
hiện
minh
1
GS.TS.
GS.TS.
Điều hành Qui trình sinh thiết lỏng phát
BS Trần BS Trần chung.
hiện đột biến gen từ các mẫu
Diệp
Diệp
Thực hiện UTĐTT
Tuấn
Tuấn
các
nội Xác định độ nhạy và độ đặc hiệu
dung 1,5,6 của qui trình.
và 7.
2
PGS.TS. PGS.TS.
Thực hiện Qui trình cho bước tách chiết
Đỗ các
BS
Đỗ BS
nội cfDNA từ huyết tương
Thị
Thị
dung 2,3,4 Qui trình chuẩn bị thư viện giải
Thanh
Thanh
và 7
Thuỷ
Thuỷ
trình tự
Qui trình làm giàu thư viện chứa
20 gen mục tiêu
3
Ghi
TS.
TS.
Thực hiện Qui trình cho bước tách chiết
Nguyễn
Nguyễn
nội
Hồi
Hồi
2,3 và 4
Nghĩa
Nghĩa
dung cfDNA từ huyết tương
Qui trình chuẩn bị thư viện giải
trình tự
Qui trình làm giàu thư viện chứa
20 gen mục tiêu
4
TS.
TS.
Thực hiện Xác định ngưỡng phát hiện đột
Giang
Giang
nội dung 5 biến tối thiểu của qui trình.
Hoa
Hoa
và 6
Xác định độ nhạy và độ đặc hiệu
của qui trình sinh thiết lỏng.
5
TS.
TS. Trần Hỗ trợ thực Qui trình cho bước tách chiết
Trần Lê Lê Sơn
hiện
nội cfDNA từ huyết tương
Sơn
dung
2,3 Qui trình chuẩn bị thư viện giải
trình tự
và 4.
Qui trình làm giàu thư viện chứa
20 gen mục tiêu
6
7
PGS.TS. PGS.TS.
Thực hiện Bộ mẫu UTĐTT và bộ mẫu
BS.
BS.
nội dung 1
Nguyễn
Nguyễn
Hoàng
Hoàng
Bắc
Bắc
TS.
ThS.
Phối
hợp Xác định ngưỡng phát hiện đột TS.
Phan
Lương
thực
hiện biến tối thiểu của qui trình.
Minh
Bắc An
nội dung 5 Xác định độ nhạy và độ đặc hiệu Minh
Duy
nhóm người khoẻ mạnh theo yêu
cầu của đề cương nghiên cứu
và 6
của qui trình sinh thiết lỏng.
Phan
Duy
đi
cơng
tác
dài
hạn
8
PGS.TS. PGS.TS.
Thực hiện Bộ mẫu UTĐTT và bộ mẫu
BS. Ngơ BS. Ngơ nội dung 1
nhóm người khoẻ mạnh theo yêu
Quốc
cầu của đề cương nghiên cứu
Quốc Đạt
Đạt
9
10
TS.BS.
TS.BS.
Thực hiện Bộ mẫu UTĐTT và bộ mẫu
Nguyễn
Nguyễn
nội dung 1
Hữu
Hữu
Thịnh
Thịnh
nhóm người khoẻ mạnh theo yêu
cầu của đề cương nghiên cứu
ThS.BS. ThS.BS.
Thực hiện Bộ mẫu UTĐTT và bộ mẫu
Trần
Trần Đức nội dung 1
nhóm người khoẻ mạnh theo yêu
Đức
Huy
cầu của đề cương nghiên cứu
Huy
11
CN.
Hồ Hỗ trợ thực Qui trình cho bước tách chiết Bổ
Quốc
hiện
nội cfDNA từ huyết tương
Chương
dung
2,3 Qui trình chuẩn bị thư viện giải thành
và 4.
trình tự
sung
viên
Qui trình làm giàu thư viện chứa hỗ
20 gen mục tiêu
trợ
thực
hiện
kĩ
thuật.
- Lý do thay đổi (nếu có):
+ TS. Phan Minh Duy cơng tác nước ngồi dài hạn, được thay thế bổ sung là
ThS. Lương Bắc An tiếp tục công việc nghiên cứu của đề tài.
+ Bổ sung CN. Hồ Quốc Chương hỗ trợ kĩ thuật cho nghiên cứu.
6. Tình hình hợp tác quốc tế:
Số
Theo kế hoạch
Thực tế đạt được
TT
(Nội dung, thời gian, kinh phí, (Nội dung, thời gian, kinh phí,
Ghi chú*
địa điểm, tên tổ chức hợp tác, số địa điểm, tên tổ chức hợp tác,
đoàn, số lượng người tham gia...) số đoàn, số lượng người tham
gia...)
1
7. Tình hình tổ chức hội thảo, hội nghị:
Số
Theo kế hoạch
Thực tế đạt được
TT
(Nội dung, thời gian, kinh phí,
(Nội dung, thời gian, kinh phí,
địa điểm)
Ghi chú*
địa điểm)
1
8. Tóm tắt các nội dung, công việc chủ yếu:
(Nêu tại mục 15 của thuyết minh, không bao gồm: Hội thảo khoa học, điều tra
khảo sát trong nước và nước ngoài)
Số
Các nội dung, công Thời gian
TT
việc
(Bắt đầu, kết thúc
cơ quan
chủ yếu
- tháng … năm)
thực hiện
(Các mốc đánh giá chủ
yếu)
Theo
Thực tế
kế
đạt được
Người,
hoạch
1
Nội dung 1. Tuyển
Hoàn
chọn 50 bệnh nhân 9/2019- thành
-GS.TS.BS Trần Diệp Tuấn
(ĐH Y Dược, TP. HCM).
UTĐTT giai đoạn I, II, 2/2021
100%
-PGS.TS.BS.
Ngô
Quốc
III và chưa qua điều trị.
công việc
Đạt. (ĐH Y Dược, TP.
Những bệnh nhân sẽ
HCM).
được thu nhận 10ml
-PGS.TS.BS.
máu ngoại vi và mơ u
Hồng Bắc (ĐH Y Dược,
tương ứng. Nhóm đối
TP. HCM).
chứng là 100 người
-TS.BS.
khoẻ mạnh.
Thịnh. (ĐH Y Dược, TP.
- Xây dựng qui trình
HCM).
thu mẫu.
Hữu
- ThS. BS. Trần Đức Huy
- Thiết kế phiếu đồng
thuận
Nguyễn
Nguyễn
tham
(ĐH Y Dược, TP. HCM).
gia
nghiên cứu
- Trình hội đồng y
đức
2
Nội dung 2. Tách chiết 12/2019 Hoàn
-PGS.TS.BS Đỗ Thị Thanh
cfDNA từ huyết tương -
Thuỷ (ĐH Y Dược, TP.
thành
sử dụng kít MagMAX 12/2020 100%
(Thermo Scientific).
cơng việc
HCM).
- TS. Nguyễn Hoài Nghĩa
(ĐH Y Dược, TP. HCM).
- TS. Trần Lê Sơn
- CN. Hồ Quốc Chương
(ĐH Y Dược, TP. HCM).
3
Nội dung 3. Gắn mã 12/2019 Hoàn
- PGS.TS.BS Đỗ Thị Thanh
xác định (UID) cho -
Thuỷ (ĐH Y Dược, TP.
thành
từng phân tử cfDNA và 12/2020 100%
HCM).
tạo thư viện phục vụ
- TS. Nguyễn Hồi Nghĩa
cơng việc
giải trình tự gen thế hệ
(ĐH Y Dược, TP. HCM).
mới bằng bộ kít Accel-
- TS. Trần Lê Sơn (
NGS 2S Plus DNA
- CN. Hồ Quốc Chương
library
(ĐH Y Dược, TP. HCM).
(Swift
Bisciences).
4
Nội dung 4: Thực hiện 12/2019 Hoàn
-PGS.TS.BS Đỗ Thị Thanh
“lai-bắt giữ” để làm -
Thuỷ (ĐH Y Dược, TP.
thành
giàu các phân mảnh 12/2020 100%
HCM).
cfDNA của 20 gen mục
- TS. Nguyễn Hồi Nghĩa
cơng việc
tiêu sử dụng kit xGen-
(ĐH Y Dược, TP. HCM).
IDT.
- TS. Trần Lê Sơn
- CN. Hồ Quốc Chương
(ĐH Y Dược, TP. HCM).
5
Nội dung 5: xác định 12/2019 Hoàn
-GS.TS.BS Trần Diệp Tuấn
ngưỡng phát hiện của -
(ĐH Y Dược, TP. HCM).
thành
qui trình (tần suất đột 12/2020 100%
-TS. Giang Hoa
biến (MAF) thấp nhất
- ThS. Lương Bắc An (ĐH
có thể phát hiện được)
và độ lặp của qui trình:
-
Ngưỡng
phát
hiện đột biến của qui
trình được phát hiện
bằng cách trộn DNA
công việc
Y Dược, TP. HCM)
mang đột biến chuẩn
(TruQ1)
với
DNA
không mang đột biến
tại các nồng độ pha
lỗng:
1%,
0,1%,
0,05% và 0,01%.
Độ lặp của qui
-
trình được xác định
bằng cách chuẩn bị mẫu
và giải trình tự 3 lần
cho mỗi nồng độ pha
lỗng.
6
Nội dung 6. Xác định 01/2020 Hồn
-GS.TS.BS Trần Diệp Tuấn
độ nhạy và độ đặc hiệu -3/2021 thành
(ĐH Y Dược, TP. HCM).
của qui trình.
100%
-TS. Giang Hoa
cơng việc
- ThS. Lương Bắc An (ĐH
-
So sánh kết quả
giải trình tự giữa mẫu
máu và mơ u tương ứng
từ
50
bệnh
nhân
UTĐTT để khẳng định
sự chính xác của qui
trình trong phát hiện
đột biến sinh dưỡng.
Kết quả giải trình tự
được ngoại kiểm bằng
phương pháp giải trình
tự Sanger trên 10 mẫu
Y Dược, TP. HCM)
mô u ngẫu nhiên.
-
So sánh khả năng
phát hiện ctDNA trong
50 bệnh nhân UTĐTT
và nhóm đối chứng để
xác định độ nhạy và độ
đặc hiệu của qui trình:
-
Độ nhạy là tỉ lệ
phát hiện ctDNA trong
50 mẫu UTĐTT.
-
Độ đặc hiệu là tỉ
lệ âm tính với ctDNA
trong 100 người khoẻ
mạnh.
7
Nội dung 7: Phân tích 7/2020- 100%
dữ liệu, viết báo cáo 7/2021
-GS.TS.BS Trần Diệp Tuấn
Công việc (ĐH Y Dược, TP. HCM).
nghiệm thu và bài báo
- PGS.TS.BS Đỗ Thị Thanh
khoa học.
Thuỷ (ĐH Y Dược, TP.
HCM).
- Lý do thay đổi (nếu có):
III. SẢN PHẨM KH&CN CỦA NHIỆM VỤ
1. Sản phẩm KH&CN đã tạo ra:
a) Sản phẩm Dạng I:
Số
Tên sản phẩm và Đơn
TT
chỉ
tiêu
chất vị đo
lượng chủ yếu
Số lượng
Theo
hoạch
kế Thực tế
đạt được
1
- Lý do thay đổi (nếu có):
b) Sản phẩm Dạng II:
Số
Tên
TT
phẩm
sản Yêu cầu khoa học
Ghi
cần đạt
chú
Theo kế hoạch
Thực tế
đạt
được
1
Một
qui Thiết lập tiêu chuẩn quản lí chất lượng (QC) Đạt
trình
phát cho mỗ bước của qui trình sinh thiết lỏng, cụ 100%
hiện
ct thể như sau:
kế
DNA bằng
- Thu mẫu: mẫu không bị tiêu huyết
giải
trình
- Tách chiết cfDNA: hàm lượng cfDNA
tự thế hệ
khơng thấp hơn 5ng và kích thước trong
mới trong
khoảng 150-250bp
UTĐTT
giai
sớm .
đoạn
hoạch
- Chuẩn bị thư viện: hàm lượng của sản
phẩm không thấp hơn 100ng và kích
thước trong khoảng 300-400bp.
- Lai-bắt giữ: nồng độ của sản phẩm
khơng thấp hơn 10nM.
- Giải trình tự thế hệ mới: mật độ DNA
trên
flowcell
trong
khoảng
160-
220k/mm2, chất lượng giải trình tự có
Q30 đạt hơn 90%.
Độ chính xác của qui trình phải đạt các
tiêu chí sau:
Độ nhạy: tối thiểu đạt 70%
Độ đặc hiệu: tối thiểu đạt 96%.
2
Cơ sở dữ Cơ sở dữ liệu về đột biến sinh dưỡng và MAF Đạt
liệu về đột từ 50 mẫu máu và 50 mẫu mô u tương ứng từ 100%
biến
sinh bệnh nhân UTĐTT.
dưỡng
và
kế
hoạch
MAF trong
mẫu
mô
UTĐTT và
mẫu
máu
của
bệnh
nhân
UTĐTT
3
cáo Đầy đủ, dưới dạng bản thảo.
Báo
tổng kết
Báo cáo
tổng kết
c) Sản phẩm Dạng III:
Số
Tên sản u cầu khoa học
Số
TT
phẩm
nơi
cần đạt
lượng,
cơng
bố
(Tạp
chí,
nhà
xuất
bản)
Theo kế hoạch Thực tế đạt được
1
Bài
báo
Lương Bắc An, Nguyễn Phúc Tạp
chí
khoa học
Hằng, Lê Gia Hoàng Linh, Hồ trong nước
Quốc Chương, Giang Hoa, Trần
Đức Huy, Nguyễn Thị Quỳnh Thơ,
Nguyễn Hoài Nghĩa, Ngơ Quốc
Đạt, Nguyễn Hồng Bắc, Đỗ Thị
Thanh Thuỷ, Trần Diệp Tuấn
(2021). So sánh kiểu đột biến gen
giữa mẫu sinh thiết lỏng và sinh
thiết mơ. Y học Thành phố Hồ Chí
Minh, Tập 25, Số 1, Trang 112118.
Lê Gia Hoàng Linh, Lương Bắc An, Tạp
chí
Hồ Quốc Chương, Giang Hoa, trong nước
Nguyễn Thị Quỳnh Thơ, Nguyễn
Hồi Nghĩa, Ngơ Quốc Đạt, Trần
Diệp Tuấn, Đỗ Thị Thanh Thuỷ
(2021). Khảo sát phổ đột biến ở
bệnh nhân ưng thư đại trực tràng
giai đoạn sớm bằng kĩ thuật giải
trình tự thế hệ mới. Y học Thành
phố Hồ Chí Minh, Tập 25, Số 1,
Trang 118-126
Theo yêu cầu Huu-Thinh
Nguyen,
Bac-An Tạp
đăng trên tạp Luong, Duc-Huy Chan, Trong-Hieu quốc tế
chí ISI.
Nguyen, Quoc Dat Ngo, Gia Hoang
Linh Le, Quoc Chuong Ho, HueHanh Thi Nguyen, Cao Minh
chí
Nguyen, Vu Uyen Chan, Truong
Vinh Ngoc Pham, Minh Triet Le,
Ngoc An Trinh Le, Trung Kien Le,
Thanh Luan Nguyen, Hong-Anh
Thi Pham, Hong Thuy Le, Hong
Diep Thi Duong, Anh Vu Hoang,
Kiet Truong Dinh, Minh-Duy Phan,
Hoai-Nghia Nguyen, Thanh-Thuy
Thi Do, Hoa Giang, Le Son Chan,
Diep Tuan Tran (2021). Ultra-deep
sequencing of plasma circulating
DNA for detection of tumor-drived
mutations in patients with early
stage colorectal cancer. Submitted.
d) Sản phẩm dạng IV:
Số
Cấp
đào Số lượng
TT
tạo,
(Thời
Chuyên
gian kết
ngành đào
thúc)
tạo
1
Thạc sỹ
Theo kế hoạch
Ghi chú
Thực tế đạt được
Tham gia đào Đào tạo 2 học viên:
tạo cấp thạc sĩ
HV. Lê Thị Hồng Thuỷ (ĐH. Y
(số lượng: 2)
Dược TP.HCM; Ngành: Khoa học
y sinh-Hoá sinh y học). Tên luận
2021
văn “Phân tích mối tương quan
giữa hàm lượng ctDNA với các đặc
điểm lâm sàng của ung thư đại trực
tràng”.
CBHD: GS.TS.BS Trần Diệp Tuấn
và TS. Đường Thị Hồng Diệp
HV. Nguyễn Thành Luân (ĐH. 2021
Khoa học Tự Nhiên TP.HCM;
Ngành: Di truyền). Tên luận văn:
“Xây dựng qui trình phát hiện biến
thể gây bệnh trên cfDNA ở bệnh
nhân ung thư đại trực tràng giai
đoạn sớm bằng kĩ thuật giải trình tự
gen thế hệ mới”
CBHD: GS. TS.BS Trần Diệp Tuấn
và TS. Trần Lê Sơn
2
Tiến sỹ
đ) Tình hình đăng ký bảo hộ quiền sở hữu cơng nghiệp:
Số
Tên sản phẩm
TT
đăng ký
Kết quả
Ghi chú
Theo
Thực tế
kế hoạch
đạt được
(Thời
thúc)
1
e) Thống kê danh mục sản phẩm KHCN đã được ứng dụng vào thực tế
gian
kết
Số
Tên kết quả
TT
đã được ứng dụng
Thời gian
Địa điểm
Kết quả
(Ghi rõ tên, địa chỉ
sơ bộ
nơi ứng dụng)
1
2. Đánh giá về hiệu quả do nhiệm vụ mang lại:
a) Hiệu quả về khoa học và công nghệ:
(Nêu rõ danh mục công nghệ và mức độ nắm vững, làm chủ, so sánh với trình
độ công nghệ so với khu vực và thế giới…).
b) Hiệu quả về kinh tế xã hội:
(Nêu rõ hiệu quả làm lợi tính bằng tiền dự kiến do nhiệm vụ tạo ra so với các
sản phẩm cùng loại trên thị trường…
MỤC LỤC
DANH MỤC HÌNH ............................................................................................... 5
DANH MỤC BẢNG .............................................................................................. 6
DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT ............................................................................. 7
CHƢƠNG 1: TỔNG QUAN VẤN ĐỀ NGHIÊN CỨU ..................................... 10
MỤC TIÊU, NỘI DUNG KH&CN VÀ PHƢƠNG ÁN TỔ CHỨC THỰC
I.
HIỆN NHIỆM VỤ ................................................................................................ 10
1.1.
Tổng quan về ung thƣ đại trực tràng.......................................................... 10
1.1.1.
Dịch tễ của UTĐTT ............................................................................ 10
1.1.2.
Đặc điểm lâm sàng .............................................................................. 11
1.1.3.
Các yếu tố nguy cơ gây UTĐTT......................................................... 12
1.1.4.
Phƣơng pháp điều trị UTĐTT ............................................................. 13
1.1.5.
Chẩn đoán sớm UTĐTT ..................................................................... 14
1.2.
Các phƣơng pháp phát hiện UTĐTT giai đoạn sớm ................................. 15
1.2.1.
Sinh thiết-đánh giá mô học ................................................................. 15
1.2.2.
Phân tích các kháng nguyên trong phân ............................................. 15
1.2.3.
Phân tích vật liệu di truyền ................................................................. 16
1.3.
DNA ngoại bào mang đột biến ung thƣ ..................................................... 19
1.3.1.
Nhận dạng đột biến trên ctDNA phục vụ điều trị đích ....................... 20
1.3.2.
Đánh giá hiệu quả điều trị bằng định lƣợng ctDNA ........................... 21
1.3.3.
Tiên lƣợng khả năng tái phát ung thƣ ................................................. 21
1.3.4.
Phát hiện ung thƣ giai đoạn sớm......................................................... 22
1.3.5.
Các phƣơng pháp phát hiện ctDNA .................................................... 22
1.3.5.1. Phát hiện ctDNA dựa trên kỹ thuật PCR (qPCR và dPCR) ............ 23
1
1.3.5.2. Phát hiện ctDNA dựa trên cơng nghệ giải trình tự thế hệ mới ........ 23
1.3.6.
1.4.
Phát hiện UTĐTT giai đoạn sớm dựa trên ctDNA ............................. 26
Mục tiêu của nhiệm vụ............................................................................... 29
1.4.1.
Mục tiêu tổng quát .............................................................................. 29
1.4.2.
Mục tiêu cụ thể.................................................................................... 30
CHƢƠNG 2: VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ....................... 31
2.1.
Lƣu đồ thực hiện nghiên cứu ..................................................................... 31
2.1.1.
Xác định ngƣỡng phát hiện của qui trình (tần suất đột biến-MAF) ....... 31
2.1.2.
Xác định độ nhạy và đặc hiệu của qui trình ........................................... 32
2.2.
Chọn mẫu nghiên cứu ................................................................................ 32
2.2.1.
Tiêu chuẩn chọn mẫu .......................................................................... 33
2.2.2.
Tiêu chuẩn loại trừ .............................................................................. 33
2.2.3.
Cỡ mẫu cho nghiên cứu ...................................................................... 33
2.3.
Thiết bị-dụng cụ-hoá chất .......................................................................... 34
2.3.1.
Thiết bị ................................................................................................ 34
2.3.2.
Dụng cụ - vật liệu tiêu hao .................................................................. 34
2.3.3.
Hoá chất .............................................................................................. 34
2.4.
Qui trình thu và lƣu trữ mẫu huyết tƣơng .................................................. 35
2.5.
Qui trình tách chiết cfDNA từ huyết tƣơng ............................................... 35
2.6.
Qui trình tách chiết gDNA từ mẫu FFPE và mẫu WBC ........................... 36
2.7.
Phân mảnh DNA bằng enzyme fragmentase ............................................. 36
2.8.
Kiểm tra nồng độ DNA với hệ thống QFX Fluorometer .......................... 36
2.9.
Tạo thƣ viện giải trình tự ........................................................................... 37
2
