luận văn đánh giá tình trạng nhiễm bệnh virus (cucumber mosaic virus, tobacco mosaic virus và tomato spotted wilt viru

83
PHẦN VI. TÀI LIỆU THAM KH ẢO


Tài liệu trong nƣớc
1. Nguyễn Ngọc Bích, 2003. Bước đầu nghiên cứu một số virus chính trên vùng thuốc lá
tỉnh Tây Ninh. Luận văn thạc sỹ khoa Nông Học, Đại học Nông Lâm, Tp.HCM. Việt
Nam.
2. Phạm Văn Biên, Bùi Cách Tuyến, Nguyễn Mạnh Chinh, 2003. Cẩm nang sâu bệnh hại
cây trồng, quyển 1: cây lương thực, cây thực phẩm, cây hoa cảnh. Nhà xuất bản nông
nghiệp.
3. Bùi Chí Bửu , Nguyễn Thị Lang, 1999. Di truyền phân tử. Nhà xuất bản nông nghiệp.
4. Trần Thị Thu Hà, 2005. Điều tra bệnh ne ngọn trên cây thuốc lá (Nicotiana tabacum
L.) trong vườn nhân cây con tại tỉnh Tây Ninh. Khóa luận tốt nghiệp Kỹ Sƣ Nông Học,
Đại học Nông Lâm, Tp.HCM. Việt Nam
5. Vũ Triệu Mân, 2003. Chẩn đoán nhanh bệnh hại thực vật. Nhà xuất bản nông nghiệp.
6. http:// ww.quanđoinhandan.Org.vn, 26/9/2004

Tài liệu nƣớc ngoài
7. Antigus Y., Lapidot M., N. Ganaim, Cohen J., Lachman O., Pearlsman M., Raccah B.
and Gera.A., 1997. Biological and molecular characterization of tomato spotted wilt virus
in Israel. Phytoparasitaca 25:4, pp 319- 330.
8. Armando de Menezes Neto, 2005. TMV – Tobacco Mosaic Virus.
9. Chase T, J., Schmidt E., Perry T., K. The structure of cucumber mosaic virus and
comparison to Cowpea chlorotic mottle virus. J. Virol. 74pp. 7578

10. Cho J.J., Custer D.M., Brommonschenkel S.H., Tanksley S.D. Conventional
breeding: host-plant resistance and the use of molecular markers to develop resistance to
tomato spot wilt virus in vegetables.

84
11. Craig G. Webster, Stephen J. Wylie và Michael G. K. Jones. Dianosis of plant viral
pathogens. Current science, vol. 86, NO. 12,25, tháng 3/ 2004.
12. Deutsche Samnlung von Milkoorganlsmen und Zellkultur en GmbH, 2002.
Catalogue of ELISA Reagents.
13. Parrella G., Gognalons P., et al. An update of the host range of tomato spotted wilt
virus. Journal of plant pathology (2003), 85, issue 4, pp 227 – 264.
14. John Hu, University of Hawaii,1995. Control of Tomato Spotted Wilt Virus Using
Transgenic Plants that ProduceVirus-Specific Monoclonal Antibodies.
15. Jones J.B., John Paul Jones, Compendiume of tomato disease, APS press
16. Pottorff L.P. and Newman S.E., 2003. Greenhouse plant virus (TSWV/INSV).
Gardening series disease. No.2.947.
17. Momol et al, 2002. Management of Tomato Spotted Wilt Tospovirus (TSWV) on
tomatoes with UV-reflective mulch and Acibenzolar-S-methyl.
18. Soellick T.R, Uhrig J. F., Bucher G. L., Kellmann J.W. , and. Schreier P. H.

PNAS.
The movement protein NSm of Tomato Spotted Wilt Tospovirus (TSWV): RNA binding,
interaction with the TSWV N protein, and identification of interacting plant proteins .
19. Tom Kucharek, Larry Brown, Fred Johnson and Joe Funderburk, 11/1990. Tomato
Spotted Wilt Virus Of Agronomic, Vegatable And Ornamental Crop. Plant phthology fact
sheet, circ-914.
20. AVRDC – the World vegatable center, 2004. Cucumber Mosaic Virus Tomato
Disorders Fact sheet AVRDC – the World vegatable center. Publication 4-608.
21. Disease Notes. Plant Disease, Vol.85.No.10
22. Statewide IPM Program, Agriculture and Natural Resources, University of California,
2004. UC IPM Pest Management Guidelines: Tomato
Diseases. Agriculture and Natural Resources ,R. M. Davis, UC ANR Publication 3470

23. The American Phytopathological Society, 8/2004. Plant disease. Vol.88, No.8.
24. Vegetable press newsletter, Department of plant and soil science, 1997.
25.


85
26.
27.
28.
29. Agricultural Statistical Service, USDA.
30. . Technical bulletin: greenhouse crop management series.
POBox875006. Wasilla, Alaska 99687-5006.




86
PHỤ LỤC 1
THÀNH PHẦN CÁC DUNG DỊCH TRONG PHẢN ỨNG ELISA

Kháng thể kháng thể đa dòng từ thỏ.
Conjugate kháng thể đa dòng từ thỏ.
Buffer chiết X1(TSWV, TMV) PBS x 20 (Phosphate buffered Saline), 20% PVP
(Polyvinylpyrrolidone), pH 7.4, Tween 1%,
NaN
3_
<1g/l.
Buffer chiết cho CMV 10% PBS Tween-PVP, pH 7.4, citrate 0.5M,
Thioglycolic acid 0.1%, Triton100 0.1%.
Buffer load mẫu X1 (pH9.6) NaHCO

3
, Na
2
CO
3
, NaN
3_
<1g/l.
Buffer conjugateX1 (pH 7.3) PBS Tween, BSA, NaN
3_
<1g/l.
Buffer Substract X1 (pH 9.8) Diethanolamine, NaN
3_
<1g/l.
Buffer rửa (pH 7.4) PBS x 20, Tween 1%, NaN
3_
<1g/l.


87
PHỤ LỤC 2
THÀNH PHẦN TRONG KIT TỔNG HỢP cDNA ISCRIPT
TM


iScript reverse transcriptase là enzyme RNAse H
+
, có độ nhạy cao hơn enzyme
RNAse H
-

. iScript reverse transcriptase là reverse transcriptase có nguồn gốc từ M-MLV
(dòng Moloney từ Murine Leukemia virus). Enzyme đƣợc trộn chung với chất ức chế
RNAse.
5x iScript Reation Mix đƣợc trộn với primer hexamer ngẫu nhiên và oligo T (dT).
Sự pha trộn này đƣợc tối ƣu hóa cho những trình tự đích nhỏ hơn 1kb.


88
PHỤ LỤC 3
THÀNH PHẦN CÁC HÓA CHẤT TRONG PHẢN ỨNG PCR
Thành phần trong phản ứng PCR
Thành phần và nồng độ ban đầu
iTaq DNA polymerase

iTaq DNA polymerase, 5 U/µl

10x iTaq buffer
10X PCR buffer, 200mM Tris-HCl, pH
8.4, 500mM KCl.
MgCl
2

50mM
dNTP
10mM/mỗi loại dNTP
Primer 1, 2
20 µM

89
PHỤ LỤC 4
HÌNH CHỤP CÁC ĐĨA CHỨA MẪU PHÂN TÍCH BẰNG ELISA


Hình mẫu đƣợc test CMV.


90
PHỤ LỤC 5 BẢNG CÂU HỎI ĐIỀU TRA
PHIẾU ĐIỀU TRA

Mã số:
Nơi lấy mẫu :
Chủ hộ :
Giống cây :
Tuổi cây :
Tình trạng vƣờn :
Cách trồng : theo hàng/liếp
Phƣơng pháp trồng :gieo hạt trực tiếp/ƣơm cây con
Trồng : một hàng/hai hàng
Diện tích :
Năng suất :
Độ thuần : thuần/trồng xen
Có vectơ truyền bệnh không :
Vụ trƣớc trồng gì :
Mùa vụ :
Bệnh có thƣờng xảy ra không : mấy lần/trên
Loại đất :
Triệu chứng :

91

PHỤ LỤC 6 DANH SÁCH CÁC TRÌNH TỰ TƢƠNG ĐỒNG VỚI TMV
DÕNG TRUNG QUỐC DÙNG ĐỂ THIẾT KẾ PRIMER



Alignments

>gi|62124|emb|V01408.1|TOTMV4 Tobacco mosaic virus genome (variant 1)
Length=6395

Score = 7394 bits (3730), Expect = 0.0
Identities = 3730/3730 (100%), Gaps = 0/3730 (0%)
Strand=Plus/Plus

>gi|5713134|gb|AF165190.1|AF165190 Tobacco mosaic virus complete genome
Length=6395

Score = 7220 bits (3642), Expect = 0.0
Identities = 3708/3730 (99%), Gaps = 0/3730 (0%)
Strand=Plus/Plus
>gi|4218527|emb|AJ011933.1|TMV11933 Tobacco mosaic virus genes encoding 126,
183, 30 kDa proteins
and coat protein
Length=6395

Score = 7214 bits (3639), Expect = 0.0

Identities = 3710/3731 (99%), Gaps = 2/3731 (0%)
Strand=Plus/Plus

>gi|62043|emb|X68110.1|TMVCG Tobacco mosaic virus, complete genome
Length=6395

Score = 7188 bits (3626), Expect = 0.0
Identities = 3704/3730 (99%), Gaps = 0/3730 (0%)
Strand=Plus/Plus

>gi|62125|emb|V01409.1|TOTMV5 Tobacco mosaic virus genome (variant 2)
Length=6398

Score = 7133 bits (3598), Expect = 0.0
Identities = 3691/3722 (99%), Gaps = 0/3722 (0%)


92
Strand=Plus/Plus



>gi|8886896|gb|AF273221.1|AF273221 Tobacco mosaic virus 126 kDa protein, 183
kDa protein, 54 kDa
protein, movement protein, and coat protein genes, complete
cds
Length=6395

Score = 7111 bits (3587), Expect = 0.0
Identities = 3697/3731 (99%), Gaps = 2/3731 (0%)

Strand=Plus/Plus

>gi|1321645|dbj|D78608.1|MTV180KP Tobacco mosaic virus gene for 180K protein
Length=4851

Score = 7099 bits (3581), Expect = 0.0
Identities = 3682/3713 (99%), Gaps = 2/3713 (0%)
Strand=Plus/Plus

>gi|15149321|gb|AF395129.1|AF395129 Tobacco mosaic virus isolate TMV-152,
complete genome
Length=6395

Score = 6770 bits (3415), Expect = 0.0
Identities = 3654/3731 (97%), Gaps = 2/3731 (0%)
Strand=Plus/Plus

>gi|15149313|gb|AF395127.1|AF395127 Tobacco mosaic virus isolate Fujian, complete
genome
Length=6395

Score = 6746 bits (3403), Expect = 0.0
Identities = 3651/3731 (97%), Gaps = 2/3731 (0%)
Strand=Plus/Plus

>gi|15149317|gb|AF395128.1|AF395128 Tobacco mosaic virus isolate TMV-017,
complete genome
Length=6395

Score = 6738 bits (3399), Expect = 0.0

Identities = 3650/3731 (97%), Gaps = 2/3731 (0%)
Strand=Plus/Plus


93

>gi|1619995|dbj|D63809.1| Tabacco mosaic virus genomic RNA for 130K protein, 180K
protein,
30K protein and coat protein, complete sequence
Length=6395

Score = 5564 bits (2807), Expect = 0.0
Identities = 3502/3731 (93%), Gaps = 2/3731 (0%)
Strand=Plus/Plus

>gi|50234597|gb|AY596920.1| Tobacco mosaic virus strain Egyptian helicase-like gene,
partial
sequence
Length=838

Score = 904 bits (456), Expect = 0.0
Identities = 730/780 (93%), Gaps = 35/780 (4%)
Strand=Plus/Plus

>gi|62041|emb|X66047.1|TMV54KDA Tobacco Mosaic Virus RNA for 54 kDa
protein
Length=1566

Score = 811 bits (409), Expect = 0.0
Identities = 409/409 (100%), Gaps = 0/409 (0%)

Strand=Plus/Plus

>gi|45685348|gb|AY566703.1| Tobacco mosaic virus replicase mRNA, partial cds
Length=958

Score = 692 bits (349), Expect = 0.0
Identities = 352/353 (99%), Gaps = 0/353 (0%)
Strand=Plus/Plus

>gi|1806556|emb|Z84397.1|TOBZ84397 Tobacco mosaic virus (strain h1a) RNA
fragment
Length=339

Score = 648 bits (327), Expect = 0.0
Identities = 336/339 (99%), Gaps = 0/339 (0%)
Strand=Plus/Plus
>gi|1806557|emb|Z84398.1|TOBZ84398 Tobacco mosaic virus (strain H20a) RNA
fragment
Length=339


94

Score = 632 bits (319), Expect = 2e-177
Identities = 331/335 (98%), Gaps = 0/335 (0%)
Strand=Plus/Plus

>gi|1806555|emb|Z84396.1|TOBZ84396 Tobacco mosaic virus (strain H17) RNA
fragment
Length=339

Score = 632 bits (319), Expect = 2e-177
Identities = 334/339 (98%), Gaps = 0/339 (0%)
Strand=Plus/Plus

>gi|1806558|emb|Z84399.1|TOBZ84399 Tobacco mosaic virus (strain H23) RNA
fragment
Length=339

Score = 640 bits (323), Expect = 7e-180
Identities = 335/339 (98%), Gaps = 0/339 (0%)
Strand=Plus/Plus

>gi|1894801|emb|Z92965.1|TMVZ92965 Tobacco mosaic virus (strain H20a) RNA
fragment
Length=339

Score = 632 bits (319), Expect = 2e-177
Identities = 331/335 (98%), Gaps = 0/335 (0%)
Strand=Plus/Plus

>gi|1806559|emb|Z84400.1|TOBZ84400 Tobacco mosaic virus (strain H4a) RNA
fragment
Length=336

Score = 620 bits (313), Expect = 7e-174
Identities = 333/339 (98%), Gaps = 3/339 (0%)
Strand=Plus/Plus

>>gi|62128|emb|X02144.1|TOTMV8 Tobacco mosaic virus tomato strain (L) genome

Length=6384

Score = 599 bits (302), Expect = 2e-167
Identities = 680/806 (84%), Gaps = 0/806 (0%)
Strand=Plus/Plus