Luận văn thạc sĩ nghiên cứu đa dạng di truyền nguồn gen liên quan đến tính chịu mặn ở lúa việt nam

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI
TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN
---------------------

Lê Thị Thu Trang

NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG DI TRUYỀN NGUỒN GEN LIÊN QUAN
ĐẾN TÍNH CHỊU MẶN Ở LÚA VIỆT NAM

Chuyên ngành: Di truyền học
Mã số: 60 42 70

LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC

NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: TS. LÃ TUẤN NGHĨA

Hà Nội – Năm 2011


Luận văn Thạc sĩ Khoa học
học

Di truyền
MỤC LỤC

Lời cam đoan.......................................................................................................................i
Mục lục...............................................................................................................................ii
Danh mục bảng...................................................................................................................v
Danh mục hình minh họa..................................................................................................vi
Danh mục chữ viết tắt......................................................................................................vii
MỞ ĐẦU............................................................................................................................1

Chương 1: TỔNG QUAN.................................................................................................. 4
1.1. Sự hình thành và đặc tính của đất mặn...................................................................4
1.2. Giới thiệu chung về đặc điểm vùng lúa nhiễm mặn ở Việt Nam........................... 5
1.2.1. Đồng bằng sông Cửu Long.......................................................................... 6
1.2.2. Đồng bằng Sông Hồng..................................................................................6
1.3. Cơ sở di truyền tính chịu mặn ở lúa....................................................................... 7
1.3.1. Cơ chế chịu mặn của cây lúa.........................................................................7
1.3.2. Di truyền tính chịu mặn.............................................................................. 10
1.4. Công tác chọn tạo giống lúa chịu mặn................................................................. 11
1.4.1. Phương pháp truyền thống..........................................................................11
1.4.2. Áp dụng công nghệ sinh học trong chọn tạo giống lúa chịu mặn..............12
1.5. Đa dạng di truyền..................................................................................................14
1.6. Chỉ thị trong đánh giá đa dạng di truyền.............................................................. 15
1.6.1. Chỉ thị hình thái...........................................................................................16
1.6.2. Chỉ thị hố sinh........................................................................................... 17
1.6.3. Chỉ thị phân tử ADN..................................................................................18
1.7. Thành tựu trong nghiên cứu đa dạng di truyền lúa............................................ 28
1.7.1. Nghiên cứu đa dạng di truyền lúa bằng chỉ thị hình thái............................28
1.7.2. Nghiên cứu đa dạng di truyền lúa bằng chỉ thị hoá sinh............................ 29
1.7.3. Nghiên cứu đa dạng di truyền lúa bằng chỉ thị ADN..................................30
Chương 2: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU....................................... 33

Lê Thị Thu Trang

ii

ĐH Khoa học Tự nhiên ĐHQGHN


Luận văn Thạc sĩ Khoa học

học

Di truyền

2.1. Vật liệu..................................................................................................................33
2.2. Phương pháp nghiên cứu......................................................................................38
2.2.1. Đánh giá khả năng chịu mặn của các giống/dòng lúa................................38
2.2.2. Tách chiết ADN tổng số từ mẫu lá lúa.......................................................40
2.2.3. Nhận dạng di truyền các giống/dòng lúa bằng chỉ thị SSR.......................41
2.2.4. Phân tích số liệu..........................................................................................43
Chương 3: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN......................................................................44
3.1. Kết quả đánh giá tính chịu mặn của các giống/dòng lúa....................................44
3.1.1. Kết quả đánh giá khả năng chịu mặn của các giống/dịng lúa trong

điều kiện phịng thí nghiệm........................................................................44
3.1.2. Kết quả đánh giá khả năng chịu mặn của các giống/dòng lúa trong điều

kiện nhà lưới..............................................................................................54
3.2. Kết quả tách chiết ADN tổng số.........................................................................60
3.3. Kết quả phản ứng PCR và phân tích đa hình trên gel polyacrylamide..............61
3.4. Quan hệ di truyền liên quan đến tính chịu mặn của các giống/dịng lúa............73
KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ......................................................................................... 78
TÀI LIỆU THAM KHẢO............................................................................................... 80
PHỤ LỤC.........................................................................................................................93

Lê Thị Thu Trang

ĐH Khoa học Tự nhiên ĐHQGHN

Luận văn Thạc sĩ Khoa học
học

Di truyền

Danh mục bảng
Trang
Bảng 2.1:

Danh sách 40 mẫu giống/dòng lúa trong nghiên cứu……......

34

Bảng 2.2:

Danh sách các cặp mồi SSR sử dụng trong nghiên cứu………

36

Bảng 2.3:

Tiêu chuẩn đánh giá (SES) ở giai đoạn tăng trưởng và phát
triển (IRRI,1997)……………………………………………..

40

Bảng 2.4:

Thành phần phản ứng SSR- PCR…………………………….

42

Bảng 2.5:

Thành phần gel polyacrylamide 8%.........................................

43

Bảng 3.1:

Các chỉ tiêu theo dõi xử lý mặn 40 giống/dịng lúa nghiên
cứu trong dung dịch Yoshida có NaCl với EC=6dS/m, EC=
16dS/m……………………………………………………….

Bảng 3.2:

Kết quả đánh giá cấp điểm chống chịu mặn của các
giống/dòng lúa nghiên cứu (EC = 6dS/m và EC = 16dS/m).

Bảng 3.3:

51

Tỷ lệ sống sót của các giống/dòng lúa nghiên cứu trồng trong
đất với EC=6dS/m, EC=12dS/m…………………………...…

Bảng 3.4:

47

56

Kết quả đánh giá cấp điểm chống chịu mặn của các
giống/dòng lúa nghiên cứu (EC = 6dS/m và EC = 12dS/m)…

58

Bảng 3.5:

Tần số alen của 20 locut SSR…………………………………

70

Bảng 3.6:

Đa hình các locut SSR ở các giống lúa nghiên cứu…………..

72

Lê Thị Thu Trang

ĐH Khoa học Tự nhiên ĐHQGHN


Luận văn Thạc sĩ Khoa học
học

Di truyền

Danh mục hình

Trang
Hình 1.1:

Hình ảnh lúa ngập mặn………………………………………

5

Hình 1.2:

Các cơ chế chịu mặn ưu thế ở lúa……………………………

8

Hình 1.3:

Nguyên lý phản ứng PCR……………………………………

19

Hình 1.4:

Đa hình ADN SSR giữa hai cá thể có motif (AT)n……………………

25

Hình 3.1:

Thí nghiệm thanh lọc mặn các giống/dòng lúa nghiên cứu trong
điều kiện phịng thí nghiệm…..………….....................................

Hình 3.2:

44

Đồ thị biểu diễn tỷ lệ % mức chống chịu mặn của 40
giống/dòng lúa nghiên cứu trong dung dịch Yoshida có NaCl
với E=6dS/m và EC=16dS/m……………………………

53

Hình 3.3:

Thí nghiệm xử lý mặn các giống/dịng lúa trồng trong đất…….

54

Hình 3.4:

Biểu đồ biểu diễn % tỷ lệ sống sót của các giống/dịng lúa
nghiên cứu trồng trong đất có NaCl với EC=6dS/m,
EC=12dS/m…………………..

Hình 3.5:

55

Đồ thị biểu diễn tỷ lệ % mức chống chịu mặn của 40
giống/dòng lúa nghiên cứu trồng trong đất có NaCl với
EC=6dS/m và EC=12dS/m…………………………………….

60

Hình 3.6:

Kết quả tách chiết ADN tổng số lúa……………………………

61

Hình 3.7:

Kết quả nhận dạng di truyền 40 giống/dịng lúa bằng chỉ thị
SSR- RM339…………………………………………………...

Hình 3.8:

Kết quả nhận dạng di truyền 40 giống/dịng lúa bằng chỉ thị
SSR- RM261………………………………………………….

Hình 3.9:

62

Kết quả nhận dạng di truyền 40 giống/dòng lúa bằng chỉ thị
SSR- RM202 ………………………………………………

Hình 3.12:

62

Kết quả nhận dạng di truyền 40 giống/dịng lúa bằng chỉ thị

SSR- RM201………………………………………….……….

Hình 3.11:

61

Kết quả nhận dạng di truyền 40 giống/dịng lúa bằng chỉ thị
SSR- RM140…………………………………………………..

Hình3.10:

61

Kết quả nhận dạng di truyền 40 giống/dòng lúa bằng chỉ

Lê Thị Thu Trang

ĐH Khoa học Tự nhiên ĐHQGHN

62


Luận văn Thạc sĩ Khoa học
học

Di truyền

thịSSR- RM206………………………………………………….
Hình 3.13:

Kết quả nhận dạng di truyền 40 giống/dịng lúa bằng chỉ thị
SSR-RM208…………………………………………………….

Hình 3.14:

65

Kết quả nhận dạng di truyền 40 giống/dòng lúa bằng chỉ thị
SSR-RM5963…………………………………………………..

Hình 3.22:

65

Kết quả nhận dạng di truyền 40 giống/dịng lúa bằng chỉ thị
SSR-RM1233…………………………………………………

Hình 3.21:

65

Kết quả nhận dạng di truyền 40 giống/dịng lúa bằng chỉ thị
SSR-RM493……………………………………………………

Hình 3.20:

64

Kết quả nhận dạng di truyền 40 giống/dịng lúa bằng chỉ thị
SSR-RM237…………………………………………………..

Hình 3.19:

64

Kết quả nhận dạng di truyền 40 giống/dịng lúa bằng chỉ thị
SSR-RM231…………………………………………………

Hình 3.18:

64

Kết quả nhận dạng di truyền 40 giống/dòng lúa bằng chỉ thị
SSR- RM518…………………………………………………..

Hình 3.17:

63

Kết quả nhận dạng di truyền 40 giống/dịng lúa bằng chỉ thị
SSR-RM3412……………………………………………………

Hình 3.16:

63

Kết quả nhận dạng di truyền 40 giống/dịng lúa bằng chỉ thị
SSR-RM214…………………………………………………….

Hình 3.15:

63

66

Kết quả nhận dạng di truyền 40 giống/dịng lúa bằng chỉ thị
SSR-RM10745……………………………………

66

Hình 3.23:

Biến động kích thước của các alen tại locut SSR khảo sát…….

67

Hình 3.24:

Kết quả phản ứng PCR của 40 giống/dịng lúa với 20 cặp mồi
SSR…………………………………………………………….

Hình 3.25:

68

Sơ đồ cây phân loại 40 giống/dòng lúa bằng phương pháp
UPGMA………………………………………………………

Lê Thị Thu Trang

ĐH Khoa học Tự nhiên ĐHQGHN

75


Luận văn Thạc sĩ Khoa học
học

Di truyền

Bảng chữ viết tắt
AFLP

Amplification Fragment Length Polymorphism

APS

Amonium persulfate

AP- PCR

Arbitrary Primed polymerase Chain Reaction

CAPs

Cleaved Amplification Polymorphism Sequence

Cs

Cộng sự

CSGE

Conformation Sensitive Gel Electrophoresis

CTAB

Cetyl trimethylammonium bromide

DAF

DNA Amplification Fringerprinting

DNA

Deoxyribonucleic acid

dNTPs

Deoxy nucleotide triphosphates

EDTA

Ethylenediaminetetraacetic acid

EST

Expressed sequence tag

EthBr

Ethidium bromide

ISSR

Inter-simple sequence repeat

MAS

Molecular Assisted Selection

PCR

Polymerase Chain Reaction

PIC

Polymorphism Information Content

RAPD

Random Aplification Polymorhism DNA

RFLP

Restriction Fragment length Polymorphism

SNP

Single Nucleotide Polymorphism

SSR

Simple sequence repeat

STMS

Sequence-tagged microsatellite site marker

STS

Sequence- tagged site

TAE

Tris-Acetic acid- EDTA

TEMED

N,N,N’,N’- Tetraethyl methylendiamine

VNTR

Variable Number of Tandem Repeat

Lê Thị Thu Trang
ĐHQGHN

viii

ĐH Khoa học Tự nhiên -


Luận văn Thạc sĩ Khoa học

Di truyền học
MỞ ĐẦU

Lúa (Oryza sativa L.) là cây lương thực chiếm vị trí quan trọng hàng đầu ở
nhiều nước trên thế giới và là cây trồng chủ đạo trong nền nông nghiệp Việt Nam
[7,8]. Tuy nhiên, cây lúa lại là cây trồng nhạy cảm với độ mặn. Năng suất lúa tại
nhiều khu vực trồng lúa đang giảm dần do mặn làm tổn hại mà trong đó nước mặn
xâm thực vào nước tưới và đất trồng lúa là một trong những nguyên nhân quan
trọng. Ước tính diện tích đất bị nhiễm mặn trên tồn thế giới lên tới 1 tỷ ha. Chỉ
riêng Châu Á khoảng 21,5 triệu ha đất bị nhiễm mặn (Flower và Yeo, 1995).
Ở Việt Nam diện tích đất canh tác ngập mặn khoảng 200.000ha [1]. Mặt
khác do tập quán và nhu cầu mở rộng canh tác đổi mới ngành nghề như nuôi trồng
thuỷ sản vơ tình làm tăng thêm diện tích đất ngập mặn cũng như độ mặn tăng lên
khoảng từ 0,3-0,4% thậm chí cịn cao hơn cả chục lần [14]. Hơn nữa, nghề trồng lúa
ở vùng nhiễm mặn đang phải đối mặn với sự tác động của biến đổi khí hậu. Theo
báo cáo về Chỉ số rủi ro khí hậu tồn cầu năm 2010 do tổ chức Germanwatch công
bố tại Đan Mạch thì Việt Nam là một trong 10 quốc gia bị thiệt hại nhiều nhất do
biến đổi khí hậu gây ra, các quốc gia khác đó là: Bangladesh, Myama, Honduras,
Nicaragoa, Haiti, Ấn Độ, Cộng hồ Đơminica, Philippines và Trung Quốc. Theo kết
quả nghiên cứu và dự báo của Uỷ ban liên chính phủ về biến đổi khí hậu của Liên
hiệp quốc (IPPC) và Ngân hàng thế giới thì trong vịng 100 năm tới, nước biển sẽ
dâng 1m, nhiệt độ sẽ tăng thêm 2 độ C. Nếu nước biển dâng cao 1m thì vùng đồng
bằng sơng Cửu Long sẽ có 1,5- 2 triệu ha đất nơng nghiệp bị ngập nước, cịn ở vùng
đồng bằng sơng Hồng sẽ có 1668 km2 đất bị ngập, trong đó có khoảng 0,3- 0,5 triệu
ha đất chủ yếu là đất lúa bị ngập.

Trước những biến đổi nghiêm trọng đó, trồng các giống lúa chống chịu tốt
với mức nhiễm mặn cao sẽ là giải pháp để khắc phục các hiện tượng trên. Các biện
pháp như xây dựng cơng trình thuỷ lợi bao đê ngăn chặn hay bón các loại phân hữu
cơ vào đất (bón vơi, thạch cao để cải thiện cấu trúc đất, cày sâu cải thiện tính thốt
nước tốt nhằm giảm đóng váng trên mặt đất) thường tốn kém và hiệu quả không cao

Lê Thị Thu Trang

8

ĐH Khoa học Tự nhiên ĐHQGHN


[31]. Tuy nhiên phần lớn các giống lúa có khả năng chịu tốt thì năng suất lại thấp,
tính thích nghi kém. Do đó, hướng lai tạo tập trung vào chuyển gen chống chịu mặn
ở giống lúa chịu mặn tốt và một số giống lúa mang đặc tính ưu việt về năng suất,
chất lượng đang được phát triển. Thông thường phải mất đến 3-4 năm lai tạo để
chuyển gen. Ngoài ra, một khó khăn thường gặp trong lai tạo giống mới là đơi khi
có mối liên hệ khá chặt chẽ giữa tính trạng chống chịu mặn với các tính trạng xấu,
khơng mong muốn thường được lai chuyển vào các con lai cùng một lúc. Các gen
điều khiển tính trạng mong muốn này ảnh hưởng xấu đến biểu hiện của con lai. Do
đó lai tạo tính trạng chống chịu mặn có thể kéo dài đến 10- 15 năm để phát triển
một giống lúa mới [29]. Vì vậy, phương pháp lai tạo truyền thống thường khó, mất
nhiều thời gian và khơng hiệu quả.
Ngày nay, nhờ tiến bộ của công nghệ sinh học nên công tác chọn tạo giống đã
trở lên hiệu quả hơn. Trong đó, ứng dụng chỉ thị phân tử như RAPD, SSR, RFLP,
AFLP được nghiên cứu và phát triển đã trở thành cơng cụ mạnh mẽ để phân tích đa
dạng di truyền và xác định được sự khác biệt về mặt di truyền của quần thể giống
khởi đầu, từ đó xác định các cặp lai có khoảng cách di truyền phù hợp có thể cho ưu
thế lai cao nhất. Việc tiếp cận ở mức độ phân tử cho phép đánh giá các giống bố mẹ

một cách chính xác, khơng bị tác động bởi điều kiện ngoại cảnh, rút ngắn thời gian
và nâng cao hiệu quả cơng tác lai tạo. Vì vậy, chúng tôi tiến hành thực hiện đề tài:
“Nghiên cứu đa dạng di truyền nguồn gen liên quan đến tính chịu mặn ở lúa
Việt Nam” với mục tiêu chính là xây dựng cơ sở dữ liệu ADN và tính chịu mặn của
các giống/dịng lúa nghiên cứu nhằm góp phần quan trọng cho việc khai thác

nguồn gen chịu mặn và định hướng cho chọn tạo giống lúa chịu mặn ở Vi ệt
Nam.
Để đạt được mục tiêu của đề tài, chúng tôi đã tiến hành những nội dung
nghiên cứu sau:
1.

Đánh giá khả năng chịu mặn của các mẫu giống/dòng lúa nghiên cứu.

2.

Nhận dạng di truyền các mẫu giống/dòng lúa nghiên cứu bằng chỉ thị
phân tử SSR.


3.

Phân tích, đánh giá sự đa dạng di truyền của các mẫu giống/dòng lúa
bằng chỉ thị SSR.

Kết quả của đề tài góp phần tạo cơ sở khoa học để xây dựng phương pháp
đánh giá đa dạng di truyền và phân loại nguồn gen liên quan đến tính chịu mặn ở
các giống/dịng lúa, hỗ trợ đắc lực cho cơng tác chọn tạo giống lúa chịu mặn mới có
năng suất cao, chất lượng tốt.

Chương 1: TỔNG QUAN
1.1. Sự hình thành và đặc tính của đất mặn
Hiện nay, diện tích đất nhiễm mặn chiếm 7% diện tích tồn thế giới. Đất bị
ảnh hưởng mặn ở đại lục thuộc Châu Âu và Bắc Mỹ rất ít có khả năng trồng trọt. Ở
châu Á, hơn 80% đất bị ảnh hưởng mặn có khả năng trồng trọt và đã khai thác cho
sản xuất nông nghiệp. Ở Châu Phi và Nam Mỹ, khoảng 30% đất bị nhiễm mặn có
khả năng trồng trọt. Hiện tượng nhiễm mặn là mối đe doạ lớn nhất đến việc gia tăng
sản lượng lương thực của các quốc gia Châu Á [32]
Nguyên nhân phát sinh mặn do nhiều yếu tố, một là mặn ven biển hoặc vùng
cửa sông do nước biển xâm thực vào mùa khơ, có thể trồng trọt bình thường trong
mùa mưa; hai là mặn bên trong đất do mao dẫn từ tầng dưới lên có thể do phá rừng,
khơng có tán che phủ.
Đất mặn là đất có độ dẫn điện (EC) từ 4dS/m trở lên ở 25 oC, phần trăm
sodium trao đổi ESP kém hơn 15, pH nhỏ hơn 8,5 [5]. Trong đất chứa một lượng
muối hoà tan trong nước ở vùng rễ cây, làm ảnh hưởng đến hoạt động sinh trưởng
của cây trồng. Mức độ thiệt hại của đất mặn tuỳ thuộc vào loài cây trồng, giống cây,
thời gian sinh trưởng, các yếu tố mơi trường và tính chất của đất.
Đất mặn được phân thành hai loại: (1) đất mặn nhiều; (2) đất mặn ít và trung
bình.
(1) Đất mặn nhiều (Hyper Salic Fluvisols) chiếm 0,03% diện tích đất tự
nhiên. Đất được hình thành do sự bồi tụ của phù sa sông, biển hoặc hỗn hợp sông
biển, nhưng do phân bố ở địa hình thấp, ven đầm phá, chịu trực tiếp của nguồn nước
mặn nên đất bị mặn nhiều (hàm lượng Cl- dao động từ 0,05- 0,15%). Đất thường có
màu tím hoặc nâu, hơi xám đen. Thành phần cơ giới rất khác nhau tùy thuộc vào
nguồn gốc đất bị mặn. Nơi đất cát bị mặn thì có thành phần cơ giới nhẹ, nơi đất phù
sa bị mặn thì thành phần cơ giới lại rất nặng. Đất có phản ứng ít chua đến trung
bình, nghèo mùn, đạm tổng số nghèo đến trung bình, nghèo lân tổng số, nồng độ

Ca2+ và Mg2+ khá. Loại đất này có độ mặn cao, có thể dùng để trồng cói hoặc ni
trồng thủy sản, nếu giải quyết được có nước ngọt và chọn được giống lúa chịu mặn
thì có thể trồng lúa 1 vụ hoặc 2 vụ [5].
(2) Đất mặn ít và trung bình (Molli Salic Fluvisols): Diện tích chiếm khoảng
1,22% diện tích đất tự nhiên, phân bố tập trung ở ven đồng bằng tiếp giáp
vùng đất mặn nhiều, ven sông lớn hoặc các kênh rạch, đầm phá. Loại đất
này có địa hình cao hơn, được hình thành do ảnh hưởng của mạch nước
ngầm mặn hoặc do ảnh hưởng của nguồn nước mặn tràn vào khơng
thường xun. Hình thái phẫu diện thường có màu xám hơi tím hoặc nâu
tím nhạt, các lớp dưới có màu xám nâu hoặc xám xanh. Thành phần cơ
giới cũng rất khác nhau tùy thuộc vào nguồn gốc phát sinh [5].
1.2. Giới thiệu chung về đặc điểm vùng lúa nhiễm mặn ở Việt Nam
Ở Việt Nam, đất nhiễm mặn tập trung ở vùng đồng bằng Sông Hồng và đồng
bằng Sơng Cửu Long. Tổng diện tích đất nhiễm mặn khoảng 1triệu ha, trong đó
139.610 ha đất mặn nhiều, tập trung ở vùng đồng bằng Sông Cửu Long khoảng
102.000ha, vùng Đông Nam Bộ khoảng 19.590ha, duyên hải miền Trung 11.420ha,
khu IV cũ 6.600ha. Đất mặn trung bình và ít có diện tích 722.580 ha, trong đó ở
vùng đồng bằng Sơng Hồng với diện tích 586.420ha, đồng bằng Sơng Cửu Long là
53.300ha, Khu IV cũ 38.350ha, duyên hải miền Trung 35.560ha và một ít ở Đơng
Nam Bộ (theo Hội Khoa học Đất Việt Nam, 2002).

Hình 1.1: Hình ảnh lúa ngập mặn


1.2.1. Đồng bằng sông Cửu Long
Đồng bằng sông Cửu Long có nhiệt độ khí hậu trung bình hàng năm trên 2728oC, Số giờ nắng trung bình là 6giờ/ngày. Năng lượng bức xạ năm đạt 7580Kcal/cm2. Lượng mưa trung bình hàng năm tồn vùng là 1.520-1.800mm, phân bố
khơng đều theo thời gian và không gian. Mưa lũ tập trung vào tháng 5 đến tháng 10;
lượng mưa chiếm khoảng 90% lượng mưa cả năm. Do đó, thuỷ triều có ảnh hưởng rất
lớn đến tồn bộ đồng bằng sơng Cửu Long. Nước mặn từ biển tràn vào sâu trong đất
liền vào mùa khô. Các vùng lúa ven biển đồng bằng sông Cửu Long đều bị nhiễm

mặn. Mức độ xâm nhập mặn tuỳ thuộc vào sự xâm nhập mặn của nước biển và tuỳ
vào mùa trong năm, cao điểm vào khoảng tháng 3-4 là các tháng có lượng mưa ít
[1]. Theo Lê Sâm (2003), đồng bằng sơng Cửu Long có khoảng 1,8-2,1 triệu ha đất tự
nhiên chịu ảnh hượng của mặn tập trung ở các tỉnh Cà Mau, Bạc Liêu, Kiên Giang,
Trà Vinh, Sóc Trăng, Bến Tre, phần lớn là đất bị nhiễm mặn kết hợp với phèn, ngập
nước.
Bộ Nông nghiệp và PTNT (2001) chia vùng đồng bằng sông Cửu Long ra
làm 6 vùng: vùng ven và giữa sông Tiền và sông Hâu, vùng Đồng Tháp Mười, vùng
Tây sông Hậu, vùng Tứ giác Long Xuyên, vùng Bán đảo Cà Mau, vùng ven biển
Đông. Trong đó các vùng bị ảnh hưởng mặn chính là:
Vùng bán đảo Cà Mau: diện tích tự nhiên là 946.000ha. Diện tích đang sử
dụng 676.000ha, gồm các loại đất: đất mặn và đất phèn chua. Yếu tố chính ảnh
hưởng đến sản xuất của vùng là thiếu nước ngọt và ảnh hưởng mặn
Vùng ven biển Đơng: diện tích tự nhiên 1.073.000ha. Diện tích đang sử dụng
844.000ha, gồm các loại đất phù sa, đất mặn và đất cát giồng. Yếu tố chính ảnh
hưởng đến sản xuất của vùng là không ngập lũ, thiếu nước ngọt và ảnh hưởng của
mặn.
1.2.2. Đồng bằng Sông Hồng
Sự nhiễm mặn tại các cửa sông thuộc các tỉnh đồng bằng Sông Hồng lên cao
và xâm nhập vào trong nội địa từ 30-40km làm cho diện tích nhiễm mặn lên tới


100.000ha ở một số tỉnh: Hải Phòng, Nam Định, Thái Bình, Ninh Bình, Thanh
Hố… Trong đó, diện tích đất mặn ở tỉnh Thái Bình khoảng 18.000ha tập trung chủ
yếu ở các huyện Thái Thuỵ, Tiền Hải, Kiến Xương… Tỉnh Hải Phòng khoảng
20.000ha tập trung ở huyện Tiên Lãng, Vĩnh Bảo, Kiến Thuỷ… Tỉnh Thanh Hố có
khoảng 22.000ha đất nhiễm mặn ở các huyện Hậu Lộc, Hà Trung, Hoằng Hoá… Ở
Nam Định có khoảng 10.000ha chủ yếu ở các huyện Nghĩa Hưng, Xuân Trường,
Giao Thuỷ… Các giống lúa mùa địa phương trước đây thường được gieo trồng là :
Cườm, Nhộng, Tẻ Tép, Chiêm Bầu …năng suất thấp, chỉ đạt 18-20tạ/ha. Gần đây

một số giống chịu mặn trung bình như: Mộc Tuyền X21, VD97… cho năng suất
khá cao nhưng có dạng hình cây yếu, ít chịu phân, cao cây, lá lướt. Dọc theo ven biển
miền Trung đất cũng bị nhiễm mặn như Hà Tĩnh có khoảng 17.919ha, Quảng Bình có
hơn 9.300ha, Ninh Thuận có gần 2300ha. Các giống lúa địa phương thường được
canh tác tại các vùng này là: Thuận Yến, nếp Bờ Giếng, Trắng Điệp.
Như vậy, đất nhiễm mặn là một trong những yếu tố gây khó khăn chính cho
nghề trồng lúa ở Việt Nam. Những năm gần đây, xu hướng chuyển đổi từ trồng lúa
sang nuôi tôm nước lợ nhiễm mặn ở các tỉnh ven biển đã làm cho một số vùng lúa
lân cận trở nên bị nhiễm mặn, gây ảnh hưởng xấu đến sản lượng lúa.
1.3. Cơ sở di truyền tính chịu mặn ở lúa
1.3.1. Cơ chế chịu mặn của cây lúa
Lúa là cây lương thực thích hợp nhất trên đất mặn, dù nó ln được đánh giá
là nhiễm mặn trung bình với mặn. Vì đất mặn ln ở dưới điều kiện bị ngập nước,
những cây trồng khác không thể sinh trưởng được ngoại trừ lúa [26]. Theo
Ponnamperuma (1984) cây lúa chịu mặn trong suốt giai đoạn nẩy mầm; giai đoạn
sinh trưởng dinh dưỡng; giai đoạn chín nhưng lại bị nhiễm trong giai đoạn mạ non
và giai đoạn thụ phấn. Tuy nhiên, một nghiên cứu khác cho rằng, tại giai đoạn trỗ, cây
lúa không mẫn cảm với mặn [26]. Do đó, sinh trưởng và phát triển của cây lúa phải
được chia ra nhiều giai đoạn để nghiên cứu một cách đầy đủ về cơ chế chống chịu
mặn của lúa.


Trong điều kiện nhiễm mặn cao cây lúa sẽ chết, tuy nhiên trong mơi trường
mặn trung bình đến thấp chỉ ảnh hưởng đến khả năng sinh trưởng, phát triển của cây.
Hầu hết các cây bị mặn làm tổn hại thường có những triệu chứng biểu hiện như trắng
đầu lá sau đó cháy, đẻ nhánh kém, sinh trưởng cịi cọc, tỉ lệ hạt lép cao, số hạt/bơng ít,
thay đổi thời gian trỗ, rễ sinh trưởng kém, cuốn lá và năng suất thấp. Bên cạnh đó,
cây lúa cũng có thay đổi sinh lý và sinh hoá dưới điều kiện mặn cao biểu hiện như
vận chuyển Na+ cao đến đỉnh sinh trưởng, tích lũy natri nhiều hơn ở các lá già, hút Cl , hút K+, P và Zn thấp, trọng lượng tươi và trọng lượng khơ của đỉnh và rễ thấp…
Hình 1.2: Các cơ chế chịu mặn ưu thế ở lúa

Nghiên cứu sự tác động của yếu tố mặn làm tổn hại đến lúa cho thấy do cây
tích lũy quá nhiều ion Na+ và Cl-; mà ion Na+ lại có tác động phá vỡ và cản trở vai
trò sinh học của tế bào chất trong cây [85]. Ngược lại những cây được xem là
chịu mặn (kháng mặn) thì nó có khả năng giảm hấp thu Na+ và gia tăng hấp thu
K+ để duy trì cân bằng lượng natri và kali trong cây bởi ion K+ có vai trị làm
kích hoạt các enzyme và đóng, mở khí khổng tạo ra tính chống chịu mặn của cây


[70]. Bên cạnh đó, vai trị của kẽm (Zn) trong chồi cũng có liên quan đến tính
chịu mặn của cây lúa. Khi hàm lượng kẽm trong chồi cao thì tính chống chịu
mặn cao. Điều này được giải thích là do kẽm làm gia tăng hàm lượng nitơ trong
chồi, dẫn đến việc sinh trưởng nhanh hơn và năng suất lúa cao hơn trong điều
kiện mặn [26]. Như vậy giống lúa chịu mặn sẽ duy trì nồng độ Na+ và Cl- thấp,
nồng độ của K+ và Zn2+ cao hơn và tỷ lệ Na+/K+ thấp trong mầm lúa.
Kết quả nghiên cứu của Flowers và Yeo (1988) cho thấy, có mối tương quan
giữa số lượng muối được đi vào rễ cây lúa với nồng độ muối trên chồi. Mối quan hệ
này được xác định bởi mối quan hệ giữa tốc độ sinh trưởng của chồi với sự di
chuyển thực của những ion ngoài rễ. Giá trị này là số lượng thực của những ion
được di chuyển tới chồi trên đơn vị trọng lượng của rễ trong một đơn vị thời gian.
Bằng chứng là ở giống lúa Pokkali (giống chống chịu mặn), hàm lượng natri ở chồi
trung bình thấp hơn của giống IR29 (giống nhiễm mặn). Bởi vì hàm lượng natri ở
chồi của giống lúa Pokkali được pha loãng do sự sinh trưởng dinh dưỡng nhanh của
nó. Với cơ chế này, cây hấp thu muối nhưng sẽ làm loãng muối nhờ tăng cường tốc
độ phát triển nhanh và gia tăng hàm lượng nước trong chồi.
Khi cây lúa bị ảnh hưởng của mặn thì diện tích lá sẽ giảm, trọng lượng khô
của chồi và của rễ sẽ giảm tương ứng với độ mặn. Ở giai đoạn mạ, lá già hơn sẽ mất
khả năng sống sót hơn lá non [39]. Khi phân tích trên lá lúa sống trong mơi trường
mặn có sự chênh lệch hàm lượng muối từ lá cây này sang lá cây khác, muối luôn
được tích lũy với nồng độ cao trong lá già và hiện tượng chết ở lá già là một cơ chế

loại muối ra khỏi cây. Như vậy, rụng lá là một hiện tượng thông thường ở cây lúa để
chống chịu mặn. Mặt khác, nghiên cứu nồng độ Na + trong các lá lúa cho thấy có sự
thay đổi rõ rệt về hàm lượng Na+ từ những lá non sang những lá già; ion Na+ tích
lũy cao nhất ở những lá già nhất và giảm dần trên những lá non nhất.
Các cơ chế nêu trên cho thấy khi cây lúa bị nhiễm mặn nồng độ Na+ trong
các mô chức năng bị giảm đi, do đó làm giảm tỷ lệ Na+/K+ trong chồi. Tỷ lệ Na +/K+
trong chồi được xem như là chỉ tiêu chọn lọc giống lúa chịu mặn.


1.3.2. Di truyền tính chịu mặn
Nghiên cứu di truyền về tính kháng mặn ở lúa cho thấy rằng nó được điều
khiển bởi nhiều gen và muốn chọn tạo giống lúa chịu mặn có hiệu quả, cần phải
nghiên cứu sâu về cơ chế di truyền nhằm xác định rõ các gen điều khiển tính
chịu mặn, từ đó giúp chúng ta chủ động và khai thác hiệu quả nguồn gen trong
chọn tạo giống lúa chịu mặn [25, 50].
Qua những thí nghiệm đánh giá tính chống chịu mặn ở giai đoạn mạ trong
dung dịch dinh dưỡng Yoshida có độ mặn tương đối cao với độ dẫn điện (EC)=
12dS/m, tính trạng chiều dài chồi, hàm lượng Na và K ở trong chồi, trọng lượng
khô của chồi và rễ thể hiện sự khác biệt có ý nghĩa thống kê giữa giống kháng
mặn và giống nhiễm mặn, các tính trạng này chủ yếu được điều khiển qua hoạt
động của nhóm gen cộng tính và hệ số di truyền tính chống chịu của tính trạng
này rất thấp [80]. Ở giai đoạn trưởng thành, tính trạng chiều cao cây, năng suất
của lúa trong điều kiện mặn được điều khiển bởi nhóm gen cộng tính [57].
Khi phân tích di truyền số lượng về tính trạng chống chịu mặn được thông
qua hàm lượng Na+, K+; tỷ lệ Na+/K+ và điểm chống chịu mặn cho thấy nó được
kiểm sốt bởi 2 nhóm gen cộng tính và khơng cộng tính. Tính trạng thể hiện khả
năng hấp thu K+ được kiểm soát bởi gen đối xứng. Nghiên cứu của Gregorio và
Senadhira (1993) còn cho thấy, tính trạng tỷ lệ Na+/K+ thấp cịn thể hiện ảnh hưởng
siêu trội và được điều khiển bởi ít nhất hai nhóm gen trội. Một số nghiên cứu cho
thấy chiều dài bơng và khối lượng 1000 hạt ít bị tác động bởi các yếu tố mơi

trường; trong khi đó khối lượng bông, số hạt chắc trên bông chịu tác động lớn bởi
tác động của mơi trường và 3 tính trạng này đóng góp phần lớn trong việc tăng
năng suất lúa trong môi trường mặn [61].
Qua nhiều nghiên cứu di truyền phân tử tính kháng mặn, bản đồ
QTL( Quantitative Trait Loci)/gen được xây dựng trên cơ sở chỉ thị AFLP và STS
cho thấy, gen chủ lực điều khiển tính trạng chống chịu mặn định vị trên nhiễm sắc
thể số 1. Bên cạnh gen chủ lực Saltol, 3 QTL được ghi nhận có quan hệ với tính
trạng


hấp thu K cao, 4 QTL có quan hệ với tính trạng hấp thu Na thấp và 3 QTL có quan hệ
với tính trạng tỷ số Na/K thấp. Những QTL này định vị trên nhiễm sắc thể số 1, 3, 4,
10 và 12 [27, 52, 65].
1.4. Công tác chọn tạo giống lúa chịu mặn
Hiện nay, công tác chọn tạo giống lúa chịu mặn có thể là hợp lý và ít tốn
kém cho các vùng canh tác nhiễm mặn. Ngoài một số phương pháp truyền thống
(chọn lọc cá thể, đột biến...) với sự pháp triển của khoa học kỹ thuật- nhất là công
nghệ sinh học nhiều công nghệ mới đã được áp dụng cho hiệu quả vượt trội so với
các phương pháp truyền thống.
1.4.1. Phương pháp truyền thống
Chương trình lai tạo giống lúa chịu mặn ở các nước trên thế giới đều dựa
trên yêu cầu thực tế của từng nơi nhưng đều hướng tới mục tiêu nâng cao tính chịu
mặn, năng suất và cải thiện chất lượng. Các phương pháp lai tạo giống lúa chịu
mặn truyền thống như chọn lọc cá thể, lai giống, đột biến, chọn giống ưu thế lai
được áp dụng khá phổ biến.
Nhiều giống lúa chịu mặn đã được chọn tạo và canh tác hiệu quả trên thế
giới. Trong những năm 1977- 1980, Viện nghiên cứu lúa quốc tế đã tiến hành
chọn được những dòng chịu mặn tốt như IR4595-4-1, IR 42, IR9894-54-3, năng
suất đạt 3,6 tấn/ha cao hơn so với giống lúa cổ truyền 2 tấn/ha [70]. Các giống
lúa chịu mặn do Viện nghiên cứu lúa quốc tế lai tạo và hợp tác với các quốc gia

trong mạng lưới đang được phát triển như PSBRC84, PSBRC88 ở Bangladesh,
giống CRS27, CRS10 ở Ấn Độ [5]. Năm 1993, IRRI phát

triển

giống

lúa

IR66946, một giống lúa chịu mặn khá tốt từ tổ hợp lai của Pokkali/IR29. Từ đó
hướng lai tạo tập trung vào lai chuyển gen chống chịu mặn từ Pokkali và một số
giống lúa mùa địa phương có tính chống chịu mặn bằng phương pháp lai hồi giao
các nguồn giống lúa cao sản thích nghi với từng vùng sinh thái trồng lúa riêng
biệt [45].
Ở Việt Nam, nhiều giống lúa chống chịu mặn như OM732, OM861,


OM1314, OM 1490, OM2031, OM1314, OM576, IR42, OM344, OM924, Trắng
Điệp, Móng Chim Rơi, Móng Chim, Nếp Áo Già, Nếp Bờ Giếng, Nàng Quốc
Đỏ, Rồng Xanh, Đốc Phụng, Nhỏ Đỏ, Tám Vuốt, TD2, Thuận Yến, nếp Bờ
Giếng, Trắng Điệp, X19, VD97, VD920, CM6 .v.v. đã được triển khai ở vùng đồng
bằng sông Cửu Long và Sông Hồng [3, 5, 20].
Từ năm 2001-2005, Viện Cây lương thực và Cây thực phẩm đã nghiên
cứu chọn tạo giống lúa chịu mặn cho các vùng lúa ven biển phía Bắc và đã tạo ra
giống lúa chịu mặn M6 (Bầu Hải Phòng/1548) và một số giống khác như MT6,
MT163, BM9855, BM9820 và BM9830. Các giống này tỏ ra thích ứng trên các
chân đất ven biển và vùng bị nhiễm phèn mặn ở phía Bắc. Ngồi ra Viện Cây lương
thực và Cây thực phẩm cũng đã chọn lựa được 44 giống/dịng lúa chịu mặn, trong
đó 15 giống/dịng lúa có khả năng chịu mặn cao và 10 giống/dịng lúa có khả năng
chịu mặn trung bình đang được sử dụng trong công tác chọn lọc giống lúa chịu

mặn [8]. Bên cạnh đó Viện Di truyền Nơng nghiệp đã nghiên cứu ứng dụng kỹ thuật
hạt nhân trong cải tạo một số giống lúa địa phương vùng đồng bằng ven biển Bắc
bộ. Kết quả gây đột biến nguồn Coban (Co60) đã chọn được các giống lúa CM1 và
CM5 là những giống chịu mặn tốt, cứng cây, kháng bệnh và cho năng suất cao.
Do đặc điểm di truyền và nông sinh học của cây lúa mà phương pháp lai
tạo truyền thống thường tốn nhiều thời gian và công sức (3-4 năm lai tạo). Đơi
khi trong q trình lai tạo giống mới có các tính trạng khơng mong muốn được
lai chuyển vào con lai cùng lúc, các gen điều khiển tính trạng khơng mong muốn
này ảnh hưởng xấu đến biểu hiện của con lai. Vì vậy, thời gian để phát triển một
giống lúa chịu mặn mới có thể mất đến hơn 10 năm [29].
1.4.2. Áp dụng công nghệ sinh học trong chọn tạo giống lúa chịu mặn
Trong những năm gần đây, công nghệ sinh học được áp dụng mạnh mẽ trong
công tác chọn tạo giống lúa chịu mặn. Nhằm khắc phục những điểm

yếu của

phương pháp truyền thống, công nghệ sinh học đã hỗ trợ hoặc thay thế một số công


đoạn trong quá trình lai tạo giống, phổ biến nhất là hai mảng công nghệ chỉ thị phân
tử và nuôi cấy mô tê bào.
Năm 2002, Gregorio và cs. tiến hành nuôi cấy tế bào soma lúa để tạo các
biến dị soma chống chịu mặn đã thu được dòng biến dị soma TCCP226-2-49-B-B-3
chịu mặn cao từ giống lúa Pokalli. Đặng Minh Tâm và Nguyễn Thị Lang (2003)
nuôi cấy mô 10 giống, bao gồm lúa mùa địa phương và cao sản chống chịu mặn khá
(cấp 3-5), trong mơi trường có chứa NaCl ở mức 1,0 và 1,5% cho tỷ lệ cây tái sinh
cao. Ngơ Đình Thức (2006) ứng dụng kỹ thuật ni cấy mô và nuôi cấy túi phấn
trong chọn tạo giống lúa chịu mặn. Kết quả tạo được 8 dòng biến dị soma từ
OM576, IR64, Basmati và VD20 có khả năng chống chịu mặn ở cấp 5 khi thanh lọc
ở giai đoạn mạ với EC=12dS/m. Từ nuôi cấy túi phấn từ 12 tổ hợp lai, 12 dịng cây

xanh lưỡng bội có khả năng chống chịu mặn ở cấp 5 khi thanh lọc ở giai đoạn mạ
với EC=12dS/m được tuyển chọn.
Với mục tiêu nhằm làm chủ việc khai thác các gen qui định tính chịu mặn
trong cơng tác chọn tạo giống lúa một cách hiệu quả, các nhà khoa học đã tiến hành
phân tích xác định những QTL/gene điều khiển tính chịu mặn và chỉ thị liên kết với
gene để sử dụng theo hướng chọn giống nhờ chỉ thị phân tử. Trong nhiều năm qua,
một số nghiên cứu của: Bonille et al. (2002) và Niones (2004) đã xác lập bản đồ
QTL/gen (gen Saltol) nằm trên nhiễm sắc thể số 1, đóng góp tới 65% tính chống
chịu mặn của lúa. Lin et al., (1998) đã phát hiện QTL qui định tính chịu mặn nằm
trên nhiễm sắc thể số 5. Sử dụng chỉ thị RFLP và SSR, Singh et al., 2007 đã lập bản
đồ QTL tính chịu mặn ở lúa. Mohammadi-Nejad et al. (2008) đã sử dụng 33 chỉ thị
SSR trên nhiễm sắc thể số 1 để xác định khoảng cách liên kết của các chỉ thị này
với gen Saltol. Trong số 33 chỉ thị, có 6 chỉ thị gồm: RM10745, RM1287, RM8094,
RM3412, RM493 và RM140 liên kết với gen Saltol ở khoảng cách 10.8 đến
12.28Mb; gen Saltol có thể liên kết gần nhất với các chỉ thị: RM8094 và RM10745.
Các giống lúa: IR70023, IR65858, IR69588, IR74105, IR71832, IR74099,
Cherivirrupo và IR66946-3R-178-1-1 (FL478) có sản phẩm PCR giống như sản
phẩm PCR của Pokkali khi được nhân bản bởi Marker RM8094 và cho tính chống


chịu rất tốt hoặc tốt đối với mặn. Tác giả cũng khuyến cáo việc sử dụng hai chỉ thị
RM8094 và RM10745 trong xác định kiểu gen của cây lúa chống chịu mặn có mang
gen Saltol trong các chương trình lai tạo lúa chịu mặn.
Ở Việt Nam, ứng dụng marker phân tử trong chọn tạo giống lúa chịu mặn
cũng được phát triển. Năm 2000, Vương Đình Tuấn và cs. đã xác định được 3 chỉ thị
RFLP đó là: R1928, R674 và G257 liên kết với các QTL điều khiển tính chịu mặn
trên các nhiễm sắc thể số 1, 6 và 11. Bùi Chí Bửu và cs. (2000) sử dụng 30 chỉ thị
SSR để lập bản đồ gen cho tính chống chịu mặn của quần thể F3 gồm 257 cá thể phân
ly, phát triển từ tổ hợp lai IR28/Đốc Phụng và đã xác định được chỉ thị RM223 liên
kết với gen chịu mặn với khoảng cách là 6.3cM trên nhiễm sắc thể số 8. RM223 nhân

bản đoạn DNA kích thước 120bp, liên kết với gen chống chịu mặn, từ giống Đốc
Phụng và sản phẩm PCR có kích thước 160bp từ giống nhiễm IR28. Hai chỉ thị OSR1
và RM315 liên kết với QTL chịu mặn ở lúa, định vị trên nhiễm sắc thể số 1 [63].
1.5. Đa dạng di truyền
Đa dạng sinh học là vấn đề rất được quan tâm hiện nay. Giữ gìn và bảo
tồn đa dạng sinh học là mục tiêu sống cịn trong việc duy trì cân bằng sinh thái,
đảm bảo môi sinh của các sinh vật trên trái đất, trong đó có con người. Khái
niệm đa dạng sinh học được hiểu theo nhiều cấp, đó có thể là sự đa dạng của các
quần xã sinh vật trong hệ sinh thái, là sự đa dạng giữa các loài trong quần xã hay
sự đa dạng ở cấp độ di truyền giữa các cá thể trong cùng một loài. Mặc dù là cấp độ
thấp nhất, nhưng đa dạng di truyền lại có vai trị vơ cùng quan trọng trong tiến
hố và thích nghi của các sinh vật, mọi biến động ở cấp độ đa dạng di truyền đều có
tác động đến những cấp độ cao hơn và cuối cùng là ảnh hưởng đến đa dạng sinh
học [76].
Đa dạng di truyền là sự thể hiện phong phú ở nguồn gen và kiểu gen trong
mỗi lồi. Mỗi lồi có một bản đồ nhiễm sắc thể và số lượng nhiễm sắc thể khác
nhau, cho nên hiếm có các cá thể của cùng một lồi hoặc cùng một giống có trật


tự các gen trong hệ gen giống hệt nhau. Trong q trình tiến hố, các nhiễm sắc
thể ln biến đổi từ nhiễm sắc thể tâm cân đến nhiễm sắc thể tâm lệch và hơn
nữa là sự có mặt của thể kèm. Mỗi một sự biến đổi bên trong của cơ thể đều
được thể hiện ra bên ngoài để tạo ra các dạng khác biệt nhau [19].
Những nghiên cứu trước về mức độ đa dạng di truyền chủ yếu dựa trên
các đặc điểm hình thái. Với các phương pháp phân tích mới, người ta đã thấy
rằng biến dị di truyền bên trong lồi được cấu trúc có thứ bậc giữa các nhóm có
đặc hiệu bên trong như dưới lồi, thứ và quần thể. Xét về thực chất, mức độ đa
dạng di truyền phụ thuộc vào số lượng và sự khác biệt của các gen bên trong
loài. Nếu biến dị xảy ra giữa các alen bên trong locut và tế bào thì được gọi là dị
hợp tử và biến đổi như vậy ở các tế bào đa bội có thể lớn hơn các tế bào lưỡng

bội. Mức độ khác biệt giữa các locut trong tế bào lớn hay nhỏ phụ thuộc vào việc
các gen có được lặp lại trong hệ gen hay khơng.
Nghiên cứu đa dạng di truyền có vai trị và ý nghĩa rất quan trọng trong
chọn giống. Từ những kết quả đánh giá đa dạng di truyền, các nhà khoa học có
thể chọn lọc và bảo tồn các nguồn gen quý nhằm duy trì đa dạng sinh học hoặc
hỗ trợ cho q trình lai tạo giống thơng qua chọn lựa các cặp bố mẹ trong các
phép lai nhằm thu được ưu thế lai cao nhất. Đó là nhân tố giúp cho sinh vật duy
trì được nịi giống, kháng với các loại dịch bệnh và thích nghi với những thay đổi
trong điều kiện ngoại cảnh [10].
1.6. Chỉ thị trong đánh giá đa dạng di truyền
Chỉ thị di truyền là một thuộc tính hay một đặc điểm có thể đo đếm được và
có khả năng di truyền từ thế hệ này sang thế hệ khác. Chỉ thị di truyền nhất thiết
thiết phải đảm bảo hai tiêu chuẩn: (i) phải khác biệt giữa bố và mẹ, (ii) phải được
truyền lại chính xác cho thế hệ sau [68].
Các nhà di truyền và chọn giống ln quan tâm đến chỉ thị di truyền vì tính
ưu việt của nó trong việc nghiên cứu sự kế thừa dấu hiệu di truyền và những biến
đổi của chúng trong quần thể, đặc biệt là tính trạng nơng sinh học có lợi cho con


người. Chỉ thị di truyền cho phép phát hiện sự sai khác về mặt thông tin di truyền
giữa hai hay nhiều cá thể. Sự sai khác này có thể được phát hiện với nhiều phương
pháp tiếp cận khác nhau, thông qua dữ liệu kiểu hình (chỉ thị hình thái), thành phần
protein và hoạt chất (chỉ thị hoá sinh) hay sự khác biệt (đa hình) trong ADN (chỉ thị
ADN). Mỗi loại chỉ thị đều có những ưu, nhược điểm cũng như khả năng đánh giá
mức độ đa dạng di truyền khác nhau. Trong đó, chỉ thị hình thái được sử dụng sớm
nhất và là cơ sở ban đầu trong đánh giá phân loại sinh vật, cịn chỉ thị hố sinh và
đặc biệt là chỉ thị ADN hiện nay được sử dụng rộng rãi nhất không chỉ đánh giá đa
dạng di truyền mà cịn là cơng cụ hữu hiệu trong chương trình chọn giống.
1.6.1. Chỉ thị hình thái
Chỉ thị hình thái là loại chỉ thị có thể nhìn thấy, đo đếm được và dễ dàng

nhận biết được ở dạng trội lặn. Thông thường, chỉ thị hình thái biểu hiện dưới một
tính trạng được kiểm soát bởi một locut đơn lẻ thường xuyên điều khiển các đặc
điểm hình thái như các gen qui định màu sắc, hình dạng, kích thước, đặc điểm các
bộ phận (hạt, vỏ, …). Với ưu điểm dễ dàng tiếp cận và nghiên cứu, khơng địi hỏi
thiết bị đặc biệt cũng như quy trình thực hiện phức tạp, chỉ thị hình thái được áp
dụng khá rộng rãi trong nghiên cứu đa dạng di truyền thực vật. Trong đánh giá và
chọn tạo giống truyền thống, chỉ thị hình thái được áp dụng phổ biến và hiệu quả ở
một số loại cây trồng như lúa, đậu tương, ngô, khoai [9, 22, 25, 86].
Mặc dù chỉ thị hình thái thường được sử dụng là một chỉ thị trội hoặc đồng
trội, nhưng trong nhiều trường hợp các đặc điểm hình thái lại chịu ảnh hưởng của
quá trình tương tác gen, nhân tố gen nhẩy, điều kiện ngoại cảnh và chỉ thể hiện ở
những giai đoạn nhất định của quá trình phát triển cá thể. Do đó, kết quả thường có
sự sai lệch giữa các lần đánh giá hoặc trong điều kiện đánh giá khác nhau. Hơn nữa,
số lượng chỉ thị hình thái khơng nhiều cho mỗi loài sinh vật nên khả năng ứng dụng
của chúng trong nghiên cứu di truyền và chọn giống bị hạn chế rất nhiều. Bên cạnh
đó, việc đánh giá kiểu hình mang tính chất thống kê nên cần thực hiện trên số lượng
lớn đối tượng để đảm bảo độ chính xác. Chính vì vậy sẽ cần diện tích đất đai lớn


cũng như nhiều nhân lực và thời gian để gieo trồng và đánh giá đối tượng. Ngoài ra,
do đặc điểm dựa trên kiểu hình để đánh giá kiểu gen nên chỉ thị hình thái khơng thể
là thước đo chính xác để đánh giá tính đa dạng di truyền giữa các cá thể, nhất là khi
khơng phải tồn bộ các gen đều thể hiện ra kiểu hình có thể đo đếm được.
1.6.2. Chỉ thị hoá sinh
Protein và các hoạt chất trao đổi khác là sản phẩm của quá trình biểu hiện
gen ở sinh vật. Nghiên cứu sự khác biệt trong thành phần của các sản phẩm này có
thể giúp xác định những khác biệt về mặt di truyền giữa các cá thể và loài khác
nhau. Điện di protein trên gel là phương pháp hữu hiệu có thể giúp phân biệt, nhận
diện giữa các loài và phân loại sinh vật. Các protein, sản phẩm trao đổi chất…được
sử dụng như những chỉ tiêu đánh giá, phân biệt các sinh vật được gọi là chỉ thị hoá

sinh. Chỉ thị hoá sinh được sử dụng phổ biến nhất là các isozyme (các enzyme có
trình tự amino acid khác nhau nhưng cùng xúc tác cho một phản ứng hố học).
Isozyme được trích ly, tinh sạch và điện di trên gel. Các thành phần trong gel
biến tính (thường là SDS) phá vỡ các cấu trúc bậc cao của chuỗi amino acid và
khi đó dưới tác động của điện trường, các isozyme biến tính sẽ phân tích trên gel
dựa trên khối lượng và độ tích điện. Từ sự đa hình giữa các băng điện di thu
được sẽ giúp nhận diện từng cá thể và đánh giá được sự đa dạng trong quần thể
nghiên cứu.
So với chỉ thị hình thái thì chỉ thị hố sinh đáng tin cậy hơn bởi mỗi
protein là sản phẩm của một gen, do đó sự đa hình các protein cũng phản ánh
gián tiếp sự đa hình trong kiểu gen của sinh vật. Tuy nhiên, đối với các cá thể có
quan hệ di truyền gần gũi (đặc biệt là giữa các giống cây trồng) thì các sản phẩm
biểu hiện gen (protein, enzyme…) không cho sự đa hình rõ ràng. Cho nên loại
chỉ thị này cũng chưa phản ánh thật chính xác bản chất di truyền của mỗi tính
trạng. Do đó khả năng ứng dụng của chỉ thị hố sinh cịn hạn chế rất nhiều. Bởi
vậy trong hầu hết những nghiên cứu đa dạng di truyền ngày này, chỉ thị ADN
được sử dụng phổ biến hơn cả.


1.6.3. Chỉ thị phân tử ADN
Đầu những năm 80 của thế kỷ 20, kỹ thuật RFLP ra đời và được biết đến
là loại chỉ thị mới- chỉ thị ADN thế hệ đầu tiên - với những ưu điểm vượt trội so
với những chỉ thị hình thái và chỉ thị hố sinh đang được sử dụng trong đánh giá
đa dạng di truyền lúc đó. Tuy nhiên mốc đánh dấu quan trọng nhất của cơng
nghệ chỉ thị phân tử nói riêng và sinh học phân tử nói chung chính là phát minh
phản ứng chuỗi polymerase (Polymerase Chains Reaction- PCR) của Karl Mullis
(1983). Với khả năng tạo ra vô số bản sao của một đoạn ADN chỉ từ một vài
phân tử ADN ban đầu, đây là phát minh mang tính bước ngoặt, làm thay đổi
hoàn toàn cách thức tiếp cận - nghiên cứu sinh học phân tử và là cơ sở nền tảng
ra đời cho thế hệ chỉ thị phân tử tiếp theo.

PCR (Polymerase Chains Reaction) là phản ứng nhân gen in-vitro, dựa trên
hoạt tính của loại enzym ADN polymerase chịu nhiệt.
Phản ứng PCR chuẩn có ba giai đoạn nhiệt độ được kiểm soát bởi máy gia
nhiệt. Thành phần phản ứng bao gồm:
1. Đệm phản ứng bao gồm KCl, MgCl2 và Tris- HCl.
2. Enzym ADN polymerase chịu nhiệt có khả năng gắn nucleotit vào đầu 3’
của đoạn mồi gắn với ADN khuôn sợi đơn.
3. Bốn loại deoxyribonucleotit triphosphate (dNTP) là dATP, dCTP, dGTP và
dTTP.
4. Hai đoạn mồi oligonucleotit được thiết kế bổ sung đặc hiệu với đoạn
ADN cần nhân lên.
5. ADN khuôn.
Nguyên lý của phản ứng PCR được thể hiện ở hình 1.3. Dựa trên nguyên lý
của phản ứng PCR, sử dụng các loại mồi oligonucleotit khác nhau (mồi ngẫu nhiên,
mồi đặc hiệu) nhằm nhân lên các vùng trình tự ADN, nhiều chỉ thị ADN đã được
phát triển và ứng dụng trong nghiên cứu đa dạng di truyền như SSR, RAPD AFLP,