Làm thế nào một trình tự cụ thể của nucleotide docx

Gene dịch: RNA -> Protein
Vấn đề: Làm thế nào một trình tự cụ thể của nucleotide chỉ
định một trình tự cụ thể của các axit amin ?
Câu trả lời: bằng phương tiện chuyển ARN phân tử, mỗi cụ
thể cho nhiều acid amin và đặc biệt cho một bộ
ba nucleotide trên mRNA được gọi là codon .Gia đình của
các phân tử RNA vận chuyển cho phép các codon trong một
phân tử mRNA được dịch thành các trình tự của các axit
amin trong protein.


Hình ảnh này thể hiện cấu trúc của RNA chuyển alanine ( tRNA ALA ) từ nấm
men. Nó bao gồm một dải đơn của 77 ribonucleotides. dây chuyền này được
xếp vào chính nó, và rất nhiều các cặp cơ sở với nhau tạo thành bốn vùng khác
xoắn. Các vòng được hình thành ở khu vực lẻ của chuỗi. (Các căn cứ vòng
trong xanh đã được biến đổi hóa học sau đây tổng hợp các phân tử.)
Ít nhất một loại tRNA là hiện nay cho mỗi trong số 20 axit amin được sử dụng
trong tổng hợp protein. (Một số các axit amin sử dụng các dịch vụ của hai hoặc
ba tRNAs khác nhau, vì vậy hầu hết các tế bào chứa nhiều như 32 loại khác
nhau của RNA vận chuyển.) Các acid amin được gắn vào tRNA phù hợp bởi
một enzyme kích hoạt (một trong 20 -tRNA synthetases aminoacyl ) cụ thể
cho rằng acid amin cũng như cho các tRNA được giao.
Mỗi loại tRNA có một trình tự của 3 nucleotide lẻ - các anticodon - mà có thể
ràng buộc, sau các quy tắc của kết nối cơ sở , đến các bộ ba nucleotide bổ sung
- các codon - trong một messenger RNA ( mRNA phân tử). Cũng giống như
sao chép và phiên mã DNA liên quan đến cơ sở kết nối của các nucleotide chạy
theo hướng ngược lại, do đó, việc đọc codon trong mRNA (5 '-> 3') yêu cầu các
kết anticodons theo hướng ngược lại.
Anticodon: 3 'CGA 5' Codon: 5 'GCU 3'

RNA codon
Thứ hai nucleotide

U C A G
UUU phenylalani
ne (Phe)
UCU Serine (S
er)
UAU Tyrosine (
Tyr)
UGU Cysteine
(Cys)
U

Phe UUC UCC Ser UAC Tyr Cys UGC
C

UUA Leucin (Leu)

UCA Ser UAA STOP UGA STOP
A

U

ABH Leu UCG Ser UAG STOP
UGG Tryptopha
n (TRP)
G
CỬU Leucin (Leu)

Chăm sóc
khách
hàng Proline (
Pro)
CẦU histidine (c
ủa ông)
CGU Arginine (A
rg)
U

CUC Leu CCC Pro CAC của ông CGC Arg
C

CUA Leu CCA Pro
CAA Glutamine
(GLN)
CGA Arg
A

C

CUG Leu CCG Pro CAG GLN CGG Arg
G
AUU isoleucine (Il
e)
ACU threonin
e (Thr)
AAU asparagin
(ASN)
AGU Serine (Ser)

U

AUC Ile ACC Thr
AAC số hiệu
mạng
AGC Ser
C

Ile AUA ACA Thr
AAA Lysine (Ly
s)
AGA Arginine (A
rg)
A

A

Tháng
Tám Methionin (
Met) hoặc START

ACG Thr AAG Lys Agg Arg
G
GUU Valine Val
GCU Alanine (
Ala)
GAU aspartic
acid (Asp)
GGU Glycine (gl

y)
U

Gục (Val) GCC Ala GAC Asp GGC gly
C

Val GUA GCA Ala
GAA acid
glutamic (Glu)
GGA gly
A

G
GUG Val GCG Ala GAG Glu GGG gly
G
Lưu ý:
 Hầu hết các axit amin được mã hóa bởi
codon đồng nghĩa rằng khác biệt ở vị trí
thứ ba của codon này.
 Trong một số trường hợp, một tRNA duy
nhất có thể nhận ra hai hoặc nhiều codon
đồng nghĩa.
 Ví dụ: phenylalanine tRNA với anticodon
3 'AAG 5' nhận ra không chỉ UUC mà còn
UUU.
 Các hành vi vi phạm các quy tắc thông
thường của cơ sở ghép nối ở nucleotide thứ
ba của codon một được gọi là "lắc lư"
 Các codon Tháng Tám phục vụ hai chức
năng liên quan

o Nó bắt đầu mỗi tin nhắn, có nghĩa là,
nó báo hiệu sự bắt đầu của dịch đặt
acid amin methionine tại thiết bị
đầu cuối amin của chuỗi polypeptide
để được tổng hợp.
o Khi nó xảy ra trong một tin nhắn, nó sẽ hướng dẫn sự hợp nhất
của methionine.
 Ba codon, UAA , UAG và UGA , hoạt động như tín hiệu để chấm dứt
dịch. Chúng được gọi là STOP codon.
Các bước của dịch
1. Bắt đầu
 Các tiểu đơn vị nhỏ của ribosome liên kết đến một trang web "ngược
dòng" (trên 5 'bên cạnh) của sự bắt đầu của tin nhắn.
 Nó hạ nguồn tiền thu được (5 '-> 3') cho đến khi nó gặp các codon bắt
đầu tháng tám . (Các khu vực giữa nắp và tháng tám được biết đến như
là 5'-khu vực chưa được dịch [ 5'-UTR ].)
 Ở đây là sự tham gia của các tiểu đơn vị lớn và một đặc biệt khởi
tRNA .
 Các tRNA khởi tạo liên kết với các trang web P (thể hiện trong màu
hồng) trên ribosome.
 Ở sinh vật nhân chuẩn, khởi tRNA mang methionine (Met). (Vi khuẩn
sử dụng một sửa đổi lần methionine được fMet .)
2. Độ giãn dài
 An -aminoacyl tRNA (tRNA covalently một liên kết với acid amin của
nó) có thể ghép nối cơ bản với các codon tiếp theo trên mRNA về
đếntrang web của A (màu xanh) kết hợp với:
o một yếu tố kéo dài (gọi là EF-Tu ở vi khuẩn)
o GTP (nguồn năng lượng cần thiết)
 Các amino acid trước (Met ở đầu bản dịch) là covalently liên kết với các
acid amin đến với một kết peptide (màu đỏ).

 Các tRNA khởi xướng được phát hành từ các trang web P.
 Các ribosome di chuyển một codon hạ lưu.
 Thay đổi này càng đến gần đây-tRNA, với peptide trực thuộc, các trang
web P và mở các trang web của A đối với sự xuất hiện của một
aminoacyl tRNA mới.
 Bước cuối cùng là thúc đẩy bởi một protein yếu tố kéo dài (gọi là EF-G
ở vi khuẩn) và năng lượng của một phân tử của GTP .
Lưu ý: các tRNA khởi là thành viên duy nhất của gia đình tRNA có thể liên kết
trực tiếp đến trang web P. Các trang web của P là cái tên bởi vì, với ngoại lệ
của tRNA khởi, nó liên kết chỉ đến một p -tRNA eptidyl phân tử, có nghĩa là,
một tRNA với các peptide đang phát triển kèm theo.
Các trang web là cái tên bởi vì nó liên kết chỉ đến đến một tRNA-minoacyl, đó
là các tRNA mang amino acid tiếp theo. Vì vậy, ví dụ, các tRNA mang Met
vào nội thất của polypeptide các ràng buộc có thể chỉ cho trang web Một.
3. Chấm dứt
 Sự kết thúc của dịch xảy ra khi ribosome đạt đến một hoặc
nhiều STOP codon ( UAA , UAG , UGA ). (Các nucleotide từ điểm này
đến đuôi (A) nhiều tạo nên vùng 3'-chưa được dịch [ 3'-UTR ] của
mRNA.)
 Không có phân tử RNA vận chuyển với anticodons cho codon STOP.
(Với một vài ngoại lệ đặc biệt: liên kết đến gene ti thể và các axit amin
không chuẩn .)
 Tuy nhiên, protein yếu tố phát hành nhận ra codon này khi họ đến các
trang web của A.
 Liên kết của các protein này, cùng với một phân tử GTP - phát hành các
polypeptide từ các ribosome.
 Ribosome chia thành những tiểu đơn vị của nó, mà sau này có thể được
tập hợp lại cho một vòng tổng hợp protein.
Liên kết bên ngoài
Liên kết với hình ảnh động tuyệt vời của John Kyrk của toàn bộ quá trình.

Xin vui lòng cho tôi biết bằng thư điện tử nếu bạn tìm thấy một liên kết bị hỏng trong các trang
của tôi.)
Polysomes
Một phân tử mRNA đơn thường có nhiều ribosome đi du lịch cùng nó, trong
các giai đoạn khác nhau của tổng hợp protein. Phức tạp này được gọi là
một polysome [ Xem ].
Codon Bias
Tất cả, nhưng hai trong số các axit amin (Met và trp) có thể được mã hóa bởi 2-
6 codon khác nhau. Tuy nhiên, bộ gen của hầu hết các sinh vật cho thấy codon
nào đó được ưu tiên hơn những người khác. Ở con người, ví dụ, alanine được
mã hóa bởi GCC bốn lần thường xuyên như bởi GCG. Điều này có lẽ phản ánh
một hiệu quả dịch lớn của bộ máy dịch thuật cho một số codon hơn từ đồng
nghĩa của họ.
 Khi bắt đầu dịch thuật, hai hoặc nhiều hơn một tập hợp các codon đồng
nghĩa (ví dụ, trong 6 codon có kết hợp leucine trong protein phát triển)
được sử dụng luân phiên . Sự cần thiết để xác định vị trí đầu tiên và sau
đó tRNA khác cho rằng acid amin làm chậm tốc độ của bản dịch.
o Điều này có thể trợ giúp trong việc giữ ribosome từ va chạm vào
nhau trên polysome.
o Nó cũng có thể cung cấp thêm thời gian để các protein mới sinh
để bắt đầu gấp một cách chính xác như nó xuất hiện từ các
ribosome.
 Một khi dịch cũng là triển khai (sau 30-50 axit amin đã được thêm vào),
một trong những đặc biệt codon có xu hướng được lựa chọn mỗi khi
amino acid của nó được gọi là cho. Có lẽ bây giờ điều này làm tăng hiệu
quả, tức là, tốc độ, dịch thuật.
 Hầu hết các sinh vật có nhiều hơn 61 gene cần thiết để mã hóa RNA vận
chuyển cho mỗi trong số 61 codon (chúng tôi có 270 gen tRNA). Sự
hiện diện của nhiều gen cho tRNAs với anticodon giống nhau làm tăng
nồng độ của tRNAs thể ràng buộc một codon cụ thể. Messenger RNA -

đặc biệt là những gen hoạt động - có xu hướng ủng hộ codon tương ứng
với tRNAs phong phú mang anticodon.
Codon thiên vị thậm chí kéo dài đến cặp codon: bất cứ nơi nào một protein của
con người chứa các axit amin Ala-Glu, gen mã hóa các axit amin là bảy lần như
khả năng sử dụng codon GCAGAG hơn là GCCGAA đồng nghĩa.
Codon kiến được khai thác của ngành công nghiệp công nghệ sinh học để cải
thiện năng suất của sản phẩm mong muốn. Khả năng thao tác sai cũng có thể
mở codon trong một kỷ nguyên của vắc-xin an toàn hơn. Link để thảo luận
một .
Quản lý chất lượng
Khiếm khuyết phân tử mRNA có thể được sản xuất bởi
 đột biến trong gen cũng như
 lỗi được giới thiệu trong phiên mã (mặc dù ở một mức thấp đáng kể).
Ngoài sản xuất mRNA với codon không chính xác cho các axit amin, các lỗi
này có thể sản xuất các phân tử mRNA có
 Chấm dứt sớm codon (PTCs), có nghĩa là, sự ra đời của một codon
STOP trước khi kết thúc bình thường của thông điệp. Dịch của các
mRNA sản xuất một loại protein bị cắt ngắn mà có lẽ là không hiệu quả
và có thể có hại. Vấn đề đôi khi có thể được giải quyết bằng cách vô
nghĩa, trung gian mRNA Decay (NMD).
 không có codon STOP. Những sản phẩm "không nghỉ" bảng điểm. Vấn
đề có thể được giải quyết bằng cách Nonstop mRNA Decay.
-Trung gian vô nghĩa mRNA Decay (NMD)
Codon sớm chấm dứt (PTCs) có thể được tạo ra bởi
 "Vô nghĩa" đột biến ;
 frameshifts ;
 RNA chế biến (Intron loại bỏ) các lỗi;
 như một hệ quả tất yếu của việc tạo ra các thụ thể kháng nguyên trên tế
bào B và tế bào T. [ Liên kết để thảo luận. ]
Cơ chế

 Trong quá trình chế biến RNA trong nhân tế bào, khu phức hợp protein
được thêm vào mỗi điểm mà exon liền kề được ghép lại với nhau. (Đây
là những tín hiệu quan trọng cho xuất khẩu các mRNA đến tế bào chất.)
 Trong tế bào chất, như là di chuyển ribosome xuống mRNA, các cụm
được loại bỏ (và gửi lại cho các hạt nhân để tái sử dụng).
 Nếu ribosome gặp một codon kết thúc sớm, các exon cuối cùng exon-tag
(s) không được loại bỏ, và điều này đánh dấu sự mRNA bị lỗi để tiêu
hủy (ở cơ quan P ).
Các đột biến mà giới thiệu codon kết thúc sớm chịu trách nhiệm về một
số trường hợp như bệnh nhân được thừa kế là chứng xơ nang và bệnh teo cơ
Duchenne (DMD).
Một loại thuốc, hiện đang được PTC124 , làm cho ribosome để bỏ qua trong
khi vẫn cho phép PTCs kết thúc bình thường của dịch. PTC124 đã thể hiện lời
hứa trong các mô hình động vật của bệnh xơ nang và DMD và giai đoạn II thử
nghiệm lâm sàng đang được tiến hành trên người.
Nonstop mRNA Decay
Nonstop bảng điểm xảy ra khi không có codon STOP trong tin nhắn. Kết quả là
ribosome là không thể tuyển dụng những nhân tố phát hành cần thiết để rời
khỏi mRNA.
Nonstop bảng điểm được hình thành trong quá trình chế biến RNA, ví dụ, bằng
cách cho đuôi (A) đa đưa ra trước khi codon STOP đạt được.
Cơ chế
Sinh vật nhân chuẩn và vi khuẩn xử lý các vấn đề không có codon STOP khác
nhau.
 Ở sinh vật nhân chuẩn , khi các quầy hàng ribosome ở cuối đuôi (A)
poly, protein được tuyển dụng
o phát hành các ribosome để tái sử dụng và
o làm suy thoái các tin nhắn bị lỗi.
 Trong vi khuẩn , một phân tử RNA đặc biệt - gọi là tmRNA tiết kiệm
trong ngày. Nó được gọi là tmRNA bởi vì nó có các tính chất của cả

một t RNA ransfer và một m essenger RNA.
o Phần chuyển giao thêm alanine vào site A trên ribosome.
o Ribosome sau đó chuyển sang phần tin mã hoá 10 axit amin mà
mục tiêu phân tử để tiêu hủy (và phát hành các ribosome để tái sử
dụng).
Quy chế của dịch
Các biểu hiện của hầu hết các gen được kiểm soát ở cấp độ của họ sao
chép . Các yếu tố phiên mã (protein) liên kết với quảng bá và chất hỗ trợ bật
(hoặc tắt) các gen mà họ kiểm soát.
Liên kết với một ví dụ.

Tuy nhiên, biểu hiện gen cũng có thể được kiểm soát ở mức độ dịch thuật.
Bởi máy móc xuống cấp RNA-Tổng
P cơ quan
Các tế bào chất của sinh vật nhân chuẩn có chứa phức hợp protein cạnh tranh
với ribosome để truy cập vào mRNA. Như những gia tăng hoạt động của họ, họ
cô lập mRNA trong cốt liệu lớn hơn gọi là P cơ quan (đối với "cơ chế", nhưng
chế biến này không nên nhầm lẫn với các chế biến của tiền mRNA trưởng
thành mRNA xảy ra trong hạt nhân).
Các protein áp phân hủy mRNA của
 loại bỏ nó " cap "
 loại bỏ nó (A) đuôi poly
 xuống cấp thông còn lại (nibbling đi trong 5 '-> 3' hướng)
Điều gì điều khiển sự cân bằng năng động giữa các ribosome và P cơ quan để
truy cập vào mRNA vẫn còn phải học. Nhưng cơ chế này cung cấp cho
 tiêu hủy "xấu" mRNA (ví dụ, những người có sớm codon STOP
[xem Vô lý-trung gian mRNA Decay (NMD) ];
 doanh thu của mRNA do đó tăng tính linh hoạt của biểu hiện gen trong
tế bào.
Exosomes

Đây là những phân tử phức rỗng với hai lỗ. Họ có trong mở ra các phân tử
RNA và làm suy thoái chúng trong 3 '-> 5' hướng.
(Trong cả cấu trúc cũng như chức năng làm những exosomes giống với
exosomes tham gia trình bày kháng nguyên mà tiếc là chia sẻ cùng tên.)
Bởi MicroRNAs (miRNAs)
Dưới đây phân tử RNA nhỏ gắn vào một phần bổ sung trong UTR-
3' của mRNA và
 ngăn chặn nó được dịch bởi ribosome và / hoặc
 gây ra tàn phá của nó.
Liên kết để thảo luận một.

Cả hai các hoạt động này diễn ra trong cơ quan P .
Bởi Riboswitches
Nó chỉ ra rằng các quy định về mức độ chất chuyển hóa nhất định được kiểm
soát bởi riboswitches. riboswitch A là một phần của một phân tử RNA thông
tin (mRNA) với một trang web liên kết cụ thể cho các chất chuyển hóa (hoặc
một người họ hàng gần).
Ví dụ:
 Nếu thiamine pyrophosphate (các dạng hoạt động của thiamine [vitamin
B 1 ]) có sẵn trong môi trường văn hóa của E. coli ,
o nó liên kết với một RNA protein có sản phẩm là một enzyme cần
thiết để tổng hợp thiamine từ các thành phần trong môi trường tối
thiểu .
o Ràng buộc gây ra một allosteric sự thay đổi trong cấu trúc của
mRNA để nó có thể không còn liên kết với một ribosome và do
đó không thể được dịch ra enzyme.
o E. coli không còn chất thải tổng hợp tài nguyên trên một vitamin
mà có sẵn preformed.
Một pyrophosphate riboswitch thiamine cũng đã được tìm thấy ở thực
vật, cổ và Neurospora . Một trong Neurospora quy định gen liên quan

đến vitamin B 1 sự trao đổi chất của nối thay thế của bảng điểm của
mình. (Riboswitches khác cũng có hành động sao chép chứ không phải
là [dịch Link ]).
 Nếu vitamin B 12 có trong tế bào,
o nó liên kết với các mRNA có mã hóa một protein cần thiết để
nhập khẩu các vitamin từ môi trường văn hóa.
o Điều này cũng gây ra một sự thay đổi allosteric trong mRNA
nhằm ngăn ngừa nó khỏi ràng buộc một ribosome.
o E. coli không còn chất thải tổng hợp tài nguyên trên một phương
tiện vận chuyển cho một vitamin mà nó đã có đủ.
 Một số vi khuẩn Gram dương (E. coli là vi khuẩn Gram âm) kiểm soát
mức độ của một đường cần thiết để tổng hợp của thành tế bào với
riboswitch một. Trong trường hợp này, khi nồng độ đường xây dựng lên,
nó liên kết với các RNA thông tin (mRNA) với sản phẩm là các enzyme
mà làm cho các đường. Điều này làm cho mRNA để tự hủy để sản xuất
các enzyme này - và do đó các đường - chấm dứt.
Nó đã được gợi ý rằng các cơ chế này quy định, mà không liên quan đến bất kỳ
protein, là một góa phụ từ một " thế giới RNA ".
Bởi Protein gen cụ thể
Dịch của ít nhất một mRNA ở người là đàn áp bởi một protein - aminoacyl
tRNA synthetase . Để đáp ứng cytokine viêm interferon-gamma [IFN-γ],
synthetase sự từ bỏ chức năng bình thường của nó (thêm Glu và Pro để tRNAs
tương ứng của họ) và thay vào đó liên kết với các mRNA chặn dịch thuật của
mình.
Trong một số vi khuẩn, một sản phẩm protein có thể ức chế các dịch thêm các
mRNA của nó (một loại ức chế phản hồi ). Nó như vậy bằng cách gắn vào một
trang web mà khối các mRNA từ Hiệp hội hơn nữa với một ribosome.
Tóm tắt
Biểu hiện gen xảy ra theo hai bước:
 phiên mã thông tin mã hóa trong DNA vào một phân tử RNA (thảo luận

trong Gene Expression: phiên mã ) và
 bản dịch của các thông tin mã hóa trong các nucleotide của mRNA
thành một chuỗi được định nghĩa của các axit amin trong một protein
(được thảo luận ở đây).
Ở sinh vật nhân chuẩn , các quá trình phiên mã và dịch thuật được tách cả hai
không gian và thời gian. Phiên mã DNA vào mRNA xảy ra trong hạt
nhân. Dịch của mRNA thành polypeptide xảy ra trên polysomes trong tế bào
chất.
Trong vi khuẩn (không có hạt nhân), cả hai các bước sau của biểu hiện gen xảy
ra cùng một lúc: các phân tử mRNA mới sinh bắt đầu được dịch ngay cả trước
khi phiên mã từ DNA đã hoàn tất.
Xem một hiển vi điện tử hiển thị polysomes được hình thành trong phiên mã
cùng một lúc và bản dịch trong E. coli.
Bằng chứng (báo cáo của Iborra, et,. Al trong tháng tám năm 2001 phát hành
10 / Khoa học ) cho thấy rằng sự phân biệt giữa vi khuẩn và sinh vật nhân
chuẩn không phải là tuyệt đối. Họ thấy rằng 10 đến 15% của bản dịch trong các
tế bào động vật có vú xảy ra trong hạt nhân, và có ít nhất một số bản dịch này
xảy ra như mRNA vẫn còn đang được tổng hợp bởi RNA polymerase (giống
như trong E. coli )