NGHIÊN cứu một số đặc điểm PHÂN tử GEN m của VIRUS HANTA TRÊN CHUỘT tại một số điểm ở hà nội từ 2015 2017

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO

BỘ Y TẾ

TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI

BÙI THỊ HUYỀN MY

NGHIÊN CỨU MỘT SỐ ĐẶC ĐIỂM PHÂN TỬ GEN M
CỦA VIRUS HANTA TRÊN CHUỘT TẠI MỘT SỐ ĐIỂM
Ở HÀ NỘI TỪ 2015-2017

LUẬN VĂN THẠC SỸ Y HỌC

HÀ NỘI, 2018


BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO

BỘ Y TẾ

TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI

BÙI THỊ HUYỀN MY

NGHIÊN CỨU MỘT SỐ ĐẶC ĐIỂM PHÂN TỬ GEN M
CỦA VIRUS HANTA TRÊN CHUỘT TẠI MỘT SỐ ĐIỂM
Ở HÀ NỘI TỪ 2015-2017
Chuyên ngành: Vi sinh y học
Mã số: 60720115
LUẬN VĂN THẠC SỸ Y HỌC

Người hướng dẫn khoa học:
1. TS.BS. Phạm Hồng Nhung
2. TS.BS. Nguyễn Thị Kiều Anh

HÀ NỘI, 2018


LỜI CẢM ƠN
Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới:

 TS.BS. Nguyễn Thị Kiều Anh, Phó Giám Đốc Trung tâm Kiểm soát
bệnh tật thành phố Hà Nội. Cô đã truyền đạt cho tôi những kiến thức, phương pháp
nghiên cứu khoa học, đã trực tiếp hướng dẫn tận tình trong suốt quá trình nghiên
cứu, đã chỉ bảo cho tôi ngày càng trưởng thành hơn về cách sống, về tư duy khoa
học. Và để có thể hoàn thành luận văn này, cô là người đã tạo rất nhiều điều kiện
thuận lợi cho tôi.

 TS. BS. Phạm Hồng Nhung, Phó chủ nhiệm bộ môn Vi Sinh trường
Đại học Y Hà Nội. Cô đã truyền đạt cho tôi rất nhiều kiến thức, tác phong khoa học
mà không phải ai cũng có được.

 Ths. Nguyễn Vĩnh Đông - phòng thí nghiệm Dại và các lyssavirus, khoa
Vi rút, Ths. Phan Hà Mỵ - phòng chẩn đoán Sinh Học Phân Tử Viện Vệ Sinh Dịch
Tễ Trung Ương đã hỗ trợ tôi trong suốt quá trình thực hiện luận văn.
Tôi xin trân trọng cảm ơn các thầy, cô giáo trong bộ môn Vi Sinh, trường
Đại học Y Hà Nội đặc biệt là TS Trần Minh Châu đã tận tình giảng dạy, dìu dắt
tôi ngay từ những ngày đầu tiên học tập tại bộ môn cũng như trong suốt thời gian
học tập.
Tôi cũng xin được gửi lời cảm ơn chân thành tới các anh chị tại khoa Xét
nghiệm, Trung tâm kiểm soát bệnh tật thành phố Hà Nội đã giúp đỡ, ủng hộ tôi

trong quá trình thực hiện luận văn này.
Cuối cùng, tôi xin bày tỏ lòng tri ân tới gia đình, những người đã luôn hỗ trợ
về mọi mặt, tạo điều kiện để tôi có thể yên tâm trên con đường học tập của mình.
Đặc biệt cảm ơn đến gia đình nhỏ của tôi vẫn đã, đang và sẽ luôn bên tôi động
viên, chia sẻ những khó khăn và hạnh phúc trong cuộc sống.
Hà Nội, tháng 09 năm 2018
Bùi Thị Huyền My


LỜI CAM ĐOAN

Tôi là Bùi Thị Huyền My, bác sĩ nội trú khóa 41, trường đại học Y Hà
Nội, chuyên ngành Vi sinh. Tôi xin cam đoan:
1. Đây là luận văn do bản thân tôi trực tiếp thực hiện dưới sự hướng dẫn
của TS. Nguyễn Thị Kiều Anh và TS. Phạm Hồng Nhung
2. Các số liệu và thông tin trong nghiên cứu là hoàn toàn chính xác, trung
thực và khách quan, đã được sự chấp thuận của cơ sở nơi nghiên cứu.
Tôi xin cam đoan những điều trình bày ở trên là hoàn toàn trung thực và
chính xác.
Hà Nội, ngày 16 tháng 9 năm 2018

Bùi Thị Huyền My


MỤC LỤC
ĐẶT VẤN ĐỀ..................................................................................................1
CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN...........................................................................3
1.1. Đại cương về virus Hanta.......................................................................3
1.1.1. Lịch sử nghiên cứu.............................................................................3
1.1.2. Bệnh do virus Hanta...........................................................................3

1.1.3. Tình hình dịch tễ thế giới và Việt Nam................................................6
1.1.4. Đặc điểm virus học...........................................................................12
1.1.5 . Các phương pháp chẩn đoán virus Hanta..........................................17
1.2. Kĩ thuật Sequencing.............................................................................18
1.3. Các nghiên cứu di truyền và phân loài virus Hanta.............................19
1.3.1. Các nghiên cứu di truyền và phân loài virus Hanta trên thế giới..........19
1.3.2. Các nghiên cứu đặc điểm di truyền và phân loài virus Hanta tại Việt
Nam...............................................................................................21
CHƯƠNG 2: ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU.........22
2.1. Đối tượng nghiên cứu...........................................................................22
2.2. Địa điểm nghiên cứu............................................................................23
2.3. Sinh phẩm hóa chất và trang thiết bị....................................................24
2.4. Phương pháp nghiên cứu......................................................................26
2.5. Đạo đức nghiên cứu.............................................................................33
CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU....................................................34
3.1. Đặc điểm của mẫu nghiên cứu.............................................................34
3.2. Kết quả phân tích đặc điểm nucleotitde và acid amin của các chủng
virus Hanta phân lập trên chuột tại Hà Nội từ 2015-2017....................37
3.2.1. Mức độ tương đồng nucleotide và acid amin của các chủng phân lập
trên chuột tại Hà Nội với các chủng trong khu vực............................37


3.2.2. Sự xuất hiện đột biến nucleotide, đột biến acid amin ở các chủng virus
Hanta phân lập trên chuột tại Hà Nội từ 2015 – 2017........................41
3.3. Cây gia hệ của các virus Hanta lưu hành tại Việt Nam và một số nước
trong khu vực châu Á và trên thế giới...................................................48
CHƯƠNG 4: BÀN LUẬN............................................................................50
4.1. Một số đặc điểm của mẫu.....................................................................50
4.2. Đặc điểm phân tử đoạn gen M của virus Hanta trên chuột tại một số
điểm ở Hà Nội từ 2015-2017................................................................52

4.3. Phân loài và phát sinh loài của virus Hanta trên chuột tại một số điểm ở
Hà Nội từ 2015-2017 dựa vào phân tích đoạn gen M...........................55
KẾT LUẬN....................................................................................................62
KIẾN NGHỊ...................................................................................................63
TÀI LIỆU THAM KHẢO
PHỤ LỤC


DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT
Chữ

Phiên ÂmTiếng Anh

Nghĩa Tiếng Việt

viết tắt
AA
DOBV
BCCV
DNA
HFRS
HPS
HTNV
ICTV

Acid amin
Dobrava/Belgrade Virus
Black Creek Canal Virus
Deoxyribose Nucleic Acid
Hemorrhagic Fever with Renal Syndrome

Hantavirus Pulmonary Syndrome
Hantaan Virus
International Committee on Taxonomy

Acid amin
VirusDobrava/Belgrade
VirusBlack Creek Canal
Deoxyribose Nucleic Acid
Sốt xuất huyết có hội chứng Thận
Hội chứng Phổi do virus Hanta
Virus Hantaan
Ủy ban phân loại virusQuốc tế

IFN
LANV
MCLV
NCR
NE
NU
ORF
ORNV
PHV
PUUP
RNA
RT

of Viruses
Interferon
Laguna Negra Virus
Maciel Virus

Non Coding Region
Nephropathia Epidemica
Nucleotide
Open Reading Frame
Orán Virus
Prospect Hill Virus
Puumala Virus
Ribonucleic Acid
Reverse Transcription Polymerase

Interferon
VirusLaguna Negra
VirusMaciel
Vùng không mã hóa
Nephropathia Epidemica
Nucleotide
Khung đọc mở
VirusOrán
VirusProspect Hill
VirusPuumala
Ribonucleic Acid
Phản ứng khuếch đại chuỗi

PCR
SAAV
SEOV
SNV
THAI

Chain Reaction

Saaremaa Virus
Seoul Virus
Sin Nombre Virus
Thailand Virus

phiên mã ngược
VirusSaaremaa
VirusSeoul
VirusSin Nombre
VirusThái Lan

V


DANH MỤC BẢNG
Bảng 1.1.

Sự phân bố địa lý của các virus Hanta gây bệnh và các vật chủ. 10

Bảng 1.2.

Trình tự mồi của kĩ thuật RT-PCR phát hiện virus Hanta...........17

Bảng 2.1.

Trình tự mồi của kỹ thuật RT-PCR phát hiện virus Hanta..........25

Bảng 3.1.

Phân bố mẫu theo địa điểm thu thập...........................................34

Bảng 3.2.

Phân bố chuột nhiễm virus Hanta theo loài và năm thu thập......36

Bảng 3.3.

Mức độ tương đồng nucleotide và acid amin của các chủng Hanta
phân lập trên chuột tại Hà Nội 2015-2017 so với các chủng trong
nước và các chủng trong khu vực................................................38

DANH MỤC BIỂU ĐỒ
Biểu đồ 3.1. Phân bố chuột nhiễm virus Hanta theo thời gian trong năm.......37


DANH MỤC HÌNH
Hình 1.1.

Phân bố của các hội chứng do virus Hanta...................................8

Hình 1.2.

Virus Hanta dưới kính hiển vi điện tử.........................................13

Hình 1.3.

Cấu trúc virus và hệ gen của virus Hanta....................................14

Hình 1.4.

Quá trình xâm nhập và nhân lên trong tế bào chủ của virus Hanta 16

Hình 1.5.

Hệ thống giải trình tự gen ABI 3100...........................................19

Hình 2.1.

Sơ đồ quy trình nghiên cứu.........................................................28

Hình 3.1.

Bản đồ phân bố chuột nhiễm virus Hanta tại một số điểm ở Hà
Nội, năm 2015 - 2017.................................................................35

Hình 3.2.

Phân tích một số đột biến nucleotide của các chủng virus Hanta
phân lập trên chuột tại Hà Nội 2015-2017..................................43

Hình 3.3.

Phân tích một số đột biến nucleotide của các chủng virus Hanta
phân lập trên chuột tại Hà Nội 2015-2017..................................44

Hình 3.4.

Phân tích một số đột biến acid amin của các chủng virus Hanta
phân lập trên chuột tại Hà Nội 2015-2017..................................45

Hình 3.5.

Bản đồ phân bố các đột biến nổi trội của các chủng virus Hanta
thu được tại Hà Nội từ 2015-2017..............................................47

Hình 3.6.

Cây gia hệ của các chủng virus Hanta kèm đột biến..................48

Hình 4.1.

Cây gia hệ của các virus Hanta dựa trên trình tự nucleotide gen S. 57

Hình 4.2.

Cây gia hệ của các virus Hanta gây ra các hội chứng khác nhau
được xây dựng dựa trên trình tự gen S........................................58


1

ĐẶT VẤN ĐỀ
Virus Hanta thuộc giống Hantavirus, họ Bunyaviridae truyền bệnh sang
người chủ yếu qua các loài động vật gặm nhấm, đặc biệt là chuột do bị cắn hoặc
tiếp xúc trực tiếp với các chất tiết (phân, nước tiểu) của các động vật này [1].
Thể nặng của bệnh có biểu hiện dưới 2 Hội chứng là Hội chứng Thận (HFRS)
với tỷ lệ tử vong là 15% và phổi (HPS) có tỷ lệ tử vong lên tới 50% [2].
Bệnh do virus Hanta đã được ghi nhận ở tất cả các châu lục. Mỗi loài
virus truyền bệnh cho người thông qua một vật chủ xác định và phân bố theo
vùng địa lý khác nhau, chính vì vậy sự phân bố của HFRS và HPS cũng bị

giới hạn theo sự phân bố địa lý của các loài động vật gặm nhấm. Theo
Mohammed Mir, phần lớn virus trong các phân họ Neotominae và
Sigmodontinae gây ra HPS nặng với tỷ lệ tử vong cao (40-50%), những virus
này được phân bố khắp Bắc và Nam Mỹ trong các loài gặm nhấm khác nhau
[2]. Châu Á là châu lục có lịch sử lâu đời nhất về nhiễm virus Hanta. Virus
HTNV và Seoul (SEOV) là những tác nhân chính gây ra HFRS ở châu Á với
khoảng 300-500 ca tử vong do HFRS được báo cáo hàng năm, trong đó 1-4%
ở Hàn Quốc [3], [4]. Tại Việt Nam và Singapore, tỷ lệ chuột có kháng thể
dương tính với virus từ 14-34% [5]. Ở nước ta cũng đã có những báo cáo về
Hội chứng Thận do virus Hanta. Hà Nội là trung tâm kinh tế, văn hóa, chính
trị của cả nước,sự giao thương rất lớn do đó, các quần thể chuột cũng có thể
dễ dàng xâm nhập và mang theo mầm bệnh khác nhau trong đó có virus Hanta.
Vì vậy việc chủ động giám sát bệnh trên chuột trong đó có virus Hanta và là
quan trọng để có những biện pháp phòng bệnh chủ động hiệu quả. Đồng thời,
việc nghiên cứu sâu hơn về phân loài của virus từ đó có thể xác định nguồn gốc
của virus là nội địa hay xâm nhập là vô cùng quan trọng giúp cho công tác
phòng chống, đồng thời cũng cung cấp cơ sở dữ liệu gen của virus Hanta trong
ngân hàng gen thế giới để các nhà khoa học nghiên cứu và tham khảo.


2

Chính vì vậy, chúng tôi tiến hành đề tài “Nghiên cứu một số đặc điểm
phân tử gen M của virus Hanta trên chuột tại một số điểm ở Hà Nội từ
2015 – 2017” với các mục tiêu sau:
1: Mô tả một số đặc điểm phân tử (nucleotide và acid amin) gen M
của virus Hanta trên chuột tại một số điểm ở Hà Nội 2015-2017.
2: Phân tích loài, phát sinh chủng loài của virus Hanta phân lập
được tại Hà Nội, năm 2015 - 2017 dựa trên phân tích đoạn gen M.

3

CHƯƠNG 1
TỔNG QUAN
1.1. Đại cương về virus Hanta
1.1.1. Lịch sử nghiên cứu
Virus Hanta thuộc giống Hantavirus, họ Bunyaviridae. Có một số ý kiến
cho rằng một loại bệnh với các triệu chứng tương tự hội chứng HFRS được
ghi chép trong y văn của người Trung Quốc từ những năm 960 [31]. Vào thế
kỉ 15 ở Anh, người ta cũng ghi nhận một chứng bệnh bí ẩn và được cho là phù
hợp với triệu chứng do virus Hanta gây nên. Người bệnh xuất hiện tình trạng
mệt mỏi và đổ rất nhiều mồ hôi, dịch bệnh bùng phát với 5 đợt lớn vào các
năm 1485, 1508, 1517, 1528 và 1551 [6]. Thực tế, HFRS lần đầu tiên được
phát hiện và ghi nhận trong cuộc chiến tranh Triều tiên (1951 – 1954), bệnh
đã khiến hơn 3000 binh lính Liên Hợp Quốc phải nhập viện. Tuy nhiên, tác
nhân gây bệnh vẫn chưa được tìm ra mãi cho đến 25 năm sau đó. Vào năm
1978, nguyên nhân gây ra HFRS được xác định là virus Hanta, phân lập từ
loài chuột Apodemus agrarius bên bờ sông Hantaan thuộc Nam Triều Tiên,
chính vì vậy tác nhân được đặt theo tên con sông là Hantaan virus.
Năm 1993, sự bùng phát các trường hợp suy hô hấp bất thường, sau này gọi
là HPS ở vùng Bắc Mỹ khiến nhiều người tử vong. Sau đó, chỉ trong khoảng
thời gian ngắn, virus gây ra HPS được phân lập từ loài Peromyscus maniculatus
và sau đó đặt tên là virus SNV [7].
1.1.2. Bệnh do virus Hanta
a. Nguồn lây và phương thức truyền bệnh
 Nguồn lây truyền
Virus Hanta lây truyền bệnh cho người qua vật chủ chứa thường là các
động vật gặm nhấm với các loài tiêu biểu có mặt hầu hết ở các nơi trên thế
giới. Ngoại trừ virus Puumala được phát hiện ở chuột đồng lông đỏ-nâu thì

4

hầu hết các virus Hanta gây bệnh cho người đều liên quan tới chuột nhắt và
chuột cống [8]. Virus Hanta gây ảnh hưởng rất ít đến vật chủ chứa của chúng,
các báo cáo thử nghiệm cho thấy virus Hanta hầu như không gây nên triệu
chứng bệnh nào trên chuột. Mặc dù vậy virus có thể được phát hiện trên rất
nhiều loại mô của cơ thể vật chủ chứa như phổi, lá lách, gan, tụy, tuyến nước
bọt, thận, não [9]. Chính vì vậy ổ chứa virus là yếu tố quan trọng trong công
tác kiểm soát dịch bệnh do virus Hanta gây nên.

 Phương thức truyền bệnh
Người bị nhiễm virus Hanta do hít phải những vật thể tạo thành trong
chất thải của chuột như nước tiểu, phân hay nước bọt thường là do bị động vật
đã nhiễm virus cắn [8], [10]. Trường hợp lây truyền giữa người và người qua
hít phải các khí dung có chứa virus hầu như chỉ được báo cáo với týp huyết
thanh virus Andes. Tuy nhiên, qua nghiên cứu các bệnh nhân nhiễm HPS tại
Chile năm 2007 cũng chỉ có thể đưa ra bằng chứng gián tiếp về phương thức
lây truyền này [8].

 Biểu hiện lâm sàng bệnh do virus Hanta
Tùy thuộc vào thể bệnh nặng hay nhẹ mà bệnh nhân có những biểu hiện
lâm sàng khác nhau. Nếu ở dạng thể nhẹ, bệnh nhân có các triệu chứng như
cảm cúm bao gồm sốt, nhức đầu, đau cơ bắp, thường ở đùi, lưng và hông. Ở
thể nặng, bệnh nhân có biểu hiện giảm tiểu cầu, xuất huyết, khó thở, suy hô
hấp và suy thận, nếu không được điều trị kịp thời, người nhiễm bệnh có thể tử
vong. Thể nặng thường biểu hiện dưới hai hội chứng đó là sốt xuất huyết hội
chứng thận (HFRS) và hội chứng phổi do virus Hanta (HPS), các thể này có
tỷ lệ tử vong cao, từ 35 - 50% [2], [11], [13], [14].

5

Bảng 1.1. Các giai đoạn điển hình, triệu chứng và biến chứng của HFRS [14], [15], [31]
Giai đoạn
Thời gian xuất hiện
Các đặc điểm chủ

Sốt
1 - 7 ngày

Giảm huyết áp
1 - 3 ngày

Sốt

Huyết áp giảm

yếu

Tiểu ít
2 - 6 ngày
Lượng nước tiểu

Tiểu nhiều
2 tuần
Lượng nước tiểu

giảm

tăng

Hồi phục
3 - 6 tháng

- Đau đầu
- Nôn mửa

- Rò rỉ mao mạch

Các dấu hiệu và

- Đau khoang bụng - Có các triệu

triệu chứng

- Đau lưng

chứng liên quan

- Khả năng nhìn

đến đau phổi

- Lượng nước tiểu

- Cân nặng giảm

dưới 100ml/ ngày

- Lượng nước tiểu

- Bí tiểu

bài tiết nhiều

- Cơ thể yếu
- Mệt mỏi

hạn chế

Biến chứng: Bệnh viêm não và dây cột sống, xuất huyết, suy chức năng nhiều cơ quan, xuất huyết tuyến yên, viêm thận tiểu
cầu, phù phổi, sốc, suy hô hấp cấp (ARDS), đông máu rải rác nội mạch (DIC).


6

HPS được nhắc đến như bệnh cấp tính nguy hiểm bởi sự khởi phát
nhanh chóng của suy hô hấp và sốc tim với tỉ lệ tử vong khoảng 40% [2],
[13]. HPS mang một số đặc điểm tương đồng với HFRS bao gồm các triệu
chứng về sốt, giảm tiểu cầu và bạch cầu, trừ đích tác động là phổi gây ra rò rỉ
mao mạch thay vì thận như HFRS mặc dù cũng có một số vấn đề liên quan tới
thận nhận thấy ở một số ca mắc HPS. Về cơ bản, các giai đoạn mắc HPS được
chia thành ba giai đoạn, bao gồm: (1) giai đoạn sốt, (2) giai đoạn liên quan
đến giảm chức năng phổi, tim và cuối cùng là (3) giai đoạn hồi phục. Tại mỗi
giai đoạn, biểu hiện bệnh sẽ xuất hiện khác nhau tùy thuộc vào loại virusmắc
phải. Giai đoạn sốt thường kéo dài từ 3 đến 5 ngày với một số triệu chứng liên
quan đến đường hô hấp tuy nhiên không bao gồm ho và viêm mũi. Sau đó,
bệnh nhân thường phát triển đến giai đoạn có những triệu chứng liên quan đến

đường tiêu hóa như đau bụng, tiêu chảy, buồn nôn và nôn [8], [9]. Các dấu
hiệu đánh dấu sự bắt đầu của giai đoạn liên quan đến phổi bao gồm sự xuất
hiện của các cơn ho, thở nhanh, nhịp tim tăng. Ở giai đoạn này, có thể thấy
giảm số lượng tiểu cầu, giảm mức protein, tăng dung tích hồng cầu và phát
hiện sự hoạt động của các tế bào lympho. Diễn biến của HPS thường rất nguy
cấp, từ 1 đến 3 ngày sau khi xuất hiện những triệu chứng liên quan đến đường
hô hấp, bệnh sẽ phát triển những hội chứng rò rỉ trong mao mạch phổi, từ đó
dẫn đến suy hô hấp kéo theo sốc tim. Thông thường các bệnh nhân HPS nhập
viện khi đã có triệu chứng khó thở, mất bù cấp hô hấp và xuất hiện phù phổi, giai
đoạn này thường kéo dài khoảng 3 – 4 ngày nhưng cũng có một số bệnh nhân tử
vong ngay sau khi nhập viện vài giờ. Tuy nhiên, đối với các bệnh nhân ở thể HPS
sau khi hồi phục, thường không gây ra các di chứng lớn [14], [15].
1.1.3. Tình hình dịch tễ thế giới và Việt Nam
Tình hình dịch tễ bệnh do virus Hanta trên thế giới và Việt Nam
Virus Hanta có thể gây ra nhiều triệu chứng khác nhau, điển hình cho thể


7

nặng của bệnh là hai hội chứng chính HPS và HFRS. HFRS được mô tả lần
đầu vào cuối thế kỉ 20 ở châu Á và châu Âu trong khi HPS được công nhận là
một hội chứng lâm sàng thực thể từ năm 1993 khi xuất hiện dịch ở Tây bán
cầu. Trên toàn thế giới, mỗi năm có khoảng 150.000 đến 200.000 ca nhập
viện, hầu hết xảy ra ở các nước đang phát triển [11]. Tỷ lệ tử vong do HFRS
từ 1-12% tùy virus. HPS là một vấn đề sức khoẻ cộng đồng, đặc biệt là ở Nam
Mỹ, nơi có sự gia tăng số ca bệnh HPS được báo cáo mỗi năm. Từ khi HPS
lần đầu tiên được công nhận do virus Hanta ở vùng Bốn góc của Mỹ vào năm
1993, các trường hợp lâm sàng cũng đã được xác nhận ở châu Mỹ tại
Argentina, Bolivia, Brazil, Canada, Chilê, Panama, Paraguay, Mỹ và Uruguay
với hơn 2.000 các trường hợp HPS được ghi nhận ở khu vực châu Mỹ [12],

[13]. Mặc dù HPS có tỷ lệ mắc nhỏ hơn nhiều với khoảng 200 trường hợp
mỗi năm tại Mỹ nhưng tỷ lệ tử vong tới 40-50% [11], [2]. Tại châu Á, các
trường hợp lâm sàng của hội chứng HFRS chủ yếu do virus HTNV và virus
Seoul (SEOV) xảy ra chủ yếu tại Trung Quốc và Hàn Quốc và vùng Viễn
Đông của Liên Bang Nga. Tại Trung Quốc, mỗi năm có hơn 1.400.000 trường
hợp với khoảng 45.000 người tử vong trong giai đoạn 1950 – 2001 làm cho
nước này trở thành quốc gia đặc hữu của HFRS, chiếm 70 – 90% các ca
HFRS trên toàn thế giới [14], [15].


8

Hình 1.1. Phân bố của các hội chứng do virus Hanta
Ở Việt Nam, năm 1986 Rollin và cộng sự bằng kĩ thuật miễn dịch huỳnh
quang gián tiếp đã tìm thấy 4.5% (8/146) kháng thế kháng virus trên nhóm
bệnh nhân nghi ngờ nhiễm virus Arbo tại Hà Nội [16]. Theo nghiên cứu của
Hoàng Thủy Nguyên và cộng sự trong năm 1998- 1999 [17], bằng kĩ thuật
ngưng kết hạt (Hantadia) đã thấy 4.03 % (5/124) mẫu huyết thanh người và
3.07% (1/27) mẫu huyết thanh chuột có kháng thể kháng với virus Hanta.
Theo báo cáo của viện Pasteur, đã có nhiều trường hợp xuất hiện hội chứng
HFRS tại thành phố Hồ Chí Minh. Virus Hantan cũng đã thấy ở loài
chuột Rattus Norvegicus ở một số tỉnh miền Bắc. Đã có 11 chủng của Việt
Nam được đăng ký tại Ngân hàng gen Quốc tế trong đó 10 chủng có cấu trúc
gen thuộc chủng vùng Seoul, đặc biệt năm 2007 đã phát hiện một virus mới
tại tỉnh Cao Bằng và được đặt tên là virus CBVN. Tại Hà Nội đến nay chưa
phát hiện trường hợp nào nhiễm virus Hanta nhưng kết quả nghiên cứu của
viện Vệ Sinh dịch tễ Trung Ương phối hợp với Đại Học Hokaido Nhật Bản
trên quần thể chuột bắt tại chợ Trương Định và Bến xe Giáp Bát có tới 16.3%
mẫu huyết thanh chuột có kháng thể kháng virus Hanta [28].

9

Ổ chứa và nguồn truyền bệnh
Vật chủ tự nhiên của virus Hanta hầu hết là các loài động vật gặm
nhấm. Các loài vật chủ này có đặc điểm chung là bị nhiễm virus trong thời
gian dài với các biểu hiện ở giai đoạn cấp tính lượng virus đạt đỉnh, virus
được đào thải với số lượng lớn ra ngoài cùng chất tiết như phân, nước tiểu,
nước bọt và tiếp theo giai đoạn cấp là giai đoạn nhiễm dai dẳng. Điều đặc biệt
là mỗi virus Hanta có động vật là ổ chứa nhất định [16]. Vì đặc thù này nên sự
phân bố địa lý và dịch tễ học của các bệnh do virus Hanta gây ra cho con
người gắn liền với sự phân bố của vật chủ chứa chúng.
Theo Ủy ban Quốc tế về Phân loại Virus (ICTV), mỗi Hanta virus có một
ổ chứa khác nhau theo từng loài hoặc dưới loài [16], chúng được chia thành
bốn nhóm riêng biệt dựa trên vật chủ của chúng. Nhóm đầu tiên chứa các virus
gây HFRS chẳng hạn như HTNV, Seoul (SEOV) và virus Dobrava-Belgrade
(DOBV), được mang bởi chuột và các loài gặm nhấm trong Cựu Thế Giới (Old
World rat) [17]. Các virus của nhóm thứ hai được mang bởi chuột đồng và
lemmut, là nguyên nhân của NE (PUUV) hoặc tác nhân gây ra TULV, Prospect
Hill Virus (PHV). Nhóm thứ ba, được mang bởi các loài gặm nhấm thuộc Tân
Thế Giới (New World rat) và chuột bao gồm SNV, Andes (ANDV), nguyên
nhân của HPS khi truyền sang người [18]. Nhóm thứ tư là sự bổ sung gần đây
nhất, được mang bởi chuột chù không thuộc nhóm các loài gặm nhấm mà là
nhóm ăn côn trùng, mặc dù loài đầu tiên của nhóm này được phân lập từ năm
1964 có tên là Thottapalayam.


10

Bảng 1.1: Sự phân bố địa lý của các virus Hanta gây bệnh và các vật chủ

Nhóm và Virus phân lập
phân họ

hoặc chủng

Tên

Phân bố

viết tắt

địa lý

Vật chủ chứa

Bệnh liên
quan

Virus Hanta trong Cựu Thế Giới (Old World)
Murinae

Trung Quốc,
Virus Hantaan

HTNV Nam Triều
Tiên, Nga

Virus DobravaBelgrade
Virus Dobrava/
Belgrade

DOBV Balkan

DOBV

(Kurkino)

DOBV

(Sochi)

Apodemus
flavicollis

Trung Âu và Apodemus
Đông Âu

agrarius

Nam châu Âu Apodemus
thuộc lãnh

HFRS

HFRS

HFRS

ponticus

HFRS

thổ Nga

Virus Seoul

SEOV Toàn thế giới

Virus Saaremaa

SAAV Châu Âu

Virus Thái Lan

THAIV Đông Nam Á

Virus Amur

AMRV

Arvicolinae Virus Puumala

agrarius

Khu vực phía

Virus Dobrava/
Belgrade

Apodemus

Viễn Đông
Nga
Châu Âu,

PUUV Châu Á và
nước Mỹ

Rattus
norvegicus
Apodemus
agrarius
Bandicota
indica
Apodemus
peninsulae
Clethrionomys
glareolus

HFRS
HFRS
HFRS
HFRS

HFRS/NE

Virus Hanta trong Tân Thế Giới (New World)
Sigmodontina

Virus Sin

e

Nombre

SNV

Bắc Mỹ

Peromyscus
maniculatus

HPS


11

Nhóm và Virus phân lập
phân họ

hoặc chủng
Virus
Monongahela
Virus New York
Virus Black
Creek Canal
Virus Bayou

Tên

Phân bố

viết tắt

địa lý

MGLV Bắc Mỹ

NYV

Bắc Mỹ

BCCV Bắc Mỹ
BAYV Bắc Mỹ
-

Virus Andes

ANDV

Virus Bermejo

BMJV Argentina

Lechiguana

Panama
Argentina,
Chile

LECV Argentina

Virus Maciel

MCLV Argentina

Virus Orán

ORNV Argentina

Virus Laguna
Negra
Virus
Araraquara
Virus Juquitiba

1.1.4. Đặc điểm virus học

Bệnh liên
quan

Peromyscus

Virus Choclo

Virus

Vật chủ chứa

Paraguay,

LANV Bolivia,
Argentina
-

Brazil

-

Brazil

maniculatus
nubiterrae
Peromyscus
leucopus
Sigmodon
hispidus
Oryzomys
palustris
Oligoryzomys
fulvescens
Oligoryzomys
longicaudatus
Oligoryzomys
chocoensis
Oligoryzomys
flavescens
Bolomys
obscurus
Oligoryzomys
longicaudatus

Calomys
laucha
Bolomys
lasiurus
Oligoryzomys
nigripes

HPS

HPS
HPS
HPS
HPS
HPS
HPS
HPS
HPS
HPS

HPS

HPS
HPS


12

a. Phân loại
Hantaviruses thuộc họ Bunyavirus, một họ gồm 5 chi: Hantavirus,
Nairovirus, Orthobunyavirus, Phlebovirus và Tospovirus. Mỗi loại đều được

tạo thành từ những virus đơn chuỗi RNA. Tất cả các chi này bao gồm virus
gây bệnh truyền qua động vật chân khớp, ngoại trừ chi Hantavirus, là loài gây
bệnh truyền qua động vật gặm nhấm. Theo Ủy ban Quốc tế về Phân Loại
Virus (ICTV), hiện tại có khoảng 24 loài virus Hanta đã được phát hiện [16].
b. Hình thái học và cấu trúc

 Hình thái học
Dưới kính hiển vi điện tử, virus có dạng hình cầu hoặc hình bầu dục,
kích thước thay đổi từ 80 – 120 nm [1].

Hình 1.2. Virus Hanta dưới kính hiển vi điện tử

 Cấu trúc
Cấu trúc hạt virion bao gồm các đoạn genome được bao bọc bởi các
nucleocapsid (N) protein để tạo thành ribonucleoprotein cùng với RNA –
polymerase phụ thuộc RND (Rdrp) được đóng gói trong một lớp vỏ lipid có
chứa các gai glycoprotein G1 và G2 ( hay Gn và Gc).
Bộ gen của virus được chia thành các phân đoạn S (nhỏ, từ 1.6 – 2.1 kb),


13

M (trung bình, 3.7 – 3.8 kb) và L (lớn, 6.5 – 6.6 kb), đây cũng là đặc trưng
của các thành viên trong họ Bunyaviridae [19]. Đoạn nhỏ (S) mã hóa cho
nucleocapsid protein (N), N protein tồn tại với mật độ cao trong tế bào chất
của tế bào nhiễm virus. Biểu hiện của chúng có thể phát hiện được khoảng 6
tiếng sau khi tế bào bị nhiễm. Nhiều nghiên cứu cũng chỉ ra rằng các đáp ứng
miễn dịch sớm phần lớn tác động đích đến N protein. Đoạn trung bình (M) mã
hóa cho 2 glycoprotein bề mặt G1 và G2, chúng tạo điều kiện cho virus có thể
gắn lên các thụ thể màng trên bề mặt tế bào vật chủ. Đoạn lớn (L) mã hóa cho

RNA phụ thuộc RNA polymerase của virus (Rdrp) [20], [21]. RdRp thực hiện
khá nhiều vai trò: dịch mã, nhân bản, endonuclease, tháo xoắn helix ARN.
Trong quá trình dịch mã RdRp tổng hợp mARN từ khuôn là sợi đơn âm ARN
virus và nhân bản vật chất di truyền của virus qua cARN trung gian.

Hình 1.3. Cấu trúc virus và hệ gen của virus Hanta

 Cấu trúc đoạn gen M
Đoạn gen M của virus Hanta gồm 3 vùng bao gồm vùng 5’ không mã
hóa (5’ NCR), một khung đọc mở (ORF) và 3’ không mã hóa (NCR). Vùng
5’NCR và 3’NCR có chiều dài lần lượt khoảng 47 nucleotid và 203
nucleotide. Đoạn M chứa một khung đọc mở đơn (48 – 3448 nucleotide) mã
hóa cho tiền chất của 1133 acid amin quy định các glycoprotein G1 và G2.


14

Glycoprotein bề mặt tiền thân (GPC) của virus Hanta được tổng hợp ở
ribosome liên kết với màng lưới nội chất (ER). Sau đó trong quá trình chuyển
tới ER, GPC được protease nội bào phân chia thành glycoprotein trưởng
thành G1 và G2. Các glycoprotein G1 và G2 tạo điều kiện cho virus có thể
gắn lên các thụ thể màng trên bề mặt tế bào vật chủ. Cũng có nghiên cứu cho
rằng sự biểu hiện của G1 làm giảm sản xuất IFN-β – yếu tố quan trọng trong
quá trình đáp ứng miễn dịch chống lại sự xâm nhập của virus [1], [27].
Các glycoprotein G1/G2 có thể tương tác với các protein đặc biệt trên bề
mặt tế bào β3-integrins, tạo điều kiện xâm nhập tế bào của hantavirus gây ra
HPS [22].

c. Đặc điểm nhân lên và đáp ứng miễn dịch

 Quá trình nhân lên của virus Hanta
Giống như nhiều virus khác, virus Hanta xâm nhập vào các tế bào chủ
bằng sự tương tác giữa các glycoprotein của virus và các thụ thể đặc hiệu trên
bề mặt tế bào (Hình 3). Các virus Hanta gây bệnh và không gây bệnh sử dụng
các thụ thể tích hợp khác nhau để xâm nhập vào tế bào chủ của chúng. Các
intergrin của người như αIIaβ3 trên bề mặt tiểu cầu và αvβ3 ở các tế bào nội
mô làm trung gian cho sự xâm nhập tế bào của các virus Hanta gây bệnh, từ
đó gây ra HFRS và HCP [22]. Ngược lại, virus Hanta không gây bệnh, chẳng
hạn như, PHV và TULV sử dụng thụ thể α5β1 cho việc xâm nhập vào tế bào.
Sau khi bám dính vào bề mặt tế bào chủ, virus Hanta xâm nhập vào các
tế bào bằng quá trình nhập bào phụ thuộc Clathrin. Sau khi xâm nhập, virus
Hanta cởi bỏ lớp áo của mình, ba nucleocapsids được giải phóng vào bào
tương tế bào cùng với RdRp của virus. Sau đó, RdRp bắt đầu được phiên mã
và các mRNA của virus mã hóa cho ba protein virus được tổng hợp. Các


15

mRNA virus có khoảng 100 nucleotide ngắn hơn RNA của virus ban đầu và
thiếu đuôi poly A. RdRp của virus sử dụng cơ chế "nắp đậy" để bắt đầu phiên
mã [23], [24]. Các mRNA của virus được dịch mã trong tế bào chất nhờ bộ
máy dịch mã của tế bào chủ. RdRp virus cũng sao chép bộ gen thông qua tổng
hợp cRNA bổ sung. Các cRNA bổ sung là sự bổ sung chính xác của RNA virút (vRNA), và trở thành như các khuôn mẫu để tổng hợp các bộ gen âm của
virus. Virus lắp ráp và trưởng thành trên bề mặt tế bào hoặc trên Golgi. Các
virion trưởng thành trên Golgi được vận chuyển đến bề mặt tế bào thông qua
các con đường túi tiết. Cuối cùng, virion mới nảy chồi ra khỏi các tế bào chủ
từ màng tế bào.

Hình 1.4. Quá trình xâm nhập và nhân lên trong tế bào chủ của virus Hanta

 Đáp ứng của hệ thống miễn dịch khi bị nhiễm virus Hanta
Sự nhiễm virus Hanta gây ra phản ứng miễn dịch bẩm sinh trong tế bào
chủ, tuy vậy các virus gây bệnh dường như có thể trốn tránh các phản ứng
này ở một mức độ nhất định. Các dạng interferon khác nhau được biểu hiện
và gen kích thích sản xuất IFN được kích hoạt. Sự biểu hiện của IFN-


16

inducing MxA protein bị trì hoãn trong các tế bào bị nhiễm các virus Hanta
gây bệnh. Tương tự, mức độ các phân tử kháng nguyên trình bày như HLA
lớp I được nâng cao. Tuy nhiên, việc điều hòa tăng chậm hơn sau khi nhiễm
virus Hanta gây bệnh so với các virus Hanta không gây bệnh. Các cơ chế
chống virus bẩm sinh khác được gây ra trong suốt quá trình nhiễm virus
Hanta bao gồm kích hoạt hệ thống bổ thể theo con đường cổ điển và thay thế,
ví dụ sự tăng phức hợp SC5b-9 và tỷ lệ C4d/C4 cao hơn trong suốt NE do
PUUV [25]. Các tế bào giết tự nhiên, được gọi là effector và các tế bào tiết
trong hệ thống miễn dịch miễn dịch sản xuất các phân tử gây độc tế bào và
tiết cytokine và chemokine di chuyển vào các mô bị nhiễm virus [25], [26].
Cơ thể nhiễm virus, sau khi bệnh khởi phát vài ngày bắt đầu xuất hiện
kháng thể IgM, đạt đỉnh sau 2-3 tuần. IgG cũng xuất hiện sớm nhưng có thể tồn
tại hàng năm.
1.1.5 . Các phương pháp chẩn đoán virus Hanta
a. Phương pháp trực tiếp

 Soi trên kính hiển vi điện tử
Đây là một phương pháp hữu hiệu, nhạy và nhanh trong việc quan sát
virus. Virus Hantan hơi khác virus khác ở chỗ sự nhân lên của virus Hantan
chậm và vắng mặt hình thái tế bào gây nhiễm. Tuy nhiên, phương pháp này
đòi hỏi phải nồng độ virus cao: tốt nhất là từ 106 tới 109/ml.

 Phân lập virus Hanta
Phải thực hiện trong phòng thí nghiệm An toàn sinh học cấp 3 (BSL3)
- Thu thập mẫu xét nghiệm từ bệnh nhân và ổ chứa virus: ví dụ từ phổi
và lách của chuột nhiễm virus Hanta.
- Tiến hành phân lập trên động vật.
- Phân lập trên tế bào nuôi (tế bào VERO E6)