Phương pháp phân loại virus và vi khuẩn

ĐẠI HỌC KHOA HỌC
KHOA KHOA HỌC SỰ SỐNG

PHƯƠNG PHÁP PHÂN LOẠI VIRUS & VI KHUẨN
Chuyên đề : 7
Môn: NGUYÊN TẮC PHÂN LOẠI SINH VẬT
Mục lục
I. Virus
1. Đặc điểm cơ bản của virus
2. Đặc điểm phân loại virus trong phân loại đến loài
3. Hệ thống phân loại virus
4. Tên gọi virus
II. Vi khuẩn
1. Đặc điểm cơ bản của vi khuẩn
2. Phân loại vi khuẩn.
3. Đặc điểm phân loại để xác định loài vi khuẩn
4. Hệ thống phân loại vi khuẩn
5. Tên gọi của các taxon vi khuẩn
III. Kết luận
I ĐẶT VẤN ĐỀ
 Trong thế giới tự nhiên có rất nhiều loài sinh vật có
kích thước vô cùng to lớn nhưng cũng có loài sinh
vật có kích thước vô cùng nhỏ bé nhưng sự ảnh
hưởng của nó hay mức độ nguy hiểm của nó gây
ra vô cùng to lớn đối với thế giới này đó là loài vi
sinh vật. Vậy hôm nay chúng ta sẽ cùng nghiên
cứu về chúng vi rút ,vi khuẩn là gì và phương pháp
phân loại vi rút và vi khuẩn ra sao ta cùng vào bài
hôm nay.
Bệnh viêm gan B
Bệnh cúm gà

Bệnh AIDS
Virut là gì?
Phage T2
Virus là một sinh vật phi tế bào, siêu hiển vi, chỉ chứa 1 loại axit
nucleic. Chúng ký sinh bắt buộc trong tế bào sống, dựa vào sự
hiệp trợ của hệ thống trao đổi chất của vật chủ mà sao chép axit
nucleic, tổng hợp các thành phần như protein… sau đó tiến hành
lắp nối để sinh sản; trong điều kiện ngoài cơ thể chúng có thể
tồn tại lâu dài ở trạng thái đại phân tử hóa học không sống và có
trạng thái truyền nhiễm
GS. Chu Đức Khánh – ĐH Phúc Đán, Trung Quốc
1. Đặc điểm cơ bản của virut
Vỏ protein
(capsit )
Lõi( Axit
nucleic)
Axit
nucleic
Capsit
– Virut có cấu tạo vô cùng
đơn giản. Bao gồm 2 thành
phần cơ bản:
+ Lõi (genome) là axit nucleic
ở bên trong gọi chứa 1
trong 2 loại AND hoặc ARN
dạng chuỗi đơn hoặc chuỗi
kép.
+ Vỏ protein bao bọc bên
ngoài (capsit).
– Phức hợp gồm axit nucleic

và vỏ capsit được gọi là
nucleocapsit.
– Capsit là vỏ protein được cấu tạo bởi các đơn vị hình thái gọi
là capsome. Capsit có khả năng chịu nhiệt, pH và các yếu tố
ngoại cảnh nên nó có chức năng bảo vệ lõi axit nucleic.
– Trên bề mặt capsit chứa các thụ thể đặc hiệu giúp cho virut
bám vào bề mặt tế bào vừa chứa các kháng nguyên giúp kích
thích hệ thống miễn dịch của tế bào nhiễm. Kích thước và
cách sắp xếp các thành phần cấu trúc của vỏ capsit quyết
định hình dạng của các loài virut. Có 3 kiểu cấu trúc chính:
Kiểu đối xứng xoắn, kiểu đối xứng hình khối, kiểu đối xứng
phức tạp.
– Đặc điểm của genome virut là:
+ Genome ADN kép thường ở virut có kích thước lớn nhất,
genome ADN mạch đơn thường ở virut có kích thước nhỏ
hơn.
+ Gen ARN kép tất cả đều phân đoạn
+ Genome ARN đơn được quy định là genome (+) và genome
(-) dựa theo trình tự nucleotit của mARN
+ Phần lớn genome ARN mạch đơn là genome không phân
đoạn (trừ virut cúm HIV).
– Virut sống ký sinh bắt buộc trong tế bào vật chủ (động vật,
thực vật, vi sinh vật).
2. Đặc điểm phân loại virut
 Đặc điểm hình thái:
– Kích thước: tuyệt đại đa số virut có kích thước rất nhỏ, có
thể lọt qua các nến lọc vi khuẩn. Chính vì thế mà không thể
quan sát thấy virut qua kính hiển vi quang học. Người ta
thường đo kích thước virut bằng đơn vị nanomet (nm, 1nm

= 10^9m ). Với kính hiển vi điện tử và các kĩ thuật phụ trợ,
ngày nay người ta có thể đo đạc, quan sát tỉ mỉ hình thái
của từng loại virut.
Virus đậu mùa (200x300nm) Virus khoai tây(480x500nm)
Virus cúm(80x200 nm)
– Hình dạng
+ Đối xứng xoắn.Vd: hình que. Virut khảm thuốc lá
+ Đối xứng khối. Vd: virut bại liệt (khối đa diện)
virut HIV (khối cầu).
+ Đối xứng phức hơp. Vd: Thể thực khuẩn T2 của vi
khuẩn E.coli
Virút HIV
Phage T2
Virút khảm
thuốc lá
Virút bại liệt
–Ngoài ra còn có các đặc điểm: Có hay không có vỏ
ngoài,có hay không peplome, cấu trúc và kiểu đối xứng
của capsome.
Ví dụ:
Loại virut Vỏ protein
(capsit)
Vỏ ngoài
Virut khảm thuốc
lá
Capsome sắp
xếp theo chiều
xoắn của RNA
không
Virut HIV Capsome ghép

với nhau
Có vỏ ngoài, có
gai glicoprotein.
Virut TKT T2 Đầu do các
capsome hình
tam giác ghép lại
không
 Tính chất vật lý và lý hóa:
– Khối lượng phân tử
– Mật độ nổi của virut
– Hệ số lắng của virut
– Độ bền pH
– Độ bền nhiệt
– Độ bền cation
– Độ bền với dung môi
– Độ bền với chất tẩy rửa
– Độ bền phóng xạ
Vd: Virus cúm gia cầm vẫn có thể tồn tại trong nước cất
hơn 100 ngày ở 28
o
C và 200 ngày ở 17
o
C và ở 4
o
C
được ước lượng là hơn 1300 ngày (Stallknecht,
1990). Virus vẫn có khả năng lây nhiễm sau khi ủ 20
ngày ở 4
o
C trong phân hữu cơ.

 Đặc điểm genome:
– Loại axit nucleic: DNA hay RNA
– Kích thước genome
– Số mạch đơn hay mạch kép
– Dạng thẳng hay khép vòng
– Phân cực sợi âm hay dương
– Số đoạn và kích thước các đoạn
– Trật tự nucleotit
- Sự có mặt của các đoạn lặp lại
– Sự có mặt của isomer hóa
– Có hay không có mũ ở đầu 5’
– Có hay không có đuôi poly A ở đầu 3’.
Kích thước genom có thể từ 3500 nucleotid (ở phage nhỏ)
đến 560.000 nucleotid (ở virus herpes).
Vd:
Virut Axit nicleic
Virut Ađênô DNA xoắn kép
TKT T2 DNA xoắn kép
Virut khảm thuốc lá RNA xoắn đơn
Virut HIV 2 sợi RNA đơn
 Đặc điểm protein:
– Số lượng, kích thước, chức năng của protein cấu trúc
– Số lượng, kích thước, chức năng của protein không cấu
trúc
– Chi tiết về chức năng chuyên biệt của protein, đặc biệt là
của enzyme phiên mã ngược
– Trình tự axit amin
– Sự glycosyl hóa và photphoryl hóa
 Đặc điểm của lipit :
– Hàm lượng và đặc tính của lipit

 Tổ chức genome và phương thức sao chép :
– Tổ chức gen
– Đặc điểm sao mã
– Số lượng và vị trí khung đọc mở (ORF)
– Đặc điểm phiên mã
– Nơi lắp ráp
– Nơi virut trưởng thành và phòng thích
 Đặc điểm của kháng thể :
– Mối quan hệ về huyết thanh học
 Đặc điểm sinh học :
– Loại vật chủ tự nhiên
– Phương thức lan truyền trong tự nhiên
– Mối quan hệ của vector
– Phân bố địa lý
– Khả năng gây bệnh
– Tính hướng mô, gây bệnh lý mô
Ví dụ: Virut N1H1 kí sinh trên gia súc, gia cầm
Virut HIV kí sinh trên người.
3. Hệ thống phân loại virut
– Phân loại học virut mới chỉ phát triển ở mức độ phân loại vi
mô (phân loại bậc loài và dưới loài), phân loại vĩ mô mới chỉ
đến bậc giống và họ, bậc bộ chỉ được đề cập sơ bộ. Vì vậy,
cho đến nay vẫn chưa có một hệ thống phân loại virut nào
được chấp nhận rộng rãi.
– Năm 1995, ICTV công bố hệ thống phân loại virut gồm 2 bộ,
71 họ, 164 chi với 4000 loài, bao gồm hàng trăm loài chưa
được xác định chính thức.
– Prescott (2002) đề xuất hệ thống phân loại theo vật chủ, chia
thành 6 nhóm virut:
+ Nhóm virut vừa nhân lên trong tế bào ĐVCXS, vừa nhân

lên trong tế bào của các sinh vật khác.
+ Nhóm virut chỉ nhân lên trong tế bào ĐVCXS.
+ Nhóm virut chỉ nhân lên trong tế bào ĐVKXS.
+ Nhóm virut chỉ nhân lên trong tế bào thực vật.
+ Nhóm virut chỉ nhân lên trong tế bào tảo, nấm và động
vật nguyên sinh.
+ Nhóm virut chỉ nhân lên trong tế bào vi khuẩn.
4. Tên gọi của virut
Trước đây tên gọi của virut được gọi dựa theo:
– Triệu chứng bệnh hoặc đặc điểm dịch bệnh do chúng
gây ra: Virut viêm gan – Hepadna, virut bệnh cúm –
Rubella, virut bệnh khảm thuốc lá – TMV, virut bệnh đốm
đậu đũa – CPMoV…
– Tên cơ quan hoặc mô nhiễm bệnh: virut adeno (phân lập
ở tuyến hạch nhân – adenoid).