(CHẨN ĐOÁN TRƯỚC SINH CÁC BIẾN THỂ SỐ LƯỢNG BẢN SAO (COPY NUMBER VARIATIONS) CHO ĐOÀN HỆ 5.008 THAI KỲ VIỆT NAM

(CHẨN

ĐOÁN TRƯỚC SINH

CÁC BIẾN THỂ SỐ LƯỢNG BẢN SAO
(COPY NUMBER VARIATIONS)
CHO ĐOÀN HỆ 5.008 THAI KỲ VIỆT NAM

Ths BS. Tăng Hùng Sang và Cộng Sự
Viện Di Truyền Y Học _Genesolutions


Nội dung trình bày
•

CNV là gì và ứng dụng phát hiện CNV trong lâm sàng

•

Phương pháp phát hiện CNV từ NGS (CNV-seq)

•

Tỷ lệ và phổ di truyền chẩn đốn của CNV-seq trên 5008
ca thai


Nguyên nhân bất thường bẩm sinh
55% nguyên nhân do bất thường di truyền

7-8%

6-7%

THOMPSON & THOMPSON GENETICS IN MEDICINE 8th
condition, 2016

Mục tiêu của sàng lọc và chẩn đoán trước sinh là cung cấp thông tin cho phụ nữ mang thai và các cặp vợ chồng về
nguy cơ sinh con bị dị tật hoặc bất thường di truyền và với đầy đủ những lựa chọn về cách quản lý rủi ro.


TÍNH HỮU DỤNG LÂM SÀNG CỦA CHẨN ĐỐN TRƯỚC SINH

• Chấm dứt thai kỳ vs. tiếp tục thai kỳ
• Quản lý trước sinh và chu sinh
• Tư vấn nguy cơ tái phát
• Các phương án quản lý/chăm sóc sức khoẻ sinh sản

ACMG CONFERENCE 2023


Copy number variation - CNV
Là biến thể số lượng bản sao có kích thước ≥ 1 kilobase
so với bộ gen chuẩn (Radon et al 2006)

Vi mất đoạn
Vi lặp đoạn
Vi lặp đoạn nhỏ
Chuyển đoạn

​Copy​Number​Variation​(CNV)​–​National​Human​Genome​Research​Institute

CNV syndromes - diseases
Syndrome Name

Location

Size

22q11 deletion syndrome (Velocardiofacial / DiGeorge syndrome)

22:19022279-21098156 GRCh38 2.08 Mb

Angelman syndrome

15:22677345-28193120 GRCh38 5.52 Mb

Charcot-Marie-Tooth syndrome type 1A (CMT1A)

17:14194598-15567589 GRCh38 1.37 Mb

Cri du Chat Syndrome (5p deletion)

5:10001-12533192 GRCh38

12.52 Mb

Miller-Dieker syndrome (MDS)

17:150208-2685615 GRCh38

2.54 Mb

Prader-Willi syndrome

15:22677345-28193120 GRCh38 5.52 Mb

RCAD (renal cysts and diabetes)

17:36459259-37856298 GRCh38 1.40 Mb

Williams-Beuren Syndrome (WBS)

7:73330452-74728334 GRCh38

1.40 Mb

Wolf-Hirschhorn Syndrome

4:1567470-2108509 GRCh38

541.04 kb


?

Tất cả CNV đều gây bệnh


Liều lượng gen - Dosage sensitivity
Gene

Non-dosage-sensitive genes

Dosage sensitive genes

Haploinsufficiency

100%

Triplosensitivity

100%

150%
Enough function in
haploinsufficiency

50%

Max dosage in
triplosensitivity

50%

100%

0%

0%

Enough function in

haplosufficiency

0%

AA

AA-

A- A -

AA

AA-

A- A-

AA

AA+

A+A+


So sánh các xét nghiệm phát hiện CNV
Xét nghiệm

Kích thước

Khảo sát

Thời gian trả kết quả Chi phí

Karyotype

5-10 Mb

Tồn bộ NST

2-3 tuần

$

FISH

100 kb

Sử dụng mồi

7 ngày

$$

MLPA

>1 exon

Sử dụng mồi

3-4 ngày

$$

Microarray

20-200kb

Toàn bộ NST

10-14 ngày

$$$

NGS

100 kb-150kb Toàn bộ NST

4-6 ngày

$$

NGS cho ưu thế vượt trội
về độ chính xác cao, chi phí thấp, thời gian trả kết quả ngắn


Hướng dẫn chun mơn hiện nay
Phân tích CMA/CNV có độ phân giải chẩn đoán gấp
khoảng 100 lần so với karyotyping, giúp tăng tỷ lệ
phát hiện các biến thể số lượng bản sao có ý nghĩa
lâm sàng :
• 6% thai nhi có dị tật về cấu trúc

• 1,2%–1,7% trường hợp mang thai có cấu trúc
bình thường được lấy mẫu để chẩn đốn khi thai
phụ cao tuổi, sàng lọc dương tính hoặc thai phụ
lo lắng.
Các xét nghiệm giải trình tự gen thế hệ mới (NGS)
như giải trình tự tồn bộ exome (WES) giúp tăng
tỷ lệ chẩn đốn
khoảng 14% ở thai nhi có bất
Society for Maternal-Fetal Medicine. "Committee Opinion No. 682: Microarrays and next-generation
sequencing technology: the use of advanced genetic diagnostic tools in obstetrics and
gynecology." Obstetrics and gynecology 128.6 (2016): e262-e268.
Levy, Brynn, et al. "Chromosomal microarrays and next-generation sequencing for diagnosis of fetal
abnormalities." Human Reproductive and Prenatal Genetics. Academic Press, 2023. 767-787.

thường về cấu trúc khi chẩn đốn karyotype và
CMA/CNV bình thường.


Hướng dẫn chun mơn hiện nay

Chẩn đốn tiền sinh
SMFM-ACOG
• Bất thường cấu trúc thai nhi trên siêu âm trước khi sinh hoặc thai chết lưu
- CNV thay thế karyotype thông thường
SOGC & CCMG
• CNV nên được chỉ định khi:
- Nhiều dị tật thai nhi được phát hiện hoặc
- NT ≥3,5 mm
/>

Phạm vi khảo sát phù hợp của CNV

Các bất thường CNV nên được
khảo sát ở độ phân giải lớn hơn
400kb
South, S., Lee, C., Lamb, A. et al. ACMG Standards and Guidelines for constitutional
cytogenomic microarray analysis, including postnatal and prenatal applications: revision
2013. Genet Med 15, 901–909 (2013). />

Phân loại CNV

Lành tính
Chưa rõ chức năng
Gây bệnh


Quy trình đánh giá CNV
1. So sánh với các hội chứng được biết
ghi nhận trong y văn
2. ACMG / CNV guidelines
3. So sánh với hệ thống dữ liệu ghi nhận
các CNV tương tự


CHẨN ĐOÁN TRƯỚC SINH CÁC BIẾN THỂ SỐ LƯỢNG BẢN SAO
(COPY NUMBER VARIATIONS) CHO ĐOÀN HỆ 5.008 THAI KỲ VIỆT NAM
1

National Hospital of Obstetrics and Gynecology, Ha Noi, Vietnam 2Gene Solutions, Ho Chi Minh, Vietnam 3Medical Genetics Institutes, Ho Chi Minh, Vietnam 4Hanoi Obstetrics and Gynecology, Ha Noi, Vietnam
5

Tu Du Hospital, Ho Chi Minh, Vietnam 6Hung Vuong Hospital, Vietnam 7University Medical Center, Ho Chi Minh, Vietnam 8University of Medicine and Pharmacy, Hue University, Hue, Vietnam
9

Hanoi Medical University, Ha Noi, Vietnam 10Vinmec Hospital, Ha Noi, Vietnam 11University of Medicine and Pharmacy at Ho Chi Minh City, Vietnam

/>

TỔNG QUAN
MỤC TIÊU
Khảo sát tỷ lệ và đặc điểm của CNV bất thường trong 5008 mẫu sinh phẩm thai nhi thai phụ Việt Nam được
chỉ định làm xét nghiệm chẩn đốn trước sinh xâm lấn.

PHƯƠNG PHÁP
 Nghiên cứu mơ tả cắt ngang-hồi cứu, đa trung tâm
 Thời gian chọn mẫu: 10/2018 – 5/2021
 Đối tượng: tất cả cả thai phụ phát hiện có bất thường hình thái thai nhi trên siêu âm trước sinh (quý 1-2-3) thai kỳ,
được tư vấn di truyền và đồng ý tiến hành chẩn đoán trước sinh bằng xét nghiệm CVNseq.


QUY TRÌNH ỨNG DỤNG: GIẢI TRÌNH TỰ
MƠ GAI NHAU/ ỐI/ MÔ THAI SẨY
DNA bộ gen

Chuẩn bị thư viện
NGS
QC thư viện

Giải trình tự
NGS

QC dữ liệu

Xác định biến thể
gây bệnh

Bất thường lệch bội NST
Bất thường vi mất/lặp đoạn NST

Rehm et. al. ACMG clinical laboratory standards for NGS. Genet Med., 2013
Roy et al. Standards and guidelines for Validating NGS Bioinformatics pipelines. AMG-CAP, 2018

17


KẾT QUẢ - BÀN LUẬN

Tỉ lệ chẩn đoán: 13.1%

Pathogenic
(n=231)

Pathogenic
size<5Mb
(n=133)

Xét nghiệm CNV độ phân giải cao
tăng tỉ lệ chẩn đoán 20.18%, so với
karyotype

KẾT QUẢ - BÀN LUẬN
Bất thường số lượng NST: 8.55% (428)
• Trisomy 21: 4.05% (203)
• Trisomy 18: 1.68% (84)
• Trisomy 13: 0.5% (25)
• Lệch bội NST giới tính: 1.64% (82)
45 XO(18), 47 XXY (13) ,47 XYY (06),
47 XXX(07), 48 XXXY(01), khảm giới tính (38)
• Lệch bội NST hiếm khác: 0.1% (05)
• Khảm lệch bội NST: 0.58% (29)
Submitted manuscript. All rights reserved


KẾT QUẢ - BÀN LUẬN
Syndrome
22q11 deletion syndrome (DiGreoge syndrome)
Cri du Chat Syndrome (5p deletion)
Angelman syndrome/Prader-Willi syndrome
16p13.11 recurrent microduplication
22q11 duplication syndrome
Wolf-Hirschhorn Syndrome
16p11.2-p12.2 microdeletion syndrome
Miller-Dieker syndrome (MDS)
1p36 microdeletion syndrome
1q21.1 recurrent microdeletion
16p13.11 recurrent microdeletion
3q29 microduplication syndrome
22q11.2 distal deletion syndrome
15q26 overgrowth syndrome
Smith-Magenis Syndrome

3q29 microdeletion syndrome
8p23.1 duplication syndrome
Hereditary Liability to Pressure Palsies (HNPP)
8p23.1 deletion syndrome
Williams-Beuren Syndrome (WBS)
16p11.2 microduplication syndrome
1q21.1 recurrent microduplication
Others

Submitted manuscript. All rights reserved

No. of cases

%

27

11.69

14

6.06

12

5.19

7

3.03

7

3.03

7

3.03

6

2.6

6

2.6

5

2.16

4

1.73

4

1.73

3

1.3

2

0.87

2

0.87

2

0.87

2

0.87

2

0.87

2

0.87

2

0.87

2

0.87

2

0.87

2

0.87

109

47.19

Tỷ lệ bất thường cấu trúc NST : 4.6% (231):
4.6% (231) có vi mất đoạn/vi lặp đoạn được phân lớp
gây bệnh/có thể gây bệnh
Ba hội chứng vi mất/lặp đoạn thường gặp nhất:
•

22q11 deletion syndrome (/ DiGreoge syndrome)

•

Cri du Chat Syndrome (5p deletion)

•

Angelman syndrome/Prader-Willi syndrome