Nghiên cứu đặc điểm đa hình nucleotide đơn (SNPs) của một số vùng DNA ty thể và nhiễm sắc thể y ở người mường và người katu

Nghiên cứu đặc điểm đa hình nucleotide đơn
(SNPs) của một số vùng DNA ty thể và nhiễm
sắc thể Y ở người Mường và người Katu

Đỗ Mạnh Hưng

Trường Đại học Khoa học Tự nhiên
Luận văn Thạc sĩ ngành: Sinh học thực nghiệm; Mã số: 60 42 30
Người hướng dẫn: PGS.TS. Nông Văn Hải
Năm bảo vệ: 2012

Abstract: Tách chiết DNA tổng số từ mẫu máu của 108 cá thể người Việt thuộc hai
dân tộc Mường và Katu. Nhân vùng điều khiển D-loop của DNA ty thể và một số chỉ
thị trên nhiễm sắc thể Y. Xác định trình tự nucleotide của các trình tự được nhân từ
các mẫu nghiên cứu. Phân tích đa hình nucleotide đơn (SNP) trình tự các mẫu nghiên
cứu thuộc hai dân tộc Mường và Katu.

Keywords: Sinh học thực nghiệm; Di truyền; Nhiễm sắc thể

Content
MỞ ĐẦU
Sự kiện toàn bộ hệ gen của con người được giải trình tự và công bố trên 2 tạp chí khoa
học danh tiếng nhất là Nature, Anh và Science, Mỹ vào tháng 2 năm 2001 đã tạo ra một cột
mốc vô cùng quan trọng trong sinh học. Trình tự hệ gen sau đó đã được công khai để các nhà
khoa học trên khắp thế giới có thể tiếp cận và cùng sử dụng tạo ra một điều kiện mới, thuận
lợi hơn rất nhiều cho các nghiên cứu sinh học, đặc biệt là sinh học phân tử. Trình tự đầu tiên
này được xem là “trình tự chuẩn” hay “trình tự tham chiếu” giúp chúng ta tiếp tục đến với
những nghiên cứu sâu hơn.
Kết quả quan trọng nhất sau khi có bản đồ gen người cho chúng ta thấy rằng, các
chủng tộc, các cá thể người giống nhau đến 99,9% và chỉ khác nhau một tỷ lệ rất nhỏ (0,1%)
về cấu trúc hệ gen. Tuy nhiên, phần khác biệt rất nhỏ này lại có có ý nghĩa quyết định đối với

đặc điểm nhân chủng học của một dân tộc, là yếu tố di truyền liên quan đến sức khỏe của cả
dân tộc và mỗi cá thể. Trong 0.1% khác biệt giữa hai người thì có đến hơn 80% là các đa hình
nucleotide đơn (SNP). Do đó, việc nghiên cứu các SNP là vô cùng quan trọng, cụ thể đã có
nhiều SNP đang được sử dụng làm công cụ hữu ích trong những lĩnh vực như y dược học,
hình sự, và nghiên cứu di truyền tiến hóa…
Kể từ những năm 80 của thế kỷ trước, các SNP của DNA ty thể và nhiễm sắc thể Y đã
được sử dụng trong nhiều lĩnh vực khác nhau của sinh học và y học. Chúng ta có thể dễ dàng
nhận thấy, với các đặc tính như di truyền đơn dòng, rất ít trao đổi chéo, đồng thời lại lưu giữ

2
nhiều chỉ thị quạn trọng, những SNP này đặc biệt hữu ích đối với việc nghiên cứu quá trình
tiến hóa của con người. Trong một số công bố gần đây, các nghiên cứu liên quan đến DNA ty
thể và nhiễm sắc thể Y đã cung cấp những kiến thức hữu ích về các vấn đề chủ chốt trong quá
trình tiến hóa và làm sáng tỏ lịch sử di truyền của các quần thể người ở các vùng địa lý trong
các bối cảnh và khoảng thời gian khác nhau.
Việc nghiên cứu di truyền tiến hóa đối với các dân tộc Việt Nam là hết sức thiết thực,
tuy nhiên việc tiến hành các nghiên cứu này vẫn còn là một vấn đề mới ở nước ta và chưa có
nhiều công trình được công bố. Nhận thức rõ được tầm quan trọng của việc nghiên cứu nguồn
gốc tiến hóa và tìm hiểu dữ liệu di truyền của các dân tộc Việt Nam, chúng tôi định hướng
nghiên cứu đặc điểm đa hình nucleotide đơn ở cả DNA ty thể và nhiễm sắc thể Y. Theo
hướng nghiên cứu này, đề tài luận văn thạc sĩ: “Nghiên cứu đặc điểm đa hình nucleotide đơn
(SNPs) của một số vùng DNA ty thể và nhiễm sắc thể Y ở người Mường và người Katu” đã
được thực hiện. Các nội dung chính của đề tài luận văn gồm:
- Tách chiết DNA tổng số từ mẫu máu của 108 cá thể người Việt thuộc hai dân tộc
Mường và Katu. Nhân vùng điều khiển D-loop của DNA ty thể và một số chỉ thị
trên nhiễm sắc thể Y.
- Xác định trình tự nucleotide của các trình tự được nhân từ các mẫu nghiên cứu.
- Phân tích đa hình nucleotide đơn (SNP) trình tự các mẫu nghiên cứu thuộc hai dân
tộc Mường và Katu.

Chƣơng 1. TỔNG QUAN
1.1. Nghiên cứu đa hinh nucleotide đơn (SNP)
1.1.1. Các dạng SNP
1.1.2. Ứng dụng và tầm quan trọng
1.2. Đặc điểm đa hình của DNA ty thể
1.2.1. Cấu trúc của DNA ty thể
1.2.2. Đặc điểm di truyền của DNA ty thể và ứng dụng trong nghiên cứu di truyền tiến hóa
1.2.3. Vùng điều khiển (D-loop) ở DNA ty thể
1.3. Đặc điểm đa hình của nhiễm sắc thể Y
1.3.1. Cấu trúc nhiễm sắc thể Y
1.3.2. Các loại chỉ thị trên nhiễm sắc thể Y
1.3.3. Đa hình nhiễm sắc thể Y và ứng dụng trong nghiên cứu lịch sử di truyền tiến hóa loài
người
1.4. Một số đặc điểm dân tộc học của người Mường và người Katu
1.4.1. Dân tộc Mường
1.4.2. Dân tộc Katu
1.5. Tình hình nghiên cứu quan hệ di truyền tiến hóa ở người Việt Nam trên DNA ty thể và
nhiễm sắc thể Y
1.5.1. DNA ty thể
1.5.2. Nhiễm sắc thể Y

3
Chƣơng 2. ĐỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
2.1. Đối tƣợng nghiên cứu
Đối tượng nghiên cứu là các mẫu máu ngoại vi của các cá thể người bình thường, khỏe
mạnh, thuộc hai dân tộc Mường và Katu. Giới tính của các đối tượng được xác định trên cơ sở
tự khai và đặc điểm nhận dạng hình thái. Trong tổng số 108 mẫu cá thể nghiên cứu thì có 47
mẫu cá thể thuộc dân tộc Mường đều là nam giới được thu thập tại huyện Như Xuân, tỉnh
Thanh Hóa và 61 mẫu cá thể thuộc dân tộc Katu (20 nam và 41 nữ) được thu thập tại các xã
Thượng Long, Hương Sơn, Hương Hữu, huyện Nam Đông, tỉnh Thừa Thiên Huế. Nguồn gốc

dân tộc dựa trên cơ sở người tình nguyện cho máu tự khai báo 3 đời. Các đối tượng trong
nghiên cứu này đều tình nguyện cung cấp máu phục vụ mục đích nghiên cứu khoa học và có
độ tuổi từ 18 đến 50. Tên, kí hiệu và số lượng các mẫu cá thể nghiên cứu được trình bày ở
bảng.
Các mẫu máu sau khi lấy vô trùng được bảo quản ở 80
o
C cho đến khi sử dụng.
2.2. Hóa chất, thiết bị
Các hóa chất sử dụng trong thí nghiệm được mua từ các hãng hóa chất như Sigma,
Merck, Invitrogen, Promega, Fermentas. Các thiết bị máy móc sử dụng hiện đại, được sản
xuất tại Đức, Mỹ, Nhật Bản, Thụy Sĩ.
2.3. Phƣơng pháp nghiên cứu
2.3.1. Tách chiết DNA tổng số từ máu
DNA tổng số được tách chiết theo phương pháp của Sambrook và Russell với một số
cải tiến.
2.3.2. Nhân các đoạn DNA quan tâm bằng kỹ thuật PCR
Các đoạn trình tự được nhân gồm :
- Đoạn trình tự D-loop của DNA ty thể
- Các đoạn chỉ thị trên nhiễm sắc thể Y : P186, M175, M216, P191:
2.3.3. Phƣơng pháp xác định trình tự DNA
Trình tự của các đoạn DNA được xác định trên máy tự động ABI PRISM

3100
Genetic Analyzer, sử dụng BigDye

Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit.
Số liệu từ máy giải trình tự được xử lý và phân tích bằng các phần mềm chuyên dụng
như Sequencing Analysis, SeqScape v2.6, BioEdit và MEGA5.1.
Chƣơng 3. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
3.1. Tách chiết và tinh sạch DNA tổng số từ các mẫu máu

Kết quả điện di sản phẩm tách chiết của một số mẫu như trong hình 3.1.
Hình 3.1. Ảnh điện di DNA tổng số trên gel agarose 0,8%
Giếng 1 → 12: DNA tổng số của các mẫu tương ứng là: NSTY1, NSTY2, NSTY3, NSTY4,
NSTY5, NSTY6, NSTY7, NSTY8, NSTY9, NSTY10, NSTY12, NSTY13

4
Kết quả tách DNA như ở hình 3.1 cho thấy: ở tất cả các đường chạy đều xuất hiện một
băng DNA. Các băng này sáng rõ nét, không có vệt sáng kéo dài ở phía dưới chứng tỏ DNA ít
bị đứt gãy.
3.2. Nhân vùng D-loop và các chỉ thị trên nhiễm sắc thể Y
Sau khi thu được DNA tổng số, chúng tôi tiến hành nhân vùng D-loop và các đoạn chỉ
thị trên nhiễm sắc thể Y bằng kỹ thuật PCR sử dụng các cặp mồi đặc hiệu. Kết quả PCR được
điện di trên gel agarose để kiểm tra.
3.2.1. Nhân vùng D-loop
Vùng D-loop trên DNA ty thể được nhân lên bằng phản ứng PCR với cặp mồi D-
loopF và D-loopR với kích thước đoạn DNA được nhân lên khoảng 1,4 kb. Sản phẩm được
kiểm tra bằng kỹ thuật điện di trên gel agarose 0,8%. Kết quả thu được trong hình 3.2.
Hình 3.2. Ảnh điện di sản phẩm PCR vùng D-loop của một số mẫu nghiên cứu sử dụng
cặp mồi D-loop F và D-loop R trên gel agarose 0,8%
Giếng 1: thang DNA chuẩn (marker 1 kb)
Giếng 2 → 10: sản phẩm PCR của các mẫu NSTY1, NSTY2, NSTY3, NSTY4, NSTY5,
NSTY6, NSTY7, NSTY8, NSTY9, NSTY10
Giếng 11: Đối chứng âm (-)
Dựa trên hình ảnh điện di sản phẩm cho thấy: khi sử dụng cặp mồi D-loop F và D-
loop R thu được sản phẩm PCR đặc hiệu, rõ nét ở tất cả các mẫu nghiên cứu. Kích thước của
các sản phẩm PCR này đều tương ứng phù hợp với kích thước lý thuyết là khoảng 1,4 kb.
3.2.2. Nhân các chỉ thị M175, P186, P191 và M216 trên nhiễm sắc thể Y
Đoạn chỉ thị M175 (178 bp), P186 (168 bp), P191 (177 bp) và M216 được nhân lên
với các cặp mồi tương ứng là: M175F + M175R, P186F + P186R, P191F + P191R, M216F +
M216R). Do có kích thước nhỏ( dưới 200 bp) nên sản phẩm PCR được điện di trên gel

agarose 2% để kiểm tra kết quả khuếch đại. Kết quả điện di sản phẩm PCR thu được trong
hình 3.3.

5
Hình 3.3. Ảnh điện di sản phẩm PCR hai đoạn chỉ thị M175, M216, P191 và P186 một số
mẫu nghiên cứu trên gel agarose 2%
Giếng 1 hình A, B, C, D: thang DNA chuẩn (marker 100 bp)
Giếng 2 → 6 hình A, B, C, D: sản phẩm PCR của các mẫu NSTY1, NSTY5, NSTY8,
NSTY9, NSTY15, NSTY36 với các cặp mồi tương ứng
Giếng 7 hình A, B, C, D: Đối chứng âm (-)
Sản phẩm điện di kiểm tra cho thấy các đoạn trình tự DNA được nhân lên đặc hiệu,
các vạch rõ ràng và có kích thước tương đương với các tính toán lý thuyết. Sau đó các sản
phẩm PCR của các mẫu nghiên cứu sẽ được tinh sạch và giải trinhg tự trên máy tự động ABI
PRISM

3100 Genetic Analyzer, sử dụng BigDye

Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit.
3.3. Phân tích và xử lý số liệu trình tự vùng D-loop của DNA ty thể ở các mẫu nghiên
cứu
3.3.1. Phân tích và xử lý số liệu trình tự vùng D-loop của DNA ty thể ở các mẫu cá thể
ngƣời Mƣờng
Chúng tôi tiến hành xác định trình tự vùng điều khiển D-loop của DNA ty thể theo
phương pháp đọc trực tiếp từ sản phẩm PCR tinh sạch của tất cả các mẫu nghiên cứu theo 2
chiều bằng cặp mồi D-loop F và D-loop R. Điều này làm tăng độ tin cậy của số liệu thu được
bởi vì nếu đọc một chiều thì không kiểm tra được sai sót có thể xảy ra.
Sau khi kiểm tra, so sánh và xử lý các vùng trùng nhau bằng phần mềm SeqScapev2.6
chúng tôi đã thu được trình tự nucleotide hoàn chỉnh của vùng D-loop của 38 mẫu dân tộc
Mường với kích thước 1121 bp, tương ứng với vị trí nucleotide của vùng D-loop trên bản đồ
gen ty thể là 16024 – 16569/0 – 576. Sau đó, chúng tôi tiến hành so sánh các trình tự vùng D-

loop của 38 mẫu cá thể nghiên cứu với nhau và với trình tự vùng D-loop chuẩn (rCRS) đã
được công bố trên Ngân hàng dữ liệu về DNA ty thể MITOMAP.
Số liệu thu thập được khi so sánh với trình tự chuẩn rCRS cho thấy có khá nhiều vị trí
đa hình so với trình tự chuẩn. Tổng cộng 38 mẫu Mường có 494 vị trí sai khác so với trình tự
chuẩn. Đây là một số lượng khá lớn song phù hợp với những nghiên cứu trước đây thấy rằng
vùng điều khiển D-loop có tần số đa hình cao nhất trong hệ gen ty thể. Các mẫu thì có mức độ
đa hình không giống nhau. Cụ thể, mẫu có ít vị trí đa hình nhất là 8, trong khi đó mẫu có
nhiều vị trí đa hình nhất là 19.

6
Từ kết quả so sánh những vị trí đa hình của các mẫu được thống kê trong hình 3.4,
chúng tôi thấy rằng các vị trí đa hình của các mẫu tập trung nhiều nhất vào đoạn HV1, sau đó
là đoạn HV2 và ít thay đổi hơn ở vùng xen giữa 2 đoạn HV1 và HV2.
Các đa hình thay thế là phổ biến nhất (chiếm 71,59%) so với đa hình mất nucleotide
(chiếm 18,75%) và đa hình thêm nucleotide (chiếm 9,66%). Các nucleotide chèn vào thường
là C trong khi các nucleotide bị mất thường liên quan đến 2 nucleotide C và A. Nhìn chung,
số liệu thu được về các vị trí đa hình trong vùng điều khiển D-loop phản ánh tốc độ đột biến
rất cao của vùng này, đặc biệt là vùng siêu biến HV1.
Như vậy trình tự nucleotide được xác định từ 38 mẫu cá thể trong nghiên cứu của
chúng tôi là những số liệu đầu tiên về vùng điều khiển D-loop ty thể người dân tộc Mường.
Toàn bộ hơn 1100 nucleotide thuộc vùng D-loop đã được xác định rất có ý nghĩa trong việc
nghiên cứu tiếp theo về di truyền quần thể và tiến hóa của người Việt Nam.
3.3.2 Phân tích và xử lý số liệu trình tự vùng HV1 của DNA ty thể ở các mẫu cá thể
ngƣời Katu
Với các mẫu của người dân tộc Katu, chúng tôi tiến hành giải trình tự và phân tích số
liệu vùng HV1. Sản phẩm khuếch đại trình tự D-loop các mẫu người dân tộc Katu được giải
trình tự với mồi HV1-C5’-F sau đó các trình tự được phân tích và tiến hành so sánh với trình
tự chuẩn để xác định các SNP.
Theo số liệu thu được, chúng ta thấy có tổng công 187 vị trí sai khác trên tổng số 41
mẫu nghiên cứu được đọc trình tự hoàn chỉnh. Tính ra chúng ta có trung bình 4.56 điểm khác

biệt trên mỗi trình tự vùng HV1 (có kích thước 359 bp), vậy, chúng ta có thể thấy tỷ lệ xảy ra
đa hình trên vùng này lên tới 1.27%.
Để tìm hiểu mối liên quan di truyền và nguồn gốc tiến hóa của các nhóm cá thể đã
nghiên cứu của hai dân tộc Mường và Katu, chúng tôi đã tiến hành so sánh và phân tích chủng
loại phát sinh dựa trên trình tự vùng HV1 của các mẫu nghiên cứu này với các trình tự đã
công bố của các dân tộc trong khu vực. Dữ liệu trình tự của các dân tộc được tải về từ trang
mạng ( bao gồm các trình tự vùng D-loop của người Ấn Độ,
Australia, Campuchia, Đài Loan, Hàn Quốc, Indonesia, Malaysia, Nhật Bản, Pakistan, Các
quốc đảo khu vực Papua New Guine (PNG), Philippines, Thái Lan và người miền nam Trung
Quốc. Từ các trình tự trên chúng tôi xây dựng được bảng thông tin khoảng các di truyền giữa
các dân tộc bằng phần mềm MEGA5.1 và thu được kết quả trong bảng 3.1.
Bảng 3.1. Khoảng cách di truyền giữa các dân tộc dựa trên trình tự HV1
Từ bảng số liệu chúng ta có thể thấy hai nhóm cá thể người Mường và người Katu có
khoảng cách di truyền là 0.023. Nhóm người Katu thì có khoảng cách di truyền gần nhất với
người Campuchia là 0.017. Điều này phù hợp vì người Katu thuộc nhóm ngôn ngữ Môn-
Khmer và có địa bàn cư trú gần với Campuchia. Khoảng cách di truyền của người Katu với
Katu Muong Indian
Australi
an
Cambo
dian
Taiwan
ese
Korean
Indone
sian
Malaysi
an
Japane
se

Pakista
n
PNG
Philippi
ne
Thai
Chines
e
Katu 0.023 0.024 0.030 0.017 0.028 0.035 0.025 0.023 0.026 0.025 0.029 0.027 0.023 0.029
Muong 0.022 0.029 0.026 0.029 0.032 0.028 0.024 0.024 0.025 0.029 0.024 0.027 0.027
Indian 0.012 0.031 0.019 0.031 0.028 0.020 0.008 0.022 0.021 0.006 0.023 0.016
Australian 0.035 0.024 0.035 0.034 0.026 0.017 0.028 0.027 0.015 0.029 0.025
Cambodian 0.028 0.037 0.028 0.027 0.032 0.029 0.034 0.034 0.024 0.035
Taiwanese 0.035 0.030 0.029 0.022 0.029 0.029 0.022 0.027 0.030
Korean 0.034 0.035 0.036 0.034 0.029 0.034 0.032 0.040
Indonesian 0.022 0.032 0.025 0.035 0.031 0.025 0.030
Malaysian 0.023 0.023 0.030 0.022 0.027 0.024
Japanese 0.026 0.025 0.008 0.027 0.017
Pakistan 0.030 0.023 0.028 0.027
PNG 0.025 0.030 0.032
Philippine 0.027 0.016
Thai 0.031
Chinese

7
người Thái và người Malaysia bằng với người Mường là 0.023. Nhìn chung cả người Mường
và người Katu đều có khoảng cách di truyền rất gần với các nhóm người trong khu vực Đông
Nam Á. Bên cạnh đó khoảng cách di truyền giữa người Mường và người Katu với người ở
khu vực Nam Á cũng khá gần, cụ thể là với người Ấn Độ (0.024) và người Pakistan (0.025)
trong khi đó khoảng cách của hai dân tộc này với nhóm người Bắc Á là tương đối xa như với

Hàn Quốc (0.035) và Đài Loan (0.029).
Để tìm hiểu rõ hơn, chúng tôi tiến hành xây dựng cây chủng loại phát sinh dựa trên
những số liệu mình có về đặc điểm đa hình trên vùng HV1 của ty thể và đã cho những kết quả
như hình 3.4.
Hình 3.4. Cây phát sinh chủng loại giữa các cá thể ngƣời Mƣờng, ngƣời Katu và
các dân tộc trong khu vực.
3.4. Xác định các chỉ thị đa hình nucleotide (SNP) trên nhiễm sắc thể Y
Đông Nam Á được ghi nhận là khu vực có một số lượng lớn các nhóm đơn bội và các
phân nhóm đơn bội nhiễm sắc thể Y. Trong đó O và C là hai nhóm đơn bội chính ở khu vực.
Do đó chúng tôi quyết định lựa chọn một số chỉ thị đặc trưng để nghiên cứu đa hình trên hai
nhóm này.
3.4.1. Lựa chọn các chỉ thị SNP
Để tìm hiểu về sự phân bố của 2 nhóm đơn bội chính này ở người Mường và người
Katu, chúng tôi tiến hành xác định đa hình ở các chỉ thị SNP tiêu biểu của các nhóm, cụ thể là
các chỉ thị: M175, P186, P191 đại diện cho nhóm đơn bội O và chỉ thị M216 đại diện cho
nhóm đơn bội C. Chỉ thị M175 có đa hình là – 5bp (±/TTCTC) từ vị trí nucleotide 14018100
đến 14018104 trên nhiễm sắc thể Y. Chỉ thị P186 có đa hình CA tương ứng với vị trí
7628568 và 14263707, chỉ thị P191 có đa hình là AG ở vị trí 13924509 và chỉ thị M216 có
đa hình CT ở vị trí nucleotide 13946958 trên nhiễm sắc thể Y.Để xác định các điểm đa
hình này, 4 cặp mồi đã thiết kế được để nhân các đoạn có mang các SNP trên cơ sở trình tự
nhiễm sắc thể Y đã công bố trên ngân hàng Genbank.
3.4.2. Nhân các đoạn mang các chỉ thị SNP
Với mục đích xác định các SNP thuộc nhóm đơn bội O và C, chúng tôi đã tiến hành
nhân các đoạn chứa các SNP cần phân tích. Theo tính toán lý thuyết các đoạn M175, P186,
P191 và M216 có kích thước lần lượt là 178 bp, 168, 177 bp và 160 bp. Kết quả cho thấy,

8
chúng tôi đã nhân được các đoạn trình tự DNA mang các SNP với kích thước tương ứng với
tính toán lý thuyết được trình bày trên hình 3.3.
Xác định các đa hình SNP

Trình tự của các đoạn chỉ thị SNP trên các mẫu nghiên cứu được so sánh với trình tự
chuẩn tương ứng của các chỉ thị lấy từ trung tâm thông tin công nghệ sinh học quốc gia Hoa
Kỳ (NCBI). Sau khi so sánh cho thấy chúng ta đã nhân được đúng đoạn DNA chỉ thị quan
tâm và đã xác định được các vị trí đa hình như lý thuyết. Cụ thể là chỉ thị M175 có đa hình là
– 5bp (±/TTCTC). Chỉ thị P186 có đa hình CA, chỉ thị P191 có đa hình là AG ở vị trí và
chỉ thị M216 có đa hình CT.
Kết quả xác định các SNP thuộc nhóm đơn bội O và C cho thấy, tất cả 4 chỉ thị đều
xuất hiện đa hình trong các mẫu nghiên cứu. Trong đó, có 2 chỉ thị có mức độ đa hình rất lớn
đó là P186 chiếm 97,06% số mẫu có đa hình và P191 có 94,12% đa hình là AG. Chỉ thị
M175 ở hai dân tộc này cũng rất cao lên đến 70,6% trong khi đó chỉ thị duy nhất của nhóm
đơn bội C là M216 có mức độ đa hình rất thấp , chỉ với 1 cá thể mang đa hình T chiếm 1.47%
được nhận diện trong các mẫu nghiên cứu.
Nhóm đơn bội O*-M175/P186/P191
Nhóm đơn bội O là dòng chủ đạo ở Đông và Đông Nam Á, bao gồm hơn 1/4 tất cả
đàn ông trên thế giới với tần số xuất hiện trung bình trên toàn khu vực này lên đến trên 60%.
Theo phương pháp phân loại nhóm đơn bội trên nhiễm sắc thể Y đã được đưa ra năm 2002 và
được cập nhật lại năm 2008 nhóm đơn bội O được xác định bằng 4 chỉ thị (M175, P186, P191
và P196 ). Cận nhóm O chỉ mang 1 trong 4 chỉ thị đã nêu ở trên, không mang các đa hình
thuộc các nhánh phát sinh từ O. Từ những số liệu thu được cho thấy, có 48 cá thể mang các đa
hình thuộc cận nhóm O-M175, 66 cá thể mang đa hình thuộc cận nhóm O-P186 và 64 thuộc
cận nhóm O-P191 với tần số phân bố tương ứng là 70,59%, 97,06% và 94,12 %. Tuy nhiên,
trong nghiên cứu này, chúng tôi chưa có điều kiện để phân tích toàn bộ các chỉ thị của các
nhánh được sinh ra từ nhóm đơn bội O. Vì vậy những số liệu thống kê trên đây có thể bị thay
đổi khi có những phân tích đầy đủ về đa hình các thỉ thị của các nhánh thuộc nhóm đơn bội
này.
Nhóm đơn bội O chiếm khoảng 80 đến 90% đàn ông ở Đông và Đông Nam Á và gần
như không tìm thấy ở các nơi khác. Chỉ thị M175 không xuất hiện ở Tây Siberia, Tây Á và
châu Âu, đặc biệt là hoàn toàn không tìm thấy ở Châu Phi và Châu Mỹ, một số nhánh của
nhóm đơn bội O xuất hiện với tần số tương đối ở các bộ lạc ở Nam Á, các nhóm người thuộc
nhóm ngôn ngữ Altaic ở Trung Á và các nhóm người thuộc nhóm ngôn ngữ Austronesia ở

châu Đại Dương.

9
Hình 3.5. Bản đồ phân bố của nhóm đơn bội O trên thế giới
Nhóm đơn bội O phân bố chủ yếu ở khu vực Châu Á Thái Bình Dương và đảo
Madagasca. Tần số phân bố của nhóm đơn bội này được miêu tả bằng mức độ đậm nhạt của
màu xanh lá cây trong hình 3.5.
Nhóm đơn bội O được tách ra từ nhóm đơn bội NO (M214), nhóm đơn bội này có thể
xuất hiện đầu tiên ở Siberia hoặc phía Đông của Trung Á khoảng 35 000 năm trước. Thuộc
nhóm đơn bội O, ngoài 3 nhánh O1, O2 và O3 còn có cận nhóm O*. Cận nhóm O* không
mang các đa hình xác định các nhánh O1, O2 và O3. Cận nhóm này có tần số thấp ở người
Trung và Đông Á hiện đại. Trong một điều tra tổng thể về đa hình nhiễm sắc thể Y ở các
nhóm người sống trong khu vực trung đại lục Á-Âu, người ta đã tìm thấy nhóm đơn bội O* -
M175 xuất hiện với tần số: 2,5% (1/40 cá thể) ở người Tajik ở Samarkand, 4,5% (1/22) ở
người Crimean Tatar sống ở Uzbekistan, 1,5% (1/68) ở người Uzbek sống ở Surkhandarya,
1,4% (1/70) ở người Uzbek sống ở Khorezm, 6,3% (1/16) của người Tajik sống ở Dushanbe,
1,9% (1/54) của người Kazakh sống ở Kazakhstan, 4,5% (2/41) của người Uyghur sống ở
Kazakhstan và 31,1% (14/45) của người Triều Tiên.
Nhóm đơn bội C*-M216
Nhóm đơn bội C xuất hiện ngay sau khi loài người di cư ra ngoài châu Phi khoảng 50
nghìn năm trước. Nhóm đơn bội này có thể theo con đường từ Nam bán đảo Ả Rập qua
Pakistan và Ấn Độ đến Sri Lanka, Đông Nam Á và Australia. Cận nhóm C* được tìm thấy ở
Ấn Độ, Sri Lanka, một số nơi ở Đông Nam Á. C1 xuất hiện chủ yếu ở người Nhật Bản, trong
khi đó C2 có tần số phân bố cao ở New Guinea, Melanesia, Polynesia. C3 có thể có nguồn
gốc ở Đông Nam Á hoặc Trung Á, từ đó phân bố lên Bắc Á và di cư sang châu Mỹ.
Chỉ thị M216, cùng với 4 chỉ thị khác (RPS4Y711, P184, P255 và P260) xác định
nhóm đơn bội C. Với tổng số cá thể là 68 được tiến hành phân tích, đã phát hiện được 1 cá thể
có đa hình ở chỉ thị này, với tỷ lệ xuất hiện là 1,47%. Từ kết quả này cho thấy, C-M216 có tần
số phân bố tương đối thấp trong cộng đồng người Việt Nam. Tần số phân bố của nhóm đơn
bội C-M216 ở một số dân tộc sống tại các tỉnh phía Nam của Trung Quốc (Quảng Đông và

Quảng Tây) từ 2,9% ở người Biao cho đến 10% ở người Man-Caolan. Trong khi đó, tần số
phân bố của nhóm đơn bội này ở một số dân tộc sống ở khu vực Đông Nam Á và một số vùng
của châu Đại Dương tương đối cao, từ 7,7% ở người Bangka cho đến 45,5% ở người Irian.
Từ các dữ liệu của nghiên cứu này chúng ta có thể thấy: Với tần số xuất hiện rất lớn
của các chỉ thị nhóm đơn bội O (từ trên 70% của chỉ thị M175 và trên 90% của chỉ thị P186
và p191) cùng với tỉ lệ xuất hiện rất nhỏ của chỉ thị nhóm C (1.47% của chỉ thị M216). Người

10
Mường và Người Katu có đặc điểm đa hình nhiễm sắc thể Y tương đồng với các dân tộc khác
trong khu vực Đông Á và đặc biệt là khu vực Đông Nam Á.



Hình 3.6. Bản đồ mô tả thuyết di cƣ của các quần thể theo phụ hệ vào Đông Á. Bản đồ
hiển thị các tuyến đường di cư của người hiện đại đến Đông Á và sự phát tán đầu tiên trên
lãnh thổ này.
Các quần thể người ở Đông Nam Á được ghi nhận là có độ đa dạng lớn của các nhóm và các
phân nhóm đơn bội. Qúa trình lịch sử hình thành và di cư của các nhóm đơn bội cũng rất phức
tạp. Một số học thuyết cho rằng hai nhóm đơn bội C và D là những nhóm đầu tiên xuất hiện ở
khu vực này và có khả năng hai nhóm này đã từng đạt được chỗ đứng trong khu vực này
khoảng 45000 năm trước, trong thời kỳ đồ đá cũ trước khi di cư lên phía bắc. Sau đó, khoảng
35000 năm trước, nhóm đơn bội O xuất hiện và phát triển rộng khắp khu vực Đông Á. Sự
phát triển của nhóm đơn bội O được cho là do chúng xuất hiện và phát triển cùng với sự gia
tăng dân số của loài người trong thời kỳ đồ đá mới khi con người bắt đầu phát triển các kỹ
thuật nông nghiệp sơ khai.
Dựa vào bản đồ di cư của các nhóm đơn bội (hình 3.6) chúng ta có thể thấy: Việt Nam
gần như nằm ở giao điểm giữa con đường di cư của các nhóm và trong hình 3.6 thể hiện nước
ta nằm trong những vùng có tần số xuất hiện nhóm đơn bội O lớn nhất. Cụ thể sự phân bố
được mô tả trong hình 3.7.

Hình 3.7. Sự phân bố của các nhóm đơn bội Y ở Đông Á và khu vực xung quanh.
Nhóm đơn bội C và N chiếm ưu thế ở phía Bắc lục địa. Các nhóm đơn bội P, R và J phổ biến
ở phía Tây, và O ở khắp các khu vực phía Đông, Đông Nam và phía Nam. Nhóm đơn bội D

11
phân bố ở Tây Tạng và Nhật Bản. Châu Đại Dương là nơi cư trú chính của nhóm M. Nhóm
đơn bội Q phân bố ở cực đông bắc nước Nga.
3.5. Các đa hình trên DNA ty thể và nhiễm sắc thể Y ở các cá thể ngƣời Mƣờng và ngƣời
Katu
Bên cạnh số liệu đa hình của các chỉ thị trên nhiễm sắc thể Y, các số liệu trên vùng
điều khiển của DNA ty thể cũng thể hiện một kết quả tương tự. Chúng ta thấy, các nhóm cá
thể thuộc thấy hai dân tộc Mường và Katu có mối quan hệ gần gũi với nhau và với các dân tộc
trong khu vực Đông Nam Á như Campuchia, Thái Lan, Malysia và những người Nam Á như
Ấn Độ và Pakistan. Đặc điểm đa hình của các chỉ thị trên nhiễm sắc thể Y cho thấy với tần
xuất rất lớn (trên 90% của hai chỉ thị P186 và P191, trên 70% của chỉ thị M175) của các đa
hình nhóm O vốn đặc trưng cho tần xuất của nhóm đơn bội này trong khu vực. Như vậy, các
đa hình trên DNA ty thể và nhiễm sắc thể Y ở các cá thể người Mường và người Katu trong
nghiên cứu này cũng cho một kết quả tương tự với các kết quả nghiên cứu trước đây về các
đặc điểm đa hình này trên các dân tộc khác trong khu vực.

KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ
KẾT LUẬN
Từ các kết quả đã đạt được chúng tôi rút ra một số kết luận sau đây:
1. Đã tách chiết và tinh sạch được DNA tổng số từ mẫu máu của 108 mẫu cá thể người Việt
Nam thuộc hai dân tộc Mường và Katu sau đó nhân bản thành công vùng điều khiển D-loop
(1121 bp) của DNA ty thể và các chỉ thị M175 (178 bp), P186 (168 bp), P191 (177 bp) và
M216 (160 bp) trên nhiễm sắc thể Y bằng kỹ thuật PCR, sử dụng các cặp mồi tương ứng.
2. Đã xác định được trình tự vùng điều khiển D-loop khoảng 1120 bp của 38 mẫu cá thể
người Mường, trình tự vùng HV1 của 41 mẫu cá thể người Katu và trình tự các đoạn chỉ thị
trên nhiễm sắc thể Y của 68 mẫu nam người Mường và Katu. Phân tích trình tự, chúng tôi

phát hiện thấy tổng cộng có 494 điểm sai khác trên vùng D-loop của các mẫu cá thể dân tộc
Mường và 187 điểm sai khác trên vùng HV1 của các mẫu cá thể người dân tộc Katu.
3. Bước đầu xác định được khoảng cách di truyền và xây dựng cây phát sinh chủng loại dựa
trên trình tự vùng HV1 của DNA ty thể giữa hai nhóm cá thể hai dân tộc Mường và Katu với
các dân tộc ở khu vực lân cận như người Thái Lan, người Campuchia, người Malaysia ….
4. Trong tổng số 68 mẫu nghiên cứu đa hình các chỉ thị trên nhiễm sắc thể Y thuộc 2 dân tộc
Mường và Katu, chúng tôi xác định được 48 cá thể thuộc nhóm đơn bội O-M175 chiếm 70.59
%, 64 cá thể thuộc nhóm đơn bội O-P191 chiếm 94.12 % và 66 cá thể thuộc nhóm đơn bội O-
P186 chiếm 97.06 %. Đối với nhóm đơn bội C-M216 chúng tôi xác định được 1 đa hình duy
nhất chiếm tỷ lệ 1.47%.
KIẾN NGHỊ
Để có thể nghiên cứu sâu hơn về vùng điều khiển D-loop và các chỉ thị trên nhiễm sắc
thể Y của các dân tộc Việt Nam cần tiếp tục tiến hành nghiên cứu với cỡ mẫu lớn hơn bao
gồm các dân tộc và số lượng các chỉ thị nhiều hơn.

References
Tiếng Việt

12
1. Ban chỉ đạo đại hội đại biểu các dân tộc thiểu số Việt Nam (2010), Cộng đồng các dân tộc
Việt Nam, Nhà xuất bản giáo dục Việt Nam.
2. Đái Duy Ban, Lê Thanh Hòa, Nguyễn Văn Vũ, Hoàng Minh Châu, Nguyễn Bích Nga, Đái
Hằng Nga, Lê Kim Xuyến, Đoàn Thanh Hương, Phạm Công Hoạt, Phan Xuân Đọc, Lê
Trung Dũng, Lê Quang Huấn, Nguyễn Thanh Đạm, Nguyễn Bá Đức, Nguyễn Công Hoàng
(2003), “Bước đầu nghiên cứu ung thư vú bệnh nhân Việt Nam bằng phương pháp sinh
học phân tử sử dụng chỉ thị di truyền hệ gen ty thể đoạn D-Loop”, Những vấn đề nghiên
cứu cơ bản trong khoa học sự sống. Báo cáo khoa học Hội nghị toàn quốc lần thứ 2,
Nghiên cứu cơ bản trong sinh học, nông nghiệp, y học, Huế 25-26/7/2003. Nhà xuất bản
Khoa học và kỹ thuật, Hà Nội, tr. 825-829.
3. Lê Quang Huấn, Trần Mỹ Linh, Vũ Thị Thư, Phan Minh Tuấn, Lê Trần Bình (2003),

“Nghiên cứu giám định phả hệ bằng kỹ thuật DNA”, Những vấn đề nghiên cứu cơ bản
trong khoa học sự sống, Báo cáo khoa học Hội nghị toàn quốc lần thứ 2, Nghiên cứu cơ
bản trong sinh học, nông nghiệp, y học, Huế 25-26/7/2003, Nhà xuất bản Khoa học và kỹ
thuật Hà Nội, tr. 917-919.
4. Huỳnh Thị Thu Huệ, Hoàng Thị Thu Yến, Nguyễn Đăng Tôn, Lê Thị Thu Hiền, Nguyễn
Đình Cường, Phan Văn Chi, Nông Văn Hải

(2005), “Phân tích trình tự vùng điều khiển (D-
loop) trên genome ty thể của 5 cá thể người Việt Nam”, Tạp chí Công nghệ Sinh học, 3(1),
tr. 31-38.
5. Trần Thị Minh Nguyệt, Lê Thị Bích Thảo, Đỗ Quỳnh Hoa, Tống Quỳnh Mai, Nguyễn Thị
Tỵ, Nguyễn Bích Nhi, Phan Văn Chi (2005), “Xác định trình tự gen 12S Rrna ty thể của
một số cá thể người Việt Nam”, Tạp chí Công nghệ Sinh học 3(3), tr. 287-292.
6. Nguyễn Đăng Tôn, Nguyễn Thùy Dương, Nông Văn Hải (2009), “Sự phân bố các đa hình
nucleotide đơn của nhóm đơn bội O trên nhiễm sắc thể Y ở người Việt Nam”, Tạp chí
Công nghệ Sinh học 7 (3), tr. 285-294.
Tiếng Anh
7. Aitken, R. J.,Marshall Graves, J. A. (2002), "The future of sex." Nature 415(6875), 963.
8. Bao, W., Zhu, S., Pandya, A., Zerjal, T., Xu, J., Shu, Q., Du, R., Yang, H.,Tyler-Smith, C.
(2000), "MSY2: a slowly evolving minisatellite on the human Y chromosome which
provides a useful polymorphic marker in Chinese populations." Gene 244(1-2), 29-33.
9. Barreiro, L. B., Laval, G., Quach, H., Patin, E.,Quintana-Murci, L. (2008), "Natural
selection has driven population differentiation in modern humans." Nat Genet 40(3),
340-345.

13
10. Boles, R. G., Luna, C.,Ito, M. (2003), "Severe reversible cardiomyopathy in four unrelated
infants associated with mitochondrial DNA D-loop heteroplasmy." Pediatr Cardiol
24(5), 484-487.
11. Bowler, J. M., Johnston, H., Olley, J. M., Prescott, J. R., Roberts, R. G., Shawcross,

W.,Spooner, N. A. (2003), "New ages for human occupation and climatic change at Lake
Mungo, Australia." Nature 421(6925), 837-840.
12. Brion, M., Sanchez, J. J., Balogh, K., Thacker, C., Blanco-Verea, A., Borsting, C.,
Stradmann-Bellinghausen, B., Bogus, M., Syndercombe-Court, D., Schneider, P. M.,
Carracedo, A.,Morling, N. (2005), "Introduction of an single nucleodite polymorphism-
based "Major Y-chromosome haplogroup typing kit" suitable for predicting the
geographical origin of male lineages." Electrophoresis 26(23), 4411-4420.
13. Brown, M. D., Hosseini, S. H., Torroni, A., Bandelt, H. J., Allen, J. C., Schurr, T. G.,
Scozzari, R., Cruciani, F.,Wallace, D. C. (1998), "mtDNA haplogroup X: An ancient link
between Europe/Western Asia and North America?", Am J Hum Genet 63(6), 1852-
1861.
14. Brown, W. M., Prager, E. M., Wang, A.,Wilson, A. C. (1982), "Mitochondrial DNA
sequences of primates: tempo and mode of evolution." J Mol Evol 18(4), 225-239.
15. Cann, R. L., Stoneking, M.,Wilson, A. C. (1987), "Mitochondrial DNA and human
evolution." Nature 325(6099), 31-36.
16. Casanova, M., Leroy, P., Boucekkine, C., Weissenbach, J., Bishop, C., Fellous, M.,
Purrello, M., Fiori, G.,Siniscalco, M. (1985), "A human Y-linked DNA polymorphism
and its potential for estimating genetic and evolutionary distance." Science 230(4732),
1403-1406.
17. Chen, M. H., Lee, H. M.,Tzen, C. Y. (2002), "Polymorphism and heteroplasmy of
mitochondrial DNA in the D-loop region in Taiwanese." J Formos Med Assoc 101(4),
268-276.
18. Collins, F. S., Brooks, L. D.,Chakravarti, A. (1998), "A DNA polymorphism discovery
resource for research on human genetic variation." Genome Res 8(12), 1229-1231.
19. Collins, F. S., Guyer, M. S.,Charkravarti, A. (1997), "Variations on a theme: cataloging
human DNA sequence variation." Science 278(5343), 1580-1581.
20. Denaro, M., Blanc, H., Johnson, M. J., Chen, K. H., Wilmsen, E., Cavalli-Sforza, L.
L.,Wallace, D. C. (1981), "Ethnic variation in Hpa 1 endonuclease cleavage patterns of
human mitochondrial DNA." Proc Natl Acad Sci U S A 78(9), 5768-5772.

14
21. Deng, W., Shi, B., He, X., Zhang, Z., Xu, J., Li, B., Yang, J., Ling, L., Dai, C., Qiang, B.,
Shen, Y.,Chen, R. (2004), "Evolution and migration history of the Chinese population
inferred from Chinese Y-chromosome evidence." J Hum Genet 49(7), 339-348.
22. Fareed, M., Afzal, M. (2012), "Single nucleotide polymorphism in genome-wide
association of human population: A tool for broad spectrum service." Egyptian Journal of
Medical Human Genetics.
23. Fernandes, S., Paracchini, S., Meyer, L. H., Floridia, G., Tyler-Smith, C.,Vogt, P. H.
(2004), "A large AZFc deletion removes DAZ3/DAZ4 and nearby genes from men in Y
haplogroup N." Am J Hum Genet 74(1), 180-187.
24. Fernandez-Moreno, M. A., Bornstein, B., Petit, N.,Garesse, R. (2000), "The
pathophysiology of mitochondrial biogenesis: towards four decades of mitochondrial
DNA research." Mol Genet Metab 71(3), 481-495.
25. Finnila, S., Lehtonen, M. S.,Majamaa, K. (2001), "Phylogenetic network for European
mtDNA." Am J Hum Genet 68(6), 1475-1484.
26. Forster, P.,Matsumura, S. (2005), "Evolution. Did early humans go north or south?",
Science 308(5724), 965-966.
27. Giles, R. E., Blanc, H., Cann, H. M.,Wallace, D. C. (1980), "Maternal inheritance of
human mitochondrial DNA." Proc Natl Acad Sci U S A 77(11), 6715-6719.
28. Graves, J. A. (2006), "Sex chromosome specialization and degeneration in mammals."
Cell 124(5), 901-914.
29. Greenberg, B. D., Newbold, J. E.,Sugino, A. (1983), "Intraspecific nucleotide sequence
variability surrounding the origin of replication in human mitochondrial DNA." Gene
21(1-2), 33-49.
30. Hammer, M. F., Karafet, T. M., Park, H., Omoto, K., Harihara, S., Stoneking, M.,Horai,
S. (2006), "Dual origins of the Japanese: Common ground for hunter-gatherer and farmer
Y chromosomes." J. Hum. Genet. 51, 47-58.
31. Hammer, M. F., Karafet, T. M., Redd, A. J., Jarjanazi, H., Santachiara-Benerecetti, S.,
Soodyall, H.,Zegura, S. L. (2001), "Hierarchical patterns of global human Y-chromosome
diversity." Mol Biol Evol 18(7), 1189-1203.

32. He, J. D., Peng, M. S., Quang, H. H., Dang, K. P., Trieu, A. V., Wu, S. F., Jin, J. Q.,
Murphy, R. W., Yao, Y. G.,Zhang, Y. P. (2012), "Patrilineal perspective on the
Austronesian diffusion in Mainland Southeast Asia." PLoS One 7(5), e36437.
33. Herrnstadt, C., Elson, J. L., Fahy, E., Preston, G., Turnbull, D. M., Anderson, C., Ghosh,
S. S., Olefsky, J. M., Beal, M. F., Davis, R. E.,Howell, N. (2002), "Reduced-median-

15
network analysis of complete mitochondrial DNA coding-region sequences for the major
African, Asian, and European haplogroups." Am J Hum Genet 70(5), 1152-1171.
34. Heyer, E., Puymirat, J., Dieltjes, P., Bakker, E.,de Knijff, P. (1997), "Estimating Y
chromosome specific microsatellite mutation frequencies using deep rooting pedigrees."
Hum Mol Genet 6(5), 799-803.
35. Horai, S., Hayasaka, K., Kondo, R., Tsugane, K.,Takahata, N. (1995), "Recent African
origin of modern humans revealed by complete sequences of hominoid mitochondrial
DNAs." Proc Natl Acad Sci U S A 92(2), 532-536.
36. Ingman, M.,Gyllensten, U. (2001), "Analysis of the complete human mtDNA genome:
methodology and inferences for human evolution." J Hered 92(6), 454-461.
37. Ingman, M.,Gyllensten, U. (2003), "Mitochondrial genome variation and evolutionary
history of Australian and New Guinean aborigines." Genome Res 13(7), 1600-1606.
38. Ingman, M., Kaessmann, H., Paabo, S.,Gyllensten, U. (2000), "Mitochondrial genome
variation and the origin of modern humans." Nature 408(6813), 708-713.
39. Ivanova, R., Astrinidis, A., Lepage, V., Djoulah, S., Wijnen, E., Vu-Trieu, A. N., Hors,
J.,Charron, D. (1999), "Mitochondrial DNA polymorphism in the Vietnamese
population." Eur J Immunogenet 26(6), 417-422.
40. Jin, H. J., Kwak, K. D., Hammer, M. F., Nakahori, Y., Shinka, T., Lee, J. W., Jin, F., Jia,
X., Tyler-Smith, C.,Kim, W. (2003), "Y-chromosomal DNA haplogroups and their
implications for the dual origins of the Koreans." Hum Genet 114(1), 27-35.
41. Jobling, M. A., Samara, V., Pandya, A., Fretwell, N., Bernasconi, B., Mitchell, R. J.,
Gerelsaikhan, T., Dashnyam, B., Sajantila, A., Salo, P. J., Nakahori, Y., Disteche, C. M.,
Thangaraj, K., Singh, L., Crawford, M. H.,Tyler-Smith, C. (1996), "Recurrent duplication

and deletion polymorphisms on the long arm of the Y chromosome in normal males."
Hum Mol Genet 5(11), 1767-1775.
42. Karafet, T., Xu, L., Du, R., Wang, W., Feng, S., Wells, R. S., Redd, A. J., Zegura, S.
L.,Hammer, M. F. (2001), "Paternal population history of East Asia: sources, patterns,
and microevolutionary processes." Am J Hum Genet 69(3), 615-628.
43. Karafet, T. M., Mendez, F. L., Meilerman, M. B., Underhill, P. A., Zegura, S. L.,Hammer,
M. F. (2008), "New binary polymorphisms reshape and increase resolution of the human
Y chromosomal haplogroup tree." Genome Research 18(5), 830-838.
44. Kayser, M., Brauer, S., Cordaux, R., Casto, A., Lao, O., Zhivotovsky, L. A., Moyse-
Faurie, C., Rutledge, R. B., Schiefenhoevel, W., Gil, D., Lin, A. A., Underhill, P. A.,
Oefner, P. J., Trent, R. J.,Stoneking, M. (2006), "Melanesian and Asian origins of

16
Polynesians: mtDNA and Y chromosome gradients across the Pacific." Mol Biol Evol
23(11), 2234-2244.
45. Kayser, M., Kittler, R., Erler, A., Hedman, M., Lee, A. C., Mohyuddin, A., Mehdi, S. Q.,
Rosser, Z., Stoneking, M., Jobling, M. A., Sajantila, A.,Tyler-Smith, C. (2004), "A
comprehensive survey of human Y-chromosomal microsatellites." Am J Hum Genet
74(6), 1183-1197.
46. lan C. Gray, D. A. C. a. N. K. S. (2000), "Single nucleotide polymorphisms as tools in
human genetics." Human Molecular Genetics 9, 2403 - 2408.
47. Lee, H. C., Li, S. H., Lin, J. C., Wu, C. C., Yeh, D. C.,Wei, Y. H. (2004), "Somatic
mutations in the D-loop and decrease in the copy number of mitochondrial DNA in
human hepatocellular carcinoma." Mutat Res 547(1-2), 71-78.
48. Li, H., Wen, B., Chen, S. J., Su, B., Pramoonjago, P., Liu, Y., Pan, S., Qin, Z., Liu, W.,
Cheng, X., Yang, N., Li, X., Tran, D., Lu, D., Hsu, M. T., Deka, R., Marzuki, S., Tan, C.
C.,Jin, L. (2008), "Paternal genetic affinity between Western Austronesians and Daic
populations." BMC Evol Biol 8, 146.
49. Liou, C. W., Lin, T. K., Huang, F. M., Chen, T. L., Lee, C. F., Chuang, Y. C., Tan, T. Y.,
Chang, K. C.,Wei, Y. H. (2004), "Association of the mitochondrial DNA 16189 T to C

variant with lacunar cerebral infarction: evidence from a hospital-based case-control
study." Ann N Y Acad Sci 1011, 317-324.
50. Lucotte, G.,Ngo, N. Y. (1985), "p49f, A highly polymorphic probe, that detects Taq1
RFLPs on the human Y chromosome." Nucleic Acids Res 13(22), 8285.
51. Malik, S., Sudoyo, H., Pramoonjago, P., Suryadi, H., Sukarna, T., Njunting, M.,
Sahiratmadja, E.,Marzuki, S. (2002), "Nuclear mitochondrial interplay in the modulation
of the homopolymeric tract length heteroplasmy in the control (D-loop) region of the
mitochondrial DNA." Hum Genet 110(5), 402-411.
52. Malyarchuk, B. A., Rogozin, I. B., Berikov, V. B.,Derenko, M. V. (2002), "Analysis of
phylogenetically reconstructed mutational spectra in human mitochondrial DNA control
region." Hum Genet 111(1), 46-53.
53. Marjanovic, D., Fornarino, S., Montagna, S., Primorac, D., Hadziselimovic, R., Vidovic,
S., Pojskic, N., Battaglia, V., Achilli, A., Drobnic, K., Andjelinovic, S., Torroni, A.,
Santachiara-Benerecetti, A. S.,Semino, O. (2005), "The peopling of modern Bosnia-
Herzegovina: Y-chromosome haplogroups in the three main ethnic groups." Ann Hum
Genet 69(Pt 6), 757-763.

17
54. McPherson, J. D., Marra, M., Hillier, L., Waterston, R. H., Chinwalla, A., Wallis, J.,
Sekhon, M., Wylie, K., Mardis, E. R., Wilson, R. K., Fulton, R., Kucaba, T. A., Wagner-
McPherson, C., Barbazuk, W. B., Gregory, S. G., Humphray, S. J., French, L., Evans, R.
S., Bethel, G., Whittaker, A., Holden, J. L., McCann, O. T., Dunham, A., Soderlund, C.,
Scott, C. E., Bentley, D. R., Schuler, G., Chen, H. C., Jang, W., Green, E. D., Idol, J. R.,
Maduro, V. V., Montgomery, K. T., Lee, E., Miller, A., Emerling, S., Kucherlapati,
Gibbs, R., Scherer, S., Gorrell, J. H., Sodergren, E., Clerc-Blankenburg, K., Tabor, P.,
Naylor, S., Garcia, D., de Jong, P. J., Catanese, J. J., Nowak, N., Osoegawa, K., Qin, S.,
Rowen, L., Madan, A., Dors, M., Hood, L., Trask, B., Friedman, C., Massa, H., Cheung,
V. G., Kirsch, I. R., Reid, T., Yonescu, R., Weissenbach, J., Bruls, T., Heilig, R.,
Branscomb, E., Olsen, A., Doggett, N., Cheng, J. F., Hawkins, T., Myers, R. M., Shang,
J., Ramirez, L., Schmutz, J., Velasquez, O., Dixon, K., Stone, N. E., Cox, D. R.,

Haussler, D., Kent, W. J., Furey, T., Rogic, S., Kennedy, S., Jones, S., Rosenthal, A.,
Wen, G., Schilhabel, M., Gloeckner, G., Nyakatura, G., Siebert, R., Schlegelberger, B.,
Korenberg, J., Chen, X. N., Fujiyama, A., Hattori, M., Toyoda, A., Yada, T., Park, H. S.,
Sakaki, Y., Shimizu, N., Asakawa, S., Kawasaki, K., Sasaki, T., Shintani, A., Shimizu,
A., Shibuya, K., Kudoh, J., Minoshima, S., Ramser, J., Seranski, P., Hoff, C., Poustka,
A., Reinhardt, R.,Lehrach, H. (2001), "A physical map of the human genome." Nature
409(6822), 934-941.
55. Nachman, M. W.,Crowell, S. L. (2000), "Estimate of the mutation rate per nucleotide in
humans." Genetics 156(1), 297-304.
56. Oota, H., Kitano, T., Jin, F., Yuasa, I., Wang, L., Ueda, S., Saitou, N.,Stoneking, M.
(2002), "Extreme mtDNA homogeneity in continental Asian populations." Am J Phys
Anthropol 118(2), 146-153.
57. Pakendorf, B., Novgorodov, I. N., Osakovskij, V. L., Danilova, A. P., Protod'jakonov, A.
P.,Stoneking, M. (2006), "Investigating the effects of prehistoric migrations in Siberia:
genetic variation and the origins of Yakuts." Hum Genet 120(3), 334-353.
58. Peng, M. S., Quang, H. H., Dang, K. P., Trieu, A. V., Wang, H. W., Yao, Y. G., Kong, Q.
P.,Zhang, Y. P. (2010), "Tracing the Austronesian footprint in Mainland Southeast Asia:
a perspective from mitochondrial DNA." Mol Biol Evol 27(10), 2417-2430.
59. Repping, S., van Daalen, S. K., Brown, L. G., Korver, C. M., Lange, J., Marszalek, J. D.,
Pyntikova, T., van der Veen, F., Skaletsky, H., Page, D. C.,Rozen, S. (2006), "High
mutation rates have driven extensive structural polymorphism among human Y
chromosomes." Nat Genet 38(4), 463-467.

18
60. Robin, E. D.,Wong, R. (1988), "Mitochondrial DNA molecules and virtual number of
mitochondria per cell in mammalian cells." J Cell Physiol 136(3), 507-513.
61. Sahoo, S., Singh, A., Himabindu, G., Banerjee, J., Sitalaximi, T., Gaikwad, S., Trivedi, R.,
Endicott, P., Kivisild, T., Metspalu, M., Villems, R.,Kashyap, V. K. (2006), "A prehistory
of Indian Y chromosomes: evaluating demic diffusion scenarios." Proc Natl Acad Sci U S
A 103(4), 843-848.

62. Salas, A., Lareu, V., Calafell, F., Bertranpetit, J.,Carracedo, A. (2000), "mtDNA
hypervariable region II (HVII) sequences in human evolution studies." Eur J Hum Genet
8(12), 964-974.
63. Sambrook J, R. D. (2001). Molecular Cloning. A Laboratory Manual. Cold Spring Harbor
Laboratory, Cold Spring Harbor NewYork.
64. Scheinfeldt, L., Friedlaender, F., Friedlaender, J., Latham, K., Koki, G., Karafet, T.,
Hammer, M.,Lorenz, J. (2006), "Unexpected NRY chromosome variation in Northern
Island Melanesia." Mol Biol Evol 23(8), 1628-1641.
65. Scozzari, R., Torroni, A., Semino, O., Sirugo, G., Brega, A.,Santachiara-Benerecetti, A. S.
(1988), "Genetic studies on the Senegal population. I. Mitochondrial DNA
polymorphisms." Am J Hum Genet 43(4), 534-544.
66. Sherry, S. T., Rogers, A. R., Harpending, H., Soodyall, H., Jenkins, T.,Stoneking, M.
(1994), "Mismatch distributions of mtDNA reveal recent human population expansions."
Hum Biol 66(5), 761-775.
67. Singh, M. S., Puneetpal; Juneja, Pawan Kumar; Singh, Surinder; Kaur, Taranpal (2010),
"SNP–SNP interactions within APOE gene influence plasma lipids in postmenopausal
osteoporosis." Rheumatology International 31(3), 421-423.
68. Skaletsky, H., Kuroda-Kawaguchi, T., Minx, P. J., Cordum, H. S., Hillier, L., Brown, L.
G., Repping, S., Pyntikova, T., Ali, J., Bieri, T., Chinwalla, A., Delehaunty, A.,
Delehaunty, K., Du, H., Fewell, G., Fulton, L., Fulton, R., Graves, T., Hou, S. F.,
Latrielle, P., Leonard, S., Mardis, E., Maupin, R., McPherson, J., Miner, T., Nash, W.,
Nguyen, C., Ozersky, P., Pepin, K., Rock, S., Rohlfing, T., Scott, K., Schultz, B., Strong,
C., Tin-Wollam, A., Yang, S. P., Waterston, R. H., Wilson, R. K., Rozen, S.,Page, D. C.
(2003), "The male-specific region of the human Y chromosome is a mosaic of discrete
sequence classes." Nature 423(6942), 825-837.
69. Sorenson, M. D.,Fleischer, R. C. (1996), "Multiple independent transpositions of
mitochondrial DNA control region sequences to the nucleus." Proc Natl Acad Sci U S A
93(26), 15239-15243.

19

70. Stenson, P. D., Mort, M., Ball, E. V., Howells, K., Phillips, A. D., Thomas, N. S.,Cooper,
D. N. (2009), "The Human Gene Mutation Database: 2008 update." Genome Med 1(1),
13.
71. Tanaka, M., Cabrera, V. M., Gonzalez, A. M., Larruga, J. M., Takeyasu, T., Fuku, N.,
Guo, L. J., Hirose, R., Fujita, Y., Kurata, M., Shinoda, K., Umetsu, K., Yamada, Y.,
Oshida, Y., Sato, Y., Hattori, N., Mizuno, Y., Arai, Y., Hirose, N., Ohta, S., Ogawa, O.,
Tanaka, Y., Kawamori, R., Shamoto-Nagai, M., Maruyama, W., Shimokata, H., Suzuki,
R.,Shimodaira, H. (2004), "Mitochondrial genome variation in eastern Asia and the
peopling of Japan." Genome Res 14(10A), 1832-1850.
72. Templeton, A. R. (1992), "Human origins and analysis of mitochondrial DNA sequences."
Science 255(5045), 737.
73. Thomson, R., Pritchard, J. K., Shen, P., Oefner, P. J.,Feldman, M. W. (2000), "Recent
common ancestry of human Y chromosomes: evidence from DNA sequence data." Proc
Natl Acad Sci U S A 97(13), 7360-7365.
74. Torroni, A., Huoponen, K., Francalacci, P., Petrozzi, M., Morelli, L., Scozzari, R., Obinu,
D., Savontaus, M. L.,Wallace, D. C. (1996), "Classification of European mtDNAs from
an analysis of three European populations." Genetics 144(4), 1835-1850.
75. Tyler-Smith, C.,McVean, G. (2003), "The comings and goings of a Y polymorphism." Nat
Genet 35(3), 201-202.
76. Underhill, P. A., Passarino, G., Lin, A. A., Shen, P., Mirazon Lahr, M., Foley, R. A.,
Oefner, P. J.,Cavalli-Sforza, L. L. (2001), "The phylogeography of Y chromosome binary
haplotypes and the origins of modern human populations." Ann Hum Genet 65(Pt 1), 43-
62.
77. Underhill, P. A., Shen, P., Lin, A. A., Jin, L., Passarino, G., Yang, W. H., Kauffman, E.,
Bonne-Tamir, B., Bertranpetit, J., Francalacci, P., Ibrahim, M., Jenkins, T., Kidd, J. R.,
Mehdi, S. Q., Seielstad, M. T., Wells, R. S., Piazza, A., Davis, R. W., Feldman, M. W.,
Cavalli-Sforza, L. L.,Oefner, P. J. (2000), "Y chromosome sequence variation and the
history of human populations." Nat Genet 26(3), 358-361.
78. Vanecek, T., Vorel, F.,Sip, M. (2004), "Mitochondrial DNA D-loop hypervariable
regions: Czech population data." Int J Legal Med 118(1), 14-18.

79. Venter, J. C., Adams, M. D., Myers, E. W., Li, P. W., Mural, R. J., Sutton, G. G., Smith,
H. O., Yandell, M., Evans, C. A., Holt, R. A., Gocayne, J. D., Amanatides, P., Ballew, R.
M., Huson, D. H., Wortman, J. R., Zhang, Q., Kodira, C. D., Zheng, X. H., Chen, L.,
Skupski, M., Subramanian, G., Thomas, P. D., Zhang, J., Gabor Miklos, G. L., Nelson,

20
C., Broder, S., Clark, A. G., Nadeau, J., McKusick, V. A., Zinder, N., Levine, A. J.,
Roberts, R. J., Simon, M., Slayman, C., Hunkapiller, M., Bolanos, R., Delcher, A., Dew,
I., Fasulo, D., Flanigan, M., Florea, L., Halpern, A., Hannenhalli, S., Kravitz, S., Levy,
S., Mobarry, C., Reinert, K., Remington, K., Abu-Threideh, J., Beasley, E., Biddick, K.,
Bonazzi, V., Brandon, R., Cargill, M., Chandramouliswaran, I., Charlab, R., Chaturvedi,
K., Deng, Z., Di Francesco, V., Dunn, P., Eilbeck, K., Evangelista, C., Gabrielian, A. E.,
Gan, W., Ge, W., Gong, F., Gu, Z., Guan, P., Heiman, T. J., Higgins, M. E., Ji, R. R., Ke,
Z., Ketchum, K. A., Lai, Z., Lei, Y., Li, Z., Li, J., Liang, Y., Lin, X., Lu, F., Merkulov, G.
V., Milshina, N., Moore, H. M., Naik, A. K., Narayan, V. A., Neelam, B., Nusskern, D.,
Rusch, D. B., Salzberg, S., Shao, W., Shue, B., Sun, J., Wang, Z., Wang, A., Wang, X.,
Wang, J., Wei, M., Wides, R., Xiao, C., Yan, C., Yao, A., Ye, J., Zhan, M., Zhang, W.,
Zhang, H., Zhao, Q., Zheng, L., Zhong, F., Zhong, W., Zhu, S., Zhao, S., Gilbert, D.,
Baumhueter, S., Spier, G., Carter, C., Cravchik, A., Woodage, T., Ali, F., An, H., Awe,
A., Baldwin, D., Baden, H., Barnstead, M., Barrow, I., Beeson, K., Busam, D., Carver,
A., Center, A., Cheng, M. L., Curry, L., Danaher, S., Davenport, L., Desilets, R., Dietz,
S., Dodson, K., Doup, L., Ferriera, S., Garg, N., Gluecksmann, A., Hart, B., Haynes, J.,
Haynes, C., Heiner, C., Hladun, S., Hostin, D., Houck, J., Howland, T., Ibegwam, C.,
Johnson, J., Kalush, F., Kline, L., Koduru, S., Love, A., Mann, F., May, D., McCawley,
S., McIntosh, T., McMullen, I., Moy, M., Moy, L., Murphy, B., Nelson, K., Pfannkoch,
C., Pratts, E., Puri, V., Qureshi, H., Reardon, M., Rodriguez, R., Rogers, Y. H., Romblad,
D., Ruhfel, B., Scott, R., Sitter, C., Smallwood, M., Stewart, E., Strong, R., Suh, E.,
Thomas, R., Tint, N. N., Tse, S., Vech, C., Wang, G., Wetter, J., Williams, S., Williams,
M., Windsor, S., Winn-Deen, E., Wolfe, K., Zaveri, J., Zaveri, K., Abril, J. F., Guigo, R.,
Campbell, M. J., Sjolander, K. V., Karlak, B., Kejariwal, A., Mi, H., Lazareva, B.,

Hatton, T., Narechania, A., Diemer, K., Muruganujan, A., Guo, N., Sato, S., Bafna, V.,
Istrail, S., Lippert, R., Schwartz, R., Walenz, B., Yooseph, S., Allen, D., Basu, A.,
Baxendale, J., Blick, L., Caminha, M., Carnes-Stine, J., Caulk, P., Chiang, Y. H., Coyne,
M., Dahlke, C., Mays, A., Dombroski, M., Donnelly, M., Ely, D., Esparham, S., Fosler,
C., Gire, H., Glanowski, S., Glasser, K., Glodek, A., Gorokhov, M., Graham, K.,
Gropman, B., Harris, M., Heil, J., Henderson, S., Hoover, J., Jennings, D., Jordan, C.,
Jordan, J., Kasha, J., Kagan, L., Kraft, C., Levitsky, A., Lewis, M., Liu, X., Lopez, J.,
Ma, D., Majoros, W., McDaniel, J., Murphy, S., Newman, M., Nguyen, T., Nguyen, N.,
Nodell, M., Pan, S., Peck, J., Peterson, M., Rowe, W., Sanders, R., Scott, J., Simpson,
M., Smith, T., Sprague, A., Stockwell, T., Turner, R., Venter, E., Wang, M., Wen, M.,

21
Wu, D., Wu, M., Xia, A., Zandieh, A.,Zhu, X. (2001), "The sequence of the human
genome." Science 291(5507), 1304-1351.
80. Vogt, P. H., Affara, N., Davey, P., Hammer, M., Jobling, M. A., Lau, Y. F., Mitchell, M.,
Schempp, W., Tyler-Smith, C., Williams, G., Yen, P.,Rappold, G. A. (1997), "Report of
the Third International Workshop on Y Chromosome Mapping 1997. Heidelberg,
Germany, April 13-16, 1997." Cytogenet Cell Genet 79(1-2), 1-20.
81. Wallace, D. C. (2005), "A mitochondrial paradigm of metabolic and degenerative
diseases, aging, and cancer: a dawn for evolutionary medicine." Annu Rev Genet 39,
359-407.
82. Y Chromosome Consortium (2002), "A nomenclature system for the tree of human Y-
chromosomal binary haplogroups." Genome Research 12(2), 339-348.
83. Yan, S., Wang, C. C., Li, H., Li, S. L.,Jin, L. (2011), "An updated tree of Y-chromosome
Haplogroup O and revised phylogenetic positions of mutations P164 and PK4." Eur J
Hum Genet 19(9), 1013-1015.

Công cụ World Wide Web
85.
86.

87.
88.
89. www.scs.uiuc.edu/~mcdonald/WorldHaplogroupsMaps.pdf
90. www.anthropology.net
91.
92.
93.
94.