nghiên cứu xây dựng thang alen chỉ thị huỳnh quang cho 05 locus penta e, d18s51, d21s11, th01 và d3s1358 phục vụ giám định












TRƢỜNG ĐA
̣
I HO
̣
C KHOA HO
̣
C TƢ
̣
NHIÊN




Bi Nguyên Hi




NGHIÊN CƢ

́
U XÂY DƢ
̣
NG THANG ALEN CHI
̉
THI
̣

HUNH QUANG CHO 05 LOCUS PENTA E, D18S51,
D21S11, TH01 V D3S1358 PHC V GIM ĐNH





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
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
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







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





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
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
TRƢỜNG ĐA
̣
I HO
̣
C KHOA HO
̣
C TƢ
̣
NHIÊN




Bi Nguyên Hi

NGHIÊN CƢ
́
U XÂY DƢ
̣
NG THANG ALEN CHI
̉
THI
̣

HUNH QUANG CHO 05 LOCUS PENTA E, D18S51,
D21S11, TH01 V D3S1358 PHC V GIM ĐNH



: 


: 60.42.70




















:
PGS.TS. 








BNG CC TỪ VIT TẮT

Từ/ chữ
viết tắt
Nghĩa tiếng Anh
Nghĩa tiếng Việt
ADN
Acid Deoxyribonucleic

APS
Amonium persulfate

LD

Allelic ladder





bp
Base pair

dNTP
Deoxynucleoside triphosphate

dATP
Deoxyadenine triphosphate

dTTP
Deoxythymidine triphosphate

dGTP
Deoxyguanine triphosphate

dCTP
Deoxycytozine triphosphate

FL
Fluorescein

Fluorescein
M50
Marker 50bp


OD
Optical density

PCR
Polymerase chain reaction

PBS
Phosphate buffer saline

RFLP
Restriction fragment length
polymophism


STR
Short Tandem Repeat

Taq
Thermus aquaticus

TBE
Tris-Boric acid-EDTA

TE
Tris-EDTA

TEMED
-tetramethyl-
ethylenediamine

VNTR
Variable number of tandem
repeat

au
w/v
Weight/volume




MC LC

Mở đầu
1
Chƣơng 1. Tổng quan tài liệu
3
1.1

3
1.1.1
Cơ sở khoa học của phân tích ADN xác định cá thể
3
1.1.2
Các kỹ thuật xác định tính đa hình của ADN
5
1.1.2.1

5

1.1.2.2

6
1.2


6
1.2.3
Các locus STR ứng dụng trong phân tích cá thể người.
8
1.2.4
Các locus sử dụng trong nghiên cứu.
9
1.3

10
1.3.1
Phương pháp nhuộm Ethidum bromide
12
1.3.2
Phương pháp đánh dấu phóng xạ
12
1.3.3
Phương pháp nhuộm bạc
12
1.3.4
Phương pháp đánh dấu huỳnh quang
13
1.4



15
1.4.1
Khỏi niệm về chất huỳnh quang
15
1.4.2
Ứng dụng chất huỳnh quang trong phõn tớch ADN
17
1.5

18
1.5.1
Tỡnh hỡnh nghiờn cứu trờn thế giới
18
1.5.2
Tỡnh hỡnh nghiờn cứu trong nước
19


CHƢƠNG 2. NGUYÊN LIỆU V PHƢƠNG PHP NGHIÊN CỨU
21
2.1

21
2.1.1

21
2.1.2

21

2.1.3

21
2.1.4

22
2.2

24
2.2.1

25
2.2.2

25
2.2.3

26
2.2.4

27
2.2.5

29
2.2.5.1

29
2.2.5.2

30

2.2.6

31
2.2.7

34
CHƢƠNG 3: KT QU V THO LUẬN
35
3.1

35
3.2

36
3.3

39
3.4

44
3.5

47
3.6

50
CHƢƠNG 4: KT LUẬN V KIN NGH
55
4.1


55


4.2

55
TI LIỆU THAM KHO
56
PH LC 


1
MỞ ĐẦU


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             

 

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 

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2

   
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
             
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

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Nam.
              
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
             

Nghiên cứu xây dựng thang alen chỉ thị huỳnh quang cho 05 locus Penta E,
D18S51, D21S11, TH01 và D3S1358 phục vụ giám định.

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



3
CHƢƠNG 1
TỔNG QUAN TI LIỆU

1.1. Phƣơng pháp xác định cá thể dựa trên chỉ thị ADN
1.1.1. Cơ sở khoa học của phân tích ADN xác định cá thể

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
      
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Hình 1. Cấu trúc phân tử ADN


4

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23]:
 
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
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
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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10

5
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

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- -
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- -
    -   


1.1.2. Các kỹ thuật xác định tính đa hình của ADN

            




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
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


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6
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2. 
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3.               
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4. 




      






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- 
-              

-      


7
1.2. Đại cƣơng về các locus STR đƣợc sử dụng trong nhận dạng cá thể
ngƣời

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Edwards et al (1991) [26], Beckman et al 
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NST. [28,33].
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8
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
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   
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               
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
1.2.1. Các locus STR ứng dụng trong phân tích cá thể người
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


9
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D3S1358, D8S1179.
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1.2.2. Cỏc locus sử dụng trong nghiên cứu
Bng 1. 

TT
Locus

Vị trớ
Đơn vị lặp
Số đoạn lặp
Kích thƣớc
sn phẩm
PCR
1
Penta E


[AAAGA]
5 - 26
379  484 bp
2
D18S51


[AGAA]
7 - 27
286 - 373 bp
3
D21S11


[TCTA],
[TCTG]
12, 24 - 41.2
203 - 273 bp

10

4
TH01


[AATG]
3 - 14
152 - 196 bp
5
D3S1358


[TCTG],
[TCTA]
8 - 20
115 - 147bp


Short Tandem
Repeat DNA Internet Database  




 

 - H57 -
TC IV - 
1.3. Các phƣơng pháp phát hiện ADN



 
 - 
 N
 .
 4 

 [21].


11
Bng 2. ADN
Kỹ thuật/
Thiết bị sử dụng
Thành phần
Tác gi
Năm áp dụng
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


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Edwards et al (1991)
Frazier et al (1996)
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Berschick et al (1993)
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32
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Hammond et al
(1994)
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Butler et al (1994)
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Budowle et al (1995)
Micka et al (1996)
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(1995)

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Wang et al (1995)
Mansfield et al (1998)
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Roy et al (1996)
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Cassiman
(1996)
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Schumm et al (1995)
Lins et al (1998)
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ABI 310
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ABI 377
Buel et al (1998)
Lazaruk et al (1998)
G
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Sgueglia et al (2003)
Butler et al (2004)

12
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1.3.1. Phương pháp nhuộm Ethidum bromide
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1.3.2. Phương pháp đánh dấu phóng xạ
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32
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1.3.3. Phương pháp nhuộm bạc

13
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
1.3.4. Phương pháp đánh dấu huỳnh quang

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14
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15
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1.4. Đại cƣơng các về chất huỳnh quang và ứng dụng trong phân tích
ADN

1.4.1. Khái niệm về chất huỳnh quang
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16
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17
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1.4.2. Ứng dụng chất huỳnh quang trong phân tích ADN

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18


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

Thuốc nhuộm
Tên hóa học
nh sáng kích
thích cực đại
(nm)
nh sáng phát
ra cực đại
(nm)

5-FAM
5- carboxy fluorescein
493
522
JOE
6- carboxy--dim eoxy--
dichl orofluor escein
528
554
VIC
Độc quyền của Applied Biosystems
538
554
NED
Độc quyền của Applied Biosystems
546
575
PET
Độc quyền của Applied Biosystems
558
595
LIZ
Độc quyền của Applied Biosystems
638
655
ROX (CXR)
6-carboxy-X-rhodamine
587
607
Fluorescein (FL)

Fluorescein
490
520
TMR (TAMRA)
-tetramethyl-6
carboxyfluorescein
560
583
TET
-hexachloro-6-
carboxyfluorescein
522
538
HEX
-hexachloro-6-
carboxyfluorescein
535
553
Rhodamine Red
-X
(Molecular Probes)
580
590
Texas Red
-X (Molecular Probes)
595
615
SYBR Green
(intercalator)
Độc quyền của Molecular Probes

497
520

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1.5. Tình hình nghiên cứu chế tạo thang alen chỉ thị huỳnh quang
1.5.1. Tình hình nghiên cứu trên thế giới
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19
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1.5.2. Tình hình nghiên cứu trong nước