CHUYÊN đề HƯỚNG dẫn sử DỤNG PUBMED

KHOA Y - ĐẠI HỌC QUỐC GIA TPHCM
Nhóm 1

BÁO CÁO QUẢN LÝ KINH TẾ DƯỢC
CHUYÊN ĐỀ: HƯỚNG DẪN SỬ DỤNG PUBMED

TP HCM - 05/2019

***


KHOA Y - ĐẠI HỌC QUỐC GIA TPHCM
Nhóm 1

BÁO CÁO QUẢN LÝ KINH TẾ DƯỢC
CHUYÊN ĐỀ: HƯỚNG DẪN SỬ DỤNG PUBMED

Danh sách thành viên và phân công công việc
STT

Họ và tên

Nhiệm vụ

1
2

Lê Cẩm Thành
Nguyễn Trần Đăng Linh

Đặt vấn đề - Kết luận

Giới thiệu PubMed – Ngoài PubMed

3
4

Hồ Thị Thanh Mai
Trần Thị Hương

Từ vựng – My NCBI
Cách tìm kiếm PubMed – Lưu tìm kiếm

5

Hồng Trần Thuỳ Linh

6
7

Nguyễn Thị Dun
Lý Quốc Kiệt

Xây dựng nghiên cứu ( trừ Cách tìm
kiếm PubMed)
Quản lí kết quả - Lấy các bài báo
Trình bày word

TP HCM - 05/2019


MỤC LỤC

3


DANH MỤC HÌNH

4


DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT VÀ KÍ HIỆU
Từ viết tắt

Tiếng Anh

Tiếng Việt

NLM

National Library of Medicine

Thư viện Y khoa Quốc Gia

NCBI

National Center for Biotechnology
Information

Trung tâm Thông tin Công nghệ
sinh học Quốc gia

PMC

PubMed Central

Trung tâm PubMed

NIH

National Institutes of Health

Viện nghiên cứu sức khoẻ quốc gia

LSTRC

Literature Selection Technical
Review Committee

Ủy ban đánh giá kỹ thuật lựa chọn
văn học

MeSH

The Medical Subject Headings

ATM

Auto Mapping

Đối chiếu thuật ngữ tự động

5


ĐẶT VẤN ĐỀ
Tra cứu thông tin là một giai đoạn khơng thể thiếu được trong một quy trình nghiên cứu khoa
học. Bất kỳ một nghiên cứu khoa học nào cũng được hình thành từ một ý tưởng nghiên cứu. Các
dữ liệu cần phải dựa trên một nền tảng thông tin và y văn hiện hành, chứ khơng thể khơng có
bằng chứng và chỉ dựa trên kinh nghiệm. Trong thời đại ngày nay, thông tin đã được quản lý và
lưu trữ một cách hệ thống, nên việc tìm kiếm thơng tin và trích dẫn tài liệu trở nên rất dễ dàng và
hiệu quả.
Các trang web cung cấp nguồn tài liệu uy tín như: Google Scholar [1], Scobus[2], PubMed[3],... Tuy
nhiên, các trang web này có ưu và nhược điểm riêng. [4] PubMed và Google Scholar có thể truy
cập truy cập miễn phí nhưng đối với Scobus thì phải trả phí. Scopus bao gồm phạm vi tạp chí
rộng hơn, giúp cả về tìm kiếm từ khóa và phân tích trích dẫn, nhưng hiện tại nó chỉ giới hạn ở
các bài báo gần đây (xuất bản sau năm 1995). Google Scholar có thể giúp truy xuất ngay cả
những thơng tin khó hiểu nhất nhưng việc sử dụng nó bị hủy bỏ bởi thơng tin trích dẫn khơng
đầy đủ, ít được cập nhật và quan trọng hơn là các bài báo có độ chính xác khơng nhất qn. Tìm
kiếm từ khóa với PubMed cung cấp tần suất cập nhật tối ưu và bao gồm các bài viết trực tuyến
sớm. Nhìn chung, PubMed vẫn là một công cụ tối ưu trong nghiên cứu y sinh.
Vấn đề đặt ra là dữ liệu thông tin khoa học quá đồ sộ, trong khi đó những vấn đề chúng ta cần để
phục vụ cho một mục đích nghiên cứu lại quá khu trú và cụ thể. Cho nên, chúng ta cần phải có
một kỹ năng tìm kiếm thơng tin sao cho có hiệu quả. Bài viết về kỹ năng tìm kiếm thông tin này
ra đời với mong muốn giúp mọi người có cái nhìn khái qt về cách tìm kiếm thông tin khoa học
trên hệ thống quản trị dữ liệu PubMed.Bài viết tham khảo chủ yếu từ bản hướng dẫn online của
PubMed (PubMed Tutorial)[5].

6


TỔNG QUAN TÀI LIỆU

1. GIỚI THIỆU PUBMED
1.1. Tổng quan Pubmed
-

-

-

-

Thư viện Y khoa Quốc gia (NLM) đã được lập từ các tài liệu y sinh vào năm 1879, để
giúp cung cấp cho các nhân viên y tế truy cập và tìm kiếm thơng tin về chăm sóc sức
khỏe và giáo dục. MEDLINE chứa các trích dẫn tạp chí và tóm tắt cho tài liệu y sinh từ
khắp nơi trên thế giới.
Từ năm 1996, Đã cấp quyền truy cập miễn phí vào MEDLINE trực tuyến thông qua
PubMed.
PubMed là một hệ thống truy xuất dựa trên nền tảng Web được phát triển bởi National
Center for Biotechnology Information (NCBI) (Trung tâm Thông tin Công nghệ sinh học
Quốc gia) tại Thư viện Y khoa Quốc gia. Nó là một phần của hệ thống truy xuất rộng lớn
của NCBI, được gọi là Entrez.
PubMed là một cơ sở dữ liệu thơng tin thư mục có nguồn chủ yếu từ các tài liệu khoa học
đời sống.
PubMed chứa các liên kết đến các bài báo toàn văn tại các trang web của nhà xuất bản
cũng như các liên kết đến các trang web bên thứ ba khác như: thư viện và trung tâm giải
trình tự.
PubMed cung cấp quyền truy cập, liên kết đến cơ sở dữ liệu sinh học và hóa học phân tử
tích hợp được duy trì bởi NCBI.

Hình 1. Sơ đồ minh họa mối quan hệ
giữa một số tài nguyên thông tin trong Entrez.

7


1.2. Pubmed là gì ?
-

-

Hơn 27 triệu hồ sơ đại diện cho các bài viết, tài liệu y sinh và một lượng nhỏ các mục từ
cơ sở dữ liệu NCBI Books.
Hầu hết các hồ sơ PubMed là trích dẫn MEDLINE.
Các hồ sơ khác bao gồm những hồ sơ trong các giai đoạn xử lý khác nhau (bao gồm các
hồ sơ được cung cấp trực tiếp từ nhà xuất bản tạp chí) nhưng cuối cùng là trích dẫn
MEDLINE.
Một lượng nhỏ hồ sơ có trong PubMed nhưng khơng được chọn cho MEDLINE.
PubMed khơng chứa các bài báo tồn văn.

1.3. Tài liệu tồn văn tìm kiếm ở đâu ?

Hình 2. Số lượng các hồ sơ trong PubMed
-

-

PubMed khơng chứa các bài báo tồn văn, nhưng các bản ghi có thể chứa các liên kết đến
các nhà xuất bản, trang web và các tài nguyên khác. Các nhà xuất bản quyết định xem nội
dung của họ miễn phí hay tính phí. Trong năm năm qua, có hơn 91% các hồ sơ được
thêm vào PubMed liên kết đến tài liệu toàn văn và hơn 37% các hồ sơ có chứa các liên
kết đến tài liệu tồn văn miễn phí.

Các bản ghi mà bạn tìm thấy trong PubMed cũng có thể liên kết với PubMed Central®
(PMC), là kho lưu trữ của Viện nghiên cứu sức khoẻ quốc gia (NIH) cho:
• Tài liệu tạp chí được gửi bởi các nhà xuất bản tham gia.
• Bản thảo tác giả đã được gửi tuân thủ Chính sách truy cập cơng cộng của NIH,

•
•

đảm bảo rằng mọi người có quyền truy cập vào kết quả được công bố của nghiên
cứu do NIH tài trợ.
Có thể truy cập các bài viết trong PubMed Central miễn phí.
Thư viện y tế địa phương là nguồn cho bất kỳ bài viết nào bạn không thể tìm thấy
miên phí trên trực tuyến (cũng như rất nhiều tài nguyên khác bao gồm đào tạo và
tìm kiếm chuyên môn).

8


1.4. MEDLINE
-

-

-

PubMed cung cấp quyền truy cập vào MEDLINE®: Thư viện Y khoa Quốc gia có cơ sở
dữ liệu ,thư mục hàng đầu có chứa trích dẫn và tóm tắt của tác giả từ hơn 5.600 tạp chí y
sinh được xuất bản ở Hoa Kỳ và các quốc gia khác.
Phạm vi của MEDLINE bao gồm các chủ đề đa dạng như vi sinh, cung cấp dịch vụ chăm
sóc sức khỏe, dinh dưỡng, dược lý và sức khỏe môi trường. Các danh mục được đề cập

trong MEDLINE bao gồm mọi thứ, từ giải phẫu, sinh vật, bệnh tật, tâm thần học và tâm
lý học đến khoa học vật lý.
MEDLINE hiện có hơn 24 triệu tài liệu tham khảo từ năm 1946.
Tài nguyên mới được thêm vào hàng ngày.
Mức độ phủ sóng là trên toàn thế giới, nhưng hầu hết các hồ sơ (khoảng 87%) là từ các
nguồn tiếng Anh hoặc có tóm tắt bằng tiếng Anh.
Hầu hết các trích dẫn bao gồm một bản tóm tắt được xuất bản.
Thư viện Y khoa Quốc gia phân phối dữ liệu MEDLINE cho các nhà nghiên cứu và nhà
cung cấp thương mại, nhưng PubMed cung cấp quyền truy cập miễn phí vào MEDLINE
trực tiếp từ NLM.

1.5. Chọn lọc tạp chí từ MEDLINE
−

Ủy ban đánh giá kỹ thuật lựa chọn văn học (LSTRC) họp ba lần một năm và xem xét

khoảng 190 tiêu đề cho MEDLINE tại mỗi cuộc họp.
− Phê duyệt cuối cùng được thực hiện bởi Giám đốc Thư viện Y khoa Quốc gia.
− Các tiêu đề được xem xét về phạm vi và độ phủ sóng, chất lượng nội dung, chất lượng
cơng việc biên tập, chất lượng sản xuất, đối tượng và loại nội dung.
− Phạm vi và độ phủ sóng:
Các tạp chí được đưa đến Ủy ban để xem xét sẽ chứa các bài viết chủ yếu về các chủ đề y
sinh. Các tạp chí có nội dung chủ yếu là một chủ đề ngoại vi hoặc liên quan đến y sinh
đơi khi được đưa đến Ủy ban khi chúng có một số nội dung y sinh. Trong những trường
hợp này, lời khun của Ủy ban khơng chỉ được tìm kiếm về chất lượng nội dung mà cịn
về sự đóng góp của nó đối với độ phủ sóng của các chủ đề được đề cập. Nói chung, các
tạp chí như vậy sẽ không được lập chỉ mục nếu nội dung y sinh của chúng đã được bảo
vệ đầy đủ.
− Chất lượng nội dung:
Bằng khen khoa học về nội dung của một tạp chí là sự cân nhắc chính trong việc lựa chọn

các tạp chí để lập chỉ mục. Tính hợp lệ, tầm quan trọng, tính ngun bản và đóng góp cho
phạm vi của lĩnh vực nội dung tổng thể của mỗi tiêu đề là những yếu tố chính được xem
xét khi đề xuất một tiêu đề để lập chỉ mục, bất kể mục đích và đối tượng dự định.
− Chất lượng cơng việc biên tập:
Tạp chí cần chứng minh các đóng góp vào tính khách quan, độ tin cậy và chất lượng của
nội dung của nó. Các tính năng này có thể bao gồm thông tin về các phương pháp chọn
bài viết, đặc biệt là về quy trình rõ ràng của đánh giá ngang hàng bên ngoài; tuyên bố cho
thấy tuân thủ các hướng dẫn đạo đức; bằng chứng cho thấy các tác giả đã khơng xung đột
lợi ích tài chính; khắc phục kịp thời lỗi sai; rút lại trách nhiệm rõ ràng khi thích hợp; và
cơ hội cho ý kiến và ý kiến bất đồng. Cả nội dung quảng cáo lẫn tài trợ thương mại đều
9


khơng ảnh hưởng về tính khách quan của tài liệu được xuất bản. Tài trợ của các xã hội
nghề nghiệp quốc gia hoặc quốc tế có thể được xem xét. Các yếu tố bổ sung được xem
xét bao gồm nhà xuất bản và / hoặc lịch sử tài trợ của tổ chức và cấu trúc công ty, tuổi thọ
và hồ sơ hiệu suất liên quan đến các vấn đề như: chất lượng của các ấn phẩm; kinh
nghiệm trong xuất bản học thuật; sự tham gia của cộng đồng khoa học; công bố và tuân
thủ các tiêu chuẩn xuất bản và in ấn trực tuyến và thực tiễn kinh doanh (ví dụ: tiêu chuẩn
quảng cáo, hướng dẫn đạo đức và xung đột tiết lộ lợi ích); và thúc đẩy tồn vẹn biên tập
và độc lập.
− Chất lượng sản xuất:
Chất lượng của bố cục, in ấn, đồ họa và minh họa đều được xem xét trong việc đánh giá
một tạp chí. Mặc dù không phải là một yêu cầu để lựa chọn, các tạp chí có tầm quan
trọng lưu trữ nên được in trên giấy không chứa axit.
− Đối tượng:
MEDLINE chủ yếu dành cho những người trong ngành y tế: nhà nghiên cứu, học viên,
nhà giáo dục, quản trị viên và sinh viên. Cụm từ chuyên gia y tế bao gồm bác sĩ, y tá, nha
sĩ, bác sĩ thú y và nhiều loại chuyên gia y tế đồng minh trong các hệ thống phân phối
nghiên cứu và chăm sóc sức khỏe.

− Các loại nội dung:
Để lập chỉ mục trong Medline, NLM hiện chọn các ấn phẩm mà nó coi là tạp chí. NLM
sử dụng một số hướng dẫn chung để quyết định xem một ấn phẩm có phải là một tạp chí
hay khơng:
• Ấn phẩm phải có ISSN
• Nội dung xuất bản được phát hành theo thời gian dưới một tiêu đề chung
• Ấn phẩm là một tập hợp các bài báo của các tác giả khác nhau
• Ấn phẩm dự định sẽ được xuất bản vô thời hạn
Khi đưa ra quyết định này, NLM cũng tính đến hình thức và cấu trúc của các đơn vị riêng
lẻ (ví dụ: bài viết) và bộ sưu tập các bài báo được xuất bản (ví dụ: tập) trong ấn phẩm.
Các tạp chí có nội dung bao gồm một hoặc nhiều loại thông tin sau sẽ được xem xét sẽ
được xem xét lập chỉ mục:
1. Báo cáo nghiên cứu ban đầu
2. Quan sát lâm sàng ban đầu kem theo phân tích và thảo luận
3. Phân tích các khía cạnh triết học, đạo đức hoặc xã hội của các ngành nghề y tế
4.
5.
6.
7.

−

hoặc khoa học y sinh
Đánh giá quan trọng
Tổng hợp thống kê
Mô tả đánh giá các phương pháp hoặc thủ tục
Báo cáo trường hợp với các cuộc thảo luận

Tạp chí ngoại ngữ:
10

Tiêu chí để lựa chọn giống như đối với những người viết bằng tiếng Anh. Để mở rộng
khả năng tiếp cận nội dung tạp chí tới độc giả tiềm năng, phần lớn các bài báo được xuất
bản phải chứa bản tóm tắt bằng tiếng Anh trước khi được xem xét tiêu đề để lập chỉ mục.
− Phạm vi địa lý:
Các tạp chí chất lượng cao nhất và hữu ích nhất được chọn mà khơng liên quan đến nơi
xuất bản.
1.6. MEDLINE® Trích dẫn thư mục cơ bản
Một trích dẫn MEDLINE đại diện cho một bài báo và bao gồm thông tin cụ thể (Tiêu đề, Tác
giả, Ngôn ngữ, v.v.) về bài báo. Thơng tin sau đây thường được cung cấp:
•
•
•
•
•
•
•
•

Tạp chí Nguồn thông tin
Tiêu đề của bài báo
Ngôn ngữ mà bài báo đã được xuất bản (nếu không phải tiếng Anh)
Tên của các tác giả
Liên kết tác giả và thơng tin
Tóm tắt được xuất bản với bài báo
Loại ấn phẩm (mô tả loại bài viết, ví dụ: Đánh giá, Thư, v.v.)
Thuật ngữ tìm kiếm được kiểm sốt (MeSH)

Hình 3. Ví dụ về trích dẫn MEDLINE của một bài báo

11


1.7. Xử lý hồ sơ PubMed
Hầu hết các hồ sơ PubMed được cung cấp điện tử và có thể được chỉnh sửa bởi các nhà xuất bản
(ngoại trừ MeSH được thêm bởi người lập chỉ mục). Nếu bạn thấy lỗi trong bản ghi PubMed, vui
lòng báo cáo cho nhà xuất bản để sửa. Chỉ những hồ sơ có nhãn "Được lập chỉ mục cho
MEDLINE" mới được áp dụng thuật ngữ MeSH. Các hồ sơ khác có thể đang được xử lý hoặc
có thể từ các tạp chí khơng được chọn cho MEDLINE.

Hình 4. Hồ sơ được gắn MEDLINE

2. TỪ VỰNG
MEDLINE sử dụng từ vựng quản lý, nghĩa là có một hệ thống thuật ngữ được sử dụng để mô tả
cụ thể mỗi bài viết. Thông thạo các từ vựng này sẽ giúp bạn tìm kiếm trên PubMed tốt hơn.

The Medical Subject Headings (MeSH®)
MeSH là từ viết tắt của "The Medical Subject Headings". MeSH là bản danh sách đáng tin cậy
về các từ vựng thuật ngữ được dùng trong phân tích chủ đề về tài liệu y sinh tại NLM. Từ vựng
MeSH được sử dụng để lập danh mục các bài báo cho MEDLINE cũng như được sử dụng để lập
các danh mục cho sách và tài liệu nghe nhìn.
Từ MeSH gồm 4 loại từ:
•
•
•
•

Từ khóa (Headings)
Loại Ấn phẩm (Publication Types)

Từ khóa phụ (Subheadings)
Mẫu tin Khái niệm Phụ (Supplementary Concept Records)

Từ khóa MeSH
•
•

Từ khóa MeSH đại diện cho những khái niệm tìm thấy trong tư liệu y sinh.
Từ khóa MeSH và Loại Ấn phẩm được sắp xếp thành hình cây gọi là Cấu trúc Cây
MeSH.

12


“Cấu trúc cây MeSH”
Từ MeSH được tổ chức thành 16 nhánh chính:
A.
B.
C.
D.
E.
F.
G.
H.
I.
J.
K.
L.
M.
N.

Giải phẫu học (Anatomy)
Sinh vật (Organisms)
Bệnh (Diseases)
Hóa chất và Thuốc (Chemical and Drugs)
Kỹ thuật và Thiết bị Phân tích, Chẩn đoán và Điều trị (Analytical, Diagnostic and
Therapeutic Techniques and Equipment)
Tâm thần học và Tâm lý học (Psychiatry and Psychology)
Hiện tượng và Quá trình (Phenomena and Processes)
Đào tạo và Nghề nghiệp (Disciplines and Occupations)
Nhân học, Giáo dục, Xã hội học và Hiện tượng Xã hội (Anthropology, Education,
Sociology and Social Phenomena)
Công nghệ, Công nghiệp, Nông nghiệp (Technology, Industry, Agriculture)
Nhân văn (Humanities).
Khoa học Thơng tin (Information Science)
Nhóm được đặt tên (Named Groups)
Chăm sóc Y tế (Health Care)

V. Đặc tính Xuất bản (Publication Characteristics)
Z. Vị trí Địa lý (Geographic Locations).

Hình 5. Ví dụ về cấu trúc cây MeSH.

Ví dụ này cho thấy một phần của hệ thống phân cấp bao gồm thuật ngữ. Lưu ý: các từ nghĩa hẹp
hơn sẽ thụt vào trong các từ có nghĩa rộng hơn.

13


Khi PubMed tìm kiếm cụm từ MeSH, nó sẽ tự động bao gồm các cụm từ hẹp hơn trong tìm kiếm

(nếu có). Điều này cũng được gọi là "mở rộng tự động."
Một số từ khóa xuất hiện ở nhiều trong hệ thống phân cấp. Ví dụ: "Mắt" xuất hiện dưới nhánh
Giải phẫu, nhưng cũng thuộc nhánh Giác Quan. “Tự động mở rộng” sẽ bao gồm các từ nghĩa hẹp
hơn đến từ tất cả các trường hợp của từ trong cấu trúc phân cấp.
Cơ sở dữ liệu MeSH
MeSH là tên của một cơ sở dữ liệu Entrez giúp người dùng MeSH chọn các từ thích hợp để tìm
kiếm. Cơ sở dữ liệu này cung cấp các thông tin về từ MeSH gồm:
•
•
•
•

Định nghĩa
Từ đồng nghĩa
Từ có liên quan
Vị trí của từ khóa trong thang bậc MeSH

Chúng ta có thể sử dụng cơ sở dữ liệu MeSH để xem loại thông tin đi kèm với mỗi từ MeSH.
Bước 1: Nhấp vào MeSH Database trên trang chủ hoặc chọn MeSH từ trong hộp chọn cơ sở dữ
liệu và nhấp vào Search

Bước 2: Gõ vào cell proliferation và nhấp vào Search

Bước 3: Trong kết quả, nhấp vào Cell Proliferation

14


Mẫu tin đầy đủ của Cell Proliferation hiện ra.

Bước 4: Sử dụng các liên kết trong cột bên phải để vào NLM MeSH Browser xem các thông tin
bổ sung

15


NLM MeSH Browser là công cụ được các nhà phân loại bài báo và sách sử dụng

Lập danh mục từ vựng MEDLINE
Những người lập danh mục của NLM xem xét các bài báo và gán (các) tiêu đề MeSH chuyên
biệt nhất để mơ tả các khái niệm chính được thảo luận.
 Người lập danh mục sẽ gán càng nhiều tiêu đề MeSH phù hợp để bao quát các chủ đề

của bài viết (thường là 5 đến 15).
 Khi khơng có tiêu đề cụ thể cho một khái niệm, người lập danh mục sẽ sử dụng tiêu đề

chung nhất, gần nhất có sẵn.
 Người lập danh mục cũng có thể gán tiêu đề phụ để mơ tả thêm về một khía cạnh cụ thể

của khái niệm MeSH.
Ngoài việc gán các thuật ngữ MeSH mô tả chủ đề của bài viết, người lập danh mục cũng sẽ cung
cấp các thuật ngữ mà phản ánh:
 Đặc điểm của nhóm được nghiên cứu (ví dụ: nhóm tuổi, người hoặc động vật khác, nam

hay nữ)

16


 Tài liệu được trình bày (Các loại ấn phẩm), ví dụ: Thử nghiệm lâm sàng, Biên tập, Đánh

giá...
Các thuật ngữ MeSH phản ánh các điểm chính của bài viết được đánh dấu bằng dấu hoa thị (*).

Hình 6. Ví dụ các thuật ngữ MeSH chính của một bài báo

Từ tác dụng dược lý:
Mọi từ khóa MeSH dược phẩm và hóa chất được gán một hoặc nhiều từ khóa mơ tả tác dụng
dược lý đã được biết (PA – Pharmacologic Action).
Từ năm 1996, người phân loại NLM bổ sung các từ khóa MeSH tác dụng dược lý phù hợp, cũng
như từ khóa MeSH hóa học đặc thù vào một trích dẫn khi tác dụng của hóa chất được bàn luận
trong bài báo.

Ví dụ các tác dụng dược lý dành cho từ khóa MeSH Aspirin:
Tác dụng dược lý
Tác dụng kháng viêm, không steroid
Tác dụng tiêu sợi huyết
17


Các chất ức chế kết tập tiểu cầu
Các chất ức chế Cyclooxygenase
Thuốc hạ sốt
• Một trích dẫn đến bài báo bàn luận về aspirin được sử dụng như là một chất chống viêm sẽ
được gán: Aspirin Anti-Inflammatory Agents, Non-Steroidal
• Một trích dẫn đến bài báo bàn luận về aspirin được sử dụng để ức chế đông máu sẽ được gán:
Aspirin Platelet Aggregation Inhibitors

3. XÂY DỰNG NGHIÊN CỨU
Trong mô-đun này, bạn sẽ tìm hiểu cách sử dụng PubMed để tiến hành tìm kiếm. Đến cuối mơđun này, bạn sẽ có thể:






Hiểu cách PubMed diễn dịch các tìm kiếm cơ bản.
Sử dụng các bộ lọc để thu hẹp tìm kiếm của bạn.
Hiểu và sử dụng các toán tử logic Boolean.
Sử dụng các cơng cụ tìm kiếm PubMed và cơ sở dữ liệu liên quan để xây dựng một tìm

kiếm.
 Xây dựng tìm kiếm của riêng bạn bằng cách sử dụng thẻ trường tìm kiếm.
3.1. Cách tìm kiếm PubMed
Để tìm kiếm trên PubMed, hãy nhập các cụm từ khái niệm vào hộp tìm kiếm.

Hình 7. Hộp tìm kiếm PubMed

Đối với hầu hết các tìm kiếm PubMed, tốt nhất là:
•

•

Cụ thể
Bạn nhập càng nhiều thuật ngữ, tìm kiếm của bạn sẽ càng hẹp và kết quả khơng liên quan
sẽ truy xuất càng ít.
Sử dụng khơng có dấu câu
18


•

•

Nếu bạn sử dụng gạch nối hoặc ngoặc kép thì cụm từ khơng được tìm thấy, gạch nối hoặc
ngoặc kép khơng được nhận ra cịn cụm từ được xử lý bằng một quá trình gọi là Đối
chiếu thuật ngữ tự động (Automatic Term Mapping-ATM)..
Khơng sử dụng tốn tử logic (ví dụ: AND)
PubMed sẽ thêm AND giữa các khái niệm.
Không sử dụng thẻ tag.
PubMed sẽ phân biệt các từ chủ đề, tên tạp chí và tên tác giả.

3.1.1. Đối chiếu thuật ngữ tự động (ATM)
a. Tìm kiếm chi tiết (Search details)
Bạn có thể thấy cách PubMed xử lý tìm kiếm bằng cách xem “Search details” ở cột bên phải của
trang kết quả tìm kiếm.

Hình 8. Hộp Search details
Nhấp vào See more… để mở trang Search details.

19


Hình 9. Màn hình chi tiết của Search Details.
Trang Search Details cho thấy tìm kiếm của bạn đã được diễn dịch hoặc đối chiếu với các từ đã
phân loại trong cơ sở dữ liệu. Kiểm tra “Translations” để chắc chắn các thuật ngữ y khoa được
đối chiếu với MeSH, nếu khơng thì bạn cần thay thuật ngữ khác để đảm bảo tìm được bản ghi
chỉ mục phù hợp nhất ( xem phần xây dựng tìm kiếm với Cơ sở dữ liệu MeSH).
Khi bạn không sử dụng dấu ngoặc kép, thẻ hoặc dấu hoa thị, PubMed sử dụng tính năng ATM để
tìm kiếm theo thứ tự: Chủ đề ( sử dụng MeSH) – Tạp chí – Tác giả.
Ngay khi PubMed tìm thấy kết quả khớp, tức là tìm thấy một thuật ngữ phù hợp với chủ đề, quá
trình đối chiếu sẽ dừng lại, PubMed khơng tiếp tục tìm kiếm thuật ngữ đó như một tạp chí.

Nếu khơng tìm thấy kết quả khớp, PubMed tách cụm từ và lặp lại quy trình cho đến khi tìm thấy
kết quả khớp.
Các cụm từ và thuật ngữ riêng lẻ cũng được tìm kiếm trong [All Fields].
b. Chủ đề (Subects)
Như đã nói ở trên, PubMed trước hết sẽ tìm kết quả khớp với sự tìm kiếm của bạn dưới dạng chủ
đề bằng cách sử dụng Bảng dịch MeSH (MeSH Translation Table) gồm:
•

Tiêu đề MeSH

20


•

•
•
•
•

Tiêu đề phụ
Các tiêu chuẩn được Thư viện Y khoa Quốc gia (NLM) sử dụng để lập chỉ mục kết hợp
với MeSH cho MEDLINE. Các tiêu đề phụ được sử dụng để mơ tả thêm một khía cạnh
cụ thể của khái niệm MeSH.
Loại ấn phẩm (ví dụ: Đánh giá, Thử nghiệm lâm sàng, Ấn phẩm rút lại, Thư).
Đối chiếu từ nhập ( từ đồng nghĩa) cho các thuật ngữ MeSH.
Đối chiếu có nguồn gốc từ Unified Medical Language System® (UMLS®)
Khái niệm bổ sung và từ đồng nghĩa với khái niệm bổ sung đó.

Ví dụ tìm kiếm với từ khố “ hepatitis b medication”, PubMed sẽ tìm thấy kết quả khớp với nó

trong bảng dịch MeSH:

Hình 10. Bảng dịch MeSH cho cụm “Hepatitis b medication”
Có thể thấy “hepatitis b” là một thuật ngữ MeSH còn “medication” đồng nghĩa với thuật ngữ
MeSH là “pharmaceutical preparations”. Từ nhập vào và thuật ngữ MeSH được đối chiếu cũng
được tìm trong tất cả các trường (All Fields).
c. Sự mở rộng tự động (Automatic Explosion)
Khi một từ được tìm kiếm như là một từ khóa MeSH, PubMed tự động tìm từ này và các từ
chuyên sâu hơn nằm bên dưới cây MeSH (nếu có). Việc này được gọi là sự mở rộng một từ.
Điều này rất quan trọng để biết vì sự mở rộng KHƠNG được hiển thị trong Tìm kiếm chi tiết.
Ví dụ, trong tìm kiếm này, PubMed đã tìm thấy kết quả khớp với “hepatitis b”. Nếu tìm trong Cơ
sở dữ liệu MeSH, chúng ta sẽ thấy rằng “hepatitis b”có một số thuật ngữ cụ thể hơn bên dưới nó
trong hệ thống phân cấp MeSH. Các thuật ngữ này được tự động đưa vào tìm kiếm PubMed.

21


Hình 11. Các thuật ngữ phụ của từ MeSH “hepatitis b”.
d. Tạp chí (Journals)
Nếu PubMed khơng tìm thấy kết quả phù hợp cho một thuật ngữ là chủ đề, quy trình ATM sau
đó sẽ tìm kiếm các tạp chí bằng Bảng Dịch tạp chí gồm:
•
•
•

Tên tạp chí đầu đủ
Chữ viết tắt MEDLINE
Mã số Chuẩn Quốc tế (ISSN)

Ví dụ: nếu bạn tìm kiếm tạp chí “Cancer Research”, PubMed sẽ dịch đây là "Cancer Res"

[Journal] và cũng tìm kiếm các thuật ngữ trong [All Fields].

Hình 12. PubMed tìm kiếm với tên tạp chí
22


Khi tìm kiếm theo tiêu đề tạp chí (thay vì tiêu đề viết tắt hoặc ISSN), bạn phải sử dụng tiêu đề
tạp chí đầy đủ (the journal of cell biology). Nếu bạn chỉ nhập một phần tiêu đề (cell biology), bạn
sẽ khơng truy xuất tất cả các trích dẫn từ tạp chí đó.
Điều gì xảy ra nếu một tên tạp chí cũng đối chiếu tới một tiêu đề MeSH ? Trước tiên PubMed sẽ
kiểm tra Bảng dịch MeSH, tìm tất cả các kết quả khớp (trong ví dụ này là từ cell) và dừng quá
trình đối chiếu. Tìm kiếm cũng sẽ bao gồm [All Fields], do đó sẽ tìm thấy tên tạp chí, nhưng kết
quả sẽ bao gồm nhiều trích dẫn hơn từ tạp chí và Cell.
Xem xét sử dụng Single Citation Matcher hoặc Search Builder feature of Advanced Search để
tìm tiêu đề tạp chí nếu bạn khơng chắc nó là tiêu đề đầy đủ hay chưa hoặc lo sợ PubMed tìm
kiếm dưới dạng chủ đề.
Tìm kiếm các tiêu đề tạp chí trong Danh mục NLM sẽ được trình bày trong phần sau.
e. Tác giả ( Authors)
Nếu PubMed khơng tìm thấy một thuật ngữ như một chủ
đề hoặc một tạp chí thì thuật ngữ đó sẽ được tìm kiếm như
một tác giả hoặc nhà nghiên cứu.
Tên tác giả và nhà nghiên cứu tồn tại ở định dạng tên viết
tắt họ (ví dụ: smith ja) trong tất cả các bản ghi PubMed, do
đó bạn nên sử dụng định dạng này để tìm kiếm.
Tên tác giả đầy đủ cho các bài viết cũng được bao gồm
cho một số tạp chí được xuất bản từ năm 2002 trở đi, khi
nhà xuất bản cung cấp chúng.
Hình 13. Tìm kiếm với tên tác giả
Tương tự như trên, xem xét sử dụng Single Citation
Matcher hoặc Search Builder feature of Advanced Search để tìm tên tác giả.

Với tính năng ưu việt của ATM, bạn có thể nhập cùng lúc các thuật ngữ, bao gồm các chủ đề, tạp
chí và tên tác giả để tìm thấy kết quả phù hợp nhất.
Nếu khơng tìm được theo Chủ đề-Tạp chí-Tác giả, PubMed tách rời cụm từ từ phải sang trái và
lập lại qui trình tìm từ tự động cho đến khi tìm được. Những từ khơng tìm được sẽ được tìm
trong [All Fields], sau đó kết hợp chúng lại với nhau ( sử dụng AND) và cho ra chiến lược tìm
kiếm duy nhất.
Ví dụ: Tìm kiếm dầu gội trị chấy “head lice shampoo”:

23


Hình 14. Cách PubMed tìm kiếm với cụm từ “head lice shampoo”.
Chiến lược tìm kiếm duy nhất với từ khố “head lice shampoo”:
(("pediculus"[MeSH Terms] OR "pediculus"[All Fields] OR ("head"[All Fields] AND "lice"[All
Fields]) OR "head lice"[All Fields]) AND shampoo[All Fields]
3.1.2. Phù hợp nhất (Best Match)
Nếu bạn đang tìm kiếm một vài bài viết có liên quan về một chủ đề, hãy xem xét sử dụng tính
năng Phù hợp nhất (Best Match) của PubMed, có sẵn trong menu Sắp xếp ( Sort by).

Hình 15 . Tính năng Best Match trong Sort by
Best Match sử dụng thuật toán đặc biệt để sắp xếp các kết quả theo mức độ phù hợp với các kết
quả phù hợp nhất xuất hiện ở đầu. Xem hộp Best match search ở cột bên phải để xem các thuật
ngữ MeSH được đối chiếu. Nhấp vào See more... để xem các từ đồng nghĩa bổ sung.

24


Hình 16. Hộp thoại Best Match và các từ bổ sung.
Lưu ý rằng Best Match là một tìm kiếm khác khơng tồn diện của PubMed. Để tìm kiếm tồn
diện, sử dụng tùy chọn "Sắp xếp" khác.

3.1.3. Cảm biến trích dẫn (Citation Sensor)
Cảm biến trích dẫn tìm bản ghi PubMed bằng dữ liệu trích dẫn.Nó tìm kiếm sự kết hợp của các
từ tìm kiếm là đặc điểm của trích dẫn ( ví dụ: số tập/quyển, tên tác giả, tên tạp chí, tên bài báo,
ngày xuất bản,..) và khớp với trích dẫn trên PubMed (khi có thể). Kết quả hiển thị với đường link
dẫn tới tài liệu và trích dẫn của nó với các từ khớp với tìm kiếm được in đậm.

Hình 17. Tìm kiếm bằng Citation sensor.
3.1.4 Bài báo tương tự ( Similar Articles)
PubMed sử dụng thuật toán để so sánh các từ trong Tiêu đề và Tóm tắt của mỗi trích dẫn, cũng
như các tiêu đề MeSH đã được chỉ định. Các kết quả phù hợp nhất cho mỗi trích dẫn được tính
tốn trước và lưu trữ thành một bộ các đường dẫn tới các bài báo tương tự.

25