Tải bản đầy đủ (.pdf) (73 trang)

Hỗ trợ định danh nấm ký sinh côn trùng dựa trên phân tích phả hệ vùng gen TEF1

Bạn đang xem bản rút gọn của tài liệu. Xem và tải ngay bản đầy đủ của tài liệu tại đây (1.31 MB, 73 trang )













TEF1



KHOA 
 









MSSV : 1053010978
 2014









ThS. 
 
. 
















N TT NGHIP

SVTH: PHXINH i




 1
PH
1.1.  2
1.1.1.  2
1.1.2.  2
1.1.3.  3
1.1.4.  3
1.1.5.  4
1.2.  6
1.2.1.  6
1.2.2.  7
1.2.3.  Tef1 7
1.3.  9
1.4.  9
1.4.1.  9
1.4.2.  10
1.5.   15
1.5.1.  15
1.5.2.  15
1.5.3.  15
1.5.4.  16
 
U 17
 17
in sillico 17
 18
N TT NGHIP

SVTH: PHXINH ii


2.3.  20
2.3.1. K 20
in sillco 21
 21
  22
2.3.5. PCR 23
 24
 24
 24
2.3 25
2.3.10. A 25
2.3 25
2.3.12.  25

 26
3.2
 28
 34
3.3.1.  34
3.3.2. LAST 35
Tef1 36
N TT NGHIP

SVTH: PHXINH iii


TEF1  37
3.5 41
 48

 48

 55
 55
 55
 55
 56

















N TT NGHIP

SVTH: PHXINH iv


 23

Tef1  26
Tef1 34

 37

-mercaptoethanol. 38

-mercaptoethanol. 39
 43
- 45
 Tef1 
 47
Tef1   47
Tef1 
Genbank 48

Genbank 54











N TT NGHIP


SVTH: PHXINH v



Cordyceps militaris 2
 5
 5
 8
Tef1 H. Jecorina 9
 Tef1
 29
 Tef1
 30
 Tef1
 31
 35
Tef1 36

Chloroform 37

-mercaptoethanol 38
 39
 40
Tef1 
 40
 41
- 42
-
42
- 43

- 43
- 44
 44
N TT NGHIP

SVTH: PHXINH vi

- 44
- 45
- 45
Tef1  46
 46
 Tef1
 49
 Tef1
 50
 Tef1
 51















N TT NGHIP

SVTH: PHXINH vii



ATP : Adenosine triphosphate
BLAST : Basic Local Alignment Search Tool
bp : base-pair
DNA : deoxyribonucleotide triphosphate
ML : maximum likelihood
MP : maximum parsimony
NJ : neighbor-joining
rDNA : ribosomal DNA
RNA : ribosomal RNA
TEF1 : The elongation factor 1 alpha










N TT NGHIP


SVTH: PHXINH 1



 m
 cao  ,
 N

c . n
c hay 
(anamorph) 
 
 
x Tef1 -1 
cho   
 
Tef1  au hay
trong .

Cordyceps   




Cordyceps 
 
gen Tef1 
 
 .













N TT NGHIP

PH 2

1.1. 
 1.1.1.

Hepialus armoricanus [40
       
        Cordyceps sinensis     
. 



 [38

   
].



 




HCordyceps militaris [44]
N TT NGHIP

PH 3

 1.1.2.
Cordyceps        -5000m     ,
  .
 
 [39], 25
]. 
Cordyceps spp 
    [21]         

 [38].
 1.1.3.
C. sinensis 

[7].  [40]. 
1843, M.J. Berk
Sphaeria sinensis 
    C. sinensis [7].
 1.1.4.
1.1.4.1. 

Wang Be Jen         
C. sinensis 
2

 [33].
e C. Ophioglossoides 
[39].
1.1.4.2. 
     

             
N TT NGHIP

PH 4


 [41],
[42].
1.1.4.3. 
Thitarodes armoricanus,

               [13], [27].


 [13

  Theo McCoy (1990),


             

 [23]. 

Beauveria bassiana, Metarhizium anisopliae 
Normurea rileyi [3].
 1.1.5.
1.1.5.1. Cordycepin
-
C. militaris 
C. sinensis
  [15 
 C. kyushuensis C. sinensis
militaris Cordyceps  
[28
            
N TT NGHIP

PH 5

 
 [37].

]
1.1.5.2. Polysaccharide

minh polysaccharide  
 e 
 [33], [18].
1.1.5.3. Ergosterol
             C.
militaris C. sinensis 

             
mg/gmg/g. 

 [39].


 [44]
N TT NGHIP

PH 6

1.1.5.4. Nucleotide
Nucleotide 
             e
      
           
nucleotide e 
. e trong Cordyceps.
Xie Jian 
C. sinensis
  [36].
1.1.5.5. 
-33,0
acid aspartic, threonin, serin, glutamat, prolin, glycin, 
 cao       
  
              
 [14].
1.2. 
 1.2.1.


 


 [30].  

              

danh n].
N TT NGHIP

PH 7



 [30], [32].
 
Isaria siclairii 
 Cordyceps sobolifera            

 
               Beauveria
sobolifera Cordyceps sobolifera [20

  (anamorph) 
(teleomorph)
 1.2.2.


              



-
       




           



N TT NGHIP

PH 8

Tef1 1.2.3.
Gen Tef1 (translation elongation factor 1) -1 [25].
EF-
40S,  [24].
-t
 ribosome di 
EF-1 
 [10]. 
 
[25]. Gen Tef1 c  

 [6] [19]. Buyck ng gen Tef1 
    (C. tenuithrix  C. altipes) trong chi Cantharellus.  
 gen Tef1  

 Tef1 
 [8]. Tef1 
.[25]


, 
Tef1 m 
1200bp [26].  
   [22].
N TT NGHIP

PH 9


 1.5. Tef1 H. Jecorina [12]
1.3.  
 

Cordyceps sinensis, Cordyceps militaris Cordyceps sabrolifera [5
             Cordyceps nutans 
Cordyceps gunnii [4].





 


 


Cordyceps militaris
(Isaria tenuipesCordyceps nutans) [4].




N TT NGHIP

PH 10

1.4. 
 1.4.1.

 
.





.
sinh sinh  1.4.2.

 

 
 



          






1.4.2.1. 
 

N TT NGHIP

PH 11

               
nhau. gen hay 
           



          

1.4.2.2.  
D




                 


1.4.2.3.   
 

 



1.4.2.4.  



.
N TT NGHIP

PH 12

 



u

          Jukes-Cantor, Kimura 2-
parameter (K2P), Tamura 3-parameter, Hasegawa-Kishino-Yano (HKY), Tamura
Nei, General Time Reversible (GTR) 


1.4.2.5.  

-and-

 

 
 
-and-
-and-


 

t t 



              

N TT NGHIP

PH 13




1.4.2.6. - 
P-

ch








P





              -
joining. 


or-


- 
  
- 
N TT NGHIP

PH 14


                


lnL



1.4.2.7. 
 









  

1.5. 
 1.5.1.


[35].




N TT NGHIP

PH 15


 



 1.5.2.

 
               


( =300nm). 
.
 1.5.3.


 (guanine), T 
 



[1]. 


[1].
 1.5.4.



  khi            

×