Thu thập nguồn gene và tổ chức dữ liệu gene 7.pdf

PHẦN E: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ
NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
119
II. ĐỀ NGHỊ
1. Có biện pháp lọc dữ liệu tốt hơn và tổ chức dữ liệu hợp lý hơn
 Hiện tại chúng tôi chƣa đƣa ra đƣợc phƣơng án hoàn hảo cho việc chọn lọc
thông tin, vì thế dữ liệu hiện nay của chúng tôi vừa thiếu vừa dƣ thừa không kiểm soát
đƣợc.
 Hoàn thiện việc áp dụng công nghệ Hibernate để xây dựng cơ sở dữ liệu cho đề
tài.
2. Cần có thời gian nữa để hoàn thiện sản phẩm
 Do thời gian có hạn và kiến thức cần để hoàn thành đề tài còn nhiều, chủ yếu là
các kiến thức về công nghệ thông tin nên sản phẩm hiện này chỉ dừng ở mức tìm kiếm
dữ liệu bằng keyword có thể chƣa làm hài lòng ngƣời dùng. Trong tƣơng lai có thể
phát triển thêm các hình thức tìm kiếm khác nhƣ:
o Tạo các chọn lựa theo qui định, giúp ngƣời dùng lấy đƣợc thông tin cần
thiết một cách nhanh chóng nhất.
o Tích hợp công cụ tìm kiếm trình tự nhƣ BLAST, giúp ngƣời dùng tìm
đƣợc trình tự mong muốn thông qua trình tự mình đang có.
 Ngoài ra sẽ phát triển thêm các công cụ phân tích trình tự nhƣ Clustalw,
Readseq…hỗ trợ thao tác đối với trình tự cho ngƣời dùng.
 Toàn bộ giao diện của chƣơng trình đều sử dụng tiếng Anh. Để mở rộng phạm
vi sử dụng sau này, chúng tôi sẽ phát triển phiên bản song ngữ Anh – Việt, trang sử
dụng tiếng Việt sẽ giúp các nhà Sinh học trong nƣớc dễ dàng sử dụng, trang tiếng Anh
sẽ tạo tiền đề cho việc hợp tác quốc tế sau này trong lĩnh vực Bioinformatics.
 Đề tài sẽ còn phát triển xa hơn nữa nếu đƣợc đầu tƣ. Nhƣ ta có thể xây dựng
thêm các cơ sở dữ liệu khác cũng liên quan đến cây trồng biến đổi di truyền nhƣ:
o Cơ sở dữ liệu các vector dùng trong chuyển gene vào thực vật.
o Cơ sở dữ liệu primer dùng trong chẩn đoán GMO.
o Xây dựng cơ sở dữ liệu cho tất cả các gene chỉ thị (Marker Genes) dùng
trong quá trình chuyển gene.

3. Vấn đề quan tâm khác
Trong quá trình tìm hiểu các cơ sở dữ liệu trình tự GenBank/EMBL/DDBJ chúng
tôi nhận thấy các cơ sở dữ liệu này tiến hành tổ chức lƣu trữ trình tự của tất cả các nhà
PHẦN E: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ
NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
120
nghiên cứu trên thế giới. Việc một trình tự đƣợc chấp nhận phải qua đánh giá rất
nghiêm ngặt của hội đồng thẩm định.
Hiện nay trung tâm Phân Tích đã tiến hành giải trình tự các sản phẩm PCR của
các nghiên cứu sinh học phân tử. Việc giải trình tự này có thể hoàn hảo hay không, tuy
nhiên các kết quả này cần cho tham khảo so sánh giữa các lần thí nghiệm hay giữa thí
nghiệm của ngƣời này với ngƣời khác. Các trình tự này chƣa thể đƣợc lƣu giữ trong cơ
sở dữ liệu thế giới. Vì vậy cần có một nơi tổ chức lƣu trữ các trình tự này, đồng thời
cung cấp các công cụ cần thiết giúp các nhà nghiên cứu thuận lợi hơn trong việc thao
tác với các trình tự này.



Tài liệu tham khảo
NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
121

TÀI LIỆU THAM KHẢO

TIẾNG VIỆT
1. Cao Thị Ngọc Phƣợng, 2003. Tài liệu cơ sở dữ liệu. Đại học Khoa Học Tự
Nhiên, 22 trang.
2. Bùi Trang Việt, 2002. Sinh học phân tử (Giáo trình cao học). ĐH Quốc gia TP
HCM.
3. Nguyễn Hồng Minh Ngọc, 2004. Hoàn thiện phương pháp chẩn đoán nông sản

chuyển gen dựa trên kỹ thuật PCR. Khóa luận tốt nghiệp Kỹ sƣ Nông học, Đại
học Nông Lâm TpHCM, Việt Nam.
4. Nguyễn Hữu Hổ, 2004. Công nghệ gene thực vật. Viện sinh học nhiệt đới TP
HCM.
5. Trần Hiếu Thuận, 2003. Tài liệu lập trình Perl. Đại Học Khoa Học Tự Nhiên,
22 trang.
6. Trần Linh Thƣớc, 2002. Thực tập Bioinformatics. Đại Học Khoa Học Tự
Nhiên, 64 trang.
7. Trần Văn Cách, 2005. Tin – Sinh Học. Nhà xuất bản Khoa Học Kỹ Thuật, 144
trang.

TIẾNG NƢỚC NGOÀI
8. Baldi, Pierre and Brunak, Soren ., 2001. Bioinformatics. The Machine Learning
Approach. A Bradford Book, The MIT Press, Cambridge, Massachusetts,
London, England.
9. Barnes, R. Michael and Gray, C.Ian, 2003. Bioinformatics for Geneticists. John
Wiley & Sons Ltd, (411 pages).
10. Baxevanis, D. Andreas., Francis Ouellette, B.F. Bioinformatics – A Practical
Guide to the Analysis of Gene and Proteins. Wiley Publishing, Inc.
11. Blast-Helpgroup, 2004. NCBI User Service. BLAST Program Selection Guide.
NCBI, NLM, NIH, 8600 Rockville Pike, Bethesda, MD 20894.
Tài liệu tham khảo
NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
122
12. Borém, Aluízio., Santos, R. Fabrício., Bowen, E.David., 2003. Understanding
Biotechnology. Prentice Hall PTR, 240 pages.
13. Claverie, Jean-Michel., Notredame Cedric., 2003. Bioinformatics for Dummies.
Wiley Publishing, Inc.
14. Core Servlet and JavaServer Pages. Sun Microsystems Press.
15. García-Cañas, Virginia., González, Ramón., Cifuentes, Alejandro . Detection of

genetically modified maize by pcr and capillary gel electrophoresis (cge) using
uncoated columns.
16. Hernandez, Marta., Pla, Maria., Esteve, Teresa., Prat, Salome., Puigdomenech,
Pere., Ferrando, Alejandro., 2003. A specific real-time quantitative PCR
detection system for event MON810 in maize YieldGard® based on the 3’-
transgene integration sequence. Transgenic Research 12: p.181. Kluwer
Academic Publishers. Printed in the Netherlands.
17. Hernandez,Marta., Rýo, Adolfo., Esteve, Teresa., Prat, Salome and Pla, Maria.,
2001. A Rapeseed-Specific Gene, Acetyl-CoA Carboxylase, Can Be Used as a
Reference for Qualitative and Real-Time Quantitative PCR Detection of
Transgenes from Mixed Food Samples. J. Agric. Food Chem 49, p.3623.
18. Ilene Mizrachi, 2003. GenBank: The Nucleotide Sequence Database. NCBI
HandBook, Chapter 1.
19. Jayson Falkner & Kenvin Jones, 2003. Servlet and JavaServer Pages. The J2EE
Technology Web Tier.
20. Koschinsky, S., Peters, S., Schwieger, F., Tebbe, C.C., 1999. Applying
molecular techniques to monitor microbial communities in composting
processes. Atlantic Canada Society for Microbial Ecology, Halifax, Canada,
p:3.
21. Kunzek, Herbert., Kroh, W. Lothar., Bögl, Werner Klaus . Quality control for
foods produced by genetic engineering. Berlin 2004, p.58.
22. Kurniawan, Budi., 2002. Java for the Web with Servlets, JSP, and EJB: A
Developer's Guide to J2EE Solution. New Riders Publishing.
23. National Veterinary Institute (Norway) and INRA (France). Protocol for event-
specific quantitation of Bt11 in maize. GMO specific real-time PCR system,
p:3.
Tài liệu tham khảo
NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
123
24. Ostell, Jim., 2003. The Entrez Search and Retrieval System. NCBI HandBook,

chapter 15.
25. Ovesná, Jaroslava , Dědičová, Lenka., Horáček, Jiří., sadilová, Eva., Kučera,
Ladislav and Měsková, Ludmila., 2002. Comparison of Different PCR-based
Protocols for Detection of Roundup Ready Soybean. Czech J. Genet. Plant
Breed. 38, (1):55–63, p:56,57.
26. Pauli, Urs., Liniger, Marianne., Zimmermann, Andreas and Schrott, Martin.
Extraction and Amplification of DNA from 55 Foodstuffs. Mitt. Lebensm. Hyg
91 (2000), p:494.
27. Ritala, Anneli., Teeri, Teemu., Marttila, Salla., Rasmussen, K. Soren., 2003.
Transgenic raw materials in food production - Detection of transgene and
heterologous protein levels. NT TECHN REPORT 542, p:14.
28. Schwartz, L. Randal. Learning Perl. O‟Reilly.
29. Shan, Guomin., Lipton, Cynthia., Gee, J. Shirley and Hammock, D. Bruce.,
2002. Immunoassay, biosensors and other nonchromatographic methods.
Handbook of Residue Analytical Methods for Agrochemicals, p.663. John
Wiley & Sons, Ltd, Chichester.
30. Sirotkin, Karl., et al., 2002. The Processing of Biological Sequence Data at
NCBI. NCBI HandBook, chapter 13.
31. Tengel, C., Schüssler, P., Setzke, E., Balles, J and Sprenger-Haussels, M.
Detection of genetically modified soybean and maize in raw and processed
foodstuffs. QIAGEN News.
32. Tisdall, D. Jame. Mastering Perl for Bioinformatics. Copyright © 2003
O'Reilly & Associates, Inc.
33. Tisdall, D.Jame., Copyright © 2001. Beginning Perl for Bioinformatics.
O‟Reilly, first Edition.
34. Van den Eede, G., Weighardt, F., Mazzara, M. and Anklam, E., 2002. The
Certification of Reference Materials of Dry-Mixed Soya Powder with different
Mass Fractions of Roundup Ready Soya IRMM-410S. European Communities,
p:19.
Tài liệu tham khảo

NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
124
35. Windels, Pieter., Taverniers, Isabel., Van Bockstaele, Erik Ann Depicker., De
Loose, Marc., 2001. Characterisation of the Roundup Ready soybean insert.
Eur Food Res Technol 213:107–112, p:109.
36. Zhen Tao, Xing-Feng Cai, Sheng-Li Yang and Yi Gong. Detection of
Exogenous Genes in Genetically Modified Plants With Multiplex Polymerase
Chain Reaction. Plant Molecular Biology Reporter 19: p. 293.

TÀI LIỆU THAM KHẢO TRÊN INTERNET
[1]. NCBI:
(
(
[2]. EMBL:
(
(
[3]. DDBJ:
(
[4]. Readseq:



[5]. BLAST:



[6]. BLAT:


[7]. ClustalW:

Tài liệu tham khảo
NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
125
[8]. HMMER:



[9]. MEME/MAST:



[10]. EMBOSS:

html

html

[11]. html
[12].


Phần phụ lục
NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
126

PHỤ LỤC A

THỐNG KÊ DANH SÁCH
TÍNH TRẠNG VÀ CÂY TRỒNG BIẾN ĐỔI DI TRUYỀN
BẢNG 1
DANH SÁCH CÁC CÂY CHUYỂN GENE
STT Tên Tiếng Anh Tên Tiếng Việt
1 Alfalfa cỏ linh lăng
2 Cabbage cải bắp
3 Cocoa cacao
4 Canola cải dầu
5 Carnation cây cẩm chƣớng
6 Cauliflower cải hoa, sup-lơ
7 Chicory rau diếp xoăn
8 Chilli ớt khô
9 Cotton bông vải
10 Creeping Bentgrass
11 Eggplant
12 Eucalyptus cây khuynh diệp, cây bạch đàn
13 Field Pea đậu Hà Lan
14 Flax, Linseed cây lanh
15 Lentil đậu lăng
16 Lupin đậu lupin
17 Maize ngô
18 Melon dƣa hấu
19 Oilseed rape cải dầu
20 Oilseed turnip cây củ cải Thụy Điển
21 Orange cam
22 Papaya đu đủ
23 Peanut đậu phọng