HyperChem v8.0.6 doc

HyperChem v8.0.6
Phần mềm HyperChem là phần mềm chuyên dụng trong bộ môn Hóa
Tính Toán (Ứng dụng tin học trong Hóa học)hiện nay.

Mô phỏng cấu trúc 3D của hợp chất, tối ưu hóa cấu trúc, tính toán mọi
thông số liên quan đến hợp chất như: năng lượng bề mặt, phổ IR, UV, ,
các dao động nhiệt, độ dài và năng lượng liên kết

Nếu bạn đã từng biết qua MoleculaModelingPro thì bạn càng không nên
bỏ qua HyperChem với nhiều đặc tính nổi bật đến tuyệt vời của nó.
Phiên bản hiện nay tính đến thời điểm bài viết này là HyperChem 7.5
dùng cho máy tính cá nhân bình thường với hệ điều hành Window, và
song song là phiên bản HyperChem dùng cho máy tính Apple với hệ
điều hành Macintosh.
Trong bài viết này xin được giới thiệu về phần mềm HyperChem dùng
cho hệ điều hành Window thông dụng trên thị trường hiện nay. Yêu cầu
hệ thống cài đặt trên máy tính như sau: Hệ điều hành Windows 98, Me,
NT4 SP4, 2000 or XP; bộ nhớ 32 Mb RAM, card màn hình VGA.
Những đặc điểm mới của phiên bản HyperChem 7.5:

-Open GL Rendering: đây là phần cơ bản trong HyperChem mang lại
những hình ảnh chất lượng cao.

-Hỗ trợ màu cho phân tử, màu nền sử dụng đến 16 triệu màu vượt xa 8
màu cơ bản trong phiên bản HyperChem trước đây.

-Hỗ trợ các hình ảnh được kết xuất ở tốc độ cao, hỗ trợ kết xuất cho
phân tử dạng que, cầu

-Hỗ trợ cho những hình ảnh cấu trúc Protein dạng vòng xoắn, quay,
cuộn dây hay dạng miếng. Ngoài ra còn có cơ sỡ dữ liệu về Protein rộng

lớn, hỗ trợ cho kết xuất hình ảnh Protein cho những cấu trúc phức tạp
khác nữa.

-Hỗ trợ tính toán và trình bày mật độ điện tử và thế tĩnh điện của phân
tử.

Những tính năng cơ bản:

-HyperChem có thể biểu diễn các phân tử khác nhau trong hệ, bạn có thể
thay đổi hình thức biễu diễn kiểu que, kiểu hình cầu, kiểu hình cầu
chồng lên nhau, kiểu chấm, kiểu chấm-gạch.

-Bạn có thể đặt màu nền cho trang làm việc, đặt các màu khác nhau cho
các liên kết trong phân tử, màu sắc nguyên tố (ví dụ ngầm định màu của
Cacbon là màu lục, Oxy là đỏ, Flo là vàng, Fe là đỏ, Cu là xanh lá )

-Bạn cũng có thể lấy hình ảnh của HyperChem chuyển qua các ứng dụng
khác như Word, PhotoShop bằng cách đặt chế độ copy hình ảnh.

-HyperChem giúp bạn vẽ và hiệu chỉnh những phân tử trong không gian
2 chiều(2D) và 3 chiều(3D).

-Trong HyperChem có hệ tọa độ của người quan sát và tọa độ của phân
tử, cho nên bạn có thể dịch chuyển, quay và biểu diễn hệ phân tử theo tỷ
lệ màn hình làm việc.

-Xem được thuộc tính cấu trúc phân tử, đo độ dài liên kết, góc liên kết,
biểu diễn momen lưỡng cực

-Cơ sở dữ liệu rộng lớn, bạn có thể tạo và biểu diễn chuỗi polypeptide,

hay lựa chọn các amino acid, các acid nucleic, polyme.

-Tính toán obital phân tử, cực tiểu hóa năng lượng của hệ, tối ưu hóa cấu
trúc

-Còn rất rất nhiều ưu điểm nữa đang chờ bạn khám phá. Hy vọng bạn sẽ
bắt đầu tìm hiểu, tham gia các câu lạc bộ để thảo luận và thích thú cùng
với HyperChem. Một số từ ngữ thông dụng để tham khảo:

Ab Inito: phương pháp tính toán cơ học lượng tử cho kết quả chính xác.

AM1: là phương pháp bán kinh nghiệm chính xác.

ALL atom: phương pháp tính toán cơ học phân tử.

AMBER: phương pháp trường lực (force field).

Atom type: kiểu biểu diễn nguyên tử.

Backbone: liên kết khung.

Bio+: bổ sung cho trường lực CHARMM.

Brookhaven Protein Data Bank(PDB): dữ liệu về cấu trúc Protein.

Charge density: mật độ điện tích.

CNDO: dùng tính toán thuộc tính điện tử bỏ qua xen phủ vi phân.

Connectivity: kết nối liên kết cộng hóa trị.

Constraint: sự ràng buộc giá trị của lý thuyết với thực tế gần đúng.

Convergence: tiêu chuẩn kết thúc tính toán hóa học.

Coordinate system: hệ tọa độ.

Correlation Energy: năng lượng tương quan được tính theo vị trí cụ thể
của các electron.

Chirality: R hoặc S.

RMS Gradient: vectơ mô tả trường lực trên một nguyên tử.

Sequence: thứ tự hợp phần từ hợp phần đuôi N.

Bond Length: độ dài liên kết giữa các nguyên tử.

Bond Order: thứ tự liên kết tính toán theo cơ học lượng tử.

HyperChem is a sophisticated molecular modeling environment that is
known for its quality, flexibility, and ease of use. Uniting 3D
visualization and animation with quantum chemical calculations,
molecular mechanics, and dynamics, HyperChem puts more molecular
modeling tools at your fingertips than any other Windows program.
HyperChem Release 8.0, is a full 32-bit application, developed for the
Windows 95, 98, NT, ME, 2000, XP, and Vista operating systems