Tác nhân vi sinh gây NTHHD CĐvà tình hình đề kháng kháng sinh

Tác nhân vi sinh gây NTHHD CĐ
và tình hình đề kháng kháng sinh

Pham Hung Van*
*Hội Vi Sinh Lâm Sàng TP. HCM
Trường ĐH Phan Châu Trinh


10 nguyên nhân hàng đầu gây tử vong ở VN
Bệnh

Tỷ lệ cho100,000

Đột quị

2,379.4

Bệnh nhồi máu tim

1,345.6

Tai nạn giao thông

930.7

Ung thư phổi

905.5

Bất thường thai nhi

722.4

Thiếu só di truyền

681.7

Xơ gan

639.1

NTHHD

613.5

COPD

533.4

Tiểu tháo đường

529.2

LRTI, lower respiratory tract infections.

Accessed 28/08/2019.


Tá nhân vi khuẩn gây CAP và CAP/COPD
Kết quả nuôi cấy mẫu đàm 271 bệnh nhân

12.18

11.81
9.59
7.75

5.17
2.95

2.58

2.21

0.37

0.74
E. cloacae; 0.74

N
G

CAP, community-acquired pneumonia; COPD, chronic obstructive pulmonary disease; GAS,
Streptococci Group A; GBS, Streptococci Group B; GNR, Gram-negative rod; MTB, M. tuberculosis;
SAU, S. aureus; MRS, methicillin resistant S. aureus; SCN, S. epidermidis.

R

h
ot

er

1.11
0.37

Ye
as
t

1.11

Van PH, et al. Vietnam Pulmonary Society.
REAL STUDY 2016-2017.
Medical News – Practical Respiratory 2018;3:51–63.


Tác nhân vi khuẩn gây CAP ở trẻ em
Results from culture

 Bui Le Huu Bích Van (2015)1
Luận văn thạc sĩ. Đối tượng: 32 bệnh nhi CAP không đáp ứng điều trị KS
bước đầu nhập viện NĐ1. Bệnh phẩm: NTA tin cậy
6 (18.75%) cấy [+] (K. pneumoniae: 2, E. coli: 1, P. aeruginosa: 1, H.
influenzae: 1, E. faecium: 1)
 Trần Quang Khải (2016)2
Luận văn thạc sĩ. Đối tượng: 66 bệnh nhi viêm phổi thùy. Bệnh phẩm:
NTA tin cậy
Tất cả [−] với ni cấy
 Ngơ Chí Thịnh (2017)3
Luận văn CKII. Đối tượng: 48 bệnh nhi viêm phổi nặng không đáp ứng

KS điều trị. Bệnh phẩm: NTA tin cậy
Tất cả [−] với nuôi cấy
CAP, community-acquired pneumonia; NTA, naso-tracheal aspirate.
1. Unpublished data based on thesis report by Bui Lê Hữu Bích Vân, et al, 2015. 2. Unpublished data based on thesis report
by Trần Quang Khải, et al, 2016. 3. Unpublished data based on thesis report by Ngơ Chí Thịnh, et al, 2017.


Nhiễm trùng hô hấp dưới
TÁC NHÂN VI SINH CHỦ YẾU?

Các tác nhân vi khuẩn cộng đồng như PNE, HIN
không phải là các nhân vi sinh chủ yếu gây bệnh?


Lạm dụng KS
trong điều trị


ESBL [+]
Hướng dẫn điều trị KS của BYT 2015
55% Enterobacteriaceae là ESBL [+]
ESBL [+]

81

ESBL [-]

N = 436
56.2

55.1
49.9

43.8

Hướng dẫn điều trị KS của BYT 2015
KS dành cho ESBL (+) Enterobacteriaceae
19 carbapenem ± aminoglycoside

ICU
MOH, Ministry of Health; ESBL, extendedspectrum beta-lactamase; ICU, intensive
care unit.

Non-ICU

Tất
Allcả

1. Kiratisin P, et al. Int J Antimicrob Agents 2012;39:311–316. 2. Tran DM, et al. J Infect
2019; 79:115–122. 3. Khang B. User's Manual 2015 – Ministry of Health of Vietnam.


P. aeruginosa và A. baumannii
Đề kháng carbapenem

Tình hình đề kháng carbapenm của PSA và AB gây HAP/CAP tại 5 BV theo dõi trong 3 năm
(2012–2014): Nguyễn Tri Phương, NDGĐ, Chợ Rẫy, Nhiệt Đới Trung Ương và Bạch Mai

% resistant

100%

Doripenem

Meropenem

Imipenem

95.0%
95.0%
94.6%
89.4%
88.6%
88.6%
88.3%
88.3%
88.0%

80%
66.5%
59.1%
53.5%
52.0%
45.6%
43.9%

60%
40%

29.7%

28.5%
25.3%
20%
0%

Y2012

Y2013

P. aeruginosa

n=529

Y2014

Y2012

Y2013

Y2014

A. baumannii
n=971

PM-GBL-ACA-PPT-190014
AB, A. baumannii; CAP, community-acquired pneumonia;
Date of preparation: August 2019
HAP, hospital-acquired pneumonia; PSA, P. aeruginosa.
Biedenbach DJ, et al. Clin Ther 2016;38(9):2098–2105.

Tại sao
nuôi cấy
vi sinh
thất bại?


LÝ DO NI CẤY THẤT BẠI
Lý do chủ quan khó khắc phục







Tác nhân thường gặp lại khó ni cấy (S.
pneumoniae, H. influenzae), địi hỏi các
mơi trường phân lập ít có sẵn
Mẫu không tin cậy do lẫn nước bọt
(tạp khuẩn hầu họng)
Bệnh phẩm ít được cấy ngay do chậm
gửi đến PTN, do không được cấy ngay
Không biết cách đánh giá kết quả nuôi
cấy để chọn đúng VK gây bệnh

Expert opinion of speaker.


LÝ DO NI CẤY THẤT BẠI

Lý do khách quan khơng thể khắc phục






Bệnh nhân dùng kháng sinh trước nên
các vi khuẩn này khơng cịn sống trong
mẫu đàm (nhưng vẫn cịn trong các dịch lót
phế nang hay mơ phổi)[1]
Tác nhân khơng ni cấy được tại các
phịng thí nghiệm lâm sàng (vi khuẩn
khơng điển hình, virus)[1]
Blood culture (only 14% positive)[2]

1. Expert opinion of speaker. 2. Luna HIR, et al. The Ochsner Journal 2001;3:85-93.


KỸ THUẬT MIỄN DỊCH
VẪN NHIỀU HẠN CHẾ







Phát hiện kháng nguyên hòa tan VK gây bệnh

(như S. pneumoniae, L. pneumophila) trong
nước tiểu: Độ nhạy thấp[1]
Phát hiện kháng nguyên trong mẫu đàm, quyệt
mũi sau bằng ELISA, MDHQ: Phát hiện tác nhân
virus, VKKĐH: Độ nhạy thấp[2]
Huyết thanh học tìm kháng thể đặc hiệu phát
hiện tác nhân virus, VKKĐH: Nếu là IgG thì phải
huyết thanh kép cách 10 ngày; nếu là IgM thì
phải có giá trị cắt và tùy chất lượng kit[2]

Expert opinion of speaker.
ELISA, enzyme-linked immunosorbent assay;
IgG, immunoglobulin G; IgM, immunoglobulin M.

1. Horita N, et al. Respirology 2013;18:1177–1183.
2. Torres A, et al. Eur Respir J 2016;48:1764–1777.


Thông tin về phổ vi khuẩn gây bệnh
là yếu tố rất cần thiết

để tránh lạm dụng
kháng sinh bước đầu trong điều trị


Nguyên tắc PCR

cơ sở của độ nhạy và độ đặc hiệu tuyệt vời
ADN đích
4

1 Biến tính
(94o C)

1

Ni
cấy

PCR

2

PCR đạt độ nhạy phát hiện một
2 Bắt
cặpVSV có trong mẫu nhờ
mãnh NA
của
o
(55-65
C)
nguyên tắc khuếch
đại NA từ một
thành hàng tỷ rồi mới
3 phát hiện

PCR chính là ni cấy nhưng là
ni cấy đoạn gen của VSV nên PCR
đặc hiệu không khác nuôi cấy

3 Kéo dài

(72o C)

Taq polymerase
n

Định danh dựa vào
kiểu hình sinh vật
hóa học quyết định
bởi bộ gen

PCR, polymerase chain reaction; DNA, deoxyribonucleic acid; RNA, ribonucleic acid;
RTPCR, reverse transcription polymerase chain reaction.
Expert opinion of speaker.

Xác định dựa
vào kích thước
hay trình tự
đoạn gen


“Streamline” Real-time PCR

MƠ HÌNH DÀNH CHO PHỊNG THÍ NGHIỆM LÂM SÀNG
CÁC BP KHÁC NHAU
(Máu, mô, đàm, mủ, dịch cơ thể)

#1 hr 30

TÁCH CHIẾT DNA/RNA
NK

DNARNAprep-MAGBEAD
Một bộ thuốc thử cho DNA và RNA
Chỉ 5 bước thực hiện
Độ nhạy gấp 100 lần thủ cơng
Tương thích cho KingFisher

tách chiết DNA/RNA
Các thiết bị KingFisher

#2 hr 30

REAL-TIME PCR/RTPCR
NK
Real-time PCR/RTPCR kit
Chọn lựa tuỳ tác nhân
Chứng nội kiểm sốt chất ượng
Cùng một chương trình real-time
Tương thích nhiều máy real-time

Real-time PCR
Các thiết bị Real-time PCR

PCR, polymerase chain reaction; DNA, deoxyribonucleic acid; RNA, ribonucleic acid;
RTPCR, reverse transcription polymerase chain reaction.
Expert opinion of speaker.


Real-time PCR

PHÁT HIỆN TÁC NHÂN GÂY VIÊM PHỔI

Mẫu thử
ĐÀM
Tách chiết
Xác định tác nhân
dựa vào KQ định lượng
NA

 Vi khuẩn điển hình
 VK khơng điển hình
Thực hiện
 Virus
Real-time PCR
 M. tuberculosis
 VKCandida,VKAspergillus
khơng
hình
VIRUS
cộng
 đồng
P. carinii,điển
P. jiroveci

S. pneumoniae
H. influenzae
M. catarrhalis
S. pyogenes
S. agalactiae
S. suis
H. influenzae b

L. pneumophila
M. pneumoniae
C. pneumoniae
B. pertussis
B. parapertussis
C. Trachomatis

Influenzavirus
A, B, C

Parainfluenzavirus

1, 2, 3
Rhinovirus
RSV, Measle
Adenovirus

≥105/ml
Có phát hiện
Có phát hiện
Có phát hiện
VKGhi nhận số lượng
Bệnh viện
NẤM
Ghi nhận sốVIlượng

S. aureus (MR, MS)
S. epidermidis
E. faecalis, E. faecium
E. coli, K.

pneumoniae
P. aeruginosa
A. baumannii
E. cloacae

M. tuberculosis
PCR, polymerase chain reaction; RSV, respiratory syncytial virus;
MR, methicillin resistant; MS, methicillin sensitive; CA, community-acquired; NA, nucleic acid.

C. albican,
C. tropicalis
C. parapsilosis
C. krusei, C. glabrate
A. fumigatus,
A. niger, A. terrus,
A. flavus
P. carinii
P. jiroveci


CAP và CAP/COPD người lớn nhập viện
KẾT QUẢ NUÔI CẤY VS REAL-TIME PCR ĐÀM

34.32

Nghiên cứu REAL 2016-2017 (N-271). Website HHH TP.HCM
Van PH, et al. Vietnam Pulmonary Society.
REAL STUDY 2016-2017.
Medical News – Practical Respiratory 2018;3:51–63.

Culture [+] (loại bỏ thường trú) 42.1%
Real-time PCR
Predominant pathogens
Gram-negative
Nuôi
cấy
rods
20.3

12.18
11.44

11.81

Real-time PCR [+]
Predominant pathogens

69%
S. pneumoniae
H. influenzae

10.7

9.59

7.75
6.27

6.64

5.17
2.95
1.11

1.11

2.95
1.48
0.37
0.37

e
e
e
b
is
ia
za nza ae hal
z
on en
r
e
r
n
u
flu ue ata
um nfl
n
e
i

ai
nfl . c
pn H.
M
ar H. i
p
S.
.
H

1.48

4.43

2.96

2.21
0.37 0.74

0.74 0.74

0.74

i
i
ns iae iae hila nni osa nes cae col
ae hác
AS
BS
RS

G
G ida
M
n
n
ni
.
n
e
a
k
p
a
i
o
o
o
E
o
g
r
o
g
R
m
ro . cl
Vi
um eum um au eru
um GN
e

e
e
E
n
n
ne A. b . a E. a
pn
P
. p C. p . p
.
K
M
L

1.11

U
SA

2.95

1.85

2.58

1.48

0.37

N

lis um
en
TB
i
SC ca
M
m
c
e
e
fa
fa
ấm
.
.
N
S
S


Trẻ em CAP thất bại KS ban đầu

Real-time PCR results (culture [+] : 18.75%)

Multi-pathogens are predominant (N=32)
Pathogens

%

Pathogens

%

M. pneumoniae

3.13

S. pneumoniae

34.38

B. pertussis

3.13

S. pneumoniae + M. pneumoniae

15.63

RSV

3.13

S. pneumoniae + virus

E. coli

3.13

S. pneumoniae + virus + HA

K. pneumoniae

3.13

H. influenzae

3.13

H. influenzae + HA

3.13

(-)

12.50

3.13
12.52

PCR, polymerase chain reaction; CAP, community-acquired pneumonia;
HA, hospital bacteria; RSV, respiratory syncytial virus.
Unpublished data based on thesis report by Bui Lê Hữu Bích Vân, et al, 2015.


Viêm phổi thùy ở trẻ em

Real-time PCR results (culture [+]: 0%)

Multi-pathogens are predominant (N=66)

Pathogens
MTB
MP
SP
SP + MP
SP + MP + MTB
SP + MC + MP

%
1.52
37.88
13.64
22.73
1.52
3.03

Pathogens
SP + HI + MC + MP
SP + HI
SP + HI + MC
HI + MP
HI
SP + HA
(-)

HA, hospital bacteria; HI, H. influenzae; MC, M. catarrhalis; MP, M. pneumoniae;
MTB, M. tuberculosis; SP, S. pneumoniae; PCR, polymerase chain reaction.
Unpublished data based on thesis report by Trần Quang Khải, et al, 2016.

%

1.52
4.55
3.03
1.52
1.52
1.52
4.55


Viêm phổi nặng ở trẻ em

REAL-TIME PCR RESULTS (culture+: 0%)
Pathogens

%

Pathogens

%

ADE

4.17

PNE+pINF3

2.08

RSV

4.17

PNE+RSV

2.08

pINF3

2.08

PNE+ADE

2.08

MP

4.17

PNE+ECO

2.08

29.17

PNE+KLP

2.08

16.67

PNE+HI

PNE

Multi-pathogens are predominant

PNE+MP

10.42

PNE+MP+ECO

2.08

PNE+HI+MP

2.08

PNE+MP+pINF1

2.08

PNE+HI+MC+MRSA

2.08

PNE+MP+pINF3

2.08

(-)

8.33
Ngơ Chí Thịnh. CK. II thesis 2017


CAP ở người lớn ngoại trú

Real-time PCR vs. culture (cultured pathogens)
65.95

63.79

SP
HI
MC
GAS
GBS
Hib
SAU
SE
Efecl

Pathogens (%)

58.62

S. pneumoniae
H. influenzae
M. catarrhalis

Streptococci Group A
Streptococci Group B
H. influenzae type b
S. aureus
S. epidermidis
E. faecalis

Eaero
E. aerogenes
Eclo E. cloacae
Eco E. coli
KLP K. pneumoniae
Eagg E. agglomerans
Pmira
P. mirabilis
PSA P. aeruginosa
PS? Pseudomonas sp.
AB A. baumannii
Fungi

PCR
Cấy
Cultured
N=232

29.31

Real-time PCR [+]
Nuôi cấy [+]
Real-time PCR kết hợp nuôi cấy

11.64

3.88
0.86
0.43

SP

HI

MC

9.48
9.48

7.76

7.33
2.59

GAS GBS

CAP, community-acquired pneumonia;
PCR, polymerase chain reaction.

SAU

6.90

6.03

1.72 2.59
SE; 0.430.43

Hib

92.7%
82.8%
94.0%

SE

2.16
1.72
0.86 0.86
0.43

Efecl Eaero Eclo

Eco

2.59

0.86

2.16

KLP Eagg Pmira PSA

0.43

PS?

2.16
0.86

0.43

AB Fungi

Vietnam Pulmonary Society (2018).
Van PH. EACRI Study 2017-2018, unpublished data.


CAP ở người lớn ngoại trú

Real-time PCR results (tác nhân không nuôi cấy được)

Pathogens (%)

Case with virus [+]
Case with atypical bacteria [+]

27.2%
10.8%

11.21

7.76

MY Mycoplasma
MP M. pneumoniae
BP B. pertussis
FluA Influenza virus A
FluB Influenza virus B
Para1
Parainfluenza 1
Para3
Parainfluenza 3
Rhino
Rhinovirus
RSV Respiratory syncytial virus
hMPV
Human
metapneumovirus
Adeno Adenovirus

N=232

4.31

3.88
2.59

2.59
1.72

0.86

MY

MP

BP

FluA

CAP, community-acquired pneumonia;
PCR, polymerase chain reaction.

FluB

1.29

0.86

Para1 Para3 Rhino

RSV

1.29

hMPV Adeno

Vietnam Pulmonary Society 2018.
Van PH. EACRI Study 2017-2018, unpublished data.


CAP ở người lớn ngoại trú
Real-time PCR and culture

Mono Bacteria

2.16 SP+CA

1.29 SP+HI+CA

5.17

Mono Virus

2.59 SP+Virus

3.45 SP+HI+Virus

8.19

Mono SP

5.17 SP+CA+Virus

2.16 SP+HI+CA+Virus

0.86

Mono HI

7.76 SP+Virus+Fungi

0.86 SP+HI+CA+HA

4.31

0.43 SP+HI+CA+Virus+HA

1.72

0.43 SP+HI+Fungi

0.43

SP+HI
HI+Virus
HI+CA

20.69 SP+Fungi
1.72 SP+CA+Virus+HA

3.02 SP+HA
1.29 SP+HI+CA+Fungi
Multi-pathogens
are predominant

0.43

HI+CA+Virus

0.43 SP+HA+Fungi

0.43 SP+HI+HA

7.33

HI+CA+HA

0.43 SP+Virus+HA

1.29 SP+HI+HA+Fungi

0.43

HI+HA

1.72 SP+Virus+HA+Fungi

0.43 HA

0.86

HI+HA+Fungi

0.86 CA+Fungi

0.43 HA+Fungi

1.29

HI+Virus+HA

1.29 CA+HA

0.86 HA+Virus

0.43

Virus+Fungi

0.43 CA+Virus+HA

0.43 HA+Virus+Fungi

0.43

% values
CAP, community-acquired pneumonia; PCR, polymerase chain reaction;
HI, H. influenzae; SP, S. pneumoniae; CA, community bacteria
(M. catarrhalis, M. pneumoniae); HA, hospital bacteria (Gram [-],Gram[+]).

Negative

6.03

Vietnam Pulmonary Society (2018).
Van PH. EACRI Study 2017-2018, unpublished data.


Phát hiện tác nhân vi sinh gây CAP
Vai trò xét nghiệm vi sinh



Các phương pháp vi sinh kinh điển có những giới
hạn khó hay khơng thể khắc phục. Các phương pháp
miễn dịch có độ nhạy và độ đặc hiệu khơng cao1



Các phương tiện như định danh/KSĐ tự động, MALDITOF không giúp để cải thiện các hạn chế này 1



Real-time PCR là giải pháp tốt nhất vì làm tăng chất
lượng và số lượng phát hiện tác nhân vi sinh gây bệnh
và phù hợp với điều kiện của nhiều phịng thí nghiệm vi
sinh bệnh viện hiện nay1,2

ATB, antibiotic; CAP, community-acquired pneumonia; PCR, polymerase chain
reaction; MALDI-TOF, matrix assisted laser desorption ionization-time of flight.

1. Expert opinion of speaker. 2. Templeton KE, et al.
Clinical Infectious Diseases 2005;41:345–351.


Phát hiện tác nhân vi sinh gây CAP
Vai trò xét nghiệm vi sinh



Bệnh phẩm
o Đàm, NTA, dịch rửa phế quản

o Giữ lạnh được trong 24 hrs
o

Giữ lâu hơn ở -18 đến -20oC

o

Dễ chuyên chở



Kết quả trong 1 ngày



Giúp lâm sàng điều chỉnh KS ban đầu nhanh chóng,
nhiều khi giúp cho kháng sinh trúng đích ngay từ đầu

CAP, community-acquired pneumonia; NTA, naso-tracheal aspirate.

Expert opinion of speaker.