Luận văn : XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE HSP-70 và REVERSE TRANSCRIPTE-RNaseH Ở MỘT SỐ LOÀI VIRUS THỰC VẬT part 7 pdf

43

Bảng 4.1 Tổng số trình tự trong CSDL gene hsp-70 và RT-RNaseH
Họ
Số trình tự gene
Số trình tự protein
Closteroviridae
125
125
Caulimoviridae
200
200

Bảng 4.2 Số trình tự gene hsp-70
Họ
Genus
Species
Số trình tự
Closteroviridae
Ampelovirus
Grapevine leafroll-associated virus 1
45
Grapevine leafroll-associated virus 3
16
Grapevine leafroll-associated virus 9
2
Closterovirus
Beet yellows virus
3
Apricot stem pitting asso
3

Mint virus 1
4
Citrus tristeza virus
6
Little cherry virus 1
2
Grapevine leafroll-associated virus 2
2
Crinivirus
Sweet potato chlorotic stunt virus
16
Cucurbit yellow stunting disorder
virus
3
Tomato infectious chlorosis virus
9
Potato yellow vein virus
7
Tomato chlorosis virus
4
Beet pseudo-yellows virus
3
Tổng số trinh tự
125

Tƣơng tự, số trình tự về protein của họ Closteroviridae cũng thu nhận đƣợc với
số lƣợng tƣơng ứng với gene hsp-70 (mỗi trình tự điều có một trình tự protein tƣơng
ứng trong CSDL).
Bảng 4.3 Số trình tự gene RT-RNaseH
Họ

Genus
Species
Số trình tự
Caulimoviridae
Badnavirus
Banana streak Obino l'Ewai virus
13
Banana streak Goldfinger virus
10
Banana streak Imove virus
8
44

Banana streak Uganda A virus
11
Banana streak Uganda B virus
2
Banana streak Uganda C virus
1
Banana streak Uganda D virus
2
Banana streak Uganda E virus
3
Banana streak Uganda F virus
2
Banana streak Uganda G virus
2
Banana streak Uganda H virus
2
Banana streak Uganda I virus

26
Banana streak Uganda J virus
4
Banana streak Uganda K virus
4
Banana streak Uganda L virus
20
Banana streak Uganda M virus
32
Banana streak virus
1
Rubus yellow net virus
2
Stilbocarpa mosaic bacilliform
virus
1
Banana streak OL virus
2
Taro bacilliform virus
9
Citrus yellow mosaic virus
2
Bougainvillea spectabilis chlorotic
vein-banding virus
1
Pineapple bacilliform virus
1

Sugarcane bacilliform virus
1

Cacao swollen shoot virus
5
Kalanchoe top-spotting virus
1
Banana streak GF virus
1
45

Banana streak virus strain
Acuminata Vietnam
1
Banana streak Mys virus
1
Caulimovirus
Cauliflower mosaic virus
8
Blueberry red ringspot virus
2
Dahlia mosaic virus
2
Carnation etched ring virus
2
Horseradish latent virus
1
Peanut chlorotic streak virus
2
Cassava vein mosaic virus
2
Figwort mosaic virus
2

Petuvirus
Petunia vein clearing virus
4
Soymovirus
Peanut chlorotic streak virus
2
Soybean chlorotic mottle virus
2
Tổng số trình tự
200

Trong CSDL chứa hai đối tƣợng chính thì còn chứa đối tƣợng phụ nhằm cung
cấp các thông tin khác để bổ sung cho hai đối tƣợng chính nhƣ: tên tác giả, tên bài báo,
cây phân loài,…
CSDL về hai gene hsp-70 và RT-RNaseH, rất tiện ích cho việc truy xuất, nghiên
cứu các thông tin liên quan đến trình tự DNA, protein, loài, các đặc trƣng của từng loài
chứa hai gene này, tiết kiệm thời gian tìm hiểu, nắm bắt thông tin nhanh. CSDL này
đƣợc xây dựng trên hai gene khá bảo tồn ở hai loài nên chúng ta có thể dựa vào các
thông tin trong CSDL để nghiên cứu các hiện tƣợng biến chủng trong họ, giúp đƣa ra
các kết luận chính xác về các biến chủng xảy ra ở trên hai gene này. Nhƣng CSDL
nhỏ, chỉ có 325 trình tự gene hsp-70 và RT-RNaseH ở hai họ virus, chứa lƣợng thông
tin ít và chƣa có chế độ bảo mật. Ở cấp độ phòng thí nghiệm, cơ quan nghiên cứu hay
trƣờng đại học thì việc xây dựng CSDL cho từng đối tƣợng (về một gene, một sinh
vật,…) thì rất tiện ích để phục vụ cho các nghiên cứu về một đối tƣợng nhất định.

46

4.4. Trang web thể hiện thông tin CSDL gene hsp-70 và RT-RNaseH
Cấu trúc của các trang web CSDL gene hsp-70 và RT-RNaseH thể hiện ở hình (4.4)

Hsp-70 and RT-RNaseH gene
DATABASE WEB PAGE
HOME PAGE
SEARCH PAGE
TOOL PAGE
TAXONOMY PAGE
ABOUT PAGE
LINK PAGE
ACCESSION
NUMBER(s)
ORGANISM
ALIGNMENT
CAULIMOVIRDAE

CLOSTEROVIRIDAE
BIOTECH.
Dep.
BLAST
Hình 4.4 Sơ đồ cấu trúc của trang web CSDL gene hsp-70 và RT-RNaseH

46
47

4.4.1. Trang thông tin chung về CSDL gene hsp-70 và RT-RNaseH
(HOME PAGE)
 Nội dung trang web: cung cấp thông tin về các giống, loài trong họ, trình tự
của từng loài, kiểm tra độ tƣơng đồng về trình tự (nucleotide và protein) giữa
các loài trong họ thông qua công cụ Alignment.
 Hình thức thể hiện: Hình 4.5

4.4.2. Trang tìm kiếm (SEARCH PAGE)
 Nội dung của trang web: cho phép ngƣời dùng tìm kiếm trình tự gene
hay protein có trong CSDL gene hsp-70 và RT-RNaseH. Trong trang này gồm
có hai thanh công cụ tìm kiếm. Tìm kiếm khi biết ACCESSION NUMBER,
hai là khi biết tên của loài trong họ.

Hình 4.5 Trang HOME PAGE
48

 Hình thức thể hiện:
 Với trang tìm kiếm khi biết ACCESSION NUMBER(s)
o Khi biết ACCESSION NUMBER (số truy cập của CDSL GenBank),
ngƣời ta dùng có thể nhập một hoặc nhiều mã số này, để tìm các trình
tự nucleotide, protein,… có mã số tƣơng ứng (Hình 4.6).
o Ngƣời dùng có thể tùy chọn các phần sẽ hiện thị trong kết quả tìm
kiếm, ví dụ ngƣời dùng có thể tùy chọn các phần cần thông tin cần
tìm và kết quả sẽ hiển thị sau khi thực hiện lệnh SEARCH là trình tự
protein, gene và cả phần định nghĩa, tác giả, ngày xuất bản, tựa đề
của bài báo,… của trình tự gene hsp-70 và RT-RNaseH (Hình 4.7).

Hình 4.6 Trang tìm kiếm trình tự khi biết ACCESSION NUMBER
49











 Với trang tìm kiếm khi biết tên của loài.
o Khi biết tên của sinh vật, chúng ta có thể nhập tên của nó vào trong
thanh ORGANISM(s). để tìm sinh vật đó trong CSDL (phụ lục).
o Ngƣời dùng có thể tùy chọn các phần sẽ hiển thị trong kết quả tìm
kiếm, ví dụ ngƣời dùng có thể tùy chọn phần hiển thị nhƣ là loài,
giống, vùng phân bố, đặc tính sinh lý,… của sinh vật đó (phụ lục).
4.4.3. Trang công cụ (TOOL PAGE)
Sắp gióng cột (alignment) hai hay nhiều trình tự là một công cụ khá thông
dụng để khảo sát sự tƣơng đồng, đột biến, nghiên cứu chức năng của gene. Mặc khác

để tìm trình tự tƣơng đồng với một trình tự quan tâm, các nhà sinh học thƣờng sử dụng
Hình 4.7 Trang kết quả tìm kiếm trình tự khi biết ACCESION NUMBER
50

công cụ BLAST. Do nhu cầu đó, chúng tôi đã tích hợp hai công cụ này vào trang web
CSDL gene hsp-70 và RT-RNaseH.
 Nội dung trang web: trang này cung cấp hai công cụ chủ yếu để phân tích
trình tự sinh học, đó là sắp gióng cột (alignment) và tìm kiếm trình tự tƣơng
đồng (BLAST).
 Hình thức thể hiện:
 Với công cụ Alignment: ngƣời sử dụng có thể nhập vào một hay nhiều trình
tự (có thể là DNA hay protein) thông qua ô nhập văn bản hay một tập tin
dƣới định dạng FASTA. Rồi chọn một hay nhiều trình tự trong CSDL gene
hsp-70 và RT-RNaseH để thực hiện sắp gióng cột (có thể thực hiện
Alignment giữa các gene, protein trong CSDL) (Hình 4.8).
 Với công cụ BLAST: ngƣời dùng có thể nhập vào một trình tự (có thể là
DNA hay protein). Trình tự này sẽ đƣợc so sánh tƣơng đồng cục bộ với
CSDL của trình tự gene hsp-70 và RT-RNaseH. Các tham số của BLAST:
giá trị mong đợi E_value, ma trận sử dụng có thể thay đổi (Hình 4.10).

Hình 4.8 Trang web tìm kiếm trình tự tƣơng đồng bằng Alignment
51





















Hình 4.9 Trang kết quả Alignment giữa các trình tự
Hình 4.10 Trang web tìm kiếm trình tự tƣơng đồng bằng BLAST