LỊCH TRÌNH VÀ PHƯƠNG PHÁP GIẢNG DẠY

Khoa/Viện/TT: Công nghệ sinh học và môi trường
Bộ môn: Công nghệ sinh học
LỊCH TRÌNH VÀ PHƯƠNG PHÁP GIẢNG DẠY
Họ và tên CBGD: Lê Phương Chung Chức danh, học vị: Giảng viên
Email: om ĐTDĐ: 0983 098527
Học phần: Tin sinh học Mã HP: …………………Số TC: 3
• Lớp 1: 52 CNSH Phòng học: G5.204
Từ ngày: 05/11/2012 đến ngày: 13/01/2013
Thời khóa biểu: Thứ 2: tiết 1,2 ;Thứ 3: tiết 3,4
Chủ đề 1: Cơ sở tin sinh học
Số tiết: 3 tiết (Từ ngày: 05/11/2012 đến ngày: 06/11/2012)
Hình thức
day- học
Nội dung
Phương pháp
giảng dạy
Yêu cầu người
học chuẩn bị
Ghi chú
Lý thuyết
(gồm cả giờ
bài tập, thảo
luận)
1. Cơ sở toán học
trong việc mô hình
hóa các thông tin
sinh học
2. Nguyên lý kỹ
thuật số hóa các
thông tin sinh học.
3. Vai trò và ứng

dụng của tin sinh
học trong nghiên
cứu và thực tiễn
Diễn giảng -Một số thuật
toán ứng dụng
trong tin học
-Vai trò và ứng
dụng của tin sinh
học trong nghiên
cứu và thực tiễn
Thực hành
(nếu có):
Kỹ thuật số hóa các
thông tin sinh học
TH cá nhân -Nguyên tắc ký
hiệu trong chuỗi
DNA, protein…
-Chọn lọc và hiệu
chỉnh thông tin
sinh học bằng
phần mềm thông
dụng.
-Địa điểm TH:
phòng
G5.204
-Ngày TH dự
kiến:
6/11/2012
Tự nghiên
cứu (ngoài

giờ lên lớp)
1.Một số thuật toán
ứng dụng trong tin
học
2. Vai trò của tin
học trong các lĩnh
vực khoa học và
1
đời sống
Chủ đề 2: Cơ sở dữ liệu tin sinh học
Số tiết: 5 tiết (Từ ngày: 06/11/2012 đến ngày: 13/11/2012)
Hình thức
day- học
Nội dung
Phương pháp
giảng dạy
Yêu cầu người
học chuẩn bị
Ghi chú
Lý thuyết
(gồm cả giờ
bài tập, thảo
luận)
1. Khái niệm và
đặc điểm của cơ sở
dữ liệu tin sinh học
2. Cấu trúc, đặc
điểm một số cơ sở
dữ liệu tin sinh học
trên thế giới:

NCBI, EMBL,
DDBJ
3. Khai thác thông
tin, dữ liệu tin sinh
học trên các cơ sở
dữ liệu: NCBI,
EMBL, DDBJ
Diễn giảng Truy cập vào các
cơ sở dữ liệu trên
thế giới như
NCBI, EMBL và
DDBJ để tìm
hiểu cấu trúc,
thành phần và
thông tin trên các
cơ sở dữ liệu đó
Thực hành
(nếu có):
(Những nội dung
thuộc Chương/Chủ
đề tương ứng)
TH cá nhân -Phương pháp tải
về thông tin sinh
học từ cơ sở dữ
liệu
-So sách các
thông tin từ các
cơ sở dữ liệu
khác nhau
-Địa điểm TH:

phòng
G5.204
-Ngày TH dự
kiến:
13/11/2012
Tự nghiên
cứu (ngoài
giờ lên lớp)
-Truy cập vào các
cơ sở dữ liệu trên
thế giới như NCBI,
EMBL và DDBJ để
tìm hiểu cấu trúc,
thành phần và
thông tin trên các
cơ sở dữ liệu đó
-So sánh các thông
tin từ các cơ sỡ dữ
liệu khác nhau
Chủ đề 3: Tìm kiếm và truy xuất dữ liệu tin sinh học
2
Số tiết: 8 tiết (Từ ngày: 13/11/2012 đến ngày: 20/11/2012)
Hình thức
day- học
Nội dung
Phương pháp
giảng dạy
Yêu cầu người
học chuẩn bị
Ghi chú

Lý thuyết
(gồm cả giờ
bài tập, thảo
luận)
1.Nguyên tắc và
phương pháp tìm
kiếm, truy xuất dữ
liệu từ các cơ sở dữ
liệu tin sinh học
trên thế giới
2.Phương pháp tìm
kiếm, truy xuất dữ
liệu trình tự DNA,
RNA, protein
Diễn giảng và
thảo luận nhóm
Các phương pháp
tìm kiếm, truy
xuất dữ liệu từ
các cơ sở dữ liệu
Thực hành
(nếu có):
(Những nội dung
thuộc Chương/Chủ
đề tương ứng)
TH cá nhân -Phương pháp
tìm kiếm và truy
xuất bài báo, tạp
chí, tài liệu tham
khảo theo yêu

cầu
-Phương pháp
tìm kiếm và truy
xuất trình tự
DNA, RNA,
Protein… dưới
định dạng
FASTA
-Địa điểm TH:
phòng
G5.204
-Ngày TH dự
kiến:
20/11/2012
Tự nghiên
cứu (ngoài
giờ lên lớp)
-Tìm kiếm và truy
xuất bài báo, tạp
chí, tài liệu tham
khảo…từ các cơ sở
dữ liệu trên thế giới
-Truy xuất các trình
tự sinh học tùy ý
Chủ đề 4: Xử lý và phân tích trình tự DNA
Số tiết: 9 tiết (Từ ngày: 26/11/2012 đến ngày: 10/12/2012)
Hình thức
day- học
Nội dung
Phương pháp

giảng dạy
Yêu cầu người
học chuẩn bị
Ghi chú
Lý thuyết
(gồm cả giờ
bài tập, thảo
luận)
1.Xử lý số liệu
trình tự
2.Phương pháp
Phương pháp dạy
theo vấn đề
-Các yêu cầu của
số liệu trình tự
sinh học trước
3
thiết kế primer
(primers design)
3.Tìm kiếm bản đồ
enzyme cắt giới
hạn (restriction
map)
4.Đoán nhận gen
(predicting genes)
5.Xác định khung
đọc mở DNA
(ORF)
khi xử lý
-Nguyên tắc

phương pháp
thiết kế mồi
(primers);tìm
kiếm bản đồ
enzyme cắt giới
hạn, đoán nhận
gen và xác định
khung đọc mở
của một đoạn
DNA
Thực hành
(nếu có):
- Xử lý số liệu trình
tự DNA thu được
từ máy giải trình tự
sequencing
TH cá nhân Phương pháp và
chức năng các
phần mềm tin
sinh thông dụng
trong xử lý trình
tự DNA như
Bioedit;
DNAclub…
-Địa điểm TH:
phòng
G5.204
-Ngày TH dự
kiến: 10 và
11/12/2012

Tự nghiên
cứu (ngoài
giờ lên lớp)
Thiết kế và đánh
giá primers bằng
các phần mềm khác
nhau
2. Xây dựng bản đồ
enzyme cắt giới
hạn của một bộ gen
tùy ý
3. Đoán nhận vị trí,
chức năng của một
đoạn gen trong toàn
bộ bộ gen bằng các
phần mềm khác
nhau
4. Xác định được
ORF của một trình
tự bằng các phần
mềm khác nhau
Kiểm tra
định kỳ (nếu
có)
-Vấn đề 3,4 Ngày KT dự
kiến:
11/12/2012
Chủ đề 5: Tìm kiếm và phân tích cấu trúc tương đồng BLAST
4
Số tiết: 10 tiết (Từ ngày: 11/12/2012 đến ngày: 25/12/2012)

Hình thức
day- học
Nội dung
Phương pháp
giảng dạy
Yêu cầu người
học chuẩn bị
Ghi chú
Lý thuyết
(gồm cả giờ
bài tập, thảo
luận)
1. Nguyên tắc so
sánh các trình tự
sinh học
2. Sử dụng công cụ
BLAST để tìm
kiếm trình tự tương
đồng từ các cơ sở
dữ liệu
3. Ứng dụng xây
dựng cây phân loại
(phylogeny tree)
cứu và thực tiễn
Diễn giảng và
thảo luận nhóm
-Nguyên tắc so
sánh trình tự sinh
học; phương
pháp sử dụng

phần mềm
BLAST
Thực hành
(nếu có):
Tìm kiếm trình tự
(DNA và Protein)
tương đồng phù
hợp bằng công cụ
BLAST
TH cá nhân Phương pháp sử
dụng phần mềm
BLAST
-Địa điểm TH:
phòng
G5.204
-Ngày TH dự
kiến: 24 và
25/12/2012
Tự nghiên
cứu (ngoài
giờ lên lớp)
-Sử dụng công cụ
BLAST để tìm
kiếm trình tự tương
đồng từ các cơ sở
dữ liệu
- Xây dựng cây
phân loại
(phylogeny tree)
Chủ đề 6: Phân tích cấu trúc không gian của protein

Số tiết: 10 tiết (Từ ngày: 25/12/2012 đến ngày: 13/01/2013)
Hình thức
day- học
Nội dung
Phương pháp
giảng dạy
Yêu cầu người
học chuẩn bị
Ghi chú
Lý thuyết
(gồm cả giờ
bài tập, thảo
luận)
1. Nguyên tắc xây
dựng cơ sở dữ liệu
mô hình hóa phân
tử (MMDB) và cơ
sở dữ liệu bảo tồn
(CDD)
Diễn giảng và
thảo luận nhóm
Tìm kiếm và truy
xuất cấu trúc 3D
của một phân tử
protein đã có trên
cơ sở dữ liệu.
5