Xây dựng Bio- Ontology

Môn : Dịch Máy.
Đồ án : Xây dựng Bio-Ontology
Giảng Viên: Ngô Quốc Hưng.
Nhóm 1
ĐẠI HỌC QUỐC GIA THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH
TRƯỜNG ĐẠI HỌC CÔNG NGHỆ THÔNG TIN
Xây d ng Bio-Ontologyự
1. Thành ph n OWL Ontology.ầ
2. Công c Protégé.ụ
3. Các b c xây d ng m t Ontology.ướ ự ộ
4. Xây d ng Bio-Ontology.ự
1. Thành ph n OWL Ontology.ầ
1. Individual (Th c th )ự ể
2. Property (Thu c tính)ộ
3. Class (L p)ớ
1. Thành ph n OWL Ontology.ầ

Individual.
◦
Là m t đ i t ng nào đó t n t i trong t nhiên ( vi t nam, UIT, …).ộ ố ượ ồ ạ ự ệ
◦
Có th có nhi u tên đ c s d ng đ nói v m t th c th .ể ề ượ ử ụ ể ề ộ ự ể
◦
Th c th đ c xem nh là th hi n c a l p, làm rõ h n v l p đó (l p trái ự ể ượ ư ể ệ ủ ớ ơ ề ớ ớ
cây có các th c th là chanh, cam, táo, …).ự ể
1. Thành ph n OWL Ontology.ầ

Property:
◦
Th hi n quan h nh phân c a các th c th (quan h gi a hai th c th ) nh ể ệ ệ ị ủ ự ể ệ ữ ự ể ư
liên k t hai th c th v i nhau.ế ự ể ớ

◦
Ví d thu c tính “do virus” liên k t hai th c th “cúm gà” v i “H5N1”.ụ ộ ế ự ể ớ
◦
Thu c tính có th đ o ng c v i nhau, ví d “isbaseOf” có th đ o ng c là ộ ể ả ượ ớ ụ ể ả ượ
“hasBase”.
1. Thành ph n OWL Ontology.ầ

Property có 4 lo i:ạ
◦
Functional: m t th c th ch liên quan nhi u nh t đ n m t th c th khác, ví ộ ự ể ỉ ề ấ ế ộ ự ể
d thu c tính “có h ng v ” đ i v i các th c th l p “th c ăn”.ụ ộ ươ ị ố ớ ự ể ớ ứ
◦
Inverse Functional: thu c tính đ o ng c c a Functional.ộ ả ượ ủ
◦
Transitive: th c th a có quan h v i các th c th b, th c th b quan h v i ự ể ệ ớ ự ể ự ể ệ ớ
các th c th c, v y th c th a có quan h v i th c th c.ự ể ậ ự ể ệ ớ ự ể
◦
Symmetric: th c th a có quan h v i th c th b v y th c th b có quan h ự ể ệ ớ ự ể ậ ự ể ệ
v i th c th a.ớ ự ể
1. Thành ph n OWL Ontology.ầ

Property có 3 ki u th hi n:ể ể ệ
◦
Object property: liên k t th c th này v i th c th khác.ế ự ể ớ ự ể
◦
Data type property: liên k t th c th v i ki u d li u XML Schema, RDF ế ự ể ớ ể ữ ệ
literal.
◦
Annotation Property: thêm các thông tin metadata v l p, thu c tính hay th c ề ớ ộ ự
th khác thu c 2 ki u trên.ể ộ ể

1. Thành ph n OWL Ontology.ầ

Class:
◦
L p OWL là m t b nh ng th c th , các th c th đ c mô t logic đ đ nh ớ ộ ộ ữ ự ể ự ể ượ ả ể ị
ngh a các đ i t ng c a l p.ĩ ố ượ ủ ớ
◦
L p đ c xây d ng theo c u trúc phân c p cha – con nh là m t s phân ớ ượ ự ấ ấ ư ộ ự
lo i các đ i t ng.ạ ố ượ
◦
Ví d : Đ ng v t là l p cha c a bò sát, bò, chó, …ụ ộ ậ ớ ủ
2. Công c Protégé.ụ

Là công c xây d ng Ontology.ụ ự

Có hai lo i protégé Frame, Protégé OWL.ạ

Protégé Fram cung c p m t giao di n dùng đ y đ và mô hình có s n ấ ộ ệ ầ ủ ẵ
đ t o d li u l u tr Ontology d i dang Frame.ể ạ ữ ệ ư ữ ướ

Protégé OWL h tr v web Ontology language, đ c ch ng th c vào ỗ ợ ề ượ ứ ự
W3C, Semantic Web.
2. Công c Protégé.ụ
3. Xây d ng Ontology.ự

Xác đ nh Domain.ị

Li t kê, xác đ nh các Concept.ệ ị

Đ nh ngh a các l p, phân c p l p.ị ĩ ớ ấ ớ


Xác đ nh thu c tính và cá Restriction.ị ộ

T o các th c th .ạ ự ể
3. Xây d ng Ontology.ự

Xác đ nh Domain:ị
◦
Ki u ph thu c c a Ontology, ph m vi Ontology.ể ụ ộ ủ ạ
◦
Nh ng ng i s s d ng và phát tri n mô hình.ữ ườ ẽ ử ụ ể
◦
Nh ng thông tin h u ích mà Ontology có th cung c p.ữ ữ ể ấ
3. Xây d ng Ontology.ự

Li t kê, xác đ nh các Concept:ệ ị
◦
Xác đ nh cá thu t ng liên quan, chúng có th đ c thay đ i và m r ng ị ậ ữ ể ượ ổ ở ộ
thêm.
◦
Xác đ nh thu c tính liên quan đ n các thu t ng đó.ị ộ ế ậ ữ
◦
Ví d các thu t ng liên quan t i sinh h c: nh p sinh h c, bi n d , di truy n…ụ ậ ữ ớ ọ ị ọ ế ị ề
3. Xây d ng Ontology.ự

Đ nh ngh a l p, phân c p l p.ị ĩ ớ ấ ớ
◦
Xác đ nh các l p và các l p con c a nó.ị ớ ớ ủ
◦
S phân c p các l p d a vào các giác quan, s nh n th c và các s th t hi n ự ấ ớ ự ự ậ ứ ự ậ ể

nhi n.ệ
◦
Ví d đ ng v t có các l p con là thú, bò sát, …ụ ộ ậ ớ
3. Xây d ng Ontology.ự

Xác đ nh thu c tính và các Restriction:ị ộ
◦
Xây d ng các thu c tính đ có th mô t c th l p và phân c p l p.ự ộ ể ể ả ụ ể ớ ấ ớ
◦
Ví d thu c tính c a con ng i là tên, tu i, ngày sinh, …ụ ộ ủ ườ ổ
◦
Thêm vào thu c tính các Restriction (gi i h n). Ví d ngày sinh là các ngày ộ ớ ạ ụ
trong tháng.
3. Xây d ng Ontology.ự

T o th c th cho các l p:ạ ự ể ớ
◦
Chèn thêm các th c th cho các l p đ làm rõ các l p và thu c tính c a các ự ể ớ ể ớ ộ ủ
l p đã t o.ớ ạ
◦
Ví d l p con ng i có các th c th là Ngân, Lan, Ph m, …ụ ớ ườ ự ể ạ