Nghiên cứu bệnh do phytoplasma hại sắn (Manihot esculenta Crantz) tại một số tỉnh Đông Nam Bộ

HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM

NGUYỄN ĐỨC THÀNH

NGHIÊN CỨU BỆNH DO PHYTOPLASMA HẠI SẮN
(Manihot esculenta Crantz) TẠI MỘT SỐ TỈNH ĐÔNG NAM BỘ

LUẬN ÁN TIẾN SĨ

NHÀ XUẤT BẢN ĐẠI HỌC NÔNG NGHIỆP, NĂM 2016


MỤC LỤC
Lời cam đoan

i

Lời cảm ơn

ii

Mục lục

iii

Danh mục ký hiệu và chữ viết tắt

vi

Danh mục bảng

viii

Danh mục hình

x

Trích yếu luận án

xii

Thesis abstract

xiv

PHẦN 1. MỞ ĐẦU

1

1.1.

Tính cấp thiết của đề tài

1

1.2.

Mục tiêu của đề tài

2

1.3.

Đối tƣợng và phạm vi nghiên cứu

2

1.4.

Những đóng góp mới của đề tài

3

1.5.

Ý nghĩa khoa học và thực tiễn của đề tài

3

PHẦN 2. TỔNG QUAN TÀI LIỆU

5

2.1.

Cây sắn

5

2.1.1.

Lƣợc sử nguồn gốc và phân loại cây sắn

5

2.1.2.

Giá trị sử dụng và giá trị dinh dƣỡng

5

2.1.3.

Tình hình sản xuất sắn trên thế giới

5

2.1.4.

Tình hình sản xuất sắn tại Việt Nam

6

2.2.

Phytoplasma hại thực vật

7

2.2.1.

Lịch sử phát hiện phytoplasma

7

2.2.2.

Phân loại phytoplasma

7

2.2.3.

Tầm quan trọng của phytoplasma

12

2.2.4.

Đặc điểm hình thái phytoplasma

13

2.2.5.

Triệu chứng bệnh do phytoplasma gây ra

14

2.2.6.

Cơ chế gây bệnh của phytoplasma

14

2.2.7.

Sự đa dạng của phytoplasma

15

2.2.8.

Lan truyền của phytoplasma

16

2.2.9.

Phƣơng pháp chẩn đoán phytoplasma

20

iii


2.2.10. Biện pháp phòng chống

26

2.3.

Một số nghiên cứu về bệnh phytoplasma hại sắn

27

2.4.

Một số nghiên cứu bệnh phytoplasma hại thực vật ở Việt Nam

32

PHẦN 3. VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

36

3.1.

Vật liệu, địa điểm và thời gian nghiên cứu

36

3.1.1.

Vật liệu nghiên cứu

36

3.1.2.

Địa điểm và thời gian nghiên cứu

37

3.2.

Nội dung nghiên cứu

37

3.2.1.

Điều tra mức độ phổ biến của bệnh chổi phù thuỷ hại sắn

37

3.2.2.

Phát hiện phytoplasma hại sắn bằng kính hiển vi điện tử, nhuộm mô và PCR

37

3.2.3.

Định danh phân tử và phân tích phả hệ phytoplasma hại sắn

38

3.2.4.

Ứng dụng kỹ thuật LAMP-PCR để chẩn đoán phytoplasma nhóm 16SrII

hại sắn

3.2.5.

38

Xác định một số đặc điểm sinh học của bệnh chổi phù thuỷ hại sắn do
phytoplasma gây ra

38

3.3.

Phƣơng pháp nghiên cứu

39

3.3.1.

Phƣơng pháp điều tra mức độ phổ biến bệnh chổi phù thuỷ hại sắn

39

3.3.2.

Phƣơng pháp phát hiện phytoplasma hại sắn bằng kính hiển vi điện tử,
nhuộm mô và PCR

40

3.3.3.

Phƣơng pháp định danh phân tử và phân tích phả hệ

44

3.3.4.

Ứng dụng kỹ thuật LAMP-PCR để chẩn đoán phytoplasma nhóm 16SrII
hại sắn

3.3.5.

3.4.

46

Phƣơng pháp xác định một số đặc điểm sinh học của bệnh chổi phù thuỷ
hại sắn do phytoplasma gây ra

47

Phƣơng pháp tính và xử lý số liệu

49

PHẦN 4. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN
4.1.

51

Mô tả triệu chứng và điều tra mức độ phổ biến của bệnh chổi phù thuỷ
hại sắn

51

4.1.1.

Mô tả triệu chứng bệnh

51

4.1.2.

Mức độ phổ biến của bệnh chổi phù thuỷ hại sắn

53

4.2.

Phát hiện phytoplasma hại sắn bằng kính hiển vi điện tử, nhuộm mô và PCR

54

4.2.1.

Phát hiện phytoplasma hại sắn bằng kính hiển vi điện tử

54

iv


4.2.2.

Phát hiện phytoplasma hại sắn bằng nhuộm mô

57

4.2.3.

Phát hiện phytoplasma hại sắn bằng kỹ thuật PCR

59

4.3.

Định danh phân tử và phân tích phả hệ phytoplasma hại sắn

65

4.3.1.

Kết quả định danh bằng giải trình tự sản phẩm PCR

65

4.3.2.

Kết quả định danh bằng kỹ thuật RFLP

75

4.3.3.

Kết quả định danh bằng phân tích đồng nhất trình tự nucleotide

84

4.3.4.

Phân tích phả hệ phytoplasma dựa trên trình tự nucleotide

86

4.4.

Ứng dụng kỹ thuật LAMP-PCR để chẩn đoán phytoplasma nhóm 16SrII
hại sắn

96

4.4.1.

Thiết kế mồi LAMP đặc hiệu phytoplasma nhóm 16SrII

96

4.4.2.

Đánh giá khả năng phát hiện phytoplasma của bộ mồi LAMP

4.5.

Xác định một số đặc điểm sinh học của bệnh chổi phù thuỷ hại sắn do

101

phytoplasma gây ra

104

4.5.1.

Ảnh hƣởng của đất và hom giống đến khả năng lan truyền của bệnh

104

4.5.2.

Khả năng lan truyền của bệnh chổi phù thuỷ hại sắn qua ghép cây

108

4.5.3.

Khả năng lan truyền của bệnh chổi phù thuỷ hại sắn qua tơ hồng

109

4.5.4.

Khả năng lan truyền của bệnh phytoplasma hại sắn qua một số loài côn trùng

112

PHẦN 5. KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ

120

5.1.

Kết luận

120

5.2.

Kiến nghị

121

Danh mục các công trình công bố

122

Tài liệu tham khảo

123

Phụ lục

141

v


DANH MỤC KÝ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮT
Ký hiệu,
chữ viết tắt

Diễn giải ký hiệu, nghĩa tiếng Việt/tiếng Anh

cs.

Cộng sự

CT

Công thức

µl

Microliter

A. laidlawii

Acholeplasma laidlawii

BIP

Backward internal primer (Mồi ngƣợc dòng bên trong)

BLAST

Basic local alignment search tool
(Công cụ tìm kiếm chuỗi tƣơng đồng cơ bản cục bộ)

bp

Base pair (Cặp bazơ)

Ca. Phytoplasma

Candidatus Phytoplasma

CRD

Completely randomized design (Thiết kế hoàn toàn ngẫu nhiên)

CTAB

Cetyl trimethyl ammonium bromide

DAPI

4‟,6-diamidino-2-phenylindole dihydrochloride

DNA

Deoxy nucleic acid

EDTA

Ethylene diamine tetraacetic acid

EtOH

Ethanol

FAO

Food and agriculture organization
(Tổ chức Nông nghiệp và Lƣơng thực của Liên hiệp Quốc)

FIP

Forward internal primer (Mồi xuôi dòng bên trong)

IRPCM

International research project for comparative mycoplasmology
(Dự án Nghiên cứu Quốc tế về Mycoplasma)

kb

Kilo base

LAMP-PCR

Loop mediated isothermal amplification - PCR
(Kỹ thuật nhân gen đẳng nhiệt)

M. esculenta

Manihot esculenta

ml

Mililiter

nm

Nanometer

nts

Nucleotides

PCR

Polymerase chain reaction (Phản ứng chuỗi trùng hợp)

vi


RFLP

Restriction fragment length polymorphism
(Đa hình chiều dài của đoạn cắt giới hạn)

rRNA

ribosomal ribonucleic acid

TAE

Tris-acetate acid EDTA

TEM

Transmission electron microscopy (Kính hiển vi điện tử truyền qua)

UPGMA

Unweighted pair group method with arithmetic mean (Phƣơng pháp
ghép cặp mẫu dùng khoảng cách trung bình số học ngang bằng)

vii


DANH MỤC BẢNG
STT

Tên bảng

Trang

2.1.

Phân loại phytoplasma dựa trên phân tích gen 16S RNA ribosome

2.2.

Thành phần các nhóm côn trùng bộ Hemiptera là môi giới truyền

8

phytoplasma

17

2.3.

Một số mồi PCR phát hiện phytoplasma đã đƣợc công bố

23

2.4.

Danh sách các nhóm phytoplasma hại sắn đã đƣợc xác định dựa vào phân
tích phân tử

32

3.1.

Các cặp mồi đƣợc sử dụng để phát hiện phytoplasma trên cây sắn

42

4.1.

Mức độ phổ biến của bệnh chổi phù thuỷ hại sắn tại các điểm điều tra ở
một số tỉnh (năm 2011)

53

4.2.

Phát hiện phytoplasma hại sắn bằng kính hiển vi điện tử

55

4.3.

Phát hiện phytoplasma hại sắn bằng nhuộm DAPI (năm 2014)

57

4.4.

Kết quả PCR phát hiện phytoplasma hại sắn dùng cặp mồi P1/P7R16F2n/R16R2

4.5.

60

Kết quả PCR phát hiện phytoplasma hại sắn dùng cặp mồi P1/P7 R16mF2/R16mR1

4.6.

63

Kết quả giải trình tự trực tiếp sản phẩm PCR lồng dùng cặp mồi
R16F2n/R16R2

4.7.

66

Kết quả tìm kiếm BLAST trình tự đọc đƣợc của sản phẩm PCR lồng
dùng cặp mồi R16F2n/R16R2

4.8.

67

Kết quả giải trình tự trực tiếp sản phẩm PCR dùng cặp mồi
R16mF2/R16mR1

4.9.

70

Kết quả tìm kiếm BLAST trình tự đọc đƣợc của sản phẩm PCR lồng
dùng cặp mồi R16mF2/R16mR1

4.10.

71

Danh sách các mẫu phytoplasma hại sắn đã đƣợc đăng ký trên Ngân hàng
Gen

74

4.11.

Danh sách các mẫu dùng trong phân tích RFLP mô phỏng

77

4.12.

Mức tƣơng đồng di truyền dựa trên mô hình cắt RFLP mô phỏng vùng
gen mã hóa 16S RNA ribosome của các mẫu phytoplasma hại sắn

4.13.

83

So sánh mức đồng nhất trình tự nucleotide vùng gen 16S RNA ribosome
của các mẫu phytoplasma hại sắn

85

viii

4.14.

Đại diện 28 nhóm phytoplasma dùng trong phân tích phả hệ

86

4.15.

Đại diện các nhóm phụ nhóm 16SrI dùng trong phân tích phả hệ

89

4.16.

Đại diện các nhóm phụ nhóm 16SrII dùng trong phân tích phả hệ

92

4.17.

Các nhóm/nhóm phụ 16S RNA ribosome của phytoplasma hại sắn tại
Việt Nam

4.18.

94

Đặc điểm 8 trình tự phù hợp trên gen mã hóa 16S RNA ribosome để thiết
kế mồi LAMP đặc hiệu phytoplasma nhóm 16SrII

4.19.

Trình tự các mồi LAMP cải tiến đặc hiệu phytoplasma nhóm 16SrII

4.20.

Phản ứng LAMP phát hiện phytoplasma nhóm 16SrII từ DNA tổng số
chiết từ cây

4.21.

Phản ứng LAMP phát hiện phytoplasma nhóm 16SrII từ sản phẩm PCR
102

Phản ứng LAMP phát hiện phytoplasma từ các loại mẫu sắn khác nhau bị
bệnh chổi phù thuỷ

4.23.

103

Ảnh hƣởng của đất trồng và hom giống đến khả năng lan truyền của bệnh
chổi phù thuỷ hại sắn (Đồng Nai, năm 2012)

4.24.

107

Khả năng lan truyền của bệnh chổi phù thuỷ hại sắn qua phƣơng pháp
ghép (Đồng Nai, năm 2012)

4.26.

108

Khả năng lan truyền của bệnh chổi phù thuỷ hại sắn qua tơ hồng (Đồng
Nai, năm 2012)

4.27.

110

Kết quả bẫy đèn thu thập một số loài rầy trên vùng trồng sắn bị nhiễm
bệnh chổi phù thuỷ (Đồng Nai, năm 2012)

4.28.

105

Ảnh hƣởng của nguồn vật liệu hom giống đến tỷ lệ bệnh chổi phù thuỷ
(Đồng Nai, năm 2013)

4.25.

100

101

tinh sạch
4.22.

99

113

Xác định khả năng lan truyền bệnh phytoplasma hại sắn của côn trùng
thí nghiệm

116

ix


DANH MỤC HÌNH
STT
2.1.

Tên hình

Trang

Hình thái và kích thƣớc phytoplasma trong tế bào ống rây của mạch
phloem đƣợc chụp dƣới kính hiển vi điện tử

2.2.

13

Minh họa sự phân bố của phytoplasma trong cơ thể côn trùng môi giới
lan truyền bệnh

18

2.3.

Sơ đồ các mồi đƣợc sử dụng trong phản ứng LAMP-PCR

24

2.4.

Sơ đồ nguyên lý phản ứng LAMP-PCR

25

2.5.

Cây sắn bị bệnh chổi phù thuỷ

29

2.6.

a) Cây sắn bị bệnh chổi phù thuỷ ở vùng São Paulo, Brazil; b) cây sắn bị
bệnh biến vàng ở vùng Kuwanda, Uganda

29

2.7.

Bệnh da cóc hại sắn

29

2.8.

Một số hình ảnh xác định phytoplasma bằng phƣơng pháp hiển vi điện tử
tại Việt Nam

3.1.

34

Lƣợc đồ cụm gen rDNA của phytoplasma, vị trí của các mồi và kích
thƣớc sản phẩm PCR

42

4.1.

Triệu chứng bệnh chổi phù thuỷ hại sắn trên đồng

52

4.2.

Xác định phytoplasma hại sắn bằng kính hiển vi điện tử (đợt 1, năm 2011)

56

4.3.

Xác định phyttoplasma hại sắn bằng kính hiển vi điện tử (đợt 2, năm 2011)

56

4.4.

Kết quả thí nghiệm nhuộm DAPI

58

4.5.

Minh họa kết quả điện di sản phẩm PCR lồng dùng 2 cặp mồi P1/P7R16F2n/R16R2

4.6.

62

Minh họa kết quả điện di sản phẩm PCR lồng dùng 2 cặp mồi P1/P7R16mF2/R16mR1

64

4.7.

Phân tích sản phẩm PCR bằng kỹ thuật RFLP

75

4.8.

Phân tích đa hình mô phỏng trình tự nucleotide bằng pDRAW32

81

4.9.

Phân tích cụm dựa trên số liệu RFLP mô phỏng vùng gen mã hóa 16S
RNA ribosome của các mẫu phytoplasma hại sắn ở Việt Nam

4.10.

82

Cây phả hệ xác định nhóm phytoplasma hại sắn đƣợc vẽ theo phƣơng
pháp Neighbor-Joining

88

4.11.

Cây phả hệ xác định nhóm phụ của phytoplasma hại sắn thuộc nhóm 16SrI

91

4.12.

Cây phả hệ xác định nhóm phụ của phytoplasma hại sắn thuộc nhóm 16SrII

93

x


4.13.

Minh họa một phần vùng gen 16S RNA ribosome chứa các trình tự
phytoplasma nhóm 16SrII với các nhóm còn lại

4.14.

Vị trí các trình tự trên vùng gen mục tiêu và các mồi tƣơng ứng trong kỹ
thuật LAMP cải tiến

4.15.

98

Tám đoạn trình tự đƣợc lựa chọn để thiết các mồi LAMP cải tiến đặc
hiệu nhóm 16SrII

4.16.

98

Kết quả điện di sản phẩm LAMP phát hiện phytoplasma nhóm 16SrII từ
DNA tổng số chiết từ cây

4.17.

101

Kết quả điện di sản phẩm LAMP phát hiện phytoplasma nhóm 16SrII từ
sản phẩm PCR tinh sạch

4.18.

102

Phản ứng LAMP phát hiện phytoplasma từ các loại mẫu sắn bị bệnh chổi
phù thuỷ khác nhau

4.19.

103

Ảnh thí nghiệm ảnh hƣởng của đất trồng đến khả năng lan truyền của
bệnh chổi phù thuỷ sắn trong thí nghiệm nhà lƣới (năm 2012)

4.20.

97

106

Ảnh thí nghiệm xác định khả năng lan truyền của bệnh chổi phù thuỷ hại
sắn qua phƣơng pháp ghép

109

4.21.

Khả năng lan truyền của bệnh chổi phù thuỷ hại sắn qua tơ hồng

110

4.22.

Một số loài rầy thu thập trên vùng trồng sắn có cây bị bệnh chổi phù thuỷ
tại Đồng Nai (năm 2012)

114

xi


TRÍCH YẾU LUẬN ÁN
Tên tác giả: Nguyễn Đức Thành
Tên luận án: Nghiên cứu bệnh do phytoplasma hại sắn (Manihot esculenta Crantz) tại
một số tỉnh Đông Nam Bộ.
Chuyên ngành: Bảo vệ thực vật
Mã số: 62 62 01 12
Tên cơ sở đào tạo: Học viện Nông nghiệp Việt Nam
Mục đích nghiên cứu
Chẩn đoán và phân loại đƣợc phytoplasma gây hại trên cây sắn tại một số tỉnh
Đông Nam Bộ; đánh giá đƣợc một số đặc điểm sinh học chính nhƣ tính gây bệnh và khả
năng lan truyền của chúng.
Phƣơng pháp nghiên cứu
* Vật liệu: Hom sắn KM94, KM419 và SM937-26 đã bị nhiễm bệnh chổi phù thuỷ đƣợc

lấy từ ruộng sản xuất của hộ nông dân. Hom sắn giống KM94 khoẻ.
* Nội dung nghiên cứu:
- Điều tra mức độ phổ biến của bệnh chổi phù thuỷ hại sắn.
- Phát hiện phytoplasma hại sắn bằng kính hiển vi điện tử, nhuộm mô và PCR.
- Định danh phân tử và phân tích phả hệ phytoplasma hại sắn.
- Ứng dụng kỹ thuật LAMP-PCR để chẩn đoán phytoplasma nhóm 16SrII hại sắn.
- Xác định một số đặc điểm sinh học của bệnh chổi phù thuỷ hại sắn do
phytoplasma gây ra.
* Phương pháp nghiên cứu:
- Phát hiện phytoplasma trên sắn bằng kính hiển vi điện tử truyền qua trên máy
JEOL 1010 và nhuộm với DAPI.
- DNA tổng số đƣợc tách chiết bằng CTAB theo tài liệu mô tả của Doyle and
Doyle (1990). Kỹ thuật phản ứng chuỗi trùng hợp đƣợc thực hiện theo tài liệu của Deng
and Hiruki (1991), Lee et al. (1994), Schneider et al. (1995), Gundersen and Lee (1996).
- Tinh chiết sản phẩm PCR dùng QIAquick Gel Extraction Kit (Qiagen) theo
hƣớng dẫn của nhà sản xuất.
- Phân tích RFLP thực hiện mô phỏng bằng chƣơng trình pDRAW32.

xii


- Sử dụng các phần mềm tin sinh học nhƣ ClustalW2, BioEdit 7.0. Cây phả hệ
đƣợc xây dựng theo phƣơng pháp Neighbor-Joining trong MEGA 5.0.
- Số liệu thí nghiệm đƣợc xử lý thống kê theo phƣơng pháp phân tích phƣơng sai
bằng chƣơng trình IRRISTAT 4.0.
Kết quả chính và kết luận
- Xác định đƣợc phytoplasma hại sắn tại Đông Nam Bộ thuộc ít nhất 2 nhóm gồm
16SrI (nhóm phụ 16SrI-B) và 16SrII (nhóm phụ 16SrII-A).
- Thiết kế và thử nghiệm đƣợc bộ mồi LAMP-PCR đặc hiệu cho phytoplasma
nhóm 16SrII nhằm chẩn đoán bệnh chổi phù thuỷ hại sắn tại Đông Nam Bộ.

- Xác định đƣợc một số đặc điểm sinh học của bệnh chổi phù thuỷ hại sắn do
phytoplasma gây ra, trong đó bệnh lan truyền chủ yếu qua việc sử dụng hom giống đã bị
nhiễm bệnh.

xiii


THESIS ABSTRACT
PhD candidate: Nguyen Duc Thanh
Thesis title: Study on phytoplasma disease on cassava (Manihot esculenta Crantz) in
South-eastern provinces.
Major: Plant Protection
Code: 62 62 01 12
Education organization: Vietnam National University of Agriculture (VNUA).
Research objectives
Diagnosis and identification of phytoplasma disease on cassava in South-eastern
provinces; evaluation of some biological characteristics including the pathogenicity and
transmission ability of identified phytoplasma.
Materials and Methods
* Materials: Cassava varieties KM94, KM419 and SM937-26.
* Research content:
- Investigation of the prevalence of witches‟ broom disease on the cassava fields
in south of Vietnam.
- Detection of phytoplasma in cassava tissues by transmission electron
microscopy and DAPI staining technique.
- Molecular identification and phylogenetic analysis of the phytoplasma on
cassava Vietnam.
- Application of loop mediated isothermal amplification (LAMP) assay for
detection of the phytoplasma 16SrII group on cassava.
- Evaluation of biological characteristics of phytoplasma disease on cassava under

screen house conditions.
* Methods:
- The presence of phytoplasma in cassava tissues was identified by transmission
electron microscopy and DAPI staining technique.
- Total DNAs were extracted by CTAB method as previously described by Doyle
and Doyle (1990). Polymerase chain reactions were followed the methods of Deng and
Hiruki (1991), Lee et al. (1994), Schneider et al. (1995), Gundersen and Lee (1996).
- PCR products from agarose gel were purified by QIAquick gel extraction kit
(Qiagen) according to manufacturer‟s instructions.

xiv


- Virtual-restriction fragment length polymorphism analysis of 16S rRNA gene
was conducted by pDRAW32 program.
- Phylogenetic trees were constructed by Neighbor-Joining method in MEGA 5.0
software.
- Statistical analysis was conducted by IRRISTAT 4.0 software.
Main findings and conclusions
- The study identified two different phytoplasma groups belonging to the 16SrI
(subgroup B) and the 16SrII (subgroup A) from witches‟ broom cassava plants grown in
south-eastern provinces of Vietnam.
- The study designed loop mediated isothermal amplification (LAMP) primers
based on the 16S ribosomal RNA gene. LAMP-PCR using these primers demonstrated
to be efficient to detect the phytoplasma 16SrII group on cassava.
- The study provided new scientific data on biological characteristics of
phytoplasma disease on cassava. This disease is mainly transmitted by cutting through
vegetative propagation using diseased cassava plants.

xv

PHẦN 1. MỞ ĐẦU
1.1. TÍNH CẤP THIẾT CỦA ĐỀ TÀI
Cây sắn (Manihot esculenta Crantz) đƣợc trồng rộng khắp ở các tỉnh trong
cả nƣớc với nhiều vùng trồng tập trung, đem lại nguồn thu nhập cho ngƣời dân,
góp phần ổn định tình hình kinh tế - xã hội. Sắn là cây lƣơng thực, đồng thời
cung cấp nguyên liệu phục vụ cho công nghiệp chế biến, xuất khẩu và làm
nguyên liệu sinh học. Sắn đã trở thành 1 trong 10 mặt hàng nông sản xuất khẩu
quan trọng, có giá trị kinh tế cao của Việt Nam và là một trong những loại cây
trồng đƣợc ƣu tiên phát triển trong tầm nhìn chiến lƣợc đến năm 2020 của Bộ
Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.
Ở nƣớc ta trong những năm gần đây, trên cây sắn xuất hiện một loại bệnh
mới đƣợc gọi là bệnh chổi phù thuỷ (hay bệnh chổi rồng) với biểu hiện triệu
chứng đặc trƣng do bị nhiễm phytoplasma, nhƣ cây mọc nhiều chồi phụ ở ngọn
và phần thân chính, lá biến vàng. Bệnh chổi phù thuỷ hại sắn đƣợc ghi nhận xuất
hiện rải rác từ năm 2005 trên giống sắn KM94 tại một số huyện của tỉnh Quảng
Ngãi và đã trở thành dịch nghiêm trọng tại nhiều vùng trồng sắn thuộc một số
tỉnh Đông Nam Bộ nhƣ Bà Rịa-Vũng Tàu và Đồng Nai.
Cây sắn bị bệnh chổi phù thuỷ, năng suất giảm 10 - 30%, hàm lƣợng tinh
bột giảm 20 - 30% (Nguyên Khê, 2011). Ở các khu vực tiến hành trồng lại hay
trồng mới thuộc các tỉnh Đông Nam Bộ, bệnh chổi phù thuỷ sắn vẫn xuất hiện,
gây quan ngại cho nông dân và chính quyền địa phƣơng. Do nguyên nhân gây
bệnh chƣa đƣợc xác định chính xác nên việc quản lý bệnh gặp nhiều lúng túng. Ở
một số vùng trồng sắn, nông dân đã tiến hành thử nghiệm các loại thuốc trừ nấm
để xử lý hom và phun cho cây sắn khi xuất hiện bệnh chổi phù thuỷ. Tuy nhiên,
các biện pháp này đều không có hiệu quả phòng chống bệnh.
Cây sắn bị nhiều bệnh gây hại khác nhau, trong đó có bệnh phytoplasma.
Bệnh phytoplasma hại sắn đã đƣợc ghi nhận ở một số vùng trồng sắn trên thế
giới nhƣ quần đảo Wallis-Futuna, Uganda, Cuba, một số nƣớc thuộc châu Mỹ và

châu Á. Phytoplasma gây hại trên cây sắn xác định đƣợc liên quan đến bệnh biến
vàng lá, bệnh chổi phù thuỷ và bệnh da cóc. Ở Brazil, tại một số vùng trồng sắn
thuộc phía đông bắc nƣớc này, tỷ lệ cây sắn bị bệnh chổi phù thuỷ lên đến 85%
và năng suất củ giảm đến 70% (Flôres et al., 2013), thậm chí năng suất củ giảm
sút đến 90% cũng đã đƣợc ghi nhận (Lozano, 1992).

1


Phytoplasma là một tác nhân đặc biệt gây bệnh trên cây trồng. Phytoplasma
không thể nuôi cấy đƣợc trên môi trƣờng nhân tạo, tế bào thiếu lớp vách bên ngoài
do bộ gen của chúng đã bị suy thoái mạnh. Con đƣờng lan truyền của phytoplasma
ngoài tự nhiên là qua nhân giống vô tính và qua côn trùng môi giới. Do
phytoplasma không nuôi cấy đƣợc trên môi trƣờng nhân tạo nên chẩn đoán và
phân loại nhóm tác nhân gây bệnh này chủ yếu dựa trên phân tích một số vùng
gen, quan trọng nhất là gen mã hóa 16S RNA ribosome (Bertaccini et al., 2014).
Trên thế giới, phytoplasma gây bệnh trên hàng trăm loại cây trồng khác
nhau và số lƣợng bệnh mới do phytoplasma gây ra tăng theo từng năm
(Bertaccini et al., 2014). Ở Việt Nam, những nghiên cứu về bệnh phytoplasma
trên cây trồng còn hạn chế. Các kết quả điều tra cơ bản trƣớc đây đều chƣa phát
hiện ra bệnh phytoplasma ở Việt Nam. Gần đây, dựa trên đánh giá triệu chứng và
chẩn đoán phân tử, nguyên nhân gây bệnh chồi cỏ mía và trắng lá mía đã đƣợc
xác định là do phytoplasma gây ra (Hoat et al., 2012, 2013). Hai bệnh này đã gây
thành dịch nghiêm trọng tại một số vùng trồng mía trọng điểm của Việt Nam.
Phòng chống hiệu quả bệnh cây nói chung và bệnh chổi phù thuỷ hại sắn
nói riêng phụ thuộc nhiều yếu tố, trong đó, đầu tiên là phải xác định chính xác tác
nhân gây bệnh và các đặc điểm sinh học của bệnh. Do bệnh chổi phù thuỷ hại sắn
là một bệnh mới ở Việt Nam nên cần phải thực hiện nghiên cứu về bệnh, đặc biệt
tại các tỉnh trọng điểm có dịch ở Đông Nam Bộ.
1.2. MỤC TIÊU CỦA ĐỀ TÀI

Chẩn đoán và phân loại đƣợc phytoplasma gây hại trên cây sắn tại một số
tỉnh Đông Nam Bộ; đánh giá đƣợc một số đặc điểm sinh học chính nhƣ tính gây
bệnh và khả năng lan truyền của chúng.
1.3. ĐỐI TƢỢNG VÀ PHẠM VI NGHIÊN CỨU
1.3.1. Đối tƣợng nghiên cứu
Phytoplasma gây hại trên cây sắn, tập trung vào lĩnh vực chẩn đoán, phân
loại và một số đặc điểm sinh học.
1.3.2. Phạm vi nghiên cứu
Điều tra mức độ phổ biến của bệnh chổi phù thủy hại sắn ở Đông Nam Bộ,
xác định nguyên nhân phytoplasma gây bệnh chổi phù thủy hại sắn. Nghiên cứu
biện pháp chẩn đoán, xác định và phân loại phytoplasma gây bệnh chổi phù thủy
hại sắn và khả năng lan truyền của bệnh phytoplasma hại sắn ở điều kiện chậu
vại trong nhà lƣới.

2


1.3.3. Địa điểm thời gian nghiên cứu
Điều tra trên đồng, thu thập mẫu đƣợc thực hiện tại một số tỉnh Đông Nam
Bộ gồm Bà Rịa - Vũng Tàu, Đồng Nai, Bình Dƣơng, Bình Phƣớc, Tây Ninh và
một số tỉnh khác, bao gồm Phú Thọ, Yên Bái, Quảng Ngãi, Kon Tum.
Các nghiên cứu liên quan tới xác định đặc điểm sinh học đƣợc thực hiện tại
Trung tâm Nghiên cứu thực nghiệm Nông nghiệp Hƣng Lộc; nghiên cứu chẩn
đoán, phân loại phytoplasma hại sắn đƣợc thực hiện tại Viện Bảo vệ thực vật và
Trung tâm Nghiên cứu bệnh cây nhiệt đới.
Thời gian thực hiện các thí nghiệm trong đề tài từ năm 2011 đến năm 2014.
1.4. NHỮNG ĐÓNG GÓP MỚI CỦA ĐỀ TÀI
Đề tài đã xác định đƣợc bệnh chổi phù thủy hại sắn tại Việt Nam do
phytoplasma gây ra. Phytoplasma hại sắn tại Việt Nam thuộc 2 nhóm gồm 16SrI
(nhóm phụ 16SrI-B) và 16SrII (nhóm phụ 16SrII-A). Riêng mẫu phytoplasma hại

sắn YB-01 (KM360166) ở Yên Bái thuộc nhóm 16SrI nhƣng nằm trong nhóm
phụ hoàn toàn mới, chƣa đƣợc công bố.
Áp dụng thành công kỹ thuật nhuộm mô cây bằng DAPI để phát hiện
phytoplasma hại sắn tại Việt Nam.
Thiết kế thành công bộ mồi LAMP-PCR đặc hiệu để xác định phytoplasma
nhóm 16SrII hại sắn tại Đông Nam Bộ. Đề xuất đƣợc quy trình chẩn đoán
phytoplasma hại sắn cho một số tỉnh Đông Nam Bộ.
Cung cấp dẫn liệu khoa học về một số đặc điểm sinh học của bệnh chổi phù
thuỷ hại sắn do phytoplasma gây ra. Xác định đƣợc con đƣờng lan truyền chính
của bệnh là qua nhân giống vô tính đã bị nhiễm bệnh.
1.5. Ý NGHĨA KHOA HỌC VÀ THỰC TIỄN CỦA ĐỀ TÀI
1.5.1. Ý nghĩa khoa học
Đã xác định đƣợc phytoplasma là nguyên nhân gây bệnh chổi phù thuỷ hại
sắn tại Đông Nam Bộ, phân loại đƣợc phytoplasma hại sắn ở Việt Nam thuộc 2
nhóm 16SrI và 16SrII. Đã ứng dụng thành công các kỹ thuật để chẩn đoán, phân
loại phytoplasma gây bệnh chổi phù thủy trên sắn nhƣ kính hiển vi điện tử, kỹ
thuật nhuộm mô cây bằng DAPI, kỹ thuật PCR lồng, kỹ thuật RFLP và kỹ thuật
LAMP-PCR. Xác định đƣợc con đƣờng lan truyền của phytoplasma gây bệnh
chổi phù thủy trên sắn tại Đông Nam Bộ là chủ yếu qua nhân giống vô tính.

3


1.5.2. Ý nghĩa thực tiễn
Xác định đƣợc phytoplasma gây bệnh chổi phù thủy trên sắn, cũng nhƣ xác
định đƣợc con đƣờng lan truyền chủ yếu của phytoplasma hại sắn đã góp phần
đƣa ra biện pháp quản lý bệnh chổi phù thuỷ một cách có hiệu quả trong điều
kiện sản xuất tại một số tỉnh Đông Nam Bộ. Biện pháp quan trọng nhất để quản
lý bệnh là phát hiện bệnh sớm và sử dụng giống sạch bệnh.

4


PHẦN 2. TỔNG QUAN TÀI LIỆU

2.1. CÂY SẮN
2.1.1. Lƣợc sử nguồn gốc và phân loại cây sắn
Cây sắn có nguồn gốc vùng nhiệt đới của châu Mỹ và đƣợc trồng cách đây
5.000 - 7.000 năm trƣớc Công nguyên (Allem, 2002). Cây sắn đƣợc ngƣời Bồ
Đào Nha đƣa đến châu Phi vào khoảng giữa thế kỷ XVI, nhƣng việc trồng và tiêu
thụ sắn ở châu Phi mới thực sự phát triển từ cuối thế kỷ XIX (FAO, 2005).
Ở vùng Ấn Độ Dƣơng, sắn đƣợc du nhập vào các đảo thuộc trong vùng này,
từ đó sắn đƣợc đƣa sang Sri Lanka và một số nƣớc phía Đông thuộc châu Phi. Ở
châu Á, sắn đƣợc du nhập vào từ vùng Ấn Độ Dƣơng do ngƣời Tây Ban Nha, Bồ
Đào Nha đƣa vào trồng. Sự phát triển nghề trồng sắn ở châu Á chỉ trở lên quan
trọng từ cuối thế kỷ XIX. Ở châu Đại Dƣơng, sắn đƣợc đem trồng ở Ốt-xtrây-li-a
từ thế kỷ XX. Ở châu Âu hầu nhƣ không phát triển nghề trồng sắn (Howeler et
al., 2013).
Về phân loại, cây sắn có tên khoa học là Manihot esculenta Crantz, thuộc
chi Manihot, họ Euphorbiaceae (Howeler et al., 2013).
2.1.2. Giá trị sử dụng và giá trị dinh dƣỡng
Tuy có nhiều quan điểm khác nhau về giá trị sử dụng và giá trị dinh dƣỡng,
nhƣng sắn vẫn là cây trồng đƣợc quan tâm phát triển.
Sắn có nhiều công dụng trong chế biến công nghiệp, thức ăn gia súc và
lƣơng thực - thực phẩm. Củ sắn chứa nhiều tinh bột nên thƣờng đƣợc chế biến
thành bột sắn khô. Trong củ sắn tƣơi có chứa đến 80% hàm lƣợng carbonhydrate,
canxi (50 mg/100 g), phốtpho (40 mg/100 g), vitamin (25 mg/100 g) và các chất
dinh dƣỡng khác. Lá sắn là một nguồn cung cấp protein, có chứa nhiều axít amin
cần thiết nhƣng thiếu lysine, methionine và tryptophan (Ravindran, 1992). Ở
nhiều nƣớc, việc nghiên cứu, đánh giá sử dụng sắn nhƣ là một nguyên liệu nhiên

liệu sinh học ethanol đang đƣợc chú ý (Howeler et al., 2013).
2.1.3. Tình hình sản xuất sắn trên thế giới
Sắn đƣợc trồng ở nhiều nƣớc có khí hậu nhiệt đới, cận nhiệt đới. Sắn là
nguồn thực phẩm của hơn 800 triệu ngƣời, là một trong những cây lƣơng thực

5


quan trọng và chiếm diện tích lớn nhất trong sản xuất nông nghiệp của loài
ngƣời. Ở nhiều nƣớc có khí hậu nhiệt đới ẩm, sắn là cây lƣơng thực có vị trí hàng
đầu (Howeler et al., 2013).
Theo số liệu thống kê của Tổ chức Nông Lƣơng thế giới (Food and
agriculture organization, FAO), diện tích, năng suất và sản lƣợng sắn của toàn
thế giới trong giai đoạn 10 năm từ năm 1999 đến năm 2009 đều tăng, các chỉ số
này vào năm 1999 lần lƣợt là 16,85 triệu ha; 10,09 tấn/ha và 170,01 triệu tấn, đến
năm 2009 các chỉ số này lần lƣợt là 18,92 triệu ha; 12,36 tấn/ha và 233,80 triệu
tấn (FAOSTAT, 2014). Vào năm 2009, diện tích trồng sắn của thế giới tập trung
chủ yếu ở các nƣớc châu Phi với 12,26 triệu ha và sản lƣợng đạt 11,89 triệu tấn.
Các chỉ số này ở châu Á lần lƣợt là 4,05 triệu ha và 8,16 triệu tấn; ở châu Mỹ
Latinh là 2,59 triệu ha và 3,32 triệu tấn. Các nƣớc thuộc châu Đại Dƣơng cũng có
trồng sắn rãi rác nhƣng không đáng kể. Nigeria là nƣớc có diện tích trồng sắn lớn
nhất thế giới với hơn 3,12 triệu ha và sản lƣợng đạt 36,80 triệu tấn vào năm 2009
(FAOSTAT, 2014).
Năng suất sắn củ tƣơi bình quân của thế giới đạt 12,38 tấn/ha vào năm
2009. Ấn Độ là nƣớc có năng suất sắn củ tƣơi đạt cao nhất thế giới (34,36
tấn/ha), kế tiếp là Thái Lan (22,68 tấn/ha) và Indonesia (18,74 tấn/ha). Thái Lan
là nƣớc xuất khẩu sắn khô lớn nhất, chiếm 77% sản lƣợng xuất khẩu của thế giới
trong năm 2005. Nƣớc xuất khẩu sắn khô lớn thứ hai là Việt Nam (13,6%), tiếp
theo là In-đô-nê-xi-a (5,8%) và Costa Rica (2,1%) (FAOSTAT, 2014).
2.1.4. Tình hình sản xuất sắn tại Việt Nam

Theo số liệu của Tổng cục Thống kê (2015), diện tích cây sắn ở Việt Nam
vào năm 1995 có khoảng 277,4 nghìn ha với sản lƣợng là 2211,5 nghìn tấn; các
chỉ số này đến năm 2014 lần lƣợt là 551,9 nghìn ha và 10.255,3 nghìn tấn. Năm
2011, diện tích trồng sắn là cao nhất (558,4 nghìn ha), với sản lƣợng cũng đạt cao
nhất (9897,9 nghìn tấn). Diện tích và sản lƣợng sắn tăng lên do nhu cầu của một
số ngành thực phẩm và công nghiệp chế biến. Các vùng gồm Trung du và miền
núi phía Bắc, vùng Bắc Trung Bộ và Duyên hải miền Trung, vùng Đông Nam Bộ
là những vùng trồng sắn chủ lực và có sản lƣợng sắn đạt cao nhất của cả nƣớc.
Vùng đồng bằng sông Hồng và vùng đồng bằng sông Cửu Long có diện tích
trồng sắn và sản lƣợng sắn thấp hơn cả.

6


2.2. PHYTOPLASMA HẠI THỰC VẬT
2.2.1. Lịch sử phát hiện phytoplasma
Năm 1967, phytoplasma gây hại thực vật lần đầu tiên đƣợc phát hiện ở
Nhật Bản với hiện tƣợng cây trồng bị bệnh biến vàng. Lúc đó, phytoplasma đƣợc
phát hiện trong tế bào ống rây của mạch phloem cây bệnh có tên gọi là vi sinh
vật giống mycoplasma (mycoplasma like organisms, MLOs) (Doi et al., 1967).
Từ năm 1967 - 1993, tên gọi MLOs đƣợc sử dụng để nghiên cứu tác nhân của
nhiều bệnh biến vàng cây trồng. Đến năm 1994, tên gọi phytoplasma đƣợc công
nhận, thay cho tên gọi MLOs tại Hội nghị các Tổ chức Quốc tế ngành
Mycoplasma học (Lee et al., 2000). Cho đến năm 2007, trên thế giới đã phát hiện
hơn 300 loại bệnh khác nhau do phytoplasma gây ra ở hàng trăm loài cây trồng
quan trọng khác nhau (Hoshi et al., 2007).
2.2.2. Phân loại phytoplasma
Việc nghiên cứu tìm hiểu về phytoplasma đƣợc bắt đầu vào những năm
cuối thập niên 80 và đầu thập niên 90 của thế kỷ XX. Đầu tiên các phân tích phả
hệ dựa trên các chuỗi gen mã hóa 16S RNA ribosome (16S ribosomal ribonucleic

acid gene) và gen mã hóa protein ribosome (ribosomal protein gene) đã xác định
chính xác phytoplasma là thành viên của lớp dịch khuẩn bào (Mollicutes).
Hiện nay, về phân loại, tất cả phytoplasma đƣợc xếp vào chi „Candidatus
Phytoplasma‟ („Ca. Phytoplasma‟), bộ Acholeplasmatales, lớp Mollicutes, ngành
Firmucutes (IRPCM, 2004; Hogenhout et al., 2008). Dựa trên cơ sở so sánh
chuỗi gen mã hóa 16S RNA ribosome, các loài thuộc chi „Ca. Phytoplasma‟
đƣợc xếp vào 33 nhóm phả hệ khác nhau (ký hiệu từ 16SrI đến 16SrXXXIII) với
hơn 116 nhóm phụ nhƣ trình bày ở bảng 2.1 (Lee et al., 1998; Lee et al., 2004;
Arocha et al., 2005; Al-Saady et al., 2008; Bertaccini and Duduk, 2009;
Bertaccini et al., 2014).
Theo Nhóm nghiên cứu phân loại phytoplasma của Dự án Nghiên cứu
Quốc tế về Mycoplasma (International Research Project for Comparative
Mycoplasmology, IRPCM), một loài phytoplasma đƣợc coi là một loài mới thuộc
„Ca. Phytoplasma‟ khi so sánh dựa trên trình tự vùng gen mã hóa 16S
RNA ribosome (trình tự nucleotide  1,2 kb) có mức đồng nhất trình tự
nucleotide thấp hơn 97,5% so với các loài „Ca. Phytoplasma‟ đã đƣợc công bố
trƣớc đó (IRPCM, 2004).

7


Bảng 2.1. Phân loại phytoplasma dựa trên phân tích gen 16S RNA ribosome
Nhóm
Bệnh liên quan đến phytoplasma
16Sr RNA
(tên viết tắt)
16SrI: Aster yellows
I-A
Aster yellows witches‟ broom (AYWB)
I-A

Tomato big bud (BB)
I-B
Onion yellows mild strain (OY-M)
I-B
Aster yellows (MAY)
I-C
Clover phyllody (CPh)
I-D
Paulownia witches‟ broom (PaWB)
I-E
Blueberry stunt (BBS3)
I-F
Aster yellows apricot (A-AY)
I-I
Strawberry witches‟ broom (STRAWB1)
I-K
Strawberry witches‟ broom (STRAWB2)
I-L
Aster yellows (AV2192)
I-M
Aster yellows (AVUT)
I-N
Aster yellows (IoWB)
I-O
Soybean purple stem (SPS)
I-P
Aster yellows from Populus (PopAY)
I-Q
Cherry little leaf (ChLL)
I-R

Strawberry phylloid fruit (StrawbPhF)
I-S
Mexican potato purple top (COAH10)
I-U
Mexican potato purple top (JAL6)
I-V
Mexican potato purple top (SON18)
I-W
Peach rosette-like disease (PRU0382)
I-Y
Brote grande of tomato
16SrII: Peanut witches‟ broom
II-A
Peanut witches‟ broom (PnWB)
II-B
Lime witches‟ broom (WBDL)
II-C
Faba bean phyllody (FBP)
II-D
Papaya mosaic (PpM)
II-E
Pichris echioides phyllody (PEY)
II-F
Cotton phyllody (CoP)
16SrIII: X-disease
III-A
Peach X-disease (PX11CT1)
III-B
Clover yellow edge (CYE)
III-C

Pecan bunch (PB)
III-D
Goldenrod yellows (GR1)

8

Mã truy cập
Ngân hàng Gen
NC_007716
L33760
NC_005303
M30790
AF222065
AY265206
AY265213
AY265211
U96614
U96616
AY180957
AY265209
AY265205
AF268405
AF503568
AY034089
AY102275
FJ914654
FJ914650
FJ914642
HQ450211
EF199549

L33765
U15442
X83432
Y10096
Y16393
EF186827
JQ044393
AF173558
GU004371
GU004372


Nhóm
Bệnh liên quan đến phytoplasma
16Sr RNA
(tên viết tắt)
III-E
Spiraea stunt (SP1)
III-F
Milkweed yellows (MW1)
III-G
Walnut witches‟ broom (WWB)
III-H
Poinsettia branch-inducing (PoiBI)
III-I
Virginia grapevine yellows (VGYIII)
III-J
Chayote witches‟ broom (ChWBIII)
III-K
Strawberry leafy fruit (SLF)

III-L
Cassava frog skin disease (CFSD)
III-M
Potato purple top (MT117)
III-N
Potato purple top (AKpot6)
III-P
Dandelion virescence (DanV)
III-Q
Black raspberry witches‟ broom (BRWB7)
III-T
Sweet and sour cherry (ChD)
III-U
Cirsium white leaf (CWL)
III-V
Passion fruit phytoplasma (PassWB-Br4)
16SrIV: Coconut lethal yellows
IV-A
Coconut lethal yellowing (LYJ-C8)
IV-B
Yucatan coconut lethal decline (LDY)
IV-C
Tanzanian coconut lethal decline (LDT)
16SrV: Elm yellows
V-A
Elm yellows (EY)
V-B
Jujube witches‟ broom (JWB-G1)
V-C
Flavescence dorée (FD-C)

V-D
Flavescence dorée (FD-D)
V-E
Rubus stunt (RuS)
V-F
Balanite witches‟ broom (BltWB)
16SrVI: Clover proliferation
VI-A
Clover proliferation (CP)
VI-B
Strawberry multiplier disease (MC)
VI-C
Illinois elm yellows (EY-IL1)
VI-D
Periwinkle little leaf (PLL-Bd)
VI-E
Centarurea solstitialis virescence (CSVI)
VI-F
Catharanthus phyllody phytoplasma (CPS)
VI-H
Portulaca little leaf phytoplasma (PLL-Ind)
VI-I
Passionfruit (WB-Br4)
16SrVII: Ash yellows
VII-A
Ash yellows (AshY)

9

Mã truy cập

Ngân hàng Gen
AF190228
AF510724
AF190227
AF190223
AF060875
AF147706
AF274876
EU346761
FJ226074
GU004365
AF370119
AF302841
FJ231728
AF373105
GU292082
AF498307
U18753
X80117
AY197655
AB052876
X76560
AJ548787
AY197648
AB689678
AY390261
AF190224
AF409069
AF228053
AY270156

EF186819
EF651786
GU292081
AF092209


Nhóm
Bệnh liên quan đến phytoplasma
16Sr RNA
(tên viết tắt)
VII-B
Erigeron witches‟ broom (ErWB)
VII-C
Argentinian alfalfa witches‟ broom (ArAWB)
16SrVIII: Loofah witches‟ broom
VIII-A
Loofah witches‟ broom (LufWB)
16SrIX: Pigeon pea witches‟ broom
IX-A
Pigeon pea witches‟ broom (PPWB)
IX-B
Almond witches‟ broom (AlWB)
IX-C
Naxos periwinkle virescence (NAXOS)
IX-D
Almond witches‟ broom (AlWB)
IX-E
Juniperus witches‟ broom
IX-F
Almond and stone fruit witches‟ broom (N27-2)

IX-G
Almond and stone fruit witches‟ broom (A1-1)
16SrX: Apple proliferation
X-A
Apple proliferation (AP)
X-B
European stone fruit yellows (ESFY)
X-C
Pear decline (PD)
X-D
Spartium witches‟ broom (SpaWB)
X-E
Black alder witches‟ broom (BAWB)
16SrXI: Rice yellow dwarf
XI-A
Rice yellow dwarf (RYD)
XI-B
Sugarcane white leaf (SCWL)
XI-C
Leafhopper-borne (BVK)
16SrXII: Stolbur
XII-A
Stolbur (STOL11)
XII-B
Australian grapevine yellows (AUSGY)
XII-C
Strawberry lethal yellows (StrawLY)
XII-D
Japanese hydrangea phyllody
XII-E

Yellows diseased strawberry (StrawY)
XII-F
Bois noir (BN-Op30)
XII-G
Bois noir (BN-Fc3)
XII-H
Bindweed yellows (BY-S57/11)
16SrXIII: Mexican periwinkle virescence
XIII-A
Mexican periwinkle virescence (MPV)
XIII-B
Strawberry green petal (SGP)
16SrXIV: Bermudagrass white leaf
XIV-A
Bermudagrass white leaf (BGWL)
XIV-B
Bermudagrass white leaf Iran

10

Mã truy cập
Ngân hàng Gen
AY034608
AY147038
AF086621
AF248957
AF515636
HQ589191
AF515637
GQ925918

HQ407532
HQ407514
AJ542541
AJ542544
AJ542542
X92869
X76431
AB052873
X76432
X76429
AF248959
L76865
AJ243045
AB010425
DQ086423
EU836630
EU836647
JN833705
AF248960
U96616
AJ550984
EF444485


Nhóm
Bệnh liên quan đến phytoplasma
16Sr RNA
(tên viết tắt)
16SrXV: Hibiscus witches‟ broom
XV-A

Hibiscus witches‟ broom (HibWB)
XV-B
Guazuma witches‟ broom (GWB)
16SrXVI: Sugarcane yellow leaf syndrome
XVI-A
Sugarcane yellow leaf syndrome
16SrXVII: Papaya bunchy top
XVII-A
Papaya bunchy top
16SrXVIII: American potato purple top wilt
XVIII-A
American potato purple top wilt
16SrXIX: Chestnut witches‟ broom
XIX-A
Chestnut witches‟ broom
16SrXX: Rhamnus witches‟ broom
XX-A
Rhamnus witches‟ broom
16SrXXI: Pinus phytoplasmas
XXI-A
Pinus phytoplasma (PinP)
16SrXXII: XXII-A
Lethal yellow disease Mozambique (LYDM)
XXII-B
Cape St. Paul wilt disease (CSPW)
16SrXXIII: 16SrXXIII-A Buckland valley grapevine yellows
16SrXXIV: XXIV-A
Sorghum bunchy shoot
16SrXXV: XXV-A
Weeping tea witches‟ broom

16SrXXVI: XXVI-A
Sugarcane phytoplasma D3T1
16SrXXVII: XXVII-A
Sugarcane phytoplasma D3T2
16SrXXVIII: XXVIII-A
Derbid phytoplasma
16SXXIX: Cassia witches‟ broom
XXIX-A
Cassia witches‟ broom (CaWB)
16SXXX: Salt cedar witches‟ broom
XXX-A
Salt cedar witches‟ broom
16SXXXI: Soybean stunt
XXXI-A
Soybean stunt (SoyST1c1)
16SXXXII: Malaysian periwinkle virescence and phyllody

11

Mã truy cập
Ngân hàng Gen
AF147708
HQ258882
AY725228
AY725234
DQ174122
AB054986
AJ583009
AJ310849
KF751387

JQ868442
AY083605
AF509322
AF521672
AJ539179
AJ539180
AY744945
EF666051
FJ432664
HQ225630