Xây dựng phương án tách dòng gen ampc beta lactamase có khả năng kháng kháng sinh của enterobacteriaceae

ĐẠI HỌC BÁCH KHOA HÀ NỘI
Viện công nghệ sinh học và cơng nghệ thực phẩm

BÁO CÁO THÍ NGHIỆM

TIN SINH HỌC
Đề tài: Xây dựng phương án tách dòng gen AmpC beta lactamasecó khả năng kháng kháng sinh của Enterobacteriaceae
Giảng viên hướng dẫn: GS. Nguyễn Văn Cách


Nội dung chính của bài thảo luận
I

Gen AmpC

II

Quy trình và phương pháp


Gen AmpC


Lý do lựa chọn đề tài
- Kháng thuốc đã trở thành vấn đề y tế toàn cầu đặc biệt ở các nước phát
triển. Mỗi năm có hàng chục ngàn người tử vong do kháng thuốc và phải
chi hàng chục tỷ USD cho kháng thuốc
- Đáng báo động ở Việt Nam xuất hiện vi khuẩn đa kháng thuốc , mức độ
kháng ngày càng gia tăng đặc biệt ở nhóm gram âm . WHO đã xếp Việt
Nam vào nhóm các quốc gia có tỉ lệ kháng thuốc kháng sinh cao trên thế giới
- Vì vậy, đề tài này em muốn tìm kiếm được một đoạn mồi thích hợp cho

việc tách dịng cũng như khuếch đại gen kháng kháng sinh AmpC ở
Enterobacteriaceae nhằm mục đích nghiên cứu khả năng kháng kháng
sinh của các vi khuẩn gram âm


Gen AmpC

AmpC β-Lactamase là các cephalosporinase quan trọng trên lâm sàng được mã hóa
trên nhiễm sắc thể của nhiều loại Enterobacteriaceae và một số sinh vật khác, trong đó
chúng trung gian kháng với cephalothin, cefazolin, cefoxitin, hầu hết penicillin Ở
nhiều vi khuẩn, enzyme AmpC là cảm ứng và có thể được biểu hiện ở mức độ cao do
đột biến. Sự biểu hiện quá mức gây ra sự đề kháng với các cephalosporin phổ rộng bao
gồm cefotaxime, ceftazidime và ceftriaxone và là một vấn đề đặc biệt là trong các bệnh
nhiễm trùng do Enterobacter aerogenes và Enterobacter cloacae, trong đó một chủng
phân lập ban đầu dễ bị kháng các tác nhân này


Vi khuẩn đường ruột (Enterobacteriaceae )
- Truy cập: NCBI/taxonomy/Enterobacteriaceae
- Ta sẽ được cây phát sinh hay dòng dõi của Crambe maritima
/>

Quy trình và phương pháp


Tìm kiếm thơng tin bằng NCBI
Bước 1: Tìm kiếm bằng
cơ sở dữ liệu NCBI
Đường dẫn:
.

gov/


Tìm kiếm thơng tin bằng NCBI
Tiếp theo trong bước 1,
Truy cập:
NCBI/nucleotide/AmpC
gene


Tìm kiếm thơng tin bằng NCBI
Sau đó ta sẽ lựa chọn ít
nhất 3 bài báo để có thể
tiến hành chạy Clustal
Omega.
Để tìm những bài báo
phù hợp thì ta sẽ click
vào phần taxonomy như
hình để xem dịng dõi
của cây được đề cập
trong bài báo. Ưu tiên
cây thuộc họ vi khuẩn
đường
ruột
(Enterobacteriaceae )

Chọn Taxonomyn Taxonomy


Lấy thông tin từ các bài báo

Bài báo thứ 1: locus X08081.1
Vi khuẩn: Enterobacter cloacae Q908R


Lấy thông tin từ các bài báo

Bài báo thứ 2: locus X07274.1
Vi khuẩn: Enterobacter cloacae
P99


Lấy thông tin từ các bài báo

Bài báo thứ 3: locus X08082.1
Vi khuẩn:Enterobacter cloacae
MHN1


Sử lý và tìm vùng bảo thủ bằng clustal omega
Bước 2: Tìm vùng bảo thủ
Tìm bài báo có liên quan 3 bài báo
Copy đoạn gen bằng ngôn ngữ
FASTA vào chương trình Clustal
omega
Đường dẫn:
/>ustalo/


Tìm vùng bảo thủ bằng Clustal omega

Copy gene bằng ngơn ng ngôn
ngữ FASTA FASTA
Chọn Taxonomyn DNA


Sau

Tìm vùng bảo thủ bằng Clustal omega

Sau khi ấn “submit” thì kết quả hiện như trên n “submit” thì kết quả hiện như trên t quả hiện như trên hiện như trên n như trên trên
Đã xuấn “submit” thì kết quả hiện như trên t hiện như trên n vùng bả hiện như trên o thủ


Thiết kế đoạn mồi bằng BLAST - primer

－

Bước 3: Thiết kế đoạn mồi
Vì mẫu X08081.1 là mẫu cùng chi với đối tượng
cần tách gen nên sẽ chọn mạch này làm mạch
khuôn để thiết kế mồi
Sau khi thử nhiều đoạn khác nhau thì em quyết
định lựa chọn:
Lựa chọn vùng để thiết kế đoạn mồi xuôi sẽ từ
nu thứ 215 đến nu thứ 240 là 25 nu


Thiết kế đoạn mồi bằng BLAST - primer

Sau khi thử nhiều đoạn khác nhau thì em quyết định
lựa chọn:
Lựa chọn vùng để thiết kế đoạn mồi xuôi sẽ từ nu thứ
465 đến nu thứ 495 là 30 nu


Thiết kế đoạn mồi bằng BLAST – primer
Sử dụng chương
trình
Primer-BLAST
Đường dẫn:
i.
nlm.nih.gov/tools/
primer-blast/

Lựa chọn vùng a chọn Taxonomyn vùng
để tạo mồi tạo mồi o mồi i
xuôi , ngư trên ợcc

Lựa chọn độ dài của sản phẩm
PCR
Lựa chọn nhiệt độ gắn mồi


Thiết kế đoạn mồi bằng BLAST – primer