PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ VÙNG MÃ HÓA PROTEIN NSP2 CỦA VI RÚT PRRS GENOTYPE BẮC MỸ XÁC ĐỊNH ĐƯỢC TẠI TP. HCM

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO
TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH
KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC
HIHI

KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP
PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ VÙNG MÃ HÓA PROTEIN NSP2
CỦA VI RÚT PRRS GENOTYPE BẮC MỸ XÁC ĐỊNH
ĐƯỢC TẠI TP. HCM

Ngành học

: CÔNG NGHỆ SINH HỌC

Niên khoá

: 2006 – 2010

Sinh viên thực hiện

: PHAN THỊ ANH VĂN

Tháng 7/2010

i


BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO
TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH
KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC
HIHI

KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP
PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ VÙNG MÃ HÓA PROTEIN NSP2
CỦA VI RÚT PRRS GENOTYPE BẮC MỸ XÁC ĐỊNH
ĐƯỢC TẠI TP. HCM

Giáo viên hướng dẫn

Sinh viên thực hiện

PGS.TS. NGUYỄN NGỌC HẢI

PHAN THỊ ANH VĂN

KS. VÕ KHÁNH HƯNG

Tháng 7/2010

i


LỜI CẢM ƠN
Trước tiên con xin gửi lời cám ơn đến ba mẹ đã luôn yêu thương và tạo mọi điều
kiện cho con học tập. Em cảm ơn anh hai đã luôn động viên em trong suốt bốn năm
học qua.
Em xin chân thành cảm ơn:
¾

Ban giám hiệu trường Đại học Nông Lâm Thành phố Hồ Chí Minh, Ban

chủ nhiệm Bộ Môn Công nghệ Sinh học, cùng tất cả quý thầy cô đã dạy những kiến
thức hay và phong cách làm việc tốt cho em trong suốt 4 năm học.
¾

Tập thể cán bộ và quý Thầy - Cô Viện Công nghệ Sinh học và Môi trường,

Đại học Nông Lâm Thành phố Hồ Chí Minh đã tạo điều kiện và giúp đỡ em trong
suốt thời gian thực tập.
Em xin trân trọng biết ơn Thầy PGS.TS. Nguyễn Ngọc Hải hết lòng hướng dẫn
và tạo điều kiện tốt nhất cho em trong suốt quá trình thực hiện đề tài tốt nghiệp.
Em xin gửi lời cảm ơn đến:
¾

KS. Võ Khánh Hưng đã tận tình giúp đỡ và chỉ dẫn cho em trong suốt quá

trình thực hiện đề tài.
¾

Các anh, chị cùng nhóm nghiên cứu, đã tận tình giúp đỡ và chỉ dẫn em

trong lúc khó khăn.
¾

Các bạn cùng nhóm nghiên cứu đã chia sẽ và động viên tôi trong quá trình

làm việc chung.
¾

Các bạn lớp DH06SH đã cùng nhau học tập suốt thời gian học.

Tp. Hồ Chí Minh, tháng 08 năm 2010
Phan Thị Anh Văn

i


TÓM TẮT
Việc phân tích di truyền virus PRRS có ý nghĩa quan trọng trong dịch tễ học. Từ
cây di truyền ta có thể xác định được nguồn gốc phát sinh dịch bệnh, từ đó có những
biện pháp hữu hiệu để phòng chống và ngăn ngừa sự lây lan bệnh ở Việt Nam.
Chúng tôi tiến hành các nội dung nghiên cứu sau: khuếch đại vùng gen mã hóa
nsp2 bằng phản ứng RT-PCR với cặp mồi được tham khảo của Youjun Feng và ctv
(2007) và phân tích di truyền dựa vào vùng gen này. Xây dựng qui trình xác định sự
đồng nhiễm hai chủng Bắc Mỹ cổ điển và Trung Quốc độc lực cao.
Kết quả đạt được: Ly trích và giải trình tự vùng gen mã hóa protein Nsp2 trên các
chủng virus phân lập tại Tp.HCM, các tỉnh phía Bắc Việt Nam (Hà Nội, Bắc Giang) và
chủng virus vaccine BSL-PS100, ingelVac. Trên cây di truyền dựa tên trình tự mã hóa
protein nsp2 (Xây dựng bằng phần mền DNAstar), nhóm vi rút PRRS tại Tp.HCM, ở
phía Bắc và vi rút vaccine BSL-PS100 thuộc nhóm châu Mỹ, phân nhóm 2.2, cùng
nhóm với chủng vi rút PRRS độc lực cao của Trung Quốc (93,9 - 95,7%) so với chủng
vi rút PRRS phân lập ở Quảng Nam (07QN) là 94,6 - 96,2%. Độ tương đồng của BSLPS100 so với các chủng ở Tp.HCM là 96,2 - 100%.

ii


SUMMARY
A phylogenetic tree of porcine reproduction and respiratory virus is very
important to epidemiology. From a phylogenetic tree, the origin of epidemic could be
known so that the effective policies established to control and protect the widespread
of reproduction and respiratory virus in Ho Chi Minh City.

We conduct research content following: amplified genes nsp2 by RT-PCR with
primers designed by Youjun Feng et al., (2007) and genetic analysis based on this
gene. Determine the co-infected of two strains: North American and Chinese highly
pathogenic.
Results obtained from the study: Sequencing the nsp2 gene of the strains obtained
in Ho Chi Minh City, Hanoi, Bac Giang and BSL- PS100 as well as IngelVac vaccine
strains. Phylogenetic based on nsp2 gene (Built by software DNAstar) showed the
PRRS virus in Ho Chi Minh City, Hanoi, Bac Giang and vaccinal virus belonged to
American genotype, subgroup 2.2, and to the same group of highly pathogenic PRRS
China strain (93.9 to 95.7%). The similarity of the strains was about 94.6 to 96.2% in
comparring with PRRS virus strains isolated in Quang Nam (07QN). The similarity of
vaccinal virus strains BSL- PS100 was about 96.2 to 100% in comparring with PRRS
virus strains in Ho Chi Minh City.

iii


MỤC LỤC
LỜI CẢM ƠN.......................................................................................................... i
TÓM TẮT................................................................................................................ ii
SUMMARY............................................................................................................ iii
DANH SÁCH CHỮ VIẾT TẮT ............................................................................ vi
DANH SÁCH CÁC BẢNG .................................................................................. viii
DANH SÁCH CÁC HÌNH ..................................................................................... ix
Chương 1 MỞ ĐẦU............................................................................................... 1
1. 1. Đặt vấn đề ........................................................................................................ 1
1.2.2. Yêu cầu .......................................................................................................... 2
1.2. Mục tiêu và yêu cầu .......................................................................................... 2
1.2.1. Mục tiêu ......................................................................................................... 2
1.3. Nội dung nghiên cứu ........................................................................................ 2

Chương 2 TỔNG QUAN TÀI LIỆU .................................................................... 3
2.1.Hội chứng rối loạn sinh sản và hô hấp ở heo (PRRS) ....................................... 3
2.1.2. Lịch sử bệnh .................................................................................................. 3
2.1.2. Vi rút gây bệnh hội chứng rối loạn sinh sản và hô hấp trên heo ................... 4
2.1.3. Các chủng vi rút và sự phân bố ..................................................................... 6
2.1.4. Cấu trúc bộ gen của vi rút PRRS ................................................................... 7
2.2. Protein không cấu trúc Nsp2 ........................................................................... 9
2.3. Sự khác biệt về trình tự giữa hai chủng PRRSV ............................................. 12
2.4. PRRSV chủng độc lực cao tại Trung Quốc .................................................... 13
2.5. Các phương pháp kiểm tra PRRS trong phòng thí nghiệm ............................. 15
2.6. Sơ lược một số tài liệu nghiên cứu liên quan .................................................. 16
2.6.1. Trên thế giới ................................................................................................ 16
2.6.2. Trong nước .................................................................................................. 18
Chương 3 VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU .......................... 20
3.1. Thời gian và địa điểm ...................................................................................... 20
3.2. Nội dung nghiên cứu ....................................................................................... 20

iv


3.3. Vật liệu và hóa chất ......................................................................................... 20
3.3.1. Vật liệu nghiên cứu....................................................................................... 20
3.3.2. Hóa chất ........................................................................................................ 20
3.4. Phương pháp tiến hành .................................................................................... 22
3.4.1. Thu nhận mẫu ............................................................................................... 22
3.4.2. Ly trích RNA ................................................................................................ 22
3.4.2.1. Ly trích RNA từ huyết thanh ..................................................................... 22
3.4.2.2. Ly trích RNA từ mẫu phổi......................................................................... 23
3.4.2.3. Align mồi ................................................................................................... 24
3.5. Bố trí thí nghiệm và nội dung tiến hành thí nghiệm ........................................ 26

3.5.1. Bố trí thí nghiệm ........................................................................................... 26
3.5.2. Nội dung tiến hành thí nghiệm .................................................................... 26
3.5.2.1. Thực hiện phản ứng nested RT_PCR ....................................................... 26
3.5.2.2. Phản ứng RT-PCR ..................................................................................... 30
3.5.2.3. Quy trình xác định sự đồng nhiễm ............................................................ 32
3.5.2.4. Phân tích trình tự ....................................................................................... 32
Chương 4 KẾT QUẢ THẢO LUẬN ................................................................... 31
4.1. Kết nested RT-PCR khuếch đại khung đọc mở ORF7 .................................... 35
4.2. Kết quả RT-PCR trên chủng vaccine và thực địa........................................... 36
4.3. Kết quả khảo sát phản ứng phát hiện đồng nhiễm........................................... 37
4.4. Phân tích di truyền các mẫu nghiên cứu ......................................................... 38
Chương 5 KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ ................................................................ 44
5.1. Kết luận............................................................................................................ 44
5.2. Đề nghị ............................................................................................................ 44
TÀI LIỆU THAM KHẢO ...................................................................................... 45

v


DANH SÁCH CHỮ VIẾT TẮT
AP

Accessary Protein.

BHK-21

Baby Hamster Kidney-21.

DIVA

Differentiated Infected Vaccinated Animals

EAV

Equine Arteritis Virus

EGFP

Enhanced Green Fluorescent Protein.

ELISA

Enzyme Linked-Immonosorbent Assay.

FMD

Foot and mouth disease

GEP

Green Fluorescent Protein

GP

Glycoprotein

HA

Hemagglutinin.

HEL

Helicase

HP-PRRS

Highly Pathogenic Porcine Reproductive and Respiratory
Syndrome

HV

Hypervariable

LDV

Lactate Dehydrogenase Virus.

LV

Lelystad Virus

M

Membrane.

MP

Main Protease.

MSD

Mystery Swine Disease

N

NendoU

Nsp

Nonstructural protein.

ORFs

Open Reading Frames.

PCP

Papain like Cystein Protease

PEARS

Porcine Epidemic Abortion and Respiratory Syndrome

PRRS

Porcine reproductive and respiratory syndrome

PRRSV

Porcine Reproductive and respiratory Syndrome Virus

QN

Quảng Nam

RdRp

RNA dependent RNA polymerase.
vi


RFS

Ribosomal Frameshifting Site.

sgmRNAs

Subgenomic mRNAs

SHFV

Simian Hemorrhagic Fever Virus

SIRD

Swine Infertility and Respiratory Disease

TRS

Transcription Regulating Sequence.

UTR

Untranslated region

Z

Zinc-binding domain.

vii


DANH SÁCH CÁC BẢNG
Bảng 2.1 Sản phẩm dịch mã của các ORFs ............................................................. ... 8
Bảng 3.1 Thành phần của phản ứng RT-PCR với primer Outer............................. .. 28
Bảng 3.2 Quy trình nhiệt của phản ứng RT-PCR cặp primer OF7 và OR7 ............ .. 28
Bảng 3.3 Thành phần của phản ứng nested- PCR với cặp primer inner ................. .. 29
Bảng 3.4 Chu kì nhiệt cho nested-PCR ................................................................... .. 29
Bảng 3.5 Thành phần phản ứng RT-PCR khuếch đại vùng gen mã hóa Nsp2 ........ . 31
Bảng 3.6 Qui trình nhiệt phản ứng RT-PCR khuếch đại vùng gen mã hóa nsp2 .. .. 31
Bảng 3.7 Các chủng vi rút trong mẫu bệnh phẩm được giải trình tự....................... .. 33
Bảng 3.8 Các chủng tham chiếu tại Việt Nam ......................................................... .. 33
Bảng 3.9 Các chủng virus tham khảo trên thế giới .................................................. .. 34
Bảng 4.1 Kết quả xét nghiệm bằng phương pháp nested RT-PCR.......................... .. 35

viii


DANH SÁCH CÁC HÌNH
Hình 2.1 Cấu trúc hạt của vi rút PRRS và vị trí các protein cấu trúc ............................. 5

Hình 2.2 Cây phân bố giống, loài của một số chủng PRRSV ...................................... 6
Hình 2.3 Cấu trúc gen của PRRS ................................................................................... 8
Hình 2.4 Biểu đồ giả định của PRRSV nsp2 protein .................................................... 10
Hình 2.5 Xây dựng các chủng VR-2332 nsp2 đột biến ................................................ 12
Hình 3.1 Vị trí gắn của mồi trên vùng trình tự mã hóa protein Nsp2 ........................... 25
Hình 3.2 Sơ đồ bố trí thí nghiệm .................................................................................. 26
Hình 3.3 Kết quả nested RT-PCR phân biệtchủng Bắc Mỹ và Châu Âu ................... 30
Hình4.1 Kết quả nested RT_PCR khuếch đại khung đọc mở ORF7............................ 35
Hình 4.2 Kết quả RT-PCR vùng trình tự mã hóa Nsp2 ................................................ 36
Hinh 4.3 Sản phẩm RT-PCR trên mẫu trộn giữa chủng TQ và vaccine ingelVac ...... 37
Hình 4.4 Kết quả giải trình tự của virus PRRS trong vaccine BSL-PS100 .................. 38
Hình 4.5 Kết quả giải trình tự của virus PRRS trong vaccine BSL-PS100 .................. 40
Hình 4.6 Cây di truyền PRRSV vẽ bằng phần mềm DNAstar .................................... 41

ix


Chương 1 MỞ ĐẦU
1. 1. Đặt vấn đề
Đối với nước ta, ngành chăn nuôi chiếm một vai trò quan trọng trong nền kinh tế
cả nước nói chung và nền nông nghiệp nói riêng. Do nhu cầu xã hội phát triển nên số
lượng heo nuôi ngày càng tăng cao. Với quá trình phát triển mạnh mẽ của ngành chăn
nuôi heo thì giới chăn nuôi cũng phải đối mặt với không ít khó khăn, đặc biệt là những
dịch bệnh ảnh hưởng trực tiếp đến thành tích sinh sản và tăng trưởng của heo như:
bệnh FMD, bệnh đóng dấu son, bệnh giả dại…và một vấn đề đang làm đau đầu giới
chăn nuôi, nó ảnh hưởng không nhỏ đến hiệu quả kinh tế của ngành chăn nuôi là hội
chứng rối loạn sinh sản và hô hấp trên heo (PRRS: porcine reproductive and
respiratory syndrome).
Từ khi xuất hiện, dịch bệnh PRRS gây ra nhiều thiệt hại nặng nề cho ngành công
nghiệp lợn trên thế giới. Đặc biệt, vào năm 2006, một trận dịch lớn xảy ra tại Trung

Quốc, gây thiêt hại nặng cho ngành công nghiệp lợn của nước này. Qua nghiên cứu,
dịch bệnh này do chủng PRRS biến thể độc lực cao gây ra. Các chủng vi rút biến thể
này cũng được phát hiện ở Việt Nam sau đó. Kết quả giải trình tự bộ gen của virút
PRRS phân lập từ mẫu bệnh phẩm của Việt Nam được so sánh với trình tự bộ gen của
vi rút PRRS trên genbank cho thấy mức độ tương đồng là 77% so với chủng VR-2332
và 71% so với chủng MN184 (Đây là 2 chủng vi rút của Bắc Mỹ) nhưng đặc biệt có
mức độ tương đồng từ 98,6 - 99,6% so với các chủng vi rút thể độc lực cao của Trung
Quốc.
Tian và cộng sự (2007) đã xây dựng nên những giả thiết ban đầu về sự tiến hóa
của các chủng PRRSV độc lực cao ở Trung Quốc từ các chủng thuộc genotype Bắc
Mỹ với vùng tiến hóa tiềm năng nằm trên nsp2 của vùng ORF1. Vùng trình tự mã hóa
nsp2 được xem như một yếu tố đặc trưng để nhân biết chủng vi rút độc lực cao cũng
như xem xét sự biến chủng của vi rút PRRS. Do đó việc phân tích trình tự mã hóa
protein nsp2 ở Tp.HCM là công việc cần thiết việc xây dựng bản đồ dịch tễ phân tử tại
Tp. HCM nói riêng và Việt Nam nói chung. Đồng thời, ta cũng tiến hành phân tích
trình tự nsp2 của vi rút vaccine BSL.PS 100 của hãng Besta, Singarbo sản xuất, là
1


vaccine đang được khuyến cáo sử dụng tại Việt Nam; vaccine ingelvac của hãng
Boehringer Ingelheim.
Việc phân tích di truyền giúp hiều rõ hơn về nguồn gốc căn bệnh, các yếu tố nguy
cơ dẫn đến sự phát sinh và lan truyền của dịch bệnh (Nguyễn Ngọc Hải, 2007). Qua
đó, quan sát sự biến đổi và phân loại các chủng virus PRRS và giúp đánh giá được
hiệu quả sử dụng vaccine và công tác phòng chống bệnh. Vì vậy, chúng tôi tiến hành
nghiên cứu đề tài “Phân tích trình tự mã hóa protein nsp2 của vi rút PRRS genotype
Bắc Mỹ xác định được tại TP. HCM”
1.2. Mục tiêu và yêu cầu
1.2.1. Mục tiêu
Xác định sự hiện diện, phân bố chủng, và sự biến đổi và tương quan di truyền của

vi rút PRRS tại TP.HCM so với các chủng PRRSV tại các chủng phía Bắc phân lập
năm 2010 dựa trên phân tích trình tự nucleotide trên vùng mã hóa protein Nsp2.
1.2.2. Yêu cầu
• Thu nhận mẫu bệnh phẩm.
• Nắm vững các nguyên lý, quy tắc ly trích RNA, phản ứng RT-PCR, nested RT-PCR
• Nắm vững các phần mền phân tích trình tự, xây dựng cây sinh dòng. Đưa ra ý kiến
nhận xét về các số liệu trên.
1.3. Nội dung nghiên cứu
• Khuếch đại vùng trình tự mã hóa nsp2 bằng phương pháp RT-PCR.
• Xây dựng qui trình xác định đồng nhiễm hai chủng Bắc Mỹ cổ điển và Trung Quốc
độc lực cao.
• Phân tích trình tự mã hóa nsp2.

2


Chương 2 TỔNG QUAN TÀI LIỆU
2.1. Hội chứng rối loạn sinh sản và hô hấp ở heo
Hội chứng rối loạn hô hấp và sinh sản ở lợn (Porcine Reproductive and
Respiratory Syndrome - PRRS) là một bệnh do vi rút gây ra, bệnh gây thiệt hại lớn về
kinh tế và được phát hiện tại Mỹ vào năm 1987, sau đó lan truyền ra ở các nước:
Canada, Anh, Pháp, Bỉ, Hà Lan, Nhật Bản... gây nhiều thiệt hại cho các nền chăn nuôi
lợn công nghiệp. Các triệu chứng thường gặp của lợn mắc bệnh bao gồm rối loạn sinh
sản, gây chết đối với lợn con và các biểu hiện rối loạn hô hấp đối với lợn ở mọi lứa
tuổi. PPRS được xếp vào nhóm B trong danh mục các bệnh của Tổ chức sức khỏe
động vật thế giới. Cho đến nay, lợn là động vật duy nhất mắc hội chứng này (Theo
Nguyễn Bá Tiếp, GV đại học nông nghiệp Hà Nội) (Nguồn: http://tusach.
thuvienkhoahoc.com). Ở Việt Nam, bệnh được phát hiện vào năm 1997 trên đàn lợn

nhập từ Mỹ (10/51 con có huyết thanh dương tính). Đến năm 2007, hội chứng rối loạn

sinh sản hô hấp chính thức xuất hiện tại 19 tỉnh trên cả nước khiến số lợn chết và tiêu
huỷ hơn 20.000 con. Năm 2008, dịch tai xanh thực sự là “cơn bão dữ” đối
với Việt Nam vì mức độ lây lan nhanh và thiệt hại lớn. Số lợn bị bệnh hơn 260.000
con, số lợn bị tiêu huỷ trên 255.000 con. Tổng thiệt hại hơn 500 tỷ đồng (Theo Hoàng
Văn Năm, Quyền Cục trưởng Cục thú y thuộc bộ NN&PTNN) (Nguồn: thanhnien.net
10/5/2010).
2.1.1. Lịch sử bệnh
Năm 1987, bệnh được phát hiện lần đầu tiên ở Mỹ với tên gọi “bệnh thần bí trên
heo” (Mystery Swine Disease - MSD). Tháng 11 năm 1990, ổ dịch PRRS đầu tiên xảy
ra ở Đức và lan tràn nhanh chóng sang các quốc gia khác ở Châu Âu. Mùa đông năm
1990 - 1991, lần lượt các quốc gia Châu Âu như Hà Lan, Bỉ, Pháp và Tây Ban Nha đã
báo cáo về hội chứng này với nhiều tên gọi khác nhau: “Bệnh tai xanh” (Blue-eared
Pig Disease), “Hội chứng hô hấp và sảy thai trên heo” (Porcine Epidemic Abortion and
Respiratory Syndrome -PEARS), hay “Hội chứng hô hấp và vô sinh” (Swine Infertility
and Respiratory Disease - SIRD).

3


Năm 1991, lần đầu tiên Wenvoort và cộng sự đã phân lập được căn bệnh ở Viện
thú y trung ương Lelytad – Hà Lan đã phân lập được căn bệnh và đặt tên cho loại vi
rút này là “Lelystad”.
Năm 1992, Collins và cộng sự ở Mỹ cũng báo cáo về việc phân lập được vi rút
gây bệnh và sử dụng tên gọi VR-2332 để chỉ các chủng phân lập ở Bắc Mỹ. Cũng
trong năm 1992, hội nghị quốc tế và tổ chức dịch tễ thế giới (OIE) đã nhất trí đặt tên
cho bệnh này là “Hội chứng rối loạn sinh sản và hô hấp trên heo” (Porcine
reproductive and respiratory syndrome- PRRS).
Ở Việt Nam, bệnh được phát hiện năm 1997 trên đàn lợn nhập từ Mỹ (10/51 con
có huyết thanh dương tính). Các nghiên cứu về bệnh trên những trại giống lớn tại các
tỉnh phía Nam cho thấy tỷ lệ lợn có huyết thanh dương tính với bệnh rất khác nhau, từ

1,3% cho tới 68,29%. Ở các nước khác, tỷ lệ đàn trong vùng bệnh có huyết thanh
dương tính rất cao, như ở Anh là 6-75%, Mỹ là 36% (Phòng Dịch tễ - Cục Thú y)
Từ khi xuất hiện, bệnh này đã được gọi nhiều tên khác nhau như: bệnh bí ẩn trên
heo, hội chứng hô hấp và vô sinh (SIRS), hội chứng sẩy thai dịch vùng và hô hấp trên
heo (PEARS), bệnh heo tai xanh. Tuy nhiên, đến năm 1992, tại hội nghị quốc tế về
bệnh này ở St. Paul, Minnessota, Tổ chức dịch tễ thế giới (OIE) đã nhất trí sử dụng tên
chung của bệnh này là “hội chứng rối loạn sinh sản hô hấp ở heo” (Porcine
reproductive and respiratory syndrome – PRRS) ( Dal Young Kim., 2000)
2.1.2. Vi rút gây bệnh hội chứng rối loạn sinh sản và hô hấp trên heo
Hội chứng rối loạn sinh sản và hô hấp trên heo do vi rút PRRS gây ra. PRRSV
thuộc loài Nidovirales, họ Arteriviridae, gần giống với vi rút gây viêm khớp ở ngựa
(EAV : equine arteritis virus; den Boon và ctv., 1991), Lactic Dehydrogenase virus
của chuột (LDH; Plagemann & Moennig, 1992) và vi rút gây sốt xuất huyết trên khỉ
(SHF; Godeny và ctv 1993). Vi rút PRRS được phân lập và định loại vào năm 1991.
Vi rút PRRS có cấu trúc RNA sợi đơn có vỏ bọc, thuộc loại RNA vi rút, có kích thước
vào khoảng 50 -70 nm, chứa nucleocapsid cùng kích thước có cấu trúc đối xứng 20
mặt, đường kính 35 nm (Meulenberg và ctv., 1993), chịu được nhiệt độ thấp (tồn tại 4
tháng dưới nhiệt độ -700C).

4


Hình 2.1. Cấu trúc hạt của vi rút Porcine Reproductive and Respiratory
Syndrome và vị trí các protein cấu trúc.(bridge.
org/action/displayAbstract;jsessionid=2BE20E8ADE3E11074876AA184A4
E120C.tomcat1?fromPage=online&aid=7529228).
Vi rút có thể tồn tại trong tinh dịch của đực giống đến 93 ngày sau cảm nhiễm.
Môi trường không khí cũng phân tán vi rút một cách hiệu quả đặc biệt khi ẩm độ cao,
nhiệt độ thấp và tốc độ gió mạnh. Các trang thiết bị, dụng cụ chăn nuôi, các phương
tiện vận chuyển… cũng là nguồn phân tán vi rút. Ngoài ra, các loài côn trùng như

muỗi (Aedes vexans) và ruồi (Musca domestica); vịt trời cũng có thể là trung gian
truyền bệnh ( />Một đặc trưng của Arteriviruses là cơ chế và vị trí của sao bản sơ cấp, chúng
sinh sản trong bào chất quanh nhân của các tế bào chủ. Những virion mới được giải
phóng bởi exocytosis từ bề mặt của tế bào. Tế bào đích sơ cấp của vi rút là đại thực
bào túi phôi của lợn. Vi rút rất thích hợp với đại thực bào đặc biệt là đại thực bào hoạt
động ở vùng phổi. Bình thường, đại thực bào sẽ tiêu diệt tất cả vi khuẩn, vi rút xâm
nhập vào cơ thể, riêng đối với vi rút PRRS, vi rút có thể nhân lên trong đại thực bào,
sau đó phá huỷ và giết chết đại thực bào (tới 40%). Do vậy, khi đã xuất hiện trong đàn,
chúng thường có xu hướng duy trì sự tồn tại và hoạt động âm thầm. Đại thực bào bị
giết sẽ làm giảm chức năng của hệ thống bảo vệ cơ thể và làm tăng nguy cơ bị nhiễm
các bệnh kế phát. Điều này có thể thấy rõ ở những đàn vỗ béo hoặc chuẩn bị giết thịt
có sự tăng đột biến về tỷ lệ viêm phổi ( />viewtopic.php).
5


2.1.3. Các chủng vi rút và sự phân bố
PRRSV đã được xác lập với 2 kiểu gen chính là kiểu gen có nguồn gốc từ Châu
Âu hay là PRRS type 1 và kiểu gen có nguồn gốc từ Bắc Mỹ hay PRRS type 2
(Meulenberg JJ và ctv 1993; Nelson EA và ctv 1993). Việc so sánh chuỗi gen đã cho
thấy sự khác biệt di truyền quan trọng giữa 2 nhóm này. Giữa hai nhóm có sự tương
đồng 67% về giá trị nucleotide. Ở Bắc Mỹ chỉ tìm thấy kiểu gen NA, mặc dù cũng có
một báo cáo đã cô lập được kiểu gen EU (Ropp và ctv 2004). Ở Châu Âu thì kiểu gen
EU trội hơn và cho đến nay vẫn chưa có chủng nào thuộc kiểu gen NA được xác lập ở
phía Tây Châu Âu (Oleksiewicz và cs, 1998). Ở Châu Á và Nam Mỹ cả hai kiểu gen
trên đã được xác lập. Tuy nhiên bên trong mỗi kiểu gen lại có sự khác nhau giữa các
chủng.
Sự khác nhau giữa các chủng được thể hiện trong hình 2.2.

Hình 2.2 Cây phân bố giống, loài của một số chủng Porcine Reproductive and
respiratory Syndrome Virus dòng Châu Âu và Châu Mỹ.(Nguồn: />

Hình 2.2 mô tả giống, loài của vi rút PRRS. Trong đó có hai kiểu gen Bắc Mỹ và
kiểu gen ở Châu Âu . Sự khác nhau giữa các chủng phụ thuộc vào sự khác nhau trong
chuỗi hợp chất hữu cơ của protein trong từng chủng vi rút. Những nhánh chỉa ra là
vùng phân bố của chủng đó đã được phân lập trong vùng hoặc từ những vùng xa hơn.
Về mặt độc lực, người ta tìm thấy PRRS tồn tại dưới hai dạng:

6


• Dạng cổ điển: có độc lực thấp, ở dạng này khi lợn mắt bệnh thì có tỉ lệ chết
thấp, chỉ 1 - 5% trong đàn.
• Dạng biến thể độc lực cao: gây nhiễm và chết nhiều lợn.
2.1.4. Cấu trúc bộ gen của vi rút PRRS
Chuỗi hệ gen đầy đủ của vi rút PRRS được xác lập vào năm 1993, nó có kích
thước khoảng 15,1 đến 15,5 kb và chứa ít nhất khoảng 9 khung đọc mở (ORFs) để mã
hóa 20 protein đã định sẵn. Hệ gen cũng chứa 2 vùng không dịch mã (UTR) ở hai đầu
5’ và 3’tại vị trí 59 và 39 (Meulenberg JJ, và ctv 1993). ORF 1a và 1b là định vị xuôi
dòng của 59-UTR, nó chiếm giữ khoảng 75 % hệ gen. ORF1a được dịch trực tiếp
trong khi ORF1b được dịch bởi một khung dịch chuyển ribosome, độ lún xuống của
chuổi protein ORF1ab lớn là do sự thủy phân protein thành các sản phẩm liên quan
đến sự sao chép vi rút và bộ phận bản sao (Allende, và ctv 1999; Nelsen CJ và ctv
1999). ORF1a và ORF1b mã hóa các protein replicase, các protein tự phân tách ra làm
ít nhất 13 protein không cấu trúc liên quan đến việc nhân rộng và tái bản của vi rút
(den Boon và ctv 1995; Snijder và ctv1994; van Dintenvà ctv 1996).
ORFs 2-7 là định vị ngược dòng của 39- UTR, ORF5 mã hóa protein Nglycosylated, ORF6 mã hóa protein màng không glycosyl hóa M, ORF7 mã hóa
protein nuclecapsid N, ORF5 mã hóa glycoprotein màng chính GP5 (Meulenberg và
ctv 1995). Trong khi đó, GP2a, 2b, GP3 và GP4, dịch từ khung đọc mở 2a, 2b, 3 và 4,
tương ứng, được coi là protein cấu trúc có chức năng vẫn chưa rõ ràng, nhưng cần thiết
cho nhiễm trùng (Wissink EH và ctv 2005). Dựa trên các nghiên cứu về EVA , GP2b,
GP3, GP4 tạo thành một hợp chất tam phân liên kết các bề mặt của các virion.

Các protein có nguồn gốc từ khung đọc mở ORF2-7 được dịch từ đầu 3’ của bộ
subgenome mRNAs (sgmRNAs). Các sgmRNAs bao gồm một trình tự đầu bắt nguồn
từ đầu kết thúc 5’của bộ gen vi rút và hợp nhất thành một cơ thể theo cơ chế sao chép
không liên tục (Snijder EJ và ctv 1998).

7


Bảng 2.1 Sản phẩm dịch mã của các ORF
Tên các ORF

Sản phẩm dịch mã

ORF 1

RNA replicase ORF1a và ORF1b

ORF2
ORF2-7
ORF3
ORF4
ORF5
ORF6
ORF7

Glycoprotein màng không quan trọng
GP2a, GP2b
Nucleocapsid protein N, nucleolar
localization
Glycoprotein màng GP3

Glycoprotein màng GP4
Glycoprotein màng chính GP5
Protein liên kết màng - M
Nucleocapsid protein - N

Proteins không
cấu trúc

Protein cấu trúc

Hình 2.3 Cấu trúc gen của Porcine Reproductive and respiratory Syndrome. A. Tổ
chức bộ gen của PRRSV, gen nhân rộng, bao gồm các khung đọc mở ORF1a và ORF1b,
mã hóa một polyprotein được tách ra tạo thành sản phẩm protein nhỏ gọi là các protein
không cấu trúc (nsp1-n). theo sau ORF1 là các khung đọc mở ORF2-5 mã hóa
glycoprotein GP2- GP5, ORF6 mã hóa protein màng M, ORF7 mã hóa protein
nuclecapsid N. trong ORF2 chèn thêm một ORF giả định là mã hóa một protein caaus
trúc chưa rõ chúc nange. B.bộ SubgenomeRNA tổng hợp trong suốt quá trình nhân rộng
của PRRSV. Đầu 5’ của RNA được thể hiện bởi hộp mầu đen. ( nguồn:
/>
2.2. Protein không cấu trúc nsp2
8


ORF1a và ORF1b mã hóa các protein replicase, các protein tự phân tách ra làm ít
nhất 13 protein không cấu trúc liên quan đếm việc nhân rộng và tái bản của vi rút (Den
Boon và ctv 1995; Snijder và ctv 1994; van Dintenvà ctv 1996). Trong số các protein
không cấu trúc của PRRS, Nsp2 là sản phẩm lớn nhất của protein replicase, chứa một
miền chymotrypsin protease như cystein (Snijder và ctv 1995). Protein Nsp2 của
PRRS có cấu trúc tương tự như Nsp2 của EVA và có thể chia làm 3 vùng chính: vùng
bảo tồn với đầu N- terminal cystein proteinase (PL2), vùng kỵ nước C-terminus™

(TM) ; vùng không tương đồng và vùng thay đổi không biết rõ chức năng là vùng nằm
giữa hai vùng trên (Ziebuhr và ctv 2000). Chức năng của nsp2 của PRRS chưa được
làm sáng tỏ, mặt dù nsp2 của EVA đã được xem là sự lắp ráp các màng đôi cùng với
nsp3 (Snijder và ctv 2001) và được xem là đồng yếu tố cho các protein nsp4.
Theo Pedersen và ctv (1999), nsp2 và nsp3 liên quan đến sự cảm ứng hình thành
những túi màng kép (Double-membrane vesicle). Hơn nữa, theo Oleksiewicz và ctv
(2001) nsp2 và nsp3 mang tính kháng nguyên cao. Gene nsp2 cho thấy sự đa dạng di
truyền cao nhất trong bộ gen virus, cũng như tính đa hình về kích thuớc đáng kể, gồm
sự xen vào 108 base và sự mất 3-333 base (Fang và ctv 2004). Điển hình, theo Tian và
ctv (2007) những chủng PRRS Trung Quốc mang mầm bệnh cao, có sự mất không liên
tục 90 base được báo cáo như là một chỉ thị phân tử (Marker) di truyền dịch tễ.
Trong nghiên cứu về nsp2 của Dalyoungkim (2007), thì nsp2 sở hữu hai đặc điểm
quan trọng làm cho nó có mục tiêu tiềm năng cho việc xây dựng marker vi rút: thứ
nhất miễn dịch cao sở hữu 8 epitop của tế bào B; thứ hai nó có thể chèn được một gen
bên ngoài vào và việc xóa bỏ trong nsp2
Nsp2 của PRRS sở hữu các protein chức năng, được đánh giá là có tính không
đồng nhất cao và biến đổi. Trình tự mã hóa Nsp2 cũng là vật liệu di truyền chính khác
nhau giữa hai genotype Châu Âu và Bắc Mỹ, giống nhau khoảng 40% trình tự amino
acid (Allende và ctv 1999; Nelsen và ctv 1999). Hơn nữa nsp2 là vùng chính cho sự
khác nhau về chiều dài giữa hai type 1 và type 2 (Jun Han và ctv 2007). Nsp2 chia làm
3 vùng chính:

9


Hình 2.4 Biểu đồ giả định của Porcine Reproductive and respiratory Syndrome
Virus nsp2 protein Vùng nsp1 đến nsp5 của PRRSV và EVA trên lược đồ. Vị trí giao
nhau giữa hai vùng được đánh dấu hình tam giác và vị trí được chú thích. Vùng hoạt động
của các enzyme hộp màu đen, vùng không hoạt động PCP-1 trên EVA họp màu xóm. Vùng
TM(aa 876 to 898, 911 to 930, 963 to 979, and 989 to 1009). Hai vùng

hypervariable(HV). ( PMC2045381)

• Vùng PL2
Vùng PL2 của PRRS được dự đoán khoảng 100 aa, là vùng hoạt động trên chất
nền giữa vùng giao nhau nsp2 - nsp3 và hai vị trí phân cắt đã được đề xuất 981GG và
1196G/G/G (Allende và ctv 1999; Ziebuhr và ctv 2000).
Vùng PL2 được dự đoán có tính bảo tồn cao (Han và ctv 2006;. Bosch và ctv
2004; Ziebuhr và ctv 2000). Để kiểm tra tính quan trọng của miền PL2, Jun Han và
cộng sự (2007) đã thiết kế và tạo dòng một đột biến xóa trên vùng PL2 của nsp2 (Y47S180). Việc xóa đi vùng lõi PL2 trên nsp2 thì gây tử vong cho vi rút. Được làm sáng
tỏ là không xác định được nội và ngoài bào các bản sao của vi rút bằng phương pháp
RT-PCR hoặc kiểm tra miễn dịch sau 5-6 ngày nhiễm (Jun Han và ctv 2007). Đối với
PRRS Nsp2 pL2, trình tự đầu cuối khoảng 45 aa và biến đổi cao, trừ 7 aa ở đầu N có
tính bảo tồn cao và cần thiết cho sự nhận diện của PCP1 (Jun Han và ctv 2007).
Ngoài ra để xác định vai trò của vùng thượng lưu và hạ lưu của vùng PL2, Jun
Han và cộng sự (2007) cũng đã thiết kế một trong hai đột biến xóa vùng trên A13V35[V7 - nsp2Δ13 - 35] hoặc vùng sau S181- L323[V7 - nsp2 Δ181 - 323] được tạo
dòng và gây nhiễm trên môi trường nuôi cấy tế bào MACR-144. Kết quả sự phiên mã
RNA của V7 - nsp2Δ13 - 35 hữu hiệu còn nsp2 Δ181 - 323 chết. Để loại trừ việc xóa
aa 181 - 323 có thể ảnh hưởng đến hoạt động của PL2, việc xóa có quan hệ chặt chẽ
với vùng enzyme khác (S241- L323) [V7 - nsp2 Δ241 - 323] được thực hiện. Kết quả

10


của việc xóa này vi rút chết. Để phủ nhận rằng việc xóa trình tự có ảnh hưởng đến việc
xử lý nsp1, các RNA đột biến được dịch mã in vi tro.
Kết quả cho thấy rằng, nsp1 dịch trực tiếp nsp1α và nsp1β. Dữ liệu cho thấy miền
PL2 và vùng hạ lưu (Downstream flanking sequence) cần thiết cho việc nhân rộng của
vi rút, khu vực thượng nguồn tiêu hao cần thiết cho sự tăng trưởng của vi rút (Jun Han
và ctv 2007)
• Vùng hypervariable (HV)

Khu vực ở giữa nsp2 khoảng 150- 850 aa, nằm giữa vùng PL2 và vùng TM, khác
nhau rất cao giữa các giống và đặc biệt là giữa các kiểu gen PRRS (Allende và ctv.,
1999; Nelsen và ctv 1999). Nhiều báo cáo về việc xóa, đột biến và chèn một đoạn mới
vào khu vực này (Fang và ctv 2004; Gao, Z. Q., X. Guo, and H. C. Yang. 2004 ; Ropp
và ctv 2004). Trong báo cáo của Jun Han và cộng sự (2007) đã chứng minh rằng vùng
này không cần thiết cho việc nhân rộng.
• Vùng TM và đuôi C
Vùng carboxyl của nsp2 thì bảo tồn cao trên các chủng PRRS và được dự đoán
chứa khoảng 3 hoặc 4 vùng hydrophotic TM (aa 876-898, 911-930,963-979,989-1009)
(Han và ctv 2007). Đặc điểm này giống với EVA, vùng TM tương tự trên đầu C
(Snijder và ctv 1995; Ziebuhr và ctv 2000). Thay vì PL2 của EVA hơn 1 G/G
dipeptide (Snijder và ctv 2001). Vì vậy đầu cacboxyl của nsp2 PRRS có hai vị trí giao
cắt 981 G/G và 1196G/G/G (Allende và ctv 1999). Vì vậy vùng kỵ nước C chịu trách
nhiệm cho các mô đích của protein không cấu trúc trên màng tế bào để hoàn thành
việc nhân rộng của vi rút, giống như EVA (Van der Meer và ctv 1998). Việc xóa hoàn
toàn vùng W876- Q1009[v7-nsp2 Δ876-1009] của vùng TM đã được thực hiện để xác
định vùng kỵ nước cần thiết cho việc nhân rộng. Các kết quả đã chỉ ra rằng việc xóa
gây chết cho vi rút. Ngoài ra, vị trí giao nhau 981G/G giữa 3 và 4 vùng xoắn ốc TM, 1
vùng trên TM ngắn (A880-A937)[v7-nsp2 Δ880-937] sau đó được xác định để duy trì
vị trí giao cắt. Tuy nhiên việc xóa này cũng không hình thành được vi rút. Tương tự
như vậy, đột biến xóa S1070-A1162[v7-nsp2 Δ1070-1162] giữa vị trí giao cắt 981G/G
và 1196G/G/G cũng không cho phép cứu được vi rút. Vì vậy vùng TM và đầu kỵ nước
C quan trọng cho chức năng của nsp2

11


Hình 2.5 Xây dựng các chủng VR-2332 nsp2 đột biến. Đột biến đã được hoàn thành
để đạt được sản phẩm với xóa trong khung của nsp2 do độ trùng khớp PCR. Các axit
amin đã xóa được hiển thị là đường nét đứt và các vị trí liên quan được chỉ định theo tên

của từng đột biến. Với mục đích của biểu hiện gen bên ngoài, gen GFP được chèn vào vị
trí nơi mà các aa vùng 324 - 434 của nsp2 đã bị xóa để tạo ra đột biến V7 - nsp2 – 324 434 - GFP. Các miền enzyme giả định và vùng TM cũng như các vị trí giao nhau được
hiển thị. Tính khả thi cho mỗi đột biến xây dựng được hiển thị bên phải: +, khả thi; -,
không khả thi. ( />
2.3. Sự khác biệt về trình tự giữa hai chủng PRRSV Châu Âu và PRRSV
Bắc Mỹ
Nelsen và ctv đã tìm thấy sự khác nhau quan trọng giữa dòng Châu Mỹ (VR2332) và dòng Châu Âu (Lelystad) trên trình tự đầu 5’ và một phần ORF1a. Đánh dấu
sự khác biệt cũng đã được tìm thấy giữa các chủng vi rút Châu Âu và vi rút Châu Mỹ
cô lập nằm trên một số các gen cấu trúc (Kapur và ctv 1996; Murtaugh và ctv 1995) .
Gen ORF7 bảo tồn cao trên chủng Bắc Mỹ, 95 - 100% trình tự amino acid tương đồng.
nhưng khi so sánh giữa chủng Bắc Mỹ và chủng Lelystad chỉ có 57 - 59% trình tự
amino acid tương đồng (Meng và ctv 1995; Murtaugh và ctv 1995). ORF6 là gen bảo
tồn nhất trên chủng Bắc Mỹ với 100% trình tự amino acid tương đồng, và là gen bảo
tồn nhất giữa dòng Châu Âu và Bắc Mỹ với sự tương đồng 71 - 80% (Andreyev và ctv
12


1997; Murtaugh và ctv 1995). Sự khác biệt về amino acid trên ORF5 từ 88 - 97% trên
Bắc Mỹ và 51 - 59% khi so sánh với Lelystad (Andreyev và ctv 1997). Sự so sánh vi
rút Lelystad với VR-2332, chủng Bắc Mỹ, nhận được 63, 58 và 68% sự tương đồng tại
các gen tương ứng ORFs 2, 3 và 4 (Murtaugh và ctv 1995). Nó trùng với kết quả báo
cáo so sánh vi rút Lelystad với vi rút US VR - 2385 (Morozov và ctv 1995). Các khác
biệt lớn nhất được quan sát trong Nsp2. Protein Nsp2 của chủng US dài hơn 102
amino acid so với chủng LV, giống nhau 32% amino acid.
2.4. PRRSV chủng độc lực cao tại Trung Quốc
Từ khi bệnh hội chứng rối loạn sinh sản và hô hấp ở lợn được phát hiện đầu tiên
năm 1987 cho đến nay bệnh đã bùng phát khắp nơi trên thế giới. Trong những năm
gần đây, đã có những báo cáo về bệnh nặng của hội chứng PRRS (HP-PRRS) từ một
số các nước Châu Á, được xem như là một bệnh mới. Theo báo cáo của OIE Trung
Quốc (2009), ngày nay bệnh HP-PRRS được xem là phổ biến trên lợn.

Năm 2006, bệnh HP- PRRS hay được biết đến với tên “bệnh lợn sốt cao”, được
báo cáo đầu tiên tại Trung Quốc và từ đó lan truyền nhanh chóng. Sau đó, được báo
cáo tại Việt Nam, Lào, Campuchia, Philippin, Nga. Dấu hiệu lâm sàng của HP-PRRS
tương tự như bệnh sốt cao cổ điển ở lợn (CSF), nó lây lan rất nhanh và gây thiệt hai
kinh tế đáng kể và có thể gây tử vong 100% lợn bệnh.
Các nhà khoa học Trung Quốc đã tiến hành nghiên cứu và phân lập vi rút PRRS
từ năm 1996. Cho đến năm 2001, trình tự bộ gen của PRRS đầu tiên được phân tích
trọn vẹn bởi Yang và cộng sự. Sau đó có nhiều công trình nghiên cứu về sự phân dòng
cũng như sự đa dạng về địa lý của các genotype PRRS trên khắp Trung Quốc, tiêu
biểu có các nghiên cứu của An và ctv 2007; Tian và ctv 2007; Chen và ctv 2006; Gao
và ctv 2004. Kết quả của các nghiên cứu này đã cung cấp những thông tin quan trọng
về quan hệ di truyền của PRRSV Trung Quốc với các chủng vi rút khác trên thế giới
và thiết lập những giả thiết ban đầu cho sự tiến hóa của PRRSV tạo ra các chủng vi rút
độc lực cao như hiện nay (dẫn liệu Đặng Thùy Dương, 2009).
Hai chủng PRRS Trung Quốc HB-1 và HB-2 đã được Gao và cộng sự (2004)
bước đầu mô tả về đặc điểm bộ gen và so sánh với bộ gen của chủng PRRS Bắc Mỹ và
chủng PRRS Châu Âu. Kết quả hai có sự tương đồng cao (89,4 – 89,6%) giữa hai
chủng HB-1 và HB-2 so với chủng VR - 2332 (chủng Bắc Mỹ), so với chủng Châu Âu

13


độ tương đồng chỉ 54,3 – 54,7%. Điều này đã chứng tỏ được rằng hai chủng HB-1 và
HB-2 nằm trong nhóm genotype Bắc Mỹ.
Đến năm 2006, Chen và cộng sự nghiên cứu trên protein GP5 do ORF5 mã hóa
của 13 chủng PRRS phân lập ở Trung Quốc chỉ có một chủng tương đồng với chủng
PRRS Châu Âu, 12 chủng còn lại tương đồng với chủng Bắc Mỹ. Điều này làm sáng
tỏ thêm cho kết quả của Gao và cộng sự (2004).
Trong nghiên cứu của Gao và cộng sự năm 2004, trong lúc so sánh hai chủng
HB-1 và HB-2 với chủng Bắc Mỹ, ông đã phát hiện có một đột biến mất đoạn 12 aa ở

Nsp2 thuộc dòng HB-2 và đã khẳng định đây là một chủng PRRS mới. Năm 2007,
Tian và cộng sự nghiên cứu cho biết nguyên nhân gây bệnh tại các ổ dịch của Trung
Quốc năm 2006 vẫn là virus PRRS nhưng độc lực cao hơn nhiều. Sau khi phân tích di
truyền các chủng PRRS phân lập, cho thấy rằng các chủng vi rút này bị mất 30 amino
acid trong nsp2.
Kết quả tìm hiểu sự đột biến liên quan đến việc tạo nên dòng vi rút độc lực cao
của các tác giả cho thấy chủng gây bệnh tương đồng cao với các chủng thuộc genotype
Bắc Mỹ ở vùng ORF5, nhưng đặc biệt có sự xuất hiện hai đột biến trên nsp2 (vùng
ORF1). Đột biến thứ nhất là đột biến mất leucine ở aa 482 và đột biến thứ hai là mất
đoạn liên tục 29 aa từ 534 – aa 562. Những đột biến này chỉ xuất hiện trên những dòng
gây tỷ lệ chết cao và chỉ xuất hiện sau đợt dịch 2006. Từ các kết quả này, Tian và cộng
sự (2007) đã xây dựng nên những giả thiết ban đầu về sự tiến hóa của các chủng
PRRSV độc lực cao ở Trung Quốc từ các chủng thuộc genotype Bắc Mỹ với vùng tiến
hóa tiềm năng nằm trên nsp2 của vùng ORF1. Các tác giả cũng gợi ý một số nguyên
nhân tiến hóa là do các chủng virus thuộc genotype Bắc Mỹ lưu hành tại Trung Quốc
chịu ảnh hưởng về mặt địa lý hay môi trường như nhiệt độ, ẩm độ cao vào mùa hè hay
sự nhiễm các vi khuẩn thứ phát cũng góp phần lên sự hình thành chủng virus độc lực.
Năm 2010, Chengmin Wang và cộng sự đã tiến hành phân tích đặc tính phân tử
và cây di truyền 7 virus PRRS biến thể cô lập tại Trung Quốc. Kết quả phân tích 5 gen
(GP2, GP3, GP4, GP5 và nsp2) của 7 PRRS cô lập từ Trung Quốc, được giải trình tự
và phân tích cây di truyền các base trên trình tự Nucleotide của ORF2-5 và nsp2 cho
thấy rằng 7 cô lập này thuộc cùng phân nhóm di truyền và có quan hệ với kiểu gen
PRRS Bắc Mỹ. Chủng Trung Quốc tương đồng với Bắc Mỹ 80,8 - 92,9%. Tất cả
protein không cấu trúc nsp2 của 7 chủng này có sự biến thể (xóa 29 amino acid) so
14