Định danh và phân loại một số loài cá nước ngọt phổ biến ở đồng bằng sông Cửu Long dựa trên đặc điểm hình thái và di truyền

BỘ GIÁO DỤC & ĐÀO TẠO
TRƯỜNG ĐẠI HỌC NHA TRANG
VIỆN CÔNG NGHỆ SINH HỌC VÀ MÔI TRƯỜNG
o0o





THÁI THỊ LAN PHƯƠNG




ĐỊNH DANH VÀ PHÂN LOẠI MỘT SỐ LOÀI CÁ NƯỚC NGỌT
PHỔ BIẾN Ở ĐỒNG BẰNG SÔNG CỬU LONG DỰA TRÊN
ĐẶC ĐIỂM HÌNH THÁI VÀ DI TRUYỀN



ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC

Chuyên ngành: CÔNG NGHỆ SINH HỌC

Nha Trang, tháng 06 năm 2014

BỘ GIÁO DỤC & ĐÀO TẠO
TRƯỜNG ĐẠI HỌC NHA TRANG
VIỆN CÔNG NGHỆ SINH HỌC VÀ MÔI TRƯỜNG
o0o





THÁI THỊ LAN PHƯƠNG




ĐỊNH DANH VÀ PHÂN LOẠI MỘT SỐ LOÀI CÁ NƯỚC NGỌT
PHỔ BIẾN Ở ĐỒNG BẰNG SÔNG CỬU LONG DỰA TRÊN
ĐẶC ĐIỂM HÌNH THÁI VÀ DI TRUYỀN


ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC

Chuyên ngành: CÔNG NGHỆ SINH HỌC

GVHD: ThS VŨ ĐẶNG HẠ QUYÊN
TS. ĐẶNG THÚY BÌNH




Nha Trang, tháng 06 năm 2014
i

LỜI CẢM ƠN
Để hoàn thành đồ án tốt nghiệp, em xin gửi lời cảm ơn đến Viện Công nghệ
sinh học và môi trường, trường Đại học Nha Trang đã tạo điều kiện thuận lợi về cơ
sở vật chất cho em trong suốt quá trình thực hiện đồ án.
Đặc biệt em xin được bày tỏ lòng biết ơn chân thành và sâu sắc tới ThS. Vũ
Đặng Hạ Quyên và TS. Đặng Thúy Bình đã tận tình chỉ bảo và hướng dẫn em trong
suốt quá trình nghiên cứu và thực hiện đồ án.
Em xin chân thành cảm ơn các thầy cô giáo trong bộ môn Công nghệ sinh học
đã giảng dạy, cung cấp kiến thức cho em trong suốt quá trình học tập 4 năm qua.
Cảm ơn đề tài nghiên cứu "Di truyền học bảo tồn ứng dụng trong đa dạng sinh
học và nâng cao quản lý tài nguyên Đồng bằng sông Cửu Long" thuộc dự án PEER
(USAID và NSF tài trợ) đã cung cấp kinh phí và hỗ trợ thực hiện nghiên cứu này.
Em xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới gia đình, bạn bè, người thân đã quan
tâm, hỗ trợ và động viên để em làm tốt đồ án.
Trong quá trình thực hiện không thể nào tránh khỏi những thiếu sót, em rất
mong nhận được sự góp ý của các thầy cô giáo để đồ án được hoàn thiện hơn.
Em xin chân thành cảm ơn!

Nha Trang, ngày tháng năm 2014
Sinh viên


Thái Thị Lan Phương
ii

MỤC LỤC
LỜI CẢM ƠN i
DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT iv
DANH MỤC BẢNG BIỂU v
DANH MỤC HÌNH ẢNH vi
MỞ ĐẦU 1
CHƯƠNG 1 – TỔNG QUAN 4
1.1. Tổng quan về vùng nghiên cứu 4
1.2. Tình hình nghiên cứu đa dạng sinh học cá sông Mekong trong và ngoài
nước 7
1.3. Kỹ thuật di truyền ứng dụng trong đa dạng sinh học cá 10
1.3.1. Hệ gen ty thể và hệ gen nhân 10
1.3.2. Ứng dụng kỹ thuật di truyền mã vạch DNA barcoding 13
CHƯƠNG 2 – ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 16
2.1. Đối tượng, địa điểm và phương pháp thu mẫu 16
2.2. Sơ đồ nghiên cứu 17
2.3. Phân loại hình thái 18
2.4. Nghiên cứu di truyền cá ĐBSCL 20
2.4.1. Tách chiết DNA, khuếch đại và giải trình tự 20
2.4.2. Phân tích dữ liệu và xây dựng mối quan hệ phát sinh chủng loại 22
CHƯƠNG 3 – KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN 27
3.1. Phân loại hình thái 27
3.1.1. Thành phần loài các loài cá nước ngọt phổ biến thu tại ĐBSCL, Việt

Nam 27
3.1.2. Đặc điểm hình thái các loài cá nước ngọt phổ biến thu tại ĐBSCL,Việt
Nam 31
3.2. Nghiên cứu di truyền các loài cá nước ngọt phổ biến ở ĐBSCL 76
3.2.1. Tách chiết DNA tổng số 76
iii

3.2.2. Khuếch đại, giải trình tự DNA cá nước ngọt ĐBSCL 76
3.2.3. So sánh khác biệt trình tự giữa các loài cá nghiên cứu 77
3.2.4. So sánh sự tương đồng trình tự với Genbank 80
3.2.5. Xây dựng cây phát sinh loài cá nước ngọt ĐBSCL 82
CHƯƠNG 4 – KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 87
4.1. Kết luận 87
4.2. Kiến nghị 88
TÀI LIỆU THAM KHẢO 89
PHỤ LỤC


iv

DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT
bp Base pairs
cm Centimeter
CO1 Cytochrome c oxidase subunit 1
cs Cộng sự
Cyt b Cytochrome b
DNA Deoxyribonucleic acid
ĐBSCL Đồng bằng sông Cửu Long
g Gam
GB Ký hiệu cho các loài từ Genbank

mm Milimeter
µL Microliter
µM Micromol
mt DNA Mitochondrial deoxyribonucleic acid
MRC Mekong River Commission
PCR Polymerase Chain Reaction
RNA Ribonucleic acid
rRNA Ribosomal ribonucleic acid
tRNA Transfer ribonucleic acid
U Unit
v

DANH MỤC BẢNG BIỂU
Bảng 2.1 – Trình tự gen 16S mtDNA của các loài cá nước ngọt 22
Bảng 3.1 – Danh sách các loài cá nước ngọt phổ biến thu tại ĐBSCL, Việt Nam 27
Bảng 3.2 – Chỉ tiêu hình thái của các loài cá nước ngọt phổ biến ở ĐBSCL 29
Bảng 3.3 – Sự khác biệt về trình tự 16S mt DNA của 22 loài cá nước ngọt phổ biến
ở ĐBSCL 79
Bảng 3.4 – Kết quả độ tương đồng của các trình tự 16S mt DNA từ 22 loài cá thu tại
ĐBSCL, Việt Nam với dữ liệu từ Genbank 80



vi

DANH MỤC HÌNH ẢNH
Hình 1.1 – Lưu vực sông Mekong 4
Hình 1.2 – Đồng bằng sông Cửu Long (Albers và cs, 2013) 5
Hình 1.3 – DNA ty thể người, bao gồm 22 gen tRNA, 2 gen rRNA, và 13 vùng mã
hóa protein. 11

Hình 2.1 – Các địa điểm thu mẫu cá trên địa bàn ĐBSCL(đánh dấu màu đỏ) 16
Hình 2.2 – Sơ đồ khối nội dung nghiên cứu 17
Hình 2.3 – Một số bộ phận của bộ cá xương 18
Hình 2.4 – Các chỉ số đo trong phân loại cá 19
Hình 2.5 – Các chỉ số đếm trong phân loại cá. 20
Hình 2.6 – Chu trình nhiệt của phản ứng PCR 21
Hình 3.1 - Tỷ lệ (%) số lượng các họ, giống, loài trong thành phần cá nước ngọt
thu tại ĐBSCL, Việt Nam. 28
Hình 3.2a – Hình dáng cá chạch lấu Mastacembelus favus 31
Hình 3.2b – Đặc điểm hình thái cá chạch lấu Mastacembelus favus…………… 32
Hình 3.3a – Hình dáng cá heo rừng Syncrossus helodes 33
Hình 3.3b – Đặc điểm hình thái cá heo rừng Syncrossus helodes 34
Hình 3.4a – Hình dáng cá heo vạch Yasuhikotakia modesta 35
Hình 3.4b – Đặc điểm hình thái cá heo vạch Yasuhikotaka modesta 36
Hình 3.5a – Hình dáng cá khoai sông Acantopsis sp. 37
Hình 3.5b – Đặc điểm hình thái cá khoai sông Acantopsis sp. 38
Hình 3.6a – Hình dáng cá linh Henicorhynchus lobatus. 39
Hình 3.6b – Đặc điểm hình thái cá linh Henicorhynchus lobatus 40
Hình 3.7a – Hình dáng cá thiểu mẫu Paralaubuca typus. 41
Hình 3.7b – Đặc điểm hình thái cá thiểu mẫu Paralaubuca typus 42
Hình 3.8a – Hình dáng cá bơn phên Cynoglossus feldmanni 43
Hình 3.8b – Đặc điểm hình thái cá bơn phên Cynoglossus feldmanni 44
Hình 3.9a – Hình dáng cá bơn lưỡi mèo Brachirus panoides. 45
Hình 3.9b – Đặc điểm hình thái cá bơn lưỡi mèo Brachirus panoides 46
Hình 3.10a – Hình dáng cá thát lát Notopterus notopterus 47
Hình 3.10b – Đặc điểm hình thái cá thát lát Notopterus notopterus 48
Hình 3.11a – Hình dáng cá mang rổ Toxotes chatareus 49
vii

Hình 3.11b – Đặc điểm hình thái cá mang rổ Toxotes chatareus 50

Hình 3.12a – Hình dáng cá sặc rằn Trichopodus pectoralis 51
Hình 3.12b – Đặc điểm hình thái cá sặc rằn Trichopodus pectoralis. 52
Hình 3.13a – Hình dáng cá sặc chấm Trichopodus trichopterus 53
Hình 3.13b – Đặc điểm hình thái cá sặc chấm Trichopodus trichopterus. 54
Hình 3.14a – Hình dáng cá sặc điệp Trichopodus microlepis. 56
Hình 3.14b – Đặc điểm hình thái cá sặc điệp Trichopodus microlepis 56
Hình 3.15a – Hình dáng cá hường vện Datnioides polota 58
Hình 3.15b – Đặc điểm hình thái cá hường vện Datnioides polota 59
Hình 3.16a – Hình dáng cá rô biển Pristolepis fasciata. 60
Hình 3.16b – Đặc điểm hình thái cá rô biển Pristolepis fasciata 61
Hình 3.17a – Hình dáng cá chốt sọc mitti Mystus mysticetus. 62
Hình 3.17b – Đặc điểm hình thái cá chốt sọc mitti Mystus mysticetus 63
Hình 3.18a – Hình dáng cá trèn bầu Ompok bimaculatus 64
Hình 3.18b – Đặc điểm hình thái cá trèn bầu Ompok bimaculatus 65
Hình 3.19a – Hình dáng cá bông lau Pangasius krempfi 66
Hình 3.19b – Đặc điểm hình thái cá bông lau Pangasius krempfi 67
Hình 3.20a – Hình dáng cá sát sọc Pangasius macronema 68
Hình 3.20b – Đặc điểm hình thái cá sát sọc Pangasius macronema 69
Hình 3.21a – Hình dáng cá Pangasius sp. 71
Hình 3.21b – Đặc điểm hình thái cá Pangasius sp.…………………………… 71
Hình 3.22a – Hình dáng cá cơm trích Clupeoides borneensis. 72
Hình 3.22b – Đặc điểm hình thái cá cơm trích Clupeoides borneensis 73
Hình 3.23a – Hình dáng cá lòng tong Coilia rebentischii…………………………. 74
Hình 3.23b – Đặc điểm hình thái cá lòng tong Coilia rebentischii 75
Hình 3.24 – Kết quả điện di DNA tổng số một số mẫu cá nước ngọt ĐBSCL 76
Hình 3.25 – Kết quả điện di sản phẩm PCR đoạn gen 16S mtDNA mẫu cá ĐBSCL. 77
Hình 3.26 – Cây phát sinh loài từ phương pháp Maximum Neighbor – Joining với
độ lặp lại 1000 lần dựa trên gen 16S mt DNA của các loài cá thu tại ĐBSCL,
Việt Nam. 83

1

MỞ ĐẦU
Nằm ở hạ lưu sông Mekong, Đồng bằng sông Cửu Long (ĐBSCL) có tổng
diện tích là 40.553,1 km
2
(Tổng cục Thống kê, 2012). Với hệ thống sông ngòi dày
đặc, các loại hình thủy vực khác nhau như sông, kênh rạch, vùng cửa sông, rừng
ngập mặn và bãi bồi ven biển, ĐBSCL có điều kiện thuận lợi phát triển nền nông
nghiệp trồng lúa và khai thác, nuôi trồng thủy hải sản. Mức độ đa dạng của các loài
cá nước ngọt ở khu vực này cao (Nguyễn Văn Hảo, 2005a, 2005b), chủ yếu là các
loài cá có nguồn gốc từ thượng nguồn sông Mekong đổ về (Campell, 2009).
Tuy nhiên, sự đa dạng sinh học ở ĐBSCL đang phải đối mặt với những thách
thức từ bùng nổ dân số, sự khai thác quá mức (Kỷ Quang Vinh, 2012; Campell,
2012), xây dựng đập (MRC, 2010) và biến đổi khí hậu (Kỷ Quang Vinh, 2012). Áp
lực của việc gia tăng dân số đòi hỏi đáp ứng nhu cầu ngày càng tăng của con người
đối với các nguồn tài nguyên thiên nhiên, đặc biệt là đất nông nghiệp và nuôi trồng
thủy sản, làm giảm đáng kể mức độ sinh cảnh tự nhiên và bán tự nhiên ở vùng đồng
bằng (Campell, 2012). Theo Tổng cục thủy sản (2012), sản lượng thủy sản giảm từ
24,8% xuống chỉ còn 21,9 % năm 2010, thể hiện được sự suy giảm nguồn lợi thuỷ
sản và tác động đến mức độ đa dạng sinh học trong khu vực. Theo bản Đánh giá
môi trường chiến lược của Ủy hội sông Mekong (MRC, 2010), việc 11 con đập dự
kiến được xây dựng trên sông Mekong, đoạn chảy qua Lào, Campuchia, Thái Lan
và Việt Nam sẽ ngăn chặn sự di cư của cá sông Mekong và thay đổi môi trường
sống tự nhiên của chúng. Nguồn lợi cá sông Mekong sẽ bị suy giảm ước tính từ
26% đến 42%, hơn 100 loài sẽ có nguy cơ tuyệt chủng (MRC, 2010).
Nhiều nghiên cứu về đa dạng sinh học các loài cá nước ngọt ở Việt Nam đã
được tiến hành với phương pháp phân loại truyền thống là dựa trên đặc điểm hình
thái (Nguyễn Văn Hảo và Ngô Sỹ Vân, 2001; Nguyễn Văn Hảo, 2005a, 2005b). Đa

dạng sinh học các loài cá nước ngọt ở ĐBSCL có các nghiên cứu của Mai Đình Yên
và cs (1992); Trương Thủ Khoa và Trần Thị Thu Hương (1993); Trần Đắc Định và
cs (2013). Tuy nhiên, đặc điểm hình thái dưới tác động của môi trường và biến dị cá
2

thể có thể gây nhầm lẫn trong công tác phân loại. Mặc dù sở hữu sự đa dạng sinh
học cao về nguồn lợi cá nước ngọt nhưng chưa có công bố nào về dữ liệu di truyền
mã vạch (DNA barcoding) của cá nước ngọt ĐBSCL.
Kỹ thuật di truyền mã vạch DNA – barcoding (Floyd và cs, 2002; Hebert và cs,
2003a) là kỹ thuật phân tích một đoạn ngắn của hệ gen, sử dụng một cặp mồi chung
để khuếch đại đoạn DNA mục tiêu, rồi dựa trên dữ liệu di truyền thu được để xác
định các loài một cách nhanh chóng và chính xác. Kỹ thuật được sử dụng rộng rãi để
xác định đa dạng sinh học và biến động di truyền của sinh vật (Hebert và cs, 2003a ,
2003b; Tautz và cs, 2003). Hiện nay, việc phân tích di truyền mã vạch là một lựa
chọn hiệu quả vì chi phí thấp và ứng dụng được cho nhiều đối tượng sinh vật
(Hajibabaei và cs, 2005).
Nhận thấy bảo tồn nguồn lợi và đa dạng sinh học tại khu vực ĐBSCL là một
trong những yếu tố then chốt của sự phát triển bền vững, đề tài “Định danh và
phân loại một số loài cá nước ngọt phổ biến ở Đồng bằng sông Cửu Long dựa
trên đặc điểm hình thái và di truyền” được thực hiện nhằm cung cấp dẫn liệu về
hình thái và di truyền của một số loài cá nước ngọt ĐBSCL, làm cơ sở cho các
nghiên cứu đánh giá đa dạng sinh học bằng việc xây dựng mã vạch DNA (DNA
barcoding). Đề tài nằm trong khuôn khổ đề tài nghiên cứu “Di truyền học bảo tồn
ứng dụng trong đa dạng sinh học và nâng cao quản lý tài nguyên Đồng bằng sông
Cửu Long” thuộc dự án PEER (USAID và NSF tài trợ ) do Tiến sĩ Đặng Thúy Bình
(Đại học Nha Trang) chủ trì.
Mục tiêu của đề tài
Đề tài ứng dụng kỹ thuật di truyền DNA barcoding với chỉ thị 16S của DNA
ty thể (16S mtDNA) để xây dựng cơ sở dữ liệu di truyền cá nước ngọt ĐBSCL, Việt
Nam, đồng thời mô tả đặc điểm hình thái, phân bố, sinh thái. Đây là những dẫn liệu

đầu vào về đa dạng loài, hệ thống phân loại và đa dạng di truyền của khu hệ cá nước
ngọt ĐBSCL, làm cơ sở cho công tác bảo tồn và quản lý nguồn lợi.
3

Đối tượng và phạm vi nghiên cứu
Các loài cá nước ngọt được thu vào tháng 9 và tháng 12/2013 dựa trên phương
pháp thu mẫu ngẫu nhiên ngoài thực địa. Địa điểm thu mẫu là các chợ cá địa
phương thuộc các tỉnh Cần Thơ, An Giang, Đồng Tháp, Vĩnh Long, Trà Vinh, Bến
Tre, Tiền Giang của ĐBSCL. Cá được phân loại bằng hình thái ngay khi mẫu còn
tươi. Các nghiên cứu di truyền được tiến hành tại phòng thí nghiệm trường Đại học
Nha Trang.
Nội dung nghiên cứu
- Thu thập mẫu và phân loại các loài cá nước ngọt phổ biến ở ĐBSCL dựa
trên đặc điểm hình thái. Xây dựng dữ liệu về đặc điểm sinh học của những loài cá
nước ngọt phổ biến ở ĐBSCL.
- Xây dựng dữ liệu di truyền mã vạch (DNA barcoding) dựa trên gen 16S
mtDNA của các loài cá nước ngọt phổ biến ở ĐBSCL. Kiểm chứng phân loại với
các dữ liệu có sẵn trên ngân hàng quốc tế Genbank.
- Bước đầu khảo sát mối quan hệ phát sinh chủng loại của các loài cá nước
ngọt phổ biến ở ĐBSCL.
Ý nghĩa khoa học và thực tiễn của đề tài
Nghiên cứu này khảo sát sự đa dạng khu hệ cá nước ngọt phổ biến ở ĐBSCL
dựa trên đặc điểm hình thái và di truyền (DNA barcoding), đồng thời xây dựng mối
quan hệ phát sinh chủng loại của các loài cá nghiên cứu. Đây là dữ liệu di truyền mã
vạch đầu tiên của các loài cá phổ biến ĐBSCL, dữ liệu này có thể được sử dụng cho
các nghiên cứu đa dạng sinh học và quản lý nguồn lợi thủy sản ĐBSCL.
4

CHƯƠNG 1 – TỔNG QUAN
1.1. Tổng quan về vùng nghiên cứu

Sông Mekong bắt nguồn từ Trung Quốc (MOC, 2004), qua địa bàn tỉnh
Qinghai, khu vực tự trị Tây Tạng, tỉnh Vân Nam của Trung Quốc và các nước
Myanmar, Thái Lan, Lào, Campuchia, hình thành nên Đồng bằng sông Cửu Long
(ĐBSCL) ở Việt Nam và đổ vào Biển Đông (MRC, 1997). Sông Mekong là con sông
dài thứ 12 trên thế giới và lớn thứ 10 về tổng lượng dòng chảy (MRC, 2011). Tổng
diện tích lưu vực sông Mekong là khoảng 795.000 km
2
, trong đó Việt Nam chiếm
khoảng 20% diện tích (Hori, 2000).

Nguồn:
Hình 1.1 – Lưu vực sông Mekong
5

Lưu vực sông Mekong (MRB) đại diện cho một điểm nóng toàn cầu về đa
dạng sinh học (Dudgeon và cs, 2006; Allen và cs, 2012), đứng thứ hai sau sông
Amazon về sự phong phú các loài cá (Baran, 2010). Hạ lưu sông Mekong là một
trong những nguồn đảm bảo an ninh lương thực chính ở Đông Nam Á. Trong số 60
triệu người dân sống trong lưu vực sông, khoảng 80% phụ thuộc trực tiếp vào sông
vì lương thực và sinh kế (International Rivers, 2013).
ĐBSCL còn có tên là Đồng bằng Nam Bộ hoặc miền Tây Nam Bộ, nhưng
thường được gọi là miền Tây. ĐBSCL nằm liền kề vùng Đông Nam Bộ, phía Bắc
giáp Campuchia, phía Tây Nam là vịnh Thái Lan, phía Đông Nam là Biển Đông.
Sông Mekong chảy qua ĐBSCL bao gồm hai nhánh chính là sông Tiền và sông Hậu
(sông Cửu Long), các sông nhánh và mạng lưới kênh rạch chằng chịt kết nối với sông
Vàm Cỏ và hệ thống sông Đồng Nai (Pham Van Mien, 2002). Nguồn lợi cá nước
ngọt ĐBSCL chủ yếu là các loài cá từ thượng nguồn sông Mekong đổ về (Campell,
2009). Thêm vào đó, nhờ những trầm tích phù sa màu mỡ của sông Mekong bồi đắp
qua thời gian, ĐBSCL có điều kiện thuận lợi để phát triển nền nông nghiệp trồng lúa
và cây ăn quả.

Hình 1.2 – Đồng bằng sông Cửu Long (Albers và cs, 2013)
6

Khí hậu ở ĐBSCL là khí hậu nhiệt đới ẩm với tính chất cận xích đạo rõ rệt.
Nhiệt độ trung bình năm của khu vực là 26 – 27 °C, biến thiên nhiệt độ trung bình 3
– 3,5 °C. Ẩm độ trung bình ở ĐBSCL là 82 – 83% với lượng mưa khá lớn, trung
bình từ 1.400 – 2.200 mm/năm. Khí hậu chia làm hai mùa rõ rệt: mùa mưa tập trung
từ tháng 5 – 10, lượng mưa chiếm tới 75 – 95% tổng lượng mưa của cả năm; mùa
khô từ tháng 12 đến tháng 4 năm sau (Lê Anh Tuấn, 2008). Có thể nói, các yếu tố
khí hậu đã tạo điều kiện thuận lợi cho sự phát triển và đa dạng của sinh vật nơi đây,
đặc biệt là các loài cá nước ngọt.
Hệ sinh thái rừng ngập mặn ở ĐBSCL cũng đóng vai trò quan trọng với sinh
thái và môi trường. Bên cạnh việc bảo vệ bờ biển, hạn chế xói lở và điều hòa khí hậu,
rừng ngập mặn còn là nơi cư trú của nhiều loài cá. Theo Schmitt (2009), vật rụng (lá,
cành, chồi, hoa, quả) của cây rừng ngập mặn được các vi sinh vật phân hủy thành
mùn bã hữu cơ (ước tính 3,6 tấn mùn bã hữu cơ/hecta/năm) là nguồn thức ăn cho các
loài thủy sản.
Tuy nhiên, ĐBSCL được xác nhận là nơi chịu tác động mạnh mẽ của biến đổi
khí hậu và nước biển dâng (IPCC, 2007), điều này sẽ tăng nguy cơ xâm nhập mặn
và tăng tần suất của các cơn bão, lũ lụt, biến động dòng chảy sẽ ảnh hưởng đến
đường đi của cá, các bãi đẻ và khu vực kiếm mồi của chúng.
Ngoài ra, ĐBSCL cũng phải đối mặt với những thách thức từ bùng nổ dân số.
Theo Tổng cục thống kê (2012), dân số trung bình ĐBSCL là 17390.5 nghìn người,
mật độ dân số bình quân 429 người/km
2
, gần gấp đôi mật độ dân số cả nước. Áp lực
của việc gia tăng dân số ở ĐBSCL đòi hỏi việc đáp ứng tài nguyên vật chất cho hoạt
động sống tăng cao, dẫn đến việc ô nhiễm môi trường do các chất thải sinh hoạt,
công nghiệp. Hạn chế về trình độ dân trí và thu nhập thấp của người dân dẫn đến sự

khai thác bừa bãi, quá mức, làm giảm thiểu nguồn lợi cá nước ngọt và tác động đến
mức độ đa dạng sinh học trong khu vực (Kỷ Quang Vinh, 2012). Đai rừng ngập
mặn ven biển cũng bị phá hủy nghiêm trọng do nạn chặt phá cây, làm tăng xói mòn,
xâm nhập mặn và nước biển dâng (Albers và cs, 2013).
7

Thêm vào đó, các đập thủy điện ở phía thượng nguồn sông Mekong dẫn đến
việc làm giảm lưu lượng nước trong các dòng chảy về phía hạ lưu, đồng thời là
chướng ngại chính cho sự di cư của các loài cá và thay đổi môi trường sống tự
nhiên của chúng (Campbell, 2012). Điều này sẽ làm giảm thiểu nguồn lợi thủy sản
và ảnh hưởng đến độ đa dạng sinh học khu hệ cá nước ngọt của ĐBSCL.
1.2. Tình hình nghiên cứu đa dạng sinh học cá sông Mekong trong và ngoài nước
 Ngoài nước:
Lưu vực sông Mekong (MRB) đại diện cho một điểm nóng toàn cầu về đa
dạng sinh học (Dudgeon và cs, 2006; Allen và cs, 2012). Nhiều công trình nghiên
cứu ở khu vực sông Mekong đã được tiến hành. Theo Hortle (2009), lưu vực sông
Mekong chỉ đứng thứ 2 sau sông Amazon về sự phong phú các loài cá. Nguồn gốc
của sự đa dạng này được giả thuyết xuất phát từ quá trình địa sinh học phức tạp
(Woodruff, 2010). Đa dạng sinh học của MRB bao gồm hơn 790 loài cá nước ngọt,
trong đó có 28 loài đặc hữu (Campbell, 2012).
Smith (1945) mô tả 560 loài cá sông Mekong ở Thái Lan, thuộc 209 giống, 49
họ, 15 bộ. Rainboth (1996) cung cấp hướng dẫn phân loại 500 loài cá ở Campuchia.
Ông cũng báo cáo các loài cá được cho rằng phân bố tại lưu vực sông Mekong ở
Campuchia được ghi nhận hoặc tìm thấy bởi các tác giả từ Việt Nam, Lào và
Campuchia.
Kottelat (2001a) báo cáo 481 loài cá nước ngọt sông Mekong ở Lào, với hơn
100 loài mới được ghi nhận. Nghiên cứu chỉ ra sự đa dạng các loài cá chạch thuộc
giống Schistura với 57 loài, chiếm hơn 10% thành phần khu hệ cá ở nước này.
Các nhà khoa học thuộc tổ chức MRC (2003) xây dựng cơ sở dữ liệu về các
loài cá sông Mekong (Mekong Fish Database – MFD). MFD cung cấp thông tin của

924 loài cá (với 219 loài đặc hữu) thuộc 87 họ và 24 bộ, trong đó có 60% các loài
sống hoàn toàn ở nước ngọt và 40% các loài bình thường sống trong nước mặn hoặc
nước lợ nhưng có thời gian di chuyển vào vùng nước ngọt.
8

Poulsen và cs (2005) bổ sung các thông tin về 40 loài cá nước ngọt quan trọng
nhất đối với nghề cá của sông Mekong, trong đó có 9 loài đặc hữu và 3 loài được
liệt vào danh sách có nguy cơ tuyệt chủng. Nghiên cứu cung cấp đặc điểm phân
bố, tập tính dinh dưỡng, kích thước, cấu trúc đàn, chu kỳ sống và vai trò của mỗi
loài trong ngành thủy sản. Những thông tin trong báo cáo này chủ yếu lấy kết
quả từ việc khảo sát trong lưu vực sông Mekong thời gian từ năm 1995 đến năm
2001 của các cơ quan nghề cá mỗi nước kết hợp với các chương trình thủy sản
do Danida tài trợ .
Vidthayanon (2008) mô tả 363 loài cá trong sách ảnh về các loại cá ở khu vực
hạ lưu sông Mekong, trong đó gồm 160 loài có nguồn gốc và quần đàn chính ở
thượng nguồn, 80 loài cá sống ở nước mặn nhưng có thời gian di chuyển vào cửa
sông. Khu hệ cá bị chi phối bởi bộ Cypriniformes và Perciformes, cùng chiếm hơn
30%. Nghiên cứu cung cấp hình ảnh giai đoạn cá bột và cá trưởng thành, thông tin
về đặc điểm sinh học và phân bố của chúng.
Dựa trên cơ sở dữ liệu Mekong Fish Database – MFD, Valbo-Jørgensen và
cs (2009) phân loại được 924 loài cá của lưu vực sông Mekong, trong đó có 898
loài bản địa. Nghiên cứu ghi nhận được 89 loài cá thường sống ở vùng nước lợ và
cửa sông, 4 loài cá thường sống ở cửa sông nhưng có thể di chuyển lên phía thượng
nguồn hoặc ra biển, 47 loài cá sống ở nước mặn nhưng có thời gian di chuyển vào
cửa sông, 2 loài cá sinh sản ở cửa sông và nước mặn nhưng sống ở nước ngọt là
Anguilla marmorata và Lates calcarifer, 2 loài cá có thời gian sống ở biển nhưng
bơi ngược sông để sinh sản là Pangasius krempfi và Pangasius mekongiensis, 111
loài có thể sống ở cả nước ngọt, nước lợ và nước mặn.
Trung tâm Nghề cá thế giới (ICLARM) cùng với Tổ chức Lương thực và
Nông nghiệp thế giới (FAO) lập ra trang web FishBase

cập nhật thông tin khoảng 32.800 loài cá trên thế giới và phân bố của chúng. Tính
đến tháng 6/2014, FishBase đã cập nhật 797 loài cá của lưu vực sông Mekong, cung
9

cấp các thông tin về phân loại, đặc điểm phân bố, tập tính dinh dưỡng, kích thước,
chu kỳ sống và nguy cơ bị đe dọa của chúng.
 Trong nước
Nhiều nghiên cứu về đa dạng sinh học các loài cá nước ngọt ở Việt Nam đã
được tiến hành với phương pháp phân loại truyền thống là dựa trên đặc điểm hình
thái (Nguyễn Văn Hảo và Ngô Sỹ Vân (2001); Nguyễn Văn Hảo (2005a, 2005b);
Thái Thanh Dương (2007). Đối với đa dạng sinh học các loài cá nước ngọt ở
ĐBSCL, việc tiến hành các nghiên cứu như vậy là rất cần thiết, bổ sung thêm nguồn
tư liệu cho các nghiên cứu đa dạng sinh học và công tác quản lý nguồn lợi thủy sản
trong khu vực.
Mai Đình Yên và cs (1992) định loại 255 loài cá nước ngọt ở Nam Bộ, thuộc 41
họ của 14 bộ. Cũng ở khu vực này, Trương Thủ Khoa và Trần Thị Thu Hương (1993)
định loại 173 loài cá nước ngọt, thuộc 39 họ của 13 bộ.
Le Dien Duc (1989) báo cáo về 260 loài cá từ ĐBSCL. Nhiều loài di cư về khu
vực thượng nguồn theo mùa và một số di cư đến các vùng nước ngọt để đẻ trứng. Các
loài cá nước lợ và vùng ven biển chủ yếu là các loài trong các họ Clupeidae,
Scombridae, Sciaenidae, Tachysauridae và Cynoglossidae. Trong khi đó, khu hệ cá
nước ngọt phổ biển bởi họ Cyprinidae, Siluridae, Clariidae, Schilbeidae, Bagridae,
Sisoridae, Akysidae, Chanidae và Ophicephalidae.
Nguyễn Thanh Tùng và cs (2005) kiểm tra khu hệ cá ở tỉnh Vĩnh Long. Nhóm
tác giả nghiên cứu 152 loài cá thuộc 50 họ, 15 giống, trong đó, khu hệ cá bị chi phối
bởi bộ Cypriniformes (47 loài, chiếm 30,92%), Perciformes (41 loài, chiếm 26,97%
và Silluriformes (32 loài, chiếm 22,37% ).
Đoàn Văn Tiến và Mai Thị Trúc Chi (2005) khảo sát được 193 loài thuộc 40
họ, 13 bộ của ĐBSCL. Đa số các loài cá khảo sát thuộc 3 bộ Cypriniformes,
Perciformes và Siluriformes, được chia thành 3 nhóm chính : Nhóm cá sông – chủ

yếu sống ở nước ngọt, có các họ: Cyprinidae, Siluridae, Pangasidae, Labotidae,
Bagridae ; Nhóm cá đồng – sống chủ yếu ở đồng ruộng, thỉnh thoảng bắt gặp ở
10

kênh mương, có các họ Clariidae, Channidae, Belonidae, Synbranchidae ; Nhóm cá
nước lợ - sống chủ yếu ở vùng cửa sông, di cư ngược về vùng nước ngọt để tìm mồi
hoặc sinh sản như Eleotridae, Gobiidae, Muilidae, Leiognathidae, Trichuridae,
Megalopidae Ngoài ra cũng hiện diện một số loài cá từ biển đi vào vùng cửa sông
như: Tenualosa thibaudeaui, Tenualosa toli (Clupeidae), Lycothrissa crocodilus
(Engraulidae)
Trần Đắc Định và cs (2013) hợp tác với Quỹ môi trường thiên nhiên Nagao
(NEF) tiến hành dự án nghiên cứu về khu hệ cá ĐBSCL từ 10/2006-01/2013 với
kinh phí tài trợ của Quỹ bảo vệ môi trường toàn cầu (JFGE) thuộc Tổ chức phục hồi
và bảo vệ môi trường (ERCA) của Nhật Bản. Kết quả đã mô tả và lưu trữ các mẫu
của 322 loài cá ĐBSCL, trong đó có 186 loài cá nước ngọt.
1.3. Kỹ thuật di truyền ứng dụng trong đa dạng sinh học cá
1.3.1. Hệ gen ty thể và hệ gen nhân
Hệ gen (genome) chứa toàn bộ thông tin di truyền và các chương trình cần
thiết cho cơ thể hoạt động. Ở các sinh vật nhân chuẩn (eukaryote), 99% genome
nằm trong nhân tế bào (hệ gen nhân – nuclear DNA (nDNA)) và phần còn lại nằm
trong một số cơ quan tử như ty thể và lạp thể (hệ gen ty thể - mitochondrial DNA
(mtDNA) và hệ gen lạp thể - chloroplast DNA (ctDNA)). Genome trong nhân
thường lớn (3,3 tỷ base pairs ở người) và phân bố trên các nhiễm sắc thể dạng
thẳng. Trong khi đó đa số genome các cơ quan tử thường có kích thước nhỏ (16.569
base pairs ở người) và ở dạng vòng khép kín (Chial và Craig, 2008).
DNA ty thể (mtDNA) là một gen độc lập có cấu trúc mạch vòng nằm trong ty
thể, mã hóa đặc trưng cho 13 protein (các enzym tham gia vào phosphoryl hóa oxy
hóa), 2rRNA và 22 tRNA (Wolstenholme, 1992).
11

Nguồn:
Hình 1.3 – DNA ty thể người, bao gồm 22 gen tRNA, 2 gen rRNA, và 13 vùng
mã hóa protein. Mũi tên chỉ vùng gen (16S mtDNA) được sử dụng trong nghiên
cứu hiện tại.
DNA ty thể được ưu tiên sử dụng làm chỉ thị phân tử hơn DNA nhân trong kỹ
thuật di truyền mã vạch (DNA barcoding) để xác định đa dạng sinh học và biến
động di truyền của sinh vật bởi những ưu điểm: vùng mã hóa lớn, không tái tổ hợp,
di truyền theo dòng mẹ (Saccone và cs, 1999) và số lượng bản sao lớn (Taylor và
Turnbull, 2005). DNA nhân di truyền từ cả bố và mẹ và bị phân ly qua mỗi thế hệ
nên việc dò tìm tổ tiên và mối quan hệ di truyền của đoạn DNA nào đó trở nên rất
khó khăn. Trong khi đó, DNA ty thể di truyền theo dòng mẹ, nên có thể hạn chế
trường hợp này (Hebert và cs, 2003a ; Neigel và cs, 2007 ; Swartz và cs, 2008). Sự
tái tổ hợp (recombination) trên DNA ty thể thường không xảy ra, nên sẽ không hình
thành các đoạn DNA tái tổ hợp (Krishnamurthy và Francis, 2012). Một tế bào chứa
vài trăm ty thể, mà một ty thể chứa hàng chục bản sao bộ gen của nó. Vì vậy, trong
một tế bào có thể chứa được hàng ngàn bản sao của bộ gen ty thể, nhưng bộ gen nhân
12

thì chỉ có hai bản sao. Hơn nữa, ở DNA nhân, vùng không mã hóa chiếm tới 93%;
trong khi ở DNA ty thể, vùng không mã hóa chỉ chiếm 3% (Taylor và Turnbull,
2005). Các vùng không mã hóa này sẽ làm cho quá trình giải trình tự thêm phức tạp
vì đôi khi cần phải tạo dòng để thu được đoạn gen mong muốn (Tauz và cs, 2003;
Schander và Willassen, 2005). Việc khuếch đại các đoạn gen của DNA ty thể chỉ cần
một số lượng giới hạn các đoạn mồi. Trên thực tế, sử dụng một cặp mồi chung
khuếch đại đoạn gen cytochrome c oxidase subunit 1 (CO1) của DNA ty thể có thể
định danh được đến loài ở hầu hết các ngành thuộc hệ thống phân loại động vật ngoại
trừ ngành ruột khoang Cnidaria (Herbert và cs, 2004)
DNA ty thể là một công cụ đắc lực trong xác định các loài, đánh giá mối quan
hệ của các loài với nhau và cung cấp dữ liệu di truyền trong công tác bảo tồn các

loài đang bị đe dọa và có nguy cơ tuyệt chủng (Rubinoff, 2006). Việc sử dụng DNA
ty thể để xác định loài được tuyên bố có tỷ lệ thất bại tương đối nhỏ, dưới 5%
(Waugh, 2007). Hebert và cs (2003) xác định tỷ lệ thành công 100% khi ứng dụng
DNA ty thể trong nghiên cứu xác định các loài bướm. Hubert và cs (2008) báo cáo
một tỷ lệ thành công 93% trong nghiên cứu xác định các loài cá nước ngọt Canada.
Các chỉ thị (marker) của DNA ty thể thường được sử dụng là các gen mã hóa 12S
rRNA, 16S rRNA, cytochrome b, cytochrome oxydase, tRNA và một số vùng
không mã hóa như vùng liên gen trnF-cox3, atp6-trnM, cox1-cox2, cox3-trnK,
nad1-trnP (Grande và cs, 2008). Việc khuếch đại đoạn gen cytochrome c oxidase
subunit 1 (CO1) của DNA ty thể thường được sử dụng như một mã vạch DNA
(DNA barcoding) để nghiên cứu sự đa dạng sinh học của giới sinh vật (Hebert và
cs, 2003a).
Tuy nhiên, việc sử dụng DNA ty thể cũng có một số giới hạn. Kích thước của
DNA ty thể nhỏ, nên chỉ thể hiện một phần vật chất di truyền. Tỷ lệ đột biến ở DNA
ty thể cao hơn DNA nhân (Brown và cs, 1979), trong khi đó kích thước DNA ty thể
lại nhỏ, nên đột biến có thể dễ dàng xảy ra mà không phản ánh được mối quan hệ
phát sinh loài hay lịch sử tiến hóa. Hơn nữa, việc không tuân theo quy luật di truyền
của Mendel không phù hợp với nhiều nghiên cứu di truyền (Wong, 2011). Người ta
13

đề nghị nên sử dụng kết hợp các chỉ thị phân tử để có kết quả với độ chính xác cao
(Hebert và cs, 2004). Các marker DNA ty thể được sử dụng kết hợp với marker
DNA nhân trong một số trường hợp cho thấy mối quan hệ tiến hóa rõ hơn
(Schander và cs, 2005).
1.3.2. Ứng dụng kỹ thuật di truyền mã vạch DNA barcoding
Những hạn chế của công tác phân loại dựa trên đặc điểm hình thái đòi hỏi một
phương pháp tiếp cận nhanh chóng và chính xác hơn. Kỹ thuật di truyền mã vạch
DNA – barcoding (Floyd và cs, 2002; Hebert và cs, 2003a) tập trung phân tích trên
một đoạn ngắn hệ gen, sử dụng một cặp mồi chung để khuếch đại đoạn DNA mục
tiêu, rồi dựa trên dữ liệu di truyền thu được để xác định các loài một cách nhanh

chóng và chính xác. Kỹ thuật di truyền mã vạch được sử dụng rộng rãi và có thể xác
định đa dạng sinh học và biến động di truyền của sinh vật (Hebert và cs, 2003a,
2003b; Tautz và cs, 2003). Phương pháp di truyền hiện đại có thể giúp quản lý bền
vững tài nguyên thiên nhiên và cung cấp cơ sở khoa học cho việc bảo tồn các hệ
sinh thái có giá trị, cùng với quần thể các loài phân bố trong khu hệ sinh thái và tính
đa dạng di truyền của chúng (Ovenden và cs, 2013; Willette và cs, 2014). Hiện nay,
việc phân tích di truyền mã vạch là một lựa chọn hiệu quả vì chi phí thấp và có thể
sử dụng cho nhiều đối tượng sinh vật, đồng thời rất hữu hiệu trong việc xây dựng
dữ liệu di truyền ứng dụng trong quản lý nguồn lợi (Hajibabaei và cs, 2005).
DNA ty thể được chứng minh là công cụ hữu hiệu trong xác định các loài,
đánh giá mối quan hệ của các loài với nhau và cung cấp dữ liệu di truyền trong công
tác bảo tồn các loài đang bị đe dọa và có nguy cơ tuyệt chủng (Grande và cs, 2008).
Các chỉ thị phân tử (marker) chuẩn của DNA ty thể thường được sử dụng là các gen
mã hóa cho vùng gen điều khiển (control region – CR) mtDNA, cytochrome b (cyt
b) mtDNA, 16S mtDNA và cytochrome oxidase c subunit 1 (CO1) mtDNA (Grande
và cs, 2008).
Hiện nay, kỹ thuật di truyền mã vạch DNA được áp dụng ở nhiều loài động
vật như chim (Hebert và cs, 2004), động vật lưỡng cư (Vences và cs,2 005), kiến
(Smith và cs, 2005) và động vật giáp xác (Lefebure và cs, 2006).
14

Bartlett và Davidson (1991) lần đầu tiên sử dụng trình tự mtDNA để định
danh cá và chỉ ra rằng trình tự cytochrome b có thể sử dụng để phân loại 4 loài
cá ngừ thuộc giống Thunnus là T. thynnus, T. obesus, T. albacares và T.
alalunga. Theo Teletchea (2009), sử dụng DNA ty thể là công cụ hữu hiệu trong
phân loại các loài cá.
Muchlisin và cs (2013) xây dựng dữ liệu mã vạch cho cá trong hồ Laut Tawar,
Indonesia. Tổng cộng có 31 haplotype từ 14 loài cá nước ngọt được phát hiện trong
nghiên cứu này. Khoảng cách nucleotide giữa các loài dao động từ 7,1%, giữa
Puntius brevis (Bleeker, 1850) và Poropuntius tawarensis (Weber et de Beaufort,

1916) đến 30,4% giữa Channa gachua (Hamilton, 1822) và Homaloptera sp.
Jondeung và cs (2006) xác định trình tự đầy đủ (16.533bp) của bộ gen ty thể
loài Pangasianodon gigas, đồng thời phân tích mối quan hệ phát sinh loài dựa trên
13 vùng gen mã hóa protein trên ty thể và rRNA (12S và 16S). Kết quả cho thấy
mối quan hệ giữa P. gigas với 15 trong số 33 họ thuộc bộ Siluriformes, cụ thể P.
gigas của họ Pangasidae có mối quan hệ gần gũi với họ Siluridae hơn họ Bagridae.
Jumawan và cs (2011) áp dụng gen CO1 mt DNA để phân định giữa hai loài
cá da trơn Pterygoplichthys suckermouth sailfin – P. pardalis và P. disjunctivus tại
hệ thống sông Marikina, Philippines. Kết quả hỗ trợ khả năng lai tạo giữa P.
pardalis và P. disjunctivus và sự cần thiết phải đánh giá lại chỉ tiêu phân loại của
hai loài làm cơ sở để định danh loài.
Zhang (2011) kiểm tra hiệu quả của kỹ thuật mã vạch DNA trong phân loại
các loài cá biển của Trung Quốc. Nhóm nghiên cứu thu được trình tự của khoảng
121 loài, bao gồm phần lớn các loài cá sống ở biển Đông. Khoảng cách di truyền
trung bình 15,742% giữa các loài và chỉ có 0,319% cho các cá thể trong cùng 1 loài.
Pereira và cs (2013) kiểm tra hiệu quả của phương pháp di truyền mã vạch
(gen CO1 mtDNA) để xác định sự đa dạng các khu hệ cá nước ngọt ở khu vực
Neotropical. Để tiến hành nghiên cứu này, 254 loài cá được phân tích từ vùng
thượng lưu của lưu vực sông Parana. Với 254 loài được phân tích, 252 được xác
15

định một cách chính xác bằng các trình tự mã vạch với độ chính xác 99,2%. Giá trị
khác biệt di truyền trung bình cùng loài và khác loài lần lượt là 0,3% và 6,8%.
Karinthanyakit và Jondeuung (2012) nghiên cứu mối quan hệ phát sinh loài
của 13 loài thuộc họ Pangasidae và 6 loài thuộc họ Schilbeida của Thái Lan dựa
trên vùng cyt b, 12S rRNA, tRNA-Val và 16S rRNA của DNA ty thể. Nghiên cứu
chỉ ra họ Pangasidae và họ Schilbeidae là nhóm đơn ngành. Họ Pangasidae được
chia làm 4 giống Pangasius, Pseudolais, Helicophagus và Pangasianodon, tương
ứng với khoảng cách di truyền của vùng cyt b mtDNA. Kết quả thể hiện Pangasius
sanitwongsei thuộc nhóm gần gũi với Pangasius larnaudii; Pangasius krempfi

thuộc nhóm gần gũi với Pangasius nasutus, Pangasius conchophilus; Pangasius
polyuranodon gần gũi với Pangasisu macronema.
Dữ liệu mã vạch DNA đã được xây dựng cho hơn 8.000 loài cá và các trình tự
CO1 mtDNA gửi vào hệ thống dữ liệu DNA barcode (BOLD) (Ragnasingham và
Hebert 2007). Genbank là cơ sở dữ liệu di truyền,
chứa các trình tự DNA đã được công bố của 26.000 loài sinh vật. Genbank được
xây dựng trên cơ sở dữ liệu của Ngân hàng dữ liệu DNA Nhật Bản (DDBJ), Phòng
thí nghiệm sinh học phân tử châu Âu (EMBL). Dựa vào Genbank để đối chiếu sự
phân loại cá đã và đang được sử dụng rộng rãi.
Mặc dù sở hữu sự đa dạng sinh học cao về nguồn lợi cá nước ngọt, tuy nhiên
chưa có công bố nào về dữ liệu di truyền mã vạch (DNA barcoding) của cá nước
ngọt ĐBSCL .
16

CHƯƠNG 2 – ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
2.1. Đối tượng, địa điểm và phương pháp thu mẫu
Các loài cá nước ngọt được thu vào tháng 9 và tháng 12/2013 dựa trên
phương pháp thu mẫu ngẫu nhiên ngoài thực địa; địa điểm thu mẫu là các chợ cá địa
phương thuộc các tỉnh Cần Thơ, An Giang, Đồng Tháp, Vĩnh Long, Trà Vinh, Bến
Tre, Tiền Giang của ĐBSCL (Hình 2.1). Số lượng cá thể trên một loài thu thập tại
mỗi địa điểm dao động từ 1 đến 8. Mẫu sau khi thu được rửa sạch bằng nước ngọt
và mã hóa. Tiến hành phân loại bằng hình thái ngay khi mẫu còn tươi. Mô cơ cá
được cố định trong cồn 96
o
và bảo quản lạnh ở - 20
0
C cho các nghiên cứu di truyền.


Hình 2.1– Các địa điểm thu mẫu cá trên địa bàn ĐBSCL(đánh dấu màu đỏ)