Xác định các tương tác của protein xuyên màng nấm men trên quy mô lớn ppsx

Xác định các tương
tác của protein xuyên
màng nấm men trên
quy mô lớn




Miller và đồng sự thực hiện
sàng lọc trên quy mô l
ớn để xác
định tương tác gi
ữa các protein
xuyên màng
của Saccharomyces
cerevisiae bằng kỹ thuật
ubiquitin phân tách cải tiến
(modified split-ubiquitin).
Trong số 705 protein xuyên
màng đã chú thích, các tác giả
xác định được 1.985 tương tác
giả định liên quan đến 536
protein.

Nhằm tăng độ tin cậy, họ sử
dụng thuật toán SVM (support

vector machine ) đ
ể phân loại các
tương tác dựa trên kết quả thí
nghiệm và dữ liệu protein thu
được từ các nguồn tài liệu sẵn có
khác.

Sử dụng các tương tác đã xác
định cũng như được đưa ra nhờ
máy tính trước đây để “huấn
luyện” SVM. Qua đó tìm ra 4
nhóm tương tác theo m
ức độ tin
cậy giảm dần gồm 131
tương tác
có độ tin cậy cao nhất, tiếp đến l
à
209, 468 và 1.085 tương tác có
độ tin cậy thấp.

Nghiên cứu này đã tìm thấy có
rất nhiều tương tác giả định của
một nhóm protein mà thật sự
chúng khó phân tích với hiệu
suất cao nếu dùng các cách tiếp
cận khác.


Kết quả còn cho th
ấy

rằng trong các
nghiên cứu trước
đây, người ta đã bỏ
sót một số thành
phần trong quan
trọng các quá trình
sinh học và vai trò
chức năng của các
protein xuyên màng.

Large-scale identification of
yeast integral membrane
protein interactions.

Miller JP, Lo RS, Ben-Hur A,
The split-
ubiquitin
membrane
yeast two-
hybrid
system

Desmarais C, Stagljar I, Stafford
Noble W, Fields S.
Proc Natl Acad Sci USA 2005
Aug 10

Sau đây là đánh giá về nghiên
cứu này tại F1000 ngày 18-8-
2005

F1000 Factor 3.0
John Yates
The Scripps Research Institute,
United States of America
CHEMICAL BIOLOGY

Bài báo này mô tả cách tiếp cận
m
ới giúp giải quyết thách thức về
mặt công nghệ trong lĩnh vực
tương tác protein-protein của các
protein xuyên màng. Các tác giả
đã dùng hệ thống ubiquitin phân
tách cải tiến để sàng lọc tương
tác protein-protein của các
protein xuyên màng của S.
cerevisiae. Họ đánh giá mức độ
tin cậy của 1.985 tương tác bằng
thuật toán SVM trên cơ sở các
tương tác đã biết từ tài liệu và
các tương tác đã được đánh giá
trên máy tính.