Xác định đặc tính sinh học phân tử gen VP1 của các chủng virus vacxin viêm gan vịt ở Việt Nam và so sánh với một số chủng khác của thế giới

Xác định đặc tính sinh học phân tử gen VP1 của các chủng virus
vacxin viêm gan vịt ở Việt Nam và so sánh với một số chủng
khác của thế giới
Đề cương đề tài mã số: CH0852
Lời cam đoan...................................................................................................................................1
Lời cảm ơn.......................................................................................................................................2
Mục lục............................................................................................................................................3
Danh mục các chữ viết tắt...............................................................................................................6
Danh mục bảng................................................................................................................................7
Danh mục hình..........................................................................................................................8
1. MỞ ĐẦU...................................................................................................................................10
1.1 Tính cấp thiết của đề
tài…………………………………………………….. 10
1.2 Mục tiêu nghiên cứu của đề tài……………………………………………...11
1.3 Ý nghĩa khoa học của đề tài…………………………………………………11
2. TỔNG QUAN TÀI LIỆU.........................................................................................................12
2.1 Bệnh viêm gan virus ở vịt (Duck Hepatitis)
………………………………...12
2.1.1 Sơ lược về lịch sử phân bố bệnh………………………………………..12
2.1.2 Loài mắc bệnh…………………………………………………………..13
2.1.3 Đường xâm nhập và cách lây lan……………………………………….13
2.1.4 Cơ chế gây bệnh của virus……………………………………………...14
2.1.5 Triệu chứng lâm sàng và bệnh tích……………………………………..14
2.1.6 Chẩn đoán bệnh viêm gan vịt do virus………………………………….16
2.1.7 Phòng chống bệnh………………………………………………………17
2.2 Một số đặc tính sinh học của virus viêm gan vịt type I……………………..18
2.2.1 Đặc tính nuôi cấy virus…………………………………………………18
2.2.2 Sức đề kháng của DHV-1………………………………………………20
2.2.3 Đặc tính kháng nguyên của virus DHV-1………………………………20
2.2.4 Biến dị của virus
....................................................................................................................

………………………………………………………..21
2.3 Sinh học phân tử và sơ đồ phả hệ virus viêm gan vịt type I ………………..21
2.3.1 Sơ lược về Picornavirus ………………..………………………………21
2.3.2 Sơ lược về hình thái và cấu tạo virus viêm gan vịt type I………………23
2.3.3 Sơ lược về phả hệ virus DHV-1………...………………………………25
2.4 Miễn dịch chống virus viêm gan vịt ……………………….………………..29
2.4.1 Miễn dịch thụ động …………………….………………………………29
2.4.2 Miễn dịch chủ động ……………………….……………………………30
2.5 Các kĩ thuật sinh học phân tử …………………………………………….....31
2.5.1 Phản ứng PCR (Polymerase Chain Reaction) .…………………………31
2.5.2 Phản ứng RT-PCR...……………………….……………………………32
2.5.3 Kĩ thuật điện di…... ……………………….……………………………32
2.5.4 Nguyên lí tách dòng và lưu giữ nguồn gen………………..……………33
2.5.5 Tầm quan trọng của việc thu nhận, lưu giữ và nghiên cứu đặc tính phân tử gen kháng
nguyên VP1 của virus vacxin viêm gan vịt được sử dụng ở Việt Nam
……………………………….…………….……………………………34
2.6 Tình hình nghiên cứu bệnh viêm gan vịt trong và ngoài nước...…………35
3. NỘI DUNG, NGUYÊN LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU....................................38
3.1 Nội dung nghiên cứu……………………………………… ………………..38
3.2 Nguyên liệu….. ……………………………………………………………..38
3.2.1 Giống virus và chuỗi gen VP1….………….
…………………………...38
3.2.2 Cặp mồi …………..……………………….……………………………39
3.2.3 Các trang thiết bị phòng thí nghiệm……….……………………………39
3.3 Qui trình thu nhận và phân tích vùng gen VP1 của virus viêm gan vịt……..41
3.4 Địa điểm thực hiện đề tài ………………………………… ………………..42
3.5 Phương pháp nghiên cứu ………………………………… ………………..42
3.5.1 Phương pháp tách chiết RNA tổng số
....................................................................................................................
…….……………………………42

3.5.2 Phương pháp thực hiện phản ứng RT-PCR một bước.…………………43
3.5.3 Phát hiện sản phẩm RT-PCR ……………..……………………………44
3.5.4 Tinh sạch sản phẩm RT-PCR…..………….……………………………45
3.5.5 Phương pháp tách dòng và lưu giữ nguồn gen …………………………45
3.5.6 Thực hiện phản ứng giải trình trình tự…….……………………………49
3.5.7 Tinh sạch sản phẩm giải trình trình tự ...….……………………………50
3.5.8 Xử lý số liệu……………………………….……………………………51
4. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN......................................................................................................52
4.1 Kết quả tách chiết RNA tổng số………………………….. ………………..52
4.2 Kết quả phản ứng RT-PCR ………………………………..………………..53
4.3 Kết quả dòng hóa và tách dòng sản phẩm………………… ………………..54
4.3.1 Kết quả dòng hóa sản phẩm vào tế bào khả biến E.coli .………………54
4.3.2 Kết quả kiểm tra DNA plasmid tái tổ hợp ..……………………………56
4.4 Kết quả giải trình trình tự nucleotit và axit amin của gen kháng nguyên VP1 ở 2 chủng virus
vacxin viêm gan vịt…………………………….. ……………….57
4.5 Kết quả truy cập ngân hàng gen, so sánh chuỗi gen kháng nguyên VP1 của 2 chủng virus
vacxin nghiên cứu với một số chủng khác trên thế giới…..………..59
4.6 So sánh thành phần nucleotit và axit amin của gen VP1 giữa hai chủng virus vacxin ở Việt
Nam và một số chủng trên thế giới……………..………………..62
4.6.1 Các chủng tham gia trong phân tích so sánh ..…………………………62
4.6.2 Kết quả đối chiếu so sánh thành phần nucleotit và axit amin vùng gen VP1 của VxAC và
VxXT với các chủng khác trên thế giới …………………63
4.7 Tỷ lệ tương đồng nucleotit và axit amin giữa các chủng nghiên cứu ..……..69
4.8 Kết quả phân tích mối quan hệ phả hệ giữa hai chủng virus nghiên cứu (VxAC và VxXT)
với một số chủng khác……………………. ………………..71
5. KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ......................................................................................................74
5.1 Kết luận ……………………………………………………………………..74
5.2 Kiến nghị…………………………………………………...
………………..74
TÀI LIỆU THAM KHẢO.................................................................................................................75

PHỤ LỤC...........................................................................................................................................81
CÁC CHỮ VIẾT TẮT
DPV : Duck Picornavirus
DHV : Duck Hepatitis Virus
VxXT : Vacxin do Xí nghiệp thuốc thú y trung ương sản xuất
VxAC : Vacxin có nguồn gốc đưa về từ Ai Cập
DNA : Axit Deoxyribonucleic
RNA : Axit Ribonucleic
VP : Viral Protein
VPg
: Viral Protein genome-linked
PCR : Polymerase Chain Reaction
RT-PCR : Revese Transcription - Polymerase Chain Reaction
EDTA : Ethylen Dimine Tetra Acetic Acid
dNTP : Deoxy Nucleotide Triphosphate
ddNTP : Dideoxy Nucleotide Triphosphate
X-gal : 5-bromo-4-chloro-3-indolyl-beta-D-galactopyranoside
Taq polymerase : Thermus aquaticus polymerase
TAE : Tris Acetic acid EDTA
LB : Luria Bertani-agar
UTR : Untranslated Region
BLAST : Basic Local Alignment Search Tool
cs : cộng sự
tr : trang
DANH MỤC BẢNG
Xác định đặc tính sinh học phân tử gen VP1 của các chủng virus vacxin viêm gan vịt ở
Việt Nam và so sánh với một số chủng khác của thế giới............................................1
DANH MỤC BẢNG.....................................................................................................5
......................................................................................................................................5
1. MỞ ĐẦU..................................................................................................................7

1.1 TÍNH CẤP THIẾT CỦA ĐỀ TÀI .........................................................................7
1.2 MỤC TIÊU NGHIÊN CỨU CỦA ĐỀ TÀI............................................................8
1.3 Ý NGHĨA KHOA HỌC CỦA ĐỀ TÀI...................................................................8