nghiên cứu đa dạng các giống chè trồng ở Thái Nguyên bằng kỹ thuật sinh học phân tử

Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn
ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN
KHOA KHOA HỌC TỰ NHIÊN VÀ XÃ HỘI
BỘ MÔN SINH HỌC



ĐỀ TÀI SINH VIÊN NGHIÊN CỨU KHOA HỌC



NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG CÁC GIỐNG CHÈ
TRỒNG Ở THÁI NGUYÊN BẰNG KỸ THUẬT
SINH HỌC PHÂN TỬ




Giáo viên hướng dẫn: ThS. Hoàng Thị Thu Yến
Sinh viên thực hiện: Nguyễn Thị Thu Phương






Thái Nguyên 2008

Ti liu chia s ti: wWw.SinhHoc.edu.vn
Mở đầu
Tổng quan tài liệu

Đối tợng và phơng pháp nghiên cứu
Kết quả nghiên cứu và thảo luận
Kết luận và kiến nghị
Nội dung báo cáo
Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn
Më §ÇU
Cây chè Việt Nam đã đóng góp một phần không
nhỏ vào sự phát triển đất nước theo hướng công
nghiệp hóa - hiện đại hóa
Cây chè còn góp phần giữ gìn bản sắc văn hoá
dân tộc. Uống chè đã trở thành loại hình nghệ thuật
trong nghệ thuật ẩm thực Việt Nam
Chè là một dược liệu quý trong dân gian. chè
chữa một số bệnh đường ruột, lợi tiểu, bệnh tim, béo
phì, ung thư…và nhiều loại vitamin và axitamin cần
thiết cho cơ thể


Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn
 Việc tìm ra những biện pháp đẩy mạnh năng
suất và nâng cao năng lực cạnh tranh là vấn đề
cần thiết với người trồng chè, cần có nhiều
nghiên cứu sâu rộng về cây trồng này
 Sinh học phân tử là một công cụ hỗ trợ chính
xác trong việc phân tích di truyền để chọn giống
 Hiện nay, việc đánh giá hệ gen cây chè vẫn còn
là vấn đề khá mới mẻ. Để làm rõ hơn vấn đề này
chúng tôi tiến hành thực hiện đề tài: “Nghiên
cứu đa dạng các giống chè trồng ở Thái
Nguyên bằng kỹ thuật sinh học phân tử ”.

Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn
Nội dung nghiên cứu đề tài bao gồm

 Thu mẫu lá chè.
 Tách chiết DNA tổng số.
 Đo quang phổ DNA
 Nghiên cứu tính đa hình của genome chè bằng
kỹ thuật RAPD.
 Phân tích sản phẩm RAPD bằng phần mềm
sinh học phân tử.
Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn
1. Khái quát về cây chè
1.1. Nguồn gốc của cây chè
 Vân Nam-Trung Quốc.
 Vùng Atxam thuộc Ấn Độ
 Việt Nam.
Tæng quan tµi liÖu
Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn
1.2. Sự phân loại cây chè
Ngành Hạn kín Angiospermae
Lớp Song tử diệp Dicotylleonae
Bộ Chè Theales
Họ Chè Theaceae
Chi Chè Camellia
Loài Camellia sinensis
Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn
1.1.2. Đặc điểm sinh học của cây chè

 Hệ rễ bao gồm: rễ trụ, rễ bên, rễ hấp thu. Rễ trụ có
thể dài đến 2m nhưng thường chỉ dài đến 1m.

 Cây chè có thân thẳng và tròn. Thân chè làm 3 loại:
thân bụi, thân gỗ, thân gỗ nhỏ .
 Cành chè mọc từ chồi dinh dưỡng. Trên cành chia
thành nhiều đốt cành, biến đổi từ 1-10cm
 Chè có hai loại mầm chính là mầm dinh dưỡng và
mầm sinh thực
Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn
 Lá chè là loại lá đơn, nguyên, có hệ gân lá rất rõ, có
nhiều hình dạng khác nhau: thuôn, mũi mác, ô van,
trứng gà và gần tròn.
 Quả chè thuộc loại quả nang, có từ 1- 4 hạt; hình
tròn, tam giác, vuông
 Hạt có đường kính 10 - 15 mm, trọng lượng trung
bình là 1,0 - 1,6g, hình cầu, tam giác, bán cầu
 Hoa chè là loại lưỡng tính, có 5 - 9 cánh màu trắng
Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn
PHƯƠNG PHÁP VÀ NGUYÊN LIỆU
2.1. Nguyên liệu
 Mẫu lá chè lấy từ nông trường chè của công ty chè
Sông Cầu, huyện Đồng Hỷ, tỉnh Thái Nguyên
 Các giống chè được cung cấp: PH1, keo Tam tích và
trung du lá nhỏ - Trung Quốc, Iakatamidori – Nhật
Bản , LDP2 – Việt Nam, PT95- , Tri2024 và Tri777 –
Srilanca
2.2. Các hoá chất và thiết bị
 Các hoá chất: ethidium bromid, phenol, Các primer
dNTP, Buffer Taq DNApolymerase…
Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn
Các thiết bị Sản xuất
Máy li tâm Hettich – Germany

Tủ ấm Germany
Tủ lạnh Janpan
Máy điện di USA
Máy đo quang phổ Phermo Electriction
Máy chạy PCR Eppendorf - USA
Máy soi DNA Wealtea – USA
Máy chụp ảnh Gel - Doc Applied BioSciences
Bể ổn nhiệt Jeiotech
Tủ - 20
0
C Italy
Lò vi sóng Shorp
Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn
2.3. Quy trình nghiên cứu
Tách chiết và thu nhận
genome tổng số
Tiến hành kỹ thuật RAPD
Điện di kiểm tra kết quả
Kiểm tra độ tinh sạch của
DNA băng máy quang phổ
Thiết lập mối di truyền giữa
các giống
Nguyên liệu lá chè
Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn
2.3. Các phương pháp nghiên cứu

Phương pháp tách chiết DNA tổng số
Phương pháp đo quang phổ trên máy quang phổ tự ghi
Phương pháp điện di
Phương pháp RAPD

Phương pháp xử lý số liệu bằng phần mềm NTSYS 2.0




Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn
KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
3.1. Kết quả tách chiết DNA tổng số
1. LDP2
2. PH1
3. TDLN
4. Iakatamidori
5. Tri777
6. Keo Tam Tích
7. tri 2024
8. PT 95
1 2 3 4 5 6 7 8
Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn
3.2. Kiểm tra độ tinh sạch của DNA bằng máy quang phổ

Hình 1: Phổ hấp thụ DNA từ giống Tri 2024

Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn
Hình 2: Phổ hấp thụ DNA từ giống Iakatamidori
Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn
Giống LDP2 PH1 TDLN Iakatamidori Tri777 Tri2024 PT95 KTT
A 1.589 1.981 1.941 1.734 1.223 1.752 1.239 1.788
+ Kết quả đo độ tinh sạch DNA
A
260 nm
= OD
260nm

và A
260nm
= OD
280nm

; tính tỉ lệ

A = OD
260nm
/OD
280nm

Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn
+ Kết quả nồng độ DNA của các mẫu thu được
như sau
Bảng 1: Nồng độ của DNA tách chiết được
Giống Độ pha loãng Giá trị OD

260nm
Nồng độ DNA (μg/ml)
PH1 400 0.46 9200
LDP2 400 0.336 6720
TDLN 400 0.179 3580
Iakatamidori 400 0.370 7400
Tri777 400 0.031 620
Keo tam tích 200 0.254 5080
Tri2024 400 0.308 6160
PT95 400 0.022 440
Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn
3.3. Kết quả phân tích đa hình bằng kỹ thuật RAPD
+ Mồi RA32








1. LDP2
2. PH1
3. TDLN
4. Iakatamidori
5. Tri777
6. Keo Tam tích
7. tri 2024
8. PT 95
Hình 3. Hình ảnh điện di sản phẩm RAPD

với đoạn mồi RA32 của 8 giống
Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn
+ Mồi RA40









1.LDP2
2. PH1
3. TDLN
4. Iakatamidori
5. Tri777
6.Keo Tam tích
7. tri 2024
8. PT 95
Hình 4. Hình ảnh điện di sản phẩm RAPD
Với đoạn mồi RA40 của 8 giống chè
Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn
M
G
1 2 3 4 5 6 7 8
RA32
1,5 (kb) 0 0 0 0 0 0 0 1
1,25 1 1 0 0 0 0 1 0
1,0 1 1 0 0 0 0 1 1

8,5 1 1 1 1 0 1 1 0
8,0 1 1 1 0 0 1 1 0
0,7 0 0 1 0 0 0 0 1
0,64 1 1 1 0 0 0 1 0
0,6 1 1 0 1 0 1 1 0
0,5 1 1 1 1 1 1 1 0
0,2 0 0 0 0 0 0 0 1
Tổng 7 7 5 3 1 4 7 4
Bảng 3: Bảng thống kê phân đoạn DNA được nhân bản ngẫu nhiên
trong phản ứng RAPD với 2 mồi ngẫu nhiên của 8 giống chè
Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn
RA40
1,5 (kb) 1 0 0 1 1 0 1 0
1,0 1 1 1 1 1 1 1 1
0,9 0 0 0 0 1 0 0 1
0,8 1 1 1 0 0 1 0 1
0,7 1 1 1 1 1 1 1 1
6,6 1 1 1 0 1 1 0 1
0,5 0 0 0 1 0 0 1 1
0,3 0 0 0 0 1 0 1 1
0,2 0 0 1 0 0 0 1 1
0,18 1 0 0 0 0 0 0 1
Tổng 6 3 5 4 6 4 6 9
M

G
1 2 3 4 5 6 7 8
Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn
Bảng 4: Số phân đoạn DNA xuất hiện và số phân
đoạn DNA đa hình đối với mỗi mồi

Mồi Phân đoạn DNA nhân bản Phân đoạn DNA đa hình Tỷ lệ % phân đoạn đa hình
RA32 7 7 100%
RA40 9 7 78%
Tổng số phân đoạn DNA ngẫu nhiên là 16 và có kích
thước từ 0,18 – 1.5 kb. Trong đó có 14 phân đoạn DNA
đa hình chiếm 87,5%, 2 phân đoạn DNA không đa
hình chiếm 12,5%.
Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn
3.4. Mối quan hệ di truyền giữa các giống chè trồng ở Thái
Nguyên dựa trên phân tích RAPD
* Kết quả hệ số tương đồng di truyền giữa các giống chè
Bảng 5. Hệ số tương đồng giữa các giống chè
1 2 3 4 5 6 7 8
1.000
0.900 1.000
0.650 0.750 1.000
0.600 0.600 0.550 1.000
0.500 0.500 0.550 0.700 1.000
0.750 0.850 0.800 0.750 0.650 1.000
0.700 0.700 0.550 0.700 0.500 0.550 1.000
0.300 0.300 0.450 0.300 0.500 0.350 0.300 1.000
1.LDP2
2. PH1
3. TDLN
4. Iakatamidori
5. Tri777
6. Keo Tam tích
7. Tri 2024
8. PT 95

Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn
Sơ đồ phả hệ của 8 giống chè trồng ở Thái Nguyên.
Hình 5. Sơ đồ quan hệ di truyền giữa các giống chè
1.LDP2
2. PH1
3. TDLN
4. Iakatamidori
5. Tri777
6.Keo Tam tích
7. tri 2024
8. PT 95