BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO
TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP. HCM
------
KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP
ĐỊNH DANH VÀ PHÂN NHÓM NẤM
Trichoderma spp. PHÂN LẬP
TẠI VIỆT NAM
Ngành học: CÔNG NGHỆ SINH HỌC
Niên khóa: 2003 – 2007
Sinh viên thực hiện: NGUYỄN THỊ KHẢ TÚ
Thành phố Hồ Chí Minh
Tháng 9/2007
iii
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO
TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP. HCM
BỘ MÔN CÔNG NGHỆ SINH HỌC
-------
ĐỊNH DANH VÀ PHÂN NHÓM NẤM
Trichoderma spp. PHÂN LẬP
TẠI VIỆT NAM
Giáo viên hƣớng dẫn Sinh viên thực hiện
TS. LÊ ĐÌNH ĐÔN NGUYỄN THỊ KHẢ TÚ
Thành phố Hồ Chí Minh
Tháng 9/2007
iii
iv
TÓM TẮT
Trichoderma
Mục đích
Trichoderma
Trichoderma spp..
Trichoderma spp. (Trichoderma
Phƣơng pháp thực hiện
rDNA (Internal Transcribed Space
tef1 (4
th
large intron) (EF
tef1
Trichoderma
TreeView 1.6.6.
tef1 Trichoderma
Kết quả đạt đƣợc
Trichoderma.
Trichoderma.
Trichoderma T. longibrachiatum, T. asperellum,
T. atroviride, T. harzianum, T. virens T. asperellum
v
T. asperellum
Kết luận
tef1
Trichoderma.
tef1
Trichoderma
vi
ABSTRACT
Trichoderma spp. colle
carried out by Nguyen Thi Kha Tu, from 19 Mar, 2007 to 19 Aug, 2007 at Plant
Protection Pepartment, Argonomy Faculty, Nong Lam University and
Phytobiotechnology Laboratory, Reseach Institute Biological and Enviromental
Technology, Nong Lam University.
This thesis was based on molds identified results then using Clustal 1.83 and
Treeview 1.6.6 software to compare ITS rDNA (Internal Transcribed Space
rDNA) stable and apart of tef1 (EF 1 alpha)
funtional regions with their data on NCBI to identifying species and grouping of 11
Trichoderma genus. Finally, ITS rDNA and apart of tef1 regions of 11
Trichoderma genus were compared with their data at different ecological,
geographic areas on over the world to clear the genetic relationship.
The results show that confirming exactly the species of 10 Trichoderma genus,
T68 genus was identified T. atroviride. Establishing and clearing the genetic
relationship among 11 Trichoderma genus. In which, 11 Trichoderma genus in Viet
Nam of 5 species T. longibrachiatum, T. asperellum, T. atroviride, T. harzianum ,
T. virens (except T. asperellum genus (T6)) have a rather far genetic relationship
from others in the world. 10 genus orginated from locality and
T. asperellum (T6) is the one migrated in our country. Genetic relationship among 5
species is stable and suitable with morphological characteristics.
vii
MỤC LỤC
................................................................................................................. iv
ABSTRACT .............................................................................................................. vi
................................................................................................................. vi
....................................................................... x
..................................................................................... xii
...................................................................................... xii
..................................................................................................................... 0
..................................................................................................................... 0
1.1. ...................................................................................................... 0
1.2. ........................................................................................................ 0
1.3. .......................................................................................................... 0
..................................................................................................................... 2
........................................................................................... 2
2.1. Trichoderma ..................................................................... 2
2.1.1. ................................................................................................... 2
2.1.2. ................................................................................................ 2
2.1.3. ................................................................................... 3
2.1.4. ....................................................... 4
2.1.5. ....................................... 4
2.2. Trichoderma ........................................................................... 6
2.3. Trichoderma ................................ 7
2.4. rDNA ........................................... 9
2.5. tef1 ................................................................................. 10
2.6. ....................... 10
2.7. Trichoderma .................. 11
2.8. Trichoderma ... 13
................................................................................................................... 15
viii
............................................................................ 15
3.1. .................................................. 15
3.1.1. ......................................................... 15
3.1.2. u ............................................................................ 15
3.2. ....................................................................................................... 16
3.3. ....................................................................................... 17
3.4. ................................................................. 17
3.5. Trichoderma ............................................................ 17
3.6. ............................................................. 18
3.7. ............................................... 18
3.8. .............................................................................................. 19
3.9. ................................................................................. 21
3.10. Trichoderma ................................................... 22
3.11. .................................................................. 24
Trichoderma
............................ 24
g 4 ................................................................................................................... 25
................................................................................. 25
4.1. ................................................................................... 25
4.2. tef1 ........... 26
4.3. ........................................................................... 27
4.4. ..................................................... 35
4.4.1. tef1
................................................................................................................ 35
4.4.2. rDNA ........ 37
4.5. ...... 39
4.6.
tef1 ................................................................. 41
................................................................................................................... 44
ix
....................................................................................... 44
5.1. ........................................................................................................ 44
5.2. ......................................................................................................... 44
x
DANH SÁCH CÁC CHỮ VIẾT TẮT
dNTP: Deoxyribonucleotide triphosphate.
DNA: Deoxyribonucleic acid
EDTA: Ethylene diamin tetracetic acid.
PCR: Polymerase chain reaction.
RAPD: Random amplified polymorphism DNA.
RNA: Ribonucleic acid.
SDS: sodium dodecyl sulfate.
Taq: Thermus aquaticus.
TAE: Tris-glacial acetic acid- ethylenne diamine tetra acetic acid.
TE: Tris ethylene diamine tetra acetate.
Tm: Melting Tempereture .
.
xi
DANH SÁCH CÁC BẢNG
........... 15
............................... 20
....... 21
................................................................... 21
Trichoderma ....... 22
tef1 Trichoderma ..................... 23
............ 28
............ 28
............ 29
............ 29
............ 30
.............. 30
............ 31
............ 31
............ 32
............. 32
........... 33
Trichoderma ............... 33
xii
DANH SÁCH CÁC HÌNH
T. harzianum PDA
sau 2 3 ng nui c ................... 3
............................................................................... 9
. 20
tef1
EF1 986F .............................. 20
Trichoderma
.............................................................. 26
Trichoderma
V, 400 A trong 20 p ............ 26
V, 400
rDNA
...................................................................................... 27
EF1 ............................................................. 27
tef1 (B). ...................................................................................................... 36
rDNA (A) rDNA (B)
................................................................................................................... 38
rDNA
............................................................................. 40
rDNA Trichoderma .......
........................................... 43
tef1
........................................... 42
MỞ ĐẦU
1.1. Đặt vấn đề
Trichoderma
Trichoderma
Trichoderma
,
ng (Gary J. Samuels, 2004).
tef1 (4
th
large intron)
Trichoderma
1.2. Mục đích
Trichoderma .
Trichoderma
1.3. Yêu cầu
Trichoderma .
1
Trichoderma.
Trichoderma
tef1 986R
Trichoderma
tef1
Trichoderma
tef1
talX 1.83
1.6.6.
tef1 Trichoderma
TreeView 1.6.6.
2
TỔNG QUAN TÀI LIỆU
2.1. Giới thiệu về nấm Trichoderma
2.1.1. Phân loại
Trichoderma
Trichoderma g
Ascomycota, Euascomycetes, Hypocreales, Hypocreaceae,
Trichoderma
Trichoderma Trichoderma
Trichoderma, Longibrachiatum, Saturnisporum, Pachybasium và Hypocreanum.
Saturnisporum
Hypocreanum
Trichoderma, Pachybasium, Longibrachiatum
Hypocrea
2.1.2. Nguồn gốc
Trichoderma
Trichoderma
(Gary J. Samuels, 2004). Trichoderma
Trichoderme
arman, 2000).
3
2.1.3. Đặc điểm hình thái (Gary J. Samuels, 2004)
Trichoderma
Hình 2. 1 T. harzianum 2 3
Trichoderma l
T. koningii-
Trichoderma
Trichoderma
T. virens),
m.
4
T. harzianum
hlamydospores
Trichoderma
2.1.4. Đặc điểm sinh lý, sinh hóa, sinh học
Trichoderma
Trichoderma
25 30
0
0
0
C
i
Trichoderma
35
0
0
Trichoderma
Trichoderma. Trichoderma
Trichoderma
Trichoderma
(Gary E. Harman, 2000).
2.1.5. Cơ chế đối kháng với nấm gây bệnh cây trồng (Gary J. Samuels, 2004)
Trichoderma Pythium
spp., Phytophthora spp., Rhizoctonia spp., Sclerotinia spp., Botrytis spp., Fusarium
Crinipellis spp.
5
-1,3-
Tiết kháng sinh: T. virens ,
Rhizoctonia solani Pythium spp. Isonitriles
T. hamatum, harzianum, viride, koningii, polysporum
T. atroviride T. viride -pentyl alpha-pyrone
pyrones)
Phytophthrora cinnamomea
Botrytis cinnerea. Peptaibols do T. polysporum, harzianum, koningii
T. virens, koningii,
viride sesquiterpenes olyketides T. harzianum Steroids
T. virens.
Ký sinh: Trichoderma
Trichoderma
Trichoderma
glucanase,
Trichoderma. Trichoderma t
T. asperellum cellulase, Phytophthora
6
Pythium spp. .
Cạnh tranh: Trichoderma c
Trichoderma c
Botrysis spp. Sclerotina
(
)Trichoderma
Trichoderma
Botrysis spp. Sclerotina spp..
Trichoderma c Phytium spp. do
, Phytium spp.
Trichoderma
Phytium spp. Phytium spp.
Trichoderma
.
Trichoderma
Trichoderma
Trichoderma
2.2. Cấu tạo tế bào Trichoderma
Trichoderma
glucan, mannoprotein (Siu-Wai Chiu
7
Trichoderma
2.3. Các phƣơng pháp định danh tên loài của Trichoderma
Trichoderma
.
Trichoderma.
Hypocrea GliocladiumTrichoderma.
Trichoderma
T. asperellum T. viride
T. longibrachiatum T. sinensis
0
C.
0
0
).
T. atroviride T. koningii
8
B
0
).
T. atroviride T. viride
Trichoderma
. (ITS1, ITS2, RAPD)
Trichoderma
Trichoderma/ Hypocrea
h danh Trichoderma
T. viride
T. koningii T. atroviride tef1
(Genealogical Concordance Phylogenetic Species Recognition
Trichoderma
- rDNA, mitssuDNA,
tef1 ech42
Trichoderma
Trichoderma
9
Trichoderma
2003).
Hình 2. 2
2.4. Giới thiệu về vùng rDNA và vùng ITS – rDNA
10
N. crassa, Schizosaccharomyces pombe S. cerevisiae,
Vicia faba S. prombe, S. cerevisiae Oryza
sativa
N. crassa,
2.5. Giới thiệu về vùng tef1
Trichoderma
Trichoderma (Gary J.
Samuels, 2005).
2.6. Phƣơng pháp định lƣợng nồng độ DNA bằng phân tử Mass
11
Bảng 2.1
Nồng độ gốc Nồng độ sử dụng (2,5 µ l/ giếng)
1000 bp 100 ng 1000 bp
700 bp 70 ng 700 bp
500 bp 50 ng 500 bp
200 bp 20 ng 200 bp
100 bp 10 ng 100 bp
2.7. Các nghiên cứu có liên quan đến Trichoderma và vùng rDNA
rDNA (Small Subunit rDNA)
18S
Hình 2. 3
(Bio- Rad)
12
rDNA,
Penicillium spp., Aspergillus spp.
Paecilomyces spp. Trichocomaceae
Acrasiomycota, Myxomycota,
Oomycota Fungi
Schizosaccharomycetales Myxomycota
rDNA (Large Subunit rDNA, 24S),
P. carinii Basidiomycete trong
SSU S. apiospermum
and S. prolificans
ng T.
harzianum rDNA.
Trichoderma
Trichoderma
Trichoderma
Trichoderma
Trichoderma