Chuong3 xây dựng cấu trúc phân tử

Xây dựng cấu trúc phân tử


Xác định vị trí của nguyên tử trong phân tử
Có 2 cách để xác định vị trí của một nguyên tử trong
phân tử.
- Tọa độ Đề-các: là cách thuận tiện nhất để xác định vị
trí của một nguyên tử trong phân tử. Phân tử N nguyên
tử sẽ có 3N tọa độ.
- Z-matrix: là một cách khá đơn giản để xây dựng cấu
trúc phân tử dựa vào độ dài liên kết giữa 2 nguyên tử,
góc liên kết giữa 3 nguyên tử và góc nhị diện giữa 4
nguyên tử.



Xây dựng Z-matrix của một phân tử
- Vẽ phân tử
- Chọn một nguyên tử làm gốc của hệ tọa độ và đánh số 1,
thường là một nguyên tử ở vị trí trung tâm để dễ dàng mô tả các
nguyên tử còn lại.
- Đánh số tất cả các nguyên tử còn lại.
- Xác định nguyên tử số 2 qua khoảng cách với nguyên tử số 1.
- Xác định nguyên tử số 3 qua khoảng cách với nguyên tử số 1
hoặc số 2 và góc với cả 2 nguyên tử đó.
-Xác định nguyên tử số 4 và các nguyên tử còn lại theo khoảng
cách, góc và góc nhị diện với các nguyên tử đã được định nghĩa
trước đó.
(Lưu ý: chỉ có nguyên tử nào đã được định nghĩa mới được sử
dụng để định nghĩa những nguyên tử tiếp theo)

Ví dụ: xây dựng Z-matrix của H2O


Thực hành: xây dựng Z-matrix của NH2CHO, HNC,
H2O.