ĐÁNH GIÁ SƠ BỘ MỨC ĐỘ ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA QUẦN THỂ ĐIỀU (Acanardium occidentale L.) HIỆN ĐƯỢC TRỒNG TẠI TỈNH NINH THUẬN BẰNG KỸ THUẬT RAPD VÀ AFLP (Tóm tắt, mục lục, viết tắt)

Lời Cảm Ơn !
Lời Cảm Ơn !


Ngàn lời biết ơn xin gởi đến Cha Mẹ và Cô, người đã nuôi dạy con khôn lớn
Ngàn lời biết ơn xin gởi đến Cha Mẹ và Cô, người đã nuôi dạy con khôn lớn


và có được những gì hôm nay.
và có được những gì hôm nay.


Em xin trân trọng gởi lòng biết ơn đến:
Em xin trân trọng gởi lòng biết ơn đến:


Ban Giám Hiệu trường Đại học Nông Lâm Tp. HCM
Ban Giám Hiệu trường Đại học Nông Lâm Tp. HCM


Ban Giám Đốc Trung tâm Phân tích Thí nghiệm Hoá Sinh
Ban Giám Đốc Trung tâm Phân tích Thí nghiệm Hoá Sinh


Ban Chủ Nhiệm và Thầy - Cô Bộ môn Công nghệ Sinh học
Ban Chủ Nhiệm và Thầy - Cô Bộ môn Công nghệ Sinh học
Đã tạo mọi điều kiện thuận lợi và tận tình giảng dạy em trong suốt quá
Đã tạo mọi điều kiện thuận lợi và tận tình giảng dạy em trong suốt quá


trình học và thực hiện khóa luận.

trình học và thực hiện khóa luận.


Em xin chân thành gởi lòng biết ơn sâu sắc đến thầy Bùi Minh Trí, thầy đã
Em xin chân thành gởi lòng biết ơn sâu sắc đến thầy Bùi Minh Trí, thầy đã


tận tình hướng dẫn, giúp đỡ và tạo những điều kiện tốt nhất để em thực
tận tình hướng dẫn, giúp đỡ và tạo những điều kiện tốt nhất để em thực


hiện và hoàn thành khoá luận tốt nghiệp.
hiện và hoàn thành khoá luận tốt nghiệp.


Xin chân thành cảm ơn:
Xin chân thành cảm ơn:


Chị Hồ Bích Liên
Chị Hồ Bích Liên


Chị Võ Thị Thúy Huệ
Chị Võ Thị Thúy Huệ


Chị Huỳnh Kim Hưng
Chị Huỳnh Kim Hưng



Anh Hồ Viết Thế
Anh Hồ Viết Thế
Và các anh, chị trong phòng Phân tích Thí nghiệm Hoá Sinh đã nhiệt tình
Và các anh, chị trong phòng Phân tích Thí nghiệm Hoá Sinh đã nhiệt tình


giúp đỡ tôi trong suốt thời gian thực hiện khóa luận
giúp đỡ tôi trong suốt thời gian thực hiện khóa luận
Xin cảm ơn các Chú, các anh ở Lâm trường, Ban Quản Lý rừng và những
Xin cảm ơn các Chú, các anh ở Lâm trường, Ban Quản Lý rừng và những


người dân trồng điều tại tỉnh Ninh Thuận đã nhiệt tình giúp đỡ tôi trong
người dân trồng điều tại tỉnh Ninh Thuận đã nhiệt tình giúp đỡ tôi trong


suốt thời gian thu thập mẫu
suốt thời gian thu thập mẫu
Đồng chân thành cảm ơn đến tất cả các bạn trong và ngoài lớp Công nghệ
Đồng chân thành cảm ơn đến tất cả các bạn trong và ngoài lớp Công nghệ


Sinh học 27 thân yêu đã giúp đỡ, động viên tôi trong học tập và hoàn
Sinh học 27 thân yêu đã giúp đỡ, động viên tôi trong học tập và hoàn


thành tốt khoá luận tốt nghiệp.
thành tốt khoá luận tốt nghiệp.

Thủ Đức, ngày 25 tháng 08 năm 2005
Thủ Đức, ngày 25 tháng 08 năm 2005
Phạm Văn Bình
Phạm Văn Bình
iii
TÓM TẮT
PHẠM VĂN BÌNH, Đại học Nông Lâm TP. Hồ Chí Minh. Tháng 09/2005.
“ĐÁNH GIÁ SƠ BỘ MỨC ĐỘ ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA QUẦN THỂ ĐIỀU
(Acarnadium occidentale L.) HIỆN ĐƯỢC TRỒNG TẠI TỈNH NINH THUẬN BẰNG
KỸ THUẬT RAPD VÀ AFLP.”
Giáo viên hướng dẫn: TS. BÙI MINH TRÍ
 Đối tượng nghiên cứu là 55 mẫu điều được lấy nhiều nơi trên địa bàn tỉnh Ninh
Thuận. Chúng tôi sử dụng kỹ thuật RAPD, AFLP và dùng phần mềm NTSYS để
phân tích kết quả và đánh giá sơ bộ mức độ đa dạng di truyền của quần thể điều
hiện được trồng tại tỉnh Ninh Thuận, đồng thời tìm kiếm marker, làm cơ sở cho
việc chọn, tạo giống cây điều.
 Kết quả đạt được:
 Ly trích 55 mẫu điều kết quả thu được 50 mẫu đạt tiêu chuẩn là vật liệu cho các
kỹ thuật phân tử. Trong 50 mẫu ly trích được có 52% số mẫu đạt OD > 1,8; 80%
số mẫu có DNA lớn hơn 50 ng/ul và 44% số mẫu vừa có OD > 1,8 vừa có DNA
lớn hơn 50 ng/ul.
 Chương trình nhiệt cho phản ứng RAPD – PCR tốt nhất là chương trình nhiệt ở
nghiệm thức 2 của thí nghiệm 3 (Bảng 3.5 trang 31)
 Chỉ thị RAPD với primer 2 và primer 9 không xuất hiện band trên gel điện di,
primer 1 và primer 11 cho kết quả tốt. Với primer 11 thu được 13 band trong đó
có 2 band đồng hình chiếm tỷ lệ 15,4% và 11 band đa hình chiếm tỷ lệ 84,6%. Hệ
số đồng dạng di truyền dao động từ 0,38 đến 1,00 và cây phát sinh chủng loại có
hệ số đồng dạng di truyền biến thiên từ 0,66 đến 1,00.
 Chỉ thị AFLP được kiểm tra trên 12 tổ hợp primer chọn lọc, cho tính đa hình cao

nhất là 2 tổ hợp primer MseI-CAA với EcoRI-ACT và MseI-CAA với EcoRI-
AGG.
Các kết quả thu được cho thấy:
 Quần thể điều hiện được trồng tại tỉnh Ninh Thuận có quan hệ di truyền gần nhau
nhưng lại có nguồn gene rất phong phú và có tính đa dạng khá cao.
iv
MỤC LỤC
NỘI DUNG TRANG
Trang tựa
Cảm tạ.........................................................................................................................iii
Tóm tắt........................................................................................................................iv
Mục lục.......................................................................................................................v
Danh sách các chữ viết tắt..........................................................................................ix
Danh sách các bảng.....................................................................................................x
Danh sách các hình.....................................................................................................xi
CHƯƠNG I: GIỚI THIỆU.....................................................................................1
1.1. Đặt vấn đề.........................................................................................................1
1.2. Mục tiêu và yêu cầu..........................................................................................2
1.2.1. Mục tiêu.......................................................................................................2
1.2.2. Yêu cầu .......................................................................................................2
1.3. Giới hạn khóa luận ...........................................................................................2
CHƯƠNG II: TỔNG QUAN TÀI LIỆU...............................................................3
2.1. Giới thiệu về cây điều ......................................................................................3
2.1.1. Nguồn gốc ..................................................................................................3
2.1.2. Đặc điểm hình thái.......................................................................................4
2.1.2.1. Thân và cành..........................................................................................4
2.1.2.2. Rễ ..........................................................................................................4
2.1.2.3. Lá và tán lá ............................................................................................4
2.1.2.4. Hoa.........................................................................................................4
2.1.2.5. Hạt và quả điều .....................................................................................6

2.1.3. Đặc điểm sinh thái ......................................................................................6
2.1.3.1. Điều kiện khí hậu ..................................................................................6
2.1.3.2. Điều kiện đất đai ...................................................................................8
2.1.4. Sự phân bố ..................................................................................................9
2.1.4.1. Vùng trồng điều ưu tiên I ......................................................................9
2.1.4.2. Vùng trồng điều ưu tiên II ....................................................................9
2.1.4.3. Vùng trồng điều ưu tiên III ...................................................................9
v
2.1.5. Đa dạng sinh học cây điều ..........................................................................9
2.1.5.1. Xét về hình dạng cây .............................................................................10
2.1.5.2. Xét về màu sắc lá ..................................................................................10
2.1.5.3. Xét về hoa .............................................................................................10
2.1.5.4. Xét về trái ..............................................................................................10
2.1.5.5. Xét về hạt và năng suất hạt ...................................................................11
2.2. Các phương pháp nghiên cứu tính đa dạng di truyền .......................................11
2.2.1. Thông tin di truyền .....................................................................................11
2.2.2. Phương pháp chiết tách DNA .....................................................................12
2.2.3. Các marker phân tử dùng trong nghiên cứu đa dạng di truyền ..................13
2.2.3.1. RFLP......................................................................................................13
2.2.3.2. PCR .......................................................................................................14
2.2.3.3. SSCP .....................................................................................................16
2.2.3.4. Microsatellite ........................................................................................17
2.2.3.5. RAPD ....................................................................................................18
2.2.3.6. AFLP .....................................................................................................19
2.3. Các nghiên cứu trong và ngoài nước.................................................................24
2.3.1. Các nghiên cứu ngoài nước.........................................................................24
2.3.2. Các nghiên cứu trong nước..........................................................................24
CHƯƠNG III: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ...................25
3.1. Thời gian và địa điểm .......................................................................................25
3.1.1. Thời gian .....................................................................................................25

3.1.2. Địa điểm .....................................................................................................25
3.2.Vật liệu ..............................................................................................................25
3.2.1. Các mẫu điều thí nghiệm ............................................................................25
3.2.2. Hóa chất thí nghiệm ....................................................................................25
3.2.2.1. Hóa chất dùng trong ly trích DNA.........................................................25
3.2.2.2. Hóa chất dùng trong kiểm tra định lượng DNA....................................26
3.2.2.3. Hóa chất dùng để chạy RAPD ..............................................................26
3.2.2.4. Hóa chất dùng trong điện di và đọc kết quả ..........................................26
3.2.2.5. Hóa chất dùng để chạy AFLP ...............................................................26
3.2.2.6. Hóa chất dùng để đọc kết quả AFLP ....................................................26
vi
3.2.3. Trang thiết bị thí nghiệm ............................................................................26
3.3. Phương pháp nghiên cứu ..................................................................................27
3.3.1. Phương pháp ly trích DNA .........................................................................27
3.3.1.1. Quy trình ly trích ...................................................................................27
3.3.1.2. Định tính DNA bằng phương pháp điện di ...........................................27
3.3.1.3. Định lượng DNA bằng quang phổ kế ...................................................28
3.3.2. Chạy RAPD ................................................................................................29
3.3.2.1. Primer ....................................................................................................29
3.3.2.2. Bố trí thí nghiệm ...................................................................................29
3.3.3. Chạy AFLP .................................................................................................33
3.3.3.1. Cắt thử DNA (300 ng) và chạy kiểm tra trên gel agarose 1,5% ...........33
3.3.3.2. Chuẩn bị hỗn hợp enzyme ....................................................................33
3.3.3.3. Thực hiện phản ứng cắt và gắn .............................................................33
3.3.3.4. Nhân bản tiền chọn lọc .........................................................................34
3.3.3.5. Nhân bản chọn lọc ................................................................................34
3.3.4. Phân tích kết quả bằng phần mềm NTSYS ................................................35
CHƯƠNG IV: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN ......................................................36
4.1. Thu thập mẫu tại các vùng trồng điều thuộc tỉnh Ninh Thuận..........................36
4.2. Hoàn thiện quy trình ly trích DNA ...................................................................36

4.3. Xác định quy trình RAPD – PCR và đánh giá mức độ đa dạng di truyền
của quần thể điều hiện được trồng tại tỉnh Ninh Thuận.....................................39
4.3.1. Thí nghiệm 1: Khảo sát quy trình RAPD – PCR
của Samal và ctv (2003)............................................................................39
4.3.2. Thí nghiệm 2: Khảo sát ảnh hưởng của yếu tố chu kỳ đến phản ứng
RAPD - PCR..............................................................................................40
4.3.3. Thí nghiệm 3: Khảo sát ảnh hưởng của các yếu tố MgCl
2
, dNTP
và primer lên phản ứng RAPD – PCR.......................................................40
4.3.4. Đánh giá mức độ đa dạng di truyền của quần thể điều hiện được trồng
tại tỉnh Ninh Thuận với primer 11............................................................41
4.3.5. Một vài điểm lưu ý khi thực hiện kỹ thuật RAPD..................................... 51
4.4. Kết quả bước đầu của việc sử dụng kỹ thuật AFLP trong nghiên cứu
tính đa hình của một số mẫu..............................................................................51
vii