nghiên cứu công nghệ rnai để kiểm soát bệnh virus ở lúa và cà chua

BỘ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PHÁT TRIỂN NT
CHƯƠNG TRÌNH KHCN CẤP NHÀ NƯỚC KC04




BÁO CÁO TỔNG HỢP
KẾT QUẢ KHOA HỌC CÔNG NGHỆ ĐỀ TÀI


NGHIÊN CỨU CÔNG NGHỆ RNAi
ĐỂ KIỂM SOÁT BỆNH VIRUS
Ở LÚA VÀ CÀ CHUA

MÃ SỐ KC04 -11/2007-2010

Cơ quan chủ trì đề tài: VIỆN DI TRUYỀN NÔNG NGHIỆP,
VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM

Chủ nhiệm đề tài: GS. TS. ĐỖ NĂNG VỊNH







8370


Hà Nội, 11- 2010

2


BỘ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PHÁT TRIỂN NT
CHƯƠNG TRÌNH KHCN CẤP NHÀ NƯỚC KC04



BÁO CÁO TỔNG HỢP
KẾT QUẢ KHOA HỌC CÔNG NGHỆ ĐỀ TÀI


NGHIÊN CỨU CÔNG NGHỆ RNAi
ĐỂ KIỂM SOÁT BỆNH VIRUS
Ở LÚA VÀ CÀ CHUA

MÃ SỐ KC04 -11/2007-2010


Chủ nhiệm đề tài Cơ quan chủ trì đề tài



GS.TS. Đỗ Năng Vịnh PGS.TS. Lê Huy Hàm

Ban chủ nhiệm chương trình Bộ Khoa học và Công nghệ
(ký tên) (ký tên và đóng dấu khi gửi lưu trữ)

Hà Nội, 11- 2010


3

VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP
VIỆT NAM
VIỆN DI TRUYỀN NÔNG NGHIỆP
__________________
CỘNG HOÀ XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM
Độc lập - Tự do - Hạnh phúc

Hà nội , ngày tháng năm 2010



BÁO CÁO THỐNG KÊ
KẾT QUẢ THỰC HIỆN ĐỀ TÀI

I. THÔNG TIN CHUNG VỀ ĐỀ TÀI

Tên Đề tài/Dự án: Nghiên cứu công nghệ RNAi (RNA interference) để kiểm soát
bệnh virus lúa và cà chua.
Mã số: KC.04.11/06-10
Thời gian thực hiện: 36 tháng từ 12/2007 đến /11/2010

Kinh phí: 2.985 triệu đồng
Chủ nhiệm Đề tài, Dự án: GS. TS. Đỗ Năng Vịnh.
Chức danh khoa học: Nghiên cứu viên chính
Chức vụ: Phó Viện trưởng Viện Di truyền Nông nghiệp
Điện thoại: 7544711 Nhà riêng: 7870542 Mobile: 0903466990
Fax: 7543196 E-mail:
Tên tổ chứ
c đang công tác: Viện Di truyền Nông nghiệp
Địa chỉ tổ chức: Đường Phạm Văn Đồng, Từ liêm, Hà nội
Địa chỉ nhà riêng: CT 1A, ĐN2, Chung cư Mỹ Đình, Từ liêm, Hà nội
Tổ chức chủ trì đề tài: Viện Di truyền nông nghiệp
Điện thoại: 7544712 Fax: 7543196
E-mail:
Địa chỉ: Viện Di truyền nông nghiệp, Từ Liêm, Hà Nội
Họ và tên thủ trưởng tổ chức: PGS.TS. Lê Huy Hàm
Số tài khoản: 301.01.035.1
Ngân hàng: Kho bạc T
ừ Liêm - Hà Nội

II. TÌNH HÌNH THỰC HIỆN
1. Thời gian thực hiện đề tài/dự án:
Theo Hợp đồng đã ký kết: từ tháng 12/2007 đến tháng 12/2010
Thực tế thực hiện: từ tháng 12/2007 đến tháng 12/2010

4
Được gia hạn (nếu có):
- Lần 1 từ tháng…. năm…. đến tháng…. năm….
- Lần 2 ….
2. Kinh phí và sử dụng kinh phí:
a) Tổng số kinh phí thực hiện: 2.985 triệu đồng, trong đó:

+ Kính phí hỗ trợ từ SNKH: 2.985 triệu đồng
+ Kinh phí từ các nguồn khác:
+ Tỷ lệ và kinh phí thu hồi đối với dự án (nếu có):
b) Tình hình cấp và sử dụng kinh phí từ nguồn SNKH:
Theo kế hoạch Thực tế đạt được
Số
TT
Thời gian
(Tháng, năm)
Kinh phí
(Tr.đ)
Thời gian
(Tháng, năm)
Kinh phí
(Tr.đ)
Ghi chú
(Số đề nghị
quyết toán)
1 1/2008 560.0
2 5/2008 550.0 7/2009 745.539 745.539
3 7/2009 900.0 3/2010 1305.948 1305.948
4 3/2010 759.0 8/2010 454.649 454.649
5 8/2010 216.0 11/2010 462.724 462.724
Tổng cộng 2985.0 2968.86 2968.86
Kinh phí đề tài được duyệt là: 3150.0 triÖu đồng.
Kinh phí sau điều chỉnh: 2985 triệu đồng, lý do: Viện Di truyền Nông nghiệp
đã đăng ký thực hiện nghiên cứu 4 loại virus: 3 virus RGSV, RTBV RRSV ở lúa và
virus TYLCV ở cà chua. Qua một năm nghiên cứu, chúng tôi đã xác định bằng thực
nghiệm 2 loại virus RGSV, RRSV lúa là phổ biến, trong khi chưa thấy mẫu bệnh do
virus Tungro gây ra. Do vậy, chúng tôi xin đề nghị thôi không nghiên các chuyên đề

về virus Tungro trong nội dung nghiên cứu của đề tài. Tổng phần kinh phí dự
trù
cho chuyên đề virus RTBV là 165,0 triệu xin chuyển trả nhà nước.
c) Kết quả sử dụng kinh phí theo các khoản chi:
Đối với đề tài:
Đơn vị tính: Triệu đồng
Theo kế hoạch Thực tế đạt được
Số
TT
Nội dung
các khoản chi
Tổng SNKH Nguồn
khác
Tổng SNKH Nguồn
khác
1 Trả công lao động
(khoa học, phổ
thông)
990.0 990.0 825.0 825.0

5
2 Nguyên, vật liệu,
năng lượng
1520.0 1520.0 1514.23 1514.23
3 Thiết bị, máy móc
50.0 50.0 50.0 50.0
4 Xây dựng, sửa
chữa nhỏ
120.0 120.0 120.0 120.0
5 Chi khác

470.0 470.0 459.63 459.63

Tổng cộng
- Lý do thay đổi (nếu có): Giảm chi trả công lao động do điều chỉnh giảm bớt 01 đối
tượng nghiên cứu (RTBV ở lúa); Giảm nguyên vật liệu do tiết kiệm khi đấu thầu;
Giảm chi khác do tiết kiệm chi đoàn vào.
3. Các văn bản hành chính trong quá trình thực hiện đề tài/dự án:
(Liệt kê các quyết định, văn bản của cơ quan quản lý từ công đoạn xác định nhiệm
vụ, xét chọn, phê duyệt kinh phí, h
ợp đồng, điều chỉnh (thời gian, nội dung, kinh phí
thực hiện nếu có); văn bản của tổ chức chủ trì đề tài, dự án (đơn, kiến nghị điều
chỉnh nếu có)

Số
TT
Số, thời gian ban
hành văn bản
Tên văn bản Ghi chú
1 Quyết định số
956/QĐ-BKHCN
Ngày 11 tháng 6
năm 2007.
Về việc phê duyệt danh mục đề tài
thuộc các chương trình khoa học và
công nghệ trọng điểm cấp nhà nước
giai đoạn 2006-2010 để tuyển chọn
thực hiện trong kế hoach năm 2007.

2 Quyết đinh số
2809/QĐ-BKHCN

Ngày 27 tháng 11
năm 2007
Phê duyệt kinh phí 04 đề tài, 03 dự
án sản xuất thử nghiệm ban đầu thực
hiện năm 2007 thuộc chương trình
KH & CN trọng điểm cấp nhà nước
giai đoạn 2006-2010 “Nghiên cứu,
phát triển và ứng dụng công nghệ
sinh học” Mã số KC04/06-10

Quyết đinh số
1769/QĐ-BKHCN
Ngày 28 tháng 8
năm 2007
Về việc phê duyệt các tổ chức, cá
nhân trúng tuyển chủ trì thực hiện
các đề tài năm 2007 (đợt II) thuộc
chương trình “Nghiên cứu, phát
triển và ứng dụng công nghệ Sinh
học” Mã số KC04/06-10

Quyết đinh số
437/QĐ-BKHCN
Ngày 30 tháng 3
năm 2009
V/v phê duyệt kế hoạch đấu thầu
mua sắm vật tư, hóa chất năm 2009
của đề tài KC.04.11 thuộc chương
trình “Nghiên cứu, phát triển và ứng
dụng công nghệ Sinh học” Mã số

KC04/06-10


6
Quyết đinh số
1111/QĐ-BKHCN
Ngày 13 tháng 6
năm 2008
V/v cử các đoàn đi công tác nước
ngoài

Quyết đinh số
482/QĐ-BKHCN
Ngày 1 tháng 4
năm 2009
V/v điều chỉnh thời gian đi công tác
nước ngoài của đề tài KC04/06-10
thuộc chương trình “Nghiên cứu,
phát triển và ứng dụng công nghệ
Sinh học” Mã số KC04/06-10

Quyết đinh số
126/QĐ-BKHCN
Ngày 1 tháng 4
năm 2009
V/v phê duyệt kế hoạch đấu thầu
mua sắm vật tư, hóa chất của đề tài
KC.04.11 thuộc chương trình
“Nghiên cứu, phát triển và ứng dụng
công nghệ Sinh học” Mã số

KC04/06-10

Quyết đinh số
1079/QĐ-BKHCN
Ngày 19 tháng 6
năm 2009
V/v điều chỉnh nội dung và kinh phí
của đề tài KC.04/06-10 thuộc
chương trình KH&CN trọng điểm
cấp nhà nước giai đoạn 2006-2010
“Nghiên cứu, phát triển và ứng dụng
công nghệ Sinh học” Mã số
KC04/06-10

Quyết đinh số
16/QĐ-BKHCN
Ngày 08 tháng 01
năm 2010
V/v điều chỉnh nội dung và địa điểm
đi công tác nước ngoài của đề tài
KC.04/06-10 thuộc chương trình
“Nghiên cứu, phát triển và ứng dụng
công nghệ Sinh học” Mã số
KC04/06-10

Quyết đinh số
162/QĐ-KHNN-
TCCB
Ngày 07 tháng 03
năm 2008

V/v cử cán bộ đi công tác, học tập ở
nước ngoài


4. Tổ chức phối hợp thực hiện đề tài, dự án:
Số
TT
Tên tổ chức
đăng ký theo
Thuyết minh
Tên tổ chức đã
tham gia thực
hiện
Nội dung
tham gia chủ
yếu
Sản phẩm
chủ yếu đạt
được
Ghi
chú*
1
2

- Lý do thay đổi (nếu có):


7
5. Cá nhân tham gia thực hiện đề tài, dự án:
(Người tham gia thực hiện đề tài thuộc tổ chức chủ trì và cơ quan phối hợp, không quá

10 người kể cả chủ nhiệm)
Số
TT
Tên cá nhân
đăng ký
theo Thuyết
minh
Tên cá
nhân đã
tham gia
thực hiện
Nội dung tham gia
chính
Sản phẩm
chủ yếu đạt
được
Ghi
chú*
1 Chủ nhiệm
đề tài
PGS.TS. Đỗ
NăngVịnh
Chủ nhiệm
đề tài
PGS.TS. Đỗ
NăngVịnh
Chỉ đạo quản lý các
hoạt động chung
của đề tài.
- Tổ chức, phối hợp

đào tạo, hợp tác
quốc tế, hội nghị,
hội thảo, tổng hợp
báo cáo.
- Chỉ đạo, kiểm tra,
đánh giá kết quả thu
thập và giám định
mẫu bệnh, thiết kế
vectors, chuyển
gen, biểu hiện gen
và chọn dòng
chuyển gen.

2 TS. Nguyễn
Thuý Hà
TS. Lê
Quỳnh Mai
- Phân lập và tách
dòng gen của một
trong các virus gây
bệnh vàng lùn và
lùn xuăn lá ở lúa
- Thiết kế các loại
vector tái tổ hợp
mang các RNAi gen
tạo hpRNA có gen
đích là gen của
virus lúa. Thiết kế
vector theo phương
pháp Gateway

2 TS. Nguyễn
Văn Đồng
TS. Nguyễn
Văn Khiêm
- Thiết kế các loại
vectors mang gen
virus và các vectors
mang gen RNAi với
gen đích là CP
gene.
- Đánh giá biểu hiện
của các gen RNAi


8
trong cây chuyển
gen.
3 TS. Phạm
Xuân Hội
ThS.
Nguyễn
Thành Đức
- Phân lập và tách
dòng gen của virus
TYLCV cà chua
- Thiết kế các loại
vectors mang gen
C1 (Rep) virus cà
chua và các vectors

mang gen RNAi có
gen đích là C1 ở cà
chua.
- Đánh giá biểu hiện
của các gen RNAi
trong cây cà chua
chuyển gen

4 TS. Võ Thị
Thương Lan
TS. Hà Viết
Cường
- Phân lập và tách
dòng, nhân dòng
RRSV, RGSV ở
lúa, thư viện cDNA
virus ở lúa

5 Lê Hùng ThS. Trần
Ngọc Thanh
- Phân lập RNA,
DNA của các chủng
virus thu thập.
- Thiết kế các loại
vector tái tổ hợp
mang các gen CP
virus cà chua và lúa
và các gen RNAi có
khả năng tạo
hpRNA cho bất

hoạt gen vỏ protein
ở lúa và cà chua

6 TS. Đoàn
Duy Thanh
ThS. Tạ
Kim Nhung
- Chuyển gen RNAi
vào các giống lúa
thông qua
Agrobacterium và
bắn gen
- Chọn dòng có tính
kháng virus.
- Đánh giá biểu hiện
của các gen RNAi
trong cây cà chua
chuyển gen


9
7 TS. Hà Thị
Thuý
TS. Hà Thị
Thuý
Thư ký đề tài
- Giúp Chủ nhiệm
đề tài trong công tác
quản lý và phối hợp
n/c của đề tài

- Phân lập RNA,
DNA của các chủng
virus thu thập.
- Thiết kế các loại
vector tái tổ hợp
mang các gen CP
virus cà chua và lúa
và các gen RNAi có
khả năng tạo
hpRNA cho bất
hoạt gen vỏ protein
ở lúa và cà chua

8 TS. Nguyễn
Văn Huấn
ThS. Đỗ Thị
Thu Hương
- Phân lập và tách
dòng gen của virus
TYLCV cà chua
- Thiết kế các loại
vectors mang gen
C1 (Rep) virus cà
chua và các vectors
mang gen RNAi có
gen đích là C1 ở cà
chua.

9 TS. Phạm
Thị Vượng

TS. Phạm
Thị Vượng
Thu thập mẫu lúa
và cà chua nhiễm
bệnh virus
- Đánh giá các dòng
chuyển gen lúa và
cà chua trong nhà
lưới
- Chọn dòng có tính
kháng virus qua gây
nhiễm nhân tạo.

- Lý do thay đổi ( nếu có):
Các cá nhân tham gia là TS Võ Thị Thương Lan và TS Lê Hùng thuộc khoa
sinh học ĐHKHTN. Sau khi đề tài được phê duyệt, chúng tôi đã chuyển thuyết
minh đề tài và các văn bản kèm theo đến TS Võ Thị Thương Lan và TS Lê Hùng
đề nghị xác nhận nội dung tham gia nghiên cứu cụ thể để tiến tới ký kết hợp đồng

10
chính thức. Sau khi nghiên cứu tài liệu cả 2 tiến sỹ đều từ chối, thôi không tham gia
đề tài nữa. Theo chúng tôi được biết, TS Hùng đã chuyển đi cơ quan khác, không
còn làm việc tại ĐHKHTN nữa.
Thay vào đó, chúng tôi đã thảo luận và mời TS Hà Viết Cường, chuyên gia
virus , Giám đốc Trung tâm bệnh cây nhiệt đới thuộc Đại học Nông nghiệp I, cộng
tác.
6. Tình hình hợp tác quốc tế:

HỢP TÁC QUỐC TẾ CỦA ĐỀ TÀI
(Quá trình hợp tác qu

ốc tế (nếu có): tên đối tác nước ngoài; nội dung đã hợp tác;
hình thức thực hiện; kết quả hợp tác, tác động của việc hợp tác đối với kết quả của
đề tài).

Dr. Sunil K. Mukherjee thăm và làm việc tại Viện DTNN
STT Đối tác Các nội dung hợp tác Thời gian thực
hiện

ĐOÀN VÀO

1
IRRI, TS. Philippe
HERVE, Trưởng PTN
Công nghệ SH lúa, Bộ
môn Di truyền và
CNSH lúa, chuyên gia
về RNAi
Nội dung làm việc: Hướng dẫn
kỹ thuật, giảng bài, thảo luận
hợp tác về RNAi ứng dụng ở
lúa.
- Thảo luận về kỹ thuật phân
lập gen virus lúa và thiết kế
vector RNAi
- Làm việc với PTN về kỹ
thuật thiết kế amiRNA
- Bài giảng tại hội trường
(chiều): Tổng quan về công
nghệ sinh học lúa, cuộc Cách
mạng xanh mới và vai trò của

công nghệ RNAi.
- Một số thành tựu mới về
RNAi ở lúa và xây dựng kế
hoạch hợp tác: Highly
Specific Gene Silencing by
Artificial microRNA in Rice
Toward a second Green
Thời gian làm
việc từ 25
tháng 11 đến 1
tháng 12- 2007.


11
Revolution?


Hợp tác với ICGEB
(thuộc Trung tâm kỹ
thuật gen và CNSH
quốc tế), nhóm nghiên
cứu của TS. Sunil
Mukherjee
Chuyên gia về CNSH
virus thực vật và công
nghệ RNAi
- Đào tạo cán bộ cho Việt
Nam về các phương pháp phân
lập và giải trình tự gen virus
ToLCV

- Giải trình tự hệ gen (Genom
DNA-A) của virus cà chua có
độ dài lớn (khoảng từ 2700 –
2800 cặp nucleotide, gồm 6
gen khác nhau)
- Tổng hợp nhân tạo gen có độ
dài 500 nucleotide
( Viện Di truyền nông nghiệp
và các viện trong nước ch
ưa
đủ điều kiện giải trình tự và
tổng hợp đoạn gen dài như
vậy.

2
TS. Sunil Mukherjee
Chuyên gia về CNSH
virus thực vật và công
nghệ RNAi thuộc Trung
tâm kỹ thuật gen và
CNSH quốc tế

1/ Giảng bài (3 bài):
1. Overview of RNAi (
Tổng quan về công
nghệ RNAi )
2. Detection and
Mechanism of Viral
Suppressors of RNAi
( Phát hiện và n/c cơ

chế kìm hãm RNAi
thực vật của virus)
3. RNAi -
Antipathogenic
functions ( RNAi –
Chức năng kiểm soát
các tác nhân gây
bệnh)
2/ Thảo luận các vấn đề kỹ
thuật, hướng dẫn phân lập
virus gây bệnh xoăn lá cà chua
và kỹ
thuật RNAi
3/ Thăm đồng ruộng, thu thập
mẫu bệnh
Thời gian làm
việc: từ ngày
19 tháng 2 đến
2 tháng 3 năm
…


GS.TS. Pascal Gantet,
Đại học Montpellier và
nhóm n/c lúa ở IRD
2/6 đến
5/6/2009
GS.TS. Pascal Gantet, Đào tạo và Hội thảo “Công 3 tuần, tháng 6

12

Đại học Montpellier và
nhóm n/c lúa ở IRD
nghệ RNAi – Nguyên lý và
ứng dụng” sẽ được tổ chức
trong thời gian GS ở Việt
Nam.

và tháng 7,
2010

Đoàn ra

GS.TS. Đỗ Năng Vịnh,
Chủ nhiệm đề tài.
Nơi đến: Viện lúa quốc
tế IRRI, Phillippine


Nội dung và kết quả:
- Đã thăm quan PTN, tập đoàn
quỹ gen, đồng ruộng, nhà lưới
nhà kính, học hỏi các thành
tựu về di truyền chọn tạo
giống lúa, nguồn gen kháng
bệnh virus có liên quan đến đề
tài.
- Đã gặp gỡ và thảo luận với
các chuyên gia có liên quan:
TS. Darshan S. Brar, Trưởng
khoa di truy

ền và CNSH của
IRRI;
TS. Phillippe Herve, Trưởng
PTN CNSH lúa;
TS. Tô Phúc Tường, P Tổng
Giám đốc IRRI;
TS. Hey Leung;về phương
pháp nghiên cứu và khả năng
hợp tác
- Đã dự thảo hợp tác nghiên
cứu và đào tạo ngắn hạn cho
PTN về RNAi và virus lúa
- Đã thu thập nhiều tài liệu và
thảo luận hợp tác với các
chuyên gia đầu ngành của
IRRI về lúa và bệnh virus lúa
như .
Tuy vậy, nội dung hợp tác với
IRRI sau đó gặp khó khă
n v́ì
chuyên gia chính về công nghệ
RNAi của IRRI là TS
Phillippe Herve, Trưởng PTN
CNSH lúa đă rời IRRI sang
Mỹ (làm việc cho Sygenta)
4 ngày, từ 10
tháng 3 đến 13
tháng 3 năm
2008.

- Ths Nguyễn Thành
Đức
Thực tập về chuyển gen và
phân tích cây chuyển gen ở
Thời gian 2
tháng/ người

13
- Ths Tạ Kim Nhung,
cán bộ phòng Thí
nghiệm trọng điểm -
Viện Di truyền Nông
nghiệp
lúa, phân tích cây trồng chuyển
gen biểu hiện các phân tử
RNA nhỏ (miRNA) yêu cầu
các kỹ thuật và trang thiết bị
hiện đại ta chưa có.
(60 ngày),
15/5/2010 đến
15/7/2010.
HỘI THẢO QUỐC
TẾ
NỘI DUNG THỜI GIAN

Tên Hội thảo:
Công nghệ RNAi –
Nguyên lý và Ứng
dụng;

Địa điểm: Phòng Hợp
tác quốc tế, tầng 2, nhà
01, Viện Di truyền
Nông nghiệp


Pascal Gantet:
- Công nghệ RNAi – Nguyên lý
và Ứng dụng ( RNAi
Technology-Principles and
Application).
Nguyễn Thành Đức:
- Nghiên cứu phân lập, giải
trình gen virus gây bệnh vàng
lùn, lùn xoăn lá lúa (RGSV và
RRSV) và công nghệ RNAi
ứng dụng tạo giống kháng
bệnh ( Study on isolation and
sequencing of rice virus
(RGSV, RRSV) genes and
application of RNAi for virus
resistance breeding).
Đỗ Năng Vịnh:
Công nghệ RNAi - Định hướng
nghiên cứu và phát tri
ển
(RNAi Technology – Proposal
for Research and
Delelopment)
Trần Ngọc Thanh:

- Nghiên cứu phân lập, giải
trình DNA-A genom của virus
gây bệnh xoăn lá cà chua
(ToLCV) và công nghệ RNAi
ứng dụng tạo giống cà chua
kháng bệnh virus (Study on
isolation and sequencing of
DNA-A genome of Tomato
Leave Curl Virus (ToLCV)
and application of RNAi for
Ngày 05 tháng
7 năm 2010


14
virus resistance breeding).
Thảo luận

Hướng hợp tác nghiên cứu và
ứng dụng công nghệ RNAi ở
Viện Di truyền Nông nghiệp



Số
TT
Theo kế hoạch
(Nội dung, thời gian, kinh phí,
địa điểm, tên tổ chức hợp tác,
số đoàn, số lượng người tham

gia )
Thực tế đạt được
(Nội dung, thời gian, kinh phí,
địa điểm, tên tổ chức hợp tác,
số đoàn, số lượng người tham
gia )
Ghi
chú*
I Đoàn vào
1 Đoàn vào 4 người x 1 lần x 15
ngày, Kinh phí: 50.000.000 đ
(Năm mươi triệu đồng chẵn)

Đoàn khách Philippine: 1
người, 7 ngày, từ ngày
25/11/2007 đến 1/12/2007,
Kinh phí: 4.025.600 đ (Bốn
triệu không trăm hai mươi lăm
nghìn sáu trăm đồng)

2 Đoàn khách Ấn Độ: 1 người
(Ấn Độ), 14 ngày, từ ngày
18/2/2008 đến 2/3/2008, Kinh
phí: 7.315.800 đ (Bảy triệu ba
trăm mươi lăm nghìn tám trăm
đồng)

3 Đoàn khách Pháp: 1 người
(Pháp), 19 ngày, từ ngày
24/06/2010 đến 12/07/2010,

Kinh phí: 20.000.000 đ (Hai
mươi triệu đồng chẵn)


II Đoàn ra


1 Đoàn đi IRRI (Philipin) 1
người x 4 ngày
Kinh phí: 20.300.000 đ(Hai
mươi triệu ba trăm nghìn đồng
chẵn)
Đi Philipine : 01 người đi công
tác tại Philippin.
Số ngày công tác: 4 ngày, từ
ngày 10/3/2008 đến 13/3/2008,
Kinh phí: 15.785.100đ (Mười
lăm triệu bảy trăm tám mươi
lăm nghìn một trăm đồng)

2 Đi IRRI (Philipine) 2 người 3
tháng: Đào tạo thiết kế vector
RNAi xác định các hpRNAi và
Đi Pháp: Cử đoàn 02 người đi
công tác tại Trường Đại học
Montpellier 2 - Pháp.


15
siRNAi ở lúa, chuyển gen

RNAi
Kinh phí: 69.700.000 đ (Sáu
mươi chín triệu bảy trăm nghìn
đồng chẵn)
Số ngày công tác: 30 ngày, từ
ngày 20/5/2010 đến 20/6/2010
Kinh phí: 184.214.900đ (Một
trăm tám mươi tư triệu hai trăm
mười bốn nghìn chín trăm
đồng)

3 Đi ICGEB - ấn Độ (1 người x 1
tháng): Thiết kế RNAi vector
cà chua
Kinh phí: 110.000.000 đ (Một
trăm mười triệu đồng chẵn)


- Lý do thay đổi (nếu có): Đề tài KC04.11/06-10 không thực hiện đi thực tập
tại Philipin và Ấn Độ vì Viện nghiên cứu lúa Quốc tế IRRI (Phillipin) không bố trí
được chuyên gia đào tạo về công nghệ RNAi và chúng tôi đã xin được 01 xuất đào
tạo thực tập sinh tại Trung tâm ICGEB bằng nguồn kinh phí hỗ trợ khác. Bộ KH-
CN đã cho phép điều chỉnh kế hoạch hợp tác quốc tế của đề tài sang đi Pháp, nơi có
nhóm chuyên gia sâu về
công nghệ RNAi ở lúa.

7. Tình hình tổ chức hội thảo, hội nghị:
Số
TT
Theo kế hoạch

(Nội dung, thời gian, kinh phí,
địa điểm )
Thực tế đạt được
(Nội dung, thời gian,
kinh phí, địa điểm )
Ghi chú*
1
Hội thảo: Công nghệ RNAi –
Nguyên lý và ứng dụng.
Thời gian từ 8 giờ 30’ đến 16
giờ 30, ngày 05/7/2010.
Địa điểm: Tại Phòng HTQT -
Viện Di truyền Nông nghi
Kinh phí: 30.000.000 đ (Ba
mươi triệu đồng chẵn)
Hội thảo: Công nghệ
RNAi – Nguyên lý và ứng
dụng.
Thời gian từ 8 giờ 30’ đến
16 giờ 30, ngày
05/7/2010.
Địa điểm: Tại Phòng
HTQT - Viện Di truyền
Nông nghi
Kinh phí: 30.000.000 đ
(Ba mươi triệu đồng
ch
ẵn)

8. Tóm tắt các nội dung, công việc chủ yếu:
(Nêu tại mục 15 của thuyết minh, không bao gồm: Hội thảo khoa học, điều tra khảo
sát trong nước và nước ngoài)
a/ Nội dung đã được duyệt ban đầu


16
Thời gian
thực hiện
Các nội dung, công việc chủ yếu cần
được thực hiện
(các mốc đánh giá chủ yếu)
Bắt
đầu
Kết
thúc
Cá nhân,
tổ chức
thực hiện
1 2 4 5
1 Nghiên cứu phân lập các chủng virus gây
bệnh vàng lùn, lùn xoăn lá lúa và xoăn lá
cà chua ở Việt Nam
2007

2008 - VBVTV
- VDTNN
1.1
Thu thập mẫu bệnh xoăn lá cà chua và các
mẫu bệnh vàng lùn, lùn xoăn lá lúa từ các

vùng bệnh.

2007


2008
- VBVTV
- VDTNN
1.2
Xác định các mẫu nhiễm bệnh
virusTYLCV cà chua và nhiễm virus ở lúa
(RGSV, RRSV).

2007


2008
-Viện DTNN
2 Giải mã được trình tự của các gen đặc thù
gây bệnh vàng lùn, lùn xoăn lá lúa và xoăn
lá cà chua.
2007 2009
2.1
Nghiên cứu phân lập DNA của virus
RTBV ở lúa
Viện DTNN
2.2.
Nghiên cứu phân lập DNA-A ở virus gây
bệnh TYLCV cà chua .
2007

2008 - Viện
DTNN, (TS.
Hà)
2.3
Xây dựng thư viện cDNA từ một số phân
đoạn gen của các chủng virus gây bệnh lúa
có genom là RNA
2007

2008 Viện DTNN
(TS. Hà)
2.4
Xác định trình tự các phân đoạn DNA/ c-
DNA của từng chủng nghiên cứu và so
sánh genom với các chủng tương tự trên
thế giới
2007

2008 Viện DTNN
(TS. Hà
2.5
Xác định trình tự và phân lập một số gen
quan trọng ở các virus nghiên cứu.
2007

2008 - Viện DTNN
(TS.Hội,
TS. Hà).
2.6

Thiết kế các cặp mồi đặc hiệu cho các gen
quan trọng của các virus nghiên cứu
2008 2008 - Viện DTNN
(TS. Hội, TS
Hà)
3. Nghiên cứu thiết kế vectors mang gen
virus và các vectors mang gen RNAi biểu
hiện làm gây bất hoạt gen gây bệnh vàng
2008 2009

17
lùn, lùn xoăn lá lúa và xoăn lá cà chua
3.1
ứng dụng các chương trình phần mềm khác
nhau nhằm thiết kế trình tự gen mã hoá
cho RNA dạng kẹp tóc (hpRNA)
2008 2008 - VDTNN
(TS. Hà,
TS.Hội,)
- ĐHKHTN
(TS. Lan,
TS. Hùng)
3.2
Xác định các intron, thiết kế các cặp mồi
đặc hiệu để tái bản đoạn intron và lựa chọn
được intron có độ dài tối ưu cho cấu trúc
dsRNA.
2008 2009 - VDTNN
(TS Hà)
- ĐHKHTN

(TS.Lan,
TS. Hựng)
3.3
Nghiên cứu thiết kế các vector mang gen
virus và vector mang RNAi với gen đích là
CP gen hoặc C1 gen (Rep) ở virus TYLCV
cà chua .
2008 2009 - VDTNN
(TS. Hà)
- ĐHKHTN
(TS.Lan,
TS. Hựng)
3.4
Nghiên cứu thiết kế các vector mang gen
virus và mang gen RNAi cho các gen đích
khác nhau ở virus lúa (gen vỏ CP của các
virus khác nhau ở lúa và một vài gen khác)
2008 2009 - VDTNN
(TS. Đồng
TS. Hội,
TS Huấn)
4 Chuyển nạp vector mang gen thiết kế vào
lúa, cà chua và đánh giá khả năng kháng
bệnh của cây chuyển gen
2007 2010
4.1
Nghiên cứu xây dựng hệ thống tái sinh in
vitro ở lúa và cà chua thích hợp cho việc
chuyển gen
2007 2009 VDTNN

(TS. Thuý,
TS Huấn,
TS. Thanh)
4.2
Nghiên cứu xây dựng quy trình chuyển
gen RNAi vào lúa và cà chua
2009

2010 VDTNN
(TS.Thuý,
TS. Thanh,
TS Huấn,
TS. Đồng)
5 Nghiên cứu đánh giá mức độ kháng của
cây chuyển gen đối với virus gây bệnh ở
lúa và cà chua.
2009

2010
5.1
Chọn lọc cây chuyển gen 2009

2010 - VDTNN
(TS. Huấn)
- VBVTV
(TS.Vượng)

18
5.2
Đánh giá biểu hiện gen ở cây chuyển gen. 2009

2010 - VDTNN
( TS. Thanh,
TS Huấn,
TS. Đồng)
- ĐHKHTN
(TS. Lan,
TS. Hựng)
- VBVTV
(TS.Vượng)
7 Viết báo cáo tổng kết đề tài - VDTNN
- ĐHKHTN
- VBVTV

Xin điều chỉnh:
- Bỏ hạng mục 2.1: “Nghiên cứu phân lập DNA của virus RTBV ở lúa” (trang
32, thuyết minh đề tài) và các nội dung, chuyên đề có liên quan đến virus gây
bệnh Tungro (RTBV, RTSV) vì không tìm thấy virus và bệnh nay ở các vùng
lúa.
b/ Nội dung nghiên cứu sau điều chỉnh theo bảng dưới đây:

Thời gian thực
hiện
Các nội dung, công việc
chủ yếu cần được thực hiện;
các mốc đánh giá chủ yếu
Bắt
đầu
Kết
thúc

Cá nhân,
tổ chức
thực hiện
1 2 4 5
1 Nghiên cứu phân lập các chủng virus gây
bệnh vàng lùn, lùn xoăn lá lúa và xoăn lá cà
chua ở Việt Nam
2007

2008 - VBVTV
- VDTNN
1.1
Thu thập mẫu bệnh xoăn lá cà chua và các
mẫu bệnh vàng lùn, lùn xoăn lá lúa từ các
vùng bệnh

2007


2008
- VBVTV
- VDTNN
1.2
Xác định các mẫu nhiễm bệnh virusTYLCV
cà chua và nhiễm virus ở lúa (RGSV,
RRSV)

2007

2008
-Viện
DTNN
2 Giải mã được trình tự của các gen đặc thù
gây bệnh vàng lùn, lùn xoăn lá lúa và xoăn
lá cà chua
2007 2009
2.1.
Nghiên cứu phân lập DNA-A ở virus gây
bệnh TYLCV cà chua
- Viện
DTNN

19
2.2
Nhân dòng cDNA của một vài phân đoạn
gen của các chủng virus gây bệnh lúa có
genom là RNA
2007

2008
2.3
Xác định trình tự các phân đoạn DNA/ c-
DNA của từng chủng nghiên cứu và so sánh
genom với các chủng tương tự trên thế giới

2008

2009 Viện
DTNN

2.4
Xác định trình tự và phân lập một số gen
quan trọng ở các virus nghiên cứu

2007

2008 - Viện
DTNN
2.5
Thiết kế các cặp mồi đặc hiệu cho các gen
quan trọng của các virus nghiên cứu
2007

2008 - Viện
DTNN
3. Nghiên cứu thiết kế vectors mang gen virus
và các vectors mang gen RNAi biểu hiện
làm gây bất hoạt gen gây bệnh vàng lùn, lùn
xoăn lá lúa và xoăn lá cà chua
2008 2008
3.1
ứng dụng các chương trình phần mềm khác
nhau nhằm thiết kế trình tự gen mã hoá cho
RNA dạng kẹp tóc (hpRNA)
2008 2009 - VDTNN
- Trung
tâm bệnh
cõy nhiệt
đới ĐHNN
I

3.2
Xác định các intron, thiết kế các cặp mồi
đặc hiệu để tái bản đoạn intron và lựa chọn
được intron có độ dài tối ưu cho cấu trúc
dsRNA.
2008 2008 - VDTNN

3.3
Nghiên cứu thiết kế các vector mang gen
virus và vector mang RNAi với gen đích là
CP gen hoặc C1 gen (Rep) ở virus TYLCV
cà chua.
2008 2009 - VDTNN

3.4
Nghiên cứu thiết kế các vector mang gen
virus và mang gen RNAi cho các gen đích
khác nhau ở virus lúa (gen vỏ CP của các
virus khác nhau ở lúa và một vài gen khác)
2008 2009 - VDTNN

4 Chuyển nạp vector mang gen thiết kế vào
lúa, cà chua và đánh giá khả năng kháng
bệnh của cây chuyển gen
2008 2009
4.1
Nghiên cứu xây dựng hệ thống tái sinh in
vitro ở lúa và cà chua thích hợp cho việc
chuyển gen
2007 2010 VDTNN

4.2
Nghiên cứu xây dựng quy trình chuyển gen 2007 2009 VDTNN

20
RNAi vào lúa và cà chua
5 Nghiên cứu đánh giá mức độ kháng của cây
chuyển gen đối với virus gây bệnh ở lúa và
cà chua.
2009

2010
5.1
Chọn lọc cây chuyển gen 2009

2010 - VDTNN
- VBVTV
5.2
Đánh giá biểu hiện gen ở cây chuyển gen. 2009 2010 - VDTNN
- VBVTV
7 Viết báo cáo tổng kết đề tài 2010 - VDTNN




III. SẢN PHẨM KH&CN CỦA ĐỀ TÀI, DỰ ÁN
1. Sản phẩm KH&CN đã tạo ra:
a) Sản phẩm Dạng I:

Số

TT
Tên sản phẩm
và chỉ tiêu chất
lượng chủ yếu

Đơn vị
đo
Số
lượng
Theo
kế
hoạch
Thực tế
đạt được

Ghi
chú
1 3 4 5
1
Chủng virus gây
bệnh vàng lùn,
lùn xoăn lá lúa
và xoăn lá cà
chua.
chủng 4-5
- Xác định được 14 chủng
virus có trình tự gen khác
biệt ở lúa và đã đăng ký các
trình tự khác biệt ở NCBI
- Xác định được 8 chủng

virus ToLCV gây xoăn lá cà
chua có trình tự genom
DNA-A khác biệt và đã
đăng ký các trình tự ở NCBI

2 Trình tự của
phân đoạn
DNA- A của các
chủng cà chua,
các gen. CP
(Coat protein)
hoặc gen Rep
(Replication).
trình tự
phân
đoạn
DNA-A.
4-5 14 trình tự gen của phân
đoạn DNA-A genom của
ToLCV, mỗi trình tự gồm 6
gen khác nhau của virus

3 Trình tự DNA,
cDNA virus gây
bệnh vàng lùn và
Trình tự
gen của
virus
Trình
tự của

1-2 gen
14 trình tự gen khác nhau
của 2 loại virus (RGSV và
RRSV), mỗi loại 3 gen khác


21
Số
TT
Tên sản phẩm
và chỉ tiêu chất
lượng chủ yếu

Đơn vị
đo
Số
lượng
Theo
kế
hoạch
Thực tế
đạt được

Ghi
chú
lùn xoăn lá. lúa. của 1-2
virus
lúa.
nhau. Lưu giữ cDNA của 6
gen virus đã giải trình tự.

Đăng ký 14 trình tự gen
virus lúa ở NCBI
4 Vector RNAi
biểu hiện làm
bất bất hoạt gen
1-2 gen gây
bệnh vàng lùn,
lùn xoắn lá lúa
và xoắn vàng lá
cà chua.
vector
mang
gen
RNAi
3-4
vector
mang
gen
RNAi
6 vector RNAi có cấu trúc
khác nhau với gen đích là
các gen virus

5 Dòng lúa, cà
chua mang gen
kháng virus
dòng 1- 2
dòng.
Đã nhận được cây lúa và cà
chua chuyển gen gồm các

dòng mang các gen khác
nhau:
1) Dòng VR1: dòng các cây
lúa chuyển gen mang đoạn
trình tự bảo thủ 21 nt
(amiRNA) của Coat protein
pc5 gene của virus RGSV,
49 cây T0 biểu hiện tính
kháng bệnh sau lây nhiễm
nhân tạo.
2) Dòng VR2: dòng các cây
lúa chuyển gen mang đoạn
trình tự 500 nt của Coat
protein pc5 gene của virus
RGSV, 29 cây T0 biểu hiện
tính kháng bệnh sau lây
nhiễm nhân tạo.
3) Dòng các cây lúa chuyển
gen mang đoạn trình tự 500
nt của Spike protein gene
của virus RRSV, 150 cây
thu được từ chuy
ển gen,
trong đó có 45 cây T0 đã
xác định mang gen theo


22
Số
TT

Tên sản phẩm
và chỉ tiêu chất
lượng chủ yếu

Đơn vị
đo
Số
lượng
Theo
kế
hoạch
Thực tế
đạt được

Ghi
chú
kiểm tra bằng PCR.
4) Dòng các cây lúa chuyển
gen mang đoạn trình tự bảo
thủ 21 nt (amiRNA) của
spike protein gene của virus
RRSV, 156 cây thu được từ
chuyển gen, trong đó 43 cây
T0 đã xác định mang gen
theo kiểm tra bằng PCR.
5) Các dòng cà chua mang
các trình tự bảo thủ của 6
gen khác nhau của ToLCV
virus cà chua, trong đó tổng
số 76 cây T0 đã được xác

định mang gen bằng PCR.


b) Sản phẩm Dạng II

Tên sản phẩm

Yêu cầu khoa học cần đạt

Theo kế
hoạch
Thực tế đạt được
Ghi chú

6 Phương pháp xác định chủng
virus bằng PCR đối với các
virus nghiên cứu
1 - Đã xây dựng các phương
pháp PCR, RT-PCR và
giải trình tự gen để xác
định chủng virus

7 Phương pháp phân lập DNA,
RNA virus cà chua, lúa và
lập thư viện cDNA của virus
gây bệnh lúa n/c.
2 3 phương pháp phân lập
DNA, RNA virus cà chua
và lúa (Rolling Circle
Amplification – RCA;

PCR, RT-PCR) và các
phương pháp lập thư viện
cDNA của chủng virus lúa

8 Phương pháp thiết kế vector
mang gen RNAi
1
4 Phương pháp thiết kế
các loại vector khác nhau
mang gen RNAi
1) Phương pháp thiết kế


23
Vector tasiRNA
2) Phương pháp thiết kế
hp RNAi
3) Phương pháp thiết kế
pANDA vector
4) Phương pháp thiết kế
amiRNA
9 Quy trình chuyển gen RNAi
thông qua Agrobacterium
cho cà chua
1 Thu được số lượng lớn cây
chuyển gen


10 Quy trình chuyển gen RNAi
thông qua Agrobacterium

cho lúa
1 Thu được số lượng lớn cây
chuyển gen


11 Quy trình chọn lọc cây
chuyển gen
1 Đã tiến hành chọn lọc cây
chuyển gen ở mức độ
phân tử và đánh giá cây
chuyển gen kháng bệnh
virus lúa thông qua thử
với vector truyền bệnh
RRSV và RGSV.
Cây cà chua chuyển gen
chưa đưa ra ngoài do thời
tiết còn quá nóng.

12 Sơ đồ thiết kế cấu trúc
dsRNA và các vector tái tổ
hợp
1 6 sơ đồ (2 sơ đồ thiết kế
vector RNAi cho virus cà
chua:tasiRNA và hnRNA
và 2 loại thiết kế vector
cho virus lúa: amiRNA và
pANDA vector:
1) Vector pBI121 mang
đoạn trình tự tasiRNA,
được biến nạp vào chủng

Agrobacterium
(LBA4404). TasiRNA
Vector mang đoạn trình tự
ToLCV resistance
(ToLCVr) với tổng kích
thước là 503 Nucleotide,
trong đó bao gồm các
đoạn trình tự bảo thủ của
các gen khác nhau của
virus AV1, AV2, AC1,
AC2, AC3,AC4, đoạn
trình tự enzyme gi
ới hạn


24
của BamHI và SacI, đoạn
trình tự bám của miR390
vào 2 đầu.
2) Hairpin Vector
pART27 mang 2 đoạn
trình tự ToLCVr ngược
chiều, cũng được biến nạp
vào chủng Agrobacterium
(LBA4404) để chuyển gen
tạo cây cà chua kháng
bệnh virus ToLCV Việt
nam.
3) Vector pANDA mang
đoạn trình tự 500 nt của

spike protein gene nằm
trên S9 của virus RRSV.
4) Vector pANDA mang
đoạn trình tự 500 nt của
Coat protein pc5 genenằm
trên S5 của virus RGSV.
5) Vector pC2300 mang
đoạn trình tự bảo thủ 21 nt
của spike protein gene củ
a
virus RRSV và đồng thời
không trùng lặp với trình
tự gen của lúa
6) Vector pC2300 mang
đoạn trình tự bảo thủ 21 nt
của Coat protein pc5 gene
của virus RGSV và đồng
thời không trùng lặp với
trình tự gen của lúa
13 Sơ đồ quan hệ di truyền giữa
các chủng virus phân lập ở
nước ta và các chủng quốc tế
1 Đã xây dựng cây quan hệ
di truyền của các chủng
virus lúa và virus cà chua
với các chủng quốc tế và
trong nước

14 Báo cáo phân tích các kết
quả nghiên cứu của đề tài

1 Nhiều báo cao, Đang tiến
hành lập báo cáo tổng thể.

15 Bài báo khoa học 2-3 Đã gửi đăng 4 bài và sẽ
tiếp tục gửi đăng 2-3 bài
thời gian tới. Cụ thể:


25
1) “Công nghệ can thiệp
RNA (RNAi) gây bất hoạt
gen và tiềm năng ứng
dụng to lớn” Tạp chí
CNSH, Số 5(3), 265 –
275, 2007.
2) “Nghiên cứu phân lập
và giải trình tự hệ gien
DNA-A của virus gây
bệnh xoăn lá cà chua ở
miền Bắc Việt Nam” Tạp
chí Nông nghiệp và
PTNT, số 15/2010, 14-20
3) “Rice virus research
(RGSV and RRSV) and
developing RNAi
approaches for virus
disease control in
Vietnam”. The 3nd
International Rice
Congress (IRC2010),

November 8-12
th
, 2010 in
Hanoi-Vietnam. Sequence
no. 4501.
4) “Nghiên cứu phân lập,
giải trình tự một số gen
của virus gây bệnh Lùn
Lúa Cỏ (RGSV) và Virus
gây bệnh Lùn Xoắn Lá
Lúa (RRSV) từ mẫu lúa
nhiễm bệnh tại Việt Nam”,
Tạp chí NN và PTNT, đã
nhận in.

Đang viết 2 bài mới:
- Nghiên cứu thiết kế
vector RNAi và chuyển
gen vào lúa thông qua
Agrobacterium.
- Nghiên cứu thiết kế
vector RNAi và chuyển
gen vào cà chua thông qua
Agrobacterium
16 Tài liệu tổng quan về RNAi 1-2 3 tài liệu tổng quan về