Luận văn : Sử dụng kỹ thuật RFLP khảo sát sự đa dạng di truyền của nấm Rhizoctonia solani phân lập từ nhiều cây ký chủ khác nhau part 5 ppt

37
PHẦN VII
PHỤ LỤC

7.1. Danh sách các dòng nấm Rhizoctonia solani đƣợc sử dụng trong đề tài
Bảng 7.1. Danh sách các dòng nấm Rhizoctonia solani đƣợc sử dụng trong đề tài
STT
Tên dòng nấm
Cây kí chủ
Nơi thu thập
1
B-34-01
Bắp
Song Phượng, Hoài Đức, Hà Tây
2
B-61-01
Bắp
Phước Tân, Long Thành, Đồng Nai
3
B-38
Bắp
HTX Quỳnh Vinh, Quỳnh Lưu, Nghệ An
4
BC-63-01
Cải bắp
Đà Lạt, Lâm Đồng
5
BN-61-01
Bồ ngót
Định Quán, Đồng Nai

6
BĐ-TL
Bí đao
Thái Lan
7
BV-50-01
Bông vải
Cư M Nga, Daklak
8
BV-50-02
Bông vải
Cư Jút, Daklak
9
BV-61-01
Bông vải
Sông Trầu, Thống Nhất, Đồng Nai
10
BV-61-02
Bông vải
Vĩnh Tân, Thống Nhất, Đồng Nai
11
BV-61-04
Bông vải
Vĩnh Tâm, Vĩnh Cửu, Đồng Nai
12
BV-61-05
Bông vải
Xã lộ 25, Thống Nhất, Đồng Nai
13
BV-61-06

Bông vải
Cẩm Đường, Long Thành, Đồng Nai
14
BV-62-01
Bông vải
Bình Thuận
15
BV-62-02
Bông vải
Ninh Thuận
16
BV-62-03
Bông vải
Ninh Thuận
17
BV-71-01
Bông vải
Ô Môn, Cần Thơ
18
BV-71-02
Bông vải
Phụng Hiệp, Cần Thơ
19
CB-34-02
Cải bắp
Song Phượng, Hà Tây
20
CC-79-01
Cỏ chỉ
Sóc Trăng

21
CC-72
Cỏ chỉ
Đức Huệ, Long An
22
CG-73
Cỏ gừng
Chợ Gạo, Tiền Giang
23
CLV-72-02
Cỏ lồng vực
Đức Huệ, Long An

38
24
CN1
Cải ngọt
Nhập
25
CO-79-01
Cỏ ống
Sóc Trăng
26
CO-61-02
Cỏ ống
Phước Thiền, Nhơn Trạch, Đồng Nai
27
CP-50-02
Cà phê
Eakmak, Daklak

28
CTĐ-77
Cam thảo đất
Rạch Giá, Kiên Giang
29
CX-76
Cải xanh
Chợ Mới, An Giang
30
CX-8-02
Cải xanh
Tp.Hồ Chí Minh
31
KT-63-01
Khoai tây
Đà Lạt, Lâm Đồng
32
Đcv-63-02
Đậu cove
Đơn Dương, Lâm Đồng
33
ĐHL-63
Đậu hà lan
Đà Lạt, Lâm Đồng
34
ĐP-34
Đậu phộng
Chương Mỹ, Hà Tây
35
ĐP-38

Đậu phộng
Nam Thịnh, Diễn Châu, Nghệ An
36
ĐT-77
Đậu trắng
Vĩnh Thuận, Kiên Giang
37
ĐX-61-01
Đậu xanh
Thống Nhất, Đồng Nai
38
PT-66
Phát tài
Tây Ninh
39
RM-61
Rau muống
Phước Tân, Long Thành, Đồng Nai
40
SR-61-01
Sầu riêng
Phước Tân, Long Thành, Đồng Nai
41
SR-650
Sầu riêng
Phú Giáo, Bình Dương
42
T-651
Tiêu
Bình Phước

43
TL-72
Thuốc lá
Đức Hòa, Long An
44
XL-4
Xúp lơ
Đông Anh, Hà Nội
45
XL-76
Xà lách
Chợ Mới, An Giang

7.2. Danh sách các primer đƣợc sử dụng để nghiên cứu rDNA nhân của nấm
Bảng 7.2. Những trình tự primer trên tiểu đơn vị nhỏ của rDNA
Những trình tự primer trên tiểu đơn vị nhỏ của rDNA
ssu ref.
nb
pb
BMB-'A' (Lan)
GWA TTA CCG CGG CKG CTG
583-566
18
BMB-'B' (Lan)
CCG TCA ATT CMT TTR AGT TT
1147-
1128
20
BMB-'C' (Lan)
ACG GGC GGT GTG TRC

1641-
15

39
1637
BMB-BR (Lan)
CTT AAA GGA ATT GAC GGA A
1131-
1149
19
BMB-CR (Lan)
GTA CAC ACC GCC CGT CG
1637-
1643
17
nssu97a (Kau)
TAT ACG GTG AAA CTG CGA ATG GC
75-97
23
nssu97b (Kau)
CGG TGA AAC TGC GAA TGG C
79-97
19
nssu634 (Kau)
CCC CAG AAG GAA AGI CCC GIC C
705-684
22
nssu897R (Kau)
AGA GGT GAA ATT CTT GGA
897-914

18
nssu1088 (Kau)
TGA TTT CTC GTA AGG TGC CG
1088-
1069
20
nssu1088R
(Kau)
CGG CAC CTT ACG AGA AAT CA
1069-
1088
20
nssu131 (Kau)
CAG TTA TCG TTT ATT TGA TAG TAC C
107-131
25
NS1 (Whi)
GTA GTC ATA TGC TTG TCT C
20-38
19
NS2 (Whi)
GGC TGC TGG CAC CAG ACT TGC
573-553
21
NS3 (Whi)
GCA AGT CTG GTG CCA GCA GCC
553-573
21
NS4 (Whi)
CTT CCG TCA ATT CCT TTA AG (sim. to BMB-

b)
1150-
1131
20
NS5 (Whi)
AAC TTA AAG GAA TTG ACG GAA G (sim. to
BMB-BR)
1129-
1150
22
NS6 (Whi)
GCA TCA CAG ACC TGT TAT TGC CTC
1436-
1413
24
NS7 (Whi)
GAG GCA ATA ACA GGT CTG TGA TGC
1413-
1436
24
NS8 (Whi)
TCC GCA GGT TCA CCT ACG GA
1788-
1769
20
NS17 (Gar)
CAT GTC TAA GTT TAA GCA A
54-72
19
NS18 (Gar)

CTC ATT CCA ATT ACA AGA CC
516-497
20
NS19 (Gar)
CCG GAG AAG GAG CCT GAG AAA C
381-402
22
NS20 (Gar)
CGT CCC TAT TAA TCA TTA CG
871-852
20
NS21 (Gar)
GAA TAA TAG AAT AGG ACG
802-819
18
NS22 (Gar)
AAT TAA GCA GAC AAA TCA CT
1312-
1297
20
NS23 (Gar)
GAC TCA ACA CGG GGA AAC TC
1184-
1203
20
NS24 (Gar)
AAA CCT TGT TAC GAC TTT TA
1769-
1750
20

SR1 (VilU)
ATT ACC GCG GCT GCT (similar to BMB-'A')
581-567
15

40
SR1R (Vil0)
TAC CTG GTT GAT TCT GC
21-1
21
SR2 (Elw)
CGG CCA TGC ACC ACC
1277-
1263
15
SR3 (VilU)
GAA AGT TGA TAG GGC T
321-306
16
SR4 (VilU)
AAA CCA ACA AAA TAG AA
841-825
17
SR5 (VilU)
GTG CCC TTC CGT CAA TT
1155-
1139
17
SR6 (VilU)
TGT TAC GAC TTT TAC TT

1763-
1747
17
SR7 (VilU)
GTT CAA CTA CGA GCT TTT TAA
637-617
21
SR7R (VilU)
TTA AAA AGC TCG TAG TTG AAC
617-637
21
SR8R (VilU)
GAA CCA GGA CTT TTA CCT T
732-750
19
SR9R (Elw)
YAG AGG TGA AAT TCT
896-910
15
SR10R (VilU)
TTT GAC TCA ACA CGG G
1181-
1196
16
SR11R (Spa)
GGA GCC TGA GAA ACG GCT AC
389-408
20
1 (DeP)
GCT CTT TCT TGA TTT TGT

1241-
1258
18
3 (DeP)
TTT GAG GCA ATA ACA GGT
1410-
1427
18
4 (DeP)
CAT CTA AGG GCA TCA CAG
1445-
1428
18
5 (DeP)
TTG TCT CTG TCA GTG TAG
1482-
1465
18
6 (DeP)
CAA CGA GGA ATT CCT AGT
1566-
1583
18
9 (DeP)
AAT GAT CCT TCC GCA GGT
1797-
1780
18

Bảng 7.3. Những trình tự primer trên tiểu đơn vị lớn của rDNA

Những trình tự primer trên tiểu đơn vị lớn của rDNA
lsu ref.
nb pb
GUADET P1
(Gua)
GAG TCG AGT TGT TTG GGA ATG
CAG C
275-300
25
GUADET P2
(Gua)
GAA AAG AAC TTT GAA AAG AGA
GTG AA
379-403
26
GUADET P3
(Gua)
CCC GTC TTG AAA CAC GGA CCA
AGG
661-685
24
P2R (Reh)
CTC TCT TTT CAA AGT TCT TTT CAT
1412-
17

41
CT
1396
LR0R (VilU)

ACC CGC TGA ACT TAA GC
26-42
17
LR0R (Reh)
GTA CCC GCT GAA CTT AAG C
24-42
19
LR1R (Mon)
AGG AAA AGA AAC CAA CC
57-73
17
LR2
TTT TCA AAG TTC TTT TC
395-379
17
LR2R
AAG AAC TTT GAA AAG AG
382-398
17
LR3 (Vil0)
GGT CCG TGT TTC AAG AC
677-661
17
LR3R
GTC TTG AAA CAC GGA CC
664-680
17
LR4
ACC AGA GTT TCC TCT GG
887-871

17
LR5 (Vil0)
ATC CTG AGG GAA ACT TC
997-981
17
LR5R (VilU)
GAA GTT TCC CTC AGG AT
981-997
17
LR6 (Vil0)
CGC CAG TTC TGC TTA CC
1173-
1157
17
LR7 (Vil0)
TAC TAC CAC CAA GAT CT
1483-
1467
17
LR7R (Vil0)
AGA TCT TGG TGG TAG TA
1465-
1481
17
LR8
CAC CTT GGA GAC CTG CT
1917-
1901
17
LR8R

AGC AGG TCT CCA AGG TG
1901-
1917
17
LR9
AGA GCA CTG GGC AGA AA
2292-
2276
17
LR10
AGT CAA GCT CAA CAG GG
2508-
2492
17
LR10R
GAC CCT GTT GAG CTT GA
2490-
2506
17
LR11
GCC AGT TAT CCC TGT GGT AA
2919-
2900
20
LR12 (Vil0)
GAC TTA GAG GCG TTC AG
3221-
3204
17
LR12R (VilU)

CTG AAC GCC TCT AAG TCA GAA
3205-
3225
21
LR13
CAT CGG AAC AAC AAT GC
3464-
3448
17
LR14
AGC CAA ACT CCC CAC CTG
2701-
2694
18
LR15
TAA ATT ACA ACT CGG AC
161-145
17
LR16 (Mon)
TTC CAC CCA AAC ACT CG
716-700
17

42
LR17R
TAA CCT ATT CTC AAA CTT
1066-
1083
18
LR20R

GTG AGA CAG GTT AGT TTT ACC CT
3058-
3080
23
LR21
ACT TCA AGC GTT TCC CTT T
442-424
19
LR22
CCT CAC GGT ACT TGT TCG CT
371-352
20
F377
AGA TGA AAA GAA CTT TGA AAA
GAG AA
375-400
26
R377
CTC TCT TTT CAA AGT TCT TTT CAT
CT
400-375
26
LIC15R (Mia2)
GGA GGA AAA GAA ACC AAC AG
55-74
20
* LIC24R (Mia1)
GAA ACC AAC AGG GAT TG
64-80
17

LIC2044 (Kau)
ACG CCT GCC TAC TCG CC
26-42
17


Bảng 7.4. Những trình tự primer trên vùng IGS và 5S của rDNA
Những trình tự primer trên vùng IGS và 5S của rDNA
5S RNA (VilU)
ATC AGA CGG GAT GCG
GT

17
5S RNAR
(VilU)
ACQ GCA TCC CGT CTG
AT

17
NS1R
GAG ACA AGC ATA TGA
CTA C
38-20 (SSU)
19
LR13R
GCA TTG TTG TTC CGA TG
3448-
3464(lsu)
17
Bảng 7.5. Những trình tự primer trên vùng ITS và 5,8S của rDNA

Những trình tự primer trên vùng ITS và 5,8S của rDNA
ITS1 (Whi)
TCC GTA GGT GAA CCT GCG G
1769-
1787(ssu)
19
ITS1F
(Gad)
CTT GGT CAT TTA GAG GAA GTA A

22
ITS2 (Whi)
GCT GCG TTC TTC ATCG ATG C (sim. to
5.8S)

20
ITS3 (Whi)
GCA TCG ATG AAG AAC GCA GC (sim. to
5.8SR)

20
ITS4 (Whi)
TCC TCC GCT TAT TGA TAT GC
60-41(lsu)
20
ITS4B
CAG GAG ACT TGT ACA CGG TCC AG

23

43
(Gad)
ITS4S
(Kre)
CCT CCG CTT ATT GAT ATG CTT AAG
59-36 (lsu)
24
ITS5 (Whi)
GGA AGT AAA AGT CGT AAC AAG G
(sim. to SR6R)
1745-
1766(ssu)
22
ITS5R
CCT TGT TAC GAC TTT TAC TTC C
1766-1745
(ssu)
22
5.8S (Vil0)
CGC TGC GTT CTT CAT CG

17
5.8SR
(Vil0)
TCG ATG AAG AAC GCA GC

18
SR6R
(VilU)
AAG TAP AAG TCG TAA CAA GG

1747-
1766(ssu)
20
LR1 (Vil0)
GGT TGG TTT CTT TTC CT
73-57(lsu)
17
SLG-1
(Gro)
TTG CGC AAC CTG CGG AAG GAT
1773-
1793(ssu)
21
NS24R
TAA AAG TCG TAA CAA GGT TT
1750-
1769(ssu)
20

ssu ref. Mankin et al., 1986. Gene 44:143-145
lsu ref. Lapeyre et al., 1993. Nucleic Acids Res. 21:3322-3322

Những primer được thiết kế trong phòng thí nghiệm của Lutzoni:
- (DeP) DePriest,1993. Gene 134:67-74
- (Elw) Elwood et al., 1985. Mol. Biol. Evol. 2:399-410
- (Gad) Gardes and Bruns, 1993. Mol. Ecol. 2:113-118
- (Gar) Gargas and Taylor, 1992. Mycologia 84(4): 589-592
- (Gro) Groner and LaGreca, 1997. Lichenologist 29(5):441-454
- (Gua) Guadet et al., 1989. Mol. Biol. Evol. 6:227-242
- (Kau) Kauff and Lutzoni, 2002. Mol. Phylogen. Evol. 25:138-156

- (Kre) Kretzer et al., 1996. Mycologia 88(5): 776-785
- (Lan) Lane et al., 1985. PNAS USA 82:6955-6959
- (Mia1) Miadlikowska and Lutzoni, 2000. Int. J. Plant Sci. 161(6)
- (Mia2) Miadlikoska, McCune, Lutzoni,2001. Bryologist 105:1-10
- (Mon) Moncalvo et al., 1993. Mycologia 85(5):788-794
- (Reh) Rehner and Samuels, 1994. Mycol. Res. 98(6):625-634
- (Spa) Spatafora et al, 1995. J. Clinical Microbiol. 33:1322-1326

44
- (Vil0) Vilgalys and Hester, 1990. Journal of bacteriology 172:4238-4246
- (VilU) Vilgalys unpublished [
- (Whi) White et al., 1990. pp 315-322 in PCR protocols: A guide to methods
and applications
7.3. Nuôi thu sinh khối nấm R. solani

Hình 7.1. Ảnh của sợi nấm R. solani sau khi nuôi lắc 4 ngày