Nghiên cứu đa dạng di truyền của sò lông anadara antiquata phân bố tại vùng ven biển miền trung (tt)

I H C HU

TRƢ NG ẠI HỌC SƢ PHẠM
---- ----

BÁO CÁO TỔNG KẾT
Ề TÀI KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ CẤP TRƢ NG
NĂM 2018

Tên đề tài: NGHIÊN CỨU A DẠNG DI TRUYỀN CỦA SÒ LÔNG
Anadara antiquata
PHÂN BỐ
TẠI VÙNG
VEN BIỂN MIỀN TRUNG
Demo Version
- Select.Pdf
SDK

Mã số: T.18 – TN – 23
Chủ nhiệm đề tài: Trần Thị Kim Anh
Thời gian thực hiện: 12 tháng

Thừa Thiên Huế, 11/2018


I H C HU
TRƢ NG ẠI HỌC SƢ PHẠM
---- ----

BÁO CÁO TỔNG KẾT
Ề TÀI KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ CẤP TRƢ NG

NĂM 2018

Tên đề tài: NGHIÊN CỨU A DẠNG DI TRUYỀN CỦA SÒ LÔNG
Anadara antiquata PHÂN BỐ TẠI VÙNG VEN BIỂN MIỀN TRUNG
Demo Version - Select.Pdf SDK

Mã số: T.18 – TN – 23
Chủ nhiệm đề tài: Trần Thị Kim Anh
Cố vấn khoa học: TS. Trần Văn Giang

PHỐI HỢP NGHIÊN CỨU:

Thừa Thiên Huế, 11/2018


MỤC LỤC
PHẦN 1. MỞ ẦU ........................................................................................................2
1. Lí do chọn đề tài .......................................................................................................3
2. Mục tiêu đề tài ..........................................................................................................3
3. Tổng quan về sò lông Anadara antiquata ................................................................ 4
3.1. Danh pháp và phân loại .....................................................................................4
3.1.1. Danh pháp....................................................................................................4
3.1.2. Phân loại ......................................................................................................4
3.2. ặc điểm hình thái ............................................................................................. 4
4. Phân bố .....................................................................................................................5
5. Sinh trưởng ...............................................................................................................5
6. ặc điểm dinh dưỡng ............................................................................................... 5
7. Vai trò.......................................................................................................................5
8. Tình hình khai thác sò lông ở Việt Nam ..................................................................6
9. Các nghiên cứu về sò lông .......................................................................................6

9.1. Trên thế giới .......................................................................................................6

Version - Select.Pdf SDK
9.2. Ở ViệtDemo
Nam ......................................................................................................
11
10. Ứng dụng chỉ thị phân tử trong nghiên cứu đa dạng di truyền ............................ 13
10.1. Kỹ thuật đa hình các đoạn khuếch đại ngẫu nhiên (RAPD) ..........................13
10.2. Một số kỹ thuật khác......................................................................................15
10.2.1. Kỹ thuật đa hình chiều dài các đoạn giới hạn (RFLP) ............................ 15
10.2.2. Kỹ thuật đa hình độ dài các đoạn khuếch đại (AFLP) ............................ 16
10.2.3. Vi vệ tinh .................................................................................................17
PHẦN 2. NỘI DUNG ..................................................................................................19
Chƣơng 1. ỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ............................ 19
1. ối tượng, nguyên vật liệu và thiết bị nghiên cứu .................................................19
1.1. ối tượng nghiên cứu ......................................................................................19
1.2. Nguyên vật liệu nghiên cứu .............................................................................19
1.3. Hóa chất và thiết bị sử dụng trong nghiên cứu ................................................21
2. Thời gian và địa điểm nghiên cứu ..........................................................................21
2.1. ịa điểm nghiên cứu ........................................................................................21

iii


2.2. Thời gian nghiên cứu .......................................................................................22
3. Phương pháp nghiên cứu........................................................................................22
3.1. Phương pháp nghiên cứu đặc điểm hình thái ..................................................22
3.2. Tách chiết DNA tổng số ..................................................................................22
3.3. Phương pháp PCR-RAPD ...............................................................................23
3.4. Phương pháp điện di gel agarose .....................................................................24

3.5. Phương pháp tinh sạch sản phẩm PCR ........................................................25
3.6. Phương pháp xử lý số liệu ...............................................................................25
3.7. Xây dựng giản đồ phả hệ .................................................................................25
Chƣơng 2. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN.......................................26
2.1. Một số đặc điểm hình thái sò lông A. antiquata .................................................26
2.1.1. Kích thước vỏ ............................................................................................... 26
2.1.2. Thể tích vỏ và thể tích khoang vỏ ....................................................................28
2.2. Kết quả tách chiết DNA tổng số ......................................................................29
2.3. Kết quả thực hiện RAPD-PCR ........................................................................30
2.3.1. Kết quả RAPD với primer OPD11 ............................................................... 31

Demo
Version
- Select.Pdf
SDK
2.3.2. Kết quả
RAPD
với primer
OPN06 ...............................................................
32
2.3.3. Kết quả RAPD với primer OPG17 ............................................................... 33
2.3.4. Kết quả RAPD với primer OPA03 ............................................................... 34
2.3.5. Kết quả RAPD với primer OPB01 ............................................................... 35
2.3.6. Kết quả RAPD với primer OPA04 ............................................................... 36
2.3.7. Kết quả RAPD với primer OPF04 ................................................................ 36
2.3.8. Kết quả RAPD với primer OPB11 ............................................................... 37
2.4. Phân tích mối quan hệ di truyền của sò lông A. antiquata .................................38
2.4.1. Mối quan hệ di truyền của các cá thể sò lông A. antiquata ..........................38
2.4.2. Mối quan hệ di truyền của các quần thể sò lông A. antiquata ......................40
PHẦN 3. KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ ....................................................................42

TÀI LIỆU THAM KHẢO........................................................................................... 43
PHỤ LỤC

iv


DANH MỤC CÁC BẢNG
Bảng 1. Hàm lượng trung bình của Pb và Cu ở sò lông ven biển à Nẵng ..................11
Bảng 2. Các mẫu sò lông A. antiquata sử dụng trong nghiên cứu ................................ 19
Bảng 3. Trình tự của các primer ngẫu nhiên sử dụng trong nghiên cứu .......................20
Bảng 4. Các hóa chất chính được sử dụng trong nghiên cứu ........................................21
Bảng 5. Những thiết bị được sử dụng trong nghiên cứu ...............................................21
Bảng 2.1. Kích thước vỏ sò lông A. antiquata (mm) ....................................................27
Bảng 2.2. Thể tích vỏ và thể tích khoang vỏ của sò lông A. antiquata (ml) .................29
Bảng 2.3. Các mẫu DNA sò lông được sử dụng trong nghiên cứu đa dạng di truyền ..31
Bảng 2.4. Khoảng cách di truyền (dưới đường chéo) và hệ số tương đồng di truyền
(trên đường chéo) giữa bốn quần thể sò lông A. antiquata ...........................................40

Demo Version - Select.Pdf SDK

v


DANH MỤC CÁC HÌNH

Hình 1. Hình thái vỏ sò lông A. antiquata. A. Mặt ngoài; B. Mặt trong.........................4
Hình 2. Các địa điểm thu mẫu sò lông A. antiquata .....................................................20
Hình 2.2. Hình ảnh điện di PCR-RAPD với mồi OPD11 .............................................31
Hình 2.3. Hình ảnh điện di PCR-RAPD với mồi OPN06 .............................................32
Hình 3.4. Hình ảnh điện di PCR-RAPD với mồi OPG17 .............................................33

Hình 2.5. Hình ảnh điện di PCR-RAPD với mồi OPA03 .............................................34
Hình 2.6. Hình ảnh điện di PCR-RAPD với mồi OPB01 .............................................35
Hình 2.7. Hình ảnh điện di PCR-RAPD với mồi OPA04. ............................................36
Hình 2.8. Hình ảnh điện di PCR-RAPD với mồi OPF04. .............................................37
Hình 2.9. Hình ảnh điện di PCR-RAPD với mồi OPB11. ............................................38
Hình 2.10. Giản đồ phả hệ DNA của các cá thể sò lông A. antiquata nghiên cứu .......39
Hình 2.11. Giản đồ phả hệ thu được bằng phương pháp UPGMA dựa trên khoảng cách
di truyền của Nei (1972) của bốn quần thể sò lông A. antiquata ..................................41

Demo Version - Select.Pdf SDK

vi


DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT
AFLP

Amplified fragment length polymorphism
( a hình độ dài các đoạn khuếch đại)

Bp

Base pair (cặp base nitơ)

Cs

cộng sự

DNA

Deoxyribonucleic acid

EDTA

Ethylenediamine tetraacetic acid

NTSYSpc

Numerical Taxonomy System for personal computer

PCI

Phenol: Chloroform: Isoamylalcohol

PCR

Polymerase chain reaction (Phản ứng chuỗi trùng hợp)

PPB

Percentage of polymorphic band (Tỷ lệ các băng đa hình)

PBS

Phosphate buffered saline

RAPD

Random amplified polymorphic DNA
( a hình các đoạn khuếch đại ngẫu nhiên)

RFLP

Restriction fragment length polymorphism
( a hình độ dài các đoạn cắt hạn chế)

SDS

Demo Version
Select.Pdf SDK
Sodium-dodecylsulfate

SSR

Simple sequence repeat (Sự lặp lại các trình tự đơn giản)

TAE

Tris base: Acetic acid: EDTA

vii


TRƢ NG ẠI HỌC SƢ PHẠM
KHOA SINH HỌC

THÔNG TIN KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU CỦA Ề TÀI
1. Thông tin chung:
- Tên đề tài: NGHIÊN CỨU A D NG DI TRUYỀN CỦA SÒ LÔNG Anadara antiquata
PHÂN BỐ T I VÙNG VEN BIỂN MIỀN TRUNG

- Sinh viên thực hiện: Trần Thị Kim Anh
- Lớp: ộng vật học
Khoa: Sinh học
Năm thứ: 2
Số năm đào tạo: 2 năm
- Người hướng dẫn: TS. Trần Văn Giang
2. Mục tiêu đề tài: ánh giá sự đa dạng di truyền của sò lông A. antiquata ở một số tỉnh
thuộc miền Trung Việt Nam.
3. Tính mới và sáng tạo: Lần đầu tiên đánh giá sự đa dạng di truyền của sò lông Anadara
antiquata bằng chỉ thị phân tử RAPD được nghiên cứu ở Việt Nam
4. Kết quả nghiên cứu: Sau một thời gian tiến hành đề tài, đã thu được các kết quả sau:
- Một số đặc điểm hình thái của sò lông A. antiquata
- Tách chiết DNA tổng số
- Kết quả thực hiện RAPD-PCR
- Phân tích mối quan hệ di truyền của sò lông A. antiquata
5. óng góp về mặt kinh tế - xã hội, giáo dục và đào tạo, an ninh, quốc phòng và khả
Demo
Version
- Select.Pdf
năng áp dụng của
đề tài:
Lần đầu tiên
cung cấp cácSDK
dữ liệu và cơ sở khoa học về đặc điểm
hình thái và đa dạng di truyền của sò lông A. antiquata bằng chỉ thị RAPD ở Việt Nam.
6. Công bố khoa học của sinh viên từ kết quả nghiên cứu của đề tài (ghi rõ tên tạp chí
nếu có) hoặc nhận xét, đánh giá của cơ sở đã áp dụng các kết quả nghiên cứu (nếu có):
Bài báo “ Một số đặc điểm hình thái của sò lông Anadara antiquata (Linnaeus, 1758) ở
miền Trung Việt Nam” đã được Hội đồng Biên tập Tạp chí Khoa học và Giáo dục Trường
ại học Sư phạm chọn đăng trong số 04(48)/2018.

Ngày

tháng

năm

Sinh viên chịu trách nhiệm chính
thực hiện đề tài
(ký, họ và tên)
Nhận xét của ngƣời hƣớng dẫn về những đóng góp khoa học của sinh viên thực hiện đề
tài (phần này do người hướng dẫn ghi):
Ngày
tháng
năm
Xác nhận của đơn vị
(ký tên)

Ngƣời hƣớng dẫn
(ký, họ và tên)

1


TRƢ NG ẠI HỌC SƢ PHẠM
KHOA SINH HỌC
THÔNG TIN VỀ SINH VIÊN
CHỊU TRÁCH NHIỆM CHÍNH THỰC HIỆN Ề TÀI
I. SƠ LƢỢC VỀ SINH VIÊN:
Họ và tên: Trần Thị Kim Anh
Sinh ngày: 21 tháng 3 năm 1994

Nơi sinh: Quảng Trị
Lớp: ộng vật học
Khóa: 2016 - 2018
Khoa: Sinh học
ịa chỉ liên hệ: 13/85 Nguyễn Huệ - TP Huế
iện thoại: 0975670720
Email:
II. QUÁ TRÌNH HỌC TẬP:
* Năm thứ 1:
Ngành học: ộng vật học
Khoa: Sinh học
Kết quả xếp loại học tập: 8,93
* Năm thứ 2:
Ngành học: ộng vật học
Khoa: Sinh học
Kết quả xếp loại
học tập:
8,9
Demo
Version
- Select.Pdf SDK
Ngày
tháng
Xác nhận của đơn vị
(ký tên)

năm

Sinh viên chịu trách nhiệm chính
thực hiện đề tài

(ký, họ và tên)

2


PHẦN 1. MỞ ẦU
1. Lí do chọn đề tài
Thân mềm hai mảnh vỏ hay nhuyễn thể hai mảnh vỏ (danh pháp khoa
học: Bivalvia, trước đây gọi là Lamellibranchia hay Pelecypoda) là nhóm động vật
thủy sản có độ đa dạng sinh học phong phú. Lớp động vật không xương sống này
hiện diện ở hầu khắp các môi trường thủy sinh. Chúng phân bố ở khắp vùng biển,
đầm phá Việt Nam. So với các loại thịt động vật, thực phẩm từ động vật thân mềm có
thành phần các chất dinh dưỡng rất cao, lượng đạm cao, lượng mỡ thấp. Trong đó, sò
lông Anadara antiquata là loại thực phẩm có giá trị dinh dưỡng cao, thơm ngon được
mọi người ưa thích. Ngoài việc làm thực phẩm, thịt và vỏ sò lông còn được y học cổ
truyền dùng làm các bài thuốc. ông y gọi thịt sò lông là mao kham nhục, có vị ngọt,
mặn, tính ấm, không độc có tác dụng bổ huyết ôn trung, kiện vị, nhuận ngũ tạng, tiêu
khát, khai vị, trị lỵ kinh niên gây sốt lạnh, chữa thiếu máu, huyết hư, tiêu hóa kém,
đau dạ dày. Vỏ sò lông gọi là mao kham tử có thành phần chủ yếu là calcium
carbonate (trên 97%), đây là dược liệu có vị ngọt, mặn, tính hơi lạnh, có tác dụng tiêu
tích, hóa đàm, chữa vết máu tụ, tím bầm tê bại, đại tiện ra máu mủ, kiết lỵ, cam

Demo
Select.Pdf
SDKmở rộng các khu dân cư và sự
răng… Tuy nhiên,
ngàyVersion
nay cùng- với
sự đô thị hóa,
khai thác quá mức đã làm cho nguồn lợi sò lông ở các đầm phá, ven biển nước ta bị

giảm sút nghiêm trọng.
Việt Nam nằm trong vùng nhiệt đới gió mùa, có địa hình, kiểu đất, cảnh quan
đa dạng, tạo điều kiện thuận lợi cho sự phát triển của các loài sinh vật này. Ở nước ta,
sò lông tập trung chủ yếu ở vùng ven biển các tỉnh Quảng Ninh, Hải Phòng, Quảng
Nam,

à Nẵng, Bình Thuận [18]. Tuy nhiên, chưa có công bố nào về đặc điểm hình

thái cũng như đa dạng di truyền của sò lông A. antiquata ở nước ta nói chung và
vùng ven biển miền Trung nói riêng. Xuất phát từ những lý do đó, chúng tôi tiến
hành thực hiện đề tài: “Nghiên cứu đa dạng di truyền của sò lông Anadara
antiquata phân bố tại vùng ven biển miền Trung”.
2. Mục tiêu đề tài
ánh giá được sự đa dạng di truyền của sò lông A. antiquata ở một số tỉnh
thuộc miền Trung Việt Nam.

3


3. Tổng quan về sò lông Anadara antiquata
3.1. Danh pháp và phân loại
3.1.1. Danh pháp
Tên khoa học: Anadara antiquata.
Tên thường gọi: sò lông
3.1.2. Phân loại
Bộ: Arcoida
Họ: Arcidae
Giống: Anadara
Loài: sò lông Anadara antiquata
3.2. ặc điểm hình thái

Sò lông có vỏ dạng hình bầu dục. Cấu trúc của vỏ không bằng nhau, vỏ trái ít
nhiều lớn hơn vỏ phải, trên mặt có 3-35 gờ phóng xạ, trên gờ phóng xạ có nhiều hạt
(ụ nhỏ), những hạt này trên gờ phóng xạ rất rõ nét. Vỏ thường có 3 màu sắc khác
nhau nâu, kem và trắng. Da của vỏ màu nâu phát triển thành lông (nên mới gọi là sò
lông). Bản lề hẹp và hướng về phía sau.

Demo Version - Select.Pdf SDK

A

B
Hình 1. Hình thái vỏ sò lông A. antiquata. A. Mặt ngoài; B. Mặt trong

4