Tài liệu Hướng dẫn sử dụng HyperChem 7.04 doc

Hướng dẫn sử dụng HyperChem
7.04
Hớng dẫn sử dụng HyperChem 7.04


1
Bi 1 Bắt đầu sử dụng phần mềm

Nhấp chuột vo biểu tợng HyperChem, mn hình lm việc hiện lên nh sau:



Thanh tiêu đề (title bar)

Biểu diễn tên file đang biểu diễn trên cửa sổ. Nếu cha lu file thì tên sẽ l
untitled

Thanh công cụ lựa chọn (menu bar)

Chứa các công cụ tính toán khác: File, Edit (hiệu chỉnh), Build (xây dựng),
Databases (dữ liệu), Setup (đặt phơng pháp tính), Compute (tính toán),
Annotations (ghi chú, diễn giải), cancel (thoát), Script, v Help (trợ giúp).

Thanh biểu tợng công cụ (tool bar)

Chứa các công cụ cho phép ta vẽ, chọn, biểu diễn, v di chuyển các nguyên

tử, phân tử. Phần bên phải thanh công cụ có chứa các công cụ giúp ta ghi chú
thêm, lu nhanh, cắt, dán, in, trợ giúp.

Mn lm việc (workspace)

L nơi biểu diễn hệ phân tử hiện tại.
Hớng dẫn sử dụng HyperChem 7.04


2

Dòng hiện trạng tính toán (status line)

Cho ta biết thông tin nh l số nguyên tử trong một phân tử, hiện trạng tính
toán, giá trị tính toán

Trợ giúp (help)

Chứa các hớng dẫn thêm cho ngời sử dụng.

Cách sử dụng chuột:

Muốn thao tác trên công cụ no ta chỉ việc nhấp trái chuột (L-Click) vo biểu
tợng công cụ đó.
Ví dụ muốn sử dụng công cụ vẽ, ta di chuyển biểu tợng chuột đến biểu
tợng đó v nhấp chuột:

Sử dụng bn phím

Thay vì phải dùng chuột ta có thể dùng bn phím để di chuyển đến những lựa

chọn cần thiết. Ví dụ để mở select menu ta nhấn đồng thời hai phím [Alt] +
[S] ([Alt] v [S]). Để chọn các lựa chọn khác trong hộp thoại ta nhấp tiếp vo
ký tự tắt đợc gạch dới trong mỗi lựa chọn. Ví dụ để chọn tiếp se
lect all ta
nhấp chữ e trên bn phím.



Hớng dẫn sử dụng HyperChem 7.04


3
Các phím tắt khác:
Ctrl + N Tạo trang lm việc mới
Ctrl + O Mở file
Ctrl + S Lu file (save) trong File menu
Ctrl + X Cắt (cut) trong File menu
Ctrl + C Copy (copy) trong Edit menu
Ctrl + V Dán (paste) trong Edit menu
Alt + F4 Thoát khỏi HyperChem
Ctrl + D Xoá (delete) trong Annotations menu
Ctrl + K Lựa chọn tiếp (select next) trong Annotations menu
Ctrl + L Lựa chọn phần trớc (select previous) trong Annotations
menu
Ctrl + F Di chuyển tiếp (move forward) trong Annotations menu
Ctrl + B Di chuyển trở lại (move backward) trong Annotations
menu
Spacebar Di chuyển hệ phân tử vo trung tâm v biểu diễn theo tỷ
lệ mn lm việc.
F2 Trả lại kiểu biểu diễn lúc trớc (last rendering) trong

Display menu
F9 Copy hình ảnh (copy image) trong Edit menu
Esc Nh mục thoát (cancel) trên thanh công cụ

Các công cụ quan trọng trên thanh cộng cụ




H−íng dÉn sö dông HyperChem 7.04


4
C¸c thao t¸c trªn HyperChem

Më mét file vÝ dô: VÝ dô më file cã ®u«i HIN.
1. Di chuyÓn con trá chuét ®Õn File trªn thanh c«ng cô.
2. NhÊp tr¸i chuét (L-click) vμo File mμn h×nh sÏ hiÖn ra nh− sau:







3. NhÊp tr¸i chuét vμo Open. Mμn h×nh sÏ hiÖn ra nh− sau:



Hớng dẫn sử dụng HyperChem 7.04

5

4. Nếu mn hình list vẫn còn các chất khác, có thể kéo thanh trợt để tìm
kiếm.



Để kéo thanh trợt ta nhấp trái biểu tợng chuột vo thanh trợt, giữ nguyên
nh thế v rê chuột theo chiều muốn kéo.
5. Muốn mở file no ta chỉ cần nhấp trái (L-click) chuột vo file đó rồi nhấn
tiếp vo nút Open trên list


Trên mn hình sẽ hiện ra phân tử chứa trong file

Hớng dẫn sử dụng HyperChem 7.04


6



Cách sử dụng Display Settings

Display settings chứa các lựa chọn để biểu diễn hệ phân tử trên trang lm
việc

Để mở Display menu ta thực hiện nh sau

1. Nhấp trái chuột vo biểu tợng Display trên thanh công cụ. Mn hình khi
đó hiện ra nh sau:


Sử dụng nhãn (Labels)

Hớng dẫn sử dụng HyperChem 7.04


7
Nhấp trái chuột vo Labels trong Display. Hộp thoại Labels hiện ra với các
lựa chọn khác nhau, ta có thể lựa chọn hình thức nhãn biểu hiện của các
nguyên tử trong hệ.


Atoms

None
Bỏ tất cả các nhãn.
Symbol
Biểu tợng nguyên tử, ví dụ C, O, N
Name
Tên của nguyên tử theo ngân hng dữ liệu, ví dụ
CA, CB đối với cacbon alpha v beta.
Number
Số thứ tự tạo nguyên tử.
Type
Kiểu nguyên tử, theo tác động của trờng lực, ví
dụ CT đối với cacbon tứ diện trong trờng lực
AMBER.

Charge
Điện tích thực của nguyên tử.
Spin
Poputation
Tổng spin thực (alpha-beta) của một nguyên tử
Mass
Khối lợng nguyên tử
Basis set
Tập hợp hm cơ bản áp dụng cho nguyên tử
Chirality
R hoặc S
RMS Gradient
Gía trị vô hớng của vectơ biến thiên mô tả trờng
lực trên một nguyên tử.
Custom
Đặt tuỳ chọn.
Residues

None
Bỏ tất cả các nhãn.
Name
Tên hợp phần, ví dụ: TRP, ILE.
Sequence
Thứ tự hợp phần từ hợp phần đuôi N (N-
teminus).1,2,3
Name+Seq
Cả tên lẫn thứ tự.
Bonds

Hớng dẫn sử dụng HyperChem 7.04

8
None
Bỏ tất cả các nhãn
Bond Length
Độ di liên kết giữa các nguyên tử
Bond Order
Thứ tự liên kết tính toán theo cơ học lợng tử.


Hình thức biểu diễn phân tử:

Ta hon ton có thể biểu diễn các phân tử khác nhau trong hệ.

Thay đổi hình thức biểu diễn:
1. Nhấp trái chuột vo Rendering trong Display menu
Hộp thoại lựa chọn hiện ra nh sau:



Nhấp trái chuột vo một trong những hình thức biểu diễn, ví dụ chọn Balls
and Cylinders (kiểu hình cầu v hình trụ) thì trên m hình các nguyên tử của
hệ đợc biểu diễn dới dạng hình cầu, liên kết dạng hình trụ nh sau:




Hớng dẫn sử dụng HyperChem 7.04

9




Chú ý: HyperChem còn có các kiểu biểu diễn khác:
- Sticks: Kiểu que.
- Balls : Kiểu hình cầu.
- Overlapping Spheres: Kiểu hình cầu chồng lên nhau.
- Dots: Kiểu chấm.
- Sticks & Dots: Kiểu chấm - gạch.

Đặt mầu nền trang lm việc

Để đặt mu nền trang lm việc ta lm nh sau:
1. Nhấp trái chuột tích chọn Preferences trong File menu.
2. Tích chọn mục Window Color trong hộp thoại Preferences. Mu ngầm
định cho trang lm việc của HyperChem l mu đen:



H−íng dÉn sö dông HyperChem 7.04


10
3. TÝch chän White råi nhÊp OK ®Ó xem biÓu diÔn mμu nÒn cña mμn lμm
viÖc. Mμu nÒn lóc nμy lμ mμu tr¾ng:

Chó ý: NÕu ta ®Æt mμu kh¸c th× nÒn sÏ cã mμu kh¸c:
- Black: Mμu ®en.
- Blue: Mμu xanh n−íc biÓn.
- Green: Mμu xanh da trêi.
- Cyan: Mμu lôc lam.
- Red: Mμu ®á.
- Violet: Mμu tÝa.
- Yellow: Mμu vμng.
- White: Mμu tr¾ng.



§Æt mμu s¾c liªn kÕt trong ph©n tö

1. TÝch chän Preferences trong File menu.

Hớng dẫn sử dụng HyperChem 7.04


11



2. Chọn mục Bond Color trong hộp thoại Preferences. Tích chọn mu m ta
muốn đặt cho liên kết. Ví dụ ta chọn mu đen (Black). Hình ảnh biểu diễn
trên mn lm việc sẽ nh sau:

Chú ý: Tuỳ theo ta chọn mu no, liên kết sẽ đợc biểu diễn theo
mu ấy. HyperChem ngầm định mu cho liên kết theo các nguyên tố,
nhờ đó ta có thể quan sát dễ dng các liên kết khác nhau, tuy nhiên
điều đó không có lợi trong khi ta phải in đen trắng.

Mu sắc của nguyên tố

HyperChem ngầm định mu sắc của các nguyên tố đặc trng nh sau:


Nguyên tố Mu ngầm định
Hớng dẫn sử dụng HyperChem 7.04


12
Cacbon Lục lam
Nitơ Xanh
Oxy Đỏ
Flo Vng
Lu huỳnh Vng
Natri Tía
Kali Týa
Sắt Đỏ
Coban Xanh
Đồng Xanh lá cây
Brom Vng
Iot Đỏ
Vng Vng

Tất cả các nguyên
tố còn lại
Mu trắng

Ta có thể đặt lại mu sắc biểu diễn các nguyên tố theo sáu mu chuẩn, cộng
với mu trắng v mu đen. HyperChem sử dụng một tập hợp mu ngầm định.
Nếu ta thay đổi mu sắc của một nguyên tố, ta vẫn có thể trở lại với mu
ngầm định bằng cách nhấp vo Revert trong hộp thoại sau:


Để đặt mu mới cho nguyên tố ta lm nh sau:
1. Nhấp trái chuột chọn Element color trong Display menu.
2. Nhấp trái chuột vo tên nguyên tố muốn đổi mu.
3. Nhấp trái chuột vo mu muốn đổi.
4. Nhấp OK để chọn.
5. Để trở lại mu ngầm định nhấp Revert.

Đặt chế độ Copy hình ảnh

Hớng dẫn sử dụng HyperChem 7.04


13
Đây l phần khá thú vị nếu ta muốn lấy hình ảnh của HyperChem chuyển
qua trình ứng dụng khác, ví dụ nh trình Word của Microsoft.

1. Nhấp trái chuột chọn Preferences trong File menu. Chọn mục Setup
Image. Hình ảnh hộp thoại lúc ny nh sau:

2. Đặt các lựa chọn nh trên hình vẽ. Nhấp OK để chọn.
3. Nhấp F9 hoặc nhấp trái chuột chọn Copy Image trong Edit menu.
4. Nhấp OK nếu HyperChem đặt ra câu cảnh báo no.
Cả của sổ mn lm việc của HyperChem sẽ đợc Copy. Nếu ta dán qua
Word thì sẽ thấy nh sau:










Hớng dẫn sử dụng HyperChem 7.04


14



Chú ý: HyperChem cho ta nhiều lựa chọn để copy hình ảnh.
Top leve Copy cả các hộp thoại v menu kéo
xuống nếu ta nhấp vo Copy image
thay vì nhấp F9.
Workspace Chỉ Copy phần mn lm việc.
HyperChem Copy cả cửa sổ lm việc HyperChem
Window

(Cửa sổ)

Full screen Copy cả mn hình, kể cả các cửa sổ
khác.
Bitmap
Lu kiểu file có đuôi .bmp. Dùng
mu chuẩn. Thích hợp lu cho biểu
diễn phân tử kiểu hình cầu, các biểu
đồ của tính toán điểm đơn, tính toán
bán kinh nghiệm.
RGB Bitmap
Giống nh .bmp, dùng đủ 24 mu.
Khá hạn chế trong các ứng dụng
khác không có chế độ 24 mu.
File format
(Kiểu file)
Metafile
File đuôi mở rộng l .wmf. Thích
hợp để lu với các kiểu biểu diễn
phân tử nh Sticks, Ball and
Cylinder, Dots v Stick & Dots.
File HyperChem lu ảnh có phần đuôi l
.bmp hay .wmf vo trong file.
Detination(Nơi
đặt file)
Clipboard Lu ảnh vo bộ nhớ tạm thời, mỗi
lần đợc một ảnh.
Color Tích chọn để lu hình ảnh với mu
sắc đầy đủ, nếu không nó chỉ có
Hớng dẫn sử dụng HyperChem 7.04

15
dạng đen trắng.
Cursor Tích chọn để điểm trỏ chuột có
trong ảnh.
Filename Dùng để đặt tên v vị trí file đặt ảnh.

Thoát khỏi HyperChem
Có nhiều cách để thoát khỏi chơng trình lm việc
1. Nhấp trái chuột vo Exit trong Menu file
2. Nhấp Alt + F4

Đọc thêm: Chơng 1 trong HyperChem for Windows Reference Manual.

Hớng dẫn sử dụng HyperChem 7.04


16
Bi 2. Vẽ v hiệu chỉnh

Vẽ nguyên tử v liên kết
Để vẽ nguyên tử ta cần có bảng lựa chọn các nguyên tố.

Có hai cách để thực hiện điều ny

1. Nhấp trái chuột vo Default Element trong Menu Build.
1. Nhấp liên tục hai lần chuột trái (Double-click) vo công cụ Vù



Bảng lựa chọn các nguyên tố hiện ra nh sau:

Để lựa chọn nguyên tố no ta chỉ việc nhấp trái chuột vo nguyên tố đó.
2. Muốn biết thuộc tính của từng nguyên tố ta chỉ việc nhấp vo biểu tợng
thuộc tính (Properties) trong thoại, bảng các thuộc tính của nguyên tố sẽ
xuất hiện.



Sau khi đã lựa chọn nguyên tố muốn vẽ, nhấp trái chuột lên mn lm việc ta
sẽ đợc nguyên tố muốn vẽ.
Mn hình hiện ra có dạng nh sau:

Hớng dẫn sử dụng HyperChem 7.04


17



3. Muốn vẽ liên kết ta chỉ việc nhấn nút trái chuột v rê từ vị trí ny đến vị
trí khác muốn vẽ. Nếu đầu kia l một nguyên tố khác thì ta phải lựa chọn
nguyên tố lại sau đó cũng nhấn nút trái chuột v rê từ vị trí nguyên tố ban
đầu đến vị trí m nguyên tố thứ hai muốn biểu diễn.




4. Để vẽ phân tử dạng vòng ta nhấn v rê chuột nối các nguyên tố với nhau.

Hớng dẫn sử dụng HyperChem 7.04

18



5. Tạo liên kết đôi, ba bằng cách nhấp trái chuột vo chính liên kết đó.
6. Tạo vòng liên hợp bằng cách nhấp liên tiếp hai lần chuột trái vo liên kết
vòng đã đợc vẽ.
7. Thêm nhanh những nguyên tử Hydro còn thiếu trong phân tử, nếu có
bằng cách nhấp liên tiếp hai lần chuột trái vo biểu tợng công cụ lựa
chọn trên thanh công cụ.

Chọn nguyên tử (Selecting Atoms)

Trong phần ny ta học những kỹ thuật cơ bản để lựa chọn một nguyên tử,
nhóm nguyên tử hay một tập hợp no đó đang biểu diễn trên trang lm việc.


Để đặt các hình thức chọn có một số bớc sau:
1. Nhấp trái chuột vo Select menu. Trên mn hình hiện ra nh sau:


Hớng dẫn sử dụng HyperChem 7.04


19



2. Nếu các nguyên tử cha đợc chọn thì hãy nhấp chuột trái vo Atoms để

chọn.
Tiếp theo tắt chọn nhiều (Multiple Selections) bằng cách nhấp chuột trái bỏ
dấu tích ().

Khi ta tích chọn Atoms, đơn vị lựa chọn nhỏ nhất để chọn nguyên tử, với
công cụ lựa chọn, khi đó ta có thể lựa chọn các nguyên tử, liên kết v góc
riêng. Giới hạn ny vẫn hoạt động cho đến khi ta chọn Residures hoặc
Molecules.

Chú ý: Sử dụng lựa chọn Atoms nếu ta không muốn chọn các hợp phần
hay các phân tử.



Hớng dẫn sử dụng HyperChem 7.04


20

Chọn nguyên tử
1. Nhấp trái chuột vo công cụ lựa chọn (select) trên thanh công cụ, sau đó
di chuyển con trỏ xuống mn lm việc.
2. Đặt con trỏ chuột vo nguyên tử muốn chọn v nhấp trái chuột.
Nguyên tử đợc chọn sẽ đợc khoanh vùng sáng hơn các nguyên tử khác.
3. Muốn chọn liên kết no ta nhấp trái chuột vo liên kết đó.
4. Muốn chọn tất cả các nguyên tử trong mn lm việc, ta thực hiện bằng
cách di chuyển chuột đến khoảng trống của trang lm việc v nhấp phải
chuột (R-click)

Chú ý: nguyên tử đợc lựa chọn đợc mô tả trên dòng hiện trạng:
Atom
number
Số chỉ thứ tự tạo ra nguyên tử trong phân tử
Element
name
Tên nguyên tố.
Atom name
Tên nguyên tử, xuất hiện khi chọn nguyên tử trong
protein hoặc amino axit.
Force Field
Trờng lực áp dụng cho kiểu nguyên tử (amber,
mm+, bio+ hoặc opls).
Atom type
Kiểu nguyên tử
Charge
Điện tích nguyên tử
Atomic
coordinates
Toạ độ của nguyên tử theo hệ toạ độ của phân tử.

Hớng dẫn sử dụng HyperChem 7.04


21

Chọn nhóm nguyên tử

Để chọn một nhóm nguyên tử ta dùng kiểu chọn hình chữ nhật

1. Nhấp trái chuột vo công cụ lựa chọn trên thanh công cụ.
2. Nhấp đồng thời trái v phải chuột, giữa nh vậy v rê tạo hình chữ nhật
chứa các nguyên tử muốn chọn.
3. Nhả chuột thì tất cả các nguyên tử trong hình chữ nhật đợc chọn







Chọn thêm một nhóm nguyên tử
1. Nhấp trái chuột tích chọn Multiple select trong Select menu
2. Rê chuột chọn nhóm nguyên tử mới theo hình chữ nhật nh trên.

Chọn các hợp phần (Residures)

Khi ta tích chọn Residures, đơn vị lựa chọn nhỏ nhất để chọn các hợp phần.
Hợp phần phải có nguồn gốc từ Databases menu hoặc từ ngân hng dữ liệu
Protein. HyperChem không nhận ra những hợp phần do ta vẽ từ các nguyên
tử.

Chú ý: Nếu không có hợp phần no trong phân tử thì Residures hoạt
động nh Atoms.
Hớng dẫn sử dụng HyperChem 7.04


22

Để chọn hợp phần ta có các cách sau:

1. Nhấp trái chuột vo hợp phần ta muốn chọn. Nếu công cụ lựa chọn chọn
lên một phân tử, nó sẽ chọn hợp phần gần nhất với nó.
2. Nhấp phải chuột vo hợp phần để bỏ lựa chọn nó.
3. Chọn Muiltiple trong Select menu để chọn nhiều m không phải loại bỏ
bất kỳ lựa chọn no trớc đó.
4. Nhấp trái chuột vo vùng trống trên mn lm việc để chọn tất cả các
nguyên tử trong hệ phân tử. Nhấp phải chuột vo vùng trống mn lm
việc để loại bỏ tất cả các lựa chọn.

Hợp phần lựa chọn đợc mô tả trên dòng hiện trạng:


Number of
residures
selected
Số thứ tự tạo hợp phần có thể sẽ l 0 cho tất cả các
hợp phần.
Residure
name and
number
Đây l tên v thứ tự nối tiếp của hợp phần ta chọn.

Chọn cả phân tử (Molecules)

Khi ta tích chọn Molecules, đơn vị lựa chọn nhỏ nhất để chọn phân tử riêng.
Hình thức lựa chọn ny hoạt động cho đến khi ta tích chọn kiểu chọn khác.

Các kiểu lựa chọn phân tử giống nh đối với lựa chọn hợp phần v lựa chọn
nguyên tử:
1. Nhấp trái chuột lên một phân tử để chọn nó. Nếu công cụ lựa chọn ở gần

hai phân tử thì nó sẽ chọn phân tử gần nhất.
Hớng dẫn sử dụng HyperChem 7.04


23

Loại bỏ lựa chọn
1. Nhấp phải chuột vo nguyên tử đã chọn, nếu không muốn chọn nguyên tử
đó nữa.
2. Nhấp phải chuột vo giữa liên kết nếu muốn không chọn liên kết đó.
3. Nhấp phải chuột vo khoảng trống trong trang lm việc để loại bỏ tất cả
các nguyên tử đã chọn.
Mu sắc biểu diễn khi lựa chọn





Tích chọn mục Select Color trong hộp thoại Preferences. Tích chọn Thick
line (Đờng đậm) thì khi lựa chọn các đờng biểu diễn sự lựa chọn sẽ đậm
hơn:





Chú ý: Khi ta chọn các mu khác thì khi lựa chọn phần lựa chọn sẽ có
Hớng dẫn sử dụng HyperChem 7.04

24
kiểu mu tơng ứng.

Chọn phần bù (Complement Selection)

Ta thực hiện chọn phần bù để chọn tất cả những phần cha đợc chọn v bỏ
lựa chọn đối với phần đã chọn. Cách thực hiện l nhấp vo Complement
Selection trong Select menu.



Hộp thoại lựa chọn (Select Dialog Box)

Ta thờng quan tâm đến hộp thoại lựa chọn khi có sự lựa chọn đặc biêt, ví dụ
nh chỉ chọn nguyên tử no đó hoặc chỉ chọn một hợp phần no đó.


By string
Chọn nguyên tử với giá trị xác định theo một
chuỗi giá trị khác nhau. Nhấp trái chuột vo một
nút để xem chuỗi giá trị thích hợp trong ô bên
phải. Chuỗi giá trị khác nhau mô tả tập hợp các
nguyên tử có thể chọn đợc nh sau:
Atom Symbol
Biểu tợng nguyên tố quy ớc cho mỗi nguyên tử,