Lịch sử phát triển Microarray

LỊCH SỬ PHÁT TRIỂN


1953 Watson & Crick: mơ hình cấu trúc DNA
1975 phát triển bởi Edwin Southern: “Southern Blot”
- DNA cố định được prober bằng cDNA đánh dấu
- Được xem là marcorray trên màng
1995 – microarray phát triển cho phân tích biểu hiện gene
2003 – dự án human genome hoàn tất, 1 slide cần > 120,000 spot, tuy nhiên các slide
hiện tại giới hạn trong vòng 80,000 spot
+ In trên 2 mặt
+ Spots nhỏ hơn - Scanner phân giải cao


TỔNG QUAN


1
Microaarrays là tấm kính hoặc silicon, hay màng nilong màng matrix 2 chiều của các
gene. Các gene được cố định trên bề mặt bằng phương tiện tự động.
Sau khi cố định, các gene được probe bằng các probe huỳnh quang. Bằng cách định
lượng mật độ huỳnh quang của các spot trong matrix, chúng ta có được tồn cảnh mức
độ hoạt động của gene và các tương quan giữa các gen trong các điều kiện nhất định
Ưu:
Nghiên cứu phiên mã hàng nghìn gene cùng lúc:
+ Xác định chức năng của các gene mới
+ Xác định chức năng của các gene đã biết
+ Xác định chiều hướng tương tác của gene
Thuận tiện cho các ứng dụng
+ Phát hiện SNP, screening kháng nguyên, Proteomic, ....

1
1


1
1


1
1


1
1



Chuẩn bị Array
Có thể array 2 dạng của DNA:
+Oligos: daon95 DNA ngắn tổng hợp
+ cDNA: duco795 tạo thành từ nhân bản plasmid DNA
Chuẩn bị đĩa nguồn cDNA
1. Lấy toàn bộ mRNA từ single cell typr
2. Reverse transcribe toàn bộ mDNA thành cDNA
3. Chèn cDNA’s vào plasmid
4. Chuyền vào tế bào vi khuẩn E coli
5. Tạo cDNA library cho cell type này
Chọn lọc khuẩn lạc

1. tế bào vi khuẩn phát triển thành khuẩn lạc
2. Hai qui trình sàng lọc giúp phân lập khuẫn lạc chứa cDNA mà nhà nghiên cứu
quan tâm


Lấy khuẩn lạc
+ Lấy khuẩn lạc tái tổ hợp màu trằng cho vào đãi 96 hay 384 giếng
Tạo Spot DNA từ đĩa nguồn
+ Chuyền một lượng nhỏ khuẩn lạc từ đĩa nguồn vào đĩa 96 hay 384 giếng mới
+Tinh sạch DNA
+ PCR
. PCR: nhân cDNA plasimd trong giếng bằng universal oligo primer (có gắn nhóm
phù họp để bám vào bề mặt sldie)


Tạo array
+ Tinh sạch sản phảm PCR products
+ Cho sản phẩm PCR vào microspotting buffer
+ Spot lên đĩa slide từ 96 hoặc 384 giếng bằng ChipWriter
Mciroarray Slide
Các sldie có phủ háo chất để DNA bấm vào dễ dàng
+ aldehyde, silane
+ amine, polu L – lysine
Bảo quản
+ Làm khô
+ Rửa các DNA không bám và muối
+ Làm khô
+ Trữ trong TỐI và KHÔ ( 6 tháng)

THÍ NGHIỆM NGHIÊN
CỨU
BIỂU HIỆN GENE


1


1


1


1


1


1