giám sát hoạt động và đánh giá hiệu quả của chế phẩm trợ sinh từ streptomyces sp. a1 đến chất lượng môi trường nước ao nuôi tôm tại phú lộc - thừa thiên huế

MỞ ĐẦU
 Lý do chọn đề tài
Tỉnh Thừa Thiên Huế (TT Huế), với 126 km đường bờ biển, có diện tích
vùng đầm phá chiếm 34 % diện tích toàn tỉnh. Trong đó, hệ Tam Giang - Cầu Hai
với diện tích 22,000 ha được xem là hệ đầm phá lớn nhất Đông Nam Á [22]. Hệ
sinh thái nước mặn, nước lợ đặc thù ở đây đã tạo điều kiện thuận lợi cho việc phát
triển nghề nuôi trồng thủy sản (NTTS) ở tỉnh TT Huế đặc biệt là nghề nuôi tôm.
Tuy nhiên từ năm 2002 đến nay, việc phát triển các đầm, hồ, ao nuôi tôm một cách
ồ ạt, tùy tiện, không theo quy hoạch và thiếu khoa học đã khiến cho môi trường bị ô
nhiễm nghiêm trọng. Dịch bệnh tôm thường xuyên xảy ra gây thiệt hại nghiêm
trọng về kinh tế - xã hội và gây suy thoái hệ sinh thái vùng đầm phá. Hậu quả là
chính nghề nuôi tôm làm cho nhiều gia đình lao đao, nhiều hộ tái nghèo, làm tăng
số hộ nghèo trên toàn tỉnh [19].
Với thực tế đó, việc sử dụng các chế phẩm trợ sinh ngày càng trở nên phổ
biến trong nuôi tôm không chỉ nhằm mục đích phòng bệnh và cải thiện dinh dưỡng
mà còn vì nhu cầu ngày càng cao về nuôi tôm thân thiện với môi trường. Ở Châu Á
đã có nhiều nghiên cứu sử dụng các probiotic trong nuôi tôm. Theo Maeda và
Nagami (1989), việc sử dụng các loại vi khuẩn trợ sinh không những đã ức chế
được sự phát triển của Vibrio spp., giúp duy trì môi trường ao nuôi tôm tốt hơn, mà
còn tạo điều kiện thuận lợi cho sự sinh trưởng của ấu trùng tôm [72]. Ở Trung
Quốc, nghiên cứu men vi sinh trong nuôi thủy sản được tập trung vào vi khuẩn
quang hợp. Qiao Zhenguo và cs. (1992) nghiên cứu 3 chủng vi khuẩn quang hợp sử
dụng cho nuôi tôm thẻ Trung Quốc (Penaeus chinensis) dùng cải thiện chất lượng
môi trường nước [88]. Cui Jingjin và cs. (1997) đã báo cáo về việc sử dụng các vi
khuẩn quang hợp Rhodomonas sp trong sản xuất tôm giống Penaeus chinensis. Các
kết quả đạt được cho thấy chất lượng nước trong ao nuôi được bổ sung vi khuẩn đã
được cải thiện đáng kể, ô nhiễm trên vỏ của ấu trùng đã được giảm xuống, thời gian
biến thái của ấu trùng là một ngày hoặc thậm chí sớm hơn [46]. Theo Graslund và cs.
(2003) thì 86 % người nuôi tôm ở Thái Lan sử dụng probiotic để cải thiện chất lượng
nước và bùn đáy ao nuôi [39].
1

Ở nước ta, đa số các chế phẩm được sử dụng có nguồn gốc nhập ngoại và
phần lớn các chế phẩm này chưa được công bố về xuất xứ nguồn gốc. Vì vậy,
chúng có thể là nguy cơ lan truyền các vi sinh vật (VSV) độc hại, VSV biến đổi gen
làm mất an toàn sinh học. Ngoài ra, các tác động có lợi của việc sử dụng các chế
phẩm trong nuôi tôm vẫn còn gây tranh cãi bởi hiệu quả là chưa rõ ràng. Vì vậy
việc tạo ra các chế phẩm sinh học bản địa là việc làm cấp thiết.
Trên thực tế chúng tôi đã phân lập được một chủng xạ khuẩn bản địa,
Streptomyces sp. A1, với các đặc tính trợ sinh được mong muốn từ trầm tích ao nuôi
tôm ở tỉnh TT Huế [81]. Trong nghiên cứu này, chúng tôi đặt vấn đề “Giám sát
hoạt động và đánh giá hiệu quả của chế phẩm trợ sinh từ Streptomyces sp. A1
đến chất lượng môi trường nước ao nuôi tôm tại Phú Lộc - Thừa Thiên Huế”
nhằm tạo cơ sở khoa học và thực tiễn cho việc sử dụng chế phẩm trợ sinh từ các vi
sinh vật bản địa, góp phần nâng cao năng suất, hạn chế sử dụng kháng sinh và hóa
chất trong ao nuôi tôm, tạo ra các sản phẩm tôm “sạch” bảo đảm an toàn vệ sinh
thực phẩm, hướng đến một sự phát triển bền vững cho ngành nuôi trồng thủy sản
của tỉnh TT Huế.
 Mục đích nghiên cứu
• Giám sát được hoạt động và đánh giá được hiệu quả của việc sử dụng
chế phẩm trợ sinh từ Streptomyces sp. A1 đến chất lượng môi trường nước ao nuôi
tôm tại Phú Lộc - TT Huế.
• Tạo điều kiện thuận lợi cho việc sản xuất, sử dụng chế phẩm sinh học
sẵn có tại địa phương với hiệu quả cao trong việc khống chế dịch bệnh trên tôm,
góp phần đảm bảo sự phát triển bền vững nghề NTTS của tỉnh TT Huế nói riêng và
cả nước nói chung.
 Đối tượng và phạm vi nghiên cứu
• Đối tượng nghiên cứu
- Chủng xạ khuẩn Streptomyces sp. A1 có khả năng trợ sinh trong nuôi tôm
được nhóm chúng tôi phân lập và đặc tính hóa trước đây [81]. Mẫu hiện đang được
lưu giữ ở trạng thái đông khô tại phòng thí nghiệm Bộ môn Công nghệ Sinh học -
Khoa Sinh học - Trường Đại học Khoa học Huế.

- Mẫu nước và mẫu trầm tích các ao nuôi tôm ở Phú Lộc - TTHuế.
2
• Phạm vi nghiên cứu
- Các ao nuôi tôm ở Phú Lộc- tỉnh TT Huế.
 Phương pháp nghiên cứu
• Nhân sinh khối chủng xạ khuẩn Streptomyces sp. A1 trên máy lắc (Jeiotech
SI-600R, Korea) và nhân giống cấp 2 trong hệ lên men 10 L (Infors Labfors
HT, Switzerland)
• Các thông số chất lượng nước như nhiệt độ, độ dẫn điện, độ đục, độ mặn,
pH, DO và TDS được đo tại hiện trường bằng máy đo HORIBA U-52 (Mỹ).
• Tổng chất rắn (TSS) được xác định theo phương pháp khối lượng.
• BOD
5
được xác định bằng đo DO trước và sau khi ủ 5 ngày ở 20 ± 1
o
C.
• COD được xác định theo phương pháp hồi lưu kín-đo quang.
• Phosphate (PO
4
)
3-
; nitrite (NO
2
-
) được xác định theo phương pháp đo quang
• Nitrate (NO
3
_
) được xác định theo phương pháp khử bằng cadmium (Cd) và
đo quang.

• Ammonium (NH
4
/NH
3
) được xác định theo phương pháp đo quang sử dụng
thuốc thử OPP.
• Tổng Coliform được xác định bằng kỹ thuật nhiều ống MPN.
• Giám sát hoạt động của chế phẩm bằng kỹ thuật đếm trên đĩa và DGGE.
• Xác định mật độ sống của Streptomyces sp. A1 bằng phương pháp đếm trên
môi trường SCA.
• Kiểm tra hoạt tính đối kháng với Vibrio harveyi V7 của chế phẩm từ
Streptomyces sp. A1 bằng phương pháp thạch đĩa 2 lớp.
 Ý nghĩa khoa học của đề tài
• Sản xuất một chế phẩm trợ sinh cho nuôi tôm từ một chủng xạ khuẩn bản
địa, Streptomyces sp. A1, được phân lập ngay tại ao nuôi tôm ở tỉnh TT Huế với
những đặc tính trợ sinh mong muốn.
• Giám sát hoạt động của chế phẩm trợ sinh khi được sử dụng vào môi
trường ao nuôi tôm bằng cả hai phương pháp: truyền thống và phân tử.
• Làm cơ sở khoa học cho các nghiên cứu liên quan.
3
 Ý nghĩa thực tiễn của đề tài
• Tạo điều kiện thuận lợi cho việc sản xuất chế phẩm sinh học tại địa
phương nhằm khống chế dịch bệnh trên tôm, góp phần đảm bảo sự phát triển bền
vững nghề NTTS của tỉnh TT Huế nói riêng và cả nước nói chung.
 Cấu trúc của luận văn
Luận văn gồm phần mở đầu và 3 chương
Chương 1: Giới thiệu khái quát về tình hình nuôi tôm và dịch bệnh ở Việt
Nam và các vùng nuôi tôm ven đầm phá của tỉnh TT Huế, đồng thời đề cập đến
probiotic và tình hình nghiên cứu, ứng dụng probiotic trong nuôi tôm.
Chương 2: Nêu các phương pháp nghiên cứu được sử dụng.

Chương 3: Trình bày những kết quả đã đạt được trong quá trình nghiên cứu
trong đó có sự so sánh với các công trình nghiên cứu liên quan khác, đồng thời nêu
lên các kết luận rút ra từ những kết quả đã đạt được và kiến nghị cho hướng phát
triển của đề tài.
4
Chương 1 - TỔNG QUAN TÀI LIỆU
1.1. TỔNG QUAN VỀ NUÔI TÔM Ở VIỆT NAM NÓI CHUNG VÀ VÙNG
VEN ĐẦM PHÁ TỈNH THỪA THIÊN HUẾ NÓI RIÊNG
1.1.1. Tổng quan về nuôi tôm ở Việt Nam
Nghề nuôi tôm Việt Nam thực sự phát triển từ sau năm 1987 và nuôi tôm
thương phẩm phát triển mạnh vào những năm đầu thập kỷ 90 của thế kỷ trước [6].
Sự bùng nổ của nghề nuôi tôm thương phẩm được đánh dấu vào năm 2000, khi
Chính phủ ban hành Nghị quyết 09, cho phép chuyển đổi một phần diện tích trồng
lúa, làm muối năng suất thấp, đất hoang hoá sang NTTS. Chỉ trong vòng một năm
sau đó, đã có 235,000 ha gồm 232,000 ha ruộng lúa, 1,900 ha ruộng muối và 1,200
ha diện tích đất hoang hoá ngập mặn được chuyển đổi thành ao nuôi tôm. Theo số
liệu của Tổng cục Thống kê Việt Nam, ngành tôm nuôi đã phát triển rất mạnh trong
giai đoạn từ năm 2000 cho đến nay. Diện tích mặt nước nuôi tôm nước mặn, lợ năm
2005 đã đạt đến 616,9 ngàn ha, tăng 1,9 lần so với năm 2000 [15]. Phần lớn diện
tích nuôi tôm ở Việt Nam tập trung ở đồng bằng sông Cửu Long (ĐBSCL), rải rác
dọc các cửa sông, kênh, rạch ven biển miền Trung, đồng bằng sông Hồng và sông
Thái Bình ở miền Bắc [6].
Song song với việc mở rộng diện tích, sản lượng tôm nuôi cũng tăng mạnh từ
những năm 90 và đặc biệt là từ sau năm 2000 (Bảng 1.1), Việt Nam đã trở thành
một trong 5 nước có sản lượng tôm nuôi cao nhất trên thế giới. Các loài tôm nuôi
chính ở Việt Nam gồm tôm sú (Penaeus monodon), tôm he mùa (Penaeus
merguiensis), tôm nương (P. orientalis), tôm đất/rảo (Metapenaeus ensis), trong đó
tôm sú là loài nuôi chủ đạo, đóng góp sản lượng cao nhất (Bảng 1.2 và 1.3).
Bảng 1.1. Sản lượng tôm nuôi ở Việt Nam
(Nguồn: Báo cáo của Bộ Thuỷ sản từ 1990-2003)

Khu vực 1986 1990 1995 1999 2000 2001 2002
Miền Bắc 127 1,114 1,897 2,693 2,114 4,382 9,215
Bắc Trung bộ 0 168 888 1,351 1,713 3,552 6,387
Nam Trung bộ 495 589 4,135 6,993 17,153 23,727 20,890
Đông Nam bộ 242 542 1,570 3,652 990 3,153 4,359
Tây Nam bộ 14,741 30,333 47,121 44,307 81,875 127,899 153,122
Cộng 15,605 32,746 55,593 58,996 103,845 162,713 193,973
Bảng 1.2. Diện tích và sản lượng tôm nuôi ở Việt Nam 2009
(Nguồn: NN&PTNT, 2009)
5
Tôm sú
Tôm thẻ chân
trắng
Tôm khác Sản lượng
Diện tích (ha) 598,679 18,628 12,136 629,443
Sản lượng (tấn) 236,492 84,320 66,729 387,541
Bảng 1.3. Sản lượng tôm sú và tôm thẻ chân trắng theo vùng ở Việt Nam
(Nguồn: NN&PTNT, 2009)
Khu vực Tôm sú
Tôm thẻ chân
trắng
Sản lượng
Miền Bắc 3,427 6,058 11,308
Miền Trung 9,321 63,554 77,785
Miền Nam 223,745 14,708 298,448
Tổng 236,493 84,320 387,541
Nuôi tôm ở Việt Nam đã trở thành ngành kinh tế quan trọng, tạo công ăn việc
làm, tạo thu nhập, cải thiện cơ sở hạ tầng của địa phương và tăng nguồn thu ngoại tệ
cho đất nước. Trong thập kỷ qua, nhịp độ tăng trưởng xuất khẩu thuỷ sản Việt Nam
bình quân đạt 20 %/năm [24], và giá trị xuất khẩu tôm thường chiếm tỷ lệ cao trong

tổng giá trị xuất khẩu thuỷ sản. Năm 2002, giá trị xuất khẩu thủy sản đạt hơn 2 tỷ
USD trong đó xuất khẩu tôm đông lạnh chiếm 47 %, đứng thứ 2 sau xuất khẩu dầu
khí. Năm 2004, giá trị xuất khẩu thủy sản đạt 2,4 tỷ USD chiếm 8,9 % tổng giá trị
xuất khẩu cả nước, trong đó tôm đông lạnh chiếm 53 % tổng giá trị xuất khẩu thuỷ
sản [6]. Trong năm 2008, Việt Nam đã xuất khẩu tổng cộng 191,553 tấn tôm, thu về
hơn 1,6 tỷ USD, làm cho tôm trở thành mặt hàng thủy sản có giá trị xuất khẩu nhất
của Việt Nam. Đến năm 2011, kim ngạch xuất khẩu thủy sản đạt 6,1 tỷ USD, trong
đó mặt hàng tôm chiếm 39 % [110].
Tuy vậy, nghề nuôi tôm ở Việt Nam đang phải đối mặt với nhiều thách thức,
ảnh hưởng đến tính bền vững của ngành. Đó là các tác động kinh tế, xã hội, môi
trường của ngành nuôi tôm và gần đây là các vấn đề về rào cản chất lượng sản
phẩm và tranh chấp thương mại giữa các nước xuất khẩu và nhập khẩu. Nuôi tôm ở
Việt Nam chủ yếu vẫn do các nông hộ thực hiện ở quy mô sản xuất nhỏ. Chuỗi thị
trường từ khâu sản xuất đến khâu chế biến và tiêu thụ chưa được thiết lập chặt chẽ,
làm cho nghề nuôi tôm mang tính nhỏ lẻ và manh mún, kém hiệu quả, rủi ro cao,
chất lượng không ổn định dẫn đến giảm khả năng cạnh tranh với các nước khác
6
trong khu vực. Hơn nữa, việc chuyển đổi quá nhanh một diện tích lớn ruộng lúa,
ruộng muối năng suất thấp và đất hoang hoá ven biển sang nuôi tôm kéo theo một
loạt các vấn đề bất cập về cung ứng vốn đầu tư, giống, kỹ thuật công nghệ, quản lý
môi trường, kiểm soát dịch bệnh, quy hoạch và phát triển cơ sở hạ tầng. Ngoài ra,
sự phát triển nhanh chóng của nghề nuôi tôm đã và đang đặt ra những vấn đề môi
trường bức xúc trước mắt và lâu dài như suy thoái rừng ngập mặn, mất cân bằng
sinh thái, ô nhiễm môi trường và sự phát triển của dịch bệnh [6]; [17]; [28].
Theo ước tính của Bộ Thuỷ sản (1996), nạn dịch bệnh tôm ở các tỉnh đồng
bằng sông Cửu Long trong các năm 1994-1995 đã ảnh hướng tới 85,000 ha và gây
thiệt hại 294 tỷ đồng. Và trong các năm 2001, 2002 dịch bệnh tôm tiếp tục đe doạ
và gây ảnh hưởng lớn ở khu vực ĐBSCL. Năm 2003, cả nước có 546,757 ha nuôi
tôm nước lợ thương phẩm, trong đó diện tích có tôm nuôi bị bệnh và chết là 30,083
ha. Riêng các tỉnh ven biển từ Đà Nẵng đến Kiên Giang có tới 29,200 ha tôm nuôi

bị chết nhiều, chiếm 97,06 % diện tích có tôm bị chết trong cả nước. Năm 2008,
dịch bệnh xảy ra ở hầu hết các tỉnh trọng điểm nuôi tôm như Kiên Giang, Cà Mau,
Sóc Trăng, Bến Tre và Trà Vinh. Diện tích bị dịch bệnh ở các tỉnh vùng Bắc Bộ ước
tính khoảng 18 nghìn ha [6]. Trong năm 2011, Tổng cục Thủy sản (Bộ NN&PTNT)
cho biết ngành nuôi tôm ở các tỉnh ĐBSCL đã mất trắng khoảng 60,000 ha vì dịch
bệnh. Bước sang vụ nuôi tôm mới, nhưng chỉ trong 2 tháng đầu năm 2012, đã có
một số vùng nuôi tôm bị chết với tỷ lệ 30-70 % diện tích. Và tính đến hết tháng
6/2012, cả nước đã thả giống gần 615 nghìn ha tôm, tuy nhiên, đến nay gần 40
nghìn ha tôm đã chết, chủ yếu là tôm nuôi bán thâm canh và thâm canh. Các tỉnh
thiệt hại lớn là Trà Vinh, Sóc Trăng, Kiên Giang, Bạc Liêu, Long An, các tỉnh Nam
Trung Bộ…[111].
Hạn chế lớn nhất về công nghệ là ngành nuôi tôm ở Việt Nam nói riêng và
trên thế giới nói chung chưa chủ động được khâu sản xuất giống, chưa cung cấp đủ
giống, con giống chất lượng thấp và chưa kiểm soát được dịch bệnh trong sản xuất
và lưu thông giống, nuôi với mật độ cao, không tuân theo lịch thời vụ, không tuân
theo quy trình kỹ thuật, nguồn nước bơm vào một số nơi bị ô nhiễm. Một số bệnh
nguy hiểm thường gặp ở tôm là bệnh vi rút đốm trắng-WSSV, bệnh đầu vàng-YHD,
bệnh Parvovirus ở gan tụy tôm-HPV, bệnh do Penaeus Monodon Baculovirus-
7
MBV, bệnh do ký sinh trùng, do môi trường và dinh dưỡng, bệnh do vi khuẩn
Vibrio, vi khuẩn dạng sợi, bệnh do nấm…[29].
1.1.2. Tổng quan về nuôi tôm vùng ven đầm phá tỉnh TT Huế
TT Huế có hệ đầm phá Tam Giang- Cầu Hai lớn nhất Đông Nam Á, nằm trải
dài trên 70 km thuộc địa bàn của 5 huyện (Phong Điền, Quảng Điền, Hương Trà,
Phú Lộc và Phú Vang) với diện tích mặt nước khoảng 22,600 ha, có nguồn lợi thủy
sản dồi dào và đa dạng sinh học cao [2]. Hệ đầm phá Tam Giang-Cầu Hai nhận
nước ngọt từ hầu hết các sông lớn trong khu vực (sông Hương, Bồ, Ô Lâu, Đại
Giang và Truồi), đồng thời thông với biển qua hai cửa Thuận An và Tư Hiền. Khu
vực đầm phá chịu ảnh hưởng của chế độ bán nhật triều. Hệ thống đầm phá Tam
Giang - Cầu Hai đóng một vai trò rất quan trọng trong quá trình điều hòa dòng

chảy, ngăn chặn sự xâm nhập mặn, ngoài ra nó còn được khai thác phục vụ giao
thông thủy, đánh bắt và NTTS. Nhìn chung, môi trường nước lợ của đầm phá đã tạo
điều kiện thuận lợi cho sự phân bố và phát triển đa dạng của các sinh vật thủy sinh,
mang lại một nguồn lợi thủy sản đáng kể cho cộng đồng 300.000 cư dân sinh sống
ven bờ [62].
Từ năm 1994, tỉnh TT Huế đã xác định NTTS như một ngành kinh tế mũi
nhọn của vùng [83]. Phát triển NTTS, đặc biệt là hoạt động nuôi tôm đã mang lại
diện mạo mới cho vùng đầm phá. Từ các cơ chế, chính sách thông thoáng của Nhà
nước và chính quyền địa phương, người dân TT Huế đã phát triển NTTS một cách ồ
ạt trên các vùng đất ven đầm phá, diện tích nuôi tôm tăng đột biến từ 1,800 ha năm
1999 lên đến 3,200 ha năm 2001 (Sở Thủy sản TT Huế, 2002). Diện tích NTTS của
tỉnh hiện nay là 5,800 ha, trong đó diện tích ao nuôi tôm nước lợ và nước mặn là
3,900 ha, nuôi tôm nước ngọt là 1,900 ha, diện tích nuôi trong năm 2011 ước tính
đạt 5,910 ha [111]. Về sản lượng tôm, năm 2007 ước tính đạt 7,800 tấn trong đó
tôm sú đạt 3,360 tấn. Ngành thuỷ sản đóng vai trò kinh tế-xã hội quan trọng đối với
tỉnh TT Huế với tổng doanh thu xuất khẩu năm 2005 lên đến 6 triệu USD, chiếm
0,23 % của tổng kim ngạch toàn quốc (2,65 tỉ USD).
Tuy nhiên việc quản lý và sử dụng tài nguyên đầm phá chưa hợp lý và sự phát
triển NTTS thiếu quy hoạch đã làm môi trường nước bị ô nhiễm, tôm bị dịch bệnh,
nuôi tôm bị mất mùa, thua lỗ trong những năm gần đây. Tình hình dịch bệnh trên tôm
8
diễn ra và lây lan trên diện rộng làm ảnh hưởng đến kinh tế-xã hội và ô nhiễm nghiêm
trọng môi trường đầm phá (Bảng 1.4). Theo Báo cáo của Sở Thủy sản TT Huế năm
2007, ước tính có 1.052,98 ha ao nuôi tôm bị nhiễm bệnh (chiếm 36,91%), năm 2010,
889,7 ha ao nuôi tôm đã mất trắng do dịch bệnh. Từ chỗ xuất khẩu thủy sản đạt 27 triệu
USD vào năm 2002 thì đến năm 2003 chỉ còn 5 triệu USD, năm 2004 còn 3 triệu USD
[112]. Mãi đến năm 2009, kim ngạch xuất khẩu thủy sản của tỉnh mới tăng lên được
6,3 triệu USD và chỉ chiếm 5% tổng kim ngạch toàn tỉnh [22]; [34].
Bảng 1.4. Diện tích nuôi tôm đến năm 2007 ở các huyện thuộc tỉnh TT Huế
Tên huyện Diện tích nuôi trồng thủy sản (ha)

Tổng Cao triều Hạ triều Chắn sáo
Phú Lộc 1010,000 325,650 684,350 0,000 299,420
Phú Vang 1908,270 765,510 662,560 480,300 410,530
Quảng Điền 695,050 30,700 656,350 7,000 414,050
Hương Trà 287,600 27,700 259,900 0,000 190,000
Phong Điền 19,600 0,000 19,600 0,000 0,000
Tổng cộng 3920,520 1149,460 2282,760 487,300 519,590
Trong số những dịch bệnh thủy sản thì bệnh do vi khuẩn gây nên chiếm một
tỷ lệ lớn. Sự phát triển nhanh chóng của các vi khuẩn gây bệnh cơ hội là nguyên
nhân chủ yếu của tỷ lệ tử vong cao ở tôm trong môi trường nước ao nuôi giàu chất
hữu cơ. Trong đó, Vibrio spp. mà phổ biến là Vibrio alginolyticus, V. anguillarum,
V. harveyi và V. parahaemolyticus được xem là nhân tố chính [29]; [50]; [61].
Thông thường, việc bổ sung các loại thuốc kháng sinh và hóa chất với nồng
độ hợp lý vẫn là giải pháp được chọn lựa cho mục đích kiểm soát dịch bệnh do
Vibrio spp. trong nuôi tôm. Tuy nhiên, việc sử dụng kháng sinh và hóa chất không
đúng quy cách và liều lượng thường mang lại hiệu quả thấp. Ngoài ra phương pháp
này cũng có một số nhược điểm như tạo ra các dòng vi khuẩn kháng nhiều loại
kháng sinh rất nguy hiểm có thể gây suy thoái môi trường [38]; [68]; [86]; [92];
[98], và sự tồn dư các loại kháng sinh cũng như hóa chất trong động vật thủy sản,
làm giảm đáng kể sức cạnh tranh về mặt kinh tế đối với các sản phẩm xuất khẩu.
Vì vậy, việc tạo ra các chế phẩm sinh học từ các vi sinh vật bản địa phù hợp
với điều kiện khí hậu của Việt Nam, độ an toàn sinh học cao và giá thành rẻ thật sự
9
là một vấn đề cấp thiết, đảm bảo cho sự phát triển bền vững của ngành nuôi trồng,
chế biến và xuất khẩu thủy sản Việt Nam.
1.2. PROBIOTIC VÀ TRIỂN VỌNG CỦA VIỆC SỬ DỤNG PROBIOTIC
TRONG NUÔI TÔM
1.2.1. Khái niệm về probiotic
Probiotic theo tiếng Hy Lạp có nghĩa là “dành cho cuộc sống” và đã có nhiều
định nghĩa cho thuật ngữ này từ các tác giả khác nhau. Lily và Stillwell (1965) đã

dùng thuật ngữ này để mô tả những chất được tiết ra bởi một loại vi sinh vật (VSV)
nào đó mà có thể kích thích sự phát triển của sinh vật khác [69]. Parker (1974) lại
cho rằng probiotic là những vi sinh vật (VSV) như vi khuẩn hay nấm men mà có thể
thêm vào thực phẩm giúp cân bằng quần thể VSV trong ruột của sinh vật chủ [85].
Theo Fuller (1989), probiotic là những VSV được sử dụng làm thức ăn bổ sung gây
ra những ảnh hưởng hữu ích lên vật chủ bằng cách ổn định hệ VSV đường ruột
[55]. Năm 1992, Havenaar đã mở rộng định nghĩa về probiotic: Probiotic được định
nghĩa như là sự nuôi cấy riêng lẻ hay hỗn hợp các VSV sống mà có ảnh hưởng có
lợi cho sinh vật chủ bằng cách cải thiện những đặc tính của VSV bản địa. Trên cơ
sở những nghiên cứu gần đây, Salminen và cs. (1999) cho rằng probiotic là các chế
phẩm hay các thành phần có nguồn gốc từ tế bào VSV có tác động có lợi lên vật chủ
[90]. Theo tổ chức Lương Nông Liên Hiệp Quốc/Tổ chức Y tế Thế giới
(FAO/WHO, 2001): “Probiotic là các VSV sống khi được đưa một lượng cần thiết
vào cơ thể sẽ đem lại hiệu quả có lợi cho cơ thể vật chủ” [51]. Một cách tổng quát,
theo Phạm Thị Tuyết Ngân (2007): “Probiotic là hỗn hợp bổ sung mang bản chất
của các VSV sống tác động có lợi đối với vật chủ nhờ cải thiện hệ vi sinh liên kết
với vật chủ hoặc sống tự do trong môi trường, nó giúp cải thiện việc sử dụng thức
ăn hoặc tăng cường giá trị dinh dưỡng của thức ăn, ngoài ra probiotic còn giúp tăng
khả năng đề kháng của vật chủ đối với mầm bệnh hoặc nhờ vào sự cải thiện chất
lượng của môi trường sống” [18].
Thông thường, các chủng VSV có thể sử dụng làm probiotic đã được phân
lập từ VSV bản địa và ngoại sinh của các loài động vật thủy sản. Các loại vi khuẩn
Gram (-), kỵ khí tùy nghi như Vibrio và Pseudomonas tạo thành hệ VSV bản địa
chiếm ưu thế của một loạt các loài cá biển. Ngược với các loài cá nước mặn, hệ
VSV bản địa của các loài cá nước ngọt có xu hướng bao gồm các loài thuộc giống
10
Aeromonas, Plesiomonas, thuộc họ Enterobacteriaceae, và các vi khuẩn kỵ khí bắt
buộc như Bacteroides, Fusubacterium và Eubacterium. Vi khuẩn sản sinh acid
lactic mà phổ biến ở các loài động vật có vú hoặc ruột gia cầm (Bifidobacterium ở
người, Lactobacillus ở động vật gặm nhấm, lợn và gia cầm, Enterococcus ở động

vật ăn thịt) được xem là loài chiếm ưu thế đứng thứ hai ở cá và đại diện chủ yếu bởi
Carnobacterium [40].
1.2.2. Cơ chế tác động của probiotic trong NTTS
1.2.2.1. Sản xuất các chất ức chế
Vi khuẩn được sử dụng làm probiotic thường tiết ra nhiều loại hợp chất hóa
học gây ức chế đối với cả vi khuẩn G (+) và G

(-). Những chất này có thể kể đến
như: bacteriocin, siderophore, lysozyme, protease, hydrogen peroxide, Vi khuẩn
sinh acid lactic cho thấy cũng sản xuất các hợp chất như bacteriocin mà có tác dụng
ức chế đối với nhiều loại VSV khác [74].
1.2.2.2. Cạnh tranh vị trí bám dính
VSV probiotic cạnh tranh về vị trí bám dính và thức ăn trên bề mặt biểu mô
ruột và cuối cùng ngăn chặn sự nhân lên của nhóm vi khuẩn gây bệnh. Khả năng
bám dính và sinh trưởng trong điều kiện in vitro trên/trong biểu mô ruột hay lớp
màng nhầy bên ngoài thành ruột đã được thử nghiệm đối với một số tác nhân gây
bệnh cho cá như Vibrio anguillarum và Aeromonas hydrophila [74].
1.2.2.3. Cạnh tranh chất dinh dưỡng
VSV hữu ích sử dụng chất dinh dưỡng mà nếu không sẽ được tiêu thụ bởi các loại
vi khuẩn gây bệnh. Cạnh tranh chất dinh dưỡng đóng vai trò quan trọng trong hệ VSV
đường ruột hoặc môi trường xung quanh của đối tượng thủy sản được nuôi. Do đó, ứng
dụng thành công nguyên tắc cạnh tranh này trong tự nhiên không phải là điều đơn giản và
điều này vẫn còn là thách thức đối với các nhà sinh thái học VSV [74].
1.2.2.4. Nguồn cung cấp chất dinh dưỡng và các enzyme tham gia vào quá trình
tiêu hóa
Các nhà khoa học đã chứng tỏ được rằng vi sinh vật probiotic tác động có lợi
cho quá trình tiêu hóa của động vật thủy sản. Ở cá, người ta nhận thấy rằng
Bacteriodes và Clostridium sp. cũng góp phần vào nguồn dinh dưỡng cho vật chủ,
đặc biệt là cung cấp các acid béo và vitamin. Các vi khuẩn khác như Agrobacterium
11

sp., Pseudomonas sp., Brevibacterium sp., Microbacterium sp., và Staphylococus
sp. cũng đóng góp vào quá trình hấp thu chất dinh dưỡng ở cá hồi Bắc cực
(Salvelinus alpinus L.). Ngoài ra, một số vi khuẩn cũng tham gia vào quá trình tiêu
hóa của động vật hai mảnh vỏ bằng cách sản xuất ra các enzyme ngoại bào như
protease, lipase cũng như cung cấp nhiều yếu tố tăng trưởng cần thiết khác. Các
nghiên cứu tương tự cũng được thực hiện đối với quần thể VSV ở tôm trưởng thành
(Penaeus chinensis), cho thấy có sự bổ sung các enzyme thiết yếu cho tiêu hóa và
tổng hợp các chất tương tự như ở động vật. VSV có thể cung cấp nguồn vitamin hay
amino acid cho bộ máy tiêu hóa của vật chủ [74].
1.2.2.5. Tăng cường đáp ứng miễn dịch
Hệ thống đáp ứng miễn dịch không đặc hiệu có thể được kích thích bởi
probiotic. Các nhà khoa học đã chứng minh được rằng nếu bổ sung bằng cách uống
vi khuẩn Clostridium butyricum cho cá hồi cầu vồng (Oncorhynchus mykiss) sẽ
giúp tăng cường sức đề kháng của cá đối với phẩy khuẩn bằng cách tăng cường hoạt
động thực bào của bạch cầu. Rengpipat và cs. (2000) nhận thấy khi sử dụng
Bacillus sp. (chủng S11) giúp giảm tỷ lệ tôm nhiễm bệnh do khả năng kích hoạt các
tế bào cũng như các đáp ứng miễn dịch dịch thể. Balcazar (2003) cho rằng bổ sung
hỗn hợp vi khuẩn (Bacillus và Vibrio sp.) có ảnh hưởng tích cực đến sự sinh trưởng
và tỷ lệ sống của ấu trùng tôm chân trắng cũng như khả năng chống chịu với các tác
nhân gây bệnh Vibrio harveyi và bệnh đốm trắng do virus gây nên. Hiệu quả bảo vệ
này có được là do tăng cường hoạt động thực bào và hoạt tính kháng khuẩn, dẫn
đến kích thích hệ thống miễn dịch. Ngoài ra, Nikoskelainen và cs. (2003) đã sử
dụng vi khuẩn sinh lactic Lactobacillus rhamnosus (chủng ATCC 53103) với mật
độ 10
5
CFU/g thức ăn, nhận thấy gia tăng khả năng hô hấp ở cá hồi cầu vồng
(Oncorhynchus mykiss) [74].
1.2.2.6. Cải thiện chất lượng nước
Probiotic cũng góp phần cải thiện chất lượng nước trong NTTS. Điều này là
do các vi khuẩn hữu ích trong probiotic có khả năng tham gia vào chu trình tuần

hoàn hợp chất hữu cơ trong ao nuôi [74].
Cải thiện chất lượng nước cho thấy liên quan đặc biệt với vi khuẩn Bacillus sp.
Nguyên nhân cơ bản là do vi khuẩn Gram (+) có khả năng chuyển hóa chất hữu cơ
12
triệt để thành CO
2
hiệu quả hơn vi khuẩn G (-). Trong chu trình trao đổi chất, duy trì
mật độ vi khuẩn Gram (+) trong ao nuôi sẽ hạn chế được sự tích lũy vật chất hữu cơ
trong ao trong suốt quá trình nuôi. Theo Dalmin và cs. (2001), việc sử dụng
Bacillus sp. được cho là giúp cải thiện chất lượng nước, tỷ lệ sống và tốc độ tăng
trưởng của ấu trùng tôm sú (Penaeus monodon) cũng như ức chế phẩy khuẩn gây
bệnh [47]; [40].
1.2.2.7. Tương tác với thực vật nổi (thực vật thủy sinh)
Vi khuẩn probiotic có khả năng đáng kể trong việc tiêu diệt một số loài tảo,
đặc biệt là tảo gây ra hiện tượng thủy triều đỏ. Những dòng vi khuẩn đối kháng với
tảo có thể là không được mong muốn trong kỹ thuật ương ấu trùng bằng nước xanh,
tuy nhiên sẽ có lợi khi tảo phát triển quá mức trong ao nuôi [74].
1.2.2.8. Hoạt tính kháng virus
Một số vi khuẩn sử dụng như là probiotic có tác dụng kháng virus. Mặc dù cơ
chế chính xác của hoạt tính này vẫn chưa được biết rõ, các nghiên cứu trong phòng
thí nghiệm chỉ ra rằng virus bị bất hoạt bởi các chất có hoạt tính sinh học chiết xuất
từ tảo biển và các nhân tố ngoại bào của vi khuẩn. Các nghiên cứu gần đây cho thấy
Pseudomonas sp., Vibrio sp., Aeromonas sp. và nhóm Coryneform phân lập từ các
trại sản xuất giống cá hồi có hoạt tính kháng virus gây bệnh hoại tử (Infectious
hematopoietic necrosis virus- IHNV) với hiệu quả hơn 50 %. Girones và cs. (1989)
đã tìm thấy một loại vi khuẩn biển thuộc giống Moraxella có khả năng đối kháng
đặc hiệu với poliovirus [58]. Direkbusarakom và cs. (1998) đã phân lập được hai
chủng vi khuẩn Vibrio spp. Nica 1030 và Nica 1031 từ một trại sản xuất giống tôm
sú. Các dòng phân lập được cũng thể hiện hoạt tính kháng IHNV và virus
Oncorhynchus masou (OMV) [49].

1.2.3. Tình hình nghiên cứu và ứng dụng probiotic trong nuôi tôm
1.2.3.1. Tình hình sử dụng và hiệu quả của probiotic trong nuôi tôm trên thế giới
Vào những năm cuối của thập kỷ 80, những công bố đầu tiên về kiểm soát
sinh học trong NTTS đã được công nhận và từ đó nhiều nghiên cứu về vấn đề này
không ngừng phát triển. Tuy vậy, cho đến nay, nghiên cứu về sử dụng probiotic
trong NTTS vẫn còn đang ở trong giai đoạn mới mẻ và có nhiều vấn đề cần phải
đầu tư. Những dòng vi khuẩn cơ bản như Vibrio, Pseudomonas, Bacillus và
13
Lactobacillus đã được kiểm chứng và được xem như như những dòng vi sinh hữu
ích trên các đối tượng tôm, cua, nhuyễn thể và cá [59].
Maeda và Nagami (1989) báo cáo về việc sử dụng chế phẩm trợ sinh đã làm
suy giảm mật độ vi khuẩn Vibrio trong ao nuôi do sự cạnh tranh sinh học giữa nhóm
vi khuẩn có lợi và nhóm gây bệnh, tạo điều kiện thuận lợi cho sự sinh trưởng của ấu
trùng tôm, cua [72].
Trong một công trình nghiên cứu khác, Maeda và Liao (1992) đã sử dụng
chủng vi khuẩn PM-4 phân lập từ đất bổ sung vào môi trường ương, nhận thấy có
ảnh hưởng tốt đối với tỷ lệ sống của ấu trùng tôm sú (Penaeus monodon), do chúng
có thể ức chế mầm bệnh [73].
Garriques và Arevalo (1995) đã thí nghiệm bổ sung vi khuẩn Vibrio
alginolyticus vào bể ương ấu trùng tôm (Litopenaeus vannamei) mỗi ngày. Kết quả
cho thấy tỷ lệ sống trung bình và trọng lượng tôm cao nhất trong bể có sử dụng vi
khuẩn hữu ích, tiếp theo là bể được xử lý bằng kháng sinh oxytetracyline, thấp nhất
ở bể đối chứng. Các bể có bổ sung vi khuẩn Vibrio alginolyticus, không thấy xuất
hiện vi khuẩn gây bệnh V. parahaemolyticus, trong khi các nghiệm thức còn lại có
khoảng 10% mẫu có mặt vi khuẩn này [59].
Jiravanichpaisal và Chuaychuwong (1997) sử dụng Lactobacillus sp. trong
nuôi tôm sú để hạn chế bệnh gây ra bởi nhóm Vibrio và bệnh đốm trắng. Các tác giả
đã xác định được hoạt động ức chế của Lactobacillus sp. trên nhóm Vibrio, E. coli
và Staphylococcus sp. [65].
Rengpipat và Rukpratanporn (1998) cho rằng Bacillus S11 là vi khuẩn hữu ích

có thể bổ sung vào dung dịch giàu hóa Artemia trước khi cho ấu trùng tôm sú ăn.
Kết quả tôm ít bệnh hơn và phát triển nhanh hơn, đạt tỉ lệ sống 13% khi gây nhiễm
với V. harveyi, trong khi kết quả đối chứng chỉ đạt 4% [89].
Scholz (1999) đã cho biết các loại chế phẩm chứa Saccharomyces cerevisiae
và Phaffia rhodozyma có khả năng nâng cao sức đề kháng chống các bệnh do
Vibrio gây ra trên tôm. Ngoài ra, màng tế bào của các chủng VSV này chứa một
nguồn giàu các chất glucan và mannan giúp kích thích hệ miễn dịch. Hơn nữa, do
chứa hàm lượng cao và phong phú các vitamin và khoáng chất trong thành phần tế
14
bào, các VSV đã góp phần nâng cao chức năng hệ miễn dịch của động vật nuôi
[91].
Prabhu và cs. (1999) đã nhận thấy những kết quả có lợi của việc sử dụng một
chế phẩm trợ sinh thương mại trong các ao nuôi tôm ở Ấn Độ. Tuy nhiên, chế phẩm
sinh học chỉ được ứng dụng trong bốn lần khác nhau (việc lựa chọn số lần này đã
không được giải thích rõ ràng). Bên cạnh đó, các dữ liệu về thông số chất lượng
nước đã được thu thập và phân tích để thấy được sự khác biệt giữa các giá trị
“trước” và “sau” trong mỗi ao trong mỗi ứng dụng hơn là thấy được một phân tích
tổng thể giữa các ao được xử lý và ao đối chứng [87].
Sonnenholzer và Boyd (2000) đã đánh giá tác động của chế phẩm trợ sinh đến
tỷ lệ phân hủy chất hữu cơ ở đáy ao sau khi thu hoạch và chất lượng nước thải ra
nhằm đề xuất hướng khắc phục việc cần thiết phải loại bỏ bùn đáy sau khi nuôi.
Tuy nhiên, một lần nữa, việc đánh giá chỉ được giới hạn trong phạm vi từ 7 đến 9
ngày và phương pháp chỉ quan tâm đến việc giảm lượng bùn đáy mà không quan
tâm đến việc cải thiện chất lượng nước. Căn cứ vào thực trạng môi trường NTTS tại
vùng nuôi tôm, cả hai yếu tố này cần phải được đồng thời nghiên cứu [93].
Matias và cs. (2002) đã nghiên cứu ảnh hưởng của các sản phẩm VSV thương
mại đến chất lượng nước trong các ao nuôi tôm nhiệt đới. Việc bổ sung các sản
phẩm VSV thương mại vào các ao nuôi tôm đã không mang lại kết quả trong việc
cải thiện đáng kể chất lượng nước so với đối chứng. Tuy nhiên, chất lượng nước là
khá tốt hơn trong giai đoạn đầu của quá trình nuôi và sản xuất tôm cao hơn ở một số

ao đã chỉ ra rằng một số sản phẩm VSV có tiềm năng để tăng cường môi trường ao
nuôi và sản lượng tôm [75].
Wang và cs. (2005) đã nghiên cứu ảnh hưởng của các chế phẩm trợ sinh
thương mại đến chất lượng nước trong các ao nuôi tôm và kết quả đã cho thấy rằng
các chế phẩm có thể làm giảm đáng kể nồng độ nitrogen và phosphorus trong nước
ao nuôi so với đối chứng [101].
Yanbo Wang và cs. (2006) đã khảo sát tác dụng của các chế phẩm trợ sinh đến
trầm tích của ao nuôi tôm trong suốt 117 ngày của quá trình nuôi. Kết quả đã cho thấy
chế phẩm trợ sinh có thể làm giảm sự tích lũy các chất dinh dưỡng (nitrogen,
15
phosphate và lưu huỳnh) và cải thiện thành phần của các quần thể vi khuẩn trong trầm
tích ao nuôi, và do đó, cung cấp một môi trường trầm tích tốt cho việc nuôi tôm [104].
Lakshmanan R. và P. Soundarapandian (2008) đã đánh giá hiệu quả của các
chế phẩm sinh học thương mại đến việc nuôi tôm sú Penaeus monodon (Fabricius)
ở quy mô lớn. Kết quả đã cho thấy các chế phẩm này đã đóng một vai trò quan
trọng trong tỉ lệ sống sót, phát triển và kháng bệnh của tôm bằng cách bảo đảm các
thông số chất lượng nước tốt trong suốt thời gian nuôi [71].
Xu-xia Zhou và cs. (2009) đã nghiên cứu tác dụng của chế phẩm trợ sinh đến
ấu trùng tôm dựa trên chất lượng nước, tỷ lệ sống sót và hoạt động enzyme tiêu hóa.
Kết quả cho thấy việc bổ sung chế phẩm trợ sinh ở một nồng độ nhất định có thể
làm tăng đáng kể tỷ lệ sống sót và hoạt động của một số enzyme tiêu hóa của ấu
trùng tôm [99].
1.2.3.2. Tình hình sử dụng và hiệu quả của probiotic trong nuôi tôm ở Việt Nam
Ở Việt Nam, hiện có khoảng 150 thương hiệu chế phẩm sinh học đang được
bán với các tên thương mại như Power Pack, Envi Bacillus, Bio Waste…. Các sản
phẩm này chủ yếu là có nguồn gốc từ nước ngoài, một số có nguồn gốc xuất xứ
không rõ ràng [37].
Trong những năm gần đây Bộ Thủy sản (2002a, 2002b) đã cho phép lưu hành
sử dụng nhiều chế phẩm vi sinh và nhiều nơi đã làm quen với việc sử dụng các chế
phẩm vi sinh này và có kết quả khá tốt. Tuy nhiên, cần có một sự đánh giá toàn diện

về hiệu quả kinh tế và phương pháp sử dụng.
Đặng Thị Hoàng Oanh và cs. (2000) đã nghiên cứu tác dụng của men vi sinh
Bio-dream lên các yếu tố vô sinh và hữu sinh trong ương nuôi ấu trùng tôm càng
xanh với liều lượng 1g/m
3
(theo hướng dẫn của nhà sản xuất) và nhịp sử dụng khác
nhau. Tác giả cho biết với nghiệm thức không sử dụng, sử dụng hàng ngày và sử
dụng 10 ngày 1 lần thì nghiệm thức sử dụng hàng ngày là tốt nhất. Kết quả thử
nghiệm ấu trùng chuyển sang tôm bột ở ngày thứ 18, mật số vi khuẩn Vibrio tổng
cũng thấp và các yếu tố môi trường cũng luôn giữ được ổn định. Điều này cho thấy
hiệu quả tích cực của men vi sinh trong sản xuất giống tôm càng xanh [48].
Theo Võ Thị Thứ và cs. (2004), thử nghiệm men vi sinh Biochie để xử lý
nước nuôi tôm sú giống và tôm thịt tại Đồ Sơn, Hải Phòng và Hà Nội cho kết quả
16
khá tốt thông qua môi trường được cải thiện, đặc biệt rất có hiệu quả đối với nuôi
tôm giống như giảm chu kỳ thay nước và giảm mùi hôi. Tác dụng của chế phẩm lên
sự tăng trưởng rất khả quan là tôm phát triển đồng đều, tăng tỉ lệ sống và tăng
trưởng nhanh [32].
Võ Thị Hạnh (Viện Sinh học nhiệt đới) đã phối trộn các chế phẩm VSV sống
và enzyme tiêu hóa để sản xuất thành công chế phẩm probiotic BIO I và BIO II.
Chế phẩm BIOII gồm các nhóm VSV Lactobacillus, Bacillus và Sacharomyces
phối hợp với các enzym α-amylase và protease dùng trong xử lý môi trường nước
nuôi tôm, cá và chế phẩm BIOI dùng trong chăn nuôi. Chế phẩm BIO II có tác
dụng: phân hủy những thức ăn thừa và các khí thải ở đáy ao, ổn định pH và màu
nước ao, kìm hãm sự tăng trưởng của các VSV gây bệnh cho tôm, cá như các vi
khuẩn Vibrio spp., tăng năng suất nuôi trồng [12]. KS. Phạm Minh Văn, Giám đốc
Công ty cổ phần kỹ thuật nuôi trồng thủy sản Khánh Long (TP.HCM) nhận xét:
“Sau 6 tháng thử nghiệm BIO II tại các ao tôm sú ở Tiền Giang, Sóc Trăng và Ninh
Thuận với diện tích thử nghiệm lớn kết quả cho thấy độ pH nước ổn định, màu
nước trong ao xanh, tôm sú không nhiễm bệnh, năng suất thu hoạch tôm tăng”.

Ở Sóc Trăng, mô hình nuôi tôm sú bằng chế phẩm vi sinh ES-01 và BS-01 của
Trung tâm nghiên cứu ứng dụng sinh học phục vụ NTTS đã góp phần đưa năng suất
tôm nuôi nhiều trang trại đạt tới 12 tấn/ha/vụ. Nhiều hộ nuôi tôm có xử lý chế phẩm vi
sinh cho thấy môi trường nước luôn ổn định, tôm phát triển nhanh khắc phục được
nhiều khó khăn về thời tiết, môi trường, chi phí đầu tư, dịch bệnh, tăng năng suất [109].
Ở Cà Mau, việc áp dụng mô hình nuôi tôm bằng chế phẩm EM.ZEO bước đầu
mang lại hiệu quả khả quan, giữ cho môi trường của ao luôn sạch, tôm khoẻ mạnh
mà hoàn toàn không sử dụng các loại hoá chất độc hại, kháng sinh. Trong suốt quá
trình nuôi, tôm phát triển tốt và không bị nhiễm bệnh [108].
Nghiên cứu của Nguyễn Thanh Phương (2007), sử dụng kết hợp 3 loại men vi
sinh Ecomarine, Bio-dream, BZT trong ương nuôi ấu trùng tôm càng xanh theo mô
hình nước xanh cải tiến, cho thấy các yếu tố môi trường phù hợp cho sự phát triển
của ấu trùng, men vi sinh góp phần hạn chế số lượng vi khuẩn Vibrio spp trong môi
trường bể ương, với tỷ lệ sống của ương ấu trùng tôm càng xanh khá cao, dao động
từ 59,1-76,6 % [25].
17
Riêng ở TT Huế, theo điều tra của Lê Thị Nam Thuận và cs. (2007), việc sử dụng
chế phẩm sinh học trong nuôi tôm còn rất hạn chế. Chỉ có 10 loại chế phẩm sinh học
được sử dụng, trong đó có tới 90% chế phẩm có nguồn gốc nước ngoài. Hiện nay, chế
phẩm sinh học Bokashi trầu của Trường Đại học Nông Lâm Huế đã được người dân
nuôi tôm địa phương xác nhận có hiệu quả bước đầu. Nhưng các VSV được sử dụng
có nguồn gốc từ chế phẩm EM của Nhật Bản. Đa phần các loại chế phẩm sinh học chỉ
được sử dụng trong các ao nuôi quy mô lớn hay ở các Trung tâm thuộc Sở Thủy sản.
Nguyên nhân của tình trạng này là giá thành của các chế phẩm sinh học còn quá cao so
với mức thu nhập của người dân [37]. Vì vậy, việc tìm ra những VSV bản địa có khả
năng trợ sinh cao cho nuôi tôm là một vấn đề cấp thiết, góp phần quan trọng trong
hướng phát triển bền vững nghề nuôi tôm của tỉnh TT Huế.
Trước thực trạng này, với nỗ lực tìm ra giải pháp khắc phục dịch bệnh trên tôm ở
TT Huế, Ngô Thị Tường Châu và Nguyễn Thị Ngọc Thanh (2007) đã tiến hành phân
lập và tuyển chọn các chủng VSV có khả năng phân giải chất hữu cơ cao từ nước thải

nuôi tôm ở TT Huế, từ đó đi sâu nghiên cứu khả năng phân giải protein của các chủng
vi khuẩn được tuyển chọn [8]. Ngoài ra, Ngô Thị Tường Châu và cs. (2010a) đã tiến
hành khảo sát chất lượng nước và các quần thể vi khuẩn trong ao nuôi tôm ở Quảng
An, Quảng Điền, Thừa Thiên Huế [9]. Cũng theo hướng đó, Ngo Thi Tuong Chau và
cs. (2010a và 2010b) đã phân lập và đặc tính hóa vi khuẩn thuộc giống Vibrio phân lập
từ tôm bệnh trong các ao nuôi của tỉnh TT Huế [80]; [81]; [82].
1.3. XẠ KHUẨN VÀ KHẢ NĂNG TRỢ SINH TRONG NUÔI TÔM
1.3.1. Giới thiệu chung về xạ khuẩn
1.3.1.1. Phân bố của xạ khuẩn trong tự nhiên
Sự tồn tại của xạ khuẩn được thừa nhận và biết đến hơn một trăm năm nay.
Ban đầu, xạ khuẩn được xem là một nhóm VSV với nhiều đặc điểm tương đồng với
cả vi khuẩn (prokaryote) và nấm mốc (eukaryote). Tuy nhiên việc xác định được
thành phần hóa học và cấu trúc của xạ khuẩn từ những năm 1950 đã xác nhận xạ
khuẩn là prokaryote. Ngày nay, xạ khuẩn được xếp vào bộ Actinomycetales theo hệ
thống phân loại của Bergey hoặc Actinomycetes theo hệ thống phân loại của
Kracinhicop, là vi khuẩn Gram (+) có khả năng hình thành hệ sợi phân nhánh, có
thành phần G+C trong DNA trên 55 % [30].
18
Xạ khuẩn phân bố rất rộng rãi trong tự nhiên, chủ yếu chúng có trong đất và
đóng vai trò rất quan trọng trong sự hình thành mùn và tham gia vào chu trình tuần
hoàn vật chất trong tự nhiên. Theo Waksman (1961) thì trong một gam đất có
khoảng 29.000-2.400.000 mầm xạ khuẩn, chiếm 9-45 % tổng số VSV [10].
Xạ khuẩn cũng có thể được phân lập từ nước ngọt nhưng mật độ hiện diện
thấp. Các giống phổ biến là Actinoplanes, Micromonospora, Nocardia,
Rhodococcus, Streptomyces và Thermoactinomyces. Nhiều giống xạ khuẩn đã được
phân lập từ nước biển và trầm tích biển bao gồm Streptomyces, Micromonospora,
Mocrobispora, Nocardia, Thermoactinomyces và Coryneforms. Streptomycetes
chiếm ưu thế ở khu vực nước nông ở biển Thái Bình Dương và biển Atlantic, trong
khi Micromonosporae và Nocardioforms chiếm ưu thế ở trầm tích biển sâu. Xạ
khuẩn cũng hiện diện ở dạng cộng sinh trong hệ đường ruột các động vật trong đất,

giữ vai trò quan trọng trong quá trình tiêu hóa ở mối [30].
1.3.1.2. Đặc điểm hình thái và sự hình thành bào tử của xạ khuẩn
* Khuẩn lạc
Đặc điểm nổi bật của xạ khuẩn là có hệ sợi phát triển, phân nhánh mạnh và
không có vách ngăn (chỉ trừ cuống bào tử khi hình thành bào tử). Đường kính hệ sợi
của xạ khuẩn khoảng từ 0,1-0,5 µm.
Khuẩn lạc của xạ khuẩn thường chắc, xù xì có dạng da, dạng vôi, dạng
nhung tơ hay dạng màng dẻo. Khuẩn lạc xạ khuẩn có màu sắc khác nhau: đỏ, da
cam, vàng, nâu, xám, trắng…tuỳ thuộc vào loài và điều kiện ngoại cảnh. Kích thước
và hình dạng của khuẩn lạc có thể thay đổi tuỳ loài và tuỳ vào điều kiện nuôi cấy
như thành phần môi trường, nhiệt độ, độ ẩm…Đường kính mỗi khuẩn lạc chỉ chừng
0,5-2 mm nhưng cũng có khuẩn lạc đạt tới đường kính 1cm hoặc lớn hơn.
* Khuẩn ty
Trên môi trường đặc, hệ sợi của xạ khuẩn phát triển thành 2 loại: một loại
cắm sâu vào môi trường gọi là hệ sợi cơ chất (khuẩn ty cơ chất) làm nhiệm vụ hấp
thu chất dinh dưỡng. Một loại phát triển trên bề mặt thạch gọi là hệ sợi khí sinh
(khuẩn ty khí sinh) với chức năng chủ yếu là sinh sản [10].
* Sự hình thành bào tử của xạ khuẩn
Xạ khuẩn sinh sản sinh dưỡng bằng bào tử. Bào tử được hình thành trên các
nhánh phân hóa từ khuẩn ty khí sinh được gọi là cuống sinh bào tử. Cuống sinh bào
tử ở các loài xạ khuẩn có kích thước và hình dạng khác nhau. Có loài dài tới 100-
19
200 nm, có loài chỉ khoảng 20-30 nm. Có loài cấu trúc theo hình lượn sóng, có loài
lò xo hay xoắn ốc. Sắp xếp của cuống sinh bào tử cũng khác nhau. Chúng có thể sắp
xếp theo kiểu mọc đơn, mọc đôi, mọc vòng hoặc từng chùm. Đặc điểm hình dạng
của cuống sinh bào tử là một tiêu chuẩn phân loại xạ khuẩn [26].
1.3.2. Xạ khuẩn thuộc giống Streptomyces
Giống Streptomyces là một giống xạ khuẩn bậc cao được Wakman và
Henrici đặt tên năm 1943. Đây là giống có số lượng loài được mô tả lớn nhất. Các
đại diện cho giống này có hệ sợ khí sinh và hệ sợi cơ chất phát triển phân nhánh.

Đường kính sợi xạ khuẩn khoảng 1-10 µm, khuẩn lạc thường không lớn có đường
kính khoảng 1-5 mm. Khuẩn lạc chắc, dạng da mọc đâm sâu vào cơ chất. Bề mặt
khuẩn lạc thường được phủ bởi khuẩn ty khí sinh dạng nhung, dày hơn cơ chất, đôi
khi có tính kỵ nước.
Xạ khuẩn giống Streptomyces sinh sản vô tính bằng bào tử. Trên đầu sợi khí
sinh hình thành cuống sinh bào tử và chuỗi bào tử. Cuống sinh bào tử có những
hình dạng khác nhau tùy loài: thẳng, lượn sóng, xoắn, có móc, vòng Bào tử được
hình thành trên cuống sinh bào tử bằng hai phương pháp phân đoạn và cắt khúc.
Bào tử xạ khuẩn có hình bầu dục, hình lăng trụ, hình cầu với đường kính khoảng
1,5 µm. Màng bào tử có thể nhẵn, gai, khối u, nếp nhăn tùy thuộc vào loài xạ
khuẩn và môi trường nuôi cấy. Màu sắc của khuẩn lạc và hệ sợi khí sinh cũng rất
khác nhau tùy theo nhóm Streptomyces, màu sắc này cũng có thể biến đổi khi nuôi
cấy trên môi trường khác nhau.
Các loài xạ khuẩn thuộc giống Streptomyces có cấu tạo giống vi khuẩn Gram
(+), hiếu khí, dị dưỡng các chất hữu cơ. Chúng có thể thủy phân nhiều hợp chất cao
phân tử như chitin, lignocellulose, latex,…và do đó đóng vai trò quan trọng trong
quá trình khoáng hóa và sự hình thành mùn. Xạ khuẩn chi này có khả năng tạo
thành số lượng lớn các chất kháng sinh ức chế vi khuẩn, nấm sợi, các tế bào ung
thư, virus và nguyên sinh động vật [26]; [79].
1.3.3. Xạ khuẩn và khả năng sản sinh các hợp chất thứ cấp
Xạ khuẩn được các nhà khoa học cũng như các nhà vi sinh công nghiệp quan
tâm do khả năng sản sinh các hợp chất thứ cấp hữu ích cho con người, đặc biệt là
20
các kháng sinh. Trong số 8.000 chất kháng sinh hiện biết trên thế giới, có trên 80%
là có nguồn gốc từ xạ khuẩn. Giống Streptomyces chiếm hơn hai phần ba nguồn các
kháng sinh tự nhiên đã phát hiện được. Các hợp chất kháng sinh khác nhau của xạ
khuẩn đã được nghiên cứu đặc điểm gồm aminoglycoside, chloramphenicol,
anthracycline, glycopeptide, β-lactam, macrolides, nucleoside, peptide, polyene,
polyester, polyketide, actinomycin và tetracycline. Các hợp chất này được sử dụng
thành công làm thuốc diệt cỏ, thuốc chống ung thư, các chất điều hòa miễn dịch và

chất chống ký sinh trùng [27].
Xạ khuẩn sản sinh một lượng lớn kháng sinh với những cấu trúc hóa học đa
dạng. Tuy nhiên, không phải tất cả các chủng xạ khuẩn đều sinh kháng sinh và vai
trò của kháng sinh trong chu trình sống của xạ khuẩn cũng chưa được hiểu rõ.
Kháng sinh là sản phẩm cuối cùng của quá trình chuyển hóa, được tích lũy bên
trong tế bào hay được phóng thích ra ngoài môi trường. Các chủng xạ khuẩn thuộc
cùng một loài có thể sản sinh các loại kháng sinh khác nhau; mặt khác, các chủng
thuộc các loài khác nhau có thể sản sinh cùng loại kháng sinh. Có nhiều quan điểm
khác nhau về khả năng hình thành chất kháng sinh (CKS). Một số tác giả cho rằng
sự hình thành CKS là do cơ chế giúp cho VSV tồn tại trong môi trường tự nhiên. Số
khác cho rằng, sự hình thành CKS là do sự cạnh tranh trong môi trường dinh dưỡng.
Hầu hết các tác giả cho rằng kháng sinh là sản phẩm chuyển hóa thứ cấp được hình
thành vào cuối pha lũy thừa, đầu pha cân bằng của chu kỳ sinh trưởng [10]; [30].
Ngoài ra, xạ khuẩn cũng sản sinh nhiều loại enzyme ngoại bào như amylase,
protease và lipase, góp phần quan trọng trong vòng tuần hoàn chuyển hóa các hợp
chất hữu cơ nhằm cải thiện chất lượng nước trong các ao nuôi tôm, tạo điều kiện
thuận lợi cho tôm sinh trưởng nhanh và hạn chế dịch bệnh xảy ra.
Hơn nữa, một số loài xạ khuẩn biển có khả năng tổng hợp các hợp chất
siderophore để thu hút sắt vốn rất ít trong nước biển. Đặc điểm này giúp xạ khuẩn
chiếm ưu thế trong cuộc cạnh tranh sắt với các VSV gây bệnh [18].
1.3.4. Tình hình nghiên cứu và ứng dụng xạ khuẩn trong nuôi tôm
Surajit và cs. (2006) cho biết xạ khuẩn phân bố rộng rãi trong đại dương và
các hệ sinh thái nước mặn. Xạ khuẩn có khả năng chịu nhiệt, chịu hạn do có thể tồn
21
tại lâu trong môi trường nhờ khả năng hình thành bào tử. Đây là một đặc điểm quan
trọng góp phần đảm bảo sự thành công khi áp dụng xạ khuẩn vào mục đích trợ sinh
trong NTTS nói chung và nuôi tôm nước lợ nói riêng [96].
Xạ khuẩn biển đặc biệt là giống Streptomyces thường tồn tại rất phổ biến
trong môi trường nước biển, được xem là VSV có tiềm năng trợ sinh cao. Nghiên
cứu sử dụng xạ khuẩn biển là một hướng mới, trong đó sử dụng xạ khuẩn biển làm

probiotic trong nuôi tôm mới chỉ có những công bố bước đầu và có rất ít báo cáo đề
cập đến việc ứng dụng xạ khuẩn làm probiotic trong NTTS.
You và cs. (2005) đã phân lập và đặc tính hóa 94 chủng xạ khuẩn đối kháng
với vi khuẩn gây bệnh Vibrio spp. từ trầm tích ven biển, trong đó 87,2 % thuộc
giống Streptomyces và các chủng còn lại thuộc Micromonospora spp. 50 %, các
chủng xạ khuẩn này đã thể hiện hoạt tính đối kháng với các chủng Vibrio spp. gây
bệnh. Kết quả này đã cho thấy Streptomyces là một nguồn tác nhân kiểm soát sinh
học có tiềm năng lớn trong NTTS [105].
Sau đó, Surajit và cs. (2006) đã báo cáo một nghiên cứu sơ bộ về việc sử
dụng Streptomyces vào sự sinh trưởng, phát triển của tôm sú. Kết quả đã cải thiện
được chất lượng môi trường nước, ngăn chặn dịch bệnh, tăng năng suất trong nuôi
tôm sú [96].
Kumar và cs. (2006) đã chiết xuất các sản phẩm đối kháng từ xạ khuẩn biển
và kết hợp vào thức ăn để quan sát ảnh hưởng của chúng trong điều kiện tự nhiên
đến virus gây bệnh đốm trắng ở tôm sú [70].
You và cs. (2007) cũng đã báo cáo rằng xạ khuẩn là một loại VSV có tiềm
năng đối kháng chống Vibrio spp. và đề nghị sử dụng xạ khuẩn biển để chống lại
các bệnh gây ra bởi Vibrio spp. [106].
1.4. TỔNG QUAN VỀ KỸ THUẬT DGGE
1.4.1. Nguyên tắc
Điện di trên gel biến thiên nồng độ chất biến tính (DGGE) là một kỹ thuật
phân tử nhằm phân tách các sản phẩm PCR sợi đôi có kích thước tương đồng với
nhau nhưng khác nhau về trình tự của nucleotide cấu thành. Kỹ thuật này dựa trên
nguyên tắc cơ bản đó là sự bắt cặp bổ sung của các base trên phân tử DNA:
22
adenine-thymine liên kết với nhau bằng hai liên kết hydro và guanine-cytosine thì
liên kết mạnh hơn với ba liên kết hydrogen. Kỹ thuật này cũng dựa trên khả năng
chuyển động khác nhau trên gel polyacrylamide giữa DNA sợi đôi và DNA bị biến
tính một phần [52]; [53]; [54]. Sự nóng chảy của DNA sợi đôi (dsDNA) trong quá
trình điện di xảy ra do nồng độ ngày càng tăng các tác nhân gây biến tính DNA

(phổ biến là urea và formamide). Khi dsDNA bị biến tính, tinh linh động của phân
tử chậm hơn đáng kể so với các phân tử DNA xoắn kép [76]. Tuy rằng tốc độ dịch
chuyển khác nhau của phân tử DNA trong gel biến thiên nồng độ chất biến tính
được cho là liên quan đến hàm lượng GC, nhưng thực tế có thể phức tạp hơn nhiều.
Fischer và Lerman (1980) cho rằng phân tử dsDNA dịch chuyển trong gel gradient
biến tính cho đến điểm nóng chảy ổn định của nó [53]. Do đó, sự thay đổi trình tự
nucleotide trong vùng nóng chảy ảnh hưởng đáng kể đến khả năng di của toàn thể
phân tử DNA đó. Hơn nữa, một trình tự dài giàu GC có thể được gắn vào với một
trong số các mồi cho phản ứng PCR [78]. Trình tự dài khoảng 40-60 cặp base này
được gọi là “kẹp GC” và gắn tại vị trí 5’ của mồi xuôi và cũng được khuếch đại lên
cùng với các bản sao trong suốt phản ứng PCR. PCR với “kẹp GC” sẽ giúp tạo ra
các sản phẩm có 1 đầu có nhiệt độ biến tính rất cao. Sản phẩm PCR chạy qua gel do
đó sẽ chỉ biến tính một phần. Kẹp GC có tác dụng ngăn cản sự biến tính hoàn toàn
của sản phẩm PCR, giữ cho chúng vẫn ở dạng sợi đôi. Các đoạn DNA có dạng hình
chữ “Y” sẽ bị giữ lại tại vị trí mà chúng bắt đầu bị biến tính ở trên gel [60]; [64].
Muyzer và cs. (1993) là những người tiên phong trong việc ứng dụng DGGE
vào lĩnh vực sinh thái VSV. Trong nghiên cứu này, ông đã mô tả đặc điểm của một
quần thể VSV phức tạp bằng phản ứng PCR-DGGE dựa trên các gen của ribosome
(rRNA). Kỹ thuật DGGE sử dụng các gen 16S rRNA vì chúng hiện diện trong bộ
gen của tất cả các vi sinh vật, đây là một cấu trúc bảo tồn cao, và có sự kết hợp xen
kẽ giữa các cấu trúc bảo tồn cao và vùng biến động cao. Việc thiết kế mồi cho phản
ứng PCR chủ yếu dựa trên các vùng bảo tồn, trong khi các vùng biến động cung cấp
trình tự tiến hóa cho việc phân tích phát sinh loài và cho sự phân tách bởi DGGE.
Đầu tiên, Muyzer và cs. (1993) tiến hành khuếch đại vùng biến động thứ 3 (V3) của
23
tiểu đơn vị nhỏ gen mã hóa rRNA 16S vi khuẩn từ vị trí 341 đến 534 (dựa theo trình
tự E. coli). DNA tổng số được tách chiết từ mẫu môi trường được khuếch đại bằng
PCR với mồi đặc hiệu cho hầu hết gen 16S rRNA của vi khuẩn. Sản phẩm khuếch
đại sau đó được sử dụng cho phân tích DGGE, kết quả cho thấy các băng của vi
khuẩn tại chỗ chiếm ưu thế [60]. Khuếch đại PCR vùng V3 và V5 của gen 16S

rRNA trong các nghiên cứu sau này đều sử dụng các mồi được thiết kế bởi Muyzer
và cs. (1993, 1998) [60]; [77] là hai trong số những cặp mồi được sử dụng phổ biến
cho phân tích quần thể VSV [100]; [107].
1.4.2. Ưu và nhược điểm của kỹ thuật DGGE
DGGE vẫn tiếp tục đóng góp như một công cụ quan trọng trong các thí nghiệm
phân tích và thăm dò quần thể VSV bên cạnh sự phát triển ngày một nhanh chóng và
hiệu quả của các kỹ thuật phân tích trình tự. Muyzer và cs. (1993) đã chỉ ra rằng
“DGGE cung cấp hình ảnh trực tiếp các thành phần của mẫu tổ hợp trong các phương
pháp định tính và bán định lượng, và thứ hai nữa là ít tốn thời gian cũng như ít khó
khăn hơn việc phân tích trình tự”. Ưu điểm trước hết của kỹ thuật DGGE đó là có thể
tiến hành nhiều mẫu cùng một lúc một cách nhanh chóng và khá kinh tế. Về nguyên
tắc, một ngày chúng ta có thể chiết xuất DNA của các mẫu tổ hợp, PCR, chạy gel qua
đêm và đọc kết quả điện di DGGE vào ngày sau đó. Nhiều mẫu có thể được phân tích
đồng thời do dó cho phép theo dõi sự biến động trong quần thể VSV theo không gian
và thời gian [60]; [63]. Hơn nữa, kết quả thu được dễ dàng cho ta có cái nhìn tổng quan
về các loài chiếm ưu thế trong một hệ sinh thái [66]. DGGE đã và đang được phát triển
hoàn thiện hơn trở thành một kỹ thuật phân tử có độ tin cậy cũng như chính xác cao để
đánh giá đa dạng và sự biến động của các quần thể VSV [77].
Về nhược điểm, một trong những hạn chế của kỹ thuật DGGE đó là trình tự
các băng thu được trên gel tương ứng với những đoạn DNA có kích thước nhỏ (từ
200-600 bp). Điều này hạn chế số lượng thông tin về trình tự nucleotide giúp cho
việc nghiên cứu hệ thống phát sinh chủng loại cũng như kém hữu ích cho việc thiết
kế các mẫu dò trong kỹ thuật lai phân tử. Nhược điểm thứ hai đó là người ta ước
tính rằng chỉ các VSV có mặt trên 1-2 % sau phản ứng khuếch đại PCR mới có thể
24
tạo thành các băng trên gel DGGE. Ngoài ra, các đoạn DNA của các trình tự khác
nhau có thể có đặc tính di động trên gel polyacrylamide tương tự nhau. Vì vậy, một
băng có thể không hoàn toàn là đại diện cho một loài và 1 loài vi khuẩn cũng có thể
cho ra nhiều băng vì nhiều gen 16S rRNA có trình tự khác nhau [63].
1.4.3. Tình hình nghiên cứu và ứng dụng kỹ thuật DGGE

Kỹ thuật DGGE được sử dụng cho nhiều mục đích trong lĩnh vực sinh thái
VSV. Ứng dụng đầu tiên và phổ biến nhất là phát hiện và so sánh mức độ đa dạng
của quần thể VSV trong các môi trường khác nhau. Ngoài ra, các nhà khoa học
cũng ứng dụng kỹ thuật này để phân tích sự biến động trong cấu trúc quần thể VSV
theo thời gian [97].
Muyzer và cs. (1993) đã sử dụng kỹ thuật DGGE để nghiên cứu đa dạng di
truyền quần thể VSV trong môi trường. Qua nghiên cứu này, các tác giả đã tìm ra
chủng vi khuẩn khử sulfate kị khí mà không phát triển khi nuôi trong điều kiện hiếu
khí. Năm 1994, Muyzer cùng với De Wall đã tiếp tục nghiên cứu và cải tiến kỹ
thuật này, hai ông đã cắt các băng DNA sau điện di DGGE ra khỏi gel và đem đi
phân tích trình tự [21]. Từ đó, kỹ thuật DGGE ngày càng hoàn thiện hơn và trở
thành một quy trình chuẩn để nghiên cứu đa dạng VSV.
Zhang và cs. (2009) đã nghiên cứu cấu trúc quần thể vi khuẩn và mối quan
hệ giữa các biến động của môi trường đến quần thể này trong các mẫu trầm tích thu
được từ các hệ sinh thái rừng ngập mặn nhiệt đới ở Tam Á thuộc đảo Hải Nam,
Trung Quốc. Dữ liệu về quần thể vi khuẩn ở nơi đây được tạo ra nhờ nuôi cấy,
PCR-DGGE và kết quả thống kê cho thấy sự đa dạng trong thành phần loài ở các
địa điểm và thời gian thu mẫu khác nhau. Người ta cũng nhận thấy nồng độ carbon
hữu cơ trong mẫu trầm tích ảnh hưởng đáng kể đến sự biến động trong thành phần
các loài ưu thế. Kết quả giải trình tự 17 băng dại diện sau DGGE và so sánh trên
BLAST đã xác định các loài vi khuẩn chiếm ưu thế với các nhóm phân loại khác
nhau, có thể kể đến như Proteobacteria, Bacteroidetes, Gemmatimonadetes,
Actinobacteria và Firmicutes [103].
25