phân loại vi sinh vật bằng sinh học phân tử (tt) pptx

2.1. Phân tích acid nucleic:

Ứng dụng của kỹ thuật phân
tích PFGE:

Kỹ thuật PFGE đã được sử dụng
cho nghiên cứu trên nhiều đối
tượng khác nhau (xem bảng 1.3).
Bảng 1.3. Minh hoạ các chủng vi
sinh vật được phân tích dựa trên
kết quả PFGE thu được từ các
đoạn nhiễm sắc thể.
Vi sinh vật nghiên
cứu
Tài liệu
tham khảo
1. Acinetobacter
baumannii
2. Brucella spp
3.
Campylobacter
hyointestinalis
4.
Campylobacter

jejuni
Gouby et
al (1992)
Allardet,
Servent et
al (19980
Salama et
al (1992)
5. CADNida
arabicans
6. CADNida
prapsilosis
7. Coxiella
burnettii
8. Enterobacter
cloacae
9. Enterococcus
faecium
10. Escherichia coli
11. Listeria
monocytogenees
12. Leptospira spp
13. Mycobacterium
Yan et al
(1991)
Vasquez et
al (1991)
Carruba et
al (1991)
Heizen et

al (1990)
Haertl
ADN
BADNlow
(1993)
MirADNa
et al
(1991)
Bohm
tuberculosis
14. Neisseria
meningitidis
15. Psedomonas
aeruginosa
16. Shigella spp
17. Staphylococcus
aureus
18. Streptococci ssp
ADN
Karch
(1992)
Brosch et
al (1991)
Herrmann
et al
(1992)
Zhang et al
(1992)
Bygraves
ADN

Maiden
(1992)
Boukadida
et al
(1987)
Sodati
ADN
Piffaretti
(1991)
Prevost et
al (1992)
Single
ADN
Martin
(1992)

Mỗi một đối tượng có đặc trưng
riêng về kết quả phân tích PFGE và
được dùng cho nghiên cứu so sánh
với nhau về sự tương đồng. Đối với
nhiều đối tượng có nhiễm sắc thể
thì không nhất thiết phải thực hiện
đối với mọi nhiễm sắc thể mà chỉ
cần trên một số nhiễm sắc thể mà
thôi. Ví dụ trong trường hợp
của C.albicans Monod (1990) chỉ
cần thực hiện phép phân tích với
một trong 4 tổ hợp của một số
nhiễm sắc thể là đủ. Cho dù theo
các cách chuẩn bị nhiễm sắc thể

khác nhau thì kết quả của phép
phân tích PFGE đều giống nhau.
Phép phân tích PFGE được ứng
dụng cho các nghiên cứu ở mức độ
loài với loài.
Một số điểm cần lưu ý khi sử
dụng kỹ thuật PFGE:
+ Kỹ thuật này đòi hỏi phải
có trang thiết bị chuyên dụng, kỹ
thuật cũng như kinh nghiệm vì việc
tách nhiễm sắc thể đôi khi gặp khó
khăn trên một số đối tượng vi sinh
vật.
+ Kỹ thuật PFGE không đủ
nhạy để phát hiện những sai khác
nhỏ giữa các mẫu, đặc biệt khi thực
hiện với một enzym thì kết quả có
thể giống nhau nhưng không chắc
chắn là hai mẫu giống nhau hoàn
toàn. Điều đó có nghĩa là kỹ thuật
này nên dùng để xác định sự khác
nhau còn việc xác định sự giống
nhau thì không đủ tin cậy. Tuy
nhiên ngay cả khi xác định sự khác
nhau đôi khi các mẫu có plasmid
nhỏ hay thực khuẩn thể cũng cần
xét đến vì chính nguồn ADN này
cũng tạo ra những sai khác giả.
+ Sự khác biệt giữa các mẫu
có thể phát hiện được khi dùng các

enzym cắt hạn chế khác nhau.
Tóm tắt:
Phương pháp phân tích
plasmid là phương pháp được dùng
phổ biến trong các phòng thí
nghiệm chuẩn đoán vi sinh vật.
Việc kết hợp giữa phân tích
plasmid với sử dụng enzym cắt hạn
chế sẽ tạo được sự phân tích chính
xác với các thông tin đáng tin cậy
đối với các mẫu phân tích. Tuy
nhiên, khi phân tích các mẫu dựa
trên plasmid thì cần lưu ý là các
plasmid có thể bị mất qua các thế
hệ phân chia, dẫn đến sai lệch các
kết quả nghiên cứu. Khi thực hiện
phép phân tích PFGE với các
plasmid lớn sẽ khắc phục được hạn
chế của các phép phân tích hiện tại
với plasmid nhỏ như trên. Phương
pháp PFGE hiện đang được dùng
rộng rãi tại các phòng thí nghiệm
vi sinh vật, áp dụng trên các đối
tượng dễ nuôi cấy có thể cho các
kết quả tốt hơn nhưng hạn chế về
giá thành thiết bị cũng như yêu cầu
cao về kỹ thuật và kinh nghiệm.
Mặt khác khi sử dụng các enzym
cắt hạn chế hiếm có thể sẽ khó phát
hiện được mức độ sai khác. Như

vậy sự kết hợp giữa các phép phân
tích plasmid, PFGE và lai ADN sẽ
cho kết quả tin cậy hơn.

Vietsciences- Dương Văn Hợp,
Nguyễn Lân Dũng