Thu thập nguồn gene và tổ chức dữ liệu gene 4.pdf

PHẦN B: TỔNG QUAN – Cơ sở tin học – Ngôn ngữ Java
NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
53
* Java Servlet có thể thiết kế trang web dựa trên những dữ liệu submit từ phía
ngƣời dùng.
* Java Servlet có thể sử dụng thông tin từ những cơ sở dữ liệu chung hoặc từ
server khác. (Nhƣ là một trang web thƣơng mại có thể sử dụng Servlet để xây dựng
ứng dụng báo cáo danh sách các giá hiện thời đƣợc cập nhật từ nhiều nguồn khác nhau
và có thể đƣợc sử dụng cho mỗi mặt hàng bán ra thị trƣờng)
Nhƣ vậy, Servlet không bị hạn chế đến ứng dụng web và ứng dụng server mà nó
còn có thể vận dụng cho HTTP request. Java Servlet có thể ứng dụng cho nhiều loại
server khác nhau.
III.3.5. Thuận lợi của Servlet so với các công nghệ thiết kế web khác
Java Servlet hiệu quả hơn, dễ dàng sử dụng hơn, mạnh, dễ thay đổi hơn (vì ứng
dụng kỹ thuật Model-Controller-View (MVC)).
Nhờ ứng dụng mô hình MVC trong thiết kế mà tạo nên tính dễ dàng thay đổi và
cập nhật trong kỹ thuật thiết kế web bằng Servlet. Những thay đổi cụ thể nhƣ view có
thể dễ dàng thay đổi mà không ảnh hƣởng đến toàn bộ hoạt động hiện thời của hệ
thống.
 Chúng ta có thể so sánh cụ thể giữa Servlet và CGI
CGI (giao thức truyền giữa client và server)
Với kỹ thuật CGI truyền thống thì một tiến trình đƣợc thi hành cho mỗi HTTP
request, phí tổn bắt đầu tiến trình có thể lớn hơn thời gian thi hành thực tế..
Với Java Servlet ta có thể hiểu một cách nôm na là nó sử dụng máy ảo Java (Java
virtual machine) để biên dịch chƣơng trình.

Hình 3.1: Một chu kỳ sống của CGI
PHẦN B: TỔNG QUAN – Cơ sở tin học – Ngôn ngữ Java
NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
54
Với CGI: nếu có những yêu cầu đồng thời trong cùng một chƣơng trình, thì mã

cho CGI đƣợc load n lần vào bộ nhớ.
Với Java Servlet ta hình dung nó đƣợc load một lần và sử dụng cho các lần khác
Với CGI thì rất khó khăn trong việc chia sẻ tài nguyên hoặc là vị trí trong server
(server-side) giữa các request khác nhau.
Với Servlet cho phép chia sẽ tiến trình chính, chia sẽ tài nguyên giữa nhiều
Servlet và nhiều yêu cầu. Hiện nay Servlet và JSP (Java server page) đƣợc kết hợp để
làm nên Web tier (tầng web) cho Java 2 Enterprise Edition (J2EE).

Hình 3.2: Chu kỳ sống của CGI hiện nay

Sơ đồ 3.1: Sơ đồ một ứng dụng phần mềm
Java Servlet hỗ trợ vài khả năng mà khó hoặc không thể hoàn thành với CGI nhƣ:
Servlet có thể liên lạc trực tiếp server, mà các chƣơng trình CGI không làm đƣợc, ít
nhất là không thể sử dụng specific API (application program interface).
PHẦN B: TỔNG QUAN – Cơ sở tin học – Ngôn ngữ Java
NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
55
Nhiều Servlet giao tiếp với web server thông qua việc chuyển đổi địa chỉ URL
thành tên đƣờng dẫn cụ thể. Nhiều Servlet có thể dễ dàng chia sẻ cơ sở dữ liệu, dễ
dàng hiện thực kết nối cơ sở dữ liệu và chia sẽ nguồn tài nguyên.
Servlet có khả năng lƣu trữ thông tin từ yêu cầu ngƣời sử dụng nhƣ session
(phiên làm việc).
Dễ dàng thay đổi di chuyển:
- Servlet đƣợc viết trong ngôn ngữ lập trình Java và theo tiêu chuẩn API.
- Servlet có thể viết ra ứng dụng web mà chạy hầu nhƣ không thay đổi trên
Apache, Microsoft Internet Information Server(IIS), IBM Web Sphere. Java Servlet
đều đƣợc thi hành trên Sun Java web server, Apache Tomcat và Sun‟s Java server we
development (JSWDK).
Nhƣ vậy, chính nhờ dựa trên nền tảng công nghệ Java mà Java Servlet có hiệu
quả khi lập trình web đòi hỏi các ứng dụng động và phức tạp. Sử dụng chức năng lập

trình hƣớng đối tƣợng trong Java.
Tuy nhiên, với những tiến bộ của công nghệ Java hiện nay, Servlet đƣợc xem là
công nghệ cơ bản để nhiều công nghệ khác đƣợc xây dựng trên đó, chẳng hạn Struts,
WebWork, JavaServer Faces, và Spring MVC. Ƣu điểm của các công nghệ này là giúp
ngƣời lập trình phát triển các ứng dụng web nhanh hơn và dễ dàng hơn.

III.3.6. Cấu trúc ứng dụng Servlet
Một Servlet là một lớp Java mà có thể đƣợc nạp một cách động vào trong và
đƣợc chạy bởi một web server riêng biệt. Web server đƣợc gọi là Servlet container,
còn đƣợc gọi là một Servlet Engine trong những ngày đầu của công nghệ Java.
Giao diện Servlet (Servlet interface) với máy ngƣời sử dụng qua mô hình yêu
cầu-đáp ứng (request-response) trên cơ sở HTTP. Bởi vì công nghệ Java hoạt động
trên đỉnh cao của HTTP, một Servlet Container phải hỗ trợ HTTP khi truyền giao thức
ngƣời dùng yêu cầu (request) và server trả lời (response). Tuy nhiên, một Servlet
Container cũng có thể hỗ trợ giao thức tƣơng tự nhƣ HTTPS (HTTP over SSL) cho sự
giải quyết an toàn.
PHẦN B: TỔNG QUAN – Cơ sở tin học – Ngôn ngữ Java
NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
56

Sơ đồ 3.2: Cấu trúc của một ứng dụng Servlet (Servlet Application)
Trong hình 3.2, một Servlet Application cũng có thể bao gồm nội dung tĩnh
(static content), nhƣ trang HTML và file ảnh. Servlet container thì không thích hợp để
đáp ứng nội dung tĩnh mà đƣợc phục vụ bởi một HTTP Servlet mạnh, vì nếu vậy nội
dung sẽ rất nhanh, nhƣ Apache web server hay Microsoft Interface Information Server.
Nó là thực tiễn phổ biến nhất để đặt một web server phía trƣớc để quản lý các request
của client.

Sơ đồ 3.3: Một cấu trúc phổ biến hơn của một server application.

PHẦN C: PHƢƠNG PHÁP TIẾN HÀNH – Phương tiện
NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
57
C. PHƢƠNG TIỆN VÀ PHƢƠNG PHÁP TIẾN HÀNH
I. Phƣơng tiện
I.1. Thiết bị
 Máy tính cấu hình P.4, có cài đặt hệ điều hành Microsoft Windows.
 Internet truy cập CSDL thế giới.
 Một số phần mềm soạn thảo lập trình Perl nhƣ: EditPlus, UltraEdit, Notepad,
Perl Builder …
 Trình biên dịch Active Perl 5.6, Active Perl 5.8
 Trình soạn thảo lập trình Java: JBuilder hỗ trợ bởi JDK 1.5
 Các công cụ thiết kế web hỗ trợ :FrontPage 2003, Dreamweaver MX
 Phần mềm lập trình web Java Studio Creator

I.2. Thời gian và địa điểm xây dựng CSDL
a) Thời gian:
- Tiến hành từ tháng 3 đến tháng 8 năm 2005.
b) Địa điểm:
- Tiến hành tại:
 Phòng máy tính Trung Tâm Phân Tích và Thí Nghiệm Hóa Sinh, trƣờng
Đại Học Nông Lâm TpHCM.
 Phòng thực tập tin học Khoa Công nghệ thông tin.
 Phòng mạng Khoa Công nghệ thông tin, trƣờng Đại Học Nông Lâm
TpHCM.

PHẦN C: PHƢƠNG PHÁP TIẾN HÀNH – Tìm kiếm dữ liệu bài báo
NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
58
II. Tìm kiếm các ấn phẩm, bài báo khoa học về cây trồng biến đổi di truyền
II.1. Tổng hợp dữ liệu tính trạng liên quan đến cây trồng biến đổi di truyền
Để tìm kiếm thông tin dạng này trên mạng Internet, chúng ta có thể sử dụng
nhiều công cụ tìm kiếm khác nhau. Việc tiếp cận đƣợc các thông tin có thể thực hiện
theo nguyên tắc:

Sơ đồ 2.1: Quy trình tìm kiếm thông tin
Quy trình tìm kiếm một thông tin cần thiết có thể đƣợc thực hiện theo chi tiết sau:
a. Xác định một từ hay một nhóm từ khóa (keyword) mang nội dung chủ yếu và
quan trọng nhất của vấn đề quan tâm.
b. Sử dụng các công cụ tìm kiếm trên mạng để tìm đến các địa chỉ lƣu trữ thông
tin cần thiết.
c. Sử dụng chức năng lọc thông tin của các công cụ để hạn chế tiếp nhận những
thông tin không liên quan nếu cần thiết. Nhƣng thông thƣờng kết quả tìm kiếm đƣợc
có sự sắp xếp theo ƣu tiên nên chức năng này ít đƣợc sử dụng đối với ngƣời sử dụng.
* Xác định nội dung cần tìm kiếm
- Liên quan đến đề tài tập hợp và tổ chức dữ liệu gene phục vụ nghiên cứu cây
trồng biến đổi di truyền, chúng tôi sẽ tìm kiếm những nội dung liên quan đến những
tính trạng, những cây trồng đƣợc biến đổi di truyền trên Internet.
* Lựa chọn công cụ tìm kiếm
- Hiện nay có rất nhiều công cụ khác nhau cho tìm kiếm trang web và các ấn
phẩm bài báo. Sau đây là một vài công cụ tìm kiếm phổ biến:




PHẦN C: PHƢƠNG PHÁP TIẾN HÀNH – Tìm kiếm dữ liệu bài báo

NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
59
Công cụ search Địa chỉ Kích thƣớc danh mục đƣợc
báo cáo
Google 560M
AltaVista 350M
FAST 340M
Northern Light 265M
Excite 250M
HotBot 110M
Lycos 110M
MetaCrawler ND
Scirus 69M
(chỉ cho khoa học)
Bảng 2.1: Địa chỉ những phƣơng tiện tìm kiếm trên Internet cùng với dung lƣợng danh
mục (tƣơng đƣơng với số lƣợng tài liệu danh mục)
- Trong đề tài này chúng tôi chọn tìm kiếm tài liệu điện tử, các ấn phẩm, bài báo
khoa học về các tính trạng, cây trồng biến đổi di truyền ở trên bằng hai công cụ tìm
kiếm sau:
 Google (
 Scirus (
- Quá trình tìm kiếm để có đƣợc thông tin thật sự cần thiết đúng nhƣ yêu cầu, cần
phải sử dụng rất nhiều từ khóa khác nhau để có đƣợc thông tin thật sự hữu ích. Một số
tài liệu, báo cáo khoa học xuất hiện sau khi gõ những từ khóa ngắn gọn nhƣng có
những loại tài liệu phải đăng ký là thành viên mới có đƣợc những loại tài liệu này.
- Sau đây là kết quả điển hình tìm đƣợc qua quá trình tìm kiếm tài liệu điện tử,
bài báo, báo cáo khoa học thông qua hai công cụ tìm kiếm ở trên (Google, Scirus).
Kết quả 1: Tìm kiếm bằng Google.com với từ khóa là “global AND status AND
GM AND crops”, chọn loại tài liệu tìm kiếm là PDF.
PHẦN C: PHƢƠNG PHÁP TIẾN HÀNH – Tìm kiếm dữ liệu bài báo

NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
60

Hình 2.1: Trang kết quả tìm kiếm bằng Google sau khi nhập từ khóa:
“global AND status AND GM AND crops”
Kết quả 2: Tìm kiếm tài liệu bằng Scirus.com cũng với từ khóa “global AND
status AND GM AND crops”, loại tài liệu PDF và chỉ thuộc lĩnh vực khoa học sinh
học và nông nghiệp.