Nghiên cứu đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng, kiểu gen của pneumocystis jirovecii gây viêm phổi trên bệnh nhân HIV AIDS

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO

BỘ QUỐC PHÒNG

HỌC VIỆN QUÂN Y

NGUYỄN TUẤN ANH

NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM LÂM SÀNG,
CẬN LÂM SÀNG, KIỂU GEN CỦA
PNEUMOCYSTIS JIROVECII GÂY
VIÊM PHỔI TRÊN BỆNH NHÂN
HIV/AIDS

LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC

HÀ NỘI – 2020


BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO

BỘ QUỐC PHÒNG

HỌC VIỆN QUÂN Y

NGUYỄN TUẤN ANH

NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM LÂM SÀNG,
CẬN LÂM SÀNG, KIỂU GEN CỦA
PNEUMOCYSTIS JIROVECII GÂY
VIÊM PHỔI TRÊN BỆNH NHÂN

HIV/AIDS
Chuyên ngành : Nội khoa
Mã số
: 9720107
LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC
Người hướng dẫn khoa học:
1. GS.TS. Đỗ Quyết
2. PGS.TS. Thái Khắc Châu

HÀ NỘI - 2020


LỜI CAM ĐOAN
Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu của riêng tôi. Các số liệu,
kết quả trong luận án là trung thực và chưa từng được công bố trong bất kỳ
công trình nào khác.

Tác giả luận án

Nguyễn Tuấn Anh


LỜI CẢM ƠN
Tôi xin được bày tỏ lòng biết ơn và kính trọng sâu sắc đến
GS.TS. Đỗ Quyết, PGS.TS Thái Khắc Châu, hai người Thầy hướng dẫn đã
luôn tận tình hướng dẫn tôi trong việc lựa chọn đề tài, giúp đỡ và động viên
tôi trong suốt quá trình thực hiện và nghiêm khắc góp ý kiến, chỉnh
lý trong suốt quá trình hoàn thành luận án. Tôi xin được bày tỏ
lòng biết ơn và kính trọng sâu sắc đến PGS.TS. Nguyễn Huy
Lực, PGS.TS. Mai Xuân Khẩn, PGS.TS. Tạ Bá Thắng, những người

Thầy đã tận tình hướng dẫn, góp ý kiến và chỉnh sửa để luận án được hoàn
thành.
Tôi xin chân thành cảm ơn GS.TS. Nguyễn Văn Kính, TS. Phạm Ngọc
Thạch, PGS.TS. Nguyễn Vũ Trung, đã tạo mọi điều kiện, quan tâm và tận tình
giúp đỡ tôi trong quá trình thực hiện luận án.
Tôi xin cảm ơn Tiến sĩ Lê Văn Duyệt người đã tham giúp đỡ tôi hoàn
thành luận án.
Xin được trân trọng cảm ơn Ban Giám đốc, Phòng Đào tạo Sau đại
học, Bộ môn – Khoa Nội Hô hấp – Học viện Quân y, Ban Giám đốc Bệnh
viện Bệnh nhiệt đới Trung ương đã tạo nhiều điều kiện thuận lợi giúp tôi
hoàn thành nhiệm vụ và chương trình học tập.
Xin cảm ơn Khoa Chẩn đoán hình ảnh, Khoa vi rút Ký sinh trùng, Khoa
Sinh học phân tử, Khoa Xét nghiệm – Phòng kế hoạch tổng hợp Bệnh viện Bệnh
Nhiệt đới Trung ương đã giúp đỡ và tạo điều kiện thuận lợi cho tôi trong việc
tìm kiếm tài liệu, thu thập số liệu nghiên cứu và thực hiện các kỹ thuật xét
nghiệm phục vụ cho đề tài nghiên cứu.
Trong suốt quá trình nghiên cứu thực hiện luận án, tôi cũng nhận được
sự động viên, giúp đỡ và đóng góp ý kiến của các Thầy, Cô và các bạn đồng


nghiệp. Xin được bày tỏ sự cảm ơn chân thành với những tình cảm và sự giúp
đỡ tốt đẹp đó.
Nhân dịp này, tôi xin được bày tỏ lòng biết ơn, yêu thương và kính
trọng sâu sắc tới các bậc sinh thành đã nuôi dưỡng và dạy dỗ tôi trong suốt
những năm qua; Cảm ơn vợ và các con – luôn là nguồn động viên tinh thần
lớn lao giúp tôi hoàn thành nhiệm vụ học tập và nghiên cứu.
Và, cho phép tôi được coi luận án này như một món quà tinh thần tặng
những người thân yêu của gia đình, các thầy cô giáo, đồng nghiệp và bạn bè
vô cùng quý mến của tôi.

Nguyễn Tuấn Anh


MỤC LỤC
Trang
Trang phụ bìa
Lời cam đoan
Lời cảm ơn
Mục lục
Danh mục chữ viết tắt
Danh mục bảng
Danh mục biểu đồ
Danh mục hình
ĐẶT VẤN ĐỀ...................................................................................................1
CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN............................................................................3
1.1. Tổng quan về HIV..................................................................................3
1.2. Tình hình nhiễm HIV/AIDS trên thế giới và Việt Nam.........................4
1.2.1. Tình hình nhiễm HIV/AIDS trên thế giới.......................................4
1.2.2. Tình hình nhiễm HIV/AIDS tại Việt Nam......................................6
1.3. Các bệnh nhiễm trùng cơ hội trên bệnh nhân HIV/AIDS.....................7
1.3.1. Khái nhiệm nhiễm trùng cơ hội ở bệnh nhân HIV/AIDS...............7
1.3.2. Một số bệnh nhiễm trùng cơ hội thường gặp ở bệnh nhân HIV/AIDS...9
1.4. Đặc điểm viêm phổi do PJ trên bệnh nhân HIV/AIDS.......................19
1.4.1. Đặc điểm vi sinh vật học của pneumocystis jirovecii....................19
1.4.2. Đặc điểm hệ genome của Pneumocystis jirovecii.........................21
1.4.3. Đặc điểm lâm sàng của bệnh nhiễm trùng do Pneumocystis jirovecii. .22
1.4.4. Đặc điểm cận lâm sàng của viêm phổi do Pneumocystis jirovecii....24
1.4.5. Dịch tễ học của viêm phổi Pneumocystis jirovecii ở bệnh nhân
HIV/AIDS.....................................................................................28
1.4.6. Cơ chế bệnh sinh của viêm phổi do Pneumocystis jirovecii.........29

1.4.7. Điều trị viêm phổi do Pneumocystis jirovecii ở bệnh nhân HIV/AIDS. .31
1.5. Đặc điểm di truyền học của Pneumocystis jirovecii...........................32


1.6. Các phương pháp chẩn đoán Pneumocystis jirovecii..........................34
1.6.1. X-quang phổi.................................................................................35
1.6.2. Nhuộm soi.....................................................................................35
1.6.3. Phương pháp miễn dịch.................................................................35
1.6.4. Phương pháp sinh học phân tử......................................................37
1.7. Một số nghiên cứu về PJ trên bệnh nhân HIV/AIDS trên thế giới và
Việt Nam.............................................................................................38
1.7.1. Trên thế giới..................................................................................38
1.7.2. Tại Việt Nam.................................................................................41
CHƯƠNG 2: ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU............42
2.1. Đối tượng nghiên cứu..........................................................................42
2.1.1. Tiêu chuẩn lựa chọn bệnh nhân.....................................................42
2.1.2. Tiêu chuẩn loại trừ bệnh nhân.......................................................42
2.2. Địa điểm và thời gian nghiên cứu.......................................................43
2.2.1. Địa điểm nghiên cứu.....................................................................43
2.2.2. Thời gian nghiên cứu....................................................................43
2.3. Phương pháp nghiên cứu.....................................................................43
2.3.1. Thiết kế nghiên cứu.......................................................................43
2.3.2. Phương pháp chọn mẫu.................................................................43
2.3.3. Quy trình nghiên cứu....................................................................44
2.4. Nội dung nghiên cứu...........................................................................45
2.4.1. Các nội dung nghiên cứu của mục tiêu 1: Mô tả đặc điểm lâm sàng,
cận lâm sàng viêm phổi do PJ ở bệnh nhân HIV/AIDS................45
2.4.2. Các nội dung nghiên cứu của mục tiêu 2: Đặc điểm phân tử của
Pneumocystis jirovecii và mối liên quan với lâm sàng, cận lâm sàng
viêm phổi ở bệnh nhân HIV/AIDS...............................................52

2.5. Nhập, quản lý và xử lý số liệu.............................................................63
2.6. Đạo đức trong nghiên cứu...................................................................64
2.7. Tính mới và đóng góp của đề tài.........................................................64


CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU.....................................................67
3.1. Đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng viêm phổi do PJ ở bệnh nhân
HIV/AIDS...........................................................................................67
3.1.1. Một số đặc điểm của nhóm bệnh nhân..........................................67
3.1.2. Đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng viêm phổi do PJ ở bệnh nhân
HIV/AIDS.....................................................................................70
3.2. Đặc điểm kiểu gen của Pneumocystis jirovecii và mối liên quan với
lâm sàng, cận lâm sàng viêm phổi ở bệnh nhân HIV/AIDS...............83
3.2.1. Đặc điểm kiểu gen của Pneumocystis jirovecii.............................83
3.3. Mối liên quan giữa đặc điểm phân tử của PJ với lâm sàng, cận lâm
sàng viêm phổi ở bệnh nhân HIV/AIDS.............................................96
CHƯƠNG 4: BÀN LUẬN............................................................................102
4.1. Đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng của bệnh nhân HIV/AIDS viêm phổi
do PJ..................................................................................................102
4.1.1. Một số đặc điểm chung...............................................................102
4.1.2. Đặc điểm lâm sàng bệnh nhân HIV/AIDS mắc viêm phổi do PJ.....105
4.1.3. Đặc điểm cận lâm sàng bệnh nhân HIV/AIDS mắc viêm phổi do PJ...111
4.2. Đặc điểm kiểu gen của PJ ở bệnh nhân HIV/AIDS viêm phổi..........120
4.3. Mối liên quan giữa đặc điểm kiểu gen của PJ với lâm sàng, cận lâm
sàng viêm phổi ở bệnh nhân HIV/AIDS...........................................124
KẾT LUẬN...................................................................................................132
KIẾN NGHỊ..................................................................................................134
DANH MỤC CÁC CÔNG TRÌNH CÔNG BỐ KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU
CỦA ĐỀ TÀI LUẬN ÁN
TÀI LIỆU THAM KHẢO

PHỤ LỤC


DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT
Từ viết tắt Từ gốc tiếng Anh

Nghĩa tiếng Việt

AIDS

Hội chứng suy giảm miễn dịch mắc phải

Acquired Immunodeficiency
Syndrome

AFB

Acid fast bacilli

Trực khuẩn kháng cồn kháng toan

ARV

Antiretroviral

Thuốc kháng vi rút sao chép ngược

ATP

Adenosine triphosphate

Adenosine triphosphate

BA

Blood agar

Thạch máu

BAL

Bronchoaveolar lavage

Dịch rủa phế quản phế nang

BCLP

Bạch cầu lympho

BCTT

Bạch cầu trung tính

CBCL

Cutaneous B cell lymphoma

U lympho tế bào B ở da

CCR5

Chemokine Co-receptor 5

Đồng phụ thể chemokine 5

CFU

Colony-forming unit

Đơn vị đo số lượng một chủng vi khuẩn

CMV

Cyto megalo virus

Vi rút cự bào

CrD

Crohn’s disease

Bệnh Crohn

CRP

C-reactive protein

Phản ứng protein C

CT

Computed tomography

Chụp cắt lớp vi tính

CXCR4

C-X-Chemokine receptor type 4

Đồng thụ thể chemokine X-C kiểu 4

ĐLC

Độ lệch chuẩn

DNA

Deoxyribonucleic acid

Axit deoxyribonucleic

EBV

Epstein bar virus

Vi rút Epstein barr

GALT

Gut-associated lymphoid tissue

Mô lympho ở ruột

Gp 120

Glycoprotein 120

Glycoprotein trọng lượng phân tử 120
Kilodanton

Gp41

Glycoprotein 41

Glycoprotein trọng lượng phân tử 41
Kilodanton

HAART
HBV

Highn active antiretroviral

Điều trị bằng thuốc kháng vi rút hoạt

therapy

tính cao

Hepatitis B virus

Vi rút viêm gan B


HCV

Hepatitis C virus

Vi rút viêm gan C

HIV

Human immunodeficiency virus

Vi rút gây suy giảm miễn dịch ở người

HPV

Human papilloma virus

Vi rút gây u nhú ở người

HR

Hazard ratio

Tỷ suất rủi ro

IFAT

Immuno fluorescence antibody test

Xét nghiệm kháng thể miễn dịch huỳnh
quang

LDH

Lactate dehydrogenase

Lactate dehydrogenase

MAC

Mycobacterium avium complex

Trực khuẩn lao không điển hình

MDR-TB

Multidrug resistance tuberculosis lao đa kháng thuốc
Men who have sex with men

MsM

Mycobacterium tuberculosis

Tình dục đồn giới nam

MTB

Non-nucleoside reverse

Trực khuẩn lao

NNRTI

transcriptase inhibitor

Thuốc ức chế enzyme sao chép ngược
không phải nicleoside

NTS

Non typhoidal salmonella

Samonella không gây bệnh thương hàn

NVP

Nevirapine

Nevirapine

OADC

Oleic acid, dextrose, bovine

Oleic acid, dextrose, bovine albumin,

albumin, catalase

catalase

OR

Oral hairy leukoplakia

Bạch sản dạng lông

PANTA

Polymycin, Amphotericin,

Polymycin, Amphotericin, Nalidixic acid,

Nalidixic acid, Trimethoprim,

Trimethoprim, Azlocillin

Azlocillin
PCR

Polymerase Chain Reaction

Phản ứng chuỗi polymerase

ADN

Acid deoxyribonucleic

Axit deoxyribonucleic

PM

Penicillium marneffei

Nấm penicillium marneffei

PML

Progiessive multi-focal

Bệnh lý não chất trắng đa ổ tiến triển

leucoencephalopathy
PJ

Pneumocystis jirovecii

Viêm phổi do Pneumocystis jirovecii

pneumonia
PcP

Pneumocystis carinii pneumonia

Viêm phôi do carinii

PPE

Palpulo prusitic eruption

Sẩn ngứa dạng cục


RNA

Ribonucleic acid

Axit ribonucleic

RT

Reverse transcriptase

Enzyme sao chép ngược

SIV

Simian immunodeficiency virus

Vi rút gây suy giảm miễn dịch ở khỉ xanh
Châu Phi

STDs

Sexually transmitted diseases

Các bệnh lây truyền qua đường tình dục

TB

Tế bào

TC

Tiểu cầu

TSTBLP

Tổng số tế bào lympho

UC

Ulcerative colitis

Viêm loét đại tràng

UNAIDS

United Nations Programme on

Chương trình HIV/AIDS của Liên hiệp

HIV/AIDSWorld health

quốc

Oganization
VK
WHO

Vi khuẩn
World Health Organization

Tổ chức Y tế Thế giới


DANH MỤC BẢNG
Bảng
2.1.

Tên bảng

Trang

Cặp mồi đặc hiệu cho gen mã hóa major surface glycoprotein dùng
cho Realtime PCR phát hiện PJ..........................................................53

2.2.

Cặp mồi đặc hiệu cho gen major surface glycoprotein dùng cho PCR
để khẳng định kết quả Realtime PCR các mẫu có PJ dương tính........53

2.3.

Các cặp mồi đặc hiệu cho các locus mt26S, 26S rDNA, ITS1, β-TUB, SOD,
CYB, DHPS, DHFR dùng cho phân tích tính đa hình di truyền của PJ....54

3.1.

Đặc điểm độ tuổi của nhóm bệnh nhân...............................................68

3.2.

Phân bố vùng địa lý của nhóm bệnh nhân...........................................68

3.3.

Đường lây truyền HIV của nhóm bệnh nhân......................................69

3.4.

Sự tiếp cận điều trị ARV của nhóm bệnh nhân....................................69

3.5.

Đặc điểm sốt của nhóm bệnh nhân.....................................................71

3.6.

Các triệu chứng cơ năng của nhóm bệnh nhân....................................72

3.7.

Đặc điểm toàn trạng và hô hấp của nhóm bệnh nhân..........................73

3.8.

Các đặc điểm khác của bệnh nhân nghiên cứu....................................74

3.9.

Chỉ số xét nghiệm huyết học của nhóm bệnh nhân.............................75

3.10.

Đặc điểm tải lượng HIV của bệnh nhân..............................................77

3.11.

Các chỉ số xét nghiệm sinh hóa của bệnh nhân...................................78

3.12.

Đặc điểm tổn thương phổi trên phim cắt lớp vi tính.............................79

3.13.

Một số đặc điểm khác trên phim cắt lớp vi tính..................................80

3.14.

Đặc điểm tổn thương phổi trên phim X quang.....................................81

3.15.

Biến đổi trình tự nucleotide trên locus ITS1........................................83

3.16.

Biến đổi trình tự nucleotide trên locus CYB........................................85

3.17.

Biến đổi trình tự nucleotide trên locus mt26S.....................................86

3.18.

Biến đổi trình tự nucleotide trên locus 26S.........................................87


Bảng

Tên bảng

Trang

3.19.

Biến đổi trình tự nucleotide trên locus SOD........................................88

3.20.

Biến đổi trình tự nucleotide trên locus β-tubulin.................................89

3.21.

Biến đổi trình tự nucleotide trên locus DHPS.....................................90

3.22.

Biến đổi trình tự nucleotide trên locus DHFR.....................................91

3.23.

Kết quả xác định các kiểu gen của PJ dựa vào sự biến đổi trình tự
nucleotide trên 08 locus......................................................................92

3.24.

Các kiểu gen mới tìm thấy ở các chủng PJ trong nghiên cứu..............93

3.25.

Phân bố kiểu gen và số mẫu PJ dựa trên 8 locus.................................94

3.26.

Mối liên quan giữa kiểu gen PJ với đặc điểm sốt của bệnh nhân .......96

3.27.

Mối liên quan giữa kiểu gen PJ với tổn thương phổi của bệnh nhân
HIV/AIDS..........................................................................................97

3.28.

Mối liên quan giữa kiểu gen PJ với suy hô hấp của bệnh nhân
HIV/AIDS viêm phổi.........................................................................98

3.29.

Mối liên quan giữa kiểu gen PJ với số lượng tế bào CD4 của bệnh
nhân HIV/AIDS.................................................................................99

3.30.

Mối liên quan giữa kiểu gen PJ với nồng độ CRP của bệnh nhân
HIV/AIDS........................................................................................100

3.31.

Mối liên quan giữa kiểu gen PJ với kết quả điều trị của bệnh nhân
HIV/AIDS........................................................................................101


DANH MỤC BIỂU ĐỒ

Biểu đồ

Tên biểu đồ

Trang

3.1.

Đặc điểm giới tính của bệnh nhân nghiên cứu.....................................67

3.2.

Lý do vào viện của bệnh nhân.............................................................70

3.3.

Đặc điểm số lượng tế bào CD4 của bệnh nhân....................................76

3.4.

Chỉ số xét nghiệm định lượng Protein phản ứng C của bệnh nhân............77

3.5.

Kết quả nội soi phế quản ống mềm của bệnh nhân nghiên cứu............82


DANH MỤC HÌNH
Hình

Tên Hình

Trang

1.1.

Hình mờ dạng lưới rõ, lan tỏa do viêm phổi PJ..................................25

1.2.

Hình đông đặc phế nang hai phổi điển hình của PJ...........................25

1.3.

Hình mờ mô kẽ trên bệnh nhân có tiền sử PJ và hình tràn khí màng
phổi do PJ........................................................................................25

1.4.

Viêm phổi do PJ...............................................................................25

1.5.

CLVT ngực với độ phân giải cao trong bệnh nhân nhiễm HIV với hình
ảnh kính mờ do nhiễm PJ.................................................................27

1.6.

Tổn thương dạng kính mờ với hình thái ở dạng lan tỏa hoặc dạng
khảm trên CT độ phân giải cao do nhiễm PJ trên bệnh nhân suy
giảm miễn dịch.................................................................................27

1.7.

Các nhân đông đặc và dày vách liên tiểu thùy có thể thấy ở giai đoạn
bán cấp do thâm nhiễm viêm tổ chức hóa trên CT độ phân giải cao
do nhiễm PJ......................................................................................27

1.8.

Viêm phổi PJ. Kén phổi thường nhiều và hai bên phổi, dễ phát hiện
trên CT độ phân giải cao với sự đa dạng về kích thước, hình dáng

và phân bố........................................................................................27

1.9.

Tràn khí màng phổi khí phổi trên hình ảnh.......................................27

1.10.

Phổi hai bên với nhiều kén CT do PJ................................................27

2.1.

Kết quả điện di sản phẩm PCR từ các mẫu dương tính với PJ..........59

2.2.

Kết quả giải trình tự gen ITS1 của mẫu PJ có mã bệnh phẩm 26......61

3.1.

Cây phả hệ của PJ gây bệnh tại Việt Nam và một số chủng PJ
gây bệnh trên thế giới.......................................................................95


1

ĐẶT VẤN ĐỀ
Nhiễm HIV/AIDS thường kéo theo các bệnh nhiễm trùng cơ hội do suy
giảm hệ thống miễn dịch. Các bệnh nhiễm trùng cơ hội hay gặp thường là
nhiễm trùng phổi, hệ thống thần kinh, tiêu hóa, da và niêm mạc. Phổi là cơ

quan dễ tổn thương nhất ở bệnh nhân HIV/AIDS, trong đó viêm phổi do
Pneumocytis jirovecii là một trong nhưng căn nguyên hàng đầu gây viêm phổi ở
bệnh nhân nhiễm HIV/AIDS. Pneumocystis jirovecii là sinh vật gây bệnh cơ hội
bất thường và là căn nguyên gây viêm phổi nặng với tỷ lệ tử vong cao ở những
người bị suy giảm miễn dịch. Triệu chứng lâm sàng của viêm phổi do
Pneumocystis jirovecii là khởi phát từ từ, âm ỉ kèm với ho khan, có sốt, mệt, sút
cân, khó thở tăng dần, phổi có ran khô, hình ảnh X-quang phổi và cắt lớp vi tính
có hình ảnh thâm nhiễm không thuần nhất, lấm tấm khắp hai phế trường, các
trường hợp viêm phổi nặng có thể thấy thâm nhiễm từng ổ, xét nghiệm thấy giảm
cả hồng cầu, bạch cầu, tiểu cầu, tế bào CD4 giảm nặng (<200 tế bào/mm3) [1].
Cho đến trước năm 1980 viêm phổi do Pneumocystis jirovecii không
phổ biến và chủ yếu gây bệnh trên đối tượng mắc hội chứng suy giảm miễn
dịch hoặc sử dụng thuốc ức chế miễn dịch kéo dài, đặc biệt là hóa trị ung thư.
Tuy nhiên, với sự xuất hiện của đại dịch HIV/AIDS, Pneumocystis jirovecii
nổi lên như một căn nguyên gây bệnh phổ biến nhất ở đối tượng mắc
HIV/AIDS trên toàn thế giới. Trước đây, khi chưa có phác đồ thuốc dự phòng
đặc hiệu cho Pneumocystis jirovecii [2], căn nguyên này được tìm thấy ở hơn
60% số bệnh nhân nhiễm HIV và ước tính trên 80% số bệnh nhân có số lượng
CD4 dưới 200 tế bào/ml bị nhiễm Pneumocystis jirovecii [3]. Sau khi sử dụng
phác đồ thuốc dự phòng Pneumocystis jirovecii bậc 1 và bậc 2 vào đầu những
năm 1990, tỷ lệ nhiễm Pneumocystis jirovecii ở bệnh nhân HIV/AIDS giảm
đáng kể, và tiếp tục giảm mạnh khi áp dụng điều trị bằng thuốc kháng
retrovirus hoạt tính cao (HAART) [4], [5].


2
Mặc dù đã có phác đồ thuốc dự phòng và điều trị hiệu quả,
Pneumocystis jirovecii vẫn tiếp tục là một trong những căn nguyên gây viêm
phổi với tỷ lệ mắc bệnh và tử vong cao ở nhóm bệnh nhân nhiễm HIV/AIDS.
Ngày nay, với sự phát triển của các kỹ thuật phân tích sinh học phân tử, trong

đó có kỹ thuật khuếch đại các gen (polymerase chain reaction - PCR) và kỹ
thuật giải trình tự chuỗi nucleotide (gene sequencing), đã cho phép chẩn đoán
chính xác căn nguyên Pneumocystis jirovecii trong các mẫu bệnh phẩm đường
hô hấp của bệnh nhân và đặc điểm di truyền của chúng mà không cần sử dụng
các kỹ thuật xâm lấn. Do đó việc ứng dụng các kỹ thuật sinh học phân tử trong
chẩn đoán và nghiên cứu về Pneumocystis jirovecii sẽ giúp nâng cao hiệu quả
chẩn đoán và kiến thức về dịch tễ học phân tử của loài vi sinh vật này.
Tại Việt Nam, trước đây đã có một số nghiên cứu về bệnh HIV/AIDS
cũng như các bệnh nhiễm trùng cơ hội có liên quan, trong đó một số nghiên
cứu đã mô tả nhiễm trùng do Pneumocystis jirovecii trên bệnh nhân
HIV/AIDS. Các nghiên cứu này mới chỉ tập trung vào đặc điểm lâm sàng, cận
lâm sàng cũng như các yếu tố tiên lượng và điều trị mà chưa đề cập đến đặc
điểm sinh học phân tử của Pneumocystis jirovecii và mối liên quan giữa đặc
điểm sinh học phân tử với các yếu tố lâm sàng, cận lâm sàng. Do đó, để góp
phần nâng cao hiệu quả chẩn đoán và điều trị, cũng như làm sáng tỏ các đặc
điểm sinh học phân tử của Pneumocystis jirovecii gây bệnh tại Việt Nam,
chúng tôi tiến hành thực hiện đề tài: “Nghiên cứu đặc điểm lâm sàng, cận
lâm sàng, kiểu gen của Pneumocystis jirovecii gây viêm phổi trên bệnh
nhân HIV/AIDS” với hai mục tiêu:
1.

Mô tả đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng của viêm phổi do
Pneumocystis jirovecii ở bệnh nhân HIV/AIDS.

2.

Xác định kiểu gen của Pneumocystis jirovecii và mối liên quan với
một số đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng của viêm phổi do
Pneumocystis jirovecii ở bệnh nhân HIV/AIDS.

3

CHƯƠNG 1
TỔNG QUAN
1.1. Tổng quan về HIV
Căn nguyên gây hội chứng suy giảm miễn dịch ở người (Human
Inmmunodeficiency Virus - HIV) là một vi rút thuộc chi Lentivirus, họ
Retroviridae [6]. Tương tự như một số loài vi rút khác, HIV có cấu tạo
genome là ARN, tuy nhiên điểm khác biệt mà HIV có được đó là chúng phiên
mã ngược sợi ARN thành ADN sợi đôi ở ngoài tế bào chất dưới sự xúc tác
của enzyme phiên mã ngược (reverse transcriptase), sau đó di chuyển vào
trong nhân để gắn xen vào trong hệ genome của người. Nhờ sở hữu đặc tính
này mà HIV có thể nhân lên với tốc độ rất nhanh và rất khó tiêu diệt bởi hệ
thống miễn dịch của con người. Ngoài ra, do việc phải trải qua giai đoạn
phiên mã ngược để tổng hợp sợi đôi ADN, sau đó sử dụng hệ thống sinh học
của tế bào chủ lại phiên mã ra sợi ARN để tạo ra hạt vi rút mới, vì vậy mà
HIV thường xảy ra đột biến và có tính đa dạng di truyền cao. Đã xác định
được hai loại HIV gây bệnh chính ở người bao gồm HIV-1 và HIV-2 [7], tỷ lệ
gây bệnh của hai loại HIV này có nhiều sự khác biệt, HIV-1 là căn nguyên
gây bệnh chủ yếu và thường gặp nhất trên thế giới và cũng là loại có độc tính
rất cao [7]. Trong khi đó HIV-2 chủ yếu gây bệnh ở một số khu vực của lục
địa Châu Phi, rất hiếm khi gặp những ca bệnh mà do HIV-2 là căn nguyên và
thường chúng có độc lực thấp hơn, do đó thời gian ủ bệnh dài hơn tuy nhiên
chúng vẫn gây ra các triệu chứng lâm sàng điển hình khi chuyển sang giai
đoạn AIDS như HIV-1 [7]. Cả hai loại HIV-1 và HIV-2 đều có cấu tạo tương
tự nhau, bao gồm lớp vỏ ngoài là lớp màng lipid kép gắn glycoprotein bao
bọc bên trong lõi là hai phân tử ARN đơn dương, trong lõi chứa 2 phân tử
ARN đơn là bộ gen di truyền của HIV (genome), có khả năng tích hợp vào
DNA của tế bào vật chủ [8]. Điều này gây khó khăn lớn cho vật chủ để có thể

quét sạch vi rút, vì genome tiền vi rút có thể tồn tại vĩnh viễn trong cơ thể mà


4
không hề bị hệ thống miễn dịch phát hiện, hơn thế nữa chúng còn tránh được
tác động của các loại thuốc kháng vi rút.
Vòng đời của HIV:
Xâm nhập tế bào: HIV chỉ có thể nhân lên ở bên trong tế bào người.
Sau khi nhiễm vào cơ thể và nhâm nhập vào đường máu, hạt vi rút có tính ái
lực cao với tế bào CD4, các kháng nguyên trên bề mặt của hạt vi rút gắn vào
thụ thể của tế bào CD4, cùng với sự cộng hợp của các đồng thụ thể CXCR4
và CCR5, quá trình này giúp cho vỏ của hạt vi rút hòa vào màng tế bào và
giải phóng các sợi ARN genome vào tế bào chất của tế bào vật chủ [9].
Sao chép ngược và tích hợp: Sau khi truyền ARN genome vào tế bào
chất, enzyme sao chép ngược của HIV được kích hoạt và thực hiện chuyển sợi
ARN genome của vi rút thành sợi ADN, sợi này sau đó di chuyển vào trong
nhân con và tích hợp với bộ gen người. Khi đã ghép vào bộ gen của người,
phần ADN của HIV được coi là vật liệu di truyền tiền vi rút [9]. .
Sao chép và dịch mã: Vật liệu di truyền tiền vi rút của HIV có thể tồn
tại trong tế bào vật chủ một thời gian dài. Khi được hoạt hoá phần vật liệu
ADN tiền vi rút được phiên mã thành sợi ARN, sau đó di chuyển ra ngoài tế
bào chất và tiến hành dịch mã thành các protein và enzyme phục vụ cho việc
lắp ghép thành các hạt vi rút mới [9].
Lắp ráp, nảy chồi và trưởng thành. Các chuỗi ARN của HIV được
phiên mã trong nhân của tế bào vật chủ vừa đóng vai trò là vật liệu di truyền
của vi rút vừa là khuôn để dịch mã thành các protein và enzyme. Sau khi lắp
ghép thành các hạt vi rút hoàn chỉnh, hạt này sẽ hòa vào màng tế bào vật chủ,
nảy chồi và giải phóng ra ngoài môi trường và tiếp tục lây nhiễm sang các tế
bào khỏe mạnh khác [9].
1.2. Tình hình nhiễm HIV/AIDS trên thế giới và Việt Nam

1.2.1. Tình hình nhiễm HIV/AIDS trên thế giới
Căn bệnh thế kỷ HIV/AIDS hiện vẫn là một vấn đề y tế lớn của toàn
cầu. Tính từ khi phát hiện lần đầu tiên vào năm 1981 tại Mỹ, trong gần 40


5
năm qua, căn bệnh này đã cướp đi sinh mạng của hơn 35 triệu người trên toàn
thế giới [10]. Theo số liệu thống kê của Tổ chức Y tế thế giới (WHO), tính
đến cuối năm 2017 có khoảng 36,7 triệu người đang phải sống chung với HIV
[11]. Chỉ tính riêng trong năm 2017, đã có hơn 940 nghìn người tử vong trên
thế giới do các nguyên nhân liên quan đến HIV và 1,8 triệu ca nhiễm mới
[11]. Trong khi đó, 59% số người lớn và 52% số trẻ em sống chung với HIV
đã được điều trị liệu pháp kháng retrovirus (Antiretralviral - ARV) suốt đời
[11]. Ghi nhận những tiến bộ trong nỗ lực ngăn chặn lây nhiễm HIV/AIDS,
theo số liệu của Liên hiệp quốc (LHQ) về HIV/AIDS (UNAIDS), cuộc chiến
này đang ở thời điểm gian nan vì hàng năm vẫn có bệnh nhân nhiễm mới.
UNAIDS cảnh báo cuộc chiến này đang chững lại trong khi những cam
kết đối với các đối tượng dễ bị lây nhiễm HIV nhất chưa được giải quyết triệt
để. Ngoài ra sự thiếu hụt ngân sách cho cuộc chiến chống HIV/AIDS đang
gây trở ngại trong việc xóa sổ căn bệnh này trên toàn cầu. Khu vực Tây và
Trung Âu và Bắc Mỹ đạt nhiều thành công nhất trong cuộc chiến này với tỷ lệ
79% số người nhiễm HIV/AIDS được điều trị y tế, nhưng sự cải thiện chưa
thấy rõ tại các nước Trung Đông và Bắc Phi khi chưa tới 32% số người nhiễm
bệnh được điều trị, các khu vực này hiện cũng đang chiếm tới hơn 2/3 tổng số
ca nhiễm HIV/AIDS mới trên toàn cầu [12]. Để duy trì sự tiến bộ và đạt mục
tiêu có 90% bệnh nhân HIV/AIDS được điều trị thuốc ARV vào năm 2020,
mỗi năm, tổ chức này cần thêm 7 tỷ USD cho việc phòng, chống lây nhiễm
virus HIV và điều trị cho các bệnh nhân.
Dù đã có nhiều hoạt động tuyên truyền về vấn đề kỳ thị người nhiễm
HIV, tuy nhiên vẫn có nhiều người tiếp tục mất việc làm vì nhiễm căn bệnh

này. Nghiên cứu mới nhất vừa được Tổ chức lao động quốc tế (ILO) và Mạng
lưới Toàn cầu của Người sống với HIV cho thấy mặc dù đạt được nhiều tiến bộ
trong việc điều trị, cho phép người có HIV có thể làm việc, song họ vẫn tiếp
tục phải chịu phân biệt đối xử khi tìm kiếm và giữ việc làm. Báo cáo dựa trên
các cuộc điều tra do 13 nhóm quốc gia trên toàn thế giới tiến hành với hơn 100


6
nghìn người sống chung với HIV. Tỷ lệ những người đã làm việc nhưng bị mất
việc làm hoặc mất nguồn thu nhập do sự phân biệt đối xử của chủ hoặc đồng
nghiệp dao động từ 13% ở Fiji đến 100% ở Đông Timor. Trong bối cảnh đó,
báo cáo cũng cho biết, nhiều người không muốn tiết lộ tình trạng HIV của họ
với chủ sử dụng lao động hoặc thậm chí là đồng nghiệp [13].
Theo các dữ liệu mới nhất về HIV và tình trạng phân biệt đối xử tại nơi
làm việc cung cấp trong báo cáo, những người sống chung với HIV đang thất
nghiệp chiếm tỷ lệ cao, từ khoảng 7% số người được phỏng vấn ở Uganda cho
đến 61% ở Honduras. Có tới 10 trong số 13 quốc gia có tỷ lệ thất nghiệp từ 30%
trở lên trong số những người bị nhiễm HIV/AIDS. Ngoài ra, báo cáo cũng cho
thấy, những người trẻ sống chung với HIV có tỷ lệ thất nghiệp cao hơn nhiều,
phụ nữ sống chung với HIV cũng ít có khả năng được tuyển dụng hơn nam giới
có HIV do công việc nội trợ và việc gia đình không được trả lương [14].
1.2.2. Tình hình nhiễm HIV/AIDS tại Việt Nam
Số liệu từ Bộ Y tế ghi nhận 9 tháng năm 2017, cả nước xét nghiệm phát
hiện mới 6.883 trường hợp nhiễm HIV, số bệnh nhân chuyển sang giai đoạn
AIDS là 3.484, số bệnh nhân tử vong 1.260 trường hợp. Số người nhiễm mới
HIV tập trung chủ yếu ở độ tuổi 20-29 (30%) và 30-39 (40%). Đường lây chủ
yếu là quan hệ tình dục không an toàn (58%) và qua đường máu (32%) [15].
So sánh với số trường hợp nhiễm HIV mới năm 2016 cho thấy năm 2017 đã
giảm 1,1%, số bệnh nhân chuyển sang AIDS và số bệnh nhân HIV tử vong đã
giảm lần lượt là 39% và 15% so với năm 2016. Kết quả giám sát năm 2016

ghi nhận tỷ trọng nhiễm HIV bao gồm 9,53% ở nhóm nghiện chích ma túy,
2,39 ở nhóm phụ nữ bán dâm, và nhóm đồng giới nam (MSM) là 7,36%,
trong đó tỷ lệ nhiễm HIV ở nhóm MSM tăng từ 5,1% trong năm 2015 lên
7,36 vào năm 2016 [15].
Theo số liệu từ cổng thông tin điện tử Bộ Y tế, dịch HIV/AIDS chủ yếu
tập trung ở 2 thành phố lớn là thành phố Hồ Chí Minh và Hà Nội, chiếm 35%
số người nhiễm HIV của cả nước; tiếp đến là các tỉnh, thành Sơn La, Thanh


7
Hóa, Nghệ An, Hải Phòng, Quảng Ninh, An Giang, Thái Nguyên, Đồng Nai,
mỗi tỉnh chiếm khoảng 3% số người nhiễm HIV cả nước [16]. Kết quả giám
sát trọng điểm cho thấy tỉ lệ nhiễm HIV trong nhóm nghiện chích ma túy là
14%, nhóm tình dục đồng giới nam là 12,2% và phụ nữ bán dâm là 3,7%. Tỉ
lệ nhiễm HIV trong nhóm nghiện chích ma túy thay đổi không đáng kể, tuy
nhiên tỉ lệ nhiễm HIV trong nhóm đồng giới nam có xu hướng tăng nhanh từ
5,1% năm 2015, lên 7,4% năm 2016 và 12,2% năm 2017 [16].
Dịch HIV/AIDS tiếp tục có xu hướng giảm nhưng vẫn tiềm ẩn nhiều
nguy cơ lây nhiễm HIV cao trong cộng đồng. Sự gia tăng tỉ lệ lây nhiễm HIV
trong nhóm đồng giới nam, đặc biệt trong nhóm trẻ tuổi sẽ là nhóm chính
nhiễm mới HIV ở Việt Nam [17]. Một số địa bàn có nguy cơ lây nhiễm HIV
cao ở các vùng sâu, vùng xa cũng sẽ tiềm ẩn nhiều nguy cơ lây nhiễm HIV
trong cộng đồng do người dân không có đủ kiến thức về phòng, chống
HIV/AIDS và tỉ lệ nhiễm HIV trong cộng đồng dân cư cao nhưng chưa được
xét nghiệm phát hiện địa bàn trọng điểm về dịch HIV/AIDS. Ước tính, Việt
Nam hiện có khoảng 250.000 người nhiễm HIV hiện còn sống, song chỉ có
khoảng gần 200.000 người nhiễm HIV biết được tình trạng nhiễm HIV của
mình. Với khoảng 50.000 người nhiễm HIV chưa biết tình trạng nhiễm HIV,
họ sẽ có thể vô tình là nguồn lây nhiễm HIV cho cộng đồng do không được tư
vấn và tiếp cận các dịch vụ dự phòng, họ cũng không được tiếp cận các dịch

vụ điều trị thuốc kháng virus ARV sớm để bảo vệ sức khỏe cho chính bản
thân họ và làm giảm lây truyền HIV ra cộng đồng [18].
1.3. Các bệnh nhiễm trùng cơ hội trên bệnh nhân HIV/AIDS
1.3.1. Khái nhiệm nhiễm trùng cơ hội ở bệnh nhân
HIV/AIDS
Nhiễm trùng cơ hội ở bệnh nhân mắc HIV là loại nhiễm trùng do các
căn nguyên vốn thường không gây bệnh ở các vật chủ có hệ thống miễn dịch
khỏe mạnh bình thường mà chỉ gây bệnh khi hệ miễn dịch của vật chủ bị suy
yếu. Mức độ khỏe mạnh của hệ miễn dịch người được đánh giá qua số lượng


8
tế bào CD4, khi số lượng tế bào này càng thấp thì nguy cơ mắc các bệnh
nhiễm trùng cơ hội càng cao, các bệnh nhiễm trùng khác nhau có thể xảy ra
vào cùng một thời điểm phụ thuộc vào mức độ suy yếu của hệ miễn dịch vật
chủ và số lượng tế bào CD4 giảm ở mức độ nào sẽ quyết định nguy cơ mắc
loại nhiễm trùng cơ hội đó. Khi số lượng tế bào CD4 ở mức > 500/mm 3
thường bị viêm âm đạo do nấm Candida, hạch to toàn thân dai dẳng và viêm
màng não vô khuẩn [19]. Với số lượng CD4 trong khoảng 200-500/mm 3
thường hay mắc viêm phổi do phế cầu và các vi khuẩn khác, lao phổi, Herpes
zoster, bệnh do Candida miệng họng (tưa miệng), bạch sản dạng long ở
miệng, ung thư Kaposi, U lympho tế bào B và ung thư liên quan đến HPV
[19]. Với CD4 < 200/mm3 thường mắc viêm phổi do Pneumocystis jirovecii
(PJ), lao kê, lao ngoài phổi, histoplasma lan tỏa và bệnh não chất trắng đa ổ
tiến triển [19]. Khi CD4 ở mức <100/mm 3 thường bị viêm thực quản do
Candida, bệnh do Toxoplasma, Penicillium marneffei, Cryptococcus
neoformans, nhiễm Herpes simplex lan tỏa, bệnh do Cryptosporidium mạn
tính, bệnh do Microspora, Isospora và Cyclospora, bệnh Leishmania nội tạng
[19]. Với CD4 < 50/mm3 thường hay nhiễm phức hợp Mycobacterium avium
(MAC), Cytomegalovirus (CMV) lan tỏa [19]. Do sự phức tạp của bệnh

nhiễm trùng cơ hội trên bệnh HIV/AIDS, vì vậy để chẩn đoán chính xác cần
phải xem xét các biểu hiện lâm sàng, mức độ suy giảm miễn dịch và kết quả
các xét nghiệm đặc hiệu. Bệnh nhân thường mắc nhiều loại nhiễm trùng cơ
hội cùng một lúc, vì vậy rất khó khăn trong chẩn đoán và điều trị cho bệnh
nhân do có sự tương tác giữa các loại thuốc điều trị.
Các bệnh nhiễm trùng cơ hội thường gặp ở bệnh nhân HIV/AIDS tại
Việt Nam bao gồm nấm họng (tưa miệng), lao, bệnh do nấm Penicillium
marneffei, viêm màng não do Cryptococcus neoformans, nhiễm PJ, nhiễm
Toxoplasma não, viêm võng mạc do Cytomegalovirus, nhiễm phức hợp
Mycobacterium avium, bệnh do Cryptosporidium và bệnh do Isospora và
Cyclospora [19].


9

1.3.2. Một số bệnh nhiễm trùng cơ hội thường gặp ở bệnh
nhân HIV/AIDS
1.3.2.1.

Bệnh do Candida ở miệng
Người nhiễm HIV thường có hệ miễn dịch bị suy yếu do số lượng tế

CD4 giảm cho nên dẫn đến tình trạng dễ bị nhiễm nấm Candida vùng miệng
và hầu họng. Nhiễm nấm Candida vùng miệng họng là loại nhiễm trùng cơ
hội thường gặp nhất, chiếm tới hơn 90% số ca mắc nhiễm trùng cơ hội ở bệnh
nhân HIV/AIDS. Nấm Candida gây bệnh trên đối tượng HIV/AIDS chủ yếu
tìm thấy là loài Candida albicans (C. albicans), ngoài ra còn tìm thấy các loài
Candida gây bệnh khác gây bệnh trên đối tượng người bệnh này như:
C.tropicalis, C. Krusei, C. glabrata [20], [21].
- Biểu hiện lâm sàng của nhiễm nấm Candida ở vùng miệng là ban đầu

có thể không triệu chứng, sau đó có cảm giác đau đớn, rát bỏng ở miệng, nhậy
cảm khi ăn thức ăn có gia vị hoặc mất vị giác. Xuất hiện nhiều đốm hoặc đám
giả mạc màu trắng, dễ bong với 4 hình thái lâm sàng: giả mạc, trợt đỏ, tăng
sản và viêm góc mép. Vị trí: khu trú ở lưỡi, lợi, mặt trong má, vòm họng. Các
đốm giả mạc có thể lan dần xuống họng, thực quản hoặc các nhánh khí phế
quản gây ra triệu chứng nuốt đau hoặc đau sau xương ức.
- Chẩn đoán nhiễm nấm Candida miệng bao gồm chẩn đoán xác định:
soi tươi, nhuộm Gram, nuôi cấy – phân lập – định danh. Chẩn đoán phân biệt
cần phân biệt với bệnh bạch sản lông ở miệng.
- Tổn thương do nhiễm Candida dạng màng giả: Có sự hiện diện của
những mảng trắng hay vàng trên một niêm mạc đỏ hay bình thường. Khi cạo,
mảng trắng tróc ra để lại một bề mặt ướm máu. Vị trí thường gặp ở khẩu cái,
niêm mạc má, môi và lưng lưỡi.
- Các thể nhiễm nấm Candida miệng gồm có nhiễm Candida dạng tăng
sinh: Đặc trưng của thể nhiễm này là những mảng trắng vững chắc, thường tại
niêm mạc má và nhiễm Candida dạng ban đỏ hay dạng teo: có những tổn


10
thương màu đỏ sậm rõ nét hoặc mờ, vị trí tổn thương thường ở khẩu cái và
lưng lưỡi. Ngoài ra còn có dạng nhiễm nấm Candida dạng chốc mép.
- Điều trị nhiễm nấm Candida miệng ở bệnh nhân HIV có thể sử dụng
các thuốc bôi chống nấm tại chỗ như clotrimazole, nystatin. Tuy nhiên khuyến
cáo nên dùng thuốc chống nấm qua đường uống sẽ mang lại hiệu quả điều trị
cao hơn.
1.3.2.2.

Viêm thực quản do candida
Căn nguyên gây nhiễm trùng nấm Candida thực quản thường gặp là

Candida albicans, bệnh nhiễm trùng này thường xuất hiện trên những vùng
cơ thể ấm và ẩm ướt. Triệu chứng lâm sang và dấu hiệu của nhiễm nấm
Candida thực quản có mức độ khác nhau phụ thuộc và vị trí nhiễm trùng và
đặc điểm sinh học của cơ thể người bệnh. Tình trạng bệnh gây ra do nấm
Candida albicans tích tụ trên niêm mạc thực quản rồi gây ra các tổn thương
tại niêm mạc thực quản tạo ra màu trắng kem, các tổn thương này có biểu
hiện đau rát và có thể gây chảy máu khi có tác động ngoại lực [22].
Điều trị nhiễm nấm Candida thực quản thường sử dụng phác đồ là các
thuốc kháng nấm qua đường uống như fluconazole, intraconazole, tuy nhiên
trong trường hợp kết quả điều trị bằng các thuốc kháng nấm đơn thuần mà
không hiệu quả cần phải dùng thêm amphotericin B để tăng khả năng điều trị
cho bệnh nhân [22].
1.3.2.3.

Nhiễm trùng lao
Nhiễm HIV/AIDS và bệnh lao có mối quan hệ tỷ lệ thuận với nhau, số

liệu thống kê cho thấy tỷ lệ nhiễm trùng lao trên bệnh nhân HIV/AIDS cao gấp
nhiều lần so với tỷ lệ nhiễm lao ở người bình thường khỏe mạnh.
Cơ chế bệnh sinh bắt nguồn từ việc nhiễm HIV làm cho tế bào miễn dịch
CD4 giảm, dẫn đến cơ thể suy giảm khả năng bảo vệ khỏi các tác nhân gây
bệnh, trong đó vi khuẩn lao là một trong những căn nguyên gây bệnh thường tìm
thấy trên đối tượng bệnh nhân này. Nguy cơ mắc bệnh lao của người nhiễm HIV