Nghiên cứu tác nhân vi khuẩn gây viêm phổi thở máy và gene kháng thuốc bằng kỹ thuật sinh học phân tử

.

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO

BỘ Y TẾ

ĐẠI HỌC Y DƢỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

TRẦN MINH GIANG

NGHIÊN CỨU TÁC NHÂN
VI KHUẨN GÂY VIÊM PHỔI THỞ MÁY
VÀ GENE KHÁNG THUỐC
BẰNG KỸ THUẬT SINH HỌC PHÂN TỬ
Ngành: Hồi sức cấp cứu và chống độc
Mã số: 62720122

TÓM TẮT LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC

Thành phố Hồ Chí Minh - Năm 2020

.


.

Cơng trình được hồn thành tại:
ĐẠI HỌC Y DƢỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH
Người hướng dẫn khoa học:
PGS.TS. Trần Văn Ngọc

Phản biện 1: GS.TS. NGUYỄN GIA BÌNH
Phản biện 2: PGS.TS. ĐỖ THỊ THU THỦY
Phản biện 3: PGS.TS. HÀ TRẦN HƯNG

Luận án đã được bảo vệ tại Hội đồng đánh giá luận án cấp Trường,
họp tại Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh
vào hồi 14 giờ 00 phút, ngày 4 tháng 2 năm 2020

Có thể tìm hiểu luận án tại:
- Thư viện Quốc gia Việt Nam
- Thư viện Khoa học Tổng hợp TPHCM
- Thư viện Đại học Y Dược TP.HCM

.


.

GIỚI THIỆU LUẬN ÁN
Đặt vấn đề
Viêm phổi thở máy (VPTM) là một vấn đề lâm sàng quan trọng
không chỉ ở Việt Nam mà cịn trên thế giới vì tần suất mắc bệnh và tử
vong tăng cao. Nghiên cứu ở các nước Âu – Mỹ cho thấy tỉ lệ VPTM
là 10%. Tại Canada, VPTM là 18 ca trên 1000 ngày thở máy. Các
quốc gia Á Châu VPTM là 18%. Tại Việt Nam, VPTM dao động từ
20% - 52%. VPTM là nguyên nhân hàng đầu gây tăng tỉ lệ tử vong
(26% - 72%), kéo dài thời gian nằm viện (41 so với 23 ngày ở nhóm
có và khơng VPTM) và tăng chi phí điều trị (5 – 10 lần). VPTM được
định nghĩa là viêm nhu mô phổi xảy ra sau 48 giờ thở máy qua nội
khí quản hoặc qua khai khí quản. Chẩn đoán VPTM được thiết lập

dựa trên chứng cứ lâm sàng và vi sinh. Việc xác định vi khuẩn gây
bệnh thông qua cấy định lượng hoặc bán định lượng đàm hút qua nội
khí quản đơn thuần hoặc qua nội soi phế quản. Việc định danh vi
khuẩn bằng nhuộm Gram, nuôi cấy, đặc tính mọc và các phản ứng
sinh hóa là chuẩn mực. Tuy nhiên phương pháp vi sinh kinh điển này
không thể áp dụng trong các trường hợp sau. Vi khuẩn Gram âm khó
mọc, mọc chậm; vi khuẩn hiếm hoặc chỉ biểu hiện một vài đặc tính
về sinh hóa. Cũng như các vi khuẩn yếm khí, vi khuẩn khơng cấy
được và bệnh lý nhiễm khuẩn có kết quả cấy âm tính, nhất là trên
bệnh nhân sử dụng kháng sinh trước đó.
Chẩn đốn phân tử, ngày nay, đã trở thành phương pháp tham
chiếu để chẩn đoán vi sinh học của nhiều bệnh lý hơ hấp. Vai trị của
giải trình tự gene 16S-rRNA trong định danh vi khuẩn càng được
chứng tỏ và được áp dụng rộng rãi trên lâm sàng. Phương pháp giải
trình tự gene 16S-rRNA có thể phát hiện được hệ vi sinh trên đường
hô hấp của người khỏe và bệnh nhân. Tại Việt Nam số liệu từ các
.


.

nghiên cứu về định danh vi khuẩn dựa trên sinh học phân tử ở các
bệnh nhân VPTM chưa nhiều và chưa được hệ thống đầy đủ. Ngày
nay, vi khuẩn đa kháng kháng sinh là một thách thức toàn cầu. Đặc
biệt là các quốc gia Á Châu, kể cả Việt Nam. Tỉ lệ A. baumannii
kháng Carbapenem tăng lên nhanh chóng 6,7% (2001); 8% (2004);
80% (2010); 90% (2012). Tuy nhiên, kháng sinh đồ định lượng MIC
bằng que E-test chưa được áp dụng rộng rãi và số liệu chưa được hệ
thống đầy đủ. Các vi khuẩn mang gene SHV, TEM, IMP, OXA,
NDM thủy phân phổ rộng các cephalosporin là thường gặp. Trong

nước, việc tiếp cận có hệ thống gene kháng thuốc của vi khuẩn chính
yếu gây VPTM chưa được ghi nhận và hệ thống hóa đầy đủ.
Ở Việt Nam, chưa có nghiên cứu nào áp dụng giải trình tự thế hệ
mới trong việc xác định vi khuẩn gây VPTM trên các mẫu dịch rửa
phế quản phế nang. Chúng tôi đặt ra 3 câu hỏi nghiên cứu: (a) Có sự
khác biệt nào trong định danh vi khuẩn gây VPTM giữa hai phương
pháp định danh vi khuẩn dựa vào kiểu hình và giải trình tự gene 16SrRNA; (b) Giá trị MIC và tỉ lệ đề kháng kháng sinh ở các nhóm vi
khuẩn gây VPTM phân bố như thế nào?; (c) Tỉ lệ vi khuẩn chính yếu
gây VPTM mang gene kháng thuốc là bao nhiêu và có mối liên quan
giữa các vi khuẩn mang gene kháng thuốc với MIC hay không? Trả
lời những câu hỏi nghiên cứu trên sẽ cung cấp những kiến thức quan
trọng về qui mô đề kháng kháng sinh và xác lập được những tác nhân
liên quan đến VPTM, giúp cho việc điều trị bệnh nhân tốt hơn. Mục
tiêu nghiên cứu:
1. Xác định đặc điểm vi khuẩn gây viêm phổi thở máy bằng kỹ
thuật giải trình tự gene 16S-rRNA, có so sánh với phương pháp định
danh vi khuẩn dựa vào nhuộm Gram, nuôi cấy và các phản ứng sinh
hóa.
.


.

2. Đánh giá MIC và tỉ lệ đề kháng kháng sinh ở các nhóm vi
khuẩn gây viêm phổi thở máy.
3. Xác định gene kháng thuốc của vi khuẩn gây viêm phổi thở
máy bằng kỹ thuật PCR và mối liên quan với MIC.
Tính cấp thiết của đề tài
Viêm phổi thở máy là nguyên nhân hàng đầu gây tăng tỉ lệ tử
vong, kéo dài thời gian nằm viện và tăng chi phí điều trị. Việc xác

định chính xác, nhanh tác nhân vi khuẩn gây viêm phổi thở máy
mang tính tiên lượng. Giải trình tự gene 16S-rRNA đặc hiệu trong
định danh vi khuẩn, ngày nay, được áp dụng phổ biến. Phương pháp
sinh học phân tử này khơng thơng qua cấy, có thể khắc phục được
những hạn chế của vi sinh truyền thống. Vi sinh kinh điển định danh
vi khuẩn dựa vào kiểu hình và có thể gặp khó khăn trong trong những
trường hợp sau: vi khuẩn Gram âm khó mọc, mọc chậm; vi khuẩn
hiếm hoặc chỉ biểu hiện một vài đặc tính về sinh hóa, cũng như các vi
khuẩn yếm khí. Các vi khuẩn khơng cấy được và bệnh lý nhiễm
khuẩn có kết quả cấy âm tính, nhất là trên bệnh nhân sử dụng kháng
sinh trước đó.
Đề kháng kháng sinh là một thách thức toàn cầu, đặc biệt là các
quốc gia Á Châu trong đó có Việt Nam. A. baumannii, P. aeruginosa
và K. pneumoniae là các vi khuẩn hàng đầu gây viêm phổi thở máy
và gây ra đa kháng kháng sinh. Việc thực hiện kháng sinh đồ định
lượng MIC bằng que E-test dựa trên các vi khuẩn phân lập được từ
các bệnh nhân viêm phổi thở máy chưa được áp dụng thường qui.
Hơn nữa tỉ lệ các vi khuẩn này mang gene kháng thuốc và mối liên
quan với MIC chưa được thống kê một cách đầy đủ. Hiện nay tại
Việt Nam chưa có cơng trình nghiên cứu nào áp dụng giải trình tự
.


.

gen 16S-rRNA trên hệ thống PGM Ion Torrent cho định danh vi
khuẩn gây viêm phổi thở máy. Chính vì vậy chúng tơi tiến hành thực
hiện nghiên cứu này.
Những đóng góp mới của luận án
Cơng trình nghiên cứu của chúng tơi đã phát hiện ra các loài vi

khuẩn mới hiện diện trong đường hô hấp của bệnh nhân viêm phổi
thở máy mà chưa được công bố trước đây, đặc biệt là vi khuẩn yếm
khí. Bênh cạnh đó cơng trình nghiên cứu của chúng tơi cịn cung cấp
được MIC của sáu loại kháng sinh chủ lực thường được sử dụng trên
lâm sàng đối với tất cả các vi khuẩn gây viêm phổi thở máy. Đặc biệt
là nồng độ MIC của colistin đối với A. baumannii. Ngồi ra cơng
trình nghiên cứu của chúng tơi cịn cung cấp được bức tranh chung
cho bác sĩ lâm sàng về gene kháng thuốc của các vi khuẩn chính yếu
gây viêm phổi thở máy và mối liên quan với MIC. Từ đó giúp cho
bác sĩ lâm sàng nhận định đúng mức các tác nhân vi khuẩn khả dĩ gây
viêm phổi thở máy và nhận biết được các gene kháng thuốc của vi
khuẩn gây viêm phổi thở máy. Đồng thời giúp cho bác sĩ lâm sàng dễ
dàng hơn trong lựa chọn kháng sinh cũng như liều lượng và cách sử
dụng cho bệnh nhân viêm phổi thở máy có được hiệu quả tốt nhất.
Bố cục luận án
Luận án có 108 trang. Ngoài phần đặt vấn đề (2 trang), kết luận
và kiến nghị (4 trang), luận án gồm 4 chương. Chương 1 - Tổng quan
tài liệu (29 trang), chương 2 - Đối tượng và phương pháp nghiên cứu
(16 trang), chương 3 - Kết quả nghiên cứu (28 trang), chương 4 - Bàn
luận (29 trang). Luận án có 33 bảng, 5 biểu đồ, 2 sơ đồ, 117 tài liệu
tham khảo (22 tiếng Việt và 95 tiếng Anh).

.


.

Chƣơng 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU
1.1. Định nghĩa: Viêm phổi thở máy (VPTM) là viêm nhu mô phổi
xảy ra sau 48 giờ thở máy qua nội khí quản hoặc qua khai khí quản.

1.2. Tỉ lệ mới mắc: dao động từ 10% đến 52%.
1.3. Tỉ lệ tử vong: Có thể lên tới 76%.
1.4. Bệnh nguyên:
1.4.1. Định danh vi khuẩn dựa vào kiểu hình: Có nhiều yếu tố
khác nhau ảnh hưởng đến các tác nhân gây VPTM. Tùy thuộc vào
dân số nghiên cứu ở từng ICU khác nhau, thời gian nằm viện cũng
như thời gian nằm tại ICU và các phương pháp chẩn đoán chuyên
biệt được sử dụng cho kết quả vi sinh gây VPTM khác nhau. Ở nhiều
nghiên cứu cho thấy nhiễm khuẩn hô hấp là do vi khuẩn Gram âm.
Các nghiên cứu trong nước cho thấy ba tác nhân vi khuẩn gây VPTM
hàng thường gặp là A. baumannii, K. pneumoniae và P. aeruginosa.
1.4.2. Định danh vi khuẩn dựa trên sinh học phân tử: Các phương
pháp áp dụng dựa trên a-xít nucleic đang và tiếp tục được sử dụng
phổ biến trong chẩn đoán các bệnh lý nhiễm khuẩn. Chúng đã trở
thành phương pháp tham chiếu để chẩn đoán vi sinh học của nhiều
bệnh lý hô hấp. Các phương pháp này vượt trội hơn các phương pháp
vi sinh kinh điển. Các kỹ thuật phân tử trong chẩn đốn nhiễm khuẩn
hơ hấp được tập trung vào hệ thống phát hiện đa mồi. PCR và giải
trình tự gene 16S-rRNA cho thấy tính hữu dụng chuyên biệt trong
định danh vi khuẩn thường gặp, vi khuẩn yếm khí, vi khuẩn hiếm, vi
khuẩn mọc chậm, vi khuẩn không thể cấy được và các bệnh lý nhiễm
khuẩn cho kết quả cấy âm tính. Áp dụng kỹ thuật cao này trong chẩn
đốn vi khuẩn học khơng chỉ cung cấp chẩn đốn bệnh ngun về
bệnh truyền nhiễm mà cịn hỗ trợ chọn lựa cũng như thời gian dùng
kháng sinh và cơng tác kiểm sốt nhiễm khuẩn thật hiệu quả. Hơn
nữa, sinh học phân tử giúp sự hiểu biết tốt hơn về dịch tễ và bệnh học
.


.

của vi khuẩn hiếm hoặc vi khuẩn không thể định danh được bằng các
xét nghiệm kiểu hình cơ bản.
1.5. Các yếu tố nguy cơ: Có thể xuất phát từ bệnh nhân và can thiệp
như: tuổi, bệnh nền, bỏng, chấn thương và thuốc đang dùng.
1.6. Chẩn đoán: Theo khuyến cáo của hiệp hội các bệnh lý truyền
nhiễm Hoa Kỳ và Hội Lồng Ngực Hoa Kỳ 2016. Các tiêu chuẩn bao
gồm thâm nhiễm phổi mới xuất hiện kèm theo bằng chứng lâm sàng.
Thâm nhiễm phổi này là có nguồn gốc từ phổi gồm có mới khởi phát
sốt, mới khởi phát tiết đàm mủ, mới khởi phát tăng bạch cầu máu và
mới khởi phát giảm oxy hóa máu trên bệnh nhân thở máy sau 48 giờ.
1.7. Thực hiện kháng sinh đồ
1.7.1. Kháng sinh đồ khuếch tán: Trên các đĩa giấy có tẩm kháng
sinh ở một nồng độ nhất định được áp dụng rộng rãi.
1.7.2. Kháng sinh đồ định lƣợng MIC: Kỹ thuật định lượng đo
nồng độ ức chế tối thiểu của từng vi khuẩn một, cho một nồng độ
nhất định của từng kháng sinh. Kết quả cho biết chính xác độ nhạy
cảm của kháng sinh đối với vi khuẩn.
1.8. Ứng dụng sinh học phân tử trong phát hiện gene kháng
thuốc: Men β – lactamase do vi khuẩn Gram âm tiết ra, thủy phân
các thế hệ kháng sinh β – lactam là cơ chế thường gặp nhất gây ra đề
kháng kháng sinh trên lâm sàng. Sự hiện diện và các đặc tính của các
men này đóng một vai trị quan trọng trong việc lựa chọn điều trị
kháng sinh thích hợp. Do trước đây việc tiếp cận cấu trúc phân tử của
các men β – lactamase quá phức tạp, gây khó khăn rất lớn trong việc
xếp loại các men β – lactamase, thậm chí bị trùng lắp giữa các nhóm.
Ngày nay, với sự phát triển của công nghệ sinh học phân tử, việc tiếp
cận dễ dàng hơn đến các trình tự a xít amin, xác định được các gene
mã hóa các men này trên lâm sàng.

.


.

Chƣơng 2: ĐỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
2.1. Thiết kế nghiên cứu: Nghiên cứu tiến cứu mô tả cắt ngang.
2.2. Địa điểm nghiên cứu: Khoa ICU nội, ICU ngoại và phòng Đột
quị khoa Nội Thần Kinh bệnh viện Nhân Dân Gia Định.
2.3. Thời gian nghiên cứu: Từ tháng 11/2014 đến 9/2015.
2.4. Đối tƣợng nghiên cứu:
Dân số mục tiêu: Bệnh nhân nằm ở khoa bệnh nặng có thở máy.
Dân số chọn mẫu: Bệnh nhân nằm điều trị tại các khoa kể trên.
2.5. Cỡ mẫu và cơng thức tính cỡ mẫu
Cơng thức tính cỡ mẫu: n = Z2(1-α/2)p(1-p)/d. Sau khi tính tốn
và được làm trịn n = 220.
2.6. Tiêu chuẩn chọn mẫu
2.6.1. Tiêu chuẩn chọn vào nghiên cứu: Sau 48 giờ thở máy, bệnh
nhân có thâm nhiễm mới, lan tỏa hoặc tiến triển trên X-quang ngực
kèm ≥ 2 tiêu chuẩn: T0 ≥ 38oC, hoặc ≤ 36oC; tăng tiết đàm hoặc đàm
đổi màu; tăng tiêu thụ oxy: tăng FiO2 ≥ 20%/ngày trong ≥ 2 ngày
liền, hoặc tăng PEEP ≥ 3 cmH2O/ngày, ≥ 2 ngày liền; bạch cầu máu
≥ 12.000/mm3 hay ≤ 4.000/mm3.
2.6.2. Tiêu chuẩn loại ra: < 18 tuổi, xảy ra viêm phổi trước 48 giờ,
Bệnh nhân bị nhồi máu cơ tim trong 24 giờ đầu, rối loạn nhịp thất
nguy hiểm chưa kiểm sốt được, phụ nữ có thai, ghép tạng.
2.7. Phƣơng pháp tiến hành: bệnh nhân được nội soi phế quan ống
mềm. Dịch rửa phế quản chia làm hai. Một gởi phòng vi cấy định
lượng và kháng sinh đồ khuếch tán và MIC. Phần hai gởi phòng sinh
học phân tử Trung Tâm Pháp Y TP. Hồ Chí Minh định danh vi khuẩn

bằng giải trình tự Ion Torrent PGM và tìm gene kháng thuốc.
.


.

Chƣơng 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU
Trong thời gian lấy mẫu nghiên cứu từ ngày 3/11/2014 đến ngày
30/9/2015, chúng tôi tuyển chọn được 220 bệnh nhân thở máy. Các
bệnh nhân được tuyển chọn từ các khoa Hồi Sức Tích Cực Chống
Độc (ICU nội), Phẫu Thuật Gây Mê Hồi Sức (ICU ngoại) và phòng
Đột quị của khoa Nội Thần Kinh BV NDGĐ. Tất cả các bệnh nhân
này đều thỏa tiêu chuẩn VPTM trên lâm sàng và đều được nội soi phế
quản tại giường. Trong đó có 12 bệnh nhân được tuyển chọn vào
nghiên cứu hai lần (do bệnh nhân tái nhập viện và nhập vào khoa
ICU trong thời gian lấy mẫu).
3.1. Đặc điểm chung
Trong mẫu nghiên cứu nam giới chiếm gần 50%. Tuổi trung
bình là 71 ± 16,7. Phần lớn bệnh nhân được tuyển chọn từ khoa ICU
nội (79%) (Bảng 3.1).
Bảng 3.1: Đặc điểm lâm sàng của bệnh nhân nghiên cứu (n = 220)
Đặc điểm

Thống kê

Tuổi (năm; trung bình (± độ lệnh chuẩn))

70,7 (± 16,7)
Số ca (tỉ lệ %)

Giới (nam)

109 (49,5)

Phân loại khoa
Hồi Sức Tích Cực Chống Độc

174 (79,1)

Phẫu Thuật Gây Mê Hồi Sức

43 (19,5)

Phòng Đột quị Khoa Nội Thần Kinh

3 (1,4)

Lý do chính nhập viện
Khó thở

92 (41,8)

Rối loạn tri giác

39 (17,7)
.


.

Đặc điểm

Thống kê

Tai nạn giao thông

14 (6,4)

Đau bụng

13 (5,9)

Sốt

7 (3,2)

Tai nạn sinh hoạt

7 (3,2)

Ngưng tim ngưng thở

5 (2,3)
Trung vị (khoảng tứ phân vị)

Số ngày thở máy trước NSPQ

9 (6 – 11,5)

Thang điểm APACHE II

22 (18 - 28)

Thời gian nằm ICU

16 (11 - 25)

3.2. Định danh vi khuẩn dựa trên vi sinh kinh điển
Có 164 mẫu (trong 220 mẫu) dịch rửa phế quản phế nang thỏa
tiêu chuẩn ≥104 cfu/ml. Trong đó có 13 mẫu cấy dương tính đồng
thời với hai lồi vi khuẩn khác nhau. Bao gồm A. baumannii và K.
pneumoniae; A. baumannii và P. aeruginosa; Klebsiella spp và P.
aeruginosa đều có ba mẫu. Cịn lại E. coli và K. pneumoniae; K.
pneumoniae và Burkholderia cepacia; Staphylococcus aureus và A.
baumannii; Staphylococcus aureus và P. aeruginosa đều có một
mẫu. Như vậy chúng tơi phân lập được 177 vi khuẩn, chia thành 11
loài (Bảng 3.2). Ba loài vi khuẩn phân lập phổ biến nhất là
Acinetobacter spp 75 (42%), Klebsiella spp 39 (23%) và P.
aeruginosa 29 (16%). Các lồi vi khuẩn cịn lại phân lập được chiếm
dưới 5%.

.


.

Bảng 3.2: Phân bố vi khuẩn phân lập được bằng định danh
truyền thống (n = 177)
Vi khuẩn

Số ca (tỉ lệ %)

Acinetobacter baumannii

55 (31)

Acinetobacter spp

20 (11,3)

Klebsiella pneumoniae

38 (21,5)

Klebsiella spp

1 (0,5)

Pseudomonas aeruginosa

29 (16,3)

Escherichia coli

9 (5)

Staphylococcus aureus

9 (5)

Burkholderia cepacia

8 (4,5)

Enterobacter cloace

2 (1,1)

Enterobacter spp

1 (0,5)

Stenotrophomonas maltophilia

2 (1,1)

Haemophilus influenzae

1 (0,5)

Serratia marcescens

1 (0,5)

Chryobacterium indologens

1 (0,5)

Chú ý: phần trăm tính theo cột.
3.3. Định danh vi khuẩn dựa trên giải trình tự gene 16S-rRNA

Kết quả chung cho hai lần giải trình tự PGM thu được 76 mẫu
cho kết quả cuối cùng. Chúng tôi định danh được 388 vi khuẩn chia
thành 109 lồi. Có 99 lồi được định danh dựa trên các chuỗi trình tự
có chiều dài tổng số a xít nucleic ≥ 200 pb (Biểu đồ 3.1).
.


.

Biểu đồ 3.1. Phân tích cụm trên 99 lồi VK định danh
bằng giải trình tự 16S-rRNA
.


.

3.5. So sánh giữa giải trình tự gene 16S-rRNA và vi sinh kinh
điển trong định danh VK
Bảng 3.3. So sánh hai phương pháp định danh vi khuẩn dựa vào nuôi
cấy và giải trình tự trên hệ thống PGM
Đồng thuận giữa ni cấy và Trực khuẩn gr (-) yếm khí
PGM

tùy nghi

Acinetobacter spp

Actinobacillus lignieresii

Klebsiella spp

Aeromonas spp

Pseudomonas spp

Calothrix desertica

Staphylococcus aureus

Chroococcidiopsis thermalis

Burkholderia spp

Erwinia psidii

Haemophilus spp

Shigella spp

Các loài chỉ định danh bằng Trực khuẩn gr (+) yếm khí
PGM
Trực khuẩn gr (-) yếm khí

Atopobium rimae

Alloprevotella rava

Bacillus coagulans

Bacteroides pyogenees

Trực khuẩn gr (+) hiếu khí

Catonella morbi

Bacillus amyloliquefaciens

Fusobacterium spp

Corynebacterium striatum

Pectobacterium spp

Cầu khuẩn gr (+) yếm khí
tùy nghi

Porphyromonas spp

Gemella spp

Prevotella spp

Granulicatella adiacens

Serratia liquefaciens

Rothia mucilaginosa

Shewanella profunda

Vagococcus entomophilus
.


.

Tannerella forsythia

Cầu khuẩn gr (+) yếm khí

Trực khuẩn gr (-) hiếu khí

Peptostreptococcus stomatis

Aureimonas glaciistagni

Liên cầu gr (+) yếm khí tùy
nghi

Diaphorobacter spp

Streptococcus spp

Elizabethkingia spp

Cầu trực khuẩn gr (+) yếm
khí tùy nghi

Neisseria spp

Lactobacillus spp

Novosphingobium spp

Cầu trực khuẩn gr (-) yếm
khí tùy nghi

Psychrobacter spp

Gallibacterium anatis

Sphingomonas spp

Pasteurella spp

Xoắn khuẩn gr (-) yếm khí tùy Cầu khuẩn gr (-) yếm khí
nghi
Rhodospirillum oryzae

Veillonella parvula

3.8. Kết quả kháng sinh đồ
3.8.1. Kết quả kháng sinh đồ khuếch tán chung
Gần 85% các VK phân lập được là đa kháng (Bảng 3.5).
Bảng 3.5. Kết quả kháng sinh đồ khuếch tán chung
Kháng sinh

Tỉ lệ đề kháng (n, %)

Cefoperazone

14 (63,6)

Ceftazidime

132 (80)

Ceftriaxone

68 (88,3)

Cefoperazon-Sulbactam

20 (16,8)

.


.

Kháng sinh

Tỉ lệ đề kháng (n, %)

Cefepime

105 (75)

Piperacillin-Tazobactam

97 (64,2)

Imipenem

114 (70,8)

Meropenem

105 (63,2)

Ertapenem

15 (39,4)

Amikacin

87 (53,7)

Genetamycin

73 (70,1)

Ciprofloxacin

86 (77,4)

Levofloxacin

120 (71,8)

Colistin

2 (1,6)

Ghi chú: phần trăm tính theo dịng
3.8.8. Các dạng đề kháng kháng sinh của Acinetobacter
baumannii, Klebsiella pneumoniae và Pseudomonas aeruginosa
Khuynh hướng đề kháng kháng sinh của A. baumannii, K.
pneumoniae và P. aeruginosa hình thành một mạng lưới đa kháng
kháng sinh. Mỗi đường nối giữa hai kháng sinh đại diện cho tối thiểu
5 trường hợp bị đề kháng cả hai loại kháng sinh đó. Độ dầy của
đường nối hai kháng sinh biểu hiện cho mức độ đề kháng của hai
kháng sinh đó. Đường nối giữa hai kháng sinh càng dầy thì hai kháng
sinh đó bị kháng càng cao. Mỗi nốt tròn đại diện cho tối thiểu 5 bệnh
nhân. Kích thước của các nốt càng lớn tương ứng với số lượng bệnh
nhân sử dụng cả hai loại kháng sinh đó càng nhiều (Biểu đồ 3.4).

.


.

3.9. Kết quả kháng sinh đồ MIC dựa trên E-test
3.9.1. Kháng sinh đồ MIC đối với A. baumannii:
Bảng 3.9. Kết quả kháng sinh đồ MIC đối với A. baumannii (n = 74)
Kháng sinh

Amikacin

Sulbactam

Colistin

Nhạy n (%)

Trung gian n (%)

Kháng n (%)

MIC≤16 µg/ml MIC=32 µg/ml

MIC≥64µg/ml

12 (16,2)

10 (13,5)

52 (70,3)

MIC≤4 µg/ml

MIC=8 µg/ml

MIC≥16 µg/ml

7 (9,5)

26 (35,1)

41 (55,4)

MIC≤2µg/ml

MIC≥4 µg/ml

73 (98,6)

1 (1,4)

.


.

MIC ≤ 0,125 µg/ml
Colistin

MIC > 0,125 µg/ml

59 (80)

15 (20)

MIC≤2 µg/ml

MIC=4 µg/ml

MIC≥8 µg/ml

Levofloxacin

4 (5,4)

4 (5,4)

66 (89,2)

Imipenem

3 (4)

Meropenem

3 (4)

71 (96)
2 (2,7)

69 (93,2)

Ghi chú: tỉ lệ phần trăm tính theo dịng
3.9.2. Kháng sinh đồ MIC đối với K. pneumoniae:
Bảng 3.10. Kết quả kháng sinh đồ MIC đối với Klebsiella (n=39)
Kháng sinh

Nhạy n (%)

Trung gian n (%)

Kháng n (%)

MIC ≤16µg/ml MIC = 32µg/ml

MIC ≥64µg/ml

37 (94,9)

2 (5,1)

0

MIC ≤ 4µg/ml

MIC = 8 µg/ml

MIC≥16µg/ml

0

0

38 (100)

MIC ≤ 2µg/ml

MIC = 4µg/ml

MIC ≥ 8µg/ml

Colistin

38 (100)

0

0

Levofloxacin

16 (41)

0

23 (59)

MIC ≤ 1µg/ml

MIC = 2µg/ml

MIC ≥ 8µg/ml

Imipenem

26 (67)

4 (10)

9 (23)

Meropenem

30 (79)

5 (13,1)

3 (7,9)

Amikacin

Sulbactam

Ghi chú: tỉ lệ phần trăm tính theo dịng.

.


.

3.9.3. Kháng sinh đồ MIC đối với P. aeruginosa (n = 29)
Bảng 3.11. Kết quả kháng sinh đồ MIC đối với P. aeruginosa
Kháng sinh

Nhạy n (%)

Trung gian n (%)

Kháng n (%)

MIC≤16µg/ml MIC=32µg/ml

MIC≥64µg/ml

10 (34,5)

2 (6,9)

17 (58,6)

MIC≤2µg/ml

MIC=4µg/ml

MIC≥8µg/ml

28 (96,5)

1 (3,5)

0

Levofloxacin 5 (17,2)

2 (6,9)

22 (75,9)

Imipenem

6 (20,7)

1 (3,4)

22 (75,9)

Meropenem

5 (17,2)

Amikacin

Colistin

Sulbactam

24 (82,8)

MIC≤4µg/ml

MIC=8µg/ml

MIC≥16µg/ml

0

0

29 (100)

Ghi chú: tỉ lệ phần trăm tính theo dịng.
3.10. Kết quả PCR tìm gene kháng thuốc

3.10.1. Phân bố gene kháng thuốc phát hiện đƣợc từ các VK
Acinetobacter baumannii, Klebsiella pneumoniae và Pseudomonas
aeruginosa. Đối với Acinetobacter, ba gene kháng thuốc phát hiện
nhiều nhất là TEM, SPM, và SHV. Đối với Klebsiella, gene BIC phát
hiện nhiều nhất (Bảng 3.14).
Bảng 3.14. Phân bố gene kháng thuốc phát hiện được
Gene kháng thuốc

Acinetobacter Klebsiella

Pseudomonas

N (%)
TEM (964bp)

23 (39,6)

6 (13,9)

0

SPM (271 bp)

14 (22.4)

9 (20,9)

0

SHV (790bp)

9 (15,5)

6 (13,9)

1 (20)

.


.

Gene kháng thuốc

Acinetobacter Klebsiella

Pseudomonas

BIC (537 bp)

3 (5,1)

15 (34,9)

0

IMP (232bp)

3 (5,1)

4 (9,3)

2 (40)

KPC (798 bp)

3 (5,1)

0

0

NDM (621 bp)

2 (3,4)

0

2 (40)

OXA (438 bp)

1 (1,7)

1 (6,9)

0

3.10.2. Mối liên quan gene kháng thuốc và đề kháng kháng sinh:
Bảng 3.15. Mối liên quan gene kháng thuốc và đề kháng kháng sinh

Ghi chú: NA: not applicable: không áp dụng

.