Phát hiện mycobacterium tuberculosis kháng isoniazid, rifampin và ethambutol bằng kỹ thuật real time PCR


TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN







Học viên: Khổng Thị Minh Ngân





PHÁT HIỆN MYCOBACTERIUM TUBERLUCOSIS
KHÁNG ISONIAZID, RIFAMPIN VÀ ETHAMBUTOL
BẰNG PHƢƠNG PHÁP REAL-TIME PCR.





 

 2014


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Học viên: Khổng Thị Minh Ngân




PHÁT HIỆN MYCOBACTERIUM TUBERLUCOSIS
KHÁNG ISONIAZID, RIFAMPIN VÀ ETHAMBUTOL
BẰNG PHƢƠNG PHÁP REAL-TIME PCR.



 
 60 42 40





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








 2014
i


MỤC LỤC

MỞ ĐẦU 1
Chƣơng 1TỔNG QUAN NGHIÊN CỨU 3
 3
 3
 4
 6
1.2.1 B c ca vi khun lao 7
 11
1.3.1 i vi khun lao 11
 12
1.3.3  13

 16

18
 20

 21
 23
1.4.1 nh ki 23
 26
 28
 31
Chƣơng 2VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 41
 41
 41
 42
 43
 43
ii

 44


[3,6,8,10]
.
44
 46
-time PCR 48
 53
Chƣơng 3KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN 54
 54

 54
 56
‎  59
 66
 68
 68
 69
 70
 71
  72
 73
 73
 74
 74
 75
 75
 76
 77

++
77
3.6.1 
++
 77

++
 78

++
 78

iii


++
 79
 79
 80
 83
 87
-  87
g 2-  88
-  89
 90
-  91
-  91
- 
ethambutol 92
93
 93
 94
 94
 94
 95

 97
CHƢƠNG 4KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 101
 101
 102
TÀI LIỆU THAM KHẢO 103
iv

NHỮNG CHỮ VIẾT TẮT
AFB : Acid Fast Bacilli
AMK : amikacin
BCG : Bacillus Calmette-
CPM : Capreomycin
CTCLQG 
DNA : Deoxyribonucleic acid
DR : Tected Repeat)
EMB : Ethambutol
ETH : Ethionamide
FQs : Fluoroquinolones
INH : Isoniazid
KM : Kanamycin
MDR-TB : Lmultidrug-resistant TB)
MIC : Minimum inhibitory concentration
MIRU-VNTR : Mycobacterial Interspered Repetitive Units of Variable
Number of Tandem Repead
MTB : Mycobacterium tuberculosis
MTBC : M. tuberculosis complex
PCR : Polymerase Chain Reaction
PZA : Pyrazinamide
RFLP : Restriction Fragment Length Polymorphism
RIF : rifampin
RNA : ribonucleic acid
SM : Streptomycin
ST : spoligotyping
TB : Tuberculosis
WHO 
XDR-TB  (extensively drug resistant TB)

v

DANH MỤC BẢNG

ltidrug-resistance) 11
[11,12,26,28] 11
 25
 25
 42
 57
- 
G  58
-- 
 58
-- 
 58
 
 58
 69
ng 2 70
 71
 72
 80
 81
 82
 82
 83
 84
 85
  86

 87
 88
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vi

DANH MỤC HÌNH

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Annhyb 55
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viii

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HVCH: Khổng Thị Minh Ngân
1
GVHD: PGS.TS. Nguyễn Thái Sơn

MỞ ĐẦU


   
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

[2]
HVCH: Khổng Thị Minh Ngân
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GVHD: PGS.TS. Nguyễn Thái Sơn

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 [1,2]. 
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Isoniazid, thambutol.
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
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[5].
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 real- 
1. Xây dựng quy trình real-time PCR phát hiện nhanh các mẫu lao đột
biến kháng Isoniazid (đột biến gen katG ở codon 315 AGC-ACC (Ser315Thr)),
Rifampin (đột biến gen rpoB ở codon 516 GAC-GTC (Asp516Val)) và
Ethambutol (đột biến gen emb tại codon 306 với 2 loại: ATG-GTG (Met306Val)
và ATG-ATA(Met306Ile) ) .
2. Ứng dụng quy trình trên các mẫu bệnh phẩm thực tế.
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Chƣơng 1
TỔNG QUAN NGHIÊN CỨU

1.1 Tình hình nhiễm lao trên thế giới và tại Việt Nam
1.1.1 Trên thế giới
      
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- 

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 [1].
Theo WHO :
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- 
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GVHD: PGS.TS. Nguyễn Thái Sơn

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       
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1.1.2 Việt Nam


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 [1,2].

H   [47]

HVCH: Khổng Thị Minh Ngân
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GVHD: PGS.TS. Nguyễn Thái Sơn

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1.2 Bệnh lao
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[41,47].
1.2.1 Bệnh lao kháng thuốc và cơ chế kháng thuốc của vi khuẩn lao
1.2.1.1 Bệnh lao kháng thuốc
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pyrazinamide, Mycobacterium tuberculosis       
[2,46].
1.2.1.2 Cơ chế kháng thuốc của vi khuẩn lao
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Thuốc
Gen
Sản phẩm
Tỷ lệ gặp ở các

chủng kháng
(%)
Rifampin
rpoB
B-subunit of RNA
polymerase
>95
Isoniazid
katG
oxyR-ahpC
Catalase-peroxidase
Alky hydro-reductase
60-70
~20
INH-Ethionamide
inhA
Enoyl-ACP reductase
<10
Streptomycin
rpsL
rrs
Ribosomal protein S12
16s rRNA
60
<10
Fluoroquinolone
gyrA
DNA gyrase
>90
Pyrazinamide

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Amidase
70-100
Ethambutol
emb CAB
EmbCAB
69

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1.3 Vi khuẩn lao
1.3.1 Phân loại vi khuẩn lao
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
- M. avium
- M. ortuitum
- M. govdovac
- M. kansisii

1.3.2 Hình thể vi khuẩn lao

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
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Mycobacterium tuberculosis 
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GVHD: PGS.TS. Nguyễn Thái Sơn

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
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1.3.3 Cấu trúc vi khuẩn lao
1.3.3.1 Cấu trúc màng tế bào vi khuẩn lao
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(3). Polysaccharid
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1.3.3.2 Lớp bào tương
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[4,21].
1.3.3.3 Nhân
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[18,26,33].
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             
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