Nghiên cứu đa dạng di truyền nguồn gen liên quan đến tính chịu mặn ở lúa việt nam

1
Nghiên cứu đa dạng di truyền nguồn gen liên
quan đến tính chịu mặn ở lúa Việt Nam

Lê Thị Thu Trang

Trường Đại học Khoa hoc Tự nhiên; Khoa Sinh học
Chuyên ngành: Di truyền học; Mã số: 60 42 70
Người hướng dẫn: TS. Lã Tuấn Nghĩa
Năm bảo vệ: 2011

Apstract. Tổng quan về giống lúa chịu mặn: Sự hình thành và đặc tính của đất mặn;
Giới thiệu chung về đặc điểm vùng lúa nhiễm mặn ở Việt Nam; Cơ sở di truyền tính
chịu mặn ở lúa; Công tác chọn tạo giống lúa chịu mặn; Đa dạng di truyền; Chỉ thị
trong đánh giá đa dạng di truyền; Thành tựu trong nghiên cứu đa dạng di truyền lúa.
Trình bày các phương pháp nghiên cứu: Đánh giá khả năng chịu mặn của các
giống/dòng lúa; Tách chiết ADN tổng số từ mẫu lá lúa; Nhận dạng di truyền các
giống/dòng lúa bằng chỉ thị SSR; Phân tích số liệu. Trình bày kết quả và thảo luận: Kết
quả đánh giá tính chịu mặn của các giống/dòng lúa; Kết quả tách chiết ADN tổng số;
Kết quả phản ứng PCR và phân tích đa hình trên gel polyacrylamide; Quan hệ di
truyền liên quan đến tính chịu mặn của các giống/dòng lúa.

Keywords. Di truyền học; Gen; Tính chịu mặn; Lúa; Việt Nam

I. MỞ ĐẦU
Năng suất lúa thấp do nguyên nhân mặn và những bất lợi của đất vẫn đang tồn
tại ở các vùng ven biển Việt Nam. Hơn nữa thiếu khoáng chất và độc tố của muối
trong đất ảnh hưởng lớn đến cây lúa, một cây trồng chủ đạo trong nên nông nghiệp
nước ta (Hoàng Ngọc Giao, 2006; Nguyễn Tuấn Hinh và cs, 2006). Bên cạnh đó, hiện
tượng xâm thực của nước biển vào nước tưới và đất trồng lúa đã làm cho diện tích

ngập mặn lên tới 200.000 ha (Nguyễn Ngọc Anh, 2005). Mặt khác do tập quán và nhu
cầu mở rộng canh tác đổi mới ngành nghề nuôi trồng thuỷ sản vô tình làm tăng thêm
diện tích ngập mặn cũng tăng thêm diện tích ngập mặn cũng như độ mặn tăng lên từ
khoảng 0,3- 0,4% thậm chí có nơi cao hơn cả chục lần. Nông dân thường chờ mưa để
trồng lúa. Tuy nhiên do lượng mưa thất thường, cây lúa vẫn có thể bị mặn gây hại ở
giai đoạn mạ, hoặc ở giai đoạn trỗ đến chín. Từ trước đến nay, công tác chọn tạo giống

2
lúa ở nước ta tuy có nhiều thành quả, song các phương pháp chọn tạo chủ yếu là truyền
thống thông qua lai tạo và đột biến thực nghiệm nên vẫn còn nhiều hạn chế và ảnh
hưởng không nhỏ đến kết quả chọn tạo.
Với sự phát triển của công nghệ sinh học, rất nhiều vấn đề còn tồn tại trước đây
của công tác chọn giống truyền thống đã được giải quyết. Trong đó, ứng dụng chỉ thị
phân tử như RAPD, SSR, RFLP, AFLP được nghiên cứu và phát triển đã trở thành
công cụ mạnh mẽ để phân tích đa dạng di truyền và xác định được sự khác biệt về mặt
di truyền của quần thể giống khởi đầu, từ đó xác định các cặp lai có khoảng cách di
truyền phù hợp có thể cho ưu thế lai cao nhất. Việc tiếp cận ở mức độ phân tử cho phép
đánh giá các giống bố mẹ một cách chính xác, không bị tác động bởi điều kiện ngoại
cảnh, rút ngắn thời gian và nâng cao hiệu quả công tác lai tạo
Vì vậy, chúng tôi tiến hành thực hiện đề tài: “Nghiên cứu đa dạng di truyền
nguồn gen liên quan đến tính chịu mặn ở lúa Việt Nam” với mục tiêu chính là xây
dựng cơ sở dữ liệu ADN và tính chịu mặn của các giống/dòng lúa nghiên cứu nhằm
góp phần quan trọng cho việc khai thác nguồn gen chịu mặn và định hướng cho chọn
tạo giống lúa chịu mặn ở Việt Nam.
II. VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
1.1. Vật liệu
- Bộ giống lúa gồm 40 mẫu giống/dòng lúa thu thập từ ven biển phía Bắc, miền
Trung Việt Nam đang được lưu giữ tại Ngân hàng gen cây trồng Quốc Gia và một số
giống từ Viện nghiên cứu lúa Quốc tế (IRRI)
Bảng 1. Danh sách 40 giống/dòng lúa trong nghiên cứu

TT
Tên giống
Nguồn gốc
TT
Tên giống
Nguồn gốc
1
Ỏn
Nam Định
21
Mành gié
Quảng Bình
2
Nếp cúc
Ninh Bình
22
IR28
IRRI
3
Hom râu 1
Thái Bình
23
Hom râu 2
Thái Bình
4
Bầu Hải Phòng
Hải Phòng
24
CM6
Viện Di truyền NN

5
Nước mặn
Thừa Thiên- Huế
25
Q5
Trung Quốc
6
Háu trắng
Thừa Thiên- Huế
26
P4
Viện CLT-CTP
7
Lúa ven dạng 1
Quảng Bình
27
P6
Viện CLT-CTP

3
8
Tẻ chăm
Quảng Bình
28
AC5
Viện CLT-CTP
9
Quảng Trắng
Quảng Trị
29

Nghi hương
-
10
Ven đỏ
Quảng Trị
30
Tám dự
-
11
Nước mặn dạng 1
Quảng Trị
31
Khang dân18
Trung Quốc
12
Chành trụi
Thanh Hoá
32
Lúa su dạng 1
Quảng Bình
13
Lúa đỏ
Thừa Thiên- Huế
33
Cườm dạng 1
Nam Định
14
Lúa chăm
Nam Hà
34

Lúa chăm biển
Ninh Bình
15
Pokkali
IRRI
35
Ngoi tía
Nam Định
16
Cườm dạng 2
Nam Định
36
Ré trắng
Hải Phòng
17
Chiêm rong
Nam Định
37
IR352
IRRI
18
Tám thơm
Nam Định
38
Chiêm cũ
Quảng Bình
19
Lúa ngoi
Thanh Hoá
39

Tẻ tép
Nam Định
20
Nếp quắn
Hải Phòng
40
Nếp chẩn
Nghệ An

- Sử dụng 20 cặp mồi SSR để nhận dạng và phân tích đa dạng di truyền các mẫu
giống/dòng lúa (bảng2)
Bảng 2: Danh sách các cặp mồi SSR sử dụng trong nghiên cứu
TT
Locut
Trình tự
Tm
(
o
C)
KTSP
(bp)
1
RM5926
(f): ATATACTGTAGGTCCATCCA-5’
(r): AGATAGTATAGCGTAGCAGC-3’
55
176
2
RM1233
(f): GTGTAAATCATGGGCACGTG-5’

(r): AGATTGGCTCCTGAAGAAGG-3’
55
161
3
RM527
(f): GGCTCGATCTAGAAAATCCG-5’
(r): TTGCACAGGTTGCGATAGAG-3’
55
233
4
RM5963
(f): CGAAAAGTGGGAAGCAAATG-5’
(r): GCGTACCCCTAGTGGCTGTA-3’
55
196
5
RM140
(f): TGCCTCTTCCCTGGCTCCCCTG-5’
(r): GGCATGCCGAATGAAATGCATG-3’
55
261
6
RM493
(f): TAGCTCCAACAGGATCGACC-5’
(r): GTACGTAAACGCGGAAGGTG-3’
55
211
7
RM3412
(f): AAAGCAGGTTTTCCTCCTCC-5’

(r): CCCATGTGCAATGTGTCTTC-3’
55
211
8
RM10745
(f):TGACGAATTGACACACCGAGTACG-5’
(r): ACTTCACCGTCGGCAACATGG-3’
55
188
9
RM237
(f): CAAATCCCGACTGCTCC-5’
(r): TGGGAAGAGAGCACTACAGC-3’
55
130

4
10
RM201
(f): CTCGTTTATTACCTACAGTACC-5’
(r): CTACCTCCTTTCTAGACCGATA-3’
55
158
11
RM214
(f): CTGATGATAGAAACCTCTTCTC-5’
(r): AAGAACAGCTGACTTCACAA-3’
55
112
12

RM231
(f): CCAGATTATTTCCTGAGGTC-5’
(r): CACTTGCATAGTTCTGCATTG-3’
55
182
13
RM206
(f): CCCATGCGTTTAACTATTCT-5’
(r): CGTTCCATCGATCCGTATGG-3’
55
147
14
RM223
(f): GAGTGAGCTTGGGCTGAAAC-5’
(r): GAAGGCAAGTCTTGGCACTG-3’
55
165
15
RM202
(f): CAGATTGGAGATGAAGTCCTCC-5’
(r): CCAGCAAGCATGTCAATGTA-3’
55
189
16
RM339
(f): GTAATCGATGCTGTGGGAAG-5’
(r): GAGTCATGTGATAGCCGATATG-3’
55
148
17

RM518
(f): CTCTTCACTCACTCACCATGG-5’
(r): ATCCATCTGGAGCAAGCAAC-3’
55
171
18
RM261
(f): CTACTTCTCCCCTTGTGTCG-5’
(r): TGTACCATCGCCAAATCTCC-3’
55
125
19
RM208
(f):TCTGCAAGCCTTGTCTGATG-5’
(r):TAAGTCGATCATTGTGTGGACC-3’
55
173
20
RM235
(f): AGAAGCTAGGGCTAACGAAC-5’
(r):TCACCTGGTCAGCCTCTTTC-3’
55
124

1.2. Phƣơng pháp nghiên cứu
1.2.1. Đánh giá khả năng chịu mặn của các giống/dòng lúa trong điều kiện
phòng thí nghiệm.
Hạt lúa nảy mầm được đặt vào trong những ô trên tấm xốp có đan lưới, đặt lọt
khít vào bên trong chậu nhựa hình chữ nhật có chứa 10 lít nước. Mỗi tấm xốp gồm 20
ô, mỗi giống được gieo trên 1ô, mỗi ô 20 hạt. Sau 48 giờ, nước trong chậu được thay

bằng dung dịch dinh dưỡng Yoshida có muối NaCl với nồng độ 0.3% và 0.8%. Dung
dịch dinh dưỡng Yoshida được thay 2 ngày/lần và điều chỉnh pH hàng ngày ở độ pH=
5.0 bằng cách bổ sung thêm NaOH hoặc HCl.
Đánh giá mức độ chịu mặn 7 ngày, 14 ngày và 21 ngày sau khi gieo hạt theo
tiêu chuẩn đánh giá SES (Standar Evaluating Score) của IRRI, 1997 (bảng 1) để phân
biệt từ mẫn cảm đến kháng, trên cơ sở quan sát bằng mắt với hai giống đối chứng là
Pokkali (giống chuẩn kháng) và IR28 (giống chuẩn nhiễm).
1.2.2. Đánh giá khả năng chịu mặn của các giống/dòng lúa trong điều kiện
nhà lƣới

5
Thiết kế các khay trồng lúa có kích thước 15 x 30 x 50cm. Đất không bị nhiễm
mặn được phơi khô, băm nhuyễn vào khay dày khoảng 10cm (tương đương thể tích
khoảng 0,015m
3
/khay). Hạt lúa nảy mầm được gieo thành hàng (10hạt/hàng, 5
hàng/giống) trong khay tưới nước ẩm cho hạt tiếp tục phát triển trong 3 ngày đầu.
Thí nghiệm được bố trí hoàn toàn ngẫu nhiên, 3 lần lặp lại với 3 nghiệm thức: 0;
0.3%, 0.6 % muối NaCl (EC= 0; 6; 12dS/m). Đánh giá mức độ chống chịu mặn sau 10
ngày, 16 ngày và 22 ngày sau khi xử lý mặn theo tiêu chuẩn đánh giá SES của IRRI,
1997 (bảng 1)
Bảng 1. Tiêu chuẩn đánh giá (SES) ở giai đoạn tăng trưởng và phát triển
Điểm
Quan sát
Mức chống chịu
1
Tăng trưởng bình thường, không có vết cháy lá
Chống chịu tốt
3
Tăng trưởng gần như bình thường, đầu lá hoặc vài lá

có vết trắng, lá hơi cuộn lại
Chống chịu
5
Tăng trưởng chậm lại, hầu hết lá bị cuộn, chỉ có vái
lá còn có thể mọc dài ra,
Chống chịu trung
bình
7
Tăng trưởng bị ngưng hoàn toàn, hầu hết lá bị khô,
một vài chồi bị chết
Nhiễm mặn
9
Tất cả cây bị chết hoặc khô
Rất nhiễm mặn
1.2.3. Tách chiết ADN tổng số từ mẫu lá lúa
Tách chiết ADN lúa bằng dung dịch đệm chứa CTAB dựa trên quy trình chuẩn của
Saghai và Maroof (1994)
1.2.3. Nhận dạng di truyền các giống/dòng lúa bằng chỉ thị SSR
40 giống/dòng lúa được nhận dạng di truyền bằng 20 chỉ thị SSR. Phản ứng
PCR được chuẩn bị bao gồm các thành phần: 2µl Buffer 10X; 1,2µl MgCl
2
(25mM);
1µl dNTP(2,5mM); 0,1µl Taq DNA polymerase (5U); 1µl primer forward (20pmol/µl),
1 µl primer reverse (20pmol/µl)), 2µl ADN khuôn (20ng/µl) trong tổng thể tích phản
ứng là 20µl. Chu kỳ nhân gen được thiết kế như sau: 94ºC trong 5 phút; (94ºC trong 1
phút, 56ºC trong 45 giây, 72ºC trong 1 phút) lặp lại 35 lần; 72ºC trong 7 phút; 4ºC
trong 30 phút. Sản phẩm PCR được điện di trên gel polyacrylamid 12%, trong môi

6
trường đệm TAE 1X, ở 70V trong 3 giờ 20 phút. Sau khi điện di, bản gel được nhuộm

trong dung dịch Ethidium bromide và soi chụp ảnh bằng máy soi UV Transiluminator.
1.2.4. Phân tích số liệu
Phân tích thống kê một số chỉ tiêu sinh trưởng khi tiến hành đánh giá mặn các
mẫu giống/dòng lúa bằng phần mềm IRRISTAR 5.0
Dữ liệu kiểu gen được xử lý, phân tích bằng phần mềm NTSYS pc 2.11X
(Applied Biosatistics); các chỉ số đánh giá đa dạng di truyền, tần số alen quần thể được
xử lý bằng phần mềm POPGENEv1.32.
III. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN

2.1. Kết quả đánh giá tính chịu mặn của các giống/dòng lúa
2.1.1. Kết quả đánh giá khả năng chịu mặn của các giống/dòng lúa trong
điều kiện phòng thí nghiệm
2.1.1.1. Thời gian sống sót
Kết quả ghi nhận thời gian sống sót của các giống/dòng lúa thanh lọc mặn
trong môi trường EC=16dS/m cho thấy sự khác biệt có ý nghĩa thống kê. Thời gian
sống sót lâu nhất hơn giống đối chứng Pokkali (21ngày) có 2 giống lúa, đó là Chành
trụi (26 ngày), Nếp cúc (25 ngày). Có 6 giống/dòng có thời gian sống sót tương
đương với Pokkali (20-21 ngày) là Hom râu 1, Bầu Hải Phòng, Cườm dạng 2, Hom
râu 2, CM6, Cườm dạng 1. Có 9 giống có thời gian sống sót gần bằng Pokkali (15-
19ngày) là Ỏn, Nước mặn, Quảng trắng, Lúa ngoi, Mành gié, Lúa su dạng 1. Lúa
chăm biển, Ngoi tía, Chiêm cũ. Các giống còn lại có thời gian sống sót thấp, gồm
22 giống chiếm 55%. Giống chuẩn nhiễm IR28 sống sót được 8 ngày trong môi
trường muối 16dS/m. Ghi nhận từ kết quả thực nghiệm chúng tôi thấy nồng độ muối
càng cao thì thời gian sống sót của các giống/dòng lúa càng thấp và ngược lại. Ở
môi trường EC= 0dS/m, 100% các giống/dòng lúa đều sống sót sau 35 ngày, nhưng
trong môi trường dinh dưỡng có NaCl với EC=6dS/m, thời gian sống sót trung bình
của các giống/dòng lúa là 29.6 ngày và ở môi trường dinh dưỡng có NaCl với
EC=16dS/m, thời gian sống sót trung bình của các giống/dòng là 14.5 ngày.
2.1.1.2. Chiều cao thân

7
Kết quả phân tích phương sai cho thấy ở nồng độ muối khác nhau đều dẫn
đến chiều cao thân khác nhau có ý nghĩa thống kê. Ở trong môi trường dinh dưỡng
Yoshida có muối với nồng độ 0.3% (EC=6dS/m), kết quả ghi nhận cho thấy đa số
các giống có chiều cao trong khoảng 22- 26cm. Chiều cao trung bình của các
giống/dòng lúa là 24.41cm. Giống Cườm dạng 1 có chiều cao thân cao nhất
(28.23cm) và giống có chiều cao thân thấp nhất là IR28 (19.40cm). Ở trong môi
trường dinh dưỡng có muối với nồng độ 0.8% (EC= 16dS/m), đa số các
giống/dòng lúa thí nghiệm có chiều cao trong khoảng 17-21cm. Chiều cao trung
bình là 19.64cm. Các giống có chiều cao vượt trội, cao hơn hẳn giống đối chứng
Pokkali (21.67cm) và có ý nghĩa khác biệt khi phân tích thống kê là Tẻ chăm,
Chành trụi, Cườm dạng 2, Lúa ngoi, Hom râu 2, Cườm dạng 1, Lúa chăm biển, Ré
trắng. Các dòng có chiều cao tương đương giống đối chứng Pokkali (không khác
nhau về mặt thống kê) là Quảng trắng, Lúa đỏ, Nghi hương, Chiêm cũ. Có 4
giống/dòng (Lúa ven dạng 1, Nước mặn dạng 1, Ngoi tía, IR352) có chiều cao thân
khá, cao hơn chiều cao thân trung bình. Như vậy, chiều cao cây và khả năng chịu
mặn tỷ lệ nghịch với nhau. Nồng độ muối càng cao thì chiều cao cây càng giảm.
2.1.1.3. Chiều dài rễ
Chiều dài rễ trung bình của 40 giống/dòng lúa trong môi trường dinh dưỡng
có muối với nồng độ 0.8% (EC=16dS/m) là 8.37cm. Giống đối chứng Pokkali có
chiều dài rễ là 9.77cm, có 6 giống/dòng có chiều dài tương đương với giống đối
chứng (khác biệt không có ý nghĩa thống kê) là Nếp cúc, Nước mặn dạng 1, CM6,
Q5, Cườm dạng 1, Ngoi tía, ngoài ra các giống Ỏn, Bầu Hải Phòng, Nước mặn,
Lúa chăm biển, Hom râu 2, Tám dự, Lúa chăm biển, Ré trắng, Tẻ tép, Nếp chẩn có
chiều dài rễ khá. Tuy nhiên, trong dung dịch Yoshida có muối với nồng độ thấp hơn
(EC=6dS/m), các giống/dòng lúa có chiều dài rễ trung bình là 11.76cm. Trong đó,
Hom râu 2 có chiều dài rễ dài nhất là 14.49cm và giống có chiều dài rễ thấp nhất là
Quảng trắng (9.76cm), giống Pokkali có chiều dài rễ tương đối cao là 13.13cm.
2.1.1.4. Trọng lượng khô thân
Khi phân tích phương sai kết quả ghi nhận trọng lượng khô thân của bộ giống

nghiên cứu trong hai môi trường muối khác nhau cho thấy sự khác biệt có ý nghĩa thống

8
kê. Trọng lượng khô thân trung bình của các giống/ dòng lúa đạt 116.22mg trong môi
trường dinh dưỡng có muối với độ dẫn điện EC=6dS/m. Ghi nhận kết quả trọng lượng
khô thân của 40 giống/dòng lúa thí nghiệm trong môi trường có độ dẫn điện EC=16dS/m
cho thấy, trọng lượng trung bình chỉ đạt 93.63 mg. Giống chuẩn kháng Pokkali là giống
có trọng lượng thân cao nhất (131.45mg), khác biệt rất có ý nghĩa với giống chuẩn
nhiễm IR28 có trọng lượng khô thân là 59.34mg. Một số giống có trọng lượng khô thân
tương đối cao, gần băng Pokkali là Chiêm rong, Chành trụi, Ven đỏ, Nếp cúc.
2.1.1.5. Trọng lượng khô rễ
Kết quả ghi nhận trọng lượng khô rễ của các giống/dòng lúa thí nghiệm cho thấy
sự khác biệt khi phân tích thống kê. Ở trong môi trường dinh dưỡng có muối với
EC=16dS/m, các giống có trọng lượng khô rễ trung bình là 27.03 mg. Giống Pokkali
(chuẩn kháng) có trọng lượng khô rễ cao (39.14mg), khác biệt rất có ý nghĩa với các
giống/dòng lúa còn lại trong thí nghiệm, duy chỉ có giống Chành trụi có trọng lượng khô
rễ cao hơn giống đối chứng là 40.33mg. Có 3 giống là Lúa su dạng 1, CM6, Lúa ven
dạng 1 có trọng lượng khô rễ tương đối cao, gần bằng giống Pokkali. Giống chuẩn
nhiễm IR28 có trọng lượng khô rễ là 25.75mg và là giống có trọng lượng khô rễ trung
bình. Hai giống Nếp quấn, Ven đỏ có trọng lượng khô rễ thấp nhất là 20,06mg.
Ghi nhận kết quả ở môi trường dinh dưỡng có NaCl 0.3 đa số các giống/dòng lúa
có trọng lượng khô rễ từ 26-31mg và có trọng lượng khô rễ trung bình đạt 29.56 mg.
2.1.2.6. Đánh giá mức độ chống chịu mặn
Kết quả ban đầu cho thấy, cây mạ trong môi trường dinh dưỡng có muối NaCl
với nồng độ 6dS/m, sau 7 ngày xử lý mặn chỉ có 2 giống Khang dân và AC5 ảnh
hưởng cấp độ 3, đến 14 ngày sau khi xử lý mặn cây mạ bị ảnh hưởng chủ yếu ở cấp
3-5; sau 21 ngày đa số các giống/dòng lúa bị ảnh hưởng chủ yếu ở cấp 5-7, 4
giống/dòng lúa bị chết (cấp 9) chiếm 10% là Khang dân, AC5, Q5, Ven đỏ.
Ở trong môi trường trường dinh dưỡng có muối NaCl với độ dẫn điện
EC=16dS/m, sau 7 ngày xử lý mặn giống chuẩn nhiễm IR28 có biểu hiện ở cấp 7,

giống Pokkali có biểu hiện ở cấp 3, đa số các giống/dòng lúa khác bị nhiễm cấp 5-7.
Vào 14 ngày sau xử lý mặn thì giống IR28 bị nhiễm cấp 9 (chết), giống Pokkali biểu
hiện ở cấp 5 cùng với 13 giống/dòng lúa có biểu hiện tương đương Nước mặn, Lúa su

9
dạng 1, Lúa ven, Quảng trắng, Hom râu 1, Hom râu 2, Cườm dạng 1, Chiêm rong,
Lúa chăm biển, Mành ré, Chiêm cũ, Bầu Hải Phòng, Ỏn. 9 giống/dòng lúa còn sống
sau 21 ngày xử lý mặn là Ỏn, Bầu Hải Phòng, Lúa ven dạng 1, Pokkali, Mành gié,
Hom râu 2, Lúa su dạng 1, Cườm dạng 1, Chiêm cũ nhưng ở mỗi giống chỉ còn lại
vài cây bị nhiễm ở cấp 7(chiếm 22.5%), chỉ có Chành trụi, Cườm dạng 2, Nếp cúc là
nhẹ hơn, cấp 5 (chiếm 7.5%).

Hình 1: Đồ thị biểu diễn tỷ lệ % mức chống chịu mặn của 40 giống/dòng lúa nghiên
cứu trong dung dịch Yoshida có NaCl với EC=6dS/m và EC=16dS/m





Mạ sau 21 ngày xử lý mặn (EC=6dS/m) Mạ sau 21 ngày xử lý mặn (EC=6dS/m)





Mạ sau 17 ngày xử lý mặn (EC=0dS/m) Mạ sau 17 ngày xử lý mặn (EC=16dS/m)
Hình 2: Thí nghiệm thanh lọc mặn các giống/dòng lúa nghiên cứu trong điều kiện
phòng thí nghiệm

10
2.1.2. Kết quả đánh giá khả năng chịu mặn của các giống/dòng lúa trong
điều kiện nhà lƣới
2.1.2.1. Tỷ lệ sống sót
Ở điều kiện nhiễm mặn với nồng độ 0.3% (EC=6dS/m), giống IR28 chết vào
thời điểm 21 ngày sau khi xử lý mặn. Đa phần các giống/dòng lúa có tỷ lệ sống sót trên
50%, trong đó có 6 giống có tỷ lệ sống sót > 70%, 25 giống có tỷ lệ sống sót từ 51-
70%, 5 giống có tỷ lệ sống sót nằm trong khoảng 31-50%, 4 giống/dòng lúa có tỷ lệ
sống sót <30% Ở điều kiện nhiễm mặn nồng độ 0.6% (EC=12dS/m), giống IR 28 chết
vào thời điểm 15 ngày sau khi xử lý mặn. Trong đó, 9 giống/dòng lúa có tỷ lệ sống sót
<30%, 12 giống/dòng lúa có tỷ lệ sống sót từ 31-50%, 15 giống/dòng lúa có tỷ lệ sống
sót từ 51-70%, 4 giống/dòng lúa có tỷ lệ sống sót >70% là Chành trụi, Nếp cúc,
Pokkali, Cườm dạng 2.

Hình 3: Biểu đồ biểu diễn % tỷ lệ sống sót của các giống/dòng lúa nghiên cứu trồng
trong đất có NaCl với EC=6dS/m, EC=12dS/m
2.1.2.2. Mức độ chống chịu mặn
Kết quả đánh giá khả năng kháng mặn của bộ giống lúa nghiên cứu được thể
hiện ở hình 4 cho thấy trong điều kiện 0dS/m, cây mạ tăng trưởng bình thường không
có triệu chứng bị nhiễm mặn. Trong môi trường có bổ sung thêm nước muối với 0.3%
NaCl (độ dẫn điện EC=6dS/m), cây mạ bắt đầu bị ảnh hưởng do mặn và mức độ bị ảnh
hưởng tăng dần theo thời gian. Sau 10 ngày xử lý mặn ngoài tự nhiên, hầu hết các
giống/dòng chưa bị ảnh hưởng nhiều, chỉ có 6 giống/dòng lúa là Tám thơm, IR28, Q5,
Khang dân 18, AC5, P6 ảnh hưởng đến cấp 3 (chiếm 15%), đến 16 ngày cây mạ bị ảnh
hưởng chủ yếu ở cấp 3-5. Sau 22 ngày đa số các giống/dòng vẫn sống, trong đó 14

11
giống/dòng bị ảnh hưởng ở cấp3, 11 giống/dòng lúa bị ảnh hưởng ở cấp 5, 11
giống/dòng lúa ở cấp 7 và 4 giống/dòng lúa ( IR28, P6, AC5, Khang dân 18) bị ảnh
hưởng nặng nhất ở cấp 9.

Khi xử lý mặn các giống/dòng lúa nghiên cứu ở nồng độ 0,6% (EC=12dS/m)
thì sau 10 ngày ảnh hưởng mặn tới một số giống/dòng lúa, IR28 biểu hiện ở cấp 5,
giống chuẩn kháng Pokkali biểu hiện ở cấp 3, đa số các giống/dòng lúa khác bị nhiễm
cấp 5-7. Sau 16 ngày xử lý mặn giống IR28 bị chết, giống Pokkali biểu hiện ở cấp 3
(kháng mặn tốt) cùng với 3 giống có biểu hiện tương đương là Chành trụi, Cườm dạng
2, Nếp cúc. 23 giống/dòng lúa có biểu hiện cấp 5 là Ỏn, Hom râu1, Bầu Hải Phòng,
Nước mặn, Háu trắng, Lúa ven dạng 1, Tẻ chăm, Quảng trắng, Nước mặn dạng1,
Chiêm rong, Mành gié, Hom râu 2, CM6, P6, Nghi hương, Tám dự, Lúa su dạng 1,
Cườm dạng 1, Lúa Chăm biển, Ngoi tía, Ré trắng, Chiêm cũ, Tẻ tép chiếm tỷ lệ 57.5%.
Số giống/dòng lúa sống sau 22 ngày sau khi xử lý mặn là 38 giống/dòng lúa nhưng khả
năng sinh trưởng đã bị giảm, ở mỗi giống/dòng chỉ còn vài cây bị nhiễm ở cấp 7.
Giống Pokkali, Chành trụi, Cườm dạng 2, Nếp cúc vẫn ở mức kháng mặn trung bình
(cấp5). Như vậy, sau khi giống chuẩn nhiễm IR28 bị chết, có 4 giống (chiếm 10%) có
biểu hiện mức kháng mặn cao, 23 giống/dòng lúa (chiếm 57.5%) biểu hiện khả năng
kháng mặn ở mức trung bình cấp 5, 11 giống/dòng lúa (chiếm 27.5%) tăng trưởng bị
ngưng hoàn toàn, hầu hết lá bị khô, một vài chồi bị chết (cấp7).

Hình 4: Đồ thị biểu diễn tỷ lệ % mức chống chịu mặn của 40 giống/dòng lúa nghiên
cứu trồng trong đất có NaCl với EC=6dS/m và EC=12dS/m

12
2.2. Kết quả tách chiết ADN tổng số
Kết quả tách chiết ADN bằng phương pháp CTAB cải tiến thu được ADN
nguyên vẹn, độ tinh sạch cao và có nồng độ khá lớn, từ 150- 300ng/µl, đảm bảo đủ
điều kiện để tiến hành các thí nghiệm tiếp theo (Hình 5)




Hình 5: Kết quả tách chiết ADN tổng số lúa

Số TT: 1đến 40: các giống/dòng lúa theo danh sách mẫu (phụ lục 1)
2.3. Kết quả phản ứng PCR và phân tích đa hình trên gel polyacrylamide
Sản phẩm PCR-SSR được điện di trên gel polyacrylamide 8% để phân tích mối
tương quan di truyền liên quan đến tính chịu mặn của bộ giống/dòng lúa nghiên cứu
Tổng số thu được 800 mẫu phản ứng PCR (tổ hợp PCR).





Hình 6: Kết quả nhận dạng di truyền 40 giống/dòng lúa bằng chỉ thị SSR- RM339
M: ADN 50bp ladder Số 1-40: thứ tự các mẫu giống/dòng lúa (phụ lục 1)





Hình 7: Kết quả nhận dạng di truyền 40 giống/dòng lúa bằng chỉ thị SSR- RM261
M: ADN 50bp ladder Số 1-40: thứ tự các mẫu giống/dòng lúa (phụ lục 1)

13
Thống kê trên 20 locut SSR, sản phẩm PCR là các băng có kích thước nằm
trong khoảng từ 110-300bp, kích thước phổ biến của các alen thu được trong bộ
giống lúa nghiên cứu biến thiên trong khoảng 120- 250bp.

Hình 8: Biến động kích thước của các alen tại locut SSR khảo sát.
Thống kê kết quả nhân gen 40 giống/dòng lúa bằng 20 chỉ thị SSR được thể
hiện ở hình 9. Tổng số alen được phát hiện tại 20 locut là 144. Số alen đa hình tại mỗi
locut biến động từ 3 đến 11, đạt trung bình là 7,2 alen/locut. Số lượng alen nhiều nhất
là 11 (RM235), đạt 10 alen (RM140, RM201, RM493, RM1233) và 9 alen 9(RM202).

Locut cho ít đa hình nhất (3alen) tại RM5963.
Bằng phần mềm POPGENE 3.1, tần số alen của mỗi locut được tính toán dựa
trên số liệu nhận dạng di truyền của 40 giống/dòng lúa và là cơ sở để xác định các chỉ
số đa dạng di truyền. Trong số 20 chỉ thị SSR, có 12 chỉ thị cho nhận dạng đặc biệt
(unique allele). Các băng kích thước nằm trong khoảng 100-250bp. Tần số allen phổ
biến nhất dao động từ 15.79 % đến 85%, trung bình là 40.07% (bảng 2). Hệ số đa dạng
di truyền PIC (Polymorphism Information Content) được coi là thước đo tính đa hình
của các alen trong từng locut SSR. Số liệu ở bảng 2 cho thấy các giống/dòng lúa
nghiên cứu rất đa dạng về thành phần các alen ở các locut được nghiên cứu. Hệ số PIC
thu được tại các locut SSR biến động từ 0,265 (locut RM5926) đến 0.889 (locut
RM235) với giá trị trung bình là 0.713, cho thấy mức độ đa dạng gen tồn tại trong 40
mẫu lúa nghiên cứu ở mức khá cao.

14


Hình 9: Kết quả phản ứng PCR của 40 giống/dòng lúa với 20 cặp mồi SSR
(ô đen- có alen được ghi nhận; ô trắng – không có alen được ghi nhận)

15
Bảng 2: Đa hình các locut SSR ở các giống lúa nghiên cứu
TT
Locut
NST
Sô
́

allen
Kích thƣớc
sản phm

PCR (bp)
Tâ
̀
n sô
́
allen
phô
̉
biê
́
n
nhâ
́
t
Sô
́
allen
đặc trƣng
PIC
1
RM201
9
10
135-168
28.205
4
0.828
2
RM202
11

9
140-210
30.000
0
0.835
3
RM206
11
7
125-150
30.769
0
0.785
4
RM237
1
7
110-140
48.718
0
0.709
5
RM493
1
10
200-275
34.211
3
0.821
6

RM10745
1
6
170-200
33.333
1
0.750
7
RM214
7
6
110-150
65.000
1
0.549
8
RM3412
1
7
180-240
20.000
1
0.828
9
RM231
3
8
120-200
23.077
0

0.855
10
RM339
8
5
140-190
43.243
1
0.706
11
RM518
4
7
135-180
34.286
0
0.805
12
RM261
4
8
120-140
32.500
1
0.810
13
RM140
1
10
250-300

27.500
4
0.828
14
RM527
6
6
220-280
22.500
0
0.810
15
RM1233
11
10
150-170
30.769
3
0.822
16
RM223
8
5
110-200
85.000
3
0.270
17
RM5963
6

3
160-200
66.667
0
0.492
18
RM5926
11
4
170-240
78.571
0
0.265
19
RM208
2
5
160-185
51.282
1
0.599
20
RM235
12
11
120-170
15.789
2
0.889

Total

144


25


Mean

7.2

40.071
1.3
0.713

Min

3

15.789
0
0.265

Max

11

85.000
4

0.889



16
2.4. Quan hệ di truyền liên quan đến tính chịu mặn của các giống/dòng lúa
Quan hệ di truyền của 40giống/dòng lúa với 20 locut tương ứng với các mồi
SSR được phân tích UPGMA bằng phần mềm NTSYS pc 2.11X. Sơ đồ hình cây giữa
các giống nghiên cứu cho thấy hệ số tương đồng di truyền của cả nhóm biến động từ
0,68 đến 0,91 (theo phương pháp SM, NTSYS). Tại giá trị tương đồng 0,825; 40
giống/dòng lúa được chia thành 10 nhóm lớn với khả năng chịu mặn khác nhau:
Nhóm I: Mức độ tương đồng di truyền thấp nhất là 0,836; gồm 3 giống/dòng lúa là
Ỏn, Nếp cúc, Hom râu 1có khả năng chịu mặn tốt trong dung dịch Yoshida có NaCl với
nồng độ 0.8% (EC= 16dS/m) và trong đất có NaCl với nồng độ 0.6% (EC=12dS/m).
Nhóm II: Mức độ tương đồng di truyền thấp nhất là 0,826; gồm 5 giống/dòng
lúa Bầu Hải Phòng, Háu trắng, Lúa đỏ, Nước mặn, Lúa chăm. Nhóm này đều là các
giống/dòng lúa địa phương, trong đó có 3 giống/dòng lúa Lúa đỏ, Nước mặn, Lúa
chăm có cùng nguồn gốc Thừa Thiên Huế. Đặc biệt có giống Bầu Hải Phòng có
khả năng chịu mặn khá , 2 giống Háu trắng và Nước mặn có khả năng chịu mặn
trung bình trên thực nghiệm.
Nhóm III: Gồm 5 giống/dòng lúa là Lúa Ven dạng 1, Quảng trắng, Nước mặn
dạng 1, Tẻ chăm, Ven đỏ đều có nguồn gốc từ ven biển miền Trung Việt Nam.
Nhóm này có mức độ tương đồng thấp nhất là 0,852. Phần lớn các giống/dòng lúa
trong nhóm này có khả năng chịu mặn khá cao.
Nhóm IV: Có mức độ tương đồng di truyền thấp nhất là 0,842, chỉ gồm 2
giống/dòng lúa, trong đó, 1 giống có nguồn gốc từ Nam Định là Chiêm rong và 1
giống có nguồn gốc từ Thanh Hoá là Chành trụi có khả năng chịu mặn tốt trong
điều kiện môi trường có muối với nồng độ 0,8%.
Nhóm V: Có mức độ tương đồng thấp nhất là 0,825; gồm 6 giống/dòng lúa
của Việt Nam (Cườm dạng 2, Tám thơm, CM6, Mành gié) và IRRI (Pokkali và

IR28). Trong nhóm này, cùng với giống chuẩn kháng mặn Pokkali, giống/dòng lúa
Cườm dạng 2 và CM6 có khả năng chịu mặn khá trong môi trường có muối với
EC=16dS/m.

17
Nhóm VI: Mức độ tương đồng thấp nhất là 0,835; gồm 3 giống/dòng lúa Q5,
Tám dự , Nghi hương. Nhóm này có 1 giống nhập nội có nguồn gốc từ Trung Quốc
là Q5 có khả năng chịu mặn kém, 2 giống/dòng Tám dự và Nghi hương chịu mặn
tốt trong môi trường có muối với nồng độ 12dS/m.
Nhóm VII: Gồm 3 giống chịu mặn kém là P4, P6, AC5. Nhóm này có mức độ
tương đồng di truyền thấp nhất là 0,862 và có nguồn gốc từ Việt Nam.
Nhóm VIII: có mức tương đồng thấp nhất là 0,847; gồm 7 giống/dòng lúa của
Việt Nam và IRRI là Lúa chăm biển, Ngoi tía, Ré trắng, IR352, Chiêm cũ, Tẻ tép, Nếp
chẩn , trong đó có 2 giống/dòng lúa có khả năng chịu mặn ở mức trung bình có cùng
nguồn gốc từ Nam Định là Ngoi tía và Tẻ tép
Nhóm IX: có mức tương đồng di truyền thấp nhất là 0,829; gồm 3 giống/dòng
lúa Lúa ngoi, Nếp quắn , Hom râu 2 đều là các giống địa phương của Việt Nam, trong
đó có Hom râu 2 nguồn gốc từ Thái Bình có khả năng chịu mặn khá.
Nhóm X: Gồm 3 giống/dòng lúa, trong đó có 1 giống nhập nội có nguồn gốc từ
Trung Quốc là Khang dân; 2 giống địa phương của Việt Nam là Cườm dạng 1 và Lúa
su dạng 1 có khả năng chịu mặn tốt theo thực nghiệm.


Hình 10: Sơ đồ cây phân loại 40 giống/dòng lúa bằng phương pháp UPGMA

18
Trong công tác tạo giống lúa lai, người ta nhận thấy rằng các cặp bố mẹ càng xa
nhau về phương diện di truyền thì càng cho ưu thế lai cao. Nếu khoảng cách di truyền
giữa cặp giống bố mẹ quá lớn (tương đồng di truyền nhỏ hơn 0,4), con lai thường khó
sống sót hoặc bất thụ. Nếu khoảng cách di truyền giữa cặp giống bố mẹ quá nhỏ (tương

đồng di truyền lớn hơn 0,7) con lai thường có ưu thế lai rất thấp hoặc không cho ưu thế
lai. Như vậy mức độ tương đồng di truyền từ 0,4 đến 0,7 làm chuẩn để chọn bố mẹ tạo
các dòng lúa lai có khả năng cho ưu thế lai.
Trên cơ sở phân tích di truyền dựa vào chỉ thị phân tử SSR, kết quả phân nhóm
di truyền và hệ số tương đồng di truyền giữa các giống/dòng lúa nghiên cứu, chúng tôi
đề xuất một số tổ hợp lai dự kiến có triển vọng như sau: Hom râu 1 và Pokkali, Chành
trụi và P6, Pokkali và Q5, Cườm dạng 2 và Khang dân.
IV. KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ
Kết luận:
Từ những kết quả đạt được của đề tài, chúng tôi đưa ra các kết luận sau:
1. Đã đánh giá được khả năng chịu mặn của 40 giống/dòng lúa nghiên cứu trong
điều kiện phòng thí nghiệm và điều kiện nhà lưới, trong đó có 4 giống biểu hiện
khả năng chịu mặn tốt là Pokkali, Nếp cúc, Cườm dạng 2 , Chành trụi.
2. Đã nhận dạng di truyền 40 giống/dòng lúa liên quan đến tính chịu mặn bằng 20
chỉ thị SSR. Ghi nhận được tính đa alen rất cao của 20 locut SSR nghiên cứu (từ
3-11 alen/locut). Tần số alen phổ biến dao động từ 15,79% đến 85%, trung bình
đạt 40,07%. Hệ số đa dạng di truyền PIC của các locut nghiên cứu khá cao với
giá trị trung bình là 0,713.
3. Đánh giá đa dạng di truyền các giống/dòng lúa liên quan đến tính chịu mặn bằng
chỉ thị SSR cho thấy mức độ đa dạng di truyền cao giữa các giống/dòng lúa; hệ
số tương đồng di truyền ghi nhận được từ 0,68 đến 0,91. Tại giá trị tương đồng
0,825 đã phân 40 giống/dòng lúa thành 10 nhóm.

19
4. Trên cơ sở khoảng cách di truyền và khả năng chịu mặn của các giống/dòng lúa
nghiên cứu, chúng tôi đề suất một số tổ hợp lai trong công tác chọn tạo giống
lúa chịu mặn có triển vọng cho ưu thế lai cao như sau: Hom râu 1 và Pokkali,
Chành trụi và P6, Pokkali và Q5, Cườm dạng 2 và Khang dân18
Kiến nghị:
Trên cơ sở các kết quả như trên chúng tôi có một số kiến nghị như sau:

1. Tiếp tục tiến hành xử lý mặn những giống/dòng lúa được xác định có khả
năng chịu mặn tốt ở những vùng đất mặn để đánh giá khả năng chống chịu
của các giống/dòng lúa chính xác hơn.
2. Cần có những nghiên cứu sâu hơn kiểm tra kiểu gen chống chịu mặn ở lúa.
3. Sử dụng số liệu mức độ tương đồng và khoảng cách di truyền hỗ trợ lựa
chọn các giống/dòng lúa phù hợp cho công tác lai tạo giống lúa chịu mặn
mới.
References
Tiếng Việt
1. Nguyễn Ngọc Anh (2005), “Chiến lược bảo vệ và sử dụng hợp lý dòng chảy kiệt
đồng bằng sông Cửu Long”, Báo cáo hội thảo Khai thác và sử dụng hợp lý tài nguyên
nước khu vực đồng bằng sông Cửu Long, Cần Thơ, ngày 21/4/2005.
2. Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn (2001), “Định hướng chuyển dịch cơ cấu
và phát triển sản xuất nông nghiệp vùng Đồng bằng sông Cửu Long thời kỳ 2001-
2005”, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn năm 2001.
3. Bùi Chí Bửu, Nguyễn Duy Bảy, Phùng Bá Tạo, Đỗ Xuân Trường và Nguyễn Thị
Lang (2000), “Chọn tạo giống lúa cho vùng bị nhiễm mặn ở đồng bằng sông Cửu
Long”, OMon Rice 8:16-26.
4. Bùi Chí Bửu, Nguyễn Thị Lang (1999), "Ứng dụng DNA marker trong đánh giá
quỹ gen cây lúa", Báo cáo khoa học, Hội nghị Công nghệ sinh học toàn quốc, Hà Nội,
9 – 10/12/1999, tr. 1216 – 1273.

20
5. Bùi Chí Bửu và Nguyễn Thị Lang (2003), Cơ sở di truyền tính chống chịu đối với
thiệt hạt do môi trường của cây lúa, NXB. Nông Nghiệp TP. Hồ Chí Minh.
6. Trần Văn Đạt (2005), Sản xuất lúa gạo thế giới: Hiện trạng và khuynh hướng phát
triển trong thế kỷ 21, NXB Nông nghiệp, TP Hồ Chí Minh.
7. Hoàng Ngọc Giao (2006), Sổ tay pháp lý dành cho người dân các vùng ven biển,
NXB Chính trị Quốc Gia, trg.5-6.
8. Nguyễn Tấn Hinh và ctv, 2006, Báo cáo tổng kết khoa học và kỹ thuật đề tài

nghiên cứu chọn tạo giống lúa và biện pháp kỹ thuật canh tác lúa cho những vùng có
điều kiện khó khăn, Viện Cây lương thực và Cây thực phẩm.
9. Lã Tuấn Nghĩa và cs (2000), “Đánh giá tính kháng QTL bệnh đạo ôn ở lúa”, Kết
quả nghiên cứu khoa học 1999- 2000, Viện Di truyền Nông nghiệp, NXB Nông
nghiệp, Hà Nội.
10. Lã Tuấn Nghĩa, Vũ Đức Quang, Trần Duy Quý (2004), Cơ sở lý thuyết và ứng
dụng công nghệ gen trong chọn giống cây trồng, NXB Nông nghiệp.
11. Lã Tuấn Nghĩa, Vũ Đức Quang, Trần Duy Quý (1997), “Sử dụng phương pháp đa
hình độ dài phân cắt ADN (RFLP) trong nghiên cứu đa dạng quần thể nấm đạo ôn lúa”.
Kết quả nghiên cứu khoa học, NXB Nông nghiệp Việt Nam, tr. 202-207.
12. Lã Tuấn Nghĩa, Phạm Thị Thuy, Chu Thị Thanh Hà và Lê Thị Thu Trang (2008).
“Nghiên cứu lập bản đồ QTL tính kháng đạo ôn ở lúa”. Tạp chí Nông nghiệp và Phát
triển nông thôn, 4(9), 50-56.
13. Nguyễn Thị Quỳnh (2004), Đánh giá đa dạng di truyền tài nguyên giống lúa địa
phương miền Bắc Việt Nam, Luận án Tiến sĩ Nông nghiệp, Viện Khoa học Kỹ thuật
Nông nghiệp Việt Nam.
14. Lê Sâm (2003), Xâm nhập mặn ở đồng bằng sông Cửu Long, NXB Nông nghiệp.
15. Trần Danh Sửu (2008), Đánh giá đa dạng di truyền tài nguyên lúa Tám đặc sản
miền Bắc Việt Nam, Luận án Tiến sĩ Nông nghiệp, Viện Khoa học Nông nghiệp Việt
Nam.
16. Trần Danh Sửu, Đỗ Đức Tuyến, Lưu Ngọc Trình, Nguyễn Thị Ngọc Huệ (2004),
"Nghiên cứu đa dạng di truyền các giống lúa do nông dân đặt tên (Oryza sativa) trên

21
cơ sở phân tích đẳng men", Bảo tồn nội vi tài nguyên cây trồng vì sự phát triển bền
vững, NXB Nông nghiệp, Hà Nội, tr. 54-60.
17. Đặng Minh Tâm và Nguyễn Thị Lang (2003), “Khai thác biến dị soma các dòng
lúa chống chịu mặn từ nuôi cấy in vitro”, Omon Rice 11:68-73.
18. Lê Duy Thành (1999), “Kỹ thuật PCR và ứng dụng của nó trong chọn giống thực
vật”. Cơ sở di truyền chọn giống thực vật, Nxb Đại học Quốc gia Hà Nội, tr.156-158.

19. Nguyễn Nghĩa Thìn (1997), “Đa dạng di truyền”, Cẩm nang nghiên cứu đa dạng
sinh vật, tr.1-3.
20. Ngô Đình Thức (2006), Nghiên cứu phát triển giống lúa chống chịu mặn cho vùng
đồng bằng sông Cửu Long, Luận án tiến sĩ nông nghiệp, Trường đại học Nông Lâm
TP. HCM.
21. Lưu Ngọc Trình (2006), Báo cáo kết quả thực hiện đề tài nghiên cứu khai thác
nguồn gen địa phương (Lúa, Đậu xanh, Khoai môn - Sọ, Bầu bí) phục vụ cải tiến
giống và đa dạng hoá cây trồng, Hà Nội.
22. Viện Di truyền Nông nghiệp (1998), Kết quả nghiên cứu khoa học 1997-1998,
NXB Nông nghiệp, Hà Nội.
23. Võ Thị Minh Tuyền, Phạm Ngọc Lương, Đoàn Thanh Huyền (2007), “Nghiên cứu,
ứng dụng chỉ thị phân tử trong chọn giống lúa lai”. Tạp chí Khoa học và công nghệ,
tháng3/2007.
24. Vương Đình Tuấn, Fukutu Y, Yano M và Ban T (2000), “Lập bản đồ xác định vị trí
của gen di truyền số lượng ảnh hưởng đến tính chống chịu mặn o73ca6y lúa (Oryza
satica)”, OMon Rice 8: 27-35.
Tiếng Anh
25. Akbar M., Khush G.S. and Hille Ris Lambers (1985), “Genetics of salt tolerance in
rice” In: Rice genetis, IRRI Losbanos, Philippine, pp.399-409.
26. Aslam, M., Qureshi R.H., and Ahmad (1993), Mechanisms of salinity tolerance in
rice (Oryza sativva L.), Department of soil science and physiology, University of
Agriculture, Pakistan.

22
27. Cai H. and Morishima H. (2002), “QTL clusters reflect character associations in
wild and cultivated rice”, Theor Appl Genet. 104(8) 1270-1277.
28. Chang T. T., Somrith B. (1979), "Genetic studies on the grain quality of rice",
Proceedings of the workshop on chemical aspects of rice grain quality, IRRI, Los
Banos, Philippines, pp. 49-58.
29. Collard BCY; and DJ Mackill (2008), “Marker-aided selection: an approach for

precision plant breeding in the twenty first century”, Philos. Trans. R. Soc. Lond. B.
Biol. Sci. 363:557-572.
30. Dereeper, A., Argout, X. et al (2007), “SAT, a flexible and optimized Web
application for SSR marker development”, BMC Bioinfomatics, 8.
31. F.A.O. (2001), Management practices selected for ongoing collaborative projects,
Land and plant nutrition management service, F.A.O. 2001.
32. F.A.O., AGL (2000), Extent and causes of salt-affected soils in participating
countries. Global network on intergrated soil management for sustainable use of salt-
affected soils. Land and plant nutrition management service.
33. Flowers,T.J. and Yeo, A.R.(1988), Salinity and rice:A physiological approach to
breeding for resistance, School of biological sciences, University of Sussex, Brighton,
U.K., pp.993-959.
34. Garcia, A.A.F., Benchimol, L.L. et al (2004), “Comparison of RAPD, RFLP and
SSR markers for diversity syudies in tropical maize inbred lines”, Genetics and
Molecular Biology, 27 (4), 579-588.
35. Garris J, Amanda, Thomas H, Tai, Jason Cburn, Steve Kresovich and Susan
McCouch (2005), Genetic Structure and Diversity in Oryza satica L. Genetics (169),
pp. 1631-1638.
36. Giarrocco LE, Marassib MA and Salernoa GL (2007), “Assessment of the Genetic
Diversity in Argentine Rice Cultivars with SSR Markers”, Crop Science, (47), pp.
853-858.
37. Glaszmann (1987), “Isozyme and Classification of Asian Rice Varieties”, Theor.
Appl. Genet. (74), pp. 21-30.

23
38. Gregorio GB, D Senadhira, RD Mendoza, NL Manigbas, JP Roxas, CQ Guerta
(2002), Progress in breeding for salinity tolerance and associated abiotic stresses in
rice, Field crop Research. Elsevier. Luận văn Thạc sĩ Khoa học
39. Gregorio L.B., Senadhira D., and Mendoza R.D. (1997), “Screening rice for
salinity tolerance”, IRRI discussion paper series No 22, IRRI PO. Box 933, Manila

1099, Philippine.
40. Henry, T. Nguyen, Wu, X. (2006), “Molecular marker systems for genetic
mapping” in Meksem, K., Kahl, G., The handbook of plant genome mapping- Genetic
and physical mapping, Wiley Press.
41. Hillel D. (2000), “Salinity Management for Subtainable Irrigation”, The World
Bank, Washington, B.C.
42. Holton, T.A. (2001), “Plant genotyping by analysis of microsatellite” in Henry,
R.J., Plant Genotyping: the DNA fingerprinting of plant, CAB International.
43. Hugo R.Perales, Bruce F.Benz (2005), “Maize diversity and ethnolinguistic
diversity in Chiapas, Mexico”, Proc Nalt Acad Sci, 103(2), 949-954.
44. IAEA (2002), Mutant germplasm characterization using molecular markers, a
manual, IAEA Vienna.
45. Ismail AM; S Heuter; MJ Thomson and M Wissuwa (2007), “Geneticand genomic
approaches to develop rice germplasm for problem soils”, Plant Molecular Biology 4:
547-570.
46. Jaccard P. (1908), Nouvells recherches surla distribution florale. Bull. Soc. Vaud.
Sci. Nat., 44, pp.233-270.
47. Jalaluddin M, Nakai H and Yamamoto T (2007), “Genetic diversity and DNA
ingerprinting of some modern Indica and Japonica rice”, Breed and Genet, SABRAO
39 (1), pp. 43-52.
48. Joshi, S.P, Ranjekar, P.K. (1999), “Molecular markers in plant genome analysis”,
Current science online.
49. Kalyan Chakravarthi B and Rambabu Naravaneni (2006), “SSR marker based DNA
fingerprinting and diversity study in rice (Oryza sativa L.)”, AJB 5 (9), pp. 684-688.

24
50. Lee K.S. (1995), Variability and genetics of salt tolerance in japonica rice,
University of the Philippine, Los Banos, Philippine, pp. 108-110.
51. Lin H.X., Yanagihara S., Zhuang J.y., Senboku T., Zheng K.L. and Yashima S.
(1998), Identification of QTL for salt tolerance in rice via molecular markers, Chinese

J. Rice Sci., 12 (2): 72-78.
52. Lin H.X., Zhu M.Z, Yano M., Gao J.P., Liang Z.W., Su W.A., Hu X.H., Ren Z.H.,
Chao D.Y. (2004), “QTLs for Na+and K+ uptake of the shoots and roots controlling
rice salt tolerance” Theor Appl Genet 108:253- 260.
53. Lu H, Redusm MA, Coburn JR, Rutger JN, McCouch SR, Tai TH (2005),
“Population structure and breeding patterns of 145 U.S. rice cultivars based on SSR
marker analysis”, Crop Science (45), pp. 66-76.
54. M. Shahid Masood M. Shahid Masooda,1, Tomotaro Nishikawaa, Shu-ichi
Fukuokaa, Peter K. Njengaa, Takahiko Tsudzukib, Koh-ichi Kadowakia (2004), “The
complete nucleotide sequence of wild rice (Oryza nivara) chloroplast genome: first
genome wide comparative sequence analysis of wild and cultivated rice”, Gene 340,
pp. 133–139.
55. Maguire, T.L. (2001), “Producing and exploiting enriched microsatellite libraries”
in Henry, R.J., Plant Genotyping: the DNA fingerprinting of plant, CAB International.
56. Mahmoud M. Saker, Sawsan S. Youssef, Naglaa A. Abdallah, Hany S. Ashandy
and AhmedM. El Sharkawy (2005), "Genetic analysis of some Egyptian rice genotypes
using RAPD, SSR and AFLP", African Journal of Biotechnology Vol. 4 (9), pp. 882-
890.
57. Mishra B., Akbar M., Seshu D.V. (1990), Genetic studies on sanility tolerance in
rice towards better productivity in salt affected soils, IRRI, Philippine, pp. 1-25.

58. Mohammadi – Nejad G., Arzani A, Rezai AM, Singth RK, Gregorio BG (2008),
Assessment of rice genetypes for salt tolerance using microsatellite marker associated
with the salt QTL, Afr J Biotechnol 7 : 730-736.

25
59. Mohammadi, S.A., Prasanna, B.M. (2003), “Analysis of genetic diversity in crop
plant- Salient statistical tool and considerations”, Crop Sci, 43, 1235- 1248.
60. Muhammad SR, Rezwan MM, Samsul AM and Lutfur Radman (2009), “DNA
fingerprinting of rice (Oryza sativa L.) cultivars using microsatellite markers”, AJCS 3

(3), pp. 122-128.
61. Narayanan K.K., Krishnaraj S., Sree Rangaswamy S.R. (1990), Genetic analysis
for salt tolerance in rice, Paper presented during the Second International Rice Genetic
Symposium. May 14-18, 1990. IRRI, Manila, Philippine.
62. Navraj KS, Yogesh Vikal, Kuldeep Singh, Monika AJ and Sharma RC (2009),
“SSR marker-based DNA fingerprinting and cultivar identification of rice (Oryza
sativa L.) in Punjab state of India”, Plant Genet Res CJO 17 Jul 2009, pp. 1-3.
63. Nguyen Thi Lang, S. Yanagihara, Bui chi Buu (2001), QTL analysis for salt
tolerance in rice (Oryza sativa L.), SABRAO 33(1): 11-20
64. Nguyen Van Tao, NT Lang, JL Pham, BC Bui (1999), "Isozyme analysis on some
traditional varieties from South Vietnam", OMONRICE (7), pp. 142-151.
65. Niones, J.M. (2004), Fine mapping of the salinity tolerance gene on chromosome 1
of rice(Oryza sativa L.) using near isogenic lines, MS. dissertation. College, Laguna,
Philippines: University of the Philippines Los Baños, Laguna.
66. Oka H. I. (1958), Intervarietal variation and classification of cultivated rice, Ind. J.
Genet. Plant breed, (17), pp. 79-89, 1958a.
67. Olufowote, J.O., Xu Y., Chen X., Park W.D., Beachell H. M., Dilday R.H., Goto
M., and McCouch S.R. (1997), “Comparative evaluation of within-cultivar variation of
rice (Oryza sativa L.) using microsatellite and RFLP markers”, Genome (38), pp. 1170-
1176.
68. Paterson A.H.S.D. Tanksley and M. E. Sorrels (1991), DNA markers in plant
improvement, Adv. Agro., 46, pp. 39-89.
69. Pavy, N., Pelgas, B. (2008), “Enhancing genetic mapping of complex genomes
through the design of higly-multiplex SNP arrays: application to the large and
unsequenced genomes of white spurce and black spruce”, BMC Genomics, 9.